이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.7.7. 경기도 안산시 단원구OOO토지 13,340.6㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 A센터(이하 “이 건 A센터”라 한다)를 개발하는 사업(이하 “이 사건 개발사업”이라 한다)을 시행할 목적으로 설립된 OOO투자회사로서, 이 사건 개발사업을 시행하기 위하여 2023.8.11. 이 건 토지를 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 처분청에 이 건 토지가 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 일부개정된 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면 조례」제6조 제1호 규정에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 취득세 등을 환급해야 한다는 취지로 2025.2.13. 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.3.6. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 토지는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 조성된 국가산업단지인 시화국가산업단지 내에 위치하고 있고, 청구법인은 이 건 토지에 산업용 건축물인 A센터를 신축하고 있는바, 이 건 토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하고 있다고 보아야 할 것이므로 지특법 제78조 제5항 제1호에 따른 추징사유(취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는 경우)에 해당하지 아니한다.

(가) 지특법 제78조 제4항은 산업단지개발사업의 시행자가 조성한 산업단지 내 기업입주를 촉진하고 활성화하여 산업단지의 경쟁력을 높이는 것을 목적으로 하는 규정이고(대법원 2011.12.27. 선고OOO판결 등, 같은 뜻임), 산업단지개발사업의 시행자로부터 산업단지 내 토지를 취득하여 취득세가 감면되었음에도 불구하고 해당 토지를 일정기간 사용하지 않는 등으로 인해 지특법 제78조 제4항의 목적을 잠탈하는 경우에는 같은 조 제5항에서 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 지특법 제78조 제5항 제1호, 제2호에서 규정하는 추징사유는 같은 조 제4항의 목적이 잠탈되는 경우인지 여부를 고려하여 해석되어야 할 것이다.

(나) 산업단지 내 취득한 목적물이 ‘토지’인 경우, 토지 그 자체만으로는 주차장 등의 용도로밖에 사용할 수 없어 산업단지가 활성화되는 것이 아니므로, 토지 지상에 건물을 신축하여야 산업단지 활성화를 위한 입법목적이 달성되는바, 산업단지개발사업의 시행자로부터 산업단지 내 토지를 분양받아 해당 토지 위에 산업용 건축물 등을 신축하고 있는 경우라면 지특법 제78조 제5항 제1호에서 말하는 ‘직접 사용’에 해당한다고 보아야 한다.

같은 취지에서 대법원도 지특법 제78조에서 규정한 ‘3년’이라는 기간은 일종의 유예기간으로서 위 유예기간 안에 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우에는 그 토지를 직접 사용하고 있는 것으로 인정하여야 한다고 보면서, 3년이라는 기간 동안 해당 토지에서 산업용 건축물 등을 신축하고 있으며, 공사가 중단되거나 지연되지 않고 진행되고 있다면 해당 토지에 대한 취득세를 감면한 취지(산업단지 활성화)에 부합하게 사용하는 것으로 보아야 한다고 판단하였다(대법원 2018.5.15. 선고OOO판결).

(다) 청구법인은 2023.8.11. 이 건 토지를 취득한 후 2023.12.22. 이 건 토지에 ‘산업단지구조고도화’를 위한 대행사업 계약을 체결했고, 2024.10.4. 구조고도화사업계획 승인 고시 후 2024.10.8. 이 건 A센터 건축허가를 득하였으며, 2024.11.7. 현대건설 주식회사(이하 “시공사”라 한다)와 이 건 A센터 건설을 위한 공사도급계약을 체결하고 2024.12.24.경 토목공사에 착공하였는바, 청구법인은 이 건 토지의 취득일부터 사업승인 준비 및 사업진행 단계에서 지연되는 절차 없이 이 사건 개발사업을 진행하고 있음에도 불구하고, 지하 5층, 지상 7층, 연면적 76,459.01㎡의 이 건 A센터 건설에 소요되는 기간이 3년 이상(1단계 준공에 38개월, 2단계 공사에 추가 12개월 소요)으로 예상된다.

타지역 A센터 개발사업의 경우, 안양시 소재의 A센터 공사기간은 최근 총 28개월이 소요되었고, 하남시 소재 A센터는 약 5년여 기간이 소요되었는바, 이 건 A센터는 위 A센터보다 연면적 규모가 2배이므로 이 건 A센터 건설에 소요되는 기간[1단계 공사(지상 4층까지)에 38개월 소요 예상, 2단계 공사(지상 5∼7층)기간은 12개월 추가 소요될 예정]이 결코 과도하다고 볼 수 없고, 청구법인이 이 사건 개발사업을 지연시킨 사정 또한 없다.

(2) 청구법인이 이 건 A센터를 건설하여 2년 이상 직접 운영한 후 매각할 예정이므로 지특법 제78조 제5항 제2호에 따른 추징사유(직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용)에 해당하지 아니한다.

(가) 지특법 제78조 제5항 제2호는 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”라고 규정하여 산업단지개발사업의 사업시행자가 조성한 토지를 취득한 자가 2년 동안 직접 사용하지 아니하고 해당 토지를 처분하거나 다른 목적으로 사용한다면 감면된 취득세가 추징되도록 하고 있다. 즉, 지특법 제78조 제5항 제2호는 같은 항 제1호와 달리 별도의 기산점을 두지 않고 ‘직접 사용’하는 기간 자체(2년)에 관하여 제한을 둔 규정이다.

대법원은 취득세 감면대상 목적물이 토지일 경우 해당 토지 위에 건축물의 공사가 완료되어 사용승인을 득한 시점을 ‘취득세 감면대상 목적물을 직접 사용하는 날’의 개시일로 보아야 한다는 취지로 판단하였는바(대법원 2008.5.29. 선고 OOO판결), 청구법인이 이 건 토지 위에 산업용 건축물 등을 준공한 후 2년 이상 직접 사용할 계획이다.

(나) 대규모 자본 및 전문적 기술이 필요한 A센터를 건설하는 경우 실질적인 시행자는 청구법인과 같은 프로젝트금융투자회사를 설립하고 A센터를 건설한 다음 A센터 이용자에게 임대하거나 또는 매각하게 되고, 청구법인 또한 이 건 토지를 매입하여 이 건 A센터의 건설사업을 수행한 다음, 2년 이상 경과 후 매각할 계획을 수립하고 있다.

이 건 A센터 건설공사의 1단계 공사(건축물 전체 구축, 4층까지 기계·전기·배관설비 공사 완료) 준공시 A센터로서의 기능이 정상적으로 가동되게 되고, 청구법인은 이 건 A센터의 1단계 공사가 완료되는 시점부터 이 건 A센터를 사용하여 32개월(=2단계 공사 12개월 + 자산 안정화 기간 20개월) 뒤에 매각을 예정하고 있는바, 최소 2년 8개월 동안은 이 건 A센터를 소유할 계획이다.

이 건 A센터에는 이미 ㈜B(기업형태 : 대기업, 이하 “임차법인”이라 한다)가 2023.3.15. 임차확약서를 제출(2023.3.16. 합의각서 체결)하였고, 이외에도 C, D, E, F 등 다양한 기업이 임차인으로 들어올 예정인데, 이처럼 A센터는 인공지능 산업 등 미래 기술 산업의 입주를 유도하는 일종의 앵커시설로서의 역할을 하게 된다.

(다) 애초에 A센터는 ‘직접 사용’이 사실상 불가능하며 PFV도 부동산 개발사업을 진행할 목적으로 일시적으로 설립된 법인으로 A센터를 사실상 사용하는 것이 불가능하더라도 PFV인 청구법인이 이 건 토지에 A센터를 개발하는 사업을 주도함으로써 A센터를 건설하고 A센터를 이용할 고객을 확보하게 되는바, 청구법인이 이 건 A센터를 건축하여 소유자로서 소유하고 있는 이상 이를 대기업이 이용하도록 한다고 하더라도 그 부지인 이 건 토지를 A센터용으로 직접 사용하고 있다는 사실을 인정하여야 한다.

(3) 처분청은 청구법인이 이 건 토지 지상에 이 건 A센터를 신축한 후 이를 직접 사용하지 않고 대기업에 임대할 예정이므로 직접 사용을 인정할 수 없다는 의견이나, 이는 처분청에서 「민법」제618조에서 정한 전형계약으로서의 “임대차”와 A센터 개발사업에서 사용되는 “상면임대차”의 개념을 혼동한 것으로서, 청구법인은 이 건 A센터를 상면임대차하여 사용할 예정이므로 청구법인이 이 건 A센터를 직접 사용할 예정이라는 사실을 인정하여야 한다.

(가) 「민법」제618조에 따른 임대차는 계약기간 동안 임차인으로 하여금 목적물을 배타적으로 사용·수익하게 하는 대신 임차인은 차임을 지급하고, 임대인은 임차인이 목적물을 사용·수익하기에 편한 상태로 유지할 의무를 부담하는 계약이다.

반면, “상면임대차”는 인터넷 A센터 개발사업에서 사용되는 개념으로, 기업 및 개인고객에게 전산 설비나 네트워크 설비를 임대하거나 고객의 설비를 유치하여 유지·보수 등의 서비스를 제공하는 것을 말하는 것으로, 개별 기업이 운영하기에는 부담이 큰 서버장비 및 통신장비의 운영과 관리를 대행하며 최첨단 시설과 보안, 완벽한 통신 네트워크를 갖추고 있으며, 주요 기능은 보안시설과 관리인력을 갖추고 기업의 서버를 관리해주는 일이다(광주고등법원 2018.11.23. 선고 2017나15798 판결, 참조). 이에 따라 상면임대차 계약을 체결하는 경우 A센터 사업자가 인터넷 A센터 내에 일정한 상면, 즉 서버설치공간(‘1평 단위 면적’ 또는 ‘랙 단위’의 공간)을 고객(임차인)에게 제공하고 그 대가로 이용료를 받게 된다.

(나) 이 건 A센터의 경우, 여러 임차인을 모집하여 리테일 코로케이션방식으로 운영될 예정으로, 청구법인이 이 건 A센터 내 특정공간을 배타적으로 고객(임차인)에게 사용하도록 임대하는 것이 아니라, 고객은 이 건 A센터 내에 자신의 서버를 설치할 수 있는 특정 공간(상면 또는 랙)을 제공받고, 청구법인이 운영하는 설비를 이용하여 전력공급, 냉각설비 등의 서비스도 함께 제공받는 방식이다.

이와 같이 임차법인을 통한 이 건 A센터의 위탁운영은 청구법인이 설립된 목적인 이 건 A센터의 건립 및 운영사업의 달성을 위한 수단으로서의 ‘대행’일 뿐 ‘사용의 이전’으로서 일반 임대차처럼 해석될 수 없고, 청구법인이 이 건 A센터를 신축한 후 고객(임차인)에게 단순히 이를 임대하는 것이 아니라, 고객에게 인터넷 A센터 서비스를 제공하는 업을 영위할 예정이므로, 이 건 A센터의 일부분인 상면(랙)을 고객에게 사용하게 하였다고 하여 이를 임대차로 보아 직접 사용을 부인할 수는 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 이 건 토지 지상에 이 건 A센터를 착공하여 신축하고 있다는 사유만으로 이 건 토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하고 있다고 볼 수는 없다.

(가) 산업용 건축물의 건축에 착공하는 것은 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 가까운 점(대법원 2015.2.12. 선고OOO판결, 같은 뜻임), 착공 시점을 직접 사용의 개시일로 해석할 경우 취득일로부터 3년 이내에 착공하고, 착공 후 2년만 경과하면 그 후 토지를 매각한다 하더라도 취득세 등을 추징할 수 없게 되어 이를 쉽사리 수용할 수 없는 점 등에 비추어, 산업용 건축물을 신축할 목적으로 취득한 토지의 감면 규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용한 것으로 보아야 한다(행정안전부 지방세운영과-1785, 2010.4.29., 같은 뜻임). 따라서 청구법인이 이 건 토지 지상에 이 건 A센터를 착공하여 신축하고 있다는 사유만으로 이 건 토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하고 있다고 볼 수는 없다.

(나) 청구법인은 판례(대법원 2018.5.15. 선고 OOO판결)를 들어 이 건 토지에 산업용 건축물을 건축하고 있는 경우 이를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하고 있다고 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 근거로 들고 있는 판례는 재산세 관련 사례이고, 재산세의 경우 지특법 시행령 제123조에서 “법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다”고 규정하고 있으나 반대해석상 이러한 규정을 두고 있지 않은 취득세의 경우에는 직접 사용의 범위에 건축물을 건축 중인 경우가 포함되지 않는 것으로 해석함이 타당(대법원 2015.2.12. 선고OOO판결, 같은 뜻임)하므로 이 건 토지에 산업용 건축물을 건축하고 있다는 사유만으로 이 건 토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하고 있다고 볼 수는 없다.

(2) 청구법인이 이 건 토지의 취득일부터 유예기간(3년) 내에 이를 감면받은 용도로 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 청구법인이 이 건 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용할 계획도 없으므로 지특법 제78조 제4항에 따른 취득세 등 감면을 적용할 수 없다.

(가) 청구법인이 제출한 자료에서 유예기간 내에 이 건 토지를 감면받은 용도로 직접 사용할 수 없었던 법령에 의한 제한이나 행정기관의 귀책이나 장애사유가 있어 보이지 않는다.

(나) 또한 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 부동산을 취득하더라도 스스로 이를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하고 제3자에게 임대할 목적이 있는 경우에는 그 임대가 중소기업자에 대한 임대가 아닌 한 취득세 등 경감대상에 해당하지 않는다고 할 것인데(대법원 2012.11.29. 선고OOO판결, 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 A센터를 신축한 후 곧바로 임차법인에게 해당 건축물을 임대할 예정이고, 그 밖의 추가로 임대할 예정인 법인(C, D, E, F 등)들도 중소기업이 아니며, 청구법인이 직접 사용할 계획도 없다는 사실을 청구법인 스스로가 인정하고 있으므로, 애초에 청구법인의 이 건 토지 취득에 대하여 지특법 제78조 제4항에 따른 취득세 감면을 적용할 수 없다.

(다) 나아가 청구법인은 A센터의 특성상 임대를 줄 수밖에 없으므로 이를 고려하여 취득세 감면을 적용해야 한다고 주장하나, 산업용 건축물이 A센터라는 이유만으로 청구법인이 이 건 A센터를 직접 사용하지 않는 경우나 대기업인 임차법인에게 임대하는 경우까지 취득세 감면 대상으로 확대하여 해석할 수 없고, A센터 취득의 주체가 A센터를 직접 사용하는 사례(네이버, 카카오 자체 A센터 등)도 있으므로 A센터의 특성상 취득한 부동산을 직접 사용을 할 수 없으므로 이 건 토지에 대해서도 취득세 감면을 적용해야 한다는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

(라) 아울러 청구법인은 PFV의 특성(PFV는 특정 사업을 수행할 목적으로 설립된 후 한시적으로 그 사업을 수행하는 명목회사로, 개발사업을 수행하여 취득한 부동산 등을 매각 또는 분양하는 목적을 달성하면 그 법인의 목적을 다하는 것)상 개발사업으로 취득한 부동산을 직접 사용할 수 없고, 따라서 산업단지 감면의 취지 및 PFV의 특성을 고려하여 청구법인이 취득세 감면 규정에서 정하고 있는 “직접 사용”의 요건을 충족하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 주장에서도 인정하고 있는 바와 같이 이 건 A센터를 직접 사용할 수 없고, 관련 법령 어디에서도 PFV에 대하여 “직접 사용”의 범위를 달리 정한다는 별도의 규정이 존재하지 않는바, A센터를 직접 사용하지 않고 대기업에 임대하는 것을 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 A센터를 신축하기 위하여 취득한 이 건 토지에 대하여 지특법 제78조 제4항에 따라 취득세 등을 감면해 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 일부개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2022.7.7. 이 사건 개발사업을 시행할 목적으로 설립된 「조세특례제한법」제104조의31 제1항의 프로젝트금융투자회사이다.

(나) 청구법인은 이 사건 개발사업을 시행하기 위하여 2023.8.11. 이 건 토지를 취득하였고, 건축·대수선·용도변경 허가서에 따르면, 청구법인은 이 건 토지에 2024.10.8. 아래와 같이 이 건 A센터에 대한 신축허가를 받은 사실이 확인된다.

＜표＞ 이 건 A센터 건축허가 주요내용

○○○

(다) 청구법인은 2024.11.7. 시공사와 이 건 A센터 신축과 관련한 공사도급계약을 체결하였고, 공사기간은 실착공일로부터 38개월까지로 확인된다.

＜표＞ 이 건 A센터 공사도급계약 주요내용

○○○

(라) 착공신고필증에 따르면, 청구법인은 2024.12.18. 이 건 A센터의 착공(착공예정일자: 2024.12.23.)을 허가받아 2025.3.11. 현재 이 건 토지에 이 건 A센터를 신축하기 위한 토목공사가 진행 중인 것으로 나타난다.

(마) 청구법인의 이 건 A센터 개발사업 관련 투자자 설명자료에는 2024년 11월부터 2028년 12월(1,2단계 포함)까지 이 건 A센터를 개발하여 2030년 8월까지 임대·운영한 후 매각하는 것으로 예정되어 있고, 개발계획상 인허가 스케쥴에는 2023년 11월 3주부터 2024년 2월 4주까지 계획설계(3개월)를, 2024년 3월 1주부터 2024년 4월 4주까지 중간설계(2개월)를, 2024년 5월 1주부터 2024년 10월 3주까지 실시설계(6개월)를 실시한 후 2024년 11월 착공하여 2028년 12월까지 공사를 완료(50개월)하는 것으로 되어 있으며, 그 사업구조는 2022년 7월 PFV를 설립[총 1,1400억원(주주대여금 포함시 2,500억원)]하여 2027년 12월까지 전체 건축물 건축 및 1단계 MEP를 구축한 후 1단계 운영을 개시(1단계 운영기간 12개월)하고, 2028년 12월까지 2단계 MEP를 구축하고 운영을 개시(2단계 운영기간 20개월)하여, 총 32개월간 운영한 후 매각하여 임대수익 및 매각이익으로 투자자에게 분배하는 구조인 것으로 나타난다.

(바) 임차확약서에 따르면, 청구법인은 임차법인으로부터 이 건 A센터 신축 후 5년간 이 건 A센터의 일부면적을 임차하겠다는 내용의 확약서(작성일: 2023.3.15.) 및 합의각서(작성일: 2023.3.16.)를 받은 것으로 나타나고, 청구법인은 임차법인 외에도 C, D, E, F 등에게 이 건 A센터를 임대할 예정이라고 주장하고 있다.

(사) 임차법인이 청구법인에게 제출한 ‘이 건 A센터 상면 확약서’, 임차법인과 청구법인이 2023.3.16. 체결한 합의각서 등에는 임차법인이 임차목적물을 ‘이 건 A센터 내 상면’으로 하고, 임차확약 IT Load 용량을 ‘전체 IT Load 52.2MW 중 20MW’로 하여 5년간 상면을 임차하기로 확약한 것으로 나타나고, 그 대가로 상면료(105,000원/KW/월), 전기료(실비정산)를 지급하기로 하였으며, 청구법인은 임차법인에게 NSC 방식의 계약으로 건축 및 구조, 소방, 토목, 조경을 제외한 나머지 공사(전기, 기계, 보안, 통신, DCIM＆IBS 공사 등) 관련 사업권을 보장하도록 하고, 임차기간 동안 임차법인에게 이 건 A센터에 대한 일괄 위탁 운영사업권을 보장하기로 약정한 것으로 나타난다.

(아) 임차법인이 작성한 이 건 A센터 운영계획보고서(2023년 12월, 청구법인이 제출)에 따르면 임차법인이 이 건 A센터를 ‘IT 분야 최고의 A센터 수준으로 운영하도록 하겠다’는 목표를 제시하며 운영인력 자격기준, 운영조직 구성 및 운영방안 등을 포함한 A센터 운영계획서를 작성한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 지특법 제78조 제4항은 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세 등을 감면하도록 규정하면서, 같은 조 제5항에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호) 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)에 그 해당 부분에 대해서 감면된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고, 여기서 ‘직접 사용’이란 지특법 제2조 제1항 제8호에서 정의하고 있는 바와 같이, 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말하는 것이다.

(나) 살피건대, 청구법인은 2023.8.11. 이 건 토지를 취득한 후 2024.10.8. 이 건 A센터의 건축허가를 받아 2024.12.24. 착공하였는바, 청구법인이 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 산업단지 내에 소재한 이 건 토지를 취득한 사실이 확인되고, 달리 청구법인이 당초부터 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득한 것이 아니라는 등의 사정은 보이지 아니하는바, 위 지특법 제78조 제4항에 따른 취득세 등 감면대상인 ‘산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지’에 해당하는 것으로 판단된다.

(다) 처분청은 청구법인이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 이 건 토지를 직접 사용하지 아니할 것이므로 지특법 제78조 제4항에 따른 취득세 등 감면대상에 해당하지 아니한다는 의견이나,

감면된 산업용 건축물 등에 대한 추징요건은 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우로서, 이와 같이 직접 사용의 유예기간 동안 사업자가 그의 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 전혀 사용을 하지 않고 있는 상태라 하여도 이 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없고, 다만 매각을 한 경우와 같이 사업자가 직접 용도에 사용하지 않으리라는 것이 사회통념상 명백한 경우에 한하여 3년의 유예기간 경과 전에 추징을 할 수 없다(대법원 2006.1.27. 선고 2005두14035, 같은 뜻임) 할 것인데,

이 건 심판청구에 대한 심리일 현재 이 건 토지의 취득일부터 3년의 유예기간이 경과하지 아니하였을 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 청구법인은 2023.8.11. 이 건 토지를 취득한 후 2024.10.8. 이 건 A센터의 건축허가를 받아 2024.12.24. 착공하는 등 이 건 토지에 산업용 건축물 등을 신축하기 위한 정상적인 절차를 진행하고 있는바, 청구법인이 유예기간 내에 이 건 토지를 매각하였다는 등의 사정이 없이 단순히 공사기간이 3년을 초과할 것이라거나 추후 대기업 등에 임대할 것으로 보인다는 등의 사유를 들어 청구법인이 이 건 토지를 추후 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니할 것을 예단하여 위 지특법 제78조 제5항에 따른 취득세 등 추징대상에 포함시킬 수는 없다고 판단된다.

따라서 처분청에서 청구법인의 이 건 토지 취득에 대하여 공사기간이 3년을 초과할 것이라거나 추후 대기업 등에 임대할 것으로 보인다는 등의 사유를 들어 지특법 제78조 제4항에 따른 취득세 등 감면의 적용을 배제한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.