이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.11.29.∼2019.2.15. 경상남도 김해시 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 2021.2.15. 및 2021.2.22. 쟁점토지에 대한 취득세 등 합계 OOO원을 기한 후 신고·납부하였으며, 2021.6.30.∼2022.9.27. 경상남도 김해시 OOO(이하 “이 건 토지”라 하고, 쟁점토지와 합하여 “이 건 사업부지”라 한다)를 취득하고, 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여「지방세특례제한법」제14조 제3항(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따라 그 취득세를 면제받았다.

나. 청구법인은 이 건 토지를 취득하고 유예기간(1년) 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못했다면서 「지방세법」제20조 제3항 및 「지방세특례제한법」제178조 제1호(이하 “이 건 추징규정”이라 한다)에 따라 2022.12.8. 및 2023.10.18. 기 면제받은 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 이후, 청구법인은 2024.1.26. 이 건 감면규정을 적용하여 이 건 사업부지에 대한 취득세 등을 환급해달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.3.25. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.20. 이의신청을 제기했고, 경상남도지사는 2024.8.13. 쟁점토지의 경우 취득 전부터 존재했던 법령상 장애사유가 해소되지 않아 유예기간을 넘기게 된 것이므로, 정당한 사유를 인정하지 않았으나, 이 건 토지의 경우 취득 전에 법령상 장애사유가 해소되었을 뿐만 아니라 청구법인이 고유업무에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다했다고 보아 청구주장을 인용하였고, 청구법인은 쟁점토지에 대한 경정청구 거부처분에 대하여 2024.11.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

먼저, 청구법인은 국비지원 사업자로 선정되어 쟁점토지 등에 화훼종합유통센터를 건축하였고, 해당 센터는 영남권 화훼유통구조를 개선하여 화훼가격 안정유지, 출하 물류비용 절감 등으로 화훼농가를 지원하기 위한 것으로, 그 공익성이 매우 크다고 할 것이다.

청구법인이 2018.9.20. 농림축산식품부의 사업 공모에 참여하면서 당시 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」(이하 “개발제한구역법”이라 한다) 상 유통센터를 지을 수 없다는 사실을 알고 있었다. 그러나 당시 청구법인 뿐만 아니라 처분청과 농림축산식품부 모두 이 건 사업부지에 유통센터를 건축하는 것이 필요하다는 데에 공감하고 있었고, 청구법인과 처분청이 협조하여 법령상 장애사유를 해소하기 위하여 부단히 노력하여 2020.2.18. 개발제한구역법 시행령이 개정되어 법령상 장애사유가 해소되었다. 다만, 이후에도 사업부지를 추가로 매입해야 했고, 지반침하 등의 사유로 사업이 지연되었으나, 청구법인의 노력으로 2024.6.10. 처분청으로부터 건축허가를 받을 수 있었다. 아울러, 경상남도지사도 이러한 청구법인의 사업추진 노력을 인정하여, 이 건 토지에 대해서는 유예기간을 넘기게 된 데에 정당한 사유가 있다고 인정하였다.

결국, 청구법인은 법령상 장애가 충분히 해소될 가능성이 있었고, 실제 해소를 위해 노력하여 이를 해소하였으나, 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 사용하지 못한 것이므로, 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점토지에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 쟁점토지를 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 못한 사유는 개발제한구역법 시행령이라는 법령상의 장애사유 때문이었고, 청구법인이 2018년 9월경 직접 작성한 사업계획서에도 이러한 법령상의 장애사유가 존재한다는 사정이 기재되어 있는 점을 고려하면, 청구법인도 이러한 사정을 잘 알면서 쟁점토지를 취득한 것이다.

한편 개발제한구역법 시행령이 2020.2.21. 개정되었는바, 위와 같은 법령상의 장애사유가 유예기간 내내 존재하였음으로 인하여 청구법인은 쟁점토지의 취득일인 ‘2018.11.29.부터 2019.2.15.까지’로부터 1년이 경과할 때까지 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니하였음이 분명하다고 할 것이다.

따라서 법령상의 장애사유를 알고 취득한 경우 그 법령상의 장애사유의 존재는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없음이 분명한바, 결국 청구인에게는 정당한 사유가 존재하지 않는다고 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 이 건 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 화훼업, 채소업 등을 경영하는 조합원의 경제적·사회적·문화적 지위 향상을 목적으로 설립된 법인으로 농림축산식품부가 2018년 9월 공모한 화훼종합유통센터 건립 사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)에 선정되었다.

(나) 청구법인과 처분청은 2018년 3월 농림축산식품부에 이 건 사업 타당성 용역결과를 제출하였고, 국토교통부에 방문하여 개발제한구역 내 유통시설 설치 여부에 대하여 논의하였다.

(다) 농림축산식품부는 2018년 9월 이 건 사업의 시행자를 공모하였는데, 해당 공고문에는 사업 목적을 ‘전국 4대 화훼거점 종합유통센터를 건립하여 유통개선 및 농가 소득 증대’로, 지원 내용은 ‘토목·건축·설비 공사비 OOO원(자부담 29% 포함)’으로, 사업 완료 시기는 2020년 12월로 되어 있다.

(라) 청구법인은 2018.9.20. 처분청 등에 이 건 사업에 대한 계획서를 제출하였는데, 해당 계획서에는 부지 면적이 49,175㎡로, 시설 규모는 11,005.55㎡로, 총 사업비는 OOO원(보조금 OOO원, 부지 매입비 OOO원)으로 되어 있고, 2020.3.1. 착공하여 2020.12.31.까지 건축하는 것으로 되어 있으며, 사업예정지는 개발제한구역 내에 위치한 것으로 되어 있다.

(마) 개발제한구역법 시행령이 2020.2.21. 개정되면서 이 건 사업부지가 소재한 지역에 화훼, 과일 등의 품목 조합도 공판장을 설치하는 것이 가능하게 되었고, 경상남도지사는 2020년 12월 김해 화훼유통센터에 대한 개발제한구역 관리계획 변경을 고시한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 2021년 9월 이 건 사업부지에 대한 행위허가(연약지반 처리 행위)를 받았고, 2021년 12월 AAA산업과 토목공사 계약을 체결하였으며, 2022년 1월 BBB종합건설과 건축공사 계약을 체결하였고, 2022년 2월부터 토목공사를 시작하여 2024년 6월에 건축허가를 받은 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 쟁점토지를 취득한 것이므로, 그 취득세 등은 이 건 감면규정에 따라 면제되어야 하고, 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하기 위해서 개발제한구역법령을 개정하는 등 진지한 노력을 다했으므로, 이 건 추징규정에 따른 추징사유에도 해당하지 않는다고 주장한다.

그러나 청구법인은 쟁점토지를 취득할 당시부터 감면목적의 달성이 원시적으로 불가능한 상황이었던 것으로 보이므로, 쟁점토지에 대하여 이 건 감면규정을 적용할 수는 없다.

구체적으로 보면, 법령상 제한 및 장애로 인해 취득 당시부터 감면목적의 달성이 원시적으로 불가능한 경우, 취득 후에 해당 법령이 개정되어 감면목적대로 사용할 수 있게 되었다 하더라도 이미 성립한 납세의무에 영향을 줄 수 없고(대법원 2012.4.26. 선고 2012두232 판결, 대법원 2018.9.13. 선고 2015두57345 판결, 같은 뜻임), ‘원시적 불능’은 절대적ㆍ물리적으로 불가능한 상황뿐만 아니라 사회생활상 경험칙 등에 비추어 볼 때 실현을 기대할 수 없는 경우도 포함된다고 할 것이다(대법원 2020.12.10. 선고 2019다201785 판결, 같은 뜻임).

이 건 감면규정 및 이 건 추징규정의 문언에 비추어, 이 건 감면규정은 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하는 것에 대해서 취득세를 면제해주기 위한 목적에서 마련된 것으로 보인다. 그런데 개발제한구역법 제12조 제1항은 쟁점토지와 같은 개발제한구역에서 건축행위를 할 수 없도록 규정하고 있고, 청구법인도 해당 규정 탓에 유예기간 내에 건축허가조차 받지 못한 점을 고려하면, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 해당 토지를 그 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하는 것은 현실적으로 불가능했던 것으로 보인다. 설령, 유예기간 경과 후에 청구법인의 노력 등으로 개발제한구역법령이 개정되어 쟁점토지에 화훼유통센터를 신축하였다 하더라도, 이러한 사정이 취득 당시를 기준으로 지방세관계법령에 따라 성립한 조세채권에 영향을 미친다고 보기도 어렵다.

따라서 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2018.9.21. 법률 제15523호로 일부개정된 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합, 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합, 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법

제12조(개발제한구역에서의 행위제한) ① 개발제한구역에서는 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목(竹木)의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위 또는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제11호에 따른 도시ㆍ군계획사업(이하 “도시ㆍ군계획사업”이라 한다)의 시행을 할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)의 허가를 받아 그 행위를 할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물이나 공작물로서 대통령령으로 정하는 건축물의 건축 또는 공작물의 설치와 이에 따르는 토지의 형질변경

가. 공원, 녹지, 실외체육시설, 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 설치하는 노인의 여가활용을 위한 소규모 실내 생활체육시설 등 개발제한구역의 존치 및 보전관리에 도움이 될 수 있는 시설

나. 도로, 철도 등 개발제한구역을 통과하는 선형(線形)시설과 이에 필수적으로 수반되는 시설

다. 개발제한구역이 아닌 지역에 입지가 곤란하여 개발제한구역 내에 입지하여야만 그 기능과 목적이 달성되는 시설

라. 국방ㆍ군사에 관한 시설 및 교정시설

마. 개발제한구역 주민과 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업의 추진으로 인하여 개발제한구역이 해제된 지역 주민의 주거ㆍ생활편익ㆍ생업을 위한 시설

(3) 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령(2020.2.21. 대통령령 제30425호로 개정된 것)

제13조(허가 대상 건축물 또는 공작물의 종류 등) ① 법 제12조 제1항 제1호에 따른 건축물 또는 공작물의 종류, 건축 또는 설치의 범위는 별표 1과 같다.

[별표 1]

시설의 종류

건축 또는 설치의 범위

1. ~ 4. 생략

생략

5. 개발제한구역 주민의 주거·생활편익 및 생업을 위한 시설

가) ~ 라) 생략

가. ~ 라. 생략

생략

마. 주민 공동이용시설

생략

1) ~ 3) 생략

생략

4) 공판장 및 화훼전시판매시설

가) 공판장은 해당 지역에서 생산되는 농산물의 판매를 위하여 「농업협동조합법」 제2조제1호에 따른 조합이 설치하는 경우(같은 조 제3호에 따른 품목조합이 임야에 설치하는 경우는 제외한다)만 해당한다.

(4) 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령(2020.2.21. 대통령령 제30425호로 개정되기 전의 것)

제13조(허가 대상 건축물 또는 공작물의 종류 등) ① 법 제12조 제1항 제1호에 따른 건축물 또는 공작물의 종류, 건축 또는 설치의 범위는 별표 1과 같다.

[별표 1]

시설의 종류

건축 또는 설치의 범위

1. ~ 4. 생략

생략

5. 개발제한구역 주민의 주거·생활편익 및 생업을 위한 시설

가) ~ 라) 생략

가. ~ 라. 생략

생략

마. 주민 공동이용시설

생략

1) ~ 3) 생략

생략

4) 공판장 및 화훼전시판매시설

가) 공판장은 해당 지역에서 생산되는 농산물의 판매를 위하여 「농업협동조합법」에 따른 지역조합이 설치하는 경우만 해당한다. 다만, 수도권 또는 광역시에 설치하는 공판장은 다음의 기준에 모두 적합하여야 한다.

(4) 농업협동조합법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “조합”이란 지역조합과 품목조합을 말한다.

2. “지역조합”이란 이 법에 따라 설립된 지역농업협동조합과 지역축산업협동조합을 말한다.

3. “품목조합”이란 이 법에 따라 설립된 품목별ㆍ업종별 협동조합을 말한다.

4. “중앙회”란 이 법에 따라 설립된 농업협동조합중앙회를 말한다.