쟁점토지를 유예기간(4년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는지 여부

예규·판례

쟁점토지를 유예기간(4년) 내 해당 ...

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심판청구

조심 2025지0324

생산일자 2025-11-19

AI 요약

요지

청구법인이 주장하는 자금부족, 대출 기회 상실 등은 행정관청의 사용금지 제한 등의 외부적인 사유가 아닌 청구법인의 내부적인 사정에 불과하여 정당한 사유로 볼 수 없는 점, 그 밖에 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 신축에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼만한 자료가 제출되지 않은 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.7.21. AAA에 위치한 경기도 용인시 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 쟁점토지가 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 해당한다고 보아, 같은 날 처분청에 「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면 조례」(2020.8.7. 조례 제6722호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1호에 따른 취득세 감면(100분의 75)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2024.5.8. 쟁점토지에 출장하여 해당 토지가 나대지 상태로 방치된 것을 확인하고, 2024.8.6. 청구법인에게 쟁점토지의 취득일부터 4년 이내 이를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세 등을 자진신고 하여야 한다는 취지의 안내문을 발송하였고, 이에 청구법인은 2024.8.28. 처분청에 앞서 감면된 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 이후 쟁점토지를 유예기간 내 해당 산업용 건축물등의 신축에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 존재하므로, 청구법인이 신고·납부한 위 취득세 등이 환급되어야 한다고 주장하며 2024.9.27. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.10.21. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 산업용 건축물등의 신축공사에 착공하려고 하였으나, 코로나19의 세계적 확산과 그에 따른 경기침체, 원자재와 인건비 상승으로 인해 공사비가 약 OOO원 증가하게 되었고, 준공 후 취득세, 등록세 등 각종 세금과 인테리어비용, 장비 및 설비비용, 시설 이전 및 설치비용 등에 추가로 OOO 원의 돈이 필요한 상황에 놓이게 되었다.

(2) 청구법인은 이처럼 증가된 공사비 OOO 원이라도 대출받기 위해 백방으로 수소문 하였고, 시중은행의 대출금리가 6% 이상 증가함에 따라 연간 OOO 원 가량의 이자를 부담하기 어려워, 2023년 8월경 더 낮은 금리로 대출을 받을 수 있는 중소벤처기업진흥공단의 ‘중소기업 정책자금 융자계획’에 대해 알게 되었다.

(3) 청구법인은 수출기업의 사업장 건축을 위한 시설자금 등에 대하여 대출을 제공하는 위 사업을 알게 된 후, 대출 심사를 받기 위해 건축허가 서류를 포함한 여러 서류가 필요하다는 사실을 미리 파악하였으며, 2024.2.19.부터 2024.2.20. 사이에 위 서류와 함께 대출신청을 접수하여야 하고, 특별한 사정이 없으면 대출이 가능하다는 점을 여러 차례 사전 미팅을 통해 확인하였다.

(4) 이에 청구법인은 건축설계사무소를 통해 쟁점토지 지상에 산업용 건축물등을 신축하기 위한 건축설계를 진행하고, 건축허가 처리기간(15일)을 고려하여 위 대출의 신청일이 46일 남은 시점인 2024.1.3. 처분청에 건축허가신청서를 접수하였다.

(5) 그러나 처분청은 건축허가 처리기간(15일)을 한참 초과한 50일이 지난 시점인 2024.2.23.에 이르러서야 청구법인에게 건축허가서를 발급하였다.

처분청이 건축허가 처리기간을 준수하여 청구법인의 건축허가신청을 처리하였다면, 청구법인은 위 대출신청기간이 개시(2024.2.19.)되기 전 건축허가서를 발급받을 수 있었을 것이고, 기간 내 중소벤처기업진흥공단에 대출을 신청하여 연 2.72% 금리의 OOO 원 대출을 받을 수 있었을 것이며, 그로써 쟁점토지에 산업용 건축물등을 신축하기 위한 공사에 착공하여 유예기간(4년) 내 해당 토지를 취득 용도대로 직접 사용할 수 있었을 것이다.

(6) 청구법인은 처분청의 위와 같은 건축허가 처리 지연에도 불구하고, 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 목적에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다한바, 다시 백방으로 수소문하여 2024.11.11. 기업은행에 연 3% 금리의 OOO 원 대출을 신청하였고, 2024.11.30. 위 대출이 실행되었다.

(7) 이에 청구법인은 2024.11.6. ㈜BBB과 쟁점토지에 산업용 건축물등을 신축하기 위한 건설공사도급계약을 체결하였고, 2024.11.12. 위 건축물의 착공신고를 마쳤으며, 2025.10.31. 준공을 목표로 공사를 진행하여 현재 공정률이 93%에 달하는 상황이다.

(8) 청구법인은 2011년 설립되어 생산과 고용창출, 지방세수 기여를 계속하고 있고, 지금까지 세금 체납이나 산업재해도 없이 사업장을 운영해 오고 있으며, 2022년에 경기도지사로부터 경기도 유공납세자로 명패를 수여받고, OOO 천만불수출의 탑을 달성하여 대통령 상패를 수여받는 등 성실한 기업 운영을 지속하고 있는바,

청구법인의 귀책사유가 아닌 행정청의 귀책으로 인해 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축 용도에 직접 사용하지 못하였고, 그럼에도 불구하고 위 토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였으므로, ‘정당한 사유’를 인정하여 감면된 취득세 등에 대한 추징이 배제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제1호 가목 및 같은 항 제1호 가목은 사업시행자 외의 자가 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 대해서 취득세의 100분의 50을 감면한다고 규정하고 있고, 「경기도 도세 감면 조례」제8조 제1호는 위 감면에 취득세의 100분의 25를 추가 감면한다고 규정하고 있다.

「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019.1.1.부터 2020.12.31.까지의 기간 동안 취득한 경우 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 같은 조 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 이 때 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단해야 한다(대법원 1996.1.26. 선고 95누13104 판결 등 참조).

(3) 청구법인은 2020.7.21. 쟁점토지를 취득하고, 유예기간(4년)이 경과하기 5개월여 전인 2024.1.3.에 이르러서야 처분청에 위 토지에 산업용 건축물등을 건축하기 위한 건축허가신청서를 제출한바,

처분청은 위 신청서가 제출된 직후인 2024.1.9.부터 2024.2.21.까지 해당 신청을 승인하기 위한 유관부서 간 협의를 계속하였고, 청구법인에게 보완을 요청하며 그 처리를 위한 기한을 연장하여 부여하는 등 정상적으로 업무를 처리하여 2024.2.23. 청구법인에게 건축허가서를 발급하였다.

(4) 청구법인은 위 건축허가를 득하고도 약 8개월이 지난 2024.11.12.에 비로소 쟁점토지에 산업용 건축물등을 건축하기 위한 착공신고를 마친 점,

청구법인이 2024.11.6. 위 공사를 위해 체결한 건설공사도급계약서상 준공예정일이 ‘착공승인일부터 10개월’로 명시되어 있어, 설령 처분청에서 건축허가서를 청구법인의 신청일(2024.1.3.)로부터 15일 이내 발급하였다고 하더라도 쟁점토지의 취득일(2020.7.21.)부터 4년 이내 그 토지에 산업용 건축물등을 준공할 수 없었을 것인바, 청구법인은 해당 토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축에 직접 사용할 수 없었을 것으로 보이는 점,

청구법인의 자금부족과 그에 따른 대출 심사는 내부적 사정에 불과하여 쟁점토지를 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것의 ‘정당한 사유’로 볼 수 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 유예기간(4년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2011.3.8. 경기도 용인시 OOO에 설립되어 알미늄 제조 및 도·소매업, 알미늄 수출입업 등을 영위하고 있는 법인이다.

(나) 청구법인은 2020.7.21. AAA에 위치한 쟁점토지를 취득하고 쟁점토지가 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 해당한다고 보아, 같은 날 처분청에 「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면 조례」제8조 제1호에 따른 취득세 감면(100분의 75)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 2024.1.3. 처분청에 쟁점토지 지상의 산업용 건축물 등 신축을 위한 건축허가를 신청한바, 처분청은 2024.1.9.부터 2024.2.22.까지 중단 없이 유관부서의 협의 및 청구법인에 대한 보완요청(9회)을 거친 후, 2024.2.23. 청구법인에게 건축허가서를 발급한 것으로 확인된다.

(라) 청구법인은 2024.11.6. ㈜BBB과 쟁점토지 지상의 산업용 건축물등 신축을 위한 건설공사도급계약을 체결하고, 착공일을 ‘2024.12.16.’로, 준공예정일을 ‘2025.10.30.(착공승인일로부터 10개월)’로 약정한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 2024.11.12. 처분청에 쟁점토지 지상의 산업용 건축물등 신축 공사를 위한 착공신고를 마친바, 위 착공 전까지 쟁점토지가 나대지 상태로 있었다는 점에 관하여는 청구법인과 처분청간 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제1호 가목 및 같은 항 제1호 가목은 사업시행자 외의 자가 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 대해서 취득세의 100분의 50을 감면한다고 규정하고 있고, 「경기도 도세 감면 조례」제8조 제1호는 위 감면에 취득세의 100분의 25를 추가 감면한다고 규정하고 있으며,

(나) 이 때 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하는 것인바,

정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 종합적으로 고려해야 한다(조심 2022지750, 2022.8.2., 같은 뜻임).

(다) 청구법인은 2020.7.21. 쟁점토지를 취득하고, 유예기간(4년)이 경과하기 5개월여 전인 2024.1.3.에 이르러서야 처분청에 위 토지에 산업용 건축물등을 건축하기 위한 건축허가신청서를 제출한 것으로 확인되는 점,

처분청은 2024.1.9.부터 2024.2.21.까지 청구법인의 건축허가신청을 처리하기 위한 유관부서 간 협의를 계속하고, 청구법인에게 보완을 요청하는 등 중단 없이 업무를 처리하여 2024.2.23. 청구법인에게 건축허가서를 발급하였고, 그 보완 요구 내용도 관계 법령 등을 벗어나지 아니한 것으로 보이는 점,

청구법인이 주장하는 자금부족, 대출 기회 상실 등은 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유가 아닌 청구법인의 내부적인 사정에 불과하여 “정당한 사유”로 볼 수 없는 점,

그 밖에 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼만한 자료가 제출되지 않은 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.

(2) 경기도 도세 감면 조례(2020.8.7. 조례 제6722호로 개정되기 전의 것)

제8조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25