이유
1. 처분개요
가. AAA 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)는 충청북도 보은군 OOO 내에 소재한 아래 ＜표1＞의 부동산을 분양을 원인으로 취득한 후, 같은 날 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목, 「충청북도 도세 감면조례」(2016.5.24. 충청북도조례 제 3920호로 개정된 것) 제12조 및 「충청북도 도세 감면조례」(2017.5.18. 충청북도조례 제 4028호로 개정된 것) 제11조에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등의 100분의 75를 경감받았다.
＜표1＞ 쟁점부동산 취득 내역
○○○
나. 청구법인은 2017.11.16. 피합병법인을 흡수합병함에 따라, 이 건 토지를 취득한 후, 2017.12.27. 이 건 토지의 시가표준액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제15조 제1항 제3호의 법인의 합병으로 인한 세율특례를 적용하여 산출한 세액을「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제57조의2 제1항의 합병에 따라 양수하는 사업용 재산으로 하여 면제받았고, 2018.1.3. 이 건 토지를 청구법인 명의로 소유권이전등기하였다.
다. 청구법인은 2018.11.15. 충청북도 보은군 OOO(이하 “이 건 외 토지”라 한다)를 분양을 원인으로 취득한 후, 같은 날「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목 및「충청북도 도세 감면 조례」제11조에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등의 100분의 75를 경감받았다.
라. 이후, 처분청은 ‘이 건 토지’ 및 ‘이 건 외 토지’ 지상의 공장용 건축물이 2022.2.14. 사용승인을 받은 사실을 확인하고, 피합병법인 및 청구법인이 이 건 토지를 정당한 사유없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호의 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2023.8.21. 청구법인에게 이 건 토지 및 이 건 외 토지에 대하여 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)을 부과·고지하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.14. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 일부 인용결정(‘이 건 외 토지’에 대한 취득세 등을 취소)을 하였고, 처분청은 이 건 부과처분을 OOO원으로 경정하고 그 차액을 청구법인에게 환급하였다.
바. 청구법인은 2024.12.3. 이 건 부과처분이 제척기간을 경과하여 이루어졌다는 취지로 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.1.13. 이를 거부하였다.
사. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2025.6.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 최근 판례(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결, 이하 “이 건 판례”라 한다)에 따르면, 증액경정처분에 대한 불복기간의 경과 여부에 상관없이 당초 신고에 대한 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있으므로, 이 건 경정청구는 적법하다.
이 판결의 요지는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도, 5년의 경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사하는 데에 아무런 영향이 없다는 것이고, 판결의 내용을 살펴보면 과세관청은 납세자의 신고나 과세관청의 부과처분에 오류탈루가 있는 경우 부과제척기간 도과 전까지는 언제든지 횟수에 제한을 받지 않고 과세처분과 세액의 증액 또는 감액 경정처분을 할 수 있음을 알려주고 있는 것이다.
위 판례에 비추어 볼 때 이 건 경정청구의 거부처분에 대한 처분성을 더 이상 부인해서는 안 된다.
(2) 추징사유가 발생하여 추징사유일로부터 5년 내에 부과하는 것인데, 이 건 부과처분은 2016년∼2017년에 취득한 토지에 대한 것이므로 그 부과제척기간은 2022년 만료되어, 2023년 8월의 이 건 부과처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인이 제시한 판례에서 “과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도, 5년의 경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사할 수 있다”고 하였으나, “증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 증가된 과세표준 및 세액에 관하여는 다툴 수 없고 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있다”고 하였다.
이는 당초 신고 이후 불복청구 기간 내에서 증액결정처분의 불복청구기간이 경과한 후에도 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여 경정청구를 할 수 있다는 내용으로, 청구법인이 위 판결을 근거로 증액된 부분까지 불복기간이 경과된 후에 경정청구를 함으로써 다툴 수 있다고 하는 주장은 판결의 법리를 잘못 해석한 것으로 청구법인의 주장은 타당성이 없다.
(2) 이 건 부과처분은 청구법인이 이 건 토지를 취득 후 정당한 사유없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호의 추징사유가 발생함에 따른 처분으로, 청구법인은 추징사유 발생일(2019.12.30. 및 2020.10.27.)로부터 60일(2020.2.27. 및 2020.12.25.) 이내에 추징세액을 신고·납부하였어야 함에도, 청구법인이 신고납부를 하지 아니하였으므로 처분청은 그 신고기한의 다음날(2020.2.28. 및 2020.12.26.)부터 7년간 추징세액을 부과할 수 있다. 따라서 처분청이 2023.8.21. 한 이 건 부과처분은 부과제척기간 내에 이루어진 처분이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
이 건 심판청구가 적법한지 여부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 법인등기사항전부증명서에 따르면, 피합병법인은 1990.9.13. 충청남도 천안군 OOO을 본점으로 하고, 건설기계장비 제조업, 각 항의 장비 보수 유지 및 관리업 등을 목적사업으로 하여 1990.9.13.에 설립되었고, 2017.11.16. 청구법인에게 흡수합병되어 2017.11.20. 해산된 사실이 나타난다.
(나) 청구법인은 2004.4.27. 서울특별시 서초구 OOO을 본점으로 하고, 부동산개발, 운영 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2017.11.16. 피합병법인을 합병하면서 건설장비 운영업, 건설 및 토목공사용 기계장비 임대업, 기계장비 제조업 등을 목적사업에 추가한 사실과, 2017.11.17. 충청남도 천안시 OOO로 본점을 이전하였다가, 2022.8.22. 본점을 현재 소재지인 충청북도 보은군 OOO으로 이전한 사실이 나타난다.
(다) 영동세무서장이 2022.9.20. 발행한 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 2004.4.20. 개업하였고, 사업장소재지는 충청북도 보은군 OOO이며, 업태는 부동산, 제조업, 도소매, 서비스 등이고, 종목은 부동산개발, 컨설팅, 건설기계장비제작, 상품중개업, 건설장비 임대업, 건설기계수리, 매니지먼트인 사실과 해당 사업자등록증이 주소정정을 이유로 재발급된 사실이 나타난다.
(라) 등기사항전부증명서에 의하면 이 건 토지는 2016.12.29. 및 2017.10.26. 매매를 원인으로 피합병법인 명의로 소유권이전등기 되었다가, 2018.1.3. 합병을 원인으로 청구법인 명의로 다시 소유권이전등기된 것으로 나타난다.
(마) 처분청 문서(처분청 OOO)에 의하면, 기존 건축허가 사항이 청구법인을 건축주로 하여, 이 건 토지 및 이 건 외 토지 지상에 건축 연면적 6,279.19㎡ 규모의 공장용 건축물 3개동에 대한 건축허가로 변경된 사실이 나타나고, 건축물대장 총괄표제부에 의하면, 해당 공장용 건축물은 2018.12.13. 착공되어, 2022.2.14. 사용승인된 사실이 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 판례를 근거로 하여 이 건 부과처분에 대한 경정청구를 허용해야 한다고 하면서, 이 건 부과처분은 제척기간을 경과한 것이라서 해당 세액을 환급해야 한다고 주장한다.
그러나 이 건 부과처분은 청구법인이 취득세를 경감받은 후에 추징 대상이 되었음에도「지방세법」제20조 제3항에 따른 신고·납부의무를 이행하지 아니함에 따라 이루어진 것임에 반해, 경정청구는 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자 또는 기한후 신고서를 제출한 자에 한해서 제기할 수 있는 것이므로, 청구법인의 무신고에 따라 이루어진 이 건 부과처분에 대한 경정청구는 허용될 수 없다.
한편, 이 건 판례는 감액경정청구에 대한 거부처분을 다툼에 있어서 불복기간이 경과된 증액경정처분의 사유에 대해서도 당초 신고·납부한 세액을 한도로 하여 다툴 수 있다는 것일 뿐, 납세자의 무신고에 따라 이루어진 부과처분과는 무관한 판례이므로, 이 건 심판청구에 원용할 수 없다.
따라서 이 건 경정청구는 부적법한 청구에 해당하고, 이에 대한 거부통지는 민원회신에 불과한 것이라서 불복의 대상이 되는 처분으로 볼 수는 없으므로, 이 건 심판청구는 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적법한 청구로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법
제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
(2) 지방세법
제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
(3) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것)
제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역
가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지
나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역
다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지
2. 경감 내용
가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(4) 충청북도 도세 감면조례(2016.5.24. 충청북도조례 제 3920호로 개정된 것)
제11조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조제8항 전단에서 “조례로 정하는 율”이란 다음 각 호와 같다.
1. 법 제78조 제4항 제2호 가목 : 100분의 25
2. 법 제78조 제4항 제2호 나목 : 100분의 15