이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.4.10. 경기도 김포시 OOO 대 660㎡ 및 그 지상의 제가동호 건물, 같은 동 OOO 대 2,849㎡ 및 그 지상의 1동, 2동, 3동 건물, 같은 동 OOO 대 200㎡(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)를, 2021.5.27. 경기도 김포시 OOO 소재 가설건축물(이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①부동산과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 각 취득하고, 쟁점부동산이 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 처분청에 「지방세특례제한법」(2023.12.19. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제2항에 따른 취득세 감면(100분의 50)을 적용한 취득세 등을 ＜표1＞과 같이 신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점부동산 취득에 대한 취득세 등 신고·납부내역

○○○

나. 처분청은 청구법인이 쟁점①부동산 중 일부를 그 취득일부터 1년 이내 타인에게 임대하여 영농·유통·가공에 직접 사용하지 아니함에 따라 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호의 추징사유가 발생한 사실을 확인하고, 2022.9.5. 청구법인에게 해당 면적에 관하여 감면된 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이후 처분청으로부터 쟁점부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 않으므로 수정신고를 해야 한다는 안내를 받고, 2023.3.16. 처분청에 앞서 감면받은 취득세 등 OOO원(가산세 OOO원(이하 “이 건 가산세”라 한다)이 포함된 금액이며, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 수정신고 한 후 이를 납부하지 않았고, 2024.8.7. 처분청에 쟁점부동산의 취득에 대하여 위 규정에 따른 취득세 감면을 적용하여 줄 것을 주장하며 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.8.30. 이를 거부하였다.

라. 처분청은 청구법인이 앞서 수정신고 한 이 건 취득세 등을 납부하지 아니함에 따라, 2024.9.10. 청구법인에게 ＜표2＞와 같이 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다.

＜표2＞ 처분청의 이 건 취득세 등 부과·고지 내역

(단위 : 원)

○○○

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 쟁점부동산 취득은 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면 대상에 해당한다.

(가) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 법인에 해당하지 않으므로, 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면을 적용할 수 없다는 의견인 것으로 보인다.

(나) 그러나 이 건과 같이 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우, 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다고 할 것이다.

「지방세특례제한법」제11조 제2항은 농업의 경쟁력을 제고하고자 하는 정책적 고려에 따라 농업회사법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세를 감면하는 것이고, 농업회사법인이 농업경영정보를 등록하였는지 여부에 따라 그 법인이 영위하는 농업의 성격이 달라지는 것이 아니므로, 아직 농업경영정보를 등록하지 아니한 농업회사법인이 실제로 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에도 위 규정에 따른 취득세 감면이 적용되어야 한다.

(다) 청구법인은 사내이사 AAA이 2009.11.9.에, 대표이사 BBB이 2021.6.10.에 각자의 명의로 농업경영정보를 등록하여, 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시(2021.4.10. 및 2021.5.27.)에도 각 농업경영정보 등록을 유지하고 있었다.

또한 청구법인은 당초 2021년 2월경 농업경영정보를 등록하려고 하였으나, 당시 조만간 본점 주소를 이전할 것이 예정되어 있어 본점 주소 이전 후 농업경영정보를 등록하라는 안내를 받고 그 등록을 미룬 상황이었고, 이후 2021.12.15. 농업경영정보를 등록한바, 이러한 청구법인의 사정을 고려하면 당 법인의 농업경영정보 등록 시점이 쟁점부동산의 취득시점보다 늦다는 이유만으로 취득세 감면여부를 판단하는 것은 부당하다.

(라) 이처럼 「지방세특례제한법」제11조 제2항의 취지 및 청구법인의 농업경영정보 등록 경위를 종합적으로 고려하였을 때, 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 위 규정에 따른 취득세 감면을 적용하는 것이 마땅하므로, 처분청의 이 건 취득세 등 경정청구 거부처분 및 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 이 건 취득세 등 부과처분은 신뢰보호원칙에 위반하는 것으로서 취소되어야 한다.

(가) 과세처분이 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 반한다고 하기 위하여는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명이 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어져야 한다(대법원 1997.7.11. 선고 97누553 판결 참조).

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면을 신청하였을 당시, 청구법인에게 해당 부동산의 취득이 위 규정에 따른 취득세 감면 대상임을 확인하는 ‘취득세 비과세(감면) 확인서’를 발급하였는바, 이는 청구법인에게 쟁점부동산 취득에 관하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명에 해당한다.

청구법인은 처분청의 위 공적 견해표명을 정당하다고 신뢰하여 취득세 등을 납부하였고, 이와 같은 청구법인의 신뢰에 어떠한 잘못이 있다고 할 수 없다.

처분청의 이 건 취득세 등 부과처분은 이러한 신뢰에 반하는 처분으로서 청구법인의 이익을 침해하는 결과를 초래하는 것이므로, 신뢰보호의 원칙에 위반하여 위법한 해당 처분이 취소되어야 한다.

(3) 설령 이 건 취득세 등 부과처분이 취소될 수 없다고 하더라도, 이 건 가산세가 면제되어야 한다.

(가) 「지방세기본법」제57조 제1항은 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 앞서 기재한 바와 같이 처분청에서 쟁점부동산의 취득이 취득세 감면대상에 해당한다는 취지의 확인서를 발급함에 따라 이를 신뢰하여 취득세 등을 납부하지 아니하였던 것인바, 청구법인이 납세의무를 이행하지 아니한 책임을 처분청이 아닌 청구법인에게 돌릴 수 없으므로, ‘정당한 사유’를 인정하여 이 건 가산세를 면제해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 쟁점부동산 취득은 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면 대상에 해당하지 않는다.

(가) 「지방세특례제한법」제11조 제2항, 제1항 제2호 및 「지방세특례제한법 시행령」(2023.12.29. 대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조의2 제1항에 따르면, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인으로서, 같은 법 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 법인(설립등기일부터 90일 이내에 등록한 법인을 포함)이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우, 그 취득세의 100분의 50을 경감한다.

한편 「지방세법」제21조 제1항 제1호는 취득세 납세의무자가 그 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우 산출세액 또는 부족세액에 「지방세기본법」제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있다.

(나) 조세 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한하여 일정조건을 붙여 조세를 감면하는 것이므로, 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우는 감면효력이 상실된다 할 것이고(조심 2010지341, 2011.5.17. 참조),

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조).

(다) 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시(2021.4.10. 및 2021.5.27.) 당 법인의 명의로 농업경영정보 등록을 하지 않았으므로, 해당 부동산의 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면을 적용받을 수 있는 “농업법인”에 해당하지 않는 바,

청구법인의 대표이사 및 사내이사가 쟁점부동산의 취득 당시 개인 명의의 농업경영정보 등록을 마친 상태였다거나, 청구법인이 위 부동산의 취득 이후 농업경영정보 등록을 마쳤다고 하더라도, 그로써 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 “농업법인”에 해당하였던 것으로 볼 수 없으므로, 처분청의 이 건 취득세 등 부과처분은 정당하다.

(2) 이 건 취득세 등 부과처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되지 않는다.

(가) 취득세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 법에서 정한 납세의무 성립요건의 충족 여부를 조사·확인하고 자신의 책임하에 과세표준과 세액을 정하여 신고·납부하면 그 내용대로 확정되는 신고납부방식의 조세로서, 그 신고납부에 대한 책임은 근본적으로 납세의무자에게 있다(조심 2019지2121, 2019.12.2. 참조).

또한 처분청이 추후 오류를 발견하여 합리적인 방법으로 변경하는 것은 신의성실 원칙에 위배되지 않는다고 할 것이다(조심 2012지348, 2012.10.5. 참조).

(나) 청구법인은 처분청이 쟁점부동산의 취득에 대한 취득세 감면확인서를 발급함으로써 신뢰의 대상이 되는 공적 견해표명을 하였으므로, 이 건 취득세 등 부과처분이 신뢰보호원칙에 반한다고 주장하나,

쟁점부동산의 취득에 대한 신고납부의 책임은 근본적으로 납세의무자인 청구법인에게 있는 점, 이 건 취득세 등 부과처분은 처분청이 당초 취득세 감면의 오류를 발견하여 합리적인 방법으로 변경한 것으로서 신뢰보호원칙에 반한다고 할 수 없는 점,

쟁점부동산의 취득이 취득세 감면대상에 해당하지 아니함에도 처분청이 감면신청을 받아주었다는 사정만으로, 처분청에서 청구법인에게 추후 잘못된 감면임이 밝혀진 경우에도 그 감면 혜택을 유지할 것이라는 공적 견해표명을 하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 건 취득세 등 부과처분은 적법하다고 할 것이다.

(3) 청구법인에게 이 건 가산세를 면제할 정당한 사유가 인정되지 않는다.

(가) 「지방세기본법」제57조 제1항은 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있는바,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정한 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 법령의 부지나 오인은 위 규정에 따라 가산세를 면제할 수 있는 ‘정당한 사유’에 해당하지 않는다.

이에 관련 심판례에서도 당초 처분청이 부동산 취득에 대한 감면을 적용해 주었다는 것은 잘못된 감면신청을 그대로 시인한 정도에 지나지 않아 가산세 감면의 ‘정당한 사유’로 볼 수 없다고 해석하고 있다(조심 2022지792, 2022.10.25. 참조).

(나) 청구법인은 처분청이 쟁점부동산의 취득에 대한 취득세 감면 확인서를 발급하여 이를 신뢰하고 납세의무를 이행하지 아니하였으므로, 그 납세의무 불이행에 ‘정당한 사유’가 인정되어야 한다고 주장하나, 처분청이 잘못된 취득세 감면신청을 단순 시인한 것을 ‘정당한 사유’로 볼 수는 없으므로, 청구주장은 타당하지 않다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

② 이 건 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2018.3.20. 경기도 김포시 OOO에 본점을 두고 농산물의 생산, 유통, 가공, 판매, 수출업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인이다.

(나) 청구법인이 제출한 농업경영체 등록확인서에 따르면, 청구법인은 쟁점부동산의 취득일(2021.4.10. 및 2021.5.27.) 이후인 2021.12.15. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조에 따른 농업경영정보를 등록한 것으로 확인된다.

청구법인은 당 법인의 사내이사 AAA이 2009.11.9., 대표이사 BBB이 2021.6.10. 각 개인 명의의 농업경영정보 등록을 마쳤음을 입증하는 취지로, 각 당사자의 농업경영체 등록확인서를 제출하였다.

(다) 청구법인은 2021.5.7. 처분청에 쟁점①부동산 취득에 대한 취득세 등을 신고·납부하며, 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면(100분의 50)의 적용을 신청하였고, 처분청은 청구법인에게 그 신청에 대하여 ‘취득세 납부명세서에 따라 취득세가 감면됨을 확인한다’는 취지의 ‘취득세 비과세(감면) 확인서’를 발급한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제11조 제2항, 제1항 제2호 및 「지방세특례제한법 시행령」제5조의2 제1항에 따르면, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인으로서, 같은 법 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 법인(설립등기일부터 90일 이내에 등록한 법인을 포함)이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우, 그 취득세의 100분의 50이 경감된다.

(나) 청구법인은 쟁점부동산의 취득(2021.4.10. 및 2021.5.27.) 당시 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록하지 않았고, 2021.12.30.에 비로소 농업경영정보를 등록한 것으로 확인되는바, 해당 부동산의 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면을 적용받을 수 있는 “농업법인”에 해당하지 않는 점(조심 2023지40, 2023.9.21. 등, 같은 뜻임),

취득세와 같은 신고납세방식의 조세는 납세자가 법에 정한 방식에 의하여 과세표준과 세액을 신고하면 그 내용대로 확정되는 것에 불과하므로, 납세자 스스로 취득세를 신고하는 과정에서 감면 신청서를 제출하고 처분청이 그에 따라 감면확인서를 교부하였다는 사정만으로는, 처분청이 청구법인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 한 이 건 취득세 등 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세기본법」제57조 제1항은 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다.

(나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정한 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 법령의 부지나 오인은 위 규정에 따라 가산세를 면제할 수 있는 ‘정당한 사유’에 해당하지 않는 점,

처분청이 당초 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따른 취득세 감면을 적용한 것은 청구인의 잘못된 감면신청을 그대로 시인한 정도에 지나지 않아 처분청의 감면요건 확인이나 추가적인 판단이 담겨 있다고 보기 어렵고(조심2022지792, 2022.10.25., 같은 뜻임), 그 밖에 처분청의 귀책으로 볼만한 사정이 나타나지 않아, 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 인정된다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 「지방세특례제한법」(2023.12.19. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것)

제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다.

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2023.12.29., 대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것)

제5조의2(농업법인의 기준 등) ① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서 "농업경영정보 등록"이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체: 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다)

제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

(4) 지방세기본법

제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.