이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.2.21. 경기도 남양주시 OOO토지 상에 건축물 59,812.8692㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축한 후, 공사비 등 신축비용 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 건 건축물 취득세 과세표준에 공사비, 이자비용, 수수료 등이 누락된 것을 확인하고 2025.5.8. 세무조사 결과통지를 하였으며, 2025.5.16. 누락된 공사비 등OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세법 시행령」 제18조 제2항 제4호에 따라 취득세 과세표준에서 부가가치세를 제외해야 하고, 주식회사 디트루가 신축사업을 위해 조달한 PF 대출이 비과세대상인 토지 및 기부채납시설 취득에도 사용된 만큼 PF 대출수수료 역시 해당 비율만큼 안분하여 제외해야 하며, 이러한 부가가치세 제외와 PF 대출수수료 안분을 반영해 비과세 비율을 32.52%에서 37%로 재산정하면 그에 따라 이자비용 중 비과세 금액을 취득세 과세표준에서 제외해야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세기본법」 제89조 제1항은 위법·부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못해 권리 또는 이익을 침해당한 경우 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제91조 제3항은 이의신청을 거치지 않고 바로 심판청구를 하는 때에는 처분을 안 날(통지를 받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 제기해야 한다고 규정하고 있는데, 이 건의 경우 처분청이 2025.5.14. 발송한 취득세 납세고지서가 2025.5.16. 청구법인에게 송달되었으므로 청구법인은 2025.5.16.부터 90일이 경과한 2025.8.31. 심판청구를 제기하여 청구기간을 도과한 부적법한 청구에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구가 본안심리대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 경기도 남양주시OOO토지에 연면적 59,812.8692㎡의 건축물을 신축하고, 그 신축비용 OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(나) 처분청은 2025.5.8. 세무조사 결과 건축물 취득세 과세표준에서 공사비·이자비용·수수료 등이 누락된 사실을 확인하여 이를 청구법인에 통지하고, 2025.5.9. 누락된 공사비 등 10,450,062,137원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 부과·통지한 뒤, 2025.5.14. 취득세 납세고지서를 발송하였으며, 해당 고지서는 2025.5.16. 청구법인에게 송달되었다.

(다) 청구법인은 이 건 처분에 대한 심판청구 제기 가능 기간이 2025.8.14.로 이미 만료되었음에도 불구하고, 2025.8.31. 취득세 부과처분에 대하여 불복하는 심판청구를 제기하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건 심판청구의 적법여부에 대하여 살피건대, 처분청이 2025.5.14. 발송한 취득세 납세고지서는 2025.5.16. 청구법인에 송달된 사실이 확인되므로, 이 건 심판청구는 송달일인 2025.5.16.부터 90일이 경과한 2025.8.31.에 제기된 것으로 청구기간을 도과하여 부적법하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「지방세기본법」제제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

지방세기본법

제89조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법·부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.

제91조(심판청구) ① 이의신청을 거친 후에 심판청구를 할 때에는 이의신청에 대한 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에서 정하는 날부터 90일 이내에 심판청구를 할 수 있다.

1. 제96조 제1항 본문에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우 : 그 결정기간이 지난 날

2. 이의신청에 대한 재조사 결정이 있은 후 제96조 제4항 전단에 따른 처분기간 내에 처분 결과의 통지를 받지 못한 경우 : 그 처분기간이 지난 날

③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.