이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.5.27. 전라남도 곡성군 오산면 청단리 678-6 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제11조 제1항에 따른 농업법인에 대한 감면(취득세 75%)을 적용하여 취득세OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2024.4.15. 법인설립등기를 마친 후 90일이 경과한 2024.9.10. 농업경영정보를 등록한 사실을 확인하고 쟁점토지의 취득이 위 규정의 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아, 2025.7.21. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2024.4.15. 설립된 농업회사법인으로 2024.5.27. 쟁점토지를 취득한 후 농업회사법인에 대한 감면을 받았고, 법인설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하고자 2024.6.7. 국립농산물품질관리원에 농업경영정보의 등록을 신청하였으나, 쟁점토지에 심은 종자가 싹이 밖으로 나왔는지 확인이 되어야 농업경영정보 등록을 마칠 수 있다고 함에 따라 설립일로부터 90일이 경과하여 농업경영정보 등록을 마쳤다.

이후 청구법인은 감면토지에 경작을 진행하는 것만으로도 농업경영체 등록 확인서를 발급이 가능하다는 사실을 알게 되었는데, 국립농산물품질관리원이 2024년 6월경 농업경영정보 등록에 관한 사무만 제때 처리하였다면 청구법인은 법인설립등기일로부터 90일 이내에 경영정보등록을 마쳐 감면요건을 충족하였을 것이다.

이처럼 청구법인의 농업경영정보의 등록이 법인설립등기일로부터 90일이 경과한 데에는 국립농산물품질관리원의 잘못에서 비롯된 지연일 뿐 청구법인에게는 아무런 귀책이 없는바, 농업회사법인에 대한 감면요건 충족을 위해 최선을 다하였던 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2024.4.15. 설립하여 그로부터 90일이 경과한 2024.9.10. 농업경영정보의 등록을 마쳤으므로, 「지방세특례제한법 시행령」제5조의2 제1항의 규정에 따라 농업회사법인에 대한 감면요건을 충족하지 않은 것으로 확인되고, 위 규정에서 농어업경영체 등록을 지연한 것에 대한 별도의 예외규정을 두고 있지 않은 점, 농업경영정보의 등록 절차를 규정한 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조 제1항 등의 내용을 종합하면 농어업·농어촌에 관련된 융자·보조금을 지원받으려는 농어업경영체는 농업법인의 경우 농지·축사·임야·원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원이 있어야 하고, 농업경영에 관한 사업 및 활동 실적이 있어야 한다고 규정하고 있는바, 관련법령에서는 단순하게 경작을 하고 있는 경우를 농업경영정보 등록대상이라고 규정하고 있지 않고, 농업경영정보의 등록을 담당하는 농산물품질관리원에서는 농업경영에 관한 사업 및 활동 실적 등이 있어야 농업경영정보 등록이 가능하다고 안내한 것으로 보이므로, 농산물품질관리원에서 청구법인의 농업경영정보 등록을 지연하였다고 주장하는 것은 타당해 보이지 않는 점 등에 비추어 청구법인이 「지방세특례제한법」제11조 제1항에 따른 농업법인에 해당하지 아니하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국립농산물품질관리원의 잘못된 안내로 인하여 법인설립일로부터 90일 이내 농업경영정보를 등록하지 못하였으므로 이 건 취득세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 묘목 재배 및 판매, 유실수 재배 및 판매 등을 영위할 목적으로 2024.4.15. 설립된 농업회사법인으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2024.5.27. 쟁점토지를 취득하고, 농업법인 등에 대한 감면을 적용하여 당초 취득세를 신고·납부하였다.

(다) 국립농산물품질관리원장이 발급한 농업경영체 등록확인서에 의하면, 청구법인은 2024.9.10. 농업경영정보 등록을 마친 것으로 확인된다.

(라) 청구법인은 농업경영정보 등록의 지연과 관련하여 아래와 같이 항변한다.

1) 청구법인은 법인설립 후 1개월여만인 2024.5.27. 청구법인의 사업을 영위하기 위해 쟁점토지를 취득한 후 소유권이전등기를 경료하였고, 등기업무를 담당하는 법무사로부터 농업회사법인의 설립 후 90일 이내에 농업경영정보 등록을 마쳐야 한다는 사실을 듣게 되었다.

2) 이에 2024.6.7. 농업경영정보 등록 담당기관인 국립농산물품질관리원 곡성지청에 농업경영체 등록 확인서의 발급을 요청하였고, 국립농산물품질관리원에서는 쟁점토지에 실제 경작이 이루어지고 있는지 확인이 필요하다고 하여 청구법인은 2024.6.14. 및 2024.6.19. 경작을 위해 국립종자원에서 종자(씨앗)을 구매하여 경작을 진행하였다.

3) 이후 국립농산물품질관리원에서 실사를 나와 땅속에 심은 종자가 싹이 밖으로 나왔는지 확인이 되어야 농업경영정보 등록을 할 수 있다고 하였고, 결국 청구법인의 법인설립등기일로부터 90일이 경과한 2024.9.10.에 이르러서야 농업경영정보 등록을 마칠 수 있었다.

4) 추후 알게 되었으나, 농업경영정보 등록을 위해서는 해당 토지에 경작을 진행하는 것만으로도 등록이 가능하다는 사실을 알게 되었는데, 이는 국립농산물품질관리원의 업무처리 착오로 청구법인의 농업경영정보 등록이 늦어진 것일 뿐 청구법인은 지연에 아무런 귀책이 없다.

(마) 청구법인은 농업경영정보 등록기관인 국립농산물품질관리원에 농업경영체 접수지연과 발급지연사유에 대해 문의하였고, 국립농산물품질관리원은 아래와 같이 답변한 것으로 확인된다.

＜ 국립농산물품질관리원 국민신문고 답변 ＞

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 청구법인이 법인설립일로부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하지 못한 데에는 부득이한 사유가 존재하므로 지연등록을 사유로 이 건 취득세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나,

「지방세특례제한법」제11조 제1항 및 같은 법 제5조의2 제1항에서는 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지 등에 대해서는 취득세를 감면한다고 규정하면서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 농업경영정보를 등록한 법인으로서 설립등기일부터 90일 이내에 등록한 법인을 포함한다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 2024.4.15. 설립등기를 마쳤고, 이로부터 90일이 경과한 2024.8.14. 농업경영정보 등록의 신규신청을, 2024.9.10. 농업경영정보의 등록을 마친 사실이 확인되며, 이 건 감면규정에서 농업경영정보 등록의 지연에 대한 예외사유를 규정하고 있지 아니한 점, 청구법인이 국립농산물품질관리원으로부터 유선상 안내받은 사항을 오인하여 종자파종을 하였음에도 경작지에 싹이 나와 확인할 수 있는 시점으로 이해하여 농업경영정보 등록의 접수 및 발급이 지연된 것으로서 국립농산물품질관리원의 귀책이 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제11조 제1항의 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2026년 12월 31일까지 경감한다.

1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2026년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

④ 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 2020년 12월 31일까지 면제한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제5조의2(농업법인의 기준 등) ① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 법인(설립등기일부터 90일 이내에 등록한 법인을 포함한다)을 말한다.

② 법 제11조제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 농지, 임야 및 농업용 시설의 소재지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(개발제한구역과 녹지지역은 제외한다) 외의 지역인 것을 말한다.

③ 법 제11조제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 청년농업법인”이란 대표자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 농업법인을 말한다.

1. 법인 설립 당시 15세 이상 34세 이하인 사람. 다만, 「조세특례제한법 시행령」 제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 법인 설립 당시 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 포함한다.

2. 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등으로서 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자일 것

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체: 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다)

2. 어업경영체: 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제27조에 따른 어선ㆍ양식시설 등 생산수단, 생산수산물, 생산방법 및 어업생산규모 등 어업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것

② 농어업경영정보의 등록 또는 변경등록의 유효기간은 등록 또는 변경한 날부터 3년으로 한다.

③ 농어업경영정보의 등록기준은 대통령령으로 정한다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 농어업경영정보의 등록 및 변경 절차와 농어업경영정보 등록부의 작성ㆍ관리 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.

(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령

제2조의2(농어업경영정보의 등록기준) ① 법 제4조제1항제1호에 따른 농업경영정보의 등록기준은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 농업인의 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 충족할 것

가. 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원(權原)이 있을 것

나. 직접 생산한 농산물에 대한 판매 실적이 있거나 농자재 사용 등 농업경영에 관한 운영 실적이 있을 것

2. 농업법인의 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 충족할 것

가. 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단에 대한 정당한 권원이 있을 것(생산수단이 있는 경우만 해당한다)

나. 농업경영에 관한 사업 및 활동 실적이 있을 것

② 법 제4조제1항제2호에 따른 어업경영정보의 등록기준은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 어업인의 경우: 다음 각 목의 요건을 모두 충족할 것

가. 관계 법령에 따라 어업 또는 양식업을 할 수 있는 정당한 자격이 있을 것

나. 직접 생산한 수산물에 대한 판매 실적이 있거나 해양수산부장관이 정하는 일정 기간 이상 어업 또는 양식업에 종사한 실적이 있을 것

2. 어업법인의 경우: 어업 또는 양식업 경영에 관한 사업 및 활동 실적이 있을 것

③ 제1항 및 제2항에 따른 등록기준의 세부 내용 및 운용에 관한 사항은 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관이 정하여 고시한다.