이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2025.1.16. 인천광역시 서구 OOO(지하1층∼지상10층, 창고시설, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO원에 취득한 후 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)에게 임대한 33,086.08㎡(7층∼10층, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여는,「지방세법」제13조 제2항의 중과세율(1천분의 80)을, 청구법인이 대도시 중과 제외 업종인 창고업에 직접 사용할 예정인 109,766.78㎡(부속토지를 포함하여 이하 “그 외 면적”이라 한다)에 대하여는 같은 법 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 각각 적용하여 아래 ＜표＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

＜표＞ 이 건 취득세 등의 신고·납부 내역

○○○

나. 청구법인은 2025.4.29. 쟁점부동산은 임대용 부동산이므로 취득세 중과세율 적용 대상이 아니라는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2025.6.26. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 대도시에서 행정안전부령으로 정하는 사무소 등을 설립ㆍ설치하기 이전에 법인의 지점 등의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산을 취득세 중과세 대상으로 규정하고 있고, 지점 등의 용도에 직접 사용하기 위해서는 해당 부동산에 지점 등으로 사용하기 위한 인적ㆍ물적설비가 갖추어져 있어야 한다.

(2) 또한, 임대인이 직영하지 않는 임대사업장은 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 원고의 사무 또는 사업이 행해지는 장소로 볼 수 없고(서울고등법원 2014.11.11. 선고 2014누4094 판결), 임차인이 부동산을 사용수익 할 수 있도록 편익을 제공하는 사실적인 업무만을 수행하는 관리사무소가 있다거나, 제3자와의 시설관리계약을 통해 건축물의 유지 관리, 환경위생관리, 경비 및 보안 등의 업무만을 수행하는 경우에는 이를 지점으로 보기 어렵다고 할 것이다(조심 2012지698, 2013.12.24.).

(3) 청구법인 2025.1.16. 이 건 부동산을 취득한 후 같은 날 쟁점부동산을 AAA에게 임대하였고, AAA은 쟁점부동산 중 7·8·10층은 자신들이 사용하고 나머지(9층)는 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)에게 전대하였는바, 쟁점부동산은 청구법인의 임대용 부동산일 뿐 청구법인은 쟁점부동산에 청구법인의 지점을 설치한 사실도 없고, 청구법인의 지점으로 사용한 사실도 없다.

(4) 청구법인은 이 건 부동산의 효율적 관리를 위하여 쟁점부동산을 포함하여 이 건 부동산에 대한 시설관리를 주식회사 CCC(이하 “CCC”라 한다)에게 맡겼는바, CCC가 쟁점부동산의 시설 등을 관리하고 미화 업무 등을 하고 있다고 하여 이를 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없다.

(5) 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 그 외 면적에 지점(인천4지점)을 설치하고 중과 제외 업종인 창고업에 사용하고 있고, 쟁점부동산은 임대하고 있으므로 쟁점부동산은「지방세법」제13조 제2항에서 규정하고 있는 대도시 내 법인의 지점 설치 등에 따른 부동산에 해당하지 않아 표준세율 적용 대상이라 할 것임에도 처분청이 이와 같은 사실 등을 무시하고, 청구법인과 이 건 부동산의 시설관리 및 미화 업무 등을맡고 있는 종업원들이 이 건 부동산에 근무한다는 이유 등으로 쟁점부동산을 대도시 내 법인의 지점용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)「지방세법」제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 대도시에서 행정안전부령으로 정하는 사무소 등을 설립ㆍ설치하기 이전에 법인의 지점 등의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산을 취득세 중과세 대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제6조에서 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장이란「법인세법」등에 따른 등록 대상 사업장으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소로 규정하고 있다.

(2)「지방세법 시행규칙」제6조에서 규정하고 있는 ‘인적 설비’란 당해 법인의 지휘ㆍ감독 하에 인원이 상주하는 것을 뜻하고, 그 고용 형식이 반드시 당해 법인에 직속하는 것은 아니므로(대법원 2011.6.10. 선고 2008두18496 판결), 위탁관리계약 상 수탁자가 위탁자에게 매월 회계장부 및 증빙서류를 제출할 의무를 부담하고, 위탁자가 수탁자로부터 자료를 제출받아 회계처리를 계속한 경우에는 위탁자가 해당 부동산에 인적 설비를 갖추고 계속하여 사업을 행하는 것으로 볼 수 있다.

(3) 청구법인이 2025.3.25. CCC와 체결한 시설관리계약서 제9조 제2항에서 CCC의 현장대리인은 이 건 부동산에 상주하면서 청구법인 또는 AAA(쟁점부동산의 임차인)과 연락 및 조정 업무를 수행한다고 규정하고 있고, 제3항에서 청구법인은 현장대리인을 통하여 계약업무의 최종 수행결과를 확인ㆍ지시한다고 규정하고 있으며, 제11조 제1항 단서에서 종업원 중 도급 업무 수행에 현저히 부적당하다고 인정되는 자가 있을 때에는 청구법인이 해당 인원의 교체를 요구할 수 있다고 규정하고 있는 것으로 보아, 청구법인은 쟁점부동산의 시설 및 환경미화를 맡고 있는 CCC의 종업원을 지휘·감독하고 있다고 할 것이다.

(4) 따라서, 청구법인은 쟁점부동산에서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사업을 수행하고 있다고 할 것인바, 처분청이 쟁점부동산을「지방세법」제13조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 대도시 내에서 지점 설치에 따른 부동산으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산을 대도시 내 지점 설치에 따른 부동산으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1977.1.18. 설립된 물류전문회사로서 서울특별시 종로구 OOO을 본점소재지로 하고, 해운 및 항공화물 주선업, 창고보관업, 운송업 등을 목적사업으로 하고 있다.

(나) 이 건 부동산(인천광역시 서구 OOO)의 위탁자 겸 수익자인 AAA은 2024.9.26. BBB와 쟁점부동산(7층～10층)에 대한 임대차계약(계약기간 : 2024.9.26.부터 2년)을 체결하였다.

(다) 청구법인은 2025.1.16. 이 건 부동산의 수탁자인 DDD신탁 주식회사(위탁자 : AAA)로부터 OOO원에 이 건 부동산을 취득한 후, 같은 날 AAA과 쟁점부동산에 대한 임대차계약(계약기간 2025.3.1.～ 2027.3.1.)을 체결하였고, AAA은 쟁점부동산 중 9층만을 BBB에게 전대하는 것으로 하는 전대차계약을 체결하였다.

(라) 청구법인은 이 건 부동산 중 청구법인이 창고업에 직접 사용하는 부분(지하1층, 1층～6층)에 대하여는 표준세율(1천분의 40)을 적용하고, 쟁점부동산(AAA에게 임대, 7층～10층)에 대하여는 중과세율(1천분의 80)을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(마) 청구법인은 2025.3.25. CCC(수급인)에게 아래와 같은 조건으로 이 건 부동산에 대한 시설관리, 경비, 미화 용역을 맡기는 업무위탁 계약을 체결하였다.

○○○

(바) 청구법인은 2025.5.28., 2025.6.2. 이 건 부동산에 사업장(OOO)을 신설하기 위한 선행 조치로 청구법인의 직원(7명)을 이 건 부동산에 근무하도록 하는 인사발령을 하였고, 2025.6.24. 청구법인의 조직을 개편하여 OOO를 신설하였으며, 2025.8.1. 이 건 부동산을 소재지로 하여 지점(인천4지점) 등기를 하고, 창고업을 개시하였다.

(사) 이 건 부동산 중 청구법인이 창고업의 용도에 직접 사용하고 있는 부분(지하1층, 1층～6층)이 대도시 내 법인의 취득세 중과세 제외 대상이라는 사실은 다툼이 없고, 청구법인의 등기사항일부증명서를 보면, 이 건 부동산이 있는 인천광역시에는 청구법인의 인천2지점과 인천3지점이 있는데, 해당 지점들은 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 그 설치일부터 5년이 경과한 것으로 나타난다.

(2)「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 대도시에 지점(사업장 등)을 설치하기 이전에 취득한 부동산을 사업장으로 직접 사용하는 경우 해당 부동산에 대하여는 취득세 중과세율(1천분의 80)을 적용한다고 규정하고 있다.

또한,「지방세법」제13조 제2항 단서에서 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종(대도시 중과 제외 업종)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우에는 제11조에 따른 표준세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제26조 제1항 7호에서「물류정책기본법 시행령」제3조 및 별표 제1호에 따른 창고업을 대도시 중과 제외 업종으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인은 2025.1.16. 대도시 내에 소재하는 이 건 부동산을 취득한 후 2025.8.1. 이 건 부동산에 지점(인천4지점)을 설치하였는바,「지방세법 시행령」제27조 제3항에 따라 지점 용도로 직접 사용하는 부분만 취득세 중과세율 적용 대상이라 할 것인데, 청구법인이 AAA에게 임대하고 있는 쟁점부동산은 여기에 해당하지 않는 점,

청구법인은 CCC에게 이 건 부동산 전부에 대해 시설 관리, 경비 및 환경 미화 업무 등(이하 “시설관리 등”이라 한다)을 위탁하였는바, 청구법인이 시설관리 등을 하는 인원들에게 그 업무와 관련된 지시를 할 수 있다고 하더라도 이는 해당 업무를 위탁한 도급자로서의 지위에서 하는 행위일 뿐 이를 근거로 이 건 부동산의 시설관리 등을 담당하는 인원들을 청구법인의 인적 설비라고 할 수는 없는 점,

설령, 처분청의 의견과 같이 이 건 부동산의 시설관리 등을 담당하는 인원들을 청구법인의 인적 설비로 보고, 그 인원들이 수시로 쟁점부동산에 드나든다고 하더라도 그 시설관리 등을 위한 사용을 지점 용도로 직접 사용하는 것과 동일하다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어,

쟁점부동산은 청구법인의 임대용 부동산으로「지방세법 시행령」제27조 제3항에서 규정하고 있는 대도시 내 지점 설치에 따른 부동산에 해당하지 않는다고 할 것이므로 처분청이 이와 다른 측면에서 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제6조[정의] 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.

제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령

제26조[대도시 법인 중과세의 예외] ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

7.「여객자동차 운수사업법」에 따른 여객자동차운송사업 및「화물자동차 운수사업법」에 따른 화물자동차운송사업과「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제3호에 따른 물류터미널사업 및 「물류정책기본법 시행령」제3조 및 별표 제1호에 따른 창고업

제27조[대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준] ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소 등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산의 취득으로 한다. (이하 생략)