이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 개업하여 경기도 OOO 소재지에서 탄산음료 및 생수 제조업 등을 영위하는 법인으로, 2014년 1월 생수 도소매업 및 전자상거래 등을 목적으로 설립된 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다) 등을 통하여 생산한 생수 제품 등을 판매하고 있다.

나. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.11.6.~2025.1.18. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 다음과 같은 사실을 확인하여 관련 경정결의서(안)을 처분청에 통보하였다.

1) 조사청은 청구법인이 2021~2023사업연도 동안 특수관계법인인 쟁점법인에게 생수 등 제품을 시가보다 저가로 판매(이하 “쟁점거래”라 한다)한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 저가 매출액 총 OOO원을 익금산입하여 법인세 등을 경정하였다.

2) 조사청은 청구법인 대표이사의 어머니인 B에 대한 사업양수도에 따른 장기미수금 총 OOO원(이하 “쟁점미수금”이라 한다)을 손금불산입 대상으로 보아 이를 대손부인하고 B에 대한 2023년 귀속 기타소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

3) 조사청은 B에 대한 허위 인건비 총 OOO원 및 대표이사인 C의 법인카드 사적 사용액 총 OOO원을 손금불산입하여 법인세를 부과하는 한편, B에 대한 기타소득과 C에 대한 상여로 각각 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 처분청은 이에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인에게 법인세 및 부가가치세 등을 각 경정·고지하고 소득금액변동통지를 하였다.

＜표1＞ 이 건 부과처분 내역

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조사청의 청구법인에 대한 이 건 세무조사는 「국세기본법」 제81조의6 및 제81조의7을 위반하였으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다. 조사청은 비정기 세무조사 선정사유로 “청구법인의 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당한다고 기재하였는데 이를 증명하여야 한다.

(가) 조사청이 교부한 세무조사 개시통지서의 ‘조사 사유’란에는 “「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사를 실시한다”고 기재되어 있는데, 조사청은 “탈루나 오류의 혐의를 인정할 명백한 자료”가 무엇인지 구체적으로 밝혀야 한다.

(나) 대법원은 “신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”란 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우이고(대법원 2012.11.29. 선고 2010두19294 판결 등, 참조), 「국세기본법」 제81조의6이 정한 세무조사 대상 선정 사유가 없음에도 세무조사 대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 과세처분을 하는 것은 위법하다고 판시하였다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911판결 등, 참조).

(다) 또한, 조사청은 “사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우”에 해당한다고 보아 이 건 세무조사의 사전통지를 생략하였는데, 그 구체적인 근거를 제시해야 한다. 즉, 조사청의 이 건 세무조사에 대한 개시통지서에는 “「국세기본법」 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 생략한다”고 기재되어 있을 뿐 그 단서에서 규정하고 있는 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 구체적인 근거는 기재되어 있지 아니하므로 이에 대한 구체적인 근거가 제시되어야 한다.

(라) 대법원은 세무조사 사전통지에 관한 「국세기본법」 제81조의7은 납세자의 권익보호를 위하여 마련된 것이므로 사전통지가 원칙이고 사전통지의 생략은 예외적으로만 허용되는 것임을 감안할 때 사전통지 제외사유는 조사사무처리규정 제21조 제1항이 규정하고 있는 사유처럼 구체적이어야 하며, 구체적인 제외 사유가 실제로 있었는지 여부 또는 과세관청이 납세자에게 고지한 구체적인 사유가 사전통지 제외 사유에 해당하는지 여부는 엄격하게 판단해야 하고, 세무조사 사전통지 제외 사유가 없음에도 세무조사 사전통지를 하지 아니한 채 세무조사를 실시하여 과세자료를 수집한 경우 그와 같은 세무조사에 터잡아 이루어진 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 취소되어야 한다고 판시하였다(대법원 2022.9.15. 선고 2022두43795 판결 외 다수, 참조).

(마) 조사청이 밝힌 비정기 세무조사 선정사유 즉, 내부전산망을 통해 특수관계법인인 쟁점법인과 제3자 매출단가가 크게 차이남을 확인하였다는 것은 탈루나 오류의 혐의를 인정할 “명백한 자료”로 볼 수 없다. 쟁점법인은 청구법인의 D 생수 전체 판매량의 70% 이상을 구매하고 있어서 판매단가에 있어서 다른 거래처와 차이가 나는 것은 지극히 정상적이고, 청구법인의 2022·2023년 비특수관계 거래처들에 대한 판매단가 역시 구매량이나 계약조건에 따라 최대 98%까지 차이가 발생하였는데, 유독 쟁점법인에 대한 판매단가가 다른 거래처와 차이가 크다는 것을 탈루나 오류의 혐의를 인정할 명백한 자료에 해당한다고 볼 수는 없다.

(바) 또한, 조사청은 청구법인이 판매단가 산정과 관련된 구체적인 자료를 제출하지 않았다는 의견인데, 이는 사실이 아니다. 우선, 이 건 세무조사는 사전통보 없이 비정기로 시작되어 조사청이 사무실과 공장에 갑자기 방문하여 조사에 필요한 자료를 모두 가지고 갔음에도 마치 청구법인이 유리한 자료는 제출하고 불리한 자료는 제출하지 않은 것처럼 진술하는 것은 도저히 납득할 수 없다. 더구나, 조사청이 부당행위계산부인 규정을 적용하여 산정한 할인액은 조사청의 요청에 의해 청구법인이 2021~2023사업연도의 매월 제품별 할인액을 제출한 것으로 조사청도 아무런 수정 없이 이를 그대로 사용하였다.

(사) 한편, 조사청이 제시한 심판결정례(조심 2017부4983, 2018.3.6.)는 탈루나 오류의 혐의를 인정할 명백한 자료가 제시된 사례인바, 조사청도 위 사례와 같이 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 “객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료”를 제시하여야 한다. “미리 알리면 청구법인이 판매단가 정보를 훼손할 수 있어서 사전통지를 하지 않았다”는 조사청의 답변은 아무런 근거 없이 단순 추측으로 사전통지를 생략한 것임을 자인하는 것이므로, 조사청이 「국세기본법」 제81조의7을 위반한 세무조사에 근거하여 이루어진 이 건 처분은 부당하다.

(2) 청구법인이 쟁점법인에 판매한 제품에 적용된 매출볼륨확대할인(이하 “쟁점할인”이라 한다)과 관련하여 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 부당하다.

(가) 조사청은 청구법인이 쟁점법인에 판매한 제품의 ‘시가’를 청구법인이 내부적으로 설정한 ‘기준가격’으로 보면서도 이를 입증하지 못하였을 뿐만 아니라 ‘기준가격’은 세법상 ‘시가’의 정의에 부합하지 아니하여 ‘기준가격’이 ‘시가’임을 전제로 이루어진 이 건 처분은 취소되어야 한다.

1) 부당행위계산부인 규정을 적용할 때에는 시가를 기준으로 하도록 규정하고 있고 시가에 대한 주장·증명책임은 과세관청에게 있는바(대법원 2017.2.3. 선고 2014두14228 판결, 참조), 조사청은 청구법인의 O 이사가 제품의 가격결정구조를 설명하기 위하여 제출한 ‘E 유통채널별 가격구조’라는 제목의 자료(이하 “쟁점자료”라 한다)에 기재된 ‘기준가격’을 ‘시가’로 전제한 후 ‘기준가격’보다 저가로 판매한 할인액 전부를 부당 할인액으로 보면서도 기준가격을 시가로 본 근거는 제시하지 못하고 있다. 오히려 쟁점자료를 보면 쟁점법인만이 아니라 F(호텔·레스토랑·카페) 채널을 제외한 모든 유통채널의 실출고가격이 ‘기준가격’보다 낮아 사실상 거의 모든 유통채널에 할인이 적용됨을 알 수 있고, 기준가격을 “정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격”이라는 세법상 ‘시가’의 정의에 부합한 것으로 볼 수도 없다.

2) 청구법인이 ‘기준가격’을 설정한 이유는 차후에 판매가격을 인상할 경우 거래처의 반발을 줄이기 위한 판매전략이다. 예를 들어, 거래처에 제품을 OOO원으로 판매하는 경우 제품의 기준가격이 OOO원인데 할인 OOO원을 적용하여 OOO원에 판매한다고 하면 차후에 가격 OOO원을 인상할 때도 판매가격 OOO원을 인상하는 것이 아니라 할인액 OOO원을 적용하지 않는 것이 되어 거래처의 저항을 줄일 수 있다. 따라서 기준가격은 청구법인의 희망판매가격일 뿐 실제 거래가능한 판매가격이 아니다. 청구법인의 출고가격은 대형 유통사들처럼 판매가격이 계약상 확정된 경우에는 판매단가가 되나 그렇지 않은 거래처들은 ‘할인 적용 전 단가’로 기록된 후 할인 요건이 만족되면 월별로 (-)세금계산서를 발행하는 방식으로 할인을 적용하고 있다.

3) 한편, 조사청은 청구법인이 ‘기준가격’으로 판매하는 거래처도 32%~40% 정도라서 ‘기준가격’을 ‘시가’로 보아야 한다는 의견이나, 기준가격과 동일한 가격으로 판매하였다는 것은 할인을 적용하지 않았다는 것으로 청구법인 입장에서 굳이 할인을 적용할 필요가 없는 거래처에 대해서는 할인을 적용하지 않고 판매한 것일 뿐 할인을 적용하지 않은 거래처가 일부 존재한다는 사실이 기준가격이 세법상 ‘시가’에 해당한다는 근거가 될 수는 없다.

(나) 청구법인이 쟁점법인에 판매한 제품에 적용한 쟁점할인은 경제적 합리성이 있다. 조사청 의견과 같이 청구법인이 이 건 사업연도에 쟁점법인에 대하여 쟁점할인을 적용하지 않고 제품을 판매하였다면 당초 2% 정도인 쟁점법인 상품사업부의 영업이익율은 -2%가 될 것이고 3년 누적 영업손익도 OOO원이 되어 사실상 사업을 계속하기 어려웠을 것이다. 이와 같은 상황에서 쟁점할인을 적용하는 것이 경제적 합리성이 없다는 조사청의 의견은 불합리하다.

1) 청구법인의 2021~2023사업연도 동안 쟁점법인에 대한 매출총이익율 평균은 39%, 쟁점법인의 매출총이익율 평균은 34%로 어느 한쪽이 일방적으로 높거나 낮지 아니하나, 쟁점할인을 적용하지 아니한다면 청구법인의 매출총이익율은 42%, 쟁점법인의 매출총이익율은 31%로 각각 변경되어 청구법인이 일방적으로 높은 이익을 얻게 되어 오히려 청구법인이 쟁점법인에 고가로 제품을 판매하는 것이 된다.

2) 생수는 유통채널에 따라 소비자 판매가격의 차이가 매우 크고(편의점 판매가격은 온라인 판매가격에 비해 2~3배 정도 비싸다), 유통채널별 선호하는 판매단위도 6개, 9개, 20개 등 여러 가지 패키지로 구성되어 있어서 제품 판매가격을 단일가격으로 정할 수 없고 거래처가 속한 유통채널과 계약조건 등에 따라 크게 다를 수밖에 없는바, 청구법인은 거래처가 속한 채널의 소비자 판매가격에서 판매부대비용을 차감한 거래처 마진을 추정하여 ‘기준가격’을 설정한 후 여러 가지 할인을 적용하여 판매하였다. 해당 기간 중 전체 거래처의 60%~68%가 할인을 적용받았고, 할인액은 구매액이 가장 큰 쟁점법인이 가장 컸으나, 매출액 대비 할인액 비율은 다른 거래처들(11%~15%)에 비해 쟁점법인(4%~6%)이 가장 낮은 수준이었다.

3) 청구법인은 거래처가 어떤 유통채널에 속하는지, 도매업자인지 소매업자인지, 구매수량이 어느 정도인지 등에 따라 판매가격을 각기 다르게 적용하고 있다. 특히, 청구법인 매출액의 약 10%가 운송비일 정도로 판매부대비용 중 운송비가 차지하는 비중은 절대적인데 일반적으로 판매단위당 운송비를 줄이면 판매마진이 커지는 반면, 판매단위당 운송비는 구매량이 클수록 감소하므로 구매량이 많은 거래처에 대해서는 큰 폭의 할인이 가능한 것이다. 쟁점법인의 경우 온라인 채널에서 생수를 판매하고 있고 주로 도매업을 영위하고 있으며(도매업 매출이 약 55%) 청구법인 전체 D 생수 판매량의 약 74%를 구매하고 있으므로 청구법인의 판매단가가 다른 거래처에 비하여 저가인 것은 자연스러운 결과일 것이다.

4) 한편, 조사청은 청구법인이 쟁점법인에 제품을 판매할 때 동일한 제품이라고 하더라도 쟁점법인이 도매로 판매하는 제품과 소매로 판매하는 제품의 판매가격을 각각 다르게 결정하여야 한다는 의견이나, 조사청의 의견은 청구법인을 포함한 어떤 생수 제조업체도 동일한 거래처에 동일한 제품을 판매하면서 이중가격을 관리하는 경우는 없다는 것으로 이를 납득할 수 없다.

5) 또한, 조사청은 G, ㈜H, I가 쟁점할인 적용기준 매출액을 달성하였음에도 할인을 적용받지 못하였다고 보았는데, 이는 할인정책에 대한 오해로 기인된 것이다. G, I의 경우 대형 유통사로, 1+1, 2+1 등의 자체 행사를 진행하고 있어서 청구법인은 위 행사에 응하는 것만으로도 어려울 뿐만 아니라 시장점유율을 확대하지 않는 한 대형 유통사가 할인을 조금 더 해준다고 하여 보관공간을 넓혀서 청구법인의 생수를 추가로 구매하지는 않으므로 쟁점할인을 적용할 이유가 없으며, ㈜H는 소규모 슈퍼마켓들이 공동구매를 목적으로 공동출자하여 2020년 설립한 법인으로, 회원사들의 구매를 대신하고 실비 정도를 보전받는 사실상의 도관업체이므로, 독자적인 예산이 없어서 할인을 해도 판매액 증대를 기대하기 어려우므로 쟁점할인을 적용할 이유가 전혀 없고 이미 충분히 낮은 가격으로 제품을 판매하고 있다.

6) 쟁점할인을 적용할 수 있는 최소 매출액이 2020년 OOO원에서 2022년 OOO원으로 인상된 것은 코로나 펜데믹을 거치면서 온라인 생수 판매액이 급격히 증가하여 매출액 증가를 반영한 것(예 : 쟁점법인 매출액은 2020년 OOO원에서 2022년 OOO원으로 증가)이고, 매출액 증가로 인한 할인액 증가를 방지하기 위하여 2022년 4월과 2022년 8월 2회에 걸쳐 기준가격을 OOO원과 OOO원씩 각각 인상하였으며 2023년 8월에는 할인액을 50% 감소하였는바, 청구법인이 조사청 의견과 같이 이익을 분여할 목적으로 쟁점할인을 적용한 것이라면 기준가격 인상 및 할인액 축소는 발생하지 않았을 것이다.

7) 쟁점할인 적용에서 배제되는 제품은 OOO(특판용)과 18.9리터 제품으로, 해당 제품들은 판매마진이 매우 적고 특히 18.9리터는 전액 외주생산을 하고 있어서 향후에는 판매를 중단할 제품으로 매출을 증대할 이유가 없는 것이다. 따라서 해당 제품들을 쟁점할인 적용대상에서 제외하여 쟁점법인만 쟁점할인을 적용받을 수 있게 하였다는 조사청의 의견은 청구법인의 영업을 제대로 이해하지 못한 결과이다.

8) 한편, 국세청은 “특수관계법인에게만 매출에누리를 적용하였다는 사유만으로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다”고 해석한 바 있는데(서이 46012-11733, 2003.10.6.), 이는 부당행위계산부인 규정의 적용 여부는 경제적 합리성이 있느냐에 달린 것이지 특정 할인이 특수관계자에게만 적용되었다고 바로 경제적 합리성이 없다고 속단할 수 없음을 의미하는바, 조사청은 쟁점할인이 쟁점법인에게만 적용되었다는 이유로 부당한 할인으로 보았으나, 쟁점할인은 청구법인이 거래처에 적용하는 5개의 할인 중 하나에 불과하고 쟁점법인도 쟁점할인 외에 나머지 할인은 적용받지 않는다.

9) 쟁점할인은 청구법인 영업부서의 신규 임원이 기존 대리점 거래처들을 방문하다가 청구법인 제품 구매액이 적어 영세한 줄 알았던 일부 대리점이 타 브랜드 생수를 연간 OOO원에서 많게는 OOO원까지 구매한다는 사실을 알게 되어 타 브랜드 구매액 중 일부를 청구법인 제품 구매로 전환하려는 목적에서 시작된 것으로, 매출증대가 필요한 일부 제품의 월 합산 구매액이 기준금액을 초과하면 구간별 할인을 적용하는 방식인데, 위 대리점들은 이미 다른 할인을 적용받고 있어서 쟁점할인의 취지를 감안하여 기준금액을 높게 설정할 필요가 있었다. 또한, 쟁점법인은 쟁점할인만 적용받고 다른 할인은 적용받지 않았는데 그 이유는 쟁점법인의 구매량이 일반 거래처와 비교할 수 없을 정도로 많아서 일반 거래처를 대상으로 하는 할인에 쟁점법인의 구매량을 고려한 할인액을 포함하기 어려웠고, 쟁점법인에게 그 외 할인을 적용하는 것은 기존 할인의 취지에도 맞지 않기 때문이다.

10) 쟁점법인의 2021~2023사업연도 제품별 구매량은 다른 거래처에 비해 12배~641배가 많았으나, 쟁점법인이 모든 제품을 다른 거래처에 비해 가장 저렴하게 구매한 것은 아니다. OOO 제품 등은 쟁점할인을 적용한 쟁점법인의 구매가격이 ㈜H 및 J 등보다 높았는데 이는 청구법인이 쟁점할인을 적용하여 쟁점법인에게 제품을 부당하게 저가로 공급하지 아니하였음을 반증한다 할 것이다.

(다) 한편, OOO 제품의 할인액은 ‘기준가격’의 5% 미만이고 연간 할인액이 OOO원 미만이므로 「법인세법 시행령」 제88조 제3항에 따라 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

1) 조사청은 OOO 제품 할인액이 기준가격의 5% 미만인 점은 인정하면서도 전체 거래기간 동안의 할인액 합계가 OOO원을 초과하므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있다는 의견이나, 조사청과 같은 방식이라면 생수에 단 OOO원의 할인을 적용해도 전체 거래기간이 장기라면 언젠가는 할인액 합계액이 OOO원 이상이 될 것이고 그 결과 부당행위계산부인 규정이 적용되어 중요하지 않은 금액에 대해서는 부당행위계산부인 규정을 적용하지 않겠다는 입법취지가 사라지게 된다.

2) 또한, 거래를 시작한 지 수년 이상이 경과된 후에 세무조사를 받으면 전체 거래기간의 할인액 합계액이 OOO원을 넘어 부당행위계산부인 규정이 적용되나, 거래를 시작한 지 얼마되지 않은 경우 세무조사를 받으면 할인액 합계액이 OOO원을 넘지 않아 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하여 세무조사를 언제 받느냐에 따라 부당행위계산부인 규정의 적용 여부가 결정되는 모순이 발생한다. 따라서 할인액이 OOO원을 초과하는지 여부는 전체 거래기간이 아니라 납세의무가 성립되는 기간인 각 사업연도별 합계액으로 판단함이 합리적이다.

(라) 조사청은 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점할인을 반영하기 전에도 막대한 이익을 분여하였다고 보았는데, 이는 ‘쟁점법인에 대한 출고가격과 기타 거래처들에 대한 출고가격이 동일하여야 한다’는 잘못된 전제를 근거로 제시된 의견이다. 조사청이 제시한 쟁점법인에 대한 제품별 매출액 합계는 OOO원이고 기타 거래처들의 매출액 합계는 OOO원이며, 기타 거래처들의 수는 약 100개에 이르는데 적게 잡아 20개~30개라고 하더라도 거래처당 평균 매출액은 OOO원~OOO원으로 쟁점법인에 대한 매출액의 2%~3%에도 미치지 못하여 쟁점법인에 대한 출고가격이 기타 거래처들보다 낮은 것은 당연하다.

또한, 조사청은 청구법인의 2023사업연도 결손이 쟁점법인에 다양한 이익을 분여하고도 그 대가를 받지 않았기 때문이라고 보았는데, 청구법인의 2023사업연도 세전손익은 OOO원이고 쟁점법인의 세전손익은 OOO원으로 이를 합산하여도 OOO원으로 여전히 손실이다. 만약, 조사청 의견과 같이 청구법인의 손실이 쟁점법인에 분여한 이익 때문이라면 양사의 이익을 합산할 경우 (+)가 되어야 하는데 여전히 (-)라는 점에서 이러한 조사청 의견은 합리적이지 않다.

(마) 2024년 기준 국내 생수시장에는 59개 업체가 약 210개의 브랜드로 경쟁하고 있고, 그 중 K, L 등 소수의 생수가 84%의 시장점유율을 차지하고 나머지 약 50개 업체가 약 200개의 브랜드가 16%의 시장점유율을 놓고 치열하게 경쟁하고 있는 상황인데, 청구법인의 D 생수는 1% 미만의 시장점유율을 유지하고 있는바, 조사청 의견과 같이 거래처들로부터 생수에 대한 독점적 판매권에 대한 대가를 수령하거나 광고선전비 중 일부를 타인에게 부담시키는 것은 소수의 과점 브랜드에서나 가능한 것으로 청구법인의 브랜드에는 상정하기 어려울 뿐만 아니라 오히려 청구법인의 브랜드는 구매해 달라고 부탁하면서 판매하여야 할 입장이다.

(바) 한편, 조사청은 청구법인이 작성한 ‘세무이슈사항 및 대응(안)’이라는 제목의 문서를 근거로 마치 청구법인이 쟁점거래에 문제가 있다는 것을 사전에 인지하고 있었다고 보았으나, 해당 문건의 작성일자는 2021.9.8.로, 2021~2023사업연도에 발생한 쟁점거래에 대한 것이 아니다. 위 문건은 2020년부터 쟁점법인의 매출액이 예상치 못하게 급증하여 특수관계자 거래에 대하여 보완할 사항을 회계법인에 의뢰하여 회계법인의 권고사항을 보고 목적으로 간단히 기재한 것에 불과한바, 당시 회계법인의 권고는 청구법인과 쟁점법인의 제품마진이 어느 한쪽으로 기울어지지 않고 적정하게 유지하라는 것이었고, 이러한 내용은 해당 문건에 ‘최근 제품마진에 대한 적합성’이라고 기재되어 있다. 청구법인은 회계법인의 권고대로 양사의 매출총이익율을 유사하게 유지하려고 노력하였고 그 결과 실제로 유사하게 유지되고 있다.

(3) B에 대한 기타소득의 귀속시기는 2016년으로 이미 국세부과제척기간이 도과되었으므로 이에 관한 처분청의 2023년 귀속 소득금액변동통지는 취소되어야 한다.

(가) 쟁점미수금은 청구법인이 2011년 중 B의 개인사업체를 포괄적으로 인수하는 과정에서 발생하였고 이후 소멸시효 중단 사유가 발생하지 않았다는 사실에 대하여는 조사청도 별다른 이견이 없다. 따라서 쟁점미수금 채권은 「상법」 제47조에 따라 상행위로 인한 채권으로서, 같은 법 제64조에 의하여 5년이 지난 2016년에 그 소멸시효가 완성되어 소멸되었다. 설사 쟁점미수금이 조사청 의견과 같이 2011년 이후에 업무무관 가지급금으로 전환되었다고 하더라도 상행위로 인한 채권임에는 변함이 없으므로 「상법」 제64조의 상사시효를 적용받게 되어 그 소멸시효가 완성되었다고 보아야 한다.

(나) 조사청은 이 건 소득금액변동통지의 근거로 ‘법인세법 집행기준 67-106-9’를 제시하였으나, 이는 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 않은 가지급금은 그 소멸시효가 완성되지 않았다고 하더라도 특수관계가 소멸되는 날에 익금에 산입하고 소득처분하라는 의미이지 조사청과 같이 소멸시효가 완성된 채권도 특수관계가 소멸되는 시점까지 보유하다가 소멸되는 시점에 소득처분하여야 한다는 의미는 아니다. 대법원도 이와 관련하여 “소멸시효가 완성된 경우에는 더 이상 그 채권의 보유를 전제로 하는 인정이자 익금산입을 계속할 수 없다”고 명확하게 판시한 바 있다(대법원 2013.10.30. 선고 2010두4599 판결, 참조).

(다) 한편, 2011년에 발생한 쟁점미수금 채권이 소멸시효 중단 사유 없이 5년이 경과하여 2016년에 소멸시효가 완성되었다면 회계상 채권이 존재한다고 해도 2016년에 세무조정으로 해당 채권을 손금에 산입하여 제거한 후 손금불산입하여 미회수 채권의 귀속자인 B에게 기타소득으로 소득처분하여야 하는 것일 뿐 소멸시효가 완성된 이후에도 회계상 채권이 존재하다가 2022년에 와서야 대손금으로 처리되었다고 하여 해당 채권의 세무조정이나 소득처분이 2022년으로 이연되는 것은 아니다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 세무조사가 「국세기본법」 제81조의6 또는 제81조의7을 위반하여 위법하다고 주장하나, 조세심판원의 심판결정례, 대법원의 판결 등에 따르면 이 건 세무조사는 적법하다.

(가) 청구법인은 이 건 세무조사가 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호에 따른 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하지 아니하므로 비정기 선정 사유로 볼 수 없어서 위법하다고 주장하나, 이 건 세무조사를 개시하기 전부터 청구법인과 쟁점법인 간의 내부거래(특수관계법인 간의 고저가 양수도 거래) 관련 세원정보가 다수 존재하였고, 청구법인이 발급한 세금계산서 등에서 확인되는 생수 등의 일부 단가를 국세청 내부 전산망을 통해 확인한 결과, 청구법인의 쟁점법인 및 제3자에 대한 매출단가가 크게 차이가 난다는 사실을 알 수 있었으며, 실제로도 이 건 세무조사를 착수한 후 쟁점법인과의 내부거래 여부 및 내부거래 시 그 적용 단가에 관한 자료 등을 통하여 쟁점법인과 제3자 간 매출단가가 경제적 합리성을 벗어날 정도로 차이가 있음을 확인하였다.

(나) 조세심판원의 선결정례(조심 2017부4983, 2018.3.6., 참조)에서도 세원정보가 존재하고 탈루 내용에 대한 정황이 인정되며 세원정보자료에 대한 신뢰성이 인정되는 등의 사유 등을 만족하는 경우 신고 내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 정도의 개연성이 인정된다고 결정한 바 있고, 대법원도 세무조사 선정 사유에 대한 탈루나 오류의 혐의를 밝히지 못하여 혐의 내용에 따른 과세처분에 이르지 못하는 경우라 하더라도 세무조사가 위법하다고 단정할 수 없다고 판시한 바 있다(대법원 2022.10.14. 선고 2022두48202 판결, 참조). 따라서 이 건 세무조사는 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호에 따른 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우로서 비정기 선정 사유에 해당한다.

(다) 또한, 청구법인은 이 건 세무조사가 사전통지 생략 대상에 해당하지 아니함에도 사전통지를 생략하여 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의7 제1항 단서에서 “사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니한다”고 규정하고 있는바, 이 건 세무조사의 비정기 선정 사유가 되는 세원 정보의 내용은 청구법인이 내부에 보유하고 있는 판매단가 전체에 대한 자료로서 반드시 확보되어야 하는데, 사전통지를 진행할 경우 단가 정보에 대한 훼손 가능성이 커서 비정기 세무조사 선정의 목적 달성이 어려워지게 된다. 조사청은 이 건 조사 착수 시 확보한 ERP 자료를 통해 쟁점할인을 부인하였는데, 청구법인이 ERP 자료를 삭제 또는 수정하였을 경우 위 처분은 불가능하였을 것이므로, 이 건 세무조사는 사전통지 생략 대상으로 봄이 타당하다.

(라) 한편, 청구법인이 쟁점법인에 대한 저가 양도를 이미 세무 문제로 인지하고 있었음이 이 건 세무조사 착수 당시 확보한 일시보관 자료 등에 의하여 확인된다. 청구법인은 스스로 제품 마진 및 적정 시세에 대한 검토가 필요하다고 판단하였고 이미 쟁점법인에게 다른 거래처 대비 저가로 제품을 판매하고 있음에도 쟁점법인에게만 쟁점할인을 적용하였다. 따라서 조사청이 청구법인에 대한 사전통지 없이 실시한 이 건 세무조사는 정당하다.

(2) 청구법인은 특수관계에 있는 쟁점법인에게 제품을 저가 판매한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 시행하고 있는 쟁점할인은 쟁점법인만을 위한 것으로 경제적 합리성이 결여되어 있고, 조사청이 시가로 확정한 ‘기준가격’은 시가임이 명백하므로 이 건 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 판매단가 결정 시 최종소비자 판매가격 차이를 바탕으로 유통채널, 업종, 구매 수량 등을 참고하여 판매단가를 책정하고 있어서 쟁점법인에 대한 판매단가가 낮을 수밖에 없다고 주장하나, 위와 같은 사유로 판매단가가 결정된다면 이 건 조사대상기간 동안 판매한 모든 제품 및 거래처에 대한 분석 자료와 거래처와의 단가 협상 관련 자료 등이 제시되어야 함에도 조사 당시 이를 확인할 수 없었고, 청구법인은 일부 업체들에 대한 판매단가 책정 자료인 쟁점자료만 제출하였을 뿐 조사대상기간 전체 판매 제품에 대한 자료는 제출하지 않았으며, 이에 대하여 조사청은 쟁점법인에 대한 판매가격 산정 근거 및 시장조사 내역 등의 제출을 요청하였으나, 청구법인은 유통채널 차이 등에 따라 판매가격을 책정하고 있다는 주장만 반복하였다.

(나) 쟁점법인의 매출 구조는 M 등 온라인쇼핑몰 사업자에 직접 상품을 판매하는 도매상의 역할과 M·N 등의 온라인쇼핑몰에서 일반 소비자에게 상품을 직접 판매하는 소매상으로 구분되며 쟁점법인의 소매 매출은 전체의 46%를 차지하고 있는바, 청구법인의 주장대로라면 제품을 판매할 때 쟁점법인의 도소매 최종소비자 가격 차이를 반영하여 쟁점법인의 판매단가를 책정하여야 할 것이나, 쟁점법인의 도소매 최종소비자 가격은 서로 차이가 있음에도 청구법인은 이러한 차이를 반영하지 않고 동일한 가격으로 판매하고 있다.

(다) 청구법인이 주장하는 유통채널 등 차이에 따른 단가 책정 방식이 합리적이라고 인정하더라도 쟁점할인은 유통채널 등 차이에 따른 단가 책정 방식과 무관하다.

1) 이 건 조사 당시 청구법인의 O 이사가 제출한 쟁점자료에 “각 유통채널의 현실에 부합하게 청구법인의 기준가격을 운영한다”고 명시되어 있고, 기준가격과 할인행사 금액이 구분되어 적시되어 있다. 즉, 청구법인이 주장하는 유통채널 등에 따른 기준에 따라 기준가격이 설정되는 것이고 그 이후 쟁점할인이 적용되는 것임을 알 수 있다.

2) 또한, 유통채널 등에 따라 다르게 책정된 단가는 할인금액 반영 전 기준가격에 먼저 반영된다. 청구법인의 출고 ERP 자료를 살펴보면 제품·거래처별·거래건별로 할인금액 적용 전 출고단가와 출고량 등이 표기되어 있고, 쟁점법인에 대한 할인금액은 월별 전체 할인금액이 단가 할인(-)으로 별도 표기되어 있는 것으로 확인되는바, 이는 거래처에 대한 출고는 월중에 수시로 발생하므로 거래처별 기준가격은 출고 전에 이미 결정되나, 할인정책은 월별 매출액을 기준으로 할인 적용 여부를 판단하므로 출고 시에는 할인금액을 적용할 수 없기 때문이다.

3) 할인 적용 여부는 거래처의 월별 매출액을 합산한 후 결정하고 할인금액은 품목별 매월 판매수량을 취합한 후 책정이 가능한데, 이러한 할인금액을 포함하여 유통채널 등에 따라 판매단가를 책정한다는 것은 할인정책의 경제적 합리성을 입증할 수 없어서 청구법인이 만들어 낸 억지 논리에 불과하다. 따라서 청구주장대로 유통채널 등에 따라 판매단가를 다르게 책정한다는 주장을 인정하더라도 해당 차이는 할인정책 반영 전 판매가격에 이미 반영되어 있는 것으로 보인다. 청구법인은 할인정책 반영 전에도 쟁점법인에게 온라인 판매에 따른 특수성을 사유로 제품을 저가로 판매하며 많은 이익을 분여하고 있었다.

(라) 청구법인은 쟁점할인을 조사대상기간 동안 쟁점법인에게만 적용하였으나, 전 거래처가 적용대상임을 조사기간 중 문서로 제출하였을 뿐만 아니라 이 건 조사 종결 시 제출한 확인서에도 전 거래처가 대상임이 명시되어 있다. 또한, 청구법인은 쟁점법인 외 다른 거래처들의 경우 할인적용 기준 매출액을 달성하였음에도 할인을 적용하지 않았다. 따라서 쟁점할인은 경제적 합리성이 없이 쟁점법인만을 위한 할인정책임을 알 수 있다.

(마) 한편, 청구법인은 조사청이 다른 거래처의 매출액이 할인적용 기준금액을 달성하였음에도 적용하지 아니한 것에 대하여 문의하자 쟁점할인 적용대상이 전 거래처가 아닌 대리점만 적용대상이라고 주장을 변경하였다.

1) 청구주장대로 쟁점할인 적용대상을 대리점으로 한정한다 하더라도 쟁점법인이 대리점에 포함되는 것에 대한 명확한 기준이 없다. 청구법인과 쟁점법인이 작성한 상품공급계약서(2020년 6월) 어디에도 쟁점법인을 대리점으로 명시하고 있지 않으며, 이 건 조사 기간 중 유통채널별 가격구조를 설명하기 위하여 청구법인의 영업본부 O 이사가 제출한 쟁점자료에도 쟁점법인은 유통채널 구분에서 대리점과는 별개로 표기되어 있고, 시장을 유형별로 세분화한 각 그룹을 유통채널별로 표현하고 있어서 쟁점법인과 대리점은 다른 유통채널로 분류되고 있음을 확인할 수 있다.

2) 청구법인이 주장하는 대리점 분류 기준을 적용한다면 쟁점할인은 애초에 쟁점법인만을 위하여 설계된 것임을 알 수 있다. 쟁점법인 외 매출 상위 대리점의 연간 최대 매출액은 OOO원~OOO원 수준으로 이를 월별 평균 매출로 환산하면 OOO원∼OOO원에 불과하여 쟁점법인을 제외한 오프라인 대리점은 기준 매출액을 달성할 수 없다. 청구법인은 오프라인 판매 대리점의 매출을 향상시키기 위하여 쟁점할인을 시행하였다고 주장하나, 2022사업연도부터 최소금액을 상향(OOO원→OOO원→OOO원)하여 쟁점법인 외 대리점들이 매출 기준을 달성하기는 더욱 어렵게 되었다.

3) 더욱이 쟁점법인이 아닌 오프라인 판매 대리점의 매출을 살펴보면 2021사업연도에 총매출액 기준을 달성하였음에도 쟁점할인이 적용되지 않은 것으로 확인된다. 청구법인은 할인정책을 적용하면서 처음부터 OOO(특판용)과 대용량 제품(18.9L)은 매출액에서 제외한 후 기준 매출액을 산정하고 있는바, 쟁점법인을 제외한 오프라인 대리점의 주요 매출은 쟁점할인 대상에서 제외되는 OOO(특판용)과 대용량 제품(18.9L)에서 발생하므로 할인 제외 품목 및 달성 기준액 등을 고려하면 쟁점할인은 쟁점법인만을 위한 것이라고 할 수 있다.

(바) 또한, 쟁점법인의 일정 매출총이익율 및 영업이익율을 유지해야 한다는 청구주장 자체도 부당행위라 할 수 있다. 즉, 쟁점법인은 청구법인의 자회사가 아닌 독립된 별도의 법인이고, 청구법인이 온라인 판매 부서를 운영하면 법령 등 아무런 제약이 없음에도 정당한 사유 없이 쟁점법인의 이익률 유지를 위해 이윤추구를 포기한다는 주장 자체가 부당하다. 쟁점법인의 손실은 운영상 문제로 발생한 것일 뿐 오히려 청구법인으로부터 저가로 제품을 공급받고 있으므로 영업이익을 달성하고 있고, 쟁점법인은 청구법인이 임차한 사무실에 전세(유상)로 입주하고 있으며, 재무분야 등에 청구법인으로부터 인적용역을 제공(유상)받고 있다. 실제 이 건 조사 당시에도 청구법인과 쟁점법인의 분리가 모호한 부서들이 상당수 존재하였고, 청구법인의 e비즈니스팀의 경우 무상으로 쟁점법인 업무를 대부분 대행하고 있는 것으로 확인되어 과세되기도 하였다.

(사) 청구법인은 쟁점할인 미적용 시 쟁점법인이 영업손실에 이를 것이고, 특수관계 없는 자가 사업을 승계한다면 결국 거래처의 손실이 지속되므로 쟁점할인을 적용할 수밖에 없다고 주장하나, 쟁점법인 설립 후부터 현재까지 실제 운영 형태가 청구법인과 완전히 분리되어 운영되지 않고 있는 상황을 고려할 때, 쟁점법인을 설립하지 않고 청구법인에 온라인 판매 부서를 신설하여 운영하였다면 특수관계법인 간 부당행위계산 부인 문제는 발생하지 않았을 것으로 보인다.

1) 청구법인의 선택으로 별도로 쟁점법인을 신설하여 운영하였다면 완전히 독립된 운영 체계를 갖추어야 하고, 경제적 합리성 없이 쟁점법인만을 위하여 쟁점할인을 시행하는 것은 불합리하다. 또한, 청구법인은 쟁점법인의 손실을 우려하고 있으나, 청구법인은 과도한 광고비 지출 및 쟁점법인에 대한 이익 분여로 인하여 2023사업연도에 영업손실이 발생하였다. 청구법인은 쟁점법인의 주력 제품인 D 및 P의 매출 진작을 위하여 매출액 대비 상당한 광고비를 지출하고 있음에도 정작 쟁점법인은 광고비를 전혀 부담하지 아니한다. 즉, 쟁점법인은 D의 판매량이 전체 매출액의 약 74%를 차지하고 있는 등 청구법인의 광고비 증가에 따른 반사이익을 가장 크게 누리고 있음에도 광고비를 전혀 부담하지 아니하였다.

2) 따라서 쟁점법인은 온라인 판매 채널이라는 이유로 다른 거래처들보다 저가로 제품을 구매하고 있고, 청구법인과 같은 사무실을 사용하며 인적용역 등 다양한 형태로 이익을 분여받고 있는 반면, 청구법인은 쟁점법인에 대한 이익 분여로 매년 영업이익이 감소하여 결국 2023사업연도에는 영업손실이 발생하였음에도 청구법인은 쟁점법인의 이익률을 유지하기 위하여 손실을 감수해야 한다고 주장하는데, 이는 일반적인 영리법인의 운영 방침이라 할 수 없다.

(아) 할인 적용 전 금액인 유통채널별 기준가격(시가)이 이 건 조사 당시 청구법인의 영업본부 O 이사가 제출한 쟁점자료에 의하여 명백히 확인된다. 청구법인은 최소 1개 이상의 할인을 적용받은 거래처를 전체 거래처의 60%~68%로 명시하고 있고, 할인액·지원액은 각 거래처별 ‘기준가격’과 ‘실제 판매가격’의 차액이라고 명시하고 있는바, 이는 전체 거래처의 32%~40%에 해당하는 거래처는 할인을 적용받지 못하고 ‘기준가격’으로 판매하고 있음을 반증하는 것이다. 즉, 청구법인은 할인을 적용하지 아니한 거래처들에는 할인액 적용 전 금액인 ‘기준가격’으로 제품을 판매하고 있는데, 이는 ‘기준가격’이 쟁점법인에게 쟁점할인을 적용하지 아니할 경우 적용할 수 있는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에서 규정하는 시가임을 의미한다.

(자) 한편, 청구법인은 비록 품목별 할인 금액 기준이 있으나, 결국 할인 적용 시 매달 합산한 할인금액을 차감하는 형태로 표기하고 있고, 조사청이 부인하고자 하는 것은 청구법인이 쟁점법인에게만 적용하고 있는 쟁점할인 전체를 부인하는 것이므로 품목별 구분은 불필요하므로 중요성 원칙 적용기준(5% 또는 OOO원 이상)은 쟁점법인과의 거래 전체를 대상으로 한다.

1) 특수관계인 간의 거래가 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 산정방법과 다르게 거래건별 거래단가를 산정하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 사업연도 또는 전체 거래기간 등의 시가와 거래가액의 차액의 합계액을 기준으로하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있고(법인세과-3074, 2008.10.24.), 특수관계인 간의 거래가 부당한지 여부의 판단은 그 행위 당시를 기준으로 하고 있으며(「법인세법 시행령」 제88조 제2항), 부당행위계산에 해당하는지 여부를 경정하는 기준시기는 거래 당시, 즉 매매계약체결일로 보아야 하는바(대법원 2001.6.15. 선고 99두1731 판결, 참조), 쟁점거래가 부당행위계산부인 대상에 해당하는지 여부에 대한 판단시점은 쟁점법인 간의 상품공급계약일(2020년 6월)로 볼 수 있고, 할인 거래로 한정하여 판단한다 하더라도 쟁점할인이 시행된 시기로 보아야 한다.

2) 위와 같이 단발성의 부동산 및 주식 거래 등에는 거래건별 거래단가를 산정하는 것이 합리적이나, 쟁점거래와 같이 지속적인 거래의 경우에는 사업연도 또는 전체 거래기간의 시가와 대가 차액의 합계액을 기준으로 판정하는 것이 더 합리적이라 할 수 있고, 사업연도 또는 전체 거래기간 적용 여부는 사실관계를 종합적으로 고려하여 판단할 사항으로 쟁점거래는 쟁점할인이라는 큰 틀에서 이루어지고 있으므로 전체 거래기간을 기준으로 판정함이 합리적이다. 따라서 청구주장과 같이 중요성 기준을 쟁점거래에 적용하면 상품공급계약일 이후 쟁점법인과의 전체 거래 또는 쟁점할인이 적용된 전체 거래기간으로 보아 시가와의 차액을 산정하면 그 차이가 5% 또는 OOO원 미만인 품목은 OOO이고, 그 할인금액은 OOO원에 불과하다. 따라서 청구법인에게 부당행위계산부인 규정 적용 시 전체 거래기간 동안의 시가와 대가의 차액 합계액을 기준으로 판정함이 타당하다.

(3) 쟁점미수금 채무면제이익은 청구법인의 장부에서 동 채권이 제각된 시점인 2022사업연도에 특수관계인인 B에게 확정적으로 귀속되었으므로 B의 2023년 귀속 기타소득으로 봄이 적법하다.

(가) ‘법인세법 집행기준 28-53-2’에 따르면 법인이 특수관계 있는 자와의 거래에서 발생된 외상매출금 등의 회수가 지연되는 경우로서 해당 매출채권이 실질적인 소비대차로 전환된 것으로 인정되는 때에는 업무와 관련 없는 가지급금으로 보는바, 청구법인은 특수관계인인 채무자 B으로부터 회수하지 아니한 쟁점미수금이 2016년에 소득처분되었어야 한다고 주장하나, 이는 청구법인이 해당 미수금에 대하여 「상법」상 소멸시효의 완성을 이유로 정상적으로 법인세를 신고하였음을 전제하므로, 청구법인이 당초 2016년부터 쟁점미수금을 업무무관 가지급금으로 보았다면 이는 「상법」 제64조에 따른 채권으로 볼 수 없다. 즉, 동 채무액의 실질이 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금인 경우 해당 채권은 정상적인 상행위로 인한 채권으로 볼 수 없다.

(나) 청구법인이 2016사업연도에 쟁점미수금에 대하여 정상적으로 회계처리를 하였다면 2016사업연도에 쟁점미수금이 실질적인 소비대차로 전환된 것으로 보아 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금으로 해당 채권을 다시 계상하였어야 하며, 2016사업연도에 해당 가지급금을 회수 불능한 채권으로까지 판단하여 사외유출된 것으로 보았다면 당시 B에 대한 기타소득으로 소득처분을 하였어야 한다.

(다) 대법원은 특수관계자가 아니면 가능할 수 없는 경제적 합리성을 결여한 것으로 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 매매대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연한 것은 실질적으로 매매대금이 계약상의 의무이행 기간 내에 전부 회수된 후, 다시 가지급된 것과 동일한 효과가 있다고 판시한 바 있고(대법원 2010.1.14. 선고 2007두5646 판결 등, 참조), ‘법인세법 집행기준 67-106-9’는 같은 법 시행령 제11조 제9호에 따라 익금산입한 가지급금 관련 소득처분은 특수관계가 소멸하는 날을 기준으로 그 귀속자에 따라 하도록 규정하고 있다.

(라) 청구법인은 2016사업연도 당시 쟁점미수금 채권을 장부에서 제각하지 아니하였고, B이 소득금액변동통지에 따라 해당 채무면제이익에 대한 소득세 신고 등을 한 이력 또한 확인되지 아니하며, 청구법인과 B과의 특수관계가 소멸한 상태도 아니었다. 이후, 청구법인은 2022사업연도에 이르러서야 해당 채권을 장부에서 제각하였고, 장부에서 제각하기 전에 해당 채무에 대하여 B에게 채무면제에 대한 의사표시 등을 표한 이력도 없으므로, 오히려 2016사업연도부터 2022사업연도까지 동 자산은 사내에 유보되어 있었다고 봄이 타당하다. 따라서 쟁점미수금은 인정이자 계산대상일 수는 있더라도 미수금에 따른 세법상 자산가액과 회계상 자산가액의 차이가 생기는 부분이 없으므로 2016사업연도에는 소득처분이 필요한 상황이 아니었다.

(마) 또한, 청구법인이 제시한 판례(대법원 2008.1.27. 선고 2007두20249 판결) 역시 특수관계자 간 채권의 회수 지연으로 소멸시효가 완성되었다는 이유로는 대손금으로 볼 수 없고, 부작위에 의한 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 판단한 것이다. 청구법인은 이 건 조사과정에서 쟁점미수금에 대한 회수 노력이 없던 부분에 대하여는 여러 차례 자료 제출 등을 통해 인정하였고, 조사 종결 시점에 해당 채권에 대한 대손상각비가 세무조정 대상에 해당하는 점을 인정하고 같은 내용의 확인서를 작성한 바 있으며, 이 건 청구이유서에도 이에 대하여는 다루고 있지 않는 등 쟁점미수금을 업무무관 가지급금으로 보는 것에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 이견이 없다.

(바) 따라서 청구법인은 특수관계인으로부터 채무액을 인수한 후 의도적으로 회수를 지연하였음에도 2016사업연도에 정상적인 타 채권과 동일하게 쟁점미수금이 소멸하였으므로 2016년 귀속 기타소득으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 2022사업연도에 쟁점미수금을 장부에서 제각하였으므로 해당 시점에 비로소 채권 회수를 사실상 포기하였다고 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 세무조사가 「국세기본법」 제81조의6 및 제81조의7을 위반하였는지 여부

② 청구법인이 특수관계에 있는 쟁점법인에게 제품을 저가 판매한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세 등을 부과한 처분의 당부

③ 쟁점미수금의 소멸시효 완성으로 부과제척기간이 도과되었으므로 그에 따른 소득금액변동통지도 부적법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의 (名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

제81조의6【세무조사 관할 및 대상자 선정】① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 “정기선정”이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다.

⑤ 세무공무원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 자에 대해서는 제2항에 따른 세무조사를 하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증거자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자

2. 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자

제81조의7【세무조사의 통지와 연기신청 등】① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 법인세법

제19조의2【대손금의 손금불산입】① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액[이하 “대손금”(貸損金)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다.

1. 채무보증(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제24조 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증은 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권(求償債權)

2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 가지급금(假支給金) 등. 이 경우 특수관계인에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 한다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 대손금 중 회수한 금액은 그 회수한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

나. 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 (요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령

제19조의2【대손금의 손금불산입】① 법 제19조의2 제1항에서 “채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「상법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과다 상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여 하였다고 인정되는 경우

③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(괄호 생략)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

(4) 상법

제64조【상사시효】상행위로 인한 채권은 본법에 다른 규정이 없는 때에는 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다. 그러나 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다.

※ 법인세법 집행기준

28-53-2【업무무관 가지급금의 범위】① 업무무관 가지급금이란 명칭 여하에 관계없이 해당 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(금융기관 등의 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말하는 것으로서, 지급이자 손금불산입 대상은 특수 관계인에 대한 대여금만 해당된다.

② 업무무관 가지급금에는 순수한 의미의 대여금뿐만 아니라 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고 이자율에 따라 이자를 받는 경우도 포함되며, 그 가지급금의 업무관련성 여부는 애당 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단한다.

③ 법인이 특수관계 있는 자와의 거래에서 발생된 외상매출금 등의 회수가 지연되는 경우로서 해당 매출채권이 실질적인 소비대차로 전환된 것으로 인정되는 때에는 업무와 관련없는 가지급금으로 본다. 다만 거래상대방의 자금사정 등으로 불가피하게 그 회수가 지연되는 등 매출채권의 회수가 지연되는 데 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우에는 해당 매출채권의 지연에 따른 연체료 상당액을 받기로 한 경우에도 해당 매출채권이 업무와 관련없는 가지급금으로 전환된 것으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 다음과 같은 사실 등을 확인하여 관련 경정결의서(안)을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구법인에게 이 건 처분을 하였다.

(가) 조사청은 쟁점거래를 부당행위계산부인 대상으로 보아 쟁점법인에 대한 제품 등 저가 매출액 총 OOO원에 대하여 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 각 경정·고지하였는바, 조사청이 산정한 사업연도별 저가 매출액 등은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 저가 매출액 등

○○○

(나) 또한, 조사청은 청구법인이 2011.10.31. 사업양수도와 관련하여 승계한 B에 대한 쟁점미수금(OOO원)을 업무무관 가지급금으로 보아 손금불산입하는 한편, 이를 B에 대한 2023년 귀속 기타소득으로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

(다) 그 밖에 조사청은 아래 ＜표3＞과 같이 B에 대한 허위 인건비 총 OOO원 및 대표이사인 C의 법인카드 사적 사용액 총 OOO원을 손금불산입하여 법인세를 부과하는 한편, B에 대한 기타소득과 C에 대한 상여로 각 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

＜표3＞ 소득처분 내역

○○○

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 OOO 설립되어 OOO 법인으로 전환된 생수 등 제조·판매 업체이고, 국세청의 국세통합시스템에 따르면 청구법인 및 쟁점법인의 사업자등록 기본사항은 아래 ＜표4＞·＜표5＞와 같다.

＜표4＞ 청구법인의 기본사항

○○○

＜표5＞ 쟁점법인의 기본사항

○○○

(나) 청구법인 등의 주주현황은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 청구법인 등의 주주현황

○○○

(다) 청구법인 등의 법인세 신고 내용은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 청구법인 등의 법인세 신고 내용

○○○

(라) 청구법인이 제조한 생수를 쟁점법인에게 공급하면 쟁점법인은 이를 M 등 온라인쇼핑몰 사업자에게 판매(도매)하거나 그 온라인쇼핑몰에서 일반 소비자에게 직접 판매(소매)하고 있는바, 청구법인이 제시한 쟁점자료에 따르면 2021~2023사업연도에 쟁점법인에게 공급한 제품의 기준가격 및 할인가격(출고가격)은 아래 ＜표8＞과 같고, 조사청은 부당행위계산부인 규정을 적용하여 위 기준가격을 제품의 시가로 보아 할인가격과의 차액을 익금산입하였다.

＜표8＞ 쟁점법인에 공급한 제품의 할인가격 등

○○○

(마) 청구법인과 쟁점법인 간에 체결된 상품공급계약서(2020년 2월)의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

(바) 청구법인이 쟁점거래 시 시행한 쟁점할인의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

(사) 청구법인은 조사청이 제품의 시가로 본 ‘기준가격’은 단순히 청구법인의 희망판매가격일 뿐 시가로 볼 수 없다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

1) 조사청은 쟁점자료에 기재되어 있는 ‘기준가격’을 ‘시가’로 보았으나, 아래 ＜표9＞와 같이 각 거래처별 기준가격 대비 출고가격 비율은 CVS(편의점) 채널의 경우 34%~41% 수준이고 Q채널의 경우 36%~48%로 기준가격의 절반에도 미치지 못하는 반면, 쟁점법인의 경우 96%~98%로 기준가격에 가장 가까운 것으로 나타난다.

＜표9＞ 거래처별 기준가격 대비 출고가격 비율(2024년)

○○○

2) 또한, 청구법인은 유통채널별로 ‘기준가격’을 설정한 후 ‘기준가격’에서 여러 종류의 할인을 적용하여 제품을 판매하고 있는데, 이 건 사업연도 동안 65%~72%의 거래처가 할인을 적용받았고 그 중 쟁점법인의 경우 ‘할인액’은 가장 크나 매출액 대비 할인액 비중인 ‘할인율’은 가장 낮은 것으로 나타나는바, 제품 판매가격에 영향을 미치는 요인별 분석 내용은 다음과 같다.

① 거래처가 속한 유통채널의 차이

유통채널에 따라 소비자 판매가격은 차이가 있는데, 청구법인은 소비자 판매가격이 높은 유통채널(예 : 편의점)에 대하여는 높은 가격으로 제품을 공급하고 소비자 판매가격이 낮은 유통채널(예 : 온라인 판매, 대형할인마트)에 대하여는 낮은 가격으로 공급한다.

② 거래처의 사업 유형

청구법인이 소매업자에게 제품을 판매하는 경우에는 소비자 판매가격에 소매업자의 통상 마진을 고려하여 판매가격을 협상하고, 도매업자에게 제품을 판매하는 경우에는 직접 거래처인 도매업자(1차 거래처)의 마진을 고려하면서 도매업자로부터 제품을 구매하는 소매업자(2차 거래처)의 마진도 고려하여야 하므로, 구매 수량이 동일한 경우 도매업자에 대한 판매가격은 소매업자에 비하여 낮다.

③ 구매 수량 차이에 따른 운송비 비중

생수 판매에서 운송비가 차지하는 비중은 매우 크고, 청구법인이 이 건 사업연도 동안 지출한 평균 운송비는 아래 ＜표10＞과 같이 매출액의 약 9.7%에 이르는바, 제품 판매단위당 부담하는 운송비의 차이로 인하여 판매가격의 할인 폭이 커지게 된다.

＜표10＞ 청구법인의 매출액 대비 운반비 비중

○○○

3) 청구법인은 아래 ＜표11＞과 같이 쟁점법인의 매출액은 도매업 비중이 높아서 청구법인의 판매단가가 낮다고 주장한다.

＜표11＞ 쟁점법인의 매출액 분석(D 기준)

○○○

4) 청구법인은 쟁점법인의 주요 구매 제품인 D의 구매 수량이 아래 ＜표12＞와 같이 청구법인이 판매하는 전체 D의 약 74%를 차지함에 따라 쟁점법인의 제품 단위당 운송비가 다른 거래처에 비하여 작아서 쟁점법인에 대한 판매가격이 낮을 수밖에 없다고 주장한다.

＜표12＞ 쟁점법인의 D 구입량

○○○

5) 청구법인의 할인은 크게 ‘가격할인’과 ‘물량지원’으로 구분되는데, ‘가격할인’은 판매가격을 할인하는 것이고 ‘물량지원’은 주문한 수량보다 제품을 추가로 공급하는 것으로, 이 건 사업연도 동안 1개 이상의 할인을 적용받은 거래처는 156개~189개로 전체 거래처의 60%~68%에 이르는바, 청구법인의 2023년 프로모션 기안서를 근거로 할인의 종류를 요약하면 아래 ＜표13＞과 같고, 청구법인은 쟁점법인이 매출액이 커서 쟁점할인을 적용받았으나, 아래 ＜표14＞와 같이 매출액 대비 할인율을 비교하면 다른 거래처들의 평균에 미치지 못한다고 주장한다.

＜표13＞ 청구법인이 진행하는 할인의 종류

○○○

＜표14＞ 쟁점법인 등의 할인율 비교

○○○

6) 청구법인은 생수 판매가격은 각 거래처가 속한 유통채널, 사업 형태, 구매 수량 등에 따라 달리 적용되므로 해당 제품의 시가를 일률적으로 정할 수 없다고 주장하며 아래 ＜표15＞와 같이 2021사업연도에 쟁점할인이 적용된 D에 대한 쟁점법인 및 다른 주요 거래처의 판매가격, 구매량 등 비교표를 제시하였는데, 이에 따르면 쟁점법인에 대한 판매가격이 ㈜H에 비하여 OOO의 경우 OOO원(7%)이 높고, OOO의 경우 OOO원~OOO원(19%~22%)이 높은 것으로 나타난다.

＜표15＞ 쟁점법인 등의 D에 대한 판매가격 등 비교

○○○

7) 한편, 청구법인은 매출총이익률이 아래 ＜표16＞과 같이 양 법인이 서로 유사하여 쟁점거래는 어느 일방이 이익을 보는 것이 아닌 반면, 처분청 의견과 같이 부당행위계산부인 규정을 적용하는 경우 아래 ＜표17＞과 같이 청구법인과 쟁점법인의 매출총이익율은 큰 차이가 발생한다고 주장한다.

＜표16＞ 청구법인 등의 매출총이익률 비교

○○○

＜표17＞ 부당행위계산 부인규정 적용 시 매출총이익률 비교

○○○

8) 또한, 청구법인은 아래 ＜표18＞과 같이 이 건 사업연도 동안 D를 판매한 각 거래처에 대한 매출총이익율을 제시하고 있다.

＜표18＞ 청구법인의 각 거래처별 매출총이익율

○○○

(아) 조사청은 쟁점할인은 쟁점법인만을 위한 것으로 경제적 합리성이 없으므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 기준가격과 할인가격(출고가격)과의 차액을 저가 매출액으로 보아야 한다는 의견으로, 다음과 같은 과세근거 등을 제시하고 있다.

1) 조사청은 청구법인이 주장하는 유통채널 등 차이에 따른 단가 책정 방식이 합리적이라고 인정하더라도 쟁점할인은 유통채널 등 차이에 따른 단가 책정 방식과 무관하다는 의견으로, 다음과 같이 이 건 조사 당시 청구법인의 O 이사가 제출한 쟁점자료를 제시하였다.

○○○

2) 조사청은 청구법인이 쟁점할인은 전 거래처를 적용대상으로 한다고 주장하면서도 실제로 쟁점법인에 대하여만 동 할인을 적용하였다는 의견인바, 이 건 조사 당시 청구법인의 대표이사가 작성한 확인서의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

3) 또한, 조사청은 청구법인이 아래 ＜표20＞과 같이 쟁점법인 외 다른 거래처도 할인적용 기준 매출액[OOO원(2021년)→OOO원(2022년~2023년 7월)→OOO원(2023년 8월~2023년 12월)]을 달성하였음에도 이를 적용하지 아니한 사실을 통하여 쟁점할인이 쟁점법인만을 위한 것임을 알 수 있다는 의견이다.

＜표20＞ 쟁점할인 미적용 거래처의 월별 매출

○○○

4) 조사청은 쟁점법인의 매출은 도매와 소매로 구분되므로 청구법인이 도소매업의 최종 소비자가격 차이를 반영하여 판매단가를 책정하여야 함에도 그 차이를 반영하지 아니하고 동일한 가격으로 판매하는 것은 불합리하다는 의견인바, 매출구조별 쟁점법인의 가격구조는 아래 ＜표21＞과 같이 동일한 것으로 나타난다.

＜표21＞ 쟁점법인의 매출구조별 가격구조 등

○○○

5) 조사청은 제품의 판매가격은 그 원가뿐만 아니라 인건비, 광고비 등을 합산한 금액으로 보아야 함에도 청구법인은 아래 ＜표22＞와 같이 이 건 사업연도 동안 급격히 증가한 광고비를 판매가격에 반영하지 아니하였다는 의견이다.

＜표22＞ 청구법인의 광고비 증가 내역

○○○

6) 그 밖에 조사청은 이 건 세무조사 착수 당시 확보한 자료 등에 의하면 청구법인은 쟁점법인에 대한 저가 매출과 관련된 세무 문제를 이미 인지하고 있었다는 의견인바, 청구법인의 재무회계팀이 2021.9.8. 작성한 내부 문서의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

(자) 청구법인은 2011.10.1. 특수관계인인 B의 개인사업(E, 생수 제조업)을 포괄양수하면서 발생한 미수금 OOO원을 2011사업연도 재무상태표에 계상한 것으로 나타나고, 이후 위 미수금 중 OOO원을 회수한 나머지 쟁점미수금(OOO원)에 대하여 대손충당금을 설정하였다고 주장하며 2012사업연도 감사보고서를 제시하였다.

(차) 또한, 청구법인은 다음과 같이 쟁점미수금을 2022사업연도에 대손처리하였으나, 쟁점미수금이 회수불능채권임은 확인되지 아니한다.

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 조사청의 이 건 세무조사가 「국세기본법」 제81조의6 및 제81조의7을 위반하였다고 주장하나,

「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호에서 세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 세무조사를 할 수 있다고 규정하고 있는바, 이 건 세무조사를 개시하기 전부터 청구법인과 쟁점법인 간의 내부거래 관련 세원정보가 다수 존재하였고, 조사청은 청구법인이 발급한 세금계산서 등을 통하여 쟁점법인에 대한 생수 등의 일부 판매단가가 제3자에 대한 단가와 크게 차이가 있음이 확인됨에 따라 조사를 착수한 것으로 보이며, 결과적으로 세무조사를 실시하여 탈루나 오류의 혐의를 밝히지 못하여 혐의 내용에 따른 과세처분에 이르지 못하는 경우라 하더라도 세무조사가 위법하다고 단정하기는 어려운 점,

「국세기본법」 제81조의7 제1항 본문에서 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 한다고 규정하면서 그 단서에서 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있는바, 이 건 세무조사의 비정기 선정 사유가 되는 세원 정보의 내용은 청구법인이 내부에 보유하고 있는 판매단가에 관한 것인데, 조사청이 사전통지를 진행할 경우 청구법인이 ERP 자료를 삭제 또는 수정하는 방법으로 단가 정보를 훼손할 가능성도 배제하기 어려워 사전통지를 생략한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점법인에게 판매한 제품의 시가를 청구법인이 내부적으로 설정한 기준가격으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 기준가격과 출고가격과의 차액을 저가 매출액으로 산정하여 청구법인에게 법인세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 「법인세법」 제52조에서 규정하는 ‘부당행위계산의 부인’이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 건전한 사회통념과 상관행 기타 경제적으로 합리성 있는 방법에 의하지 아니하고, 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래 형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 하는바(대법원 2007.12.13. 선고 2005두14257 판결 등, 참조),

이 건의 경우 청구법인은 쟁점할인이 대리점을 대상으로 한다고 하면서도 대리점의 구분이 모호하고, 쟁점법인의 경우 다른 대리점과 달리 별도로 구분·관리되고 있어서 대리점에 해당하는지 여부도 불분명해 보이는 점, 청구법인은 쟁점할인의 적용기준이 되는 매출액이 달성되기 전에 이미 할인액이 반영된 금액으로 제품을 출고하고 있는 것으로 나타나고, 쟁점법인은 쟁점할인 외 다른 할인은 적용받지 아니할 뿐만 아니라 할인적용 기준 매출액을 달성한 다른 거래처들이 존재함에도 쟁점할인을 적용받는 거래처는 쟁점법인이 유일한 것으로 확인되며, 할인을 적용받지 않고 기준가격을 그대로 출고가격으로 하는 거래처도 전체 거래처의 30%를 상회하는 것으로 나타나는 점, 청구법인은 유통채널이나 거래처의 사업 유형 등에 따라 기준가격을 달리 책정한다고 주장하는데, 쟁점법인의 매출은 도매와 소매로 구분되므로 각 판매가격에 도소매업의 최종 소비자가격 차이 등을 반영하여야 함에도 그 차이를 반영하지 아니하고 동일한 가격으로 판매하고 있어 불합리해 보이는 점, 제품의 판매가격은 그 원가뿐만 아니라 인건비, 광고비 등을 합한 금액으로 산정하여야 함에도 청구법인은 이 건 사업연도 동안 크게 상승한 광고비 등을 판매가격에 반영하지 아니한 점, 그 밖에 「법인세법 시행령」 제88조에서 부당행위계산의 유형 및 대상 등에 대하여 열거하면서 같은 조 제3항에서 ‘시가와 거래가액의 차액이 OOO원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다’고 규정하고 있는데, 이는 부당행위계산 대상 여부의 판정기준일 뿐 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 등을 부당행위계산부인 금액 산정 시 제외하여야 한다고 해석하기는 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점법인에게 제품을 저가 판매한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 2011년에 발생한 쟁점미수금의 「상법」상 소멸시효가 2016년에 이미 완성됨에 따라 그 부과제척기간이 경과되었으므로, B에 대한 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 부적법하다고 주장하나, 「법인세법」 제19조의2 및 같은 법 시행령 제19조의2 등에 따르면 법인이 보유하고 있는 채권이 대손사유에 해당하는 경우 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고 반면, 대손사유에 해당하지 아니하는 경우는 세무조정으로 손금불산입하여야 하며, 법인이 채권을 결산서에 대손금으로 비용 계상한 경우에는 그 비용을 계상한 날이, 대손금 중 회수한 금액은 그 회수한 날이 각각 속하는 사업연도의 소득금액에 반영하여야 한다.

또한, 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 매매대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 매매대금이 계약상 의무이행기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 매매대금 상당액은 「법인세법」 제28조 제1항 제4호 나목이 규정하는 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당한다고 할 수 있다(대법원 2010.1.14. 선고 2007두5646 판결, 참조).

쟁점미수금의 경우 청구법인이 2011.10.1. 특수관계인인 B의 개인사업을 포괄양수하면서 발생한 미수금 OOO원 중 OOO원을 회수한 나머지로, 청구법인이 쟁점미수금을 B으로부터 회수하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점미수금에 대하여 별다른 채권 회수노력 없이 2022사업연도에서야 대손처리한 사실 등을 고려하면 쟁점미수금은 사실상 B에 대한 가지급금으로 보이는 점, 쟁점미수금은 당초 청구법인과 B 간의 유효한 사업양수도계약에 따라 장부상 (장기)미수금으로 계상되었으나 청구법인은 특별한 사정 없이 이를 회수하지 아니하였을 뿐만 아니라 B과의 특수관계가 소멸되거나 B이 무재산임이 객관적으로 확인되지 아니하여 이를 회수불능채권으로 단정하기도 어려운 점 등에 비추어, 쟁점미수금은 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금으로서 그 소멸시효가 완성되었다고 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.