이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.3.26. 실용가구 설계 및 제조·판매업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로, 2025.1.20. ＜별지1＞ 기재 경상남도 양산시 신기동 282번지 외 6필지 토지 2,150㎡ 및 지상 건물 591.46㎡(토지와 건물을 합하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 OOO원에 취득(취득원인 : 매매)한 것으로 하여 2025.1.22. 대리인을 통해 처분청에 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 위와 같이 신고한 취득세를 납부기한(2025.3.21.)까지 납부하지 아니함에 따라 2025.4.10. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원(납부지연가산세를 포함)을 납세고지하였다.

다. 청구법인은 이 사건 부동산을 취득한 바 없음에도 대리인이 착오로 취득세 등을 신고한 것이므로 취득세 등 과세대상이 아니라는 취지로 2025.4.29. 취득세 등 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.5.7. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 신해종합건설 주식회사(이하 “매도인”이라 한다)과 이 사건 부동산의 매매계약을 체결하거나 매도인에게 잔금을 지급한 바 없으므로 이 사건 부동산을 취득한 것으로 볼 수 없다.

청구법인은 이 사건 부동산의 매매계약을 체결하거나 잔금을 지급한 바 없이 2025.1.22.경 OOO 법무사사무실의 사무장 OOO(이하 “무권대리인”이라 한다)에게 ‘2024.10.6.자 매매예약에 의한 소유권이전의 본등기를 하려고 매도인과 협의하고 있으니, 소유권이전을 위한 본등기를 준비해달라’는 취지로 이 사건 부동산 취득을 위한 준비를 요청하였고, 이를 무권대리인은 이 사건 부동산에 대한 소유권이전의 본등기를 하여 달라는 것으로 착오하고 임의로 2025.1.20.자로 매매계약서 및 계정별원장을 작성하여 처분청(토지정보과)에 부동산거래계약 신고를 하였다.

평소 무권대리인은 매도인 회사의 부동산 등기 업무를 수임하여 온 사람으로, 이 사건 부동산에 대한 취득세를 신고한 사유와 관련하여 청구법인에게 ‘부동산 소유권이전등기 신청에 필요한 등기신청서 및 그 첨부서류를 준비하는 과정에서 착오로 부동산거래계약 신고를 하였고, 착오로 부동산거래계약을 신고하더라도 「부동산거래신고등에 관한 법률」제3조의2 제1항에 따라 처분청에 해제신고를 하면 기부과된 취득세가 취소되는 것으로 알고 있으며, 그렇게 하는 것이 그동안의 통상적인 업무수행 과정이다’고 일관되게 주장하였고, 사실확인서도 제출하였다.

이와 같이 이 사건 부동산에 대한 부동산거래계약 신고는 취득세 신고의 권한을 위임받지 못한 무권대리인이 매매계약이라는 원인이 없음에도 착오로 신고한 것에 불과할 뿐, 청구법인은 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 체결하거나 잔금을 지급한 바 없고, 소유권이전등기를 하지도 아니하였는바, 청구법인이 이 사건 부동산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과할 수는 없다.

(2) 청구법인은 2025.4.18.자 부동산거래계약해제등 확인서(사유발생일 : 2025.4.15., 매매계약해제등의 사유 : 해제, 매매계약 취소)를 제출하였으나, 이는 청구법인이 2025.4.10. 지방세완납증명서(발급사유 : 거래은행 대출 등)를 발급받는 과정에서 무권대리인의 착오 신고 사실 및 관련 취득세 등이 체납된 사실을 알게 되었기 때문으로, 당초부터 이 사건 부동산을 취득한 사실이 없음에도 취득세 등이 체납되어 있음에 따라 체납이 취소되도록 하기 위하여 부동산거래계약해제등 확인서를 제출한 것이다.

청구법인은 취득세 등 체납사실을 확인한 즉시 같은 날 처분청(세무과) 담당공무원에게 해당 취득세 등 부과처분이 부당함을 항의하였고, 처분청 담당공무원이 이 사건 취득세 등 납세고지서가 청구법인에 송달되지 않은 사실을 인정하며 2025.4.10.자로 납세고지서를 발급하면서도 ‘청구법인의 부동산거래계약신고서에 따라 취득세를 부과한 것이고, 무권대리인의 착오로 부동산거래계약신고를 한 경우, 처분청 토지정보과에 부동산거래계약해제등 신고서를 제출하면 취득세 부과가 취소된다’고 안내함에 따라 2025.4.18.자로 처분청(토지정보과)에 부동산거래계약해제등 신고서를 제출하는 한편 확인서를 발급받아 처분청 세무과에 제출한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 사건 부동산에 대하여 매매 또는 가등기에 기한 매매예약 완결을 하지 않았고, 대리인인 법무사의 착오로 취득세가 신고된 것이므로 취득세 부과대상이 아니라고 주장하나,

청구법인은 2024.10.6. 이 사건 부동산에 대하여 매매예약을 원인으로 소유권이전청구권의 가등기를 하였고, 2025.1.20. 매매계약을 체결하면서 매매대금은 같은 날 일시불로 지급하기로 약정한 것으로 나타나는 점, 취득세 등 신고 당시 청구인 및 매도인의 인감이 날인된 부동산매매계약서, 부동산거래계약신고필증, 계정별원장 등이 제출되었고, 계정별원장에 청구법인이 매도인에게 매매대금을 지급한 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어, 청구법인의 이 사건 부동산 취득은 법인장부로 취득가격 및 취득사실이 증명되는 취득에 해당한다고 볼 수 있고, 달리 청구법인이 제출한 사실확인서 또는 청구법인 앞으로 소유권이전등기가 이루어지지 않았다는 사실만으로 청구법인이 이 사건 부동산을 취득한 사실이 없다거나 청구법인의 취득세 등 신고행위가 당연무효에 이를 정도의 하자가 존재한다고 인정하기는 어렵다.

(2) 또한 청구법인은 부동산거래계약해제 등 신고서를 제출하였으나, 이는 취득일부터 60일이 경과한 2025.4.15.에 제출된 것으로서 이미 성립한 취득세 납세의무가 소멸한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 이 사건 부동산을 취득한 것으로 보아 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2014.3.26. 실용가구 설계 및 제조·판매업 등을 영위하기 위하여 설립되어 울산광역시 울주군OOO에 본점을 두고 있는 법인이다.

(나) 매도인은 2009.12.29. 종합건설업을 주사업목적으로 설립되어 부산광역시 OOO에 본점을 두고 있는 법인으로, 2023.12.31. 현재 주주로 a(50%), 청구법인(40%), 농업회사법인 ㈜B(10%)이 등재되어 있다.

(다) 청구법인은 2024.10.6. 매도인과 아래와 같이 이 사건 부동산(토지 2,150㎡ 및 지상 건물 591.46㎡) 중 경상남도 양산시 신기동 282번지 외 4필지 토지 2,145㎡을 1,200,000,000원에 매매할 것을 예약하는 매매예약서를 작성하였고, 2024.10.10. 소유권이전청구권 보전을 위한 가등기를 하였다.

＜매매예약서 주요내용＞

○○○

(라) 청구법인(대리인 법무사)은 2025.1.22. 처분청에 이 사건 부동산에 대한 취득세 신고서를 제출하였고, 신고서에는 아래와 같은 매매계약서, 법인 장부(계정별원장), 부동산거래계약 신고필증 등을 첨부하였다.

1) 부동산매매계약서에는 청구법인이 2025.1.20. 매도인과 이 사건 부동산을 OOO원에 매매하고, 매매대금은 2025.1.20. 일시불로 지급하고 같은 날 부동산을 명도하기로 약정한 것으로 나타난다.

2) 청구법인의 계정별원장(계정과목 : 토지, 건물)에는 청구법인이 2025.1.20. 이 사건 부동산을 총 OOO원에 취득한 것으로 기재되어 있다.

(마) 처분청은 청구법인이 위와 같이 신고한 취득세 등을 납부기한(2025.3.21.)까지 납부하지 아니함에 따라 2025.4.10. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원(납부지연가산세를 포함)의 납세고지서를 발송하였다(처분청은 납세고지서가 청구법인에 송달되지 않은 사실을 인정하였다).

(바) 청구법인은 2025.4.18. 처분청으로부터 부동산거래계약 해제등 확인서를 발급받았고, 확인서에는 2025.1.20. 체결된 매매계약이 2025.4.15. 매매계약 취소를 사유로 해제된 것으로 기재되어 있다.

＜부동산거래계약해제등 확인서 주요내용＞

○○○

(사) 청구법인은 이 사건 부동산을 취득한 바 없음에도 대리인이 착오로 취득세 등을 신고한 것이라고 주장하며 무권대리인이 관련 내용을 시인하는 내용의 사실확인서, 세무법인 부경개금지점에서 작성한 청구법인과 매도인의 계정별원장(토지, 보통예금) 등을 제출하였고, 위 계정별원장에는 2025.1.1.～2025.1.31. 기간 중 토지의 증감이 있거나 이 사건 부동산의 거래대금이 수수된 사실이 등재되어 있지 아니하다.

(아) 청구법인이 이 사건 부동산에 대하여 청구법인 앞으로 소유권이전등기를 경료한 사실은 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제7조 제1항은 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있고, 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로, 취득자가 재화를 사용ㆍ수익ㆍ처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니며, 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이다. 그리고 「지방세법」제7조 제2항은 취득세의 과세객체인 부동산 취득에 관하여 「민법」 기타 관계 법령에 의한 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는데, 여기서 사실상 취득이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는 것으로서, 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우가 아니라면 부동산 등을 사실상 취득한 것으로 볼 수 없다 할 것이다.

(나) 처분청은 청구법인이 2025.1.20. 이 사건 부동산을 사실상 취득하였다는 의견이나,

청구법인은 무권대리인이 착오로 청구법인 명의로 매매계약을 체결하고 취득세를 신고하였을 뿐, 청구법인이 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 체결하거나 부동산 매매대금을 지급한 사실이 없어 이 사건 부동산을 사실상 취득하지 아니하였다고 주장하고 있고, 무권대리인의 사실확인서에도 같은 내용이 기재되어 있으며, 세무법인 부경개금지점에서 작성한 청구법인과 매도인의 계정별원장(토지, 보통예금) 등에 의하더라도 매매대금이 수수된 사실을 확인할 수 없어 청구법인의 주장을 뒷받침하고 있는 점, 청구법인과 매도인이 2024.10.6. 매매예약을 체결하였고 해당 매매예약이 2034.10.6. 매매할 것을 예약하고 있는 데 반해, 이 사건 부동산의 매매계약은 위 매매예약과 그 목적물(매매예약 목적물 : 경상남도 양산시 신기동 282번지 토지 외 4필지 토지 2,145㎡/ 이 사건 부동산 : 경상남도 양산시 신기동 282번지 토지 외 6필지 토지, 지상 건물)에 차이가 있고, 거래대금 또한 12억원(2025.1.20. 일시불로 지급)으로 약정되어 있을 뿐 청구법인이 매매예약 당시 2억원을 지급한 사실이 전혀 반영되지 아니하며, 청구법인이 매매예약 완결권을 행사한 사실도 확인되지 않는 점, 처분청도 청구법인의 당초 신고내용 외에 청구법인이 이 사건 부동산의 매매대금을 실제로 지급하였다는 사실을 입증할 만한 자료를 제출하지 못하고 있고, 달리 청구법인이 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기를 하였다거나 이 사건 부동산의 처분 권한을 이전받아 사용하고 있다는 등 청구법인이 이 사건 부동산을 사실상 취득하였다는 점을 확인할 수 있는 자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어,

청구법인이 2025.1.20. 이 사건 부동산을 취득하였다고 보아 처분청이 청구법인의 취득세 등의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 이 사건 부동산 내역

○○○

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2024.12.31. 법률 제20630호로 일부개정된 것)

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공안전법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」, 「수산업법」 또는 「양식산업발전법」 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.

제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[무상취득(상속은 제외한다) 또는 증여자의 채무를 인수하는 부담부 증여로 인한 취득의 경우는 취득일이 속하는 달의 말일부터 3개월, 상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제13조까지, 제13조의2, 제13조의3, 제14조 및 제15조의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(2) 지방세법 시행령(2024.12.31. 대통령령 제35177호로 일부개정된 것)

제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일(신고인이 제출한 자료로 사실상의 잔금지급일을 확인할 수 없는 경우에는 계약상의 잔금지급일을 말하고, 계약상 잔금 지급일이 명시되지 않은 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다. 다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 않고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않는다.

3. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)

4. 부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제등 신고서(취득일부터 60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)

⑭ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.