이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2008년 12월경 AAA 택지개발사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)을 경기주택도시공사(이하 “도시공사”라 한다)와 공동시행하기로 협약(이하 “이 건 협약”이라 한다)하고, 해당 협약에 따라 각자의 담당구역 내의 토지취득, 택지조성 등의 업무를 수행하였다.

나. 청구법인은 이 건 개발사업 부지 중 A57-1블록 등 6개 블록 65,431㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 단독으로 개발하기로 하면서 도시공사가 이 건 협약에 따라 이 건 토지에 대해서 부담한 사업비(전체 사업비 중 20%)를 도시공사에게 지급하기 위해 2020.11.6., 2021.2.3. 및 2024.4.30. 용지지분 매매계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)을 각각 체결하고, 2020.11.6., 2021.2.3. 및 2024.5.24. 해당 매매대금을 도시공사에게 지급하였으며, 아래 ＜표＞와 같이 이 건 토지 중 일부 지분(20%, 이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득하였다면서 그 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

＜표＞ 취득세 등 신고·납부 내역

(단위 : 원)

○○○

다. 청구법인은 쟁점토지를 취득하지 않았으므로, 기 납부한 취득세 등을 환급해야 한다는 취지로 2024.9.30. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.11.26. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2005년부터 2012년까지 이 건 토지를 청구법인의 단독 명의로 취득하고, 그 취득세 등을 신고·납부하였다. 그리고 해당 토지는 청구법인이 도시공사와 쟁점매매계약을 체결하기 전까지 계속 청구법인이 소유하고 있었다. 청구법인은 이 건 토지에 대한 소유권을 형식적·실질적으로 계속 보유한 반면, 도시공사는 이 건 토지에 대해 그 어떠한 소유권이나 공유지분도 취득하지 않았다. 따라서 쟁점매매계약은 그 실질이 기 정산해온 사업비 분담금을 재정산하기 위한 것이고, 이는 사업비 분담금을 재정산하는 거래는 취득세 과세대상에 해당하지 않는다.

따라서 이미 청구법인이 취득한 토지에 대해서 또 다시 취득세 납세의무가 성립한다고 보는 것은 명백히 이중과세에 해당한다.

한편, 청구법인은 실제 개발해야 하는 토지 중 일부를 도시공사가 취득한 사실을 확인하고, 해당 토지를 2019.5.30. 도시공사로부터 취득하고, 해당 토지는 청구법인과 도시공사가 이 건 협약에 따라 공동으로 취득한 것이므로, 청구법인은 해당 토지를 공유물 분할에 따라 취득했다는 취지로 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 그러나 조세심판원은 해당 토지의 등기부 등을 근거로 도시공사가 해당 토지를 단독으로 취득한 후, 그 소유권을 청구법인에게 이전하였다고 보아 청구주장을 기각하였다(조심 2020지1198, 2021.4.12.).

이후, 서울행정법원에서도 용지비를 포함하는 사업비를 청구법인과 도시공사가 일정 비율로 정산하기로 하였다는 사실만으로 사업부지를 공동으로 소유하고 있었다고 볼 수 없다는 취지로 판단(서울행정법원 OOO 판결)하였고, 청구법인이 항소하지 않아 해당 판결은 확정되었다.

결국, 조세심판원 등에서 청구법인과 도시공사가 이 건 협약에 따라 이 건 개발사업 부지를 각자가 단독으로 취득했다고 판단한 이상, 이 건 토지도 청구법인이 단독으로 취득하여 보유하고 있었다고 볼 수밖에 없으므로, 도시공사가 쟁점토지를 소유하고 있었다는 것을 전제로 하는 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

이 건 협약서 제7조는 업무수행의 명의 및 책임은 각 시행자의 단독명의로 수행한다고 되어 있고, 각 시행자는 각 담당구역의 사업비를 선집행하고 매월 사업지분비율로 정산하기로 되어 있다.

청구법인이 협약에 따라 이 건 토지에 대해 단독명의로 등기하였으나, 그 사업비는 사업지분 비율(청구법인 80%, 도시공사 20%)에 따라 매월 말 정산하기로 하고 있는 바, 사실상 이는 공동사업자의 공유토지에 해당하는 것으로 봐도 무방하다 할 것이다.

이후 청구법인이 도시공사와 체결한 쟁점매매계약은 도시공사가 이 건 토지에 대한 공동 사용·수익권을 포기하고, 개발사업 추진에 부담한 제반 비용 및 용지공급 부담금 등을 반환받는 것이므로 이는 청구법인이 그 반환금만큼 토지를 취득하는 것으로 볼 수 있다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점토지를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 국토교통부장관은 2007.12.20. 청구법인과 도시공사가 공동으로 이 건 개발사업을 시행하는 것으로 하여 실시계획을 승인하였다.

(나) 청구법인과 도시공사는 2008년 12월경 이 건 협약을 체결하였는데, 해당 협약서에는 담당구역을 분할하여 이 건 개발사업을 추진하고, 청구법인의 사업지분은 80%로, 도시공사의 사업지분은 20%로 하되 청구법인을 주관사로 한다고 되어 있으며, 사업비를 매월 사업지분비율대로 정산하는 것으로 되어 있고, 구체적인 내용은 아래와 같다.

＜청구법인과 도시공사가 체결한 실시협약(발췌)＞

○○○

(다) 청구법인과 도시공사는 이 건 협약에 따라 사업비 정산대상 항목을 용지매입비, 지장물 등 보상비, 제세공과금 등을 포함하여 정산한 것으로 나타난다.

(라) 이 건 협약에 따라 청구법인은 이 건 개발사업 부지(23,971,809㎡)의 북쪽에 소재하는 토지 19,081,433㎡(사업부지 면적의 79.6%)를, 경기도시공사는 남쪽에 소재하는 4,803,376㎡(20.4%)를 취득한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인과 도시공사는 2020.11.6., 2021.2.3. 및 2024.4.30. 3차례에 걸쳐 쟁점매매계약을 체결하였는데, 2020.11.6. A104, A57-1 및 지원6-2를 대상토지로 하여 작성된 계약서와 2021.2.3. A53BL 및 A54BL을 대상토지로 하여 작성된 계약서에는 그 제목이 ‘용지지분 매매계약서’로 되어 있고, 제3조(소유권이전)에서 “도시공사는 청구법인이 매매대금을 완납한 후에 대상토지의 소유권을 이전하기로 한다”고 되어 있으며, 2024.4.30. C14를 대상토지로 하여 작성된 계약서에는 그 제목이 ‘용지 지분취득 계약서(사업비 분담 정산금 지급)’으로 되어 있고, 제3조(대상토지의 사용)에서 소유권 이전과 관련한 내용을 대신하여, “매수인이 대상토지를 사용하려는 경우에는 매매대금을 완납하고 사용하기로 한다”고 되어 있으며, 그 구체적인 내용은 아래와 같다.

＜용지지분 매매계약서(2020.11.6.자)＞

○○○

＜용지지분 매매계약서(2024.4.30.자)＞

○○○

(바) 이 건 토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인이 ‘공공용지 협의취득’이나 ‘수용’을 원인으로 하여 이 건 토지를 취득하였고, 해당 등기 전에 청구법인이 본인을 취득세 납세의무자로 하여 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고·납부하였다는 데에는 처분청도 이견이 없는 것으로 나타난다.

(사) 청구법인이 이 건 취득세 등을 신고·납부할 당시에 C14블록은 접수일을 ‘2019.12.12.’로, 소재 지번을 ‘경기도 화성시 OOO’로, 지목을 ‘대’로, 면적을 ‘19,548.4㎡’로, 등기원인을 ‘토지개발사업시행으로 인하여 등기’로 하여 청구법인 명의의 소유권보존등기가 이루진 상태였고, 이 건 토지 중 나머지 부분은 이 건 개발사업 시행과 관련한 소유권보존등기가 이루어지지 않은 상태였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인과 도시공사가 이 건 개발사업 부지를 공동으로 취득하였다고 전제하면서, 청구법인이 이 건 토지를 단독으로 개발하기로 하면서 도시공사에 지급한 금액은 도시공사가 소유한 쟁점토지에 대한 취득대가에 해당한다는 의견이다.

그러나 취득세는 소유권이전을 전제로 한 잔금 지급 등의 행위를 그 과세대상으로 삼고 있어서, 이미 취득한 부동산 또는 취득한 것으로 간주되는 부동산에 대해서 또다시 취득세 납세의무가 성립될 여지가 없다(대법원 2018.3.22. 선고 2014두43110 전원합의체 판결, 같은 뜻임).

청구법인의 경우, 이 건 취득세 등을 신고·납부하기 전에 이미 본인을 납세의무자로 하여 이 건 토지에 대한 취득세 등을 한 차례 신고·납부하고, 본인을 소유자로 하여 소유권이전등기를 하였으며, 도시공사와 소유권 분쟁이 발생한 사실도 없다.

더욱이, 청구법인은 도시공사 명의로 되어 있던 이 건 개발사업부지 중 일부를 취득하면서, 이 건 협약 등을 근거로 이 건 개발사업부지는 청구법인과 도시공사의 공동 소유이므로, 해당 취득에 대하여 공유물 분할에 따른 취득세율을 적용해 달라는 취지로 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 “도시공사가 수용 등을 원인으로 취득한 후 단독 명의로 취득세 등을 신고·납부하였을 뿐 청구법인이 이에 대한 취득세 등을 납부한 사실은 없는 점” 등을 이유로 들어 청구주장을 기각(조심 2020지1198, 2021.4.12.)하였다.

이후, 청구법인은 해당 심판결정에 불복하여 행정소송을 제기하였으나, 서울행정법원에서도 이 건 협약만으로 청구법인과 도시공사가 사업부지를 공동으로 취득했다고 볼 수 없다고 판결(서울행정법원 2022.11.17. 선고 2021구합69265 판결)하였고, 청구법인이 항소를 포기하여 해당 판결은 확정되었다.

결국, 우리 원과 법원도 이 건 협약을 사업부지의 공동 취득을 목적으로 한 계약으로 보지 않았고, 청구법인과 도시공사가 담당한 사업구역에 속한 토지는 각자가 단독으로 취득했다고 본 것이다.

그렇다면, 이 건 협약과 관련하여 추가적인 사실 관계가 확인되지 않는 이상, 청구법인과 도시공사의 취득세 신고·납부 내역 및 등기사항 등과 다른 내용의 취득행위가 있었다고 볼 근거가 없으므로, 청구법인이 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고·납부하고 본인 명의로 그 등기까지 마친 이상, 청구법인을 이 건 토지의 소유자로 보아야 한다.

따라서 청구법인이 쟁점토지를 포함한 이 건 토지를 전부 소유하고 있는 이상, 쟁점매매계약은 토지의 소유권을 이전하기 위한 계약으로 해석할 여지가 없고, 청구주장대로 사업비 정산을 위한 계약으로 해석하는 것이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 쟁점매매계약에 따른 대금지급을 취득행위로 보아 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공안전법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」, 「수산업법」 또는 「양식산업발전법」 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.