이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.2.20., 2020.2.21. 경기도 화성시 OOO(공동주택 신축 후 반월동 974로 지번 변경, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2025.1.15. 이 건 토지 중 56,974㎡(이하 “쟁점토지”라한다)는 그 취득 당시 현황이 농지이므로「지방세법」제11조 제7항 가목의 세율(1천분의 30)을 적용하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2025.3.7. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 취득세는 특정 시점의 “취득”이라는 사실에 따라 과세하는 거래세로서, 과세요건은 취득 시점에 확정되는 것일 뿐 그 이후 이용 목적에 따라 과세요건이 달라지는 것은 아니다.

(2)「지방세법 시행령」제13조에서 취득세는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상 현항에 따라 부과한다고 규정하고 있고, 제21조에서 농지의 범위를 취득 당시로 규정하고 있음을 볼 때, 그 취득 목적을 고려하여 취득세율을 달리 적용하는 것은 위법하다.

(3) 처분청이 제출한 이 건 토지에 대한 ‘취득신고 및 자진납부세액계산서’와 청구법인과 처분청이 제출한 이 건 토지 일대 항공사진(2018년 가을, 2019.4.7. 촬영) 등을 보면, 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시 공장용지인 경기도 화성시 OOO를 제외한 쟁점토지(경기도 화성시 OOO)는 모두 그 지목과 현황이 농지라는 사실이 확인된다.

(4) 또한, 처분청은 쟁점토지에 대한 2020년도 재산세 등을 부과하면서, 그 면적의 3분의 2는 도시지역 내 농지로 보아 종합합산과세대상으로 구분하고, 나머지 3분의 1은 개발사업에 제공하는 토지로 보아 분리과세대상으로 구분하였고, 청구법인이 쟁점토지에 있는 지장물 등에 대한 보상가액을 산정하고자 실시한 감정평가에서 쟁점토지의 일부에 비닐하우스, 과수 등이 있는 것으로 나타나며, 나머지 토지는 그 현황이 전·답이라 그 지상에 보상할 만한 지장물이 없는 것을 보면, 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시 쟁점토지는 그 지목과 현황이 모두 농지라는 사실이 입증된다고 할 것이다.

(5) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2020.2.28. 한국농어촌공사에 농지보전부담금을 완납하고, 그 이후 2020.4.17. 그 지상에 공동주택을 신축하였는바, 이는 농지보전부담금을 완납하기 전까지 쟁점토지가 농지라는 사실을 반증하는 것이다.

(6) 청구법인은 이 건 토지 일대에 공동주택을 신축하는 주택건설사업을 시행하기 위하여 2017.2.22.부터 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였으나 쟁점토지가 농지에 해당하여 취득을 완료하지 못하다가 2020.2.13. 처분청으로부터 주택건설사업계획 승인을 받고, 쟁점토지를 취득한 것이므로, 청구법인 어떤 목적으로 쟁점토지를 취득하였는가에 관계 없이 그 취득 당시 현황은 농지라 할 것이다.

(7) 끝으로, 청구법인은 이 건 토지에 공동주택을 신축한 후, 쟁점토지에 대하여 조성공사비용 등과 농지보전부담금을 합한 금액을 과세표준으로 하여 지목변경에 따른 취득세 등을 신고·납부하였으므로 청구법인이 취득할 당시 쟁점토지가 대지 또는 나대지 등에 해당하였다면 청구법인 입장에서는 농지보전부담금 뿐만 아니라 지목변경에 따른 취득세 등을 납부할 이유가 없음을 볼 때, 쟁점토지에 대하여는 농지 취득에 따른 취득세율을 적용하는 것이 타당하므로 이 건 취득세 등의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 농지보전부담금을 납부하였다고 하여 해당토지가 농지가 아니라고 볼 수 없고, 농지전용허가를 받았다고 해서 그 즉시 농지의 지목이 변경되는 것이 아니라고 주장하나, 농지보전부담금은 식량자급 기반 유지 및 우량농지 보전을 위하여 농지전용허가 등을 받은 자에게 농지를 보전·관리 및 조성에 소요되는 비용을 부담하게 하는 데에 그 목적이 있는바, 처분청이 2019.1.14. 청구법인에게 쟁점토지에 대하여 농지보전부담금을 부과한 사실을 볼 때, 청구법인이농작물의 경작하기 위하여 쟁점토지를 취득한 것이 아니라는 사실이 입증된다.

(2) 또한, 청구법인은 이 건 토지 일대를 사업부지로 하여 주택건설사업계획 승인을 받은 것과 쟁점토지가 취득 당시 농지라는 사실을 아무런 관련이 없다고 주장하나, 청구법인은 이 건 토지를 취득하기 직전인 2020.2.13. 처분청으로부터 주택건설사업계획 승인(화성시 주택과-OOO)을 받았으므로 쟁점토지의 취득은 농지의 취득이 아니라고 보는 것이 타당하다.

(3)「지방세법 시행령」제13조에서 부동산 등은 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다고 규정하고 있고, 같은 영 제21조에서 ‘농지’를 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지라고 규정하고 있으며,

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하므로 쟁점토지를 농지로 보아 농지 취득에 따른 취득세율을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(4) 청구법인은 쟁점토지의 2020년도 재산세 과세내역서에도 쟁점토지의 공부상 지목과 현황을 모두 전·답으로 기재하였다고 주장하나

그 항공사진을 보면, 쟁점토지는 사실상 공지로 나타나고, 쟁점토지에 대한 감정평가서나 매매계약서 등에 수목 등에 대한 가액이 기재되어 있다고 하더라도 수목은 농작물이 아니므로 수목이 존재한다고 하여 이를 농지로 볼 수는 없을 뿐만 아니라 해당 수목의 취득가격을 알 수 있는 구체적 입증자료를 제출하지 않았다.

(5) 끝으로, 청구법인이 제출한 항공사진은 2018년도 가을에 촬영한 것이고, 처분청이 제출한 항공사진은 2019.4.7. 촬영한 것으로, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 2020년 2월과는 상당한 시간적 차이가 있을 뿐만 아니라 2020.4.26. 촬영한 항공사진에는 쟁점토지 대부분이 공지로서 단단하게 다져진 것으로 나타나고 있음을 볼 때, 처분청이 쟁점토지를 농지가 아닌 것으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 농지로 보아「지방세법」제11조 제1항 제7호 가목의 취득세율(1천분의 30)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 30

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

(2) 지방세법 시행령

제13조[취득 당시의 현황에 따른 부과] 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다. 다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 따라 부과한다.

제21조[농지의 범위] 법 제11조 제1항 제1호 각 목 및 같은 항 제7호 각 목에 따른 농지는 각각 다음 각 호의 토지로 한다.

1. 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지. 이 경우 농지 경영에 직접 필요한 농막(農幕)ㆍ두엄간ㆍ양수장ㆍ못ㆍ늪ㆍ농도(農道)ㆍ수로 등이 차지하는 토지 부분을 포함한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2017.2.22., 2017.5.16., 2019.12.28., 2020.2.21. 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였는데, 그 중 경기도 화성시 OOO의 매매계약서를 보면, 매매가격 OOO원에 수목에 대한 비용 OOO원이 포함되어 있다.

(나) 처분청은 2019.1.14. AAA도시개발사업조합에게 이 건 토지에 대한 농지보전부담금 OOO원(쟁점토지 OOO원)을 납부하도록 하였고(징수권자 한국농어촌공사)하였고, 청구법인(AAA도시개발사업조합의 조합원)은 2019.1.24. 농지보전부담금 1차분 OOO원을 납부하였다.

(다) 처분청은 2020.2.13. 이 건 토지(57,577㎡) 일대 63,066.9㎡에 청구법인이 공동주택용 건축물 190,612㎡(1,297세대)를 신축하는 주택건설사업계획을 승인하였다.

(라) AAA도시개발사업조합은 2020.2.14. 이 건 토지에 있는 지장물 등에 대한 보상가액을 평가하기 위하여 주식회사 OOO감정평가법인에게 감정평가를 의뢰하였고, OOO감정평가법인이 제출한 감정평가서를 보면, 경기도 화성시 OOO에는 자동화보온시설과 비닐하우스가 있고, 같은 동 OOO에는 농막 등이 있으며, 같은 동 OOO에는 매실나무(46주), 대추나무(8주), 감나무(15주), 포도나무(4주), 호두나무(1주), 두릅나무(10주)가 있는 것으로 나타난다.

또한, 경기도 화성시 OOO에는 비닐하우스와 농업용 관정이 있고, 같은 동 OOO에는 매실나무(13주), 배나무(96주), 복숭아나무(7주)가 있으며, 같은 동 OOO에는 비닐하우스와 농업용 관정이 있고, 같은 동 OOO에는 비닐하우스가 있으며, 나머지 토지에는 지장물이 없는 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 2020.2.20., 2020.2.21. 이 건 토지(쟁점토지 포함)를 취득한 후 아래 ＜표＞와 같이 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였으며, 2020.2.28. 농지보전부담금 2차분 OOO원을 납부(완납)하였다.

＜표＞ 이 건 토지에 대한 농지보전부담금 및 취득세 등 납부 내역

○○○

(바) ＜표＞에서 경기도 화성시 OOO 토지와 같은 동 OOO 토지 일부는 농지보전부담금이 부과되지 않는 기부채납대상이고, 하우스는 농작물 재배용 비닐하우스를 말하는 것이며, 지목과 현황은 처분청이 작성한 ‘취득 신고 및 자진납부세액계산서’에 기재된 것이다.

(사) 주식회사 OOO신탁(청구법인의 수탁자)은 2020.4.17. 이 건 토지 일대에 공동주택용 건축물 신축공사를 착공하여, 2023.2.23. 처분청으로부터 공동주택(OOO아파트)의 사용승인을 받았으며,그 후 공동주택용 건축물의 신축에 따른 취득세 뿐만 아니라 이 건 토지의 소유자의 지위(수탁자)에서 쟁점토지에 대한 농지보전부담금 등을 과세표준으로 하여 산출한 지목변경 취득세도 납부하였다.

(아) 청구법인이 제출한 항공사진(2018년 가을 촬영, 출처 네이버)을 보면, 쟁점토지 중 논은 추수를 마친 상태이고, 밭의 경우에는 농작물(비닐하우스 포함)이 심어져 있거나 경작으로 마친 것으로 보이고, 처분청이 제출한 항공사진(2019.4.7. 촬영)을 보면, 논의 경우 모내기를 하지 않은 상태이나 경지 정리를 한 것으로 보이고, 밭은 농작물이 심어져 있거나 밭갈이를 마친 상태로 보인다.

(자) 한편, 2020년 여름에 이 건 토지 일대를 촬영한 항공사진(출처 네이버)을 보면, 이 건 토지의 경우 공동주택을 신축하기 위한 부지 조성 공사가 거의 끝난 상태로 농작물을 재배한 흔적은 보이지 않는다.

(차) 처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 ‘취득 신고 및 자진납부 세액계산서’에는 쟁점토지의 지목과 현황이 모두 전·답으로 기재되어 있고, 그 재산세 과세내역서(2020년도분)를 보면, 처분청은 쟁점토지 면적의 3분의 2에 대해서는 도시지역 내의 농지로 보아 종합합산과세대상으로, 나머지 3분의 1에 대해서는 도시개발사업의 시행자가 도시개발사업에 제공하는 주택건설용 토지로 보아 분리과세대상으로 구분한 것으로 나타난다.

(2)「지방세법」제11조 제1항 제7호에서 농지에 대해서는 1천분의 30을 농지 외의 것에 대해서는 1천분의 40을 취득세율로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제13조에서 부동산은 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과하되, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 따라 부과한다고 규정하고 있으며,

같은 영 제21조 제1호에서 취득 당시 공부상 지목이 논, 밭 또는 과수원인 토지로서 실제 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배지로 이용되는 토지(농지 경영에 직접 필요한 농막ㆍ두엄간ㆍ양수장ㆍ못ㆍ늪ㆍ농도ㆍ수로 등이 차지하는 토지 부분을 포함)를「지방세법」제11조 제7호 나목에 따른 농지로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대,「지방세법 시행령」제13조에서 부동산은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 해당 농지의 취득 목적이나 향후 사용 용도에 따라 그 세율을 달리한다고 규정하지는 않은 점,

쟁점토지의 경우 공부상 지목이 농지라는 사실은 다툼이 없고, 처분청이 제출한 이 건 토지 일대의 항공사진(2019.4.7. 촬영)에서 쟁점토지에 벼 또는 밭작물 등을 재배하기 위하여 경지 정리를 마친 것으로 확인되며, 청구법인은 그 이듬해 겨울에 쟁점토지를 취득한 것을 고려하면 쟁점토지는 청구법인이 취득하기 전까지 농지로 이용되었다고 볼 수 있는 점,

처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 ‘취득 신고 및 자진납부 세액계산서’에 쟁점토지의 지목과 현황이 모두 농지(전 또는 답)으로 기재되어 있고, 2020년도 재산세 과세내역서(2020.6.1. 현재)를 보면, 처분청은 쟁점토지 면적의 3분의 2에 대하여 도시지역 내 농지로 보아 종합합산과세대상으로 구분한 것으로 나타나는 점,

아울러, 이 건 토지의 수탁자인 주식회사 OOO신탁은 쟁점토지에 대한 농지보전부담금 등을 과세표준으로 하여 지목변경에 따른 취득세 등도 납부한 것으로 나타나는 점 등에 비추어,

처분청이 쟁점토지를 농지가 아닌 것으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.`