이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.1.25. 서울특별시 강남구 OOO(이하 “쟁점1토지”라 한다)에 건축물 11,867.43㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 취득(신축)하였고, 처분청은 쟁점건축물과 그 부속토지를 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아,「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제41조 제1항 및 제2항에 따라 취득세 등과 2019년도부터 2023년도까지 재산세 등을 면제하였다.

나. 청구법인은 2017.4.7. 서울특별시 강남구 OOO(이하 “쟁점2토지”라한다)를, 2022.2.28. 같은 동 OOO 토지 1,917㎡(이하 “쟁점3토지”라 한다)를 각각 취득하였고, 처분청은 쟁점2·3토지를 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아, 쟁점2토지에 대하여는「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제41조 제7항에 따라 취득세의 100분의 50과 재산세(종합합산과세대상)의 100분의 50을 감면하고, 쟁점3토지에 대하여는「지방세특례제한법」제41조 제7항에 따라 취득세의 100분의 30을 감면하였다.

다. 처분청은 쟁점건축물의 경우 의과대학부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로써, 취득세와 재산세의 100분의 50 감면 대상임에도 착오로 해당 세액을 면제하였고, 쟁점2·3 토지의 경우 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 의료업에 직접 사용하지 않았다고 보아 2024.3.10., 2024.3.25., 2024.3.26. 청구법인에게 아래 ＜표1＞·＜표2＞·＜표3＞·＜표4＞와 같이 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

＜표1＞ 쟁점건축물 및 쟁점토지에 대한 취득세 등 부과 내역

○○○

＜표2＞ 쟁점건축물에 대한 연도별 재산세(건축물분) 등 부과 내역

○○○

＜표3＞ 쟁점1토지에 대한 재산세(토지분) 등 부과 내역

○○○

＜표4＞ 쟁점2토지에 대한 재산세(토지분) 등 부과 내역

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점건축물은 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 취득세와 재산세 면제 대상이다.

(가) 청구법인은 교육기관인 의과대학교와 부속병원의 행정을 조정 하기 위하여 산하에 ‘AAA대학교 의료원’을 두고 있고, 의과대학 부속병원은 병원인 동시에 의료 교육기관에 해당하며, 쟁점건축물은 OOO병원 외의 장소에 별도로 설치한 의과대학의 교육·연구기관임에도 처분청이 의과대학 부속병원에서 이루어지고 있는 의과대학 본연의 교육 연구 활동을 부정하고, 쟁점건축물을 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이 아니라 의과대학 부속병원이 의료업에 사용하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 50 감면 대상으로 하여 취득세 등과 2019년도부터 2023년도까지 재산세 등(토지분 포함)을 부과한 처분은 부당하다.

(나) 의과대학 학생의 경우 본과 필수 이수강의시간 중 약 55%를 차지하는 임상실습과목을 모두 이수한 경우에만 의사 면허 시험에 응시할 수 있는바, 의과대학 부속병원의 설치 목적은 의사 양성 및 교육, 임상연구를 통한 의학 발전에 있으며, 이에 따라 의과대학 교수들은 진료시간(교수 1인당 주당 진료시간 10시간∼13시간) 외의 시간은 학술 연구 업무를 수행하고 있다.

(다) 청구법인은 의과대학 교수들이 연구 활동(임상 연구 및 논문 집필 등)에 집중할 수 있도록 쟁점건축물을 의과대학 교수들에게 연구실 등으로 제공하고 있고, 교수들은 여기에서 환자 진료 업무가 아닌 의과대학 학생들을 위한 수업 준비와 각종 연구 활동을 하고 있다.

(라) 실제로 의과대학 부속병원인 AAA대학교 BBB병원은 서울특별시 강남구 OOO에 소재하고 있고, 쟁점건축물은 병원에서 500m 정도 떨어진 곳(OOO)에 소재하고 있어, 병원 구내의 건축물에 해당하지 않는다.

(마) 쟁점건축물의 용도는 교수실, 비서실, 회의실, 실습강의실 및 의과대학 사무실 등으로, 쟁점건축물 내에는 외부인의 출입을 제한하는 보안장치가 설치되어 있고, 의료설비 등을 설치하지 않아 쟁점건축물에서 외래 환자의 진료를 보는 등 행위는 물리적으로 불가능하다.

(바) 학교 밖에 소재한 후생복지시설, 기숙사 등이 학교 용도에 직접 사용되는 부동산에 해당하는지 여부는 해당 부동산의 소재지가 아닌 “실제사용 관계”를 기준으로 판단하여야 할 것이므로(조심 2015지584, 2015.7.13.) 쟁점건축물이 학교(AAA대학교) 내에 소재하고 있지 않다고 하더라도 그 시설이 교육연구시설에 해당하는 경우에는 학교 용도에 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다.

(사) 쟁점건축물의 사용자인 의과대학 교수, 강사 등은 의과대학 소관하에 AAA대학교 총장과 고용 계약을 체결한 후, 의과대학 학생들을 위한 강의와 병원에서의 진료 활동을 겸직하는 것으로 해당 교수 등이 BBB 병원에 소속되어 있다고 하더라도 이는 겸직하는 근무지가 BBB병원이라는 것을 의미하는 것으로, 이를 근거로 해당 교수들이 AAA대학교 의과대학 교수 등에 해당하지 않는다는 것은 아니라 할 것인바, 쟁점건축물은 해당 교수들이 강의와 연구 등을 위한 교수실 등으로 사용하고 있는 건축물로서, 학교인 청구법인이 해당 사업(교육)에 직접 사용하는 부동산에 해당한다.

(2) 처분청은 OOO 서울특별시 강남구 OOO 등 16필지를 사업대상지로 하고, 강남구청장(처분청)을 사업시행자로 하는 도시계획시설(OOO근린공원 조성) 실시계획 인가를 하였으며(강남구 고시 OOO), 서울특별시장은 2020.8.27. BBB병원 일대 지구단위계획구역 및 계획(서울특별시 고시 OOO, 이하 “이 건 도시관리계획”이라 한다)을 결정·고시하면서 그 ‘획지 및 건축물 등에 대한 결정도’에서 쟁점2토지를 기부채납대상 토지로 하여 지형도면을 결정하였으므로, 쟁점2토지는「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호 가목에서 규정하고 있는「국토의계획 및 이용에 관한 법률」등에 따라 국가 등에 무상귀속되는 공공시설용 토지이므로 재산세 분리과세대상에 해당한다.

(3) 청구법인이 쟁점3토지의 유예기간 내에 해당 토지를 의료업에 직접 사용하지 못한 데에는 아래와 같은 정당한 사유가 있으므로 쟁점3토지에 대한 취득세 등은 취소되어야 한다.

(가) 서울특별시장이 2020.8.27. 결정·고시한 이 건 도시관리계획을 보면, 종합의료시설(BBB병원)의 면적이 변경 전 22,121㎡에서 24,936.7㎡로 증가되었는데, 그 증가된 면적 2,815.7㎡에는 쟁점3토지(서울특별시 강남구 OOO) 1,917㎡가 포함되어 있고, 그 변경 사유에는 종합의료시설의 시설 현대화를 위해 우측 유휴토지 및 서측 장기미집행 도로용지(쟁점3토지)를 종합의료시설로 변경한다고 기재되어 있다.

(나) 청구법인은 이 건 도시관리계획에 따라 BBB병원 내에 주차장용 건축물(지하 7층, 이하 “이 건 병원용 건축물”이라 한다)을 신축하기로 하였다.

(다) 청구법인은 이 건 병원용 건축물을 신축하면서 발생하는 소음과 진동에 따른 인근 OOO중학교 학생들의 학습권 침해에 대한 보상과 병원용 주차장의 추가 확보를 위하여, 2021.4.28. 서울특별시강남서초교육지원청장(이하 “강남구교육장”이라 한다)과 OOO중학교 내에 학생들을 위한 다목적관 및 지하주차장(이하 “이 건 다목적관”이라 한다)을 신축하여, 이를 서울특별시교육감에게 기부채납하되, 지하주차장의 일부(295대)를 20년간 BBB병원이 무상사용하기로 하는 협약(이하 “이 건 협약”이라 한다)을 체결하였다.

(라) 청구법인은 이 건 협약에 따라 BBB병원을 방문하는 환자 등의 이동 편의를 위하여 BBB병원과 OOO중학교 사이에 있는 쟁점3토지에 BBB병원 주차장과 OOO중학교 지하주차장을 연결하는 통로를 설치하기로 하고, 2022.2.28. 서울특별시교육감으로부터 쟁점3토지를 취득하였다.

(마) 청구법인은 청구법인, 강남구교육장, OOO중학교, OOO중학교 학부모회가 참여하는 4자간 협의체를 구성하여, 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관의 신축을 위한 상호 관심 사항을 충분히 논의하였고, 2022.7.19. 개최한 제4차 4자 간 협의체 회의에서 청구법인은 이 건 다목적관의 실시설계를 완료하였음을 보고하였고, 4자간 협의체는 강남구교육장이 이 건 다목적관의 설계도서를 첨부하여 서울특별시교육감에게 이 건 다목적관의 신축을 위한 ‘건축·축조 승인’ 신청을 하도록 의결하였다.

(바) 강남구교육장은 2022년 8월 경 서울특별시교육감에게 이 건 다목적관의 신축을 위한 ‘건축·축조 승인’ 신청을 하였으나, 서울특별시교육감은 강남구교육장이 이 건 다목적관의 신축에 따른 지방재정투자사업 심사를 받지 않았다는 이유로 이 건 다목적관의 건축승인을 반려하였다.

(사) 강남구교육장은 서울특별시교육감의 건축 승인 반려가 있은지 거의 1년 만인 2023.8.23. 청구법인에게 이 건 다목적관 신축에 따른 지방재정투자사업 심사를 받기 전까지 이 건 다목적관 신축 공사의 착공을 유예할 것을 제안하였다.

(아) BBB병원 구내에 이 건 병원용 건축물의 신축공사를 하기 위해서는 OOO중학교 내의 지반 붕괴를 방지하기 위한 토목공사(어스앵커 설치)가 선행되어야 하고, 이를 위해서는 OOO중학교로부터 학교용지(공유재산)에 대한 사용승인이 필요한데, OOO중학교 학부모회가 그동안의 입장을 변경하여 학생들의 학습권 침해를 이유로 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관의 신축을 반대함에 따라 OOO중학교로부터 학교 용지의 사용승낙을 받을 수 없었다.

(자) 따라서, 청구법인이 쟁점3토지를 그 유예기간 내에 의료업의 용도에 직접 사용하지 못한 것은 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관의 신축을 반대한 OOO중학교 학부모들의 민원뿐만 아니라 이 건 다목적관 신축에 따른 지방재정투자사업심사를 이행하지 않은 강남구교육장의 귀책이 있다고 할 것이고, 이와 같은 사유는 행정관청의 금지나 제한 등과 같은 외부적 사유로서 정당한 사유에 해당하므로 처분청이 쟁점3토지에 대하여 부과한 취득세 등은 취소되어야 한다.

(4) 끝으로, 쟁점건축물이 의과대학교 부속병원이 의료업에 사용하는 부동산으로 취득세 면제 대상이 아니라 100분의 50 감면 대상이므로, 처분청이 그만큼 취득세 등을 과소 납부하였다 하더라도 청구법인은 2017.1.25. 쟁점건축물을 취득한 후 2017.3.16. 처분청에 그 과세표준 및 세액을 신고하였는바, 그 부과제척기간은 5년이라 할 것이고, 부과제척기간의 기산일은 신고·납부기한의 다음 날인 2017.3.27.이라 할 것이므로 처분청이 쟁점건축물에 대하여 과소납부한 취득세 등을 추징하고자 하였다면 부과제척기간의 기산일(2017.3.27.)부터 5년이 되는 2022.3.27.까지 부과하였어야 할 것인데, 처분청은 2024.3.10.에서야 그 취득세 등 OOO원을 부과하였는바, 해당 부과처분은 부과제척기간이 경과한 후의 처분으로서 위법하다.

나. 처분청 의견

(1)「지방세특례제한법」제41조 제1항에서 규정하고 있는 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이란 현실적으로 해당 부동산을 교육사업 자체에 사용하는 것(대법원 2018.6.15. 선고 2018두37519 판결)을 말하는 것으로 쟁점건축물에 대한 취득세와 재산세 부과는 아래와 같은 사유로 정당하다.

(가) 쟁점건축물이 학교가 해당사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하기 위해서는 교육용 기본재산으로 등재되어야 함은 물론, 학교법인이 설치 경영하는 학교의 교지·교사ㆍ체육장ㆍ실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구 등과 같이 당해 부동산의 사용 용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 할 것이다(조심 2016지609, 2016.9.9.).

(나) 청구법인의 정관 제96조 제7항에서 쟁점건축물의 소재지를 BBB병원의 주소지(서울특별시 강남구 OOO)로 기재하고 있고, 쟁점건축물의 신축 목적이 BBB병원의 진료 및 환자 편의공간 확보를 위해 BBB병원 내에 위치한 교수연구실을 쟁점건축물로 이전한 것으로 나타나며, 쟁점건축물의 사용자가 OOO병원 소속의 교수 또는 진료교수라는 사실 등으로 볼 때 쟁점건축물은 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용하는 부동산이 아니라 의과대학 부속병원이 의료업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 할 것이므로 처분청이 쟁점건축물에 대해 과다 감면한 취득세 등과 재산세 등(토지분 포함)을 부과한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 쟁점2토지가「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호에서 규정하고 있는 분리과세대상에 해당한다고 주장하나, 도시계획시설(OOO근린공원 조성)사업 실시계획 인가 고시(강남구 고시 OOO)상의 사업시행자는 강남구청장이므로 청구법인을 개발사업 관련 법령에 따른 개발사업 시행자로 보기는 어려울 뿐만 아니라 기부채납이란 기부자가 그의 소유재산을 국가 등에 증여하는 의사표시를 하고 국가 등은 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약이라 할 것인데, 이 건 도시관리계획이 있었다는 사실만으로 청구법인과 서울특별시장 사이에 기부채납 의사의 합치가 있었다고 보기 어려우므로 쟁점2토지는「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항에서 규정하고 있는 분리과세대상에 해당하지 않는다.

(3) 청구법인은 쟁점3토지를 그 유예기간 내에 의료업에 직접 사용하지 못한데에 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적 사유가 있다고 주장하나 이는 아래와 같은 사유로 받아들일 수 없다.

(가) 처분청은 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관의 신축공사에 따른 많은 민원이 발생할 것으로 예상하여, 청구법인에게 이해관계자들이 모두 참여하는 다자간 협의체를 구성할 것을 조건으로 이 건 병원용 건축물에 대한 건축허가를 하였고, 청구법인은 BBB병원 인근에 있는 OOO아파트 입주민들이 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관 신축에 반대하여 다자간 협의체 구성을 하지 못하다가 OOO아파트의 재건축이 시행인가 되어, 그 입주민들이 다른 곳으로 이주함에 따라 2021년 4월경 청구법인, 강남구교육장,OOO중학교, OOO중학교 학부모회가 참여하는 4자 간 협의체를 구성한 것을 보면, 청구법인은 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관의 신축공사를 진행하는 경우 인근 주민들의 민원뿐만 아니라 OOO중학교 학부모회가 학생들의 학습권 침해에 대한 해결책을 요구할 것과 그 요구가 받아들여지지 않는 경우 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관의 신축을 반대할 것이라는 사실을 충분히 예상할 수 있었다 할 것이다.

(나) 청구법인은 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관의 신축을 반대하는 민원이 발생할 것을 예측할 수 있었음에도 2022.2.28. 쟁점3토지를 취득하였으므로 이 건 병원용 건축물과 이 건 다목적관 신축에 대한 OOO중학교 학부모들의 반대를 행정관청의 금지나 제한과 같은 외부적 사유로 볼 수는 없다.

(다) 청구법인은 강남구교육장의 이 건 다목적관 신축에 따른 지방재정투자사업 심사 미이행을 이 건 다목적관을 신축할 수 없는 정당한 사유라고 주장하나「지방재정투자사업 심사규칙」제4조 제1항 단서에서 당해 회계연도 사업에 대하여도 투자심사를 실시할 수 있다고 규정하고 있음을 볼 때, 강남구교육장이 이 건 다목적관 설치에 따른 지방재정투자사업 심사를 이행하지 아니할 만한 합리적인 이유는 없다고 할 것이고, 또한 청구법인이 제출한 어떠한 서류에도 강남구교육장이 이 건 다목적관 신축에 따른 지방재정투자사업 심사를 이행하지 않겠다는 공적인 견해표시를 한 사실은 없는 것으로 나타난다.

(라) 강남구교육장은 2023.8.21. 청구법인에게 이 건 다목적관 신축에 따른 지방재정투자사업 심사를 이행하겠다고 통보하였는데, 이 당시는 쟁점3토지에 대한 유예기간(2023.2.28.)이 경과 한 후이므로 이를 근거로 청구법인에게 쟁점3토지를 유예기간 내에 의료업에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어려우므로 처분청이 쟁점3토지에 대하여 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

(4) 끝으로 청구법인은 2017.1.25. 쟁점건축물을 신축한 후 2017.3.16. 학교가 해당 사업(교육)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제받았으나, 2017.3.23. BBB병원 내에 있던 교수연구실 등을 쟁점건축물로 이전하여, 쟁점건축물을 학교 이외의 용도로 사용하였다 할 것인바, 청구법인은 그 이전일(2017.3.23.)부터 60일 이내에 쟁점건축물을 의료업에 사용하는 것으로 하여 과소납부한 취득세 등을 신고·납부하였어야 할 것이나, 그 신고를 하지 않았으므로「지방세기본법」제38조 제1항 제2호에 따라 쟁점건축물에 대한 취득세의 부과제척기간은 7년으로 보는 것이 타당하고, 처분청은 그 신고기한의 다음날로부터 7년 이내인 2024.3.10. 그 과소납부분 취득세 등을 부과하였으므로 이는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점건축물(쟁점1토지 포함)을 학교 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점2토지가「지방세법 시행령」제102조 제5항 제2호에서 규정하고 있는 분리과세대상 토지에 해당하는지 여부

③ 쟁점3토지를 유예기간 내에 의료업의 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

④ 쟁점건축물에 대한 취득세 등은 부과제척기간이 경과한 후의 처분이므로 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 서울특별시 강남구 OOO에 AAA대학교 의과대학 부속병원인 BBB병원을 설치·운영하고 있다.

(나) 청구법인은 2017.1.25. 쟁점건축물(서울특별시 강남구 OOO 소재 11,867.43㎡)을 취득(신축)한 후, 쟁점건축물을 AAA대학교 의과대학 소속 임상 교원(교수 등)의 교육 및 연구 활동을 위한 공간으로 사용하겠다고 하여,「지방세특례제한법」제41조 제1항에 따라 취득세를 면제받았고, 처분청은 쟁점건축물(쟁점1토지 포함)을 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2017년도부터 2023년도까지 재산세 등을 면제하였다.

(다) 청구법인이 제출한 쟁점건축물의 사용 현황과 현장사진을 보면, 출입구에 ‘외부인 출입금지’라는 안내문이 있고, 각 호실의 출입구에는 교수실로 사용하는 교수의 명패 또는 AAA대학교 소속 학과의 실습실이라는 명패가 부착되어 있으며, 그 사용 현황은 쟁점건축물의 신축 후부터 현재까지 동일한 것으로 보인다.

＜표5＞ 쟁점건축물의 층별 사용 현황

○○○

(라) 청구법인의 정관 제96조 제7항 제2호를 보면 AAA대학교 의과대학 BBB병원의 소재지를 서울특별시 강남구 OOO(총 7곳)로 기재하고 있는데 그 중 OOO이 쟁점건축물(BBB병원 교수연구동)의 소재지이다.

(마) 청구법인은 2017.4.7 쟁점2토지(서울특별시 강남구 OOO)를 취득한 후, 이를 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아, 취득세의 100분의 50을 감면받았고, 처분청은 쟁점2토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 2019년도부터 2021년도까지 재산세의 100분의 50을 감면(도시지역분 제외)하였다.

(바) 국토교통부장관(구 건설부장관)은 1971.8.6. 서울특별시 강남구 OOO 일대 255,648㎡를 OOO근린공원으로 최초 고시(건설부 고시 OOO)하였고, 이 건 도시관리계획의 ‘획지 및 건축물 등에 대한 결정도’에는 쟁점2토지와 청구법인 소유의 서울특별시 강남구 OOO 토지 33,521㎡를 ‘공원(기부채납)’으로 기재하고 있다.

또한, 처분청은 OOO 아래와 같이 도시계획시설(OOO근린공원 조성) 실시계획 인가를 고시(강남구 고시 OOO)하였는데, 그 토지 조서에는 쟁점2토지(서울특별시 OOO, 278㎡)가 포함되어 있다.

○○○

(사) 처분청은 쟁점토지와 같이 OOO근린공원의 부지로서 기부채납 대상인 서울특별시 강남구 OOO 토지 33,521㎡ 중 16,498㎡는 과세면제 대상으로 구분(사권제한토지)하고, 나머지 17,023㎡는 분리과세대상으로 구분하여, 재산세(도시지역분 과세면제)를 부과한 것으로 나타난다.

(아) 서울특별시장이 2020.8.27. 고시한 이 건 도시관리계획 결정을 보면, 종합의료시설(BBB병원)의 면적이 변경 전 22,121㎡에서 24,936.7㎡로 확장(증가)되었는데 그 증가된 면적 2,815.7㎡에는 쟁점3토지(서울특별시 강남구 OOO) 1,917㎡가 포함되어 있고, 그 변경 사유에는 종합의료시설의 시설 현대화를 위해 우측 유휴토지 및 서측 장기미집행 도로용지(쟁점3토지)를 종합의료시설로 변경한다고 기재되어 있다.

(자) 청구법인과 강남구교육장은 2021.4.28. 청구법인이 OOO중학교 내에 이 건 다목적관을 신축하여 서울특별시교육감에게 기부채납하고, BBB병원이 그 주차장 중 일부(295대)를 병원용 주차장으로 사용하며, 강남구교육장은 이 건 병원용 건축물의 신축에 협조한다는 내용의 이 건 협약을 체결하였으며, 그 후 청구법인의 이 건 병원용 건축물의 신축 관련 추진 현황은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 이 건 병원용 건축물의 신축 관련 추진 현황

○○○

(차) 이 건 심리일 현재 쟁점3토지에는 처분청이 설치한 등산로(나무계단, 오솔길) 등이 있고, 일반인들은 이를 자유롭게 이용하고 있는 것으로 나타난다.

(카) 처분청이 제출한 토지분 재산세 과세내역서를 보면, 처분청은 BBB병원의 부속 토지(서울특별시 강남구 OOO) 22,121㎡ 중 의과대학부속병원이 의료업에 사용하는 19,360,26㎡에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감하고, 수익사업(장례식장 등)에 사용하는 2,128.94㎡에 대하여는 재산세를 전액 부과, 나머지 631.8㎡에 대하여는 재산세를 면제한 것으로 나타나는데, 청구법인은 재산세 면제 토지는 BBB 병원 내 AAA대학교 의과대학 교수들의 연구실이거나 의과대학 실습실이라고 주장한다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

(가)「지방세특례제한법」제41조 제1항 및 제2항에서 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 재산세(도시지역분 및 지역자원시설세 포함)를 각각 면제한다고 규정하고 있고,「의료법」제3조 제1항에서 “의료기관”이란 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 의료업을 하는 곳을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 쟁점에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점건축물을 AAA대학교 의과대학병원이 의료업에 사용하는 부동산일 뿐 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산은 아니라는 의견이나,

쟁점건축물 중 AAA대학교 학생들이 사용하는 실습실은 당연히 학교 용도에 직접 사용하는 것에 해당하고, AAA대학교 의과대학의 교수 또는 전임교원들이 사용하는 연구실도 학교의 용도에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당한 점(행정자치부 제2004-286, 2004.9.23.),

쟁점건축물이 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당하려면 의료인이 의료행위를 할 수 있도록 공중 또는 특정 다수인에게 개방되어야 하고, 의료행위를 할 수 있는 시설을 갖추어야 하는데, 쟁점건축물은 여기에 해당하지 않는다고 보이는 점,

아울러, 처분청은 BBB병원에 있는 AAA대학교 의과대학 교수들의 연구실과 실습실을 학교가 해당 사업(교육)에 직접 사용하는 것으로 보아 재산세 등을 면제하고 있는 것으로 보이는데, 쟁점건축물에 있는 교수실(비서실 및 회의실 포함)과 실습실 등이 이와 다르다고 보기는 어려운 점 등에 비추어,

처분청이 쟁점건축물을 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다고 보아 그 취득세와 재산세(토지분 포함) 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.

(가)「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목에서 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 분리과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제5항제2호 가목에서 대통령령으로 정하는 분리과세대상 토지를 개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지로 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점에 대해 살피건대, 처분청은 OOO근린공원(도시계획시설)의 실시계획승인을 받은 사업시행자는 청구법인이 아니라 강남구청장이고, 청구법인과 서울특별시장이 쟁점2토지의 기부채납에 대한 약정을 체결했는지 여부가 불분명하므로 쟁점2토지를 분리과세대상으로 구분할 수 없다는 의견이나,

「지방세법 시행령」제102조 제5항 제2호 가목에서 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지라고 규정하고 있을 뿐 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로 규정하지는 않고 있는 점,

이 건 도시관리계획(서울특별시 고시 OOO)과 처분청이 OOO. 고시한 도시계획시설사업(OOO근린공원) 실시계획인가(강남구 고시 OOO)를 보면, 쟁점2토지는 OOO근린공원의 개발사업시행자인 강남구청장이 개발사업에 제공하는 공공시설용 토지로서 기부채납 해야 하는 토지라는 사실이 확인되는 점,

처분청은 쟁점2토지와 같이 OOO근린공원의 사업부지로서 이 건 도시관리계획에 따라 기부채납 대상인 서울특별시 강남구 OOO 토지 33,521㎡ 중 과세면제 면적(16,498㎡)을 제외한 17,023㎡를 분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과하고 있는 점 등에 비추어,

강남구청장이 OOO근린공원 조성 사업에 대한 실시계획 인가를 고시한 OOO 이후부터는 쟁점2토지를「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목에서 규정하고 있는 분리과세대상토지로 구분하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점2토지에 대해 부과한 재산세 등 OOO원 중 2020년도·2021년도 재산세 등은 분리과세대상으로 구분하여 산출한 세액을 정당세액으로 하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 본다.

(가)「지방세특례제한법」제41조 제7항 제1호에서 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 2024.12.31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30을 경감하되, 제178조 제1항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 쟁점에 대하여 살피건대, 이 건 도시관리계획(서울특별시 고시 OOO)에서 쟁점3토지(1,917㎡)를 종합의료시설(BBB병원) 부지로 편입하는 결정을 하였고, 청구법인은 2022.2.28. 쟁점3토지를 취득하였으므로 쟁점3토지는 의과대학의 부속병원이 의료업 직접 사용하기 위해 취득한 부동산으로 볼 수 있는 점,

청구법인은 쟁점3토지를 취득하기 전부터 4자 간 협의체를 구성하여 이 건 다목적관의 신축 관련 사항을 논의한 후 그 연결통로 부지인 쟁점3토지를 취득하였고, 그 이후 2022.7.19. 4자 간 협의체 회의에서 이 건 다목적관의 신축에 대해 참석자들이 동의하고, 강남구교육장이 서울특별시교육감에게 이 건 다목적관의 신축(축조) 승인 신청을 하도록 한 것으로 보아 청구법인으로서는 OOO중학교 학부모회가 그동안의 입장을 변경하여 이 건 다목적관의 신축을 반대할 것이라고 예상하기는 어려웠을 것으로 보이는 점,

강남교육장이 지방재정투자사업 심사를 받지 않은 상태에서 이 건 다목적관의 신축 승인 신청을 하였다는 사실을 청구법인이 사전에 알았다고 보이지는 않을 뿐만 아니라 서울특별시교육감이 이 건 다목적관의 신축 승인을 반려한 후 청구법인이 이에 대한 대책을 마련하지 않았다고 하더라도 이를 청구법인이 그 업무 등을 게을리한 것이라고 볼 수는 없는 점,

강남구교육장이 2023.8.23. 청구법인에게 지방재정투자사업 심사를 받기 전까지 이 건 다목적관의 신축 공사를 유예하자고 제안한 것으로 볼 때, 청구법인이 이 건 다목적관의 신축 사업을 예정대로 진행하지 못한 데에는 지방재정투자사업 심사를 등한시 한 강남구교육장의 귀책이 있었다고 볼 수밖에 없는 점,

쟁점3토지에 설치할 연결통로는 BBB병원 구내와 이 건 다목적관을 연결하는 시설이므로 이 건 다목적관을 신축할 수 없는 사유는 그 연결 통로를 설치할 수 없는 사유에도 해당하는 점,

이 건 병원용 건축물을 신축하기 위해서는 OOO중학교 내의 토목공사(어스 앵커 설치)가 선행되어야 하므로 청구법인이 해당 건축허가를 받았다고 하여, 그 즉시 이 건 병원용 건축물을 착공할 수는 없다고 보일 뿐만 아니라 이 건 다목적관 신축 공사를 착공하지 않은 이상 쟁점3토지에 연결통로를 조성할 수도 없다고 보이는 점 등에 비추어

청구법인(BBB병원)이 쟁점3토지를 그 유예기간 내에 의료업의 용도에 직접 사용하지 못한 데에는 청구법인으로서는 어떻게 할 수 없는 외부적 사유나 행정관청(강남구교육장)의 귀책이 있었다고 할 것이고, 이는「지방세법특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당한다고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 쟁점3토지에 대하여 경감한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(5) 쟁점④는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제106조[과세대상의 구분 등] ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것)

제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ①「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」 또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제42조제1항에 따른 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다.

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.(단서 생략)

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.

1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세

나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 : 100분의 50

2. 다음 각 목의 기간에 따라 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대한 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)

나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 : 100분의 50

제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(3) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다.

(4) 지방세법 시행령

제102조[분리과세대상 토지의 범위] ⑤ 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.

2.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」,「도시개발법」,「도시 및 주거환경정비법」,「주택법」등(이하 이 호에서 “개발사업 관계법령”이라 한다)에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 개발사업 관계법령에 따라 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지

(5) 의료법

제3조[의료기관] ① 이 법에서 “의료기관”이란 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료ㆍ조산의 업(이하 “의료업”이라 한다)을 하는 곳을 말한다.

(6) 지방재정법 시행령

제41조[재정투자사업에 대한 심사] ①지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 투자사업에 대해서는 법 제37조에 따른 심사(이하 “투자심사”라 한다)를 하여야 한다. 다만, 재해복구 등 원상복구를 목적으로 하는 사업과 행정안전부령으로 정하는 사업은 그러하지 아니하다.

1. 시ㆍ도 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

가. 총사업비 40억원 이상의 신규 투자사업

(7) 지방재정투자사업 심사규칙

제3조[투자심사의 구분 등] ①투자심사의 구분 및 심사대상사업의 범위는 다음 각 호와 같다.

② 다음 각 호의 투자사업에 대하여는 이 규칙에서 정한 심사기준 및 절차 등에 관한 규정을 적용하지 아니할 수 있다.

1. 신규투자사업이 아닌 사업

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

라. 사업비 전액이 민간자본 또는 외국자본인 사업

제4조[투자심사의 절차 등] ① 투자심사는 다음 회계연도부터 시행하는 사업을 대상으로 하되, 해당 사업계획 수립 후 기본설계 용역 전(기본설계를 생략하는 경우에는 실시설계 용역 전을 말한다)에 하여야 한다.

(8) 지방교육행정기관 재정투자사업심사지침, 2019.2. 교육부

① 심사대상

○ 세출예산구조 상 세부사업의 사업예산에 해당하는 투자성 사업·행사성 사업 및 현물이 출자(투자)되는 사업으로서 총사업비가 일정 규모 이상인 신규 투자사업

○ 총사업비에는 용지비, 보상비, 설계비, 입찰공고비, 시설부대경비, 장비 구축·구입비 등 투자 사업 및 행사성사업과 관련한 모든 경비를 포함

- 지자체(시·도교육청 포함) 및 민간이 재원을 부담하거나 시·도교육청 공유재산(토지)을 활용하는 경우에도 해당 비용을 총사업비에 포함