이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2019.1.25. 부친 A로부터 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행 주식 800,000주를 증여받은 후, 증여재산가액을 OOO원(대주주 할증평가 적용, 1주당 OOO원)으로 하여 증여세를 신고·납부하였고, 이후 아래 ＜표1＞과 같이 3차례 양도하고 2019년~2021년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다가, 2024.4.26. 청구인은 쟁점법인인 B로부터 중소기업확인서를 발급받은 중소기업이므로 주식평가액을 대주주 할증 전 평가액인, 1주당 OOO원으로 하여 달라는 증여세 경정청구를 하였다.

＜표1＞ 청구인의 주식 취득 및 양도 현황

ㅇㅇㅇ

나. 처분청은 2024.6.26. 쟁점법인이 2017.11.1. 주식회사 C에서 반도체 및 디스플레이 장비 사업부분이 인적분할되어 신설된 법인으로서 매출액 기준으로는 중소기업에 해당하지 않으나, 「중소기업 기본법」제2조에 따라 사유발생 사업연도의 다음 3년간(2018.4.1.～2021.3.31.)은 유예기간이므로 중소기업에 해당하고, 쟁점법인은 B로부터 중소기업확인서(유효기간 2017.11.1.～2021.3.31.)를 기 발급받은 것으로 확인된다하여 위 경정청구를 인용 결정하였고, 이와 동시에 주식취득가액을 경정하면서 양도차익 과소신고분에 대해, 2024.7.4. 청구인에게 양도소득세 2019년 귀속분 OOO원(가산세 OOO원), 2020년 귀속분 OOO원(가산세 OOO원), 2021년 귀속분 OOO원(가산세 OOO원)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점법인은 2017.11.1. 주식회사 C에서 인적분할되어 신규 설립되었고, 분할 전 모법인인 주식회사 C는 중견기업(매출액 OOO원, 자산 OOO원)에 해당하며, 분할존속법인과 분할신설법인의 최대주주는 A, B, 청구인, C 4명으로 동일하다.

쟁점법인은 2018.2.7. B로부터 “중소기업확인서[중기업]”(유효기간 2017.11.1.~2018.3.31.)를 발급받았고, 「중소기업 기본법」제2조 3항 “중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다”는 규정에 따라 각각 2018.4.11.(유효기간 2018.4.1.~2019.3.31.), 2019.4.12.(유효기간 2019.4.1.~2020.3.31.), 2020.4.13.(유효기간 2020.4.1.~2021.3.31.) B장관 명의의 중소기업확인서를 발급받았다.

2019.3.6. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 주식회사 C와 쟁점법인에 대해 세무조사 사전통지도 없이 예치조사로 법인세 통합조사를 실시하였고, 조사담당자는 주식변동상황명세서, 주식·출자지분양도명세서에서 쟁점법인의 주식이 중소기업법에 의한 중소기업이 아니므로, 대주주들의 기 신고한 양도소득세는 수정신고하고 증여세도 중소기업이 아닌 것으로 신고하도록 지시하여, 각각의 수정신고서와 신고서·납부서를 제출받았다.

이후 2022.11.11. 청구인의 모친 B은 쟁점법인이 중소기업 법인에 해당한다고 경정청구하였으나 거부처분을 받았고, 심판청구(조심 2023서9691)를 제기하여 2024.3.12. 조세심판원으로부터 쟁점법인은 중소기업으로 판단한 결정문을 수령하였으며, 이에 2024.4.26. 청구인이 한 이 건 증여세 경정청구에 대하여 처분청은 2024.6.26. 증여세 환급 통보를 함과 동시에 2024.7.4. 쟁점주식의 취득가액을 변경하는 양도소득세를 경정하면서 이 건 가산세 합계 OOO원도 부과하였다.

(2) 처분청은 국세기본법 집행기준에 따르면 일반 납세자가 법령의 무지나 착오, 예규 등을 잘못 해석하거나 과세관청이 명확한 입장표명을 하지 않는 경우 등은 가산세 감면의 정당한 사유가 되지 않는다고 하면서, 청구인이 주식할증평가를 배제하여야 함에도 불구하고 그 사실을 간과하였다는 의견이다.

(가) 청구인이 2019년 1월 쟁점주식 80만주 취득 당시 중소기업유예기간 해당되는 경우 주식할증평가를 배제하여야 한다는 사실을 간과하여 중견기업으로 판단하여 신고한 것이 아니라, 「중소기업기본법 시행령」제7조에서 평균매출액 산정일을 “중소기업 해당 여부에 대하여 판단하는 날”로 규정하고 있을 뿐 판단하는 날이 언제인지 규정하고 있지 않기 때문에 처음에는 중소기업으로 판단하여 양도소득세를 신고하였으나 이후 세무조사 과정에서 조사청으로부터 중소기업으로 신고한 것이 부당하니 중견기업으로 양도소득세 수정신고 및 증여세 신고 등을 진행하라는 지시를 받아 이후 쟁점법인을 중견기업으로 하여 양도소득세 수정신고, 증여세 신고 등을 진행하게 된 것이다.

(나) 특히 2019년 3월 당시 세무조사 목적이 법인 조사보다는 중견기업 사주일가에 대한 조사를 중점적으로 실시하는 상태에서 청구인은 조사담당자의 의견에 따를 수 밖에 없었고, 구체적인 내용은 다음과 같다.

1) 쟁점법인은 분할 전부터 특허출원 비용 감면 및 OOO 등과 같은 고객사에 업체 등록을 위해 산업통상자원부 산하 한국중견기업연합회로부터 중견기업확인서를 발급받아 왔고, 분할 전인 2017년 10월 경 분할 후에도 중견기업 확인서가 필요하므로, 쟁점법인은 한국중견기업연합회에 분할 이후 중견기업 확인서 발급 방법에 대해 문의하였으나, 연합회 담당자가 분할신설법인은 중소기업확인서를 발급받아야 할 것 같다고 대답해 주면서 B에 문의하라고 가이드를 주었다.

2) 이에 쟁점법인은 B에 분할신설법인은 중소기업확인서를 어떻게 발급받아야 하는지 문의한 결과, B로부터 ‘분할일 당일 매출액 기준으로 중소기업에 해당하는 경우 이후 중소기업확인서 신청일에 중소기업 요건을 충족하지 못하더라도 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업임을 확인한다는 내용의 답변을 듣고 2019.2.26. 쟁점법인의 대주주 A, B의 양도소득세 신고시 당해 법인을 중소기업으로 판단하여 신고한 것이다.

3) 반면에 조사청은 2019.3.6. 주식회사 C의 통합세무조사를 실시하면서 분할 신설법인인 쟁점법인을 중소기업으로 적법하게 신고·납부한 것을 중소기업이 아니라고 판단하였는바, 이에 따라 청구인은 2019.1.25. 부친으로부터 증여받은 쟁점주식 80만주를 중소기업이 아닌 것으로 증여재산을 할증하여 2019.4.30. 증여세를 신고·납부하였다.

(3) 처분청은 청구인이 조사청으로부터 중소기업이 아닌 중견기업으로 신고·납부를 지시받은 것이 아니라 쟁점법인이 법인설립시부터 2019년 법인세 신고시까지 중견기업으로 법인세 신고납부 의무를 이행하였다는 것을 근거로, 청구인이 쟁점법인을 중견기업으로 판단하여 양도소득세를 수정신고하고, 증여세 신고 등을 진행하게 되었다는 의견이다.

(가) 법인세 산정의 기준이 되는 것은 「중소기업 기본법」상의 중소기업이 아닌 「조세특례제한법」상 중소기업으로, 쟁점법인은 「조세특례제한법」상 중소기업의 판단 기준에 의할 때 중견기업에 해당되는 것으로 판단하고 법인세 신고납부 의무를 이행한 것이므로, 청구인이 이를 근거로 쟁점법인을 중견기업으로 판단하여 양도소득세를 수정신고 및 증여세 신고 등을 진행하게 된 것이라는 취지의 처분청 의견은 부당하다.

(나) 구체적으로 살펴보면, 회사 분할 시 중소기업 규모기준 요건(평균매출액 산정) 판단과 관련하여 「중소기업 기본법」에서는 산정일을 핵심 개념으로 하고 분할일로부터 12개월 이상이 지난 경우와 12개월이 되지 아니한 경우를 구분하여 평균매출액 산정 방식을 규정하고 있는데, 평균매출액 산정일을 “중소기업 해당 여부에 대하여 판단하는 날”로 규정하고 있을 뿐 판단하는 날이 언제인지 규정하고 있지 않기 때문에 “중소기업 해당 여부에 판단하는 날”이 중소기업 확인서 신청일인지 아니면 분할일인지 과세관청과 납세자 간 견해의 대립이 발생할 수 있다.

(다) 반면에, 법인세 산정의 기준이 되는 「조세특례제한법」에서 중소기업 규모기준 요건(평균매출액 산정) 판단 관련, 분할의 경우 그 등기일의 다음날이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다고 명확하게 규정하고 있는바, 쟁점법인은 위 기준에 따라 중견기업으로 판단하여 법인세 신고납부를 이행한 것이다.

(4) 처분청은 동일한 사실관계로 인해 증여세는 본세 및 환급가산금 이자를 환급하나, 양도소득세는 본세만 부과해달라고 하는 것은 논리적이지 않고 조세 형평에도 맞지 않는다는 의견이나, 가산세는 세법에서 규정한 신고·납세 등 의무 위반에 대한 제재인 점에서 부당이득에 대한 법정이자의 성격을 가진 환급가산금 제도와는 그 취지가 다르고 그로 인해 금액에서도 상당한 차이가 있으므로(과소신고가산세의 경우 과소신고납부세액의 10/100, 환급가산금은 1천분의 35) 처분청의 의견은 부당하다.

(5) 요약하면, 조심 2023서9691(2024.3.12.)의 결정에 의하여 주식의 취득가액이 달라짐으로써 소급적으로 양도소득세를 과소신고한 결과가 되었으나 그러한 결과는 청구인이 주식할증평가를 배제해야 함에도 불구하고 그 사실을 간과하였거나 쟁점법인을 중견기업으로 판단하여 양도소득세 수정신고 및 증여세 신고 등을 진행해서 발생한 것이 아니다.

그러한 결과를 발생한 원인은 「중소기업 기본법」상 평균매출액 산정일이 “중소기업 해당 여부에 대하여 판단하는 날”로 규정하고 있을 뿐 판단하는 날이 언제인지 규정하고 있지 않으므로 국세청과 청구인(중소벤쳐기업부) 간 법 해석상의 차이가 발생하였으며, 이로 인해 국세청의 세무조사 과정에서 중견기업으로 양도세 수정신고, 증여세 신고 등을 진행하라는 지시를 받아 이후 쟁점법인을 중견기업으로 하여 양도소득세의 수정신고, 증여세 신고 등을 진행하게 된 것이므로, 청구인의 양도소득세 과소 신고에는 귀책 사유가 없어 가산세를 면할 정당한 사유가 있다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 이 건 쟁점에 있어 국세청과 B의 법령 해석차이 세무조사 당시 국세공무원으로부터 수정신고 지시를 받았기 때문에 세법해석상 이견이 있었으므로 이는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 청구인은 2022.11.16. 국세상담센터의 질의회신을 받았고, 2023.1.5. 경정청구 거부 결정(2022.11.11. 제기)을 받은 후 2023.4.6. 중소기업벤처부 직원으로부터 중소기업 및 중소기업유예대상 여부에 대해 이메일로 답변을 받은 바 있다.

위 두 가지 사실관계는 조심 2023서9691(2024.3.12.) 인용 결정의 판단 근거가 되었고 처분청도 위 심판결정에 따라 2024.6.26. 청구인의 증여세 경정청구를 인용 결정하여 증여세 본세 및 환급가산금을 환급한 바 있다.

만약 청구인이 부친으로부터 주식을 증여받기 전 혹은 증여세를 신고하기 전 위와 같이 사전 질의회신을 받거나 혹은 관련 부처 담당자의 이메일 해석 등으로 주식평가의 일관된 판단을 하였다면 증여세 및 양도소득세의 착오 신고는 발생하지 않았을 것이고, 청구인의 세법 법령의 부지·착오 혹은 해석의 오류는 가산세 감면 사유에 해당하지 않는다.

또한, 청구인은 조사청이 대주주들의 양도소득세·증여세 신고시 중소기업으로 신고한 것은 잘못으로 중소기업 아닌 것으로 신고·납부하라고 지시하였다는 주장이나, 국세공무원 혹은 조사청으로부터 어떠한 공적 견해를 받은 사실이 있는지 불분명하고, 그에 근거하여 신고납부하였다는 주장은 납득하기 어려우며, 오히려 청구인이 당해 주식 80만주의 증여취득 시 대주주 할증 평가를 한 것으로 이는 적정하게 신고한 것이며, 위 주장은 청구인 모친(쟁점법인의 지분 보유·양도)의 양도소득세 수정신고 및 심판청구와 관련하여 청구인측 착오가 있던 것으로 판단된다.

(2) 동일한 사실관계로 인하여 증여세는 본세 및 환급 가산금이자는 환급하나, 양도소득세는 본세만 부과해달라는 청구주장이므로, 이는 논리적이지 않고 조세형평에도 맞지 않는다.

쟁점법인은 2017～2019사업연도 법인세 신고 시 중견기업으로서 법인세를 신고하였고, 조사청의 법인세 통합조사 당시에도 중견기업으로서 법인세 부과결정을 받았으며, 법인 설립시부터 2021.3.31.까지 중소기업확인서를 발급받은 사실이 있음에도 본 의견서 작성시점까지 쟁점법인은 법인세 경정청구를 통해 중소기업 공제·감면 받은 사실이 없다.

오직 대주주들의 주식 증여취득 및 양도소득세 신고시에만 중소기업으로서 할증평가를 배제하고 낮은 세율 적용을 청구하였는 바, 이 역시 논리적으로나 조세형평에도 어긋난다.

(3) 청구인이 인용한 해석사례(2016-법령해석기본-187, 2016.9.29.)의 사실관계는 주식변동조사 당시 증여재산평가와 관련된 것으로써 이 건과 사실관계가 다르다.

(가) 청구인이 인용한 위 해석사례의 사실관계는 주식변동조사 당시 쟁점주식평가와 관련하여 직접 소송을 진행하였고, 이후 대법원 판결의 기속력이 직접 미치는 사례이나, 이 건은 쟁점법인의 법인세 통합조사가 청구인이 증여 취득한 주식의 증여세 및 양도세 신고에 어떤 영향을 미쳤는지 직접적인 연관을 찾을 수 없는바, 청구인은 증여받은 주식과 관련하여 조사청 혹은 처분청으로부터 경정결정 처분을 받은 것이 아닌 청구인 스스로 주식을 평가하고 증여세 및 양도소득세를 신고한 것이다.

(나) 다만 쟁점법인은 중견법인으로서 법인세 신고납부를 정상적으로 이행함과 동시에 중소기업확인서를 4차례나 발급받았으므로 청구인의 주식을 할증평가 대상인지 여부에 판단 및 신고가 어려웠다고 볼 수 있으나, 그렇다하더라도 결국 납세자 귀책으로 보인다.

(다) 청구인은 대법원 판결(OOO)을 인용하며 증여재산가액 및 양도소득세 취득가액을 과세관청의 세무조사결과로 신고할 수밖에 없었다고 주장하나, 위 대법원 판결은 신고납부 불성실의 귀책을 납세자에게 묻기 어려운 사정이 있었을 때를 간과해서는 안되는 취지로 해석해야 하며, 만약 귀책 사유가 납세자에게 있다고 확인되는 때는 적용되서는 안된다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령

제28조[가산세의 감면 등] ① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지 등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시·군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

② 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.

1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액

2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조 제1항의 경우만 해당한다)

③ 제2항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.

④ 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청서를 제출받은 경우에는 그 승인여부를 통지하여야 한다.

제29조[가산세 감면 제외 사유] 법 제48조 제2항 제1호 및 제2호에 따른 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우

2. 해당 국세에 관하여 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 과세표준수정신고서를 제출한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2019.1.25. 부친 A로부터 쟁점법인의 주식 800,000주를 증여 받은 후 2019.9.30., 2020.12.22., 2021.4.30. 위 주식을 양도하였는바, 청구인의 증여세 관련 경정청구에 따라 처분청은 주식의 증여재산가액을 감액하면서 위 양도소득세의 취득가액도 감액하고 가산세를 포함하여 아래 ＜표2＞～＜표4＞와 같이 이 건을 경정·고지하였다.

＜표2＞ 2019.9.30. 쟁점법인의 주식 82,910주 매도분

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＜표3＞ 2020.12.22. 쟁점법인의 주식 72,568주 매도분

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＜표4＞ 2021.4.30. 쟁점법인의 주식 150,000주 매도분

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(2) 청구인 및 모친 B이 쟁점법인의 주식을 취득·양도하고, 쟁점법인이 수령한 중소기업 확인서, 주식회사 C 및 쟁점법인에 대한 세무조사 등에 대한 날짜별 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 이 건 관련 날짜별 주요 사항

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(3) 청구인의 모친 B이 제기한 심판청구(조심 2023서9691, 2024.3.12.)의 주요 내용은 아래와 같고, B장관은 쟁점법인에게 중소기업확인서를 발급하는 등 대외적으로 중소기업임을 밝히고 있어 쟁점주식 양도 당시(2018.7.4.) 쟁점법인은 중소기업에 해당한다는 내용이 나타난다.

＜조심 2023서9691(2024.3.12.) 결정서의 주요 내용＞

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(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 조사청으로부터 쟁점법인이 중소기업 여부에 대한 어떠한 공적인 견해를 받은 사실이 없어 가산세 감면 사유에 해당하지 않는다는 의견이나, 당초 청구인의 모친 B은 2019.2.21. 쟁점법인 발행 주식의 양도소득세 신고 시 쟁점법인을 중소기업으로 보아 신고하였으나, 쟁점법인 등에 대한 세무조사를 받은 후 청구인은 쟁점법인 발행주식에 대한 증여세(2019.4.29.) 및 양도소득세(2020.2.20.)를 신고하면서 쟁점법인을 중소기업 외로 신고하였는 바, 처분청의 공적인 견해 표명은 없었다 하더라도 청구인의 입장에서는 세무조사 시 조사청 공무원의 견해나 지시사항을 무시하기는 어려웠을 것으로 보이는 점, 청구인과 처분청 간에 쟁점법인이 중소기업인지 여부에 대한 견해 차이가 있어 모친 B이 심판청구(조심 2023서9691, 2024.3.12.)를 하였으며, 심판청구의 결정에 따라 쟁점법인이 중소기업인 것으로 확정된 점, 당초 양도소득세 신고 시 청구인이 쟁점법인을 중소기업으로 하여 양도소득세를 신고할 것을 기대하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 한 가산세 합계 OOO원(과소신고가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원)을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.