이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.1.26. 서울특별시 강서구 OOO 토지 2,979㎡(이하 ‘이 건 토지’라 한다)를 취득하고, 2017.3.8. 처분청에 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항(이하 ‘이 건 감면규정’이라 한다)에 따른 산업용 건축물용 토지의 감면율 50%를 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2018.12.6. 이 건 토지 지상에 건축물(연면적 14,698.98㎡, 이하 ‘이 건 건축물’이라 하고, 이 건 토지와 합하여 ‘이 건 부동산’이라 한다)을 신축한 후, 2019.1.29. 아래 ＜표1＞과 같이 신고·납부하였다.

＜표1＞ 2019.1.29. 신고납부 내역

○○○

다. 청구법인은 2019.3.15. 경비실 증축(4.8㎡)에 대해 일반세율을 적용하여 OOO원을 신고·납부하고, 2019.5.31. 추가 공사비 정산에 따라 위 ＜표1＞의 ‘세율 등’란과 같이 일반업무시설 부분에 대하여 OOO원, 연구시설 부분에 대하여 OOO원의 취득세 등을 수정신고·납부하였다.

라. 청구법인은 2022.7.22. 일반업무시설 부분에 대하여 이 건 감면규정을 적용하여 취득세 등 OOO원의 환급을 청구하였으나, 처분청은 2022.9.20. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청(2022.12.15. 신청, 2023.3.7. 기각)을 거쳐 2023.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 영위하는 사업은 「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호에 따른 정보통신산업에 명확히 해당한다.

(가) 조세심판원(조심 2020지217, 2021.8.18.)은 AAA산업단지 내 소재한 기업이 취득한 건축물이 산업용 건축물에 해당되는지 여부가 쟁점인 사건에서, “「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호에 의하면 “정보통신산업”이란 정보통신과 관련한 제품을 개발·제조·생산 또는 유통하거나 이에 관련한 서비스를 제공하는 산업으로서 컴퓨터 및 정보통신기기와 관련한 산업을 의미”한다고 하면서 기업부설연구소 외 ① 이동통신사업본부의 단말기획팀, 영업기획팀, 구매기획팀 등, ② 이동통신사업본부 본부장실, 경영전략실, 상품기획팀, 제품기획팀 등이 소재하고 있으며, 이러한 공간은 “정보통신신산업제품을 개발ㆍ제조ㆍ유통하거나 이와 관련된 서비스를 제공하는 장소로 사용되어 정보통신산업용 건축물에 해당하고, 이 건 감면규정 및 「지방세특례제한법 시행령」 제29조 제3호에 따라 취득세가 감면되는 산업용 건축물에 해당한다”라고 결정하였다.

(나) 청구법인의 경우 아래 ＜표2＞에서 볼 수 있듯이 앞 선결정례의 사실관계와 매우 유사하고, 한국표준산업분류 상 ‘C26. 전자부품 제조업’도 정보통신산업에 해당하는 것으로 보고 있으며, 청구법인도 동일한 ‘통신장비 제조업’을 영위하고 있는바, 이 건 건축물 역시 정보통신산업용 건축물에 해당한다.

＜표2＞ 선결정례 및 이 건 사실관계 비교

○○○

(다) 청구법인이 입주한 AAA산업단지는 산업단지 내 입주기관 및 기업이 활발한 연구 개발 활동을 통해 신기술을 창출하고 산업화를 촉진할 수 있는 물리적 환경을 조성하고, 차세대 성장동력 산업을 육성하기 위해 조성되었다. 이러한 취지에 따라 AAA산업단지는 ‘AAA산업단지 관리기본계획 고시(서울특별시 고시 OOO)’에 따라 정보통신산업 등을 영위하고 있는 업체만이 입주가 가능하다.

(라) 이 건 건축물이 제조업을 영위하는 건축물이라 하더라도 이는 법규명령으로서의 효력을 갖춘 고시에 의거 정보통신(IT)의 하위 업종인 ‘C26. 통신장비제조업’에 해당하므로, 고시 업종을 영위하기 위한 이 건 건축물은 산업용건축물에 해당하고, 청구법인이 AAA산업단지의 입주자격을 취득한 사실과 입주이후에도 계속 입주계약에 따라 정보통신산업을 영위하고 있어 입주계약 해지가 된 사실이 없다는 점을 살펴볼 때 청구법인은 최초 이 건 토지 및 이 건 건축물 전체를 취득할 당시부터 이 건 감면규정의 적용대상인 산업용 건축물(정보통신산업)의 요건을 충족한 것으로 볼 수 있다.

(2) 설령 일반업무시설이 취득세 감면 대상은 아니라 하더라도, 영업활동 등으로 사용되는 아래 ＜표3＞의 해당 시설(이하 “일부 일반업무시설”이라 한다)은 취득세 중과 대상으로 볼 수 없다.

＜표3＞ 연구시설 및 공장 이외 면적 사용 현황

○○○

(가) 법원(서울고등법원 2020.5.22. 선고, 2019누53893 판결)은 본점의 사무소로 사용하는 부동산에 대하여 ‘법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 사무소에 해당한다고 보기는 어려운바, 사무소에 해당하는지 여부는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 모두 고려하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다’라고 결정하였다.

(나) 따라서, 영업 업무 등을 주로 하는 일부 일반업무시설은 주요한 의사결정이나 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 본점 시설이라 할 수 없으므로 일부 일반업무시설에 대해서는 취득세 중과를 적용할 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 일반업무시설 부분은 정보통신산업·지식산업이 이루어지거나 정보통신산업·지식산업과 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설이 이루어지는 건축물에 해당되지 않으므로 이 건 감면규정에 따라 취득세가 감면되는 ‘산업용 건축물’에 해당되지 않는다.

(가) 행정안전부 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-1913, 2019.5.17.)에 따르면 법인의 전체 경영활동을 총괄하면서 총무, 재무, 회계 등 법인의 주된 업무를 지휘·통제하는 활동이 이루어지는 주된 사무소로 사용되는 경우라면 본점용 부동산에 해당되어 해당 공장(제조시설) 기능의 효용이나 편익을 증진시키기 위한 ‘제조시설의 관리·지원용 부대시설’로 보기 어렵다.

(나) 청구법인의 일반업무시설 부분은 경영지원본부, 마케팅본부 등으로 이루어지는데 그 업무 내용은 경영, 인사, 재무, 기획으로 법인의 전체 경영활동을 총괄하면서 법인의 주된 업무를 지휘·통제하는 활동이 이루어지는 주된 사무소로 사용되고 있으므로 정보통신산업을 직접적으로 지원하는 교육, 연구, 정보처리, 유통시설에 해당되지 않는다.

(2) 청구법인은 영업팀, 전략사업팀 등이 사용하는 일부 일반업무시설은 본점으로서 중추적 기능을 수행하는 것으로 볼 수 없으므로 본점 중과 대상에서 배제되어야 한다는 의견이나,

청구법인의 조직도(아래 ＜그림＞)를 보면 영업팀, 전략사업팀 등은 마케팅1·2부문의 하위 부서이며, 마케팅부문 업무 또한 기획 활동, 시장조사, 상품화 계획, 광고, 판매촉진 등 법인의 경영활동 전반에 필수적인 지휘 활동이므로 본점 업무시설에 해당된다고 판단된다.

＜그림＞ 청구법인의 조직도(2025.9월 현재)

○○○

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 연구시설 외 일반업무시설 부분이 이 건 감면규정에 따른 산업용 건축물등에 해당하는지 여부

② 일반업무시설 중 영업활동 등으로 사용되는 부분은 본점으로서 중추적 기능을 수행하지 않으므로 중과세 대상이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 등기사항일부증명서에 의하면, 청구법인은 2000.2.18. 유·무선 통신기기 개발, 제조 및 판매 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2019.1.15. 서울특별시 강서구 OOO으로 본점을 이전하였으며, 2019.5.31. 통신장비 및 방송장비 제조, 판매업 등을 목적사업으로 추가한 것으로 나타난다.

＜표4＞ 청구법인 등기부등본의 주요목적사업(발췌)

○○○

(나) 청구법인은 주요사업으로 ‘정보통신용 통신장비제조업, 유선통신장비 제조 및 판매업 등’의 사업을 실제 영위하고 있다는 증빙자료로, 아래 ＜표5＞, ＜표6＞과 같이 2020 사업연도 법인세 수입금액명세서 및 매출액 구성 현황(2024 사업연도보고서)을 제출하였다.

＜표5＞ 2020 사업연도 법인세 수입금액명세서(일부발췌)

○○○

＜표6＞ 청구법인 매출액 구성현황(2024 사업연도보고서)

○○○

(다) 한국표준산업분류 기준에 따르면, 정보통신용 통신장비제조업 중 유선 통신장비 제조업은 아래 ＜표7＞과 같이 ‘(26410) 유선 통신장비 제조업’으로 구분하고 있고, 이는 ‘C26. 전자부품, 컴퓨터 및 통신장비 제조업’에 해당하는 것으로 나타난다.

＜표7＞ 한국표준산업분류기준 상 통신장비제조업

C26. 통신장비제조업

구 분

내 용

26410

분류명

유선 통신장비 제조업

설명

송신소와 수신소를 연결하는 유선 통신회로에 의하여 두 지점간의 음성 또는 기타 메시지를 전달해주는 각종 통신장치를 제조하는 산업활동을 말한다.

＜예시＞

유선 전화기 세트 제조, 유선 전신장치 제조, 인터폰 제조(모니터 불문), 유선 팩시밀리 제조, 텔레 프린터(인쇄 전신기) 제조, 광섬유 전송시스템(광중계기, 단국장치 등) 제조, 반송 통신기 제조, 반송 통신용 신호 변환기 제조, 페어케이블 반송장치 제조, 동축케이블 반송장치 제조, 교환기 제조(자동 또는 수동식), 유선 영상(사진) 전신기 제조, 중앙통제실 전송용 도난 및 화재 유선 경보시스템 제조

(라) 서울특별시장은 2020.5.1. 이 건 토지가 포함된 “AAA산업단지에 관리기본계획(변경)”을 고시(서울특별시고시 OOO)하였고, 그 주요 내용은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ AAA산업단지 관리기본계획(변경) 주요 내용

○○○

(마) 2022.6.21. 처분청이 세무조사 진행 중 확인한 청구법인의 이 건 건축물에 대한 사용 현황은 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표9＞ 이 건 건축물 사용 현황

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제78조 및 같은 법 시행령(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것) 제29조에 따르면 산업단지 등에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률 」 제2조에 따른 공장·정보통신산업용 건축물과 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물(산업용 건축물등)을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조 및 「정보통신산업 진흥법」 제2조에 따르면 ‘정보통신산업’을 정보통신과 관련한 제품을 개발·제조·생산 또는 유통하거나 이에 관련한 서비스를 제공하는 산업으로 정의하고 있다.

(나) 또한, 「지방세법」(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제13조 및 같은 법 시행령 제25조에 따르면 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역 내에서 본점용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지를 취득하는 경우 중과세 대상으로 규정하면서, 기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고를 제외한 부대시설용 부동산을 중과세 대상에 포함하고 있다.

여기에서 본점용 부동산은 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점과 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점에 해당한다고 보기 어려우므로, 본점에 해당하는지 여부는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 모두 고려하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결, 같은 뜻임).

(다) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴보면, 청구법인은 일반업무시설 부분 역시 산업용 건축물등에 해당되어 이 건 감면규정을 적용하여야 한다는 의견이나,

청구법인의 일반업무시설 부분에는 대표 및 사장, 경영지원부문장 등 임원실이 설치·운영되고 있고, 그 부분은 청구법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소로서 이른바 본점에 해당하는 점(쟁점②에서 주장하는 마케팅부문을 제외한 일반업무시설이 본점이라는 점에는 청구법인과 처분청 간의 이견은 없다), 이와 같은 법인의 본점 기능을 수행하는 장소를 정보통신제품의 개발·제조·생산 또는 유통 등을 위한 장소라거나 이와 관련된 교육·연구·정보처리 등을 위한 장소로 보기는 어려운 점, 본점은 중과세하는 반면 산업용 건축물등은 감면을 적용하는 입법 취지 등에 비추어, 일반업무시설 부분, 즉 본점용 부동산은 산업용 건축물등에 해당되지 않는다고 판단된다. 아울러, 청구법인이 비교하는 선결례(조심 2020지217, 2021.8.18.)는 다른 장소에 본점을 따로 두고 있는 등 이 건 부동산 외의 다른 장소에 별도의 본점이나 지점을 두지 않고 있는 청구법인의 경우와 사실관계가 달라 원용하기 어렵다.

(라) 다음 쟁점②에 대해 살펴보면, 청구법인은 일반업무시설 중 마케팅부문의 임직원들이 근무하는 사무소가 본점으로서 중추적 기능을 수행하는 장소가 아니므로 중과세 대상인 본점으로 볼 수 없다는 의견이나,

청구법인의 조직도에 따르면 마케팅1부문과 마케팅2부문은 대표 및 사장의 직속기관으로서 그들의 지휘 감독을 직접 받는 조직이라는 점과, 마케팅1부문은 영업1본부와 전략사업본부로, 마케팅2부문은 영업2본부와 영업3본부로 조직되어 있는데, 그중 전략사업본부는 청구법인의 영업 방향을 결정하기 위한 기획 활동, 시장조사, 상품화 계획, 선전, 판매촉진 등 업무를 수행하는 부서라는 점 등에 비추어 마케팅1·2부문은 유기적으로 결합되어 청구법인의 주요 목적인 수익 창출 기능을 수행하는 의사결정기구의 하나로서 본점으로 보는 것이 합리적이라고 판단되고, 이를 영업활동을 수행하는 백화점 등 유통업체의 매장이나 은행본점의 영업장 등과 같이 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소로 보기는 어렵다(대법원 2001.10.23. 선고 2000두222 판결, 같은 뜻임)고 할 것이다.

(라) 따라서, 청구법인의 일반업무시설을 산업용 건축물등으로 보아 이 건 감면규정을 적용하고, 일부 일반업무시설을 본점이 아닌 것으로 보아 중과세를 배제해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(3) 지방세특례제한법 시행령(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것) 제29조(산업용 건축물 등의 범위) ① 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물

제38조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제78조 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 산업용 건축물등"이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 다만, 제29조 제3호에 해당하는 공장용 건축물은 행정안전부령으로 정하는 업종 및 면적기준 등을 갖추어야 한다.

(4) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “정보통신산업”이란 「정보통신산업 진흥법」 제2조 제2호에 따른 정보통신산업을 말한다.

(5) 정보통신산업 진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “정보통신산업”이란 정보통신과 관련한 제품(이하 “정보통신제품”이라 한다)을 개발ㆍ제조ㆍ생산 또는 유통하거나 이에 관련한 서비스(이하 “정보통신 관련 서비스”라 한다)를 제공하는 산업으로서 다음 각 목의 산업을 말한다. 다만, 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」 제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업은 제외한다.

가. 컴퓨터 및 정보통신기기와 관련한 산업

나. 「소프트웨어 진흥법」 제2조 제2호에 따른 소프트웨어산업

다. 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제2조 제1호 및 제5호에 따른 전자문서 및 전자거래와 관련한 산업

라. 「산업발전법」 제8조 제2항에 따른 지식서비스산업 중 대통령령으로 정하는 정보통신과 관련된 산업

마. 「이러닝(전자학습)산업 발전 및 이러닝 활용 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 이러닝산업

바. 「정보보호산업의 진흥에 관한 법률」 제2조 제1항 제2호에 따른 정보보호산업

사. 그 밖에 정보통신을 활용하여 부가가치를 창출하는 산업으로서 대통령령으로 정하는 산업

(6) 서울특별시 시세 감면 조례 제14조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.