이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 1999.4.6. ‘주식회사 AAA’를 상호로 하고, 소프트웨어 개발, 컴퓨터 및 주변기기 판매업 등을 목적 사업으로 하여 설립되었으며, BBB는 2020.9.17. 청구법인의 주식 전부를 취득하고, 같은 날 사내이사로 취임하였으며, BBB가 대표이사로 있는 CCC 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)는 2022.1.10. 유상증자를 통해 청구법인의 주식 OOO주(90%)를 취득하였고, 같은 날 청구법인의 목적 사업을 경영 컨설팅업, 부동산 임대업, 부동산 경매, 금융자문, 기업의 인수·합병 등으로 변경하였다.
나. 청구법인은 2022.1.18. 서울특별시 서초구 OOO 소재 부동산(301호, 이하 “쟁점부동산①”이라고 한다)을, 2022.5.31. 서울특별시 종로구 OOO 소재 부동산(제2층 제5호 및 제6호, 이하 “쟁점부동산②”라고 하고, 쟁점부동산①과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목에 따른 세율(4%)을 적용하여 그 취득세 등을 처분청들에게 각각 신고·납부하였다.
라. 처분청들은 BBB가 청구법인의 주식 전부를 인수한 것은 휴면법인의 인수에 해당하므로, 그 날(2020.9.17.)부터 5년 이내에 이루어진 쟁점부동산의 취득을「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 중과세 대상(대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우, 중과세율 8%)에 해당한다고 보아 2025.7.9. 및 2025.7.14. 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 아래 ＜표＞와 같이 부과·고지하였다.
＜표＞ 이 건 취득세 등의 부과내역
○○○
마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견
가. 청구법인 주장
처분청들은 BBB가 청구법인의 과점주주가 된 날(2020.9.17.)을 기준으로 청구법인이 BBB의 주식 취득일 이전 2년 이상 사업 실적이 없으므로, 청구법인을 ‘휴면법인’으로 보아야 한다는 의견이다.
그러나 청구법인은 2022.1.10. 대주주가 이 건 법인으로 변경되면서 임원 중 50% 이상이 교체되었으므로, 이 날을 기준으로 종전의 사업 실적을 판단해야 할 것이다. 그리고 청구법인의 손익계산서(제22기 2020.7.1.∼2021.6.30.)를 보면, OOO원의 매출액이 확인되므로, 청구법인을 ‘휴면법인’으로 볼 수는 없다.
또한, 처분청들 중 서초구청장은 2023년 8월경 쟁점부동산①의 취득에 대하여, 「지방세기본법」제140조에 따른 적정신고납부를 조사한 사실이 있음에도, 이와 다른 처분을 한 것은「지방세기본법」제18조에서 규정하고 있는 신의성실의 원칙에 위배되는 것이므로, 무효라 할 것이다.
나. 처분청들 의견
청구법인은 이 건 법인이 청구법인의 주식을 취득한 날을 기준으로 ‘휴면법인’ 여부를 판단해야 한다고 주장한다.
그러나「지방세법 시행령」제27조 제2항은 “법 제13조 제2항 제1호에 따른 휴면법인의 인수는 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에서 최초로 그 법인의 과점주주가 된 때 이루어진 것으로 본다”고 규정하고 있고, 이 건 법인의 주식 취득에 앞서 BBB가 청구법인의 주식 전부를 취득함으로써 청구법인의 과점주주가 되었으므로, 그 날(2020.9.17.)을 기준으로 사업 실적을 판단하는 것이 타당하다.
또한, 청구법인은 이 건 취득세 등의 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 처분청들은 쟁점부동산의 취득이 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세 대상이 아니라는 취지의 공적 견해표명을 한 사실이 없으므로, 이에 대한 청구주장도 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구법인을 휴면법인으로 보아 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 중과세한 처분의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.
(가) 청구법인의 등기사항전부증명서(2025.2.3.)에 따르면, 청구법인은 1999.4.6. ‘주식회사 AAA’를 사명으로, 서울특별시 서초구 OOO를 본점으로, ‘소프트웨어 개발, 유지보수, 판매업 등’을 목적 사업으로 하여 설립되었고, 2020.9.17. 상호를 ‘DDD부동산중개법인 주식회사’로, 본점을 서울특별시 강남구 OOO로, 목적 사업을 ‘상업용 건축물 및 주택의 임대관리 등 부동산의 관리대행, 부동산의 이용, 개발 및 거래에 관한 상담 등’으로, 변경하였다가 2022.1.10. 상호를 ‘OOO 주식회사’로, 목적 사업을 ‘경영 컨설팅업 및 경영 컬설팅 자문, 부동산 임대업 등’으로 변경한 것으로 나타난다.
(나) 청구법인의 등기사항전부증명서(2025.2.3.)에 따르면, 사내이사 EEE은 2020.9.17. 사임하였고, BBB는 2020.9.17. 사내이사로 취임하였다가 2023.9.1. 사임하였으며, 2022.5.16. 대표이사로 취임하였고, FFF은 2020.9.17. 감사로 취임하였다가 2020.9.24. 사임한 후 2022.1.10. 사내이사로 취임하였고, GGG와 HHH는 2022.5.16. 사내이사로 취임한 것으로 나타난다.
(다) BBB는 2022.1.10. 청구법인의 유상증자 과정에서 신주식의 인수권을 모두 포기하였고, 이 건 법인은 OOO주를 취득하면서 BBB는 청구법인의 발행주식 OOO주 중 OOO주(10%)를 보유하게 된 것으로 나타난다.
(라) 청구법인의 주식등변동상황명세서에 따르면, 청구법인은 2022년 5월경 유상증자를 하였고, 해당 주식(OOO주)은 이 건 법인이 취득한 것으로 나타난다.
(마) 청구법인의 손익계산서에 따르면, 제21기(2019.7.1.∼2020.6.30.) 회계연도에는 매출액을 비롯하여 판매관리비, 영업외수익 등이 없었고, 제22기(2020.7.1.∼2021.6.30.)에는 OOO원의 매출액이 발생하였으며, 그 세부 항목은 중개수입이 OOO원이고, 투자자문수입이 OOO원이었고, 당기순이익은 OOO원으로 나타난다.
(바) 청구법인의 세금계산서 매출처별 합계표(2020.10.1.∼2020.12.31.)에 따르면, 청구법인은 이 건 법인을 상대로 하여 2건의 세금계산서를 발행하였고, 그 공급가액은 OOO원으로 나타난다.
(사) 국세청의 과점주주현황에 따르면, 2021년 12월 현재 BBB는 이 건 법인의 발생주식(OOO주) 전부를 보유하고 있는 것으로 나타난다.
(아) 서초구청장은 2023년 8월경 청구법인에게 ‘취득부동산 사용현황표 및 취득 관련 서류제출 요청’이라는 제목의 공문을 송부하였는데, 해당 공문에는 “귀 법인이 2022년도 서초구내 취득한 부동산에 대한 지방세 적정 신고납부 등을 조사하고자「지방세기본법」제140조에 의거 아래와 같이 자료를 요청하오니 기한 내에 반드시 제출하여 주시기 바랍니다”라고 되어 있고, 취득물건에는 ‘쟁점부동산①’이, 제출기한은 2023.9.22.로 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 법인이 과점주주가 된 날을 ‘휴면법인의 인수일’로 보아야 한다고 주장하나,「지방세법 시행령」제27조 제2항에서는 “휴면법인의 인수는 해당하는 법인에서 최초로 그 법인의 과점주주가 된 때 이루어진 것으로 본다”고 규정하고 있는바, BBB가 청구법인의 주식 전부를 취득하여 그 법인의 과점주주가 된 때에 휴면법인을 인수한 것으로 보아야 하고, 그 후에 대주주가 변경되었다고 해서 달리 볼 이유는 없다. 더욱이, 이 건 법인은 BBB의 특수관계인이라서 이 건 법인이 청구법인의 대주주가 되었다 하더라도 과점주주가 변경된 것으로 볼 수도 없다. 그렇다면, BBB가 과점주주가 된 날을 기준으로 하여 사업실적을 살펴보아야 할 것인데, 2020.9.17. 전에 발생한 청구법인의 매출 내역이 확인되지 아니하므로, BBB가 청구법인의 주식을 취득한 것은「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 ‘휴면법인을 인수하는 경우’에 해당한다.
한편, 청구법인은 이 건 취득세 등의 부과처분이 중복 조사에 따른 것이므로 무효에 해당한다는 주장도 하였으나, 서초구청장이 청구법인에게 쟁점부동산①을 취득한 것과 관련한 자료를 요구하였음에도 청구법인이 해당 자료를 해당 처분청에 제출한 사실이 확인되지 아니한 이상, 당시에 서초구청장의 세무조사가 있었다고 보기는 어렵다.
따라서 처분청이 2020.9.17.을 휴면법인의 인수일로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법
제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.
1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우
(2) 지방세법 시행령
제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ① 법 제13조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
1.「상법」에 따라 해산한 법인(이하 “해산법인”이라 한다)
2.「상법」에 따라 해산한 것으로 보는 법인(이하 “해산간주법인”이라 한다)
3.「부가가치세법 시행령」 제13조에 따라 폐업한 법인(이하 “폐업법인”이라 한다)
4. 법인 인수일 이전 1년 이내에 「상법」 제229조, 제285조, 제521조의2 및 제611조에 따른 계속등기를 한 해산법인 또는 해산간주법인
5. 법인 인수일 이전 1년 이내에 다시 사업자등록을 한 폐업법인
6. 법인 인수일 이전 2년 이상 사업 실적이 없고, 인수일 전후 1년 이내에 인수법인 임원의 100분의 50 이상을 교체한 법인
② 법 제13조 제2항 제1호에 따른 휴면법인의 인수는 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에서 최초로 그 법인의 과점주주가 된 때