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예규·판례
청구인이 쟁점주식을 취득함에 따라 과...
심판청구
청구인이 쟁점주식을 취득함에 따라 과점주주가 되었다고 보아 과점주주 간주취득세를 부과한 처분의 당부
조심-2025-지-0596생산일자 2025.11.24.
AI 요약
요지
구체적으로 입증할 수 있는 법원의 확정판결이나 공증된 약정서 등이 제출되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점부동산에 대한 과점주주 간주취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
상세내용

이유
1. 처분개요

가. 주식회사 OOOOOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)은2019.8.21. 주택건설사업을 위해 서울특별시 종로구 OOO 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하고 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2024.6.14.~2024.6.24. 기간 동안 쟁점법인에 대한 지방세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 2022.11.2. 쟁점법인의 발행주식 총 OOO주(1주당 OOO원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양수하여, 「지방세법」 제7조 제5항에 따라 청구인에게 쟁점법인의 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립한다고 보아, 2024.10.7. 청구인에게 취득세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2018년경 법인을 설립하여 사업을 하려고 하였으나, 당시 개인회생 신청중에 있어 신설 법인의 대표이사 및 주주로 등재되기에는 신용상 어려움이 있었다. 그래서 청구인은 법인을 설립하면서 당시 지인 BBB에게 명의를 빌려줄 것을 부탁하였고, BBB이 동의하여 그 명의를 신탁하여 차명으로 주주명부에 등재하였다

이후 청구인은 BBB과 주식양도양수계약(이하 “이 건 주식계약”이라 한다)을 체결하고 BBB로부터 쟁점주식을 양도받았으나 그 대가로 양수도대금을 지급한 사실이 없다.

즉, 이 건 주식계약은 실질적인 주식 양수도를 목적으로 작성된 것이 아니라 행정관청 및 금융기관에 제출하기 위해 청구인과 BBB이 외형상 거래구조 형성을 위하여 작성한 형식적 서류에 불과하다.

만일, 통상적인 제3자간 정상적인 주식양수도 계약이라면 주식매매대금 지급과 관련된 구체적이고 중요한 사항(양수대금 이체 시기, 지급 방법, 양수인의 계좌정보 등)이 상세하게 기재되어 있어야 하나, 이 건 주식계약서에는 최소한의 형식적 정보만 명시되어 있을 뿐이다.

따라서, 쟁점법인의 실질주주인 청구인이 쟁점주식을 취득한 것은 명의신탁 관계를 해소하고 쟁점주식의 명의와 실질 소유를 일치시킨 형식적 절차일 뿐이고, 쟁점법인 설립 당시부터 주식을 취득한 청구인에 대하여 과점주주 간주취득세가 부과될 수 없다.

이 건 주식계약 이외에도, 쟁점법인 설립 자본금 납입 출처, 쟁점부동산의 매매계약금 마련 경위, BBB에게 지급한 명의대여료 지급내역, BBB이 청구인에게 보고한 업무일지 등에 비추어 이 건 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 과점주주 간주취득세의 납세의무는 법인의 경영지배를 통하여 법인의 부동산 등의 재산을 사용 수익하거나 처분하는 등의 권한을 행사할 것을 요구하는 것이 아니고, 쟁점주식을 소유한 주주로서 의결권과 같은 주주권을 실질적으로 행사하였는지에 관한 것이므로, 쟁점주식의 명의신탁을 입증하는 것과는 관련성이 크게 있지 않다.

즉, 청구인이 쟁점법인의 형식적 대표이사라고 주장하는 BBB은 쟁점법인 설립 당시부터 사내이사이자 대표이사이고, 주식등변동상황명세서상 쟁점주식을 소유한 자로 등재되어 있으며, 주식양도양수계약을 통해 청구인에게 쟁점주식을 양도한 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 배우자 명의 계좌에서 BBB 명의 계좌로 쟁점법인의 설립 자본금 납입을 하였다는 증빙으로 계좌 캡쳐 화면을 제출하였으나, 이를 쟁점법인의 잔고증명서라고 단정할 수 없고, BBB은 쟁점법인의 프로젝트 파이낸싱 채무의 연대보증을 하고 있는 것으로 보아 쟁점법인의 대표이자 주주의 권리를 외부에 행사한 것으로 보인다.

또한, 청구인이 양수받은 쟁점주식이 명의신탁되었음을 구체적으로 입증할 법원의 확정판결이나 공증된 약정서 및 기타 입증자료 등이 확인되지 않는바, 처분청의 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점주식을 취득함에 따라 과점주주가 되었다고 보아 과점주주 간주취득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 등기사항전부증명서(법인)에 따르면, 쟁점법인은 2018.9.14. 인천광역시 서구 OOO를 본점 소재지로 하고 주택건설 사업 및 리모델링 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다.

(나) 쟁점법인의 설립 당시 대표이사는 BBB이고, BBB은 쟁점주식을 소유하고 있었다.

(다) 쟁점법인은 2019.8.21. 쟁점부동산을 매매로 취득하고 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(라) 청구인은 2022.11.2. BBB과 이 건 주식계약서를 작성하고 BBB로부터 쟁점주식을 양도받았고, 같은 날 쟁점법인의 과점주주 지위에 놓이게 된 것으로 확인된다.

<이 건 주식계약서>

○○○

<주식등변동상황명세서 주요내용>

○○○

(마) 처분청은 청구인에게 「지방세법」 제7조 제5항에 따라 쟁점법인의 과점주주 간주 취득세 납세의무가 성립한다고 보아, 2024.10.7. 청구인에게 쟁점법인의 재무제표상 건물 가액에 지분율(100%)을 곱한 OOO원을 과세표준으로 하고 표준세율(2.0%)을 적용한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

(바) 청구인은 쟁점법인의 설립 당시부터 실질적 대표이사이자 주주라는 취지로 아래와 같은 증빙자료를 제출하였다.

1) 청구인은 2018.7.16. BBB의 계좌로 자본금 OOO원을 송금하였고, 이와 관련하여 BBB의 계좌내역 및 사실확인서와 쟁점법인의 계좌내역을 아래와 같이 제출하였다.

<BBB 개인계좌 및 쟁점법인의 계좌내역>

○○○

<BBB의 사실확인서(일부발췌)>

○○○

2) 청구인은 쟁점부동산에 대한 계약금(OOO원) 명목으로 2019.4.9. 청구인의 배우자(DDD) 계좌에서 OOO원을 BBB에게 입금하였고, BBB은 이를 쟁점법인 계좌로 입금하였으며, 나머지 금액은 청구인이 지인들로부터 빌려 쟁점법인 계좌 및 쟁점부동산 매수자 계좌로 직접 입금하였다.

<BBB 사실확인서(일부발췌)>

○○○

<청구인 배우자 및 BBB 개인계좌, 쟁점법인 계좌내역>

○○○

3) 청구인은 BBB 개인계좌에서 청구인의 건강보험료 및 연금 체납분 등이 지출되었고, 이는 BBB 명의의 계좌에 입금된 대표이사 급여가 형식적일 뿐이며, 실제로는 청구인이 이를 사용하였다고 주장한다.

<청구인의 건강보험료 등이 BBB 개인계좌에서 지출된 내역>

○○○

4) 청구인은 BBB의 명의대여 대가로 BBB의 배우자(CCC)에게 2019년 10월부터 2022년 1월까지 비정기적으로 약 OOO원(이하 “이 건 명의대가금”이라 한다)을 지급하였다고 주장한다.

○○○

<이 건 명의대가금 관련 BBB 사실확인서(일부발췌)>

○○○

5) 청구인은 BBB과 ‘사용자와 사용인’의 특수관계로서 하나의 ‘과점주주 집단’이었고, 쟁점주식의 이전은 과점주주 집단 내부 거래에 해당한다고 주장하며 아래와 같이 BBB의 사실확인서를 제출하였으며, 그 사실확인서에는 “쟁점법인을 퇴사후 청구인이 소유한 타 회사에서 직원으로 근무를 이어 갔으며...”라고 기재되어 있는 것으로 확인된다.

<BBB 사실확인서(일부발췌)>

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제7조 제5항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다고 규정하고 있고, 제10조 제4항은 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만, 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증(대법원 1996.12.6. 선고 95누14770 판결, 같은 뜻임)하여야 할 것이다.

(나) 청구인은 쟁점법인의 설립 당시부터 사실상 주주였던 청구인이 쟁점주식을 취득한 것은 명의신탁 관계를 해소하고 이를 환원받은 것이므로, 과점주주 간주취득세의 납세의무가 없다고 주장한다.

그러나, 어느 주식에 관하여 명의상 주주가 아닌 제3자에 의하여 주주권이 실질적으로 행사되었는지 여부는 해당 주식 취득자금의 출처뿐만 아니라 명의상 주주와 제3자 사이의 관계, 그 주식이 주주명부 등에 명의상 주주 앞으로 등재된 경위 및 목적, 주주로서의 권리행사에 있어서 의사결정과정 등 여러 사정을 종합하여 엄격하게 판단하여야 하는바(대법원 2017.7.11. 선고 2017두38058 판결, 같은 뜻임),

주식등변동상황명세서 및 이 건 주식계약서에 따르면 청구인이 2022.11.2. 쟁점주식을 취득하여 최초로 쟁점법인의 총 발행주식 100%를 보유한 과점주주 지위에 놓인 것으로 확인되는바, 청구인이 2022.11.2. 쟁점법인 소유의 쟁점부동산에 대한 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립한 것으로 보이는 점,

BBB이 쟁점법인의 발행주식을 취득하기 위하여 청구인이 BBB에게 입금하였다고 주장하며 제출한 계좌이체내역의 경우, 해당 금액이 쟁점법인의 발행주식을 취득하기 위하여 지급된 금액인지 그 사실 진위여부가 확인되지 아니하는 점,

청구인이 제출한 사실확인서 등의 자료에 따르면, 청구인이 쟁점법인의 사업을 진행하는 데 있어서 주도적 역할을 하였다고 볼 수는 있으나, 이는 사인 간에 작성한 문서로서 그 신빙성이 부족하여 쟁점주식의 명의신탁을 입증하는 객관적 자료라 볼 수 없고, 이를 구체적으로 입증할 수 있는 법원의 확정판결이나 공증된 약정서 등이 제출되지 아니한 점,

청구인이 BBB과 ‘과점주주 집단의 관계’라고 주장하는 ‘사용자와 사용인의 관계’는 BBB의 사실확인서에서 쟁점법인이 아닌 청구외 법인에서 형성된 것으로 보이므로, 쟁점주식의 이전을 과점주주 집단 내부 거래로 볼 여지는 없다고 봄이 타당한 점 등에 비추어, 처분청에서 청구인이 쟁점법인의 과점주주가 되었다고 보아 쟁점부동산에 대한 과점주주 간주취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 지방세기본법(2022.1.1. 법률 제18654호로 개정된 것)

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(2) 지방세법(2022.1.1. 법률 제18655호로 개정된 것)

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조제4항에 따른다.

(3) 지방세법시행령(2022.6.30. 대통령령 제32747호로 개정된 것)

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다.

④ 법 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 그 과점주주에게 과세할 과세물건이 다른 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군 또는 구(자치구를 말한다. 이하 “시ㆍ군ㆍ구”라 한다)에 있을 경우에는 지체 없이 그 과세물건을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 과점주주의 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 및 그 밖에 취득세 부과에 필요한 자료를 통보하여야 한다.