이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.9.8. 경기도 용인시 처인구 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 같은 날 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이후 쟁점토지가 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산으로서 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제1항에 따른 취득세의 감면(35%) 대상에 해당한다고 보아, 2021.9.7. 처분청에 기 납부한 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청이 2021.11.9. 이를 받아들여 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 환급하였다.

다. 처분청은 2023.9.7. 및 2024.2.16. 쟁점토지에 출장하여 확인한 결과 청구법인이 해당 토지에 건축허가를 받은 후 공사를 중단한 사실을 확인하고, 정당한 사유 없이 쟁점토지의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 이를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 보아, 2024.6.11. 청구법인에게 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 따라 앞서 감면된 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지의 토지 조성공사에 착공한 시점(2021.1.8.)부터 해당 토지를 물류단지 개발 용도로 직접 사용하였으므로, 유예기간 내 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용한 것으로 보아야 한다.

(가) 「지방세특례제한법」제71조 제1항은 “「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 "물류단지"라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산”에 대하여 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항 제1호는 부동산을 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우” 앞서 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

같은 법 제2조 제1항 제8호는 “직접 사용”을 “부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것”으로 정의하고 있는데, 이와 같은 ‘직접 사용’의 여부는 부동산 소유자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 실제 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결 등 참조).

(나) 청구법인은 AAA 물류단지개발사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)의 시행자로서, 물류단지용 토지를 조성하여 물류사업자에게 해당 토지에 물류시설을 설치·육성할 수 있도록 분양하는 것을 사업목적으로 하고 있는바, 이 건 사업의 경우와 같이 물류단지개발사업의 시행자와 물류사업을 직접 하려는 자가 다른 경우의 단계별 사업 이행주체는 아래 ＜표1＞과 같다.

사업

단계

①

②

③

④

⑤

⑥

토지

매수

조성공사

착공

사업준공

인가

토지처분

(분양)

물류시설

건축

물류단지 운영

이행

주체

물류단지개발사업

시행자

물류사업자(*)

＜표1＞ 물류단지개발사업의 단계별 사업이행주체(청구법인 제시)

(*) 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지용 토지를 조성하여 분양하는 경우, 물류단지개발사업의 시행자에 대하여는 「지방세특례제한법」제71조 제1항의 취득세 감면이 적용되고, 해당 토지를 취득하여 물류시설을 건축하는 물류사업자에 대하여는 같은 조 제2항에 따른 취득세 감면이 적용된다.

(다) 이처럼 물류단지개발사업의 시행자의 사업목적과 취득목적이 ‘물류단지시설과 지원시설을 집단으로 설치·육성하기 위해 토지를 조성 및 개발하여 실수요자(물류사업자)에게 분양하여 공급하는 것’임을 감안할 때, 「지방세특례제한법」제71조 제1항 및 제178조 제1항 제1호에 따른 ‘해당 용도로의 직접 사용’은 물류단지개발사업의 시행자가 토지 조성공사에 착공하여 물류단지를 개발한 때 개시되는 것으로 보아야 한다.

(라) 청구법인은 2021.1.8. 쟁점토지를 물류단지로 개발하기 위한 토지 조성공사에 착공한바, 쟁점토지의 취득일(2020.9.8.)부터 1년 이내에 해당 토지를 물류단지개발에 직접 사용하였으므로, 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 따른 취득세 감면분의 추징이 배제되어야 한다.

(마) 처분청은 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지 지상의 건축물 신축공사에 착공하지 아니한 것을 이유로 해당 토지를 유예기간 내 감면 목적대로 직접 사용하지 아니하였다는 의견이나, 「지방세특례제한법」제71조 제1항에 따른 취득세 감면여부는 그 문언과 같이 토지를 “물류단지개발”에 직접 사용하였는지 여부, 즉 이 건 사업의 시행자인 청구법인이 토지 조성공사에 착공하였는지 여부에 따라 결정되는 것이지, ‘건축물의 건축’여부에 따라 결정되는 것이 아니다.

쟁점토지 지상에 건축물을 신축하는 것은 위 규정에 따른 “물류단지개발사업의 시행자”인 청구법인이 아닌, 청구법인으로부터 토지 조성공사가 끝난 쟁점토지를 분양받아 “물류사업에 직접 사용하는 물류시설용 부동산”을 취득하는 “물류사업을 직접 하려는 자”(같은 조 제2항에 따른 취득세 감면 주체)이므로, 처분청의 상기 의견은 「지방세특례제한법」제71조 제1항과 제2항의 문언을 오인한 것으로서 타당하지 않다.

(2) 설령 토지 조성공사 착공을 쟁점토지에 대한 직접 사용 개시로 볼 수 없다고 하더라도, 청구법인이 해당 토지에 대한 준공인가 전 사용허가를 득한 시점(2022.2.18.)부터 이를 물류단지 개발 용도로 직접 사용하였다고 보아야 한다.

(가) 물류단지개발사업의 시행자는 일반적으로 물류사업자가 물류시설 등을 설치할 수 있도록 개발·조성된 토지를 분양하나, 물류시설에 필요한 기반시설의 공사와 같이 건축공정과 연계하여 이루어져야 하는 잔여 공정이 있는 경우, 토지 준공 승인 이전에 해당 토지상 건축공사를 착공할 수 있도록 준공인가 전 사용 허가를 받게 된다.

「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제50조의2에 따르면 입주기업체 또는 지원기관은 물류단지개발사업의 준공인가 전 사용허가를 받은 경우 그 사용허가일부터 4년 이내 물류단지시설의 건설공사에 착수해야 하는바, 이는 준공인가 전 사용허가가 물류시설(건축물) 건축에 착공할 수 있을 정도의 토지 개발이 완료되었다고 판단할 때 승인되는 것임을 보여주는 규정이라고 할 것이다.

(나) 준공인가 전 사용허가는 이처럼 행정관청에서 토지가 물류사업자에게 제공될 수 있는 상태에 이른 것으로 볼 때 승인하는 것이므로, 물류단지개발사업의 시행자가 「지방세특례제한법」제71조 제1항에 따른 취득세 감면을 받은 토지에 대하여 준공인가 전 사용허가를 득한 경우, 그 시점부터 해당 토지를 해당 용도(감면목적)로 ‘직접 사용’하기 시작한다고 볼 수 있다.

이에 관련 행정심판례에서도 유통단지개발사업시행자가 유통단지를 개발하기 위하여 취득한 토지에 대한 취득세 감면과 관련하여, 당초 목적대로 유통단지로 개발을 완료하면 그 목적을 달성하였다고 보아야 하고, 일단 조성된 유통단지는 개발사업자가 직접 사용하는 것뿐만 아니라 분양 및 임대도 허용되는 것이라고 해석하고 있다(행심 2007-597, 2007.10.29. 참조).

(다) 청구법인은 쟁점토지에 물류단지개발을 위한 토지 조성공사를 수행하던 중, 해당 토지의 수분양자가 물류시설 건축공사에 착공할 수 있도록 2021년 12월경 경기도지사에게 토지의 준공인가 전 사용허가를 신청한바, 당시 청구법인이 제출한 신청서에 따르면 쟁점토지의 토지 조성공사의 주요 공정이 토공사 97%, 우수공사 89.84%, 상수도공사 90%의 공정률로 진행되고 있고, 전체공사비 기준으로는 82.55%의 공사 진행이 이루어져 상당부분이 진행되었음을 확인할 수 있다.

(라) 청구법인은 2021.6.4. 쟁점토지에 대한 분양공고를 하고, 2022.1.26. 우선매수권자로 선정된 자와 해당 토지에 대한 분양계약도 체결하였으며, 2022.2.18. 경기도지사로부터 쟁점토지에 대한 준공인가 전 사용허가를 승인받았으므로, 설령 해당 토지의 토지 조성공사 착공일을 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호의 직접 사용 개시일로 볼 수 없다고 하더라도, 위 준공인가 전 사용허가일부터 쟁점토지를 물류단지개발에 직접 사용한 것으로 보아야 한다.

(3) 청구법인이 쟁점토지를 유예기간(1년) 내 물류단지개발에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 존재한다.

(가) 청구법인이 쟁점토지를 물류단지개발에 직접 사용하기 시작한 시점을 준공인가 전 사용허가일(2022.2.18.)로 보는 경우, 청구법인은 위 토지를 그 취득일(2020.9.8.)부터 약 1년 5개월이 경과한 때 해당 목적으로 직접 사용하기 시작한 것인바, 1년의 유예기간 내 직접 사용을 개시하지 못한 데 아래와 같은 정당한 사유가 존재한다.

(나) 물류단지 개발사업은 사업시행자 지정 및 실시계획 승인 이후에도 그 직접 사용을 위한 사업 추진과정에서 지정권자 보고·협의·승인 및 관계기관 협의 등 복잡한 인허가 절차를 계속적으로 이행해야 하고, 특히 쟁점토지는 170,740㎡에 이르는 토지로서 그 지상 건축물의 철거 공정만 하더라도 5개월 이상이 소요되는 대규모 개발에 해당하여, 1년의 유예기간 내 완료할 수 없는 사업임이 분명하다.

(다) 청구법인은 그럼에도 불구하고 쟁점토지를 취득세 감면 목적으로 직접 사용하기 위한 준비기간을 줄이고자 물류단지 지정 및 실시계획 승인일(2020.9.4.)과 쟁점토지 취득일(2020.9.8.) 이전에 단지 조성공사를 위해 필요한 용역발주를 먼저 진행하였다.

특히 쟁점토지 지상의 대규모 공장 건축물(연면적 75,047㎡, 22,702평, 지하 1층~지상 4층, 철근콘크리트구조)의 철거를 위해 석면조사용역(2020.4.1.), 건물철거(석면 포함) 및 폐기물 등 처리공사(2020.4.28.) 등을 사전발주 하였으며, 철거 인허가 대관업무를 진행하여 2020.4.20. 건축물철거·멸실신고필증을 교부받아 바로 철거 공정이 가능할 수 있게 하였다.

청구법인은 이외에도 토양오염 개연성 조사 및 토양환경평가(기초)(2020.4.6.), 지반조사(2020.8.31.) 등 쟁점토지 취득 전이라도 진행 가능한 조사와 공정 등을 선진행하여 사업기간 단축을 위해 진지한 노력을 다하였다.

(라) 청구법인은 이 건 사업에 대한 실시계획 승인과 쟁점토지의 취득 직후, 2020.9.16.부터 2021.2.17.까지 본격적인 건축물 철거를 진행하여 최종적으로 2021.2.10.에 쟁점토지 지상의 건축물에 관한 건축물대장을 말소 처리하였고, 해당 철거공정은 위 기간 동안 공백 없이 진행되었음에도 불구하고 5개월 이상이 소요되었다.

이는 청구법인이 가설방음벽 설치, 흙깎기·흙쌓기, 임목제거 및 수목이식, 옹벽구조물 설치 등 건축물의 철거공정과 병행 가능한 부분을 선제적으로 진행하였음에도 불구하고, 대규모 단지조성공사에 물리적으로 필요한 공기가 요구되었기 때문인바, 청구법인에서 2021.12.21. 경기도지사에게 준공인가 전 사용허가 신청을 위해 물류시설 건축공사의 진행이 가능한 수준(80% 이상의 공정률)을 달성하기까지 쟁점토지의 취득일로부터 15개월이 소요될 수밖에 없었다.

또한 청구법인이 위 준공인가 전 사용허가를 신청한 날로부터 그 신청에 대한 승인이 이루어진 시점(2022.2.18.)까지도 관련 법령에 따른 ‘물류단지개발사업 시행의 지장여부에 관한 검토서’ 제출, 지정권자인 경기도의 검토 및 관계기관 검토·협의, 조치계획 제출 등에 5개월이 소요되었다.

(마) 한편 청구법인이 이 건 사업을 위한 쟁점토지의 토지 조성공사를 진행하던 중, 쟁점토지를 취득할 당시 예측하였거나 예측할 수 없었던 특별한 사정이 발생하기도 하였는바, 2020.9.21.부터 2020.10.21. 사이 진행된 쟁점토지의 문화재 표본조사에서 옹기가마 등 일부가 발견되었고, 그에 따라 2020.12.10.부터 2021.1.28.까지 문화유적 발굴조사를 진행, 학술자문회의를 통해 자문의견을 받아 조치를 취한 후 문화재청에 신고를 마치기까지 부득이 공사의 진행이 일시 중단되었다.

나아가 2021.5.17. 쟁점토지 일부에 매립된 폐기물이 노출되어 정확한 물량파악을 위한 사업구역 전수조사와 함께 폐기물의 선별, 석면·건설폐기물 처리를 위한 신고·필증 수령 등의 인허가 기간과 실제 반출공정이 추가되기도 하였다.

(바) 청구법인은 이처럼 현실적으로 유예기간 준수가 어려운 상황 속에서도 쟁점토지를 그 기간 내 물류단지 개발에 집적 사용하기 위한 진지하고 상당한 노력을 다하였으므로, 국가의 정책적 필요에 부합하는 공익사업인 물류단지 개발사업에 대한 취득세 감면 규정의 입법취지를 고려하여 청구법인에게 정당한 사유가 있었던 것으로 인정되어야 한다.

(사) 처분청은 ‘2022년부터 공사가 진행된 흔적이 없고, CM 용역사와의 계약이 중단’되었으므로 청구법인이 쟁점토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기 어렵다는 의견이나,

청구법인은 물류단지를 개발하여 분양하는 사업시행자이므로, 물류단지개발사업의 시행자가 아닌 물류사업자가 쟁점토지를 분양받아 수행해야 할 건축물 신축 공사 등을 진행하지 아니하였음을 이유로 청구법인이 진지한 노력을 다하지 아니하였다고 보는 것은 타당하지 않다고 할 것이다.

＜표2＞ 쟁점토지에 대한 물류단지 개발의 추진경위(청구법인 제출)

○○○

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 유예기간 내 쟁점토지에 건축물을 신축하기 위한 공사에 착공하지 아니하였으므로, 감면된 취득세 등이 추징되어야 한다.

(가) 대법원은 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세·등록세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결 참조)고 판시하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점토지에 대한 토지 조성공사에 착수한 때 또는 준공인가 전 사용허가를 받은 시점에 해당 토지를 물류단지 개발에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나,

그와 같이 해석할 경우 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 1년 이내 일정 부분만 공사를 진행하고 준공하지 아니한 채, 2년 뒤에 해당 토지를 처분하거나 다른 용도로 사용하게 되더라도 취득세를 추징할 수 없게 되어, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 및 「지방세특례제한법」의 취지에 어긋날 우려가 있다.

준공인가 전 사용허가는 장기간이 소요되는 물류단지 개발사업의 특성을 고려하여 물류단지개발사업자에게 편의를 부여하기 위해, 물류창고 등 물류시설용 부동산의 건축공사를 물류단지 개발공사와 병행할 수 있도록 물류단지 준공인가 전에 물류단지용 토지 또는 시설 등을 사용하게 하는 것으로서, 필요 공정률 등 그 허가 기준이 규정되어 있지 않고 준공인가와는 법적·행정적 효력이 전혀 다른 별개의 행정절차이므로 이를 직접 사용의 개시로 보기 어렵다.

(다) 청구법인이 BBB와 매매계약서를 작성하였으나, 그 거래 종결의 필수 선행조건이 청구법인의 준공인가임에도 이를 선행하지 않아 거래가 종결되지 않았고, 청구법인이 물류단지 내 A1∼A3까지 건축물 신축을 위한 건축주 변경만 하였을 뿐, 착공조차 하지 않고 있는 것이 확인되는 점,

「건축법」 제11조 제7항에서 건축 허가를 받은 날부터 2년 이내에 공사에 착수하지 아니한 경우에는 허가를 취소한다고 규정하고 있고, 이에 대한 정당한 사유가 있는 경우 1년의 범위에서 공사의 착수기간을 연장할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인의 경우 쟁점토지에 대한 준공인가 전 사용허가를 받은 이후 2년 내 착공하지 아니한 것은 물론, 건축 허가의 취소를 우려하여 착공 연기신청까지 제출한 점,

처분청의 출장복명서에서도 쟁점토지 내 공사의 흔적을 장기간 찾아보기 어렵다고 기재되어 있는 점, CM용역사의 감리업무일지에서 확인되듯이 2022년 4월경 CM 연장 계약이 종료된 점, 청구법인의 쟁점토지 취득일부터 4년 8개월여가 지난 현재까지도 이 건 사업에 대한 준공인가가 이루어지지 아니한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 직접 사용한 것으로 보는 것은 무리가 있다고 할 것이다.

(라) 「지방세특례제한법」제71조 제1항은 2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되면서 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산을 “그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제46조에 따른 준공인가를 받지 아니한 경우” 감면된 취득세를 추징하도록 규정한바, 이를 통해 개정 전 조항에서 규정한 ‘직접 사용’의 의미가 ‘준공인가를 받는 것’이었음을 유추할 수 있다.

따라서 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 1년 이내 이 건 사업에 대한 준공인가를 받지 아니함에 따라, 해당 토지를 위 기간 내 감면 목적대로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 앞서 감면된 취득세 등을 추징한 이 건 부과처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 물류단지개발에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(가) 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”는 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고,

정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 지방세 감면의 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 참조)이나,

법인이 부동산 취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유를 알고 있었고, 취득 후에 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 부동산을 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결 참조).

(나) 쟁점토지의 항공사진과 처분청의 출장복명서에 따르면 해당 토지는 2022년부터 공사가 진행된 흔적이 없는 점, 청구법인과 CM 용역사의 계약이 중단된 것으로 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 고유 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 보기 어려운 점,

청구법인이 BBB와 매매계약서를 체결하고 건축주 변경 등의 일련의 과정을 진행한 것으로 보아, BBB가 이 건 사업의 개발 자금을 조달하여 쟁점토지를 포함한 사업지구 토지의 준공과 함께 건축공사를 병행하려 한 것으로 판단되는데,

청구법인은 2023.4.21. 착공 연기신청서에 ‘이자율 급등으로 인한 PF 자금 조달 지연 및 공사비 급등으로 인한 시공사와의 도급협의 지연’을 사유로 기재하였고, 이는 청구법인의 내부적인 사유에 따른 지연일 뿐, 과세관청의 귀책사유로 인한 지연에 해당하지 않는 점,

청구법인이 이 건 사업의 개발계획(3차) 변경을 통해 사업기간 연기를 신청하면서 ‘토지 매입 및 고금리 장기화로 인한 시장성의 변화로 공사 착공이 지연’되었음을 그 사유로 기재한 것은 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 직접 사용하지 아니한 핵심 사유가 자금 사정인 것을 보여주는 것인 점,

쟁점토지의 규모가 커서 1년 이내에 토지 준공인가를 득하기 어려울 것이라는 점은 청구법인이 해당 토지를 취득하기 전부터 존재하였던 장애사유이고, 청구법인이 실제 그 해소를 위해 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 쟁점토지의 감면 목적에 따른 직접 사용 개시가 지연되었다는 사정은 확인되지 않는 점 등을 종합하여 볼 때,

처분청에서 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 이를 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지를 유예기간(1년) 내 물류단지 개발에 직접 사용하였는지 여부

② 쟁점토지를 유예기간(1년) 내 물류단지 개발에 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2019.6.26. 경기도 용인시 처인구 OOO에 본점을 두고, 경기도 용인시 OOO 일원에서의 물류단지 및 물류센터의 개발 및 공급사업을 영위하기 위한 목적으로 설립되었다.

(나) 경기도지사는 2020.9.4. 이 건 사업의 사업시행자를 청구법인으로 지정한 실시계획을 아래 ＜표3＞과 같이 승인 및 고시하였다.

＜표3＞ 이 건 사업의 실시계획 승인 고시(경기도 고시 OOO호)○○○

(다) 청구법인은 2020.9.8. 쟁점토지를 매매로 취득하고, 2020.9.16. 쟁점토지 지상의 건축물을 철거하는 공사에 착수하였으며, 위 철거공사가 마무리됨에 따라 2021.2.10. 처분청이 해당 건축물의 건축물대장을 말소하였다.

청구법인은 2021.1.6. CCC 주식회사와 쟁점토지의 토지조성공사에 관한 건설사업관리(CM) 용역계약을, DDD 주식회사와 같은 공사에 관한 도급계약을 각 체결한 후, 2021.1.8. 쟁점토지를 물류단지로 개발하기 위한 토지 조성공사에 착공하였다.

(라) 청구법인이 제출한 ‘문화재 보존조치(발굴조사) 결과보고서’에 따르면, 한국문화유산연구원에서 2020.12.10.부터 2021.1.28.까지 쟁점토지에 대한 정밀발굴조사를 진행하였고, 2021.2.3. 처분청에 조선시대 기와가마 1개, 근·현대 옹기가마 2개 등의 유물이 발굴되었다고 보고한 것으로 확인된다.

CCC 주식회사가 2021.6.25. 작성한 쟁점토지의 토지 조성공사 관련 ‘CM 월간 보고서’에 따르면, 공사 중 ‘일부 구간에서 노출된 건설폐기물 선별과 반출이 진행되었고 일부 지중폐기물은 발주처를 통해 원매도자 EEE측과 처리문제를 협의하여 금월에 반출 예정’이라고 기재된 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 2021.12.21. 경기도지사에게 쟁점토지에 관한 준공인가 전 사용허가를 신청하였고, 경기도지사는 2022.2.18. 위 신청을 승인하였다.

청구법인이 위 준공인가 전 사용허가 신청 당시 제출한 ‘공정율 현황 확인서’에서 확인되는 토지 조성공사의 주요공정현황은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 공정율 현황 확인서(2021.12.21.) 내역

○○○

(바) 청구법인은 2022.1.26. BBB 주식회사와 쟁점토지에 대한 분양계약을 체결하였으나, 이후 BBB 주식회사의 자금 사정 악화로 해당 계약이 해제된 것으로 확인된다.

BBB 주식회사는 위 계약의 해제 전인 2023.4.20. 처분청에 쟁점토지 지상 건축물의 신축과 관련한 착공연기신청서를 제출한바, 신청서상 착공예정일자를 ‘2024.8.8.’로, 연기사유를 ‘이자율 급등으로 인한 PF 자금조달 지연 및 공사비 급등으로 인한 시공사와의 도급협의 지연’으로 기재한 것으로 확인된다.

처분청이 제출한 자료에 따르면, 청구법인이 2021.8.6. 처분청으로부터 쟁점토지 지상에 지하1층, 지상 10층 규모의 창고시설을 건축하기 위한 건축허가를 받았고, BBB 주식회사가 2022.2.21. 처분청에 위 건축허가의 건축주를 당사로 변경하는 신고를 하여 그 신고가 수리되었고, 청구법인이 2024.2.21. 처분청에 위 건축허가의 건축주를 다시 청구법인으로 변경하는 신고를 하여 그 신고가 수리된 것으로 나타난다.

(사) 처분청은 2023.9.7. 및 2024.2.16.에 쟁점토지에 각 출장한 후 ＜표5＞와 같이 출장결과보고서를 작성하였다.

＜표5＞ 처분청의 쟁점토지 출장결과보고서 내역

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제71조 제1항은 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항 제1호는 부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 「지방세특례제한법」제71조 제1항 및 제178조 제1항 제1호에 따라 물류단지개발사업의 시행자가 부동산을 물류단지 개발에 직접 사용한다는 것은 ‘물류단지를 개발하는 것’을 의미한다고 할 것이므로, 사업시행자가 물류단지 개발을 위한 토지를 취득하여 그 취득일부터 1년 이내에 착공에 이르렀다면, 이를 유예기간 내 물류단지를 개발하는 것에 직접 사용한 것으로 봄이 타당하다고 할 것이다(조심 2023지4190, 2024.8.13., 같은 뜻임).

(다) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날(2020.9.8.)부터 1년 이내인 2021.1.8. 해당 토지를 물류단지로 개발하기 위한 토지 조성공사에 착공하였으므로, 쟁점토지를 유예기간 내 물류단지를 개발하는 것에 직접 사용한바, 이와 달리 청구법인에게 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호의 추징사유가 발생하였다고 본 이 건 취득세 등 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로, 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제71조(물류단지 등에 대한 감면) ① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 "물류단지"라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.

② 물류단지에서 대통령령으로 정하는 물류사업(이하 이 항에서 "물류사업"이라 한다)을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산(이하 이 항에서 "물류시설용 부동산"이라 한다)에 대해서는 2022년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 2022년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 물류시설용 부동산에 대해서는 그 물류시설용 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률

제22조(일반물류단지의 지정) ① 일반물류단지는 다음 각 호의 구분에 따른 자가 지정한다.

1. 국가정책사업으로 물류단지를 개발하거나 물류단지 개발사업의 대상지역이 2개 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 "시ㆍ도"라 한다)에 걸쳐 있는 경우: 국토교통부장관

2. 제1호 외의 경우: 시ㆍ도지사

제27조(물류단지개발사업의 시행자) ① 물류단지개발사업을 시행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류단지지정권자로부터 시행자 지정을 받아야 한다.