이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 경상남도 김해시 OOO 일원에 조성 중인 김해 OOO(이하 "이 건 산업단지"라 한다)의 시행자로서, 2014.9.2.부터 2021.3.19.까지 이 건 산업단지 조성을 위하여 쟁점부동산(＜별지1＞ 참조)을 취득한 후, 「지방세특례제한법」 제78조 제1항 및 「경상남도 도세 감면 조례」에 따라 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아, 각 취득 시기에 따라 2014.12.31.까지는 75%, 2015.1.1.부터 2015.3.25.까지는 35%, 2015.3.26.부터 2016.12.31.까지는 60%, 2017.1.1. 이후에는 35%의 비율로 취득세를 감면받았다.

나. 처분청은 2024.9.30. 현재 쟁점부동산의 최초 취득일부터 3년이 경과할 때까지 청구법인이 산업단지를 조성하지 아니함에 따라 감면받은 취득세에 대한 추징 사유가 발생하였고, 아울러 쟁점부동산의 취득과 관련하여 감정평가 수수료 등 취득 부대비용 OOO원(이하 "쟁점비용"이라 한다)을 신고하지 아니한 사실도 확인하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농특세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 이 건 산업단지를 쟁점부동산 취득일로부터 3년 이내에 조성하지 못한 것은 불가항력적인 외부 사정에 기인한 정당한 사유가 존재하므로, 이에 대한 감면분 취득세 추징은 부당하다.

우선, 청구법인은 산업단지계획 승인·고시 이전부터 이 건 산업단지 내 토지 취득을 개시하여 총 91필지(539,209㎡)를 약 OOO억원을 투입하여 매입하고, 무연고 및 유연고 분묘 139기를 확보하는 등 조기 사업완료를 위한 준비를 이미 갖추고 있었다. 이는 산업단지 조성사업이 일반적으로 승인 이후 토지보상에 착수하는 통상적인 절차에 비추어 볼 때, 오히려 조속한 사업추진을 위한 적극적인 사전 조치로 평가된다.

이후 사업승인 면적이 최초 332,619㎡에서 최종 850,164㎡까지 155% 증가하였고, 필지수도 115필지에서 377필지로 228% 증가함에 따라 보상 대상 토지가 대폭 확대되었으며, 이에 따라 개별 토지 매입 및 이주자 보상, 분묘 이전 등의 절차에 상당한 시간과 노력이 소요되었다. 실제로 환경영향평가 재협의 및 중앙토지수용위원회 재결 등을 통해 2017.4.27.에야 토지매입이 완료되었으며, 추가 승인면적에는 다수의 이주민과 종중묘가 존재하여 이에 대한 보상과 협의도 병행되어야 했다.

특히 2017.8.10. 개발면적에 포함된 A 종중묘 133기에 대하여는 종중묘 조성 및 이장 협의에 수년이 소요되었고, 2024.6.12.에 이르러서야 이장 절차가 최종 완료되었다. 전체적으로 유연고 분묘 350기, 무연고 분묘 210기의 이장이 진행되었으며, 이에 따른 사업지구 내 공사는 단계적으로 착수되었다.

또한, 산업단지 조성을 위한 외국인 투자자인 B(주)의 OOO원 규모 투자 철회는 사업의 실질적 시행 주체인 청구법인에게 심각한 자금조달의 어려움을 야기하였고, 이에 따라 사업계획을 전면적으로 재검토할 수밖에 없게 하였다. 실수요자 100% 입주 방식에서 실수요자 31.4%와 일반분양 68.6% 방식으로 사업구조를 변경해야 했고, 이에 따라 공사일시중지, 신규 시공사와의 계약 체결, P/F 자금 조달 등의 절차를 거쳐 2021.4.9. 공사를 재개하였다.

산업단지 조성사업이 지연된 원인 중 하나인 환경영향평가 절차 역시 이 건 산업단지의 최초 계획보다 현저히 축소된 면적으로 승인되었으며, 이후 여러 차례의 재협의를 거쳐야 하는 등 사업진행에 큰 장애 요인이 되었고, 이는 외국인 투자자의 투자철회 사유로도 작용하였다.

결국 이 건 산업단지는 승인면적의 6차례 변경과 사업기간의 7차례 연장을 거쳐 최종적으로 2023.8.17. 김해시 고시 제OOO호에 따라 사업기간이 2025.10.31.까지 연장되었고, 이는 사업 지정권자인 처분청이 해당 지연 사유의 정당성을 인정하여 승인·고시한 결과이다.

그럼에도 불구하고 처분청이 이를 부인하고 감면받은 취득세를 추징한 것은 청구법인이 사업의 정상적인 진행을 위해 지속적이고 부단한 노력을 기울였음에도 불구하고, 그 사정을 일체 고려하지 않은 채 이뤄진 것으로서, 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이다.

(2) 쟁점비용은 쟁점부동산의 취득 당시 실제로 발생한 비용임에도 이를 신고하지 않았다는 이유만으로 전체 감면세액에 대해 추징할 것이 아니라, 감면분을 차감한 금액에 한하여 취득세를 부과하는 것이 타당하고, 나아가 산업단지를 조성하지 아니한 데 정당한 사유가 존재하는 경우에는 취득일부터 3년이 경과한 날을 곧바로 부과사유 발생일로 볼 수 없으므로, 감면 배제 및 추징 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 산업단지 면적의 증가 및 분묘 등의 이전에 따른 보상 절차의 장기화, 외국인 투자자의 투자 철회, 관계 관청의 인·허가 지연 등의 사유는 모두 산업단지 조성사업에서 일반적으로 예상 가능한 범주의 사정에 해당하고, 사업면적의 확대와 공사 중단 및 재개 과정 또한 청구법인의 사업상 판단과 자금 사정 등 내부 사정에 기인한 것으로 보이며, 특히 산업단지 조성을 위해 실질적인 착공이 이루어진 2014년 이후 3년이 경과한 시점까지 공정률이 7.31%에 불과하고 이후에도 장기간 공사가 중단된 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 산업단지를 조성하지 못한 사유는 「지방세특례제한법」 제78조 제1항 제1호에서 정한 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려우므로, 감면받은 취득세의 추징은 정당한 처분이다.

(2) 감정평가 수수료 등 쟁점부동산의 취득과 관련된 부대비용은 그 자체로 취득가액에 포함되어 과세표준을 구성하는 요소에 해당하며, 청구법인이 해당 비용을 신고하지 않은 상태에서 산업단지를 조성하지 않아 감면 요건이 충족되지 않은 이상, 그 부대비용에 대해 감면을 적용하지 않고 전액에 대하여 취득세를 추징한 처분은 지방세법령의 취지와 부합하는 정당한 과세처분에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 산업단지 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 쟁점부동산을 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니한 것으로 보아 감면세액을 추징한 처분의 당부

② 당초 취득신고 시 쟁점비용을 누락하였다는 사정만으로 산업단지 감면규정에 관한 유예기간 3년의 적용을 배제한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 이 산업단지 개발사업은 최초 면적 332,619㎡에서 325,220㎡, 9,161㎡, 178,664㎡, 4,359㎡, 489㎡가 순차적으로 증가하여 최종 850,164㎡로 확장됨으로써, 초기 대비 약 2.5배 이상 면적이 확대된 것으로 확인된다.

(단위 : ㎡)

○○○

(나) 청구법인은 2013년부터 2024년까지 이 건 산업단지의 토지를 약 723억원에 보상하고, 총 560기의 분묘를 이장하며, 관련 지장물 및 이주비 등으로 수십억원을 지급하는 등, 단계적이고 광범위한 토지보상 절차를 추진하였다고 아래와 같은 자료를 제출하였다.

○○○

(다) 청구법인은 전체 사업부지 확보를 위해 공익사업을 위한 「토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 강제 수용 절차를 병행하였으며 그 내용은 다음과 같다.

(단위 : 백만원)

○○○

(라) 청구법인이 제출한 이 건 산업단지 공사진행 과정은 아래와 같다.

○○○

(마) 청구법인은 2013년부터 2017년까지 총 5회에 걸쳐 환경영향평가의 초안 접수, 협의, 재협의, 심의 등의 과정을 거쳤으며, 사업 면적 확대 및 공사 재개 등의 이유로 수차례 변경 협의를 진행하였다고 주장한다.

○○○

(바) 이 건 산업단지 연도별 항공사진은 아래와 같다.

○○○

(사) 쟁점비용은 2019년도부터 2023년도까지 쟁점부동산 취득과 관련하여 발생한 감정평가수수료, 공탁수수료, 대출 관련 수수료, 채권 할인 비용 등의 합계액으로, 처분청은 쟁점비용이 해당 연도에 발생한 간접비용이라는 점에서 어느 특정 부동산 취득분의 간접비용으로 귀속시키기 어려운 특수성을 고려하고, 청구법인에게 납부지연가산세를 유리하게 적용해 주기 위해 각 해에 마지막으로 취득한 부동산의 간접비용으로 간주하여 취득세를 부과하였으나, 청구법인이 당초에 신고한 세액에 대하여는 산업단지 조성에 관한 유예기간이 경과한 날을 추징사유 발생일로 보아 추징한 반면, 쟁점비용에 대하여는 당초 취득신고 시 과세표준을 누락하였다는 사유를 들어 쟁점비용 전부에 대하여 산업단지 감면규정상 유예기간(3년)의 적용을 배제하여 부과한 것으로 나타난다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

먼저, 쟁점①에 대하여 살펴보면, 청구법인은 산업단지 조성 지연이 승인면적 확대, 외국인 투자 철회, 분묘 이장 등 불가항력적 사유에 기인한 정당한 사유가 있음에도 이를 고려하지 않고 감면받은 취득세를 추징한 이 건 취득세 등의 처분은 부당하다고 주장하나,

산업단지 조성사업은 본래 장기적이고 복합적인 성격을 가지므로 일정한 사업 지연은 이미 사업계획 수립 당시부터 충분히 예상 가능한 사정에 해당하고 특히 사업면적의 증가, 보상 대상의 확대, 환경영향평가 등의 사유는 산업단지 조성사업에서 통상적으로 수반되는 절차이므로, 이러한 사유만으로 조성 지연이 정당하다고 보기 어려운 점, 청구법인은 2017.11.3. 이후 약 3년 5개월간 공사가 중단되었으며, 이는 사업자의 자금조달 실패 및 실수요자 확보 실패 등 내부적인 사업구조의 문제에 기인한 것으로 보이는 점, 청구법인은 산업단지 조성에 필수적인 투자자인 B(주)의 투자 철회는 외부 요인에 따른 것이라 주장하나, 투자 철회의 주요 원인으로 지목된 환경영향평가 협의 지연이나 사업성 저하 문제 역시 사업 준비 부족과 계획의 불확실성에서 비롯된 측면이 큰 것으로 보이는 점, 처분청은 2024.9.30. 기준으로 쟁점부동산의 취득일부터 각 3년이 경과한 시점까지 산업단지 조성이 완료되지 아니하였음을 확인하였고, 이는 감면 요건인 ‘조성 완료’ 요건 미충족에 해당하고, 설령 지연 사유가 일부 존재하더라도, 전체 공정률이나 이행 정도에 비추어 사회통념상 ‘정당한 사유’로 볼 수 있을 만큼의 불가항력성이 인정되기 어려운 수준으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 유예기간 내에 산업단지를 조성하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단된다.

다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴보면, 처분청은 청구법인이 쟁점비용을 누락한 상태에서 산업단지 추징요건에 해당하는 경우 쟁점비용 전부에 대하여 산업단지 감면규정에 관한 유예기간을 배제하고 곧바로 과세한 것은 정당하다는 의견이나,

취득세 과세표준은 해당 부동산의 취득을 위하여 지급한 일체의 비용을 포함하는바, 이는 당초 신고된 금액뿐만 아니라 추후 확인된 누락 비용 역시 모두 포함되는 것이므로, 동일한 부동산에 대하여 하나의 과세표준을 구성함에도 불구하고, 처분청이 당초 신고된 금액에 대해서는 「지방세특례제한법」 제78조 제1항에 따른 산업단지 조성 관련 유예기간(3년)을 기준으로 추징하면서, 누락된 쟁점비용에 대하여는 단순한 신고 누락을 이유로 유예기간의 적용을 배제하고 당초 신고기한의 다음 날을 부과사유 발생일로 보아 달리 추징한 것은, 동일한 과세표준을 구성하는 요소에 대하여 과세기준을 다르게 적용한 것으로서 조세법률주의 및 과세형평의 원칙에 반하는 것으로 타당하다고 보기 어렵다.

따라서, 「지방세특례제한법」 제78조 제1항에 따라 산업단지개발사업의 시행자가 2019.1.1.부터 2023.12.31.까지 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산은 취득세의 100분의 35가 감면되는바, 처분청이 쟁점비용 중 감면비율(100분의 35)에 해당하는 부분에 대하여 산업단지 조성에 관한 유예기간(3년)을 적용하지 않고 추징한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 쟁점부동산 내역

○○○

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2021.4.20. 법률 제18091호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

2. (생략)

(2) 지방세법 시행령(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다.

1.∼3. 생략

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료