이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.9.21. 경기도 포천시 OOO 임야 5,092㎡, 같은 리 6 전 413㎡ 및 같은 리 OOO 임야 207㎡(이하 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 같은 날 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이후 쟁점토지가 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 처분청에 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 등의 감면(100분의 50)을 신청하였고, 처분청은 2022.12.5. 청구법인에게

OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날(2022.9.21.)부터 해당 토지를 농업법인의 영농·유통·가공에 사용하기 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였으나, 후술하는 바와 같이 극심한 폭우로 인한 인접토지로부터의 막대한 토사 유입, 매도인의 쟁점토지 평탄작업에 대한 비협조 및 확약사항 불이행 등의 정당한 사유로 이를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못하였다.

(2) 청구법인은 2022.7.11. 쟁점토지의 매도인인 ㈜AAA(이하 “이 건 매도인”이라 한다)과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고, 이 건 매도인이 청구법인으로 하여금 해당 토지를 그 취득 용도(공장 설립부지로 사용)대로 사용할 수 있도록 토목공사 및 토지 평탄작업을 완료해 주기로 약정하였다.

(3) 그러나 청구법인은 2022년 6월경 내린 극심한 폭우와 그에 따른 인접 토지(경기도 포천시 OOO 토지, 이하 “인접 토지”라 한다)로부터의 막대한 토사 유입으로 인해 이 건 건축물의 신축 공사를 진행하는 것이 물리적으로 불가능하게 되었다.

이와 같은 폭우는 3개월 간 계속되었고, 2022년 9월경에는 태풍 힌남노의 영향까지 받아 강한 비바람에 의해 쟁점토지의 지반이 더욱 약화되었으며, 쟁점토지와 인접 토지의 옹벽(축대)가 붕괴되며 막대한 토사와 우수가 쟁점토지로 유입되는 등, 청구법인의 의지에도 불구하고 도저히 계획대로 이 건 건축물의 신축 공사를 진행할 수는 없는 상황이 지속되었다.

(4) 청구법인은 갑작스런 폭우에 따른 쟁점토지의 지반 약화로 인해 이 건 건축물의 설계를 변경할 수밖에 없었고, 그 과정에서 행정절차에 수개월이 소요되었다.

또한 이 건 매도인과 인접 토지의 소유자 사이에 쟁점토지에 유입된 토사의 책임 소재에 관하여 법적 분쟁이 발생함에 따라, 이 건 매도인의 쟁점토지 매매계약상 의무인 토지 평탄작업이 이루어지지 못했고,

청구법인은 인접 토지의 소유자가 아니었기 때문에 그 소유자의 동의 없이 인접 토지의 복구를 위한 공사를 직접 할 수도 없어, 이 건 매도인과 인접 토지의 소유자에게 수차례 옹벽(축대)의 원상복구를 요청하는 것 외에는 쟁점토지에 이 건 건축물을 신축하기 위한 어떠한 작업도 진행할 수가 없었다.

(5) 청구법인은 이와 같은 상황에서도 쟁점토지를 농업법인의 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는바, 2022.9.21. 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 마치고, 같은 달 처분청으로부터 개발행위(변경)허가를 받았으며, 2023.6.2. 이 건 건축물의 신축을 위한 착공신고를 마쳤다.

청구법인은 또한 인접 토지의 소유자가 변경됨에 따라 2023.2.17. 및 2023.9.4.에 새로운 소유자에게 토사 및 우수 유입으로 인한 상황을 설명하고 원상복구를 요청하였고, 이에 2023년 12월경 붕괴된 옹벽, 유관, 경사면 공사가 착공되었다.

＜표1＞ 이 건 건축물의 신축 및 준공 경위(청구법인 제출)

○○○

(6) 청구법인은 이후 토사 및 우수 유입으로 약화된 쟁점토지의 지반을 강화하기 위해 해당 토지에 3m 이상의 터파기 공사(15톤, 300차 정도) 및 되메우기 공사(골재 15톤, 약 200차)를 하였고, 10톤의 로울러 장비를 이용해 지반을 다진 후에야 이 건 건축물의 신축 공사에 착공할 수 있었으며,

2023년 9월경 인접 토지로부터의 토사 유입 재발 위험을 낮추고 계획했던 공사를 신속히 진행하기 위해, 인접 토지의 반대편으로 공사 대지 면적을 추가하고 건축물의 면적을 변경하기 위한 개발행위허가 변경신청을 하였고, 신청일로부터 3개월이 지난 2023.11.24. 처분청으로부터 위 개발행위(변경)허가를 받을 수 있었다.

(7) 이처럼 ① 장마 및 태풍 힌남노라는 특수한 기상재해로 인한 예기치 못한 피해를 복구하기 위해 2년 10개월 가량이 소요됐고, ② 쟁점토지보다 지대가 10m 이상 높은 인접 토지로부터 토사가 유입되고, 해당 토지의 소유자와 이 건 매도인이 법적 분쟁을 계속하며 복구공사를 지연함에 따라 청구법인의 이 건 건축물 신축 공사 역시 지연될 수밖에 없었던 것인바,

이는 청구법인의 내부적 사정이 아닌 예측할 수 없었던 외부적 요인으로 인한 지연으로서, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못하게 된 ‘정당한 사유’에 해당한다고 보아야 하므로, 처분청의 이 건 취득세 등 부과처분은 부당은 처분으로서 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」제11조 제2항은 “농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우” 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 조세 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로, 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한하여 일정조건을 붙여 감면하는 것이므로 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우는 감면효력이 상실되고(조심2010지341, 2011.5.17. 참조),

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조).

(3) 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 하는바(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결 참조),

청구법인은 쟁점토지를 취득(2022.9.21.)한 날부터 1년이 훨씬 경과한 2024.10.17. 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받았으므로, 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따른 취득세 등의 추징사유가 발생하였다 할 것이다.

(4) 한편 위 규정에 따른 감면된 취득세 등의 추징을 배제할 수 있는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고,

정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여야 한다(대법원 2009.1.15. 선고, 2006두14926 판결 참조).

다만, 부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 목적사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다.

(5) 청구법인은 2022년 6월경 시작된 장마와 태풍 힌남노(2022년 8월 발생)의 영향으로 이 건 건축물의 신축 공사에 착공할 수 없었던 정당한 사유가 있다고 주장하나, 위 장마와 태풍 힌남노의 지속일수는 각 33일, 8일로 확인되어 그 영향이 제한적이고, 여름철 장마 등의 사정은 청구법인뿐만 아니라 당시에 이루어진 다른 건축공사에 있어서도 일반적인 상황이다(조심 2021지2404, 2022.6.20. 참조).

나아가 청구법인은 위 장마와 태풍 힌남노가 당해 법인의 쟁점토지 직접 사용에 영향을 미칠 것이라는 사실을 이미 알았거나 충분히 알 수 있었던 상황에서 이를 취득하였으므로, 쟁점토지를 유예기간 내 그 취득 목적대로 직접 사용하지 못한 것이 동일한 이유 때문이라면, 이를 정당한 사유로 인정할 수 없다.

(6) 청구법인은 쟁점토지 취득 이후 9개월 가량 경과한 2023.4.18. ㈜BBB와 표준도급계약을 체결하여 그 공사기간을 8개월로 약정한 것으로 확인되는바, 이는 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날로부터 1년 이내 이를 해당 용도로 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다한 것으로 보기 어려운 점,

청구법인은 이 건 매도인이 쟁점토지의 매매계약상 특약사항인 토목공사 및 평탄작업을 이행하지 않아 착공이 지연되었다고 주장하면서도, 그 특약사항 불이행과 관련하여 이 건 매도인에게 손해배상 청구 등의 조치를 취한 자료는 제출하지 않고 있는 점,

개발행위허가의 건축주 변경, 설계변경 등에 필요한 계획서 제출이나 미흡한 부분에 대한 보완 등을 해결하는데 상당한 시일이 소요된다는 사실은 쟁점토지의 취득 당시 충분히 예측할 수 있는 것인 점,

청구법인이 공사 지연의 사유로 주장하는 이 건 매도인과 인접 토지 소유자 간의 법적 분쟁에 따른 인접토지의 가압류 기간도 20여일(2023.5.2.~2023.5.22.)에 불과한 점,

그 밖에 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 이내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에 법령에 의한 금지·제한 등 외부적인 사유는 없었던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 유예기간(1년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2012.5.23. 경기도 가평군 OOO에 설립되어 농업용 창고업, 전통주 통신판매업(전자상거래), 전통주 제조, 가공, 판매, 유통, 무역 등의 사업을 영위하는 법인으로, 2022.9.15. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조에 따른 농업경영정보를 등록한 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2022.7.11. 이 건 매도인과 쟁점토지에 관한 매매계약을 체결하고, ‘본부지등 토목공사를 완료하고, 공동사용하는 도로부분은 모든 공사 완료 후 이 건 매도인이 포장하여 준다’는 취지의 특약사항을 약정하였으며, 2022.9.21. 이 건 매도인에게 쟁점토지에 대한 잔금을 지급하고 이를 취득한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 2022년 10월 처분청에 쟁점토지 취득에 대한 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면 적용을 신청하며, 그 사용계획을 ‘농산물 가공을 위한 제조공장 준공’으로 기재하였다.

(라) 청구법인은 처분청에 이 건 매도인이 처분청으로부터 받은 2022.3.8.자 건축허가상 건축주의 명의를 이 건 매도인에서 청구법인으로 변경하기 위한 건축주 변경신고를 하였고, 처분청이 2022.8.2. 그 신고를 수리하였다.

청구법인은 처분청으로부터 2022.9.7. 쟁점토지에 대한 개발행위(변경)허가상 수허가자를 이 건 매도인으로부터 청구법인으로 변경하는 것을 허가받고, 2022.9.21. 이 건 매도인이 받았던 공장 신설 승인의 회사명을 청구법인으로, 소재지를 쟁점토지로 변경하는 것을 승인받았으며, 2023.11.24. 쟁점토지에 대한 개발행위(변경)허가상 면적을 변경하는 것을 허가받았다.

(마) 처분청은 2023. 6. 2. 청구법인의 이 건 건축물에 관한 착공신고서를 수리하고, 2024.10.28. 해당 건축물에 대한 사용승인을 하였다.

(바) 청구법인이 2024.7.26. ㈜BBB와 체결한 ‘민간건설공사 표준도급계약서(2차변경)’에 따르면, 청구법인은 2023.4.18. 위 법인과 처음으로 이 건 건축물의 신축을 위한 도급계약을 체결하고 그 준공예정일을 2023.12.31.로 약정하였으나, ＜표2＞와 같이 2차례 그 준공예정일을 변경한 것으로 나타난다.

＜표2＞ 민간건설공사 표준도급계약서(2차변경) 중 발췌

○○○

(사) 처분청이 제출한 기상청 기후통계분석 자료에 따르면, 2022년 장마일수는 33일(합계강수량 수원 622.9mm, 양평 595.8mm, 이천 455.5mm), 태풍 힌남노의 지속일수는 8일인 것으로 확인된다.

(아) 청구법인은 쟁점토지의 옹벽(축대)이 일부 붕괴된 것으로 보이는 현장사진(2022.3.31.부터 2024.3.5. 사이 촬영)을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제11조 제2항은 “농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우” 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 이 때 “정당한 사유”는 토지 취득 이후에 발생한 법령상, 사실상 장애사유로 당해 토지를 사용할 수 없게 된 사유 등을 말하는 것이고, 토지 취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이며, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다(조심 2021지1542, 2022.4.12., 같은 뜻임).

(다) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날(2022.9.21.)부터 약 2년이 경과한 2024.10.28.에 이르러서야 해당 토지에 농산물 가공을 위한 공장인 이 건 건축물을 신축하고 사용승인을 받았으므로, 유예기간(1년) 내 쟁점토지를 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하지 못한 점,

청구법인은 2022년 6월경 시작된 긴 장마와 태풍 힌남노의 영향으로 쟁점토지와 인접 토지의 옹벽(축대)이 무너지고 토사와 우수가 유입되어 이 건 건축물 신축을 위한 공사를 진행할 수 없었다고 주장하나, 이는 청구법인의 쟁점토지 취득(2022.9.21.)에 앞서 발생한 사실상의 장애사유로, 청구법인이 위 취득 당시 그 사유로 인해 쟁점토지를 유예기간 내 고유업무에 사용하지 못할 것임을 알았거나 알 수 있었을 것으로 보이므로, 당해 토지를 유예기간 내 사용하지 못한 ‘정당한 사유’로 인정하기 어려운 점,

청구법인은 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따른 유예기간(1년)이 경과되기 약 3개월 전인 2023.6.2. 이 건 건축물의 착공신고를 한 것으로 확인되고, 해당 건축물의 신축을 위한 도급계약도 쟁점토지 취득 후 약 7개월이 경과한 2023.4.18. 체결한 것으로 확인되는바, 쟁점토지를 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 기울였다고 보기 어려운 점,

이 건 매도인과 인접토지 소유자간의 법적 분쟁에 따른 인접 토지의 가압류 기간이 20여일(2023.5.2.~2023.5.22.)에 불과하고, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하지 못한 것과 위 제3자 간 법적 분쟁이 발생한 것 사이의 인과관계가 명확하게 입증되지 않아, 이를 ‘정당한 사유’로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제11조(농업법인에 대한 감면) ② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2026년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우