이유
1. 처분개요

가. A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)은 수지·플라스틱 등 화학제품을 판매하는 글로벌 업체인 B 주식회사(실리콘 제조 회사로 OOO년 C가 인수, 이하 “B”라 한다)의 국내 대리점으로, OOO에 D을 대표자로 하고 사업장 소재지를 서울특별시 OOO로 하여 개업한 후, 수지 및 플라스틱 도매업을 영위하고 있다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.12.부터 2024.12.31.까지 청구인이 대표이사로 있는 ㈜E(이하 “E”이라 한다)과 쟁점사업장에 대한 2020~2023년(사업연도) 귀속 법인 및 개인통합조사를 실시하여, 쟁점사업장에서 2020년 제2기~2023년 제1기 부가가치세 과세기간 중 E으로부터 총 28회에 걸쳐 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 거래가 실제 재화나 용역의 공급없이 이루어졌다고 판단하였고, 쟁점세금계산서를 발급한 E의 대표이사 F가 쟁점사업장의 실제 사업자인 사실을 확인하여 쟁점사업장의 사업자등록증 상 대표자를 F로 정정한 후[「조세범처벌법」제11조(명의대여행위 등)에 따른 통고처분 조치], 동 조사내역을 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2025.2.14. 청구인(쟁점사업장)에게 아래 ＜표1＞과 같이 2020년 제2기~2023년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

＜표1＞ 부가가치세 경정내역

OOO

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점세금계산서는 쟁점사업장이 대리점 계약 종료 이후에도 기존 거래처에 제품을 공급해야 하는 상황에서 즉, 기존거래처와의 유통관계를 단절할 수 없는 상황에서 대리점 전환 과정 중 불가피하게 발생한 정상적인 거래인바, 다른 변칙적 목적이 없었고, 이러한 상황에서 향후 E으로부터 물품을 공급받을 계획하에 일부 대금을 선지급하였으며, E은 이를 근거로 쟁점세금계산서를 발행하였다.

쟁점세금계산서 발행 당시 E은 초기 유통망 확장을 위한 자금이 필요한 상황이었고, 이에 따른 청구인의 쟁점세금계산서 거래 관련 대금지급은 향후 쟁점사업장의 대리점 계약 종료 후 공급을 전제로 한 거래로 구조상 자연스러운 행위였다.

아래 ＜표2＞와 같이 쟁점사업장의 B로부터의 매입은 점차 감소하는 상황이었고, E의 매입은 지속적으로 증가해 온 사실은 보더라도 대리점 교체가 실제 점진적으로 이루어졌음을 객관적으로 알 수 있다.

＜표2＞ 쟁점사업장의 B 및 E 매입액 추이표

OOO

(2) 쟁점세금계산서는「부가가치세법」제17조에 따른 적법한 선세금계산서 요건을 충족한다.

아래 ＜표3＞과 같이 E의 쟁점세금계산서 발행내역과 대금입금 내역을 대사한 결과, 쟁점세금계산서는「부가가치세법」제17조(재화 및 용역의 공급시기 특례)에서 정한 공급시기 특례 요건을 충족하는 선 세금계산서에 해당한다.

＜표3＞ 쟁점세금계산서 관련 대금 수수시기 요약표

OOO

「부가가치세법」은 재화공급 전에 대금을 수령하고 세금계산서를 발급한 경우, 그 발행 시점을 공급시기로 인정하고 있으며, 공급지연에 따른 기간제한 규정을 별도로 두고 있지 않는바, 따라서 사업구조 전환기와 같은 특수한 상황에서 공급이 다소 지연되었다고 하더라도 이는 선 세금계산서의 법적요건 충족 여부에 영향을 미치지 않는다고 보아야 한다.

(3) 조세범칙조사위원회에서도 쟁점세금계산서 관련 거래를 조세포탈이 없는 것으로 보아 무혐의 처리하였다.

청구인은 쟁점세금계산서 관련 소득세 포탈혐의가 문제되어 국세청 조세범칙조사위원회에 회부된 바 있는데, 이에 청구인은 “당시 쟁점사업장은 쟁점세금계산서의 성격을 세무대리인에게 명확히 설명하지 않았고, 기장 담당자는 이를 선급금이 아닌 필요경비로 회계처리 하였으며, E 또한 동일한 담당자에 의해 선수금이 아닌 수입금액으로 계상되었는바, 이는 동일한 원인에 따른 회계처리 착오이고, 설령 회계처리에 고의가 있었다 하더라도 두 사업체 모두 동일한 실질 사업주(청구인)에 의해 운영되고 있었으며, E은 해당 수입에 대해 이미 법인세를 납부하였고, 이후 청구인이 배당을 통해 이익을 수령할 경우 소득세를 추가로 부담하게 되므로 결과적으로 세금의 귀속 시점만 다를 뿐, 조세가 영구히 탈루된 구조는 아니다”고 소명하였다(＜표4＞ 참조).

＜표4＞ 소득세, 법인세 부담 비교표

OOO

또한, 일반적인 가공세금계산서의 경우 대가를 지급하지 않거나 지급 후 반환받는 방식으로 소득세를 탈루하는 구조이나, 이 건은 대가가 실제 지급되었고 반환되지 않았으며, 공급이 예정될 것이라는 사정도 있었는바, 이러한 사정을 종합적으로 고려하여 조세범칙조사위원회는 이 건이 조세포탈에 해당하지 않는다고 판단한 후, 최종적으로 무혐의 결정을 내렸으므로 쟁점세금계산서는 회계처리상의 착오와는 별개로 변칙적 조세회피 목적 없이 발행된 정당한 세금계산서로 평가되어야 한다.

(4) 동일 구조 내에서 쟁점세금계산서 관련 거래를 제외한 나머지 거래는 모두 정상으로 인정되었다.

청구인 쟁점사업장과 E 간에는 쟁점세금계산서 외에도 다양한 거래가 행해졌고, 그 흐름은 아래 ＜표5＞와 같은바, G은 쟁점사업장이 사업 초기 유통자금 확보를 위해 선급금을 제공한 뒤 B 제품을 공급받아 실제 유통을 수행한 구조이며, H 또한 E의 주요 매출처인 I와의 거래를 중개하며 실질적인 공급 이행과 유통이익을 실현한 구조로 운영되고 있다.

＜표5＞ 세금계산서 주요 흐름도

OOO

이러한 거래들은 쟁점세금계산서와 동일한 실사업자, 품목, 유통 방식에 기반한 것으로, 전체 유통구조의 일부로 기능해 왔으므로 쟁점세금계산서 역시 조세포탈과 같은 변칙적인 목적에서 비롯된 것이 아니라, 유통사업 전환기 과정에서 발생한 정상적인 사업활동의 일부로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점사업장은 쟁점세금계산서 발급자로 E의 대표이사인 청구인이 운영하는 업체여서 세금계산서 발급과 수취의 주체가 실질적으로 동일하므로 그 발급의 고의성을 엿볼 수 있다.

쟁점사업장의 실사업자는 E의 대표이사이자 지배주주인 청구인으로 B의 대리점으로 등록하기 위해 지인 D의 명의를 대여하여 사업을 시작하게 되었다.

청구인은 B의 임직원으로 근무하다 퇴직한 자로 퇴직 이후 B의 제품을 유통하는 사업을 영위하기 위해 직영대리점 등록을 하려고 하였으나 B 내부규정에 의해 퇴직 이후 일정기간 동안 퇴직 임직원이 운영하는 사업체에 대하여는 대리점 등록을 할 수 없어 지인인 D의 명의를 빌려 개인사업자 A을 설립하게 되었다.

청구인은 OOO년경 E을 설립하여 동일한 사업을 영위하던 중 OOO년경 B 내부규정에 따라 대리점 등록이 가능해지자 E도 B의 대리점으로 등록하여 쟁점사업장과 동일하게 대리점 사업을 영위하게 되었다.

조사청은 해당 명의대여 사건을 적발하여 사업자등록증 상의 대표자를 청구인으로 정정하고 D에게 부과된 국세부과제척기간 내 세금의 귀속자를 청구인으로 정정하였으며,「조세범처벌법」제11조에 따라 F에게 OOO원, D에게 OOO원의 통고처분을 하는 등 명의대여에 대한 제재를 완료한 후, 쟁점사업장의 사업자등록 상 대표자를 청구인으로 변경하였다.

(2) 대리점이 쟁점사업장에서 E으로 전환되는 시점이었기 때문에 부득이한 사유로 세금계산서가 발급된 것이 아니다.

청구인의 쟁점사업장에 대한 대리점 등록 이후 자신이 대표이사인 E도 대리점으로 등록되었는데, 청구인은 쟁점사업장의 대리점 등록을 즉시 해지하지 않은 이유가 해지를 하고 E의 매입물량이 늘어날 경우 쟁점사업장의 실사업자가 청구인이라는 사실이 B 측에 밝혀질 수 있어 이에 대한 우려 때문에 해지를 하지 않으면서 E의 거래 물량을 점차적으로 늘려가고 있었다고 소명하였고, 위와 같은 사유로 청구인은 향후 쟁점사업장의 대리점 영업을 종료하고 B의 대리점으로는 E만을 남겨둘 생각이었다고 하면서 이에 따라 쟁점사업장의 대리점 역할이 종료되면 B로부터의 매입(2019년에서 2023년까지 4년 동안 쟁점사업장 OOO원, E OOO원 규모)을 E이 단독으로 행하여야 하는 상황을 예측하였다고 소명하였는바, 아래 ＜표6＞과 같이 B로부터의 매입 규모가 쟁점사업장은 점점 감소하고 있고, E은 점점 증가하고 있는 것으로 확인은 된다.

＜표6＞ 쟁점사업장과 E의 B 매입액 변동 추이

OOO

청구인은 위와 같이 미래의 사업방향이 예측이 되어 금전소비대차 계약이 아닌 향후 재화공급을 예상하는 세금계산서가 발행되었고, 이에 대한 재화의 공급이 비록 2024년 12월말 현재까지 이루어지지는 않았으나, 이는 쟁점사업장에서 E으로 대리점이 교체되고 단일화 되는 과정 중에 있어 발생한 것으로 쟁점사업장의 B 매입은 감소하고 있고, E의 B 매입은 점점 증가하고 있는 추세이기 때문에 향후 쟁점사업장의 B 대리점 역할이 종료되면 그 시점에서 E이 쟁점사업장에게 물량을 공급할 것으로 예상된다고 소명하였으나, 해당 소명내용은 대리점 교체 시점에 있어 쟁점사업장의 매입이 줄어들고 E의 매입이 늘어나는 상황이라면 상호 간의 거래에 있어 쟁점사업장이 그나마 보유하고 있던 잔존 물량을 E에 공급하는 흐름이 나와야 함에도 쟁점세금계산서의 흐름은 E이 쟁점사업장에 물량을 공급하는 것으로 되어 있어 소명 내용과 전혀 맞지 아니한다.

설령 쟁점세금계산서의 흐름이 정당하다고 하더라도 세금계산서 발급 후 수년이 지난 후에도 재화의 공급이 이루어지지 않았다고 하는 것은 논점을 흐리게 하기 위한 주장에 불과하다.

(3) 쟁점세금계산서의 수취는 자금대여를 목적으로 이루어진 것으로 세금계산서 발급대상이 아니다.

쟁점사업장은 고정거래처에 판매하는 비중이 커서 안정적인 유동성이 확보되어 있기에 현금이 잘 융통되고 있는 상황이었고, E은 기타 외부거래처에 판매하는 금액이 커서 상대적인 변수가 많아 현금 유동성이 부족할 때 쟁점사업장으로부터 자금을 차입하여 B 측에 매입대금을 지급하거나 하는 상황이 자주 발생하였는바, 실제 E의 계좌흐름 또한 쟁점사업장으로부터 자금을 수취하면 B 등 거래처에 매입대금으로 송금한 사실이 확인된다.

E은 자신의 부족한 자금을 쟁점사업장으로부터 차입하여 거래처 매입대금 지급 등에 활용하였는데, 이와 같은 행위는 자금의 대여 및 차입 거래로 금전소비대차 계약을 통해 행해져야 함에도 E과 쟁점사업장은 대표이사나 대표자가 동일하다는 점을 이용하여 세금계산서 발급 대상 거래가 아닌 자금의 차입거래에 대해 세금계산서를 발급한 후 E은 자신의 매출로, 쟁점사업장은 자신의 매입으로 신고하여 E은 법인세를 과다하게 신고하고, 쟁점사업장 및 청구인은 부가가치세 및 종합소득세를 과소하게 신고하게 되는 효과가 발생하였는바, 이는 세법의 규정상 법인세율보다 소득세율이 더 높기 때문에 쌍방의 운영자가 동일한 입장에서는 절세의 효과도 있었음이 분명하다.

따라서 E이 쟁점사업장에 발급한 쟁점세금계산서는 세금을 과소하게 납부하기 위하여 활용한 것으로 판단되고, 동시에 금전차입 및 대여거래를 행하고 이에 대한 대금을 지급 및 영수하였다는 일종의 영수증처럼 사용한 것으로 판단된다.

(4) 청구인은 조사청에서 작성한 아래 ＜표7＞의 문답서에서 E이 거래처에 결제할 매입대금 등 자금이 부족하여 쟁점사업장에서 자금을 차입한 것이고 이에 대하여 세금계산서를 발급한 것이라고 진술하였는바, 쟁점세금계산서는 차입거래에 해당함을 알 수 있다.

＜표7＞ 청구인 문답서 진술 일부 내용

OOO

청구인은 위와 같이 쟁점세금계산서 거래가 E의 자금이 부족하여 쟁점사업장의 자금을 가수금 형태로 수령하여 세금계산서를 발행한 것이라고 직접 진술였는바, 자금이 부족하여 자금을 대여하는 거래는「부가가치세법」상 세금계산서 발급대상 거래가 아니고, 소득을 증가 또는 감소시키는 거래가 아니다.

부연하면, 금전대여거래는 빌려주는 자(쟁점사업장)는 자산, 빌린 자(E)는 부채로 하여 세금 신고를 해야 하는바, 이 경우 법인세, 부가가치세, 종합소득세 등의 신고 시 소득의 증감에 영향이 없게 되는 것이다.

이처럼 소득의 증감에 영향이 없도록 처리함과 동시에 세금계산서를 발급하지 않아야 함에도 쟁점세금계산서를 발급하여 쟁점사업장과 청구인이 납부하여야 할 세금을 감소시킨 결과(법인세와 소득세의 세율 차이)를 초래하였다.

또한 아래 ＜표8＞의 문답서 진술내용과 같이 E이 자금이 부족하여 매입대금을 결제할 수 없게 되자 쟁점사업장으로부터 수령한 OOO원을 재원으로 하여 거래처 매입대금을 결제하였음을 확인할 수 있고, ＜표9＞의 문답서 진술내용과 같이 2024년 12월말까지도 쟁점세금계산서와 관련한 재화의 공급이 이루어진 바가 없어 당초 쟁점세금계산서를 발급하면서 재화의 공급을 염두에 두지 않은 것으로 유추해 볼 수 있다.

＜표8＞ 청구인 문답서 진술 일부 내용

OOO

＜표9＞ 청구인 문답서 진술 일부 내용

OOO

한편 보통의 사업자라면 매출 또는 매입거래 시 공급하는 물품의 가격책정, 대금지급조건, 공급방법 등의 협의가 선행되어야 하고, 그 이후에 계약서를 작성하여 상호 간의 상거래에 관한 협의를 종결한 후에 거래가 이루어져야 하는 것이며, 상기와 같이 거래가 이루어지면 마땅히 세금계산서 수수도 일어나는 것이 통상적인 상거래의 관행임에도 청구인은 아래 ＜표10＞과 같이 쟁점세금계산서 거래와 관련된 계약서가 없다고 진술하면서 해당 거래가 매출이 아니라 선수금 또는 선급금 등 자산이나 부채항목에 해당한다고 인식하고 있고, 세금계산서를 얼마를 발행하여야 하는지에 대하여는 E이 그 시점마다 부족한 자금의 총량만큼 세금계산서를 청구한 것이라고 하였다.

＜표10＞ 청구인 문답서 진술 일부 내용

OOO

(5) 쟁점세금계산서는 선발행 세금계산서에 해당하지 않는바, 선발행세금계산서와 관련된「부가가치세법」상 공급시기 특례 규정 및 판례 평석 등의 내용도 처분청의 입장과 동일하다.

「부가가치세법」에서 규정하는 재화의 공급시기(세금계산서의 발급기준일)는 그 재화의 인도일을 기준으로 하게 되어 있는바, 다만「부가가치세법」제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례)에서는 예외적으로 일반적인 공급시기 도래 전 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 그 받은 대가에 대하여 세금계산서 등을 발급하거나, 일반적인 공급시기 도래 전 세금계산서 등을 발급하고, 그 발급일로부터 7일 이내 발급한 금액에 대한 대가를 받거나, 거래 당사자 간의 계약서·약정서 등에 대금 청구시기(발급일)와 지급시기를 따로 적고 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우 등에 있어 세금계산서의 공급시기 예외를 인정하고 있다.

세금계산서는「부가가치세법」에서 정하는 공급시기에 발급되어야 하므로 공급시기에 발급되지 않은 세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 그 매입세액은 원칙적으로 공제되지 아니하며, 한편 재화나 용역의 공급시기에 관하여는「부가가치세법」에서 자세하게 규정하고 있으나, 특정의 재화나 용역의 공급거래의 구체적인 사안에서 공급시기를 판정하는 것이 쉽지 않을 뿐만 아니라 현실적으로 용역대가가 지급되었으나 여러 사정으로 세금계산서가 제때 교부되지 못하는 경우가 빈번하게 발생하는바, 그러한 경우 공급시기에 발급되지 않은 세금계산서를 모두 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액의 공제를 부인한다면 전단계세액공제 제도를 근간으로 하는 부가가치세제의 적정한 운영은 어려울 것이므로, 이러한 문제를 해결하기 위하여「부가가치세법」에서는 공급시기보다 먼저 발급되는 선발행 세금계산서 등을 일정한 요건 하에 매입세액공제가 허용될 수 있도록 하는 별도의 규정을 두고 있는 것이다.

그럼에도 선발행 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급이 선행되어야 하고, 이는 엄격하게 해석해야 하는 것으로 판례나 조세심판례의 태도도 이와 입장을 같이 한다.

대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결과 대법원 2016.2.18. 선고 2014두35706 판결에서는 공급시기 전에 발급된 세금계산서가「부가가치세법」에 따른 해당 거래에 대한 매입세액으로 공제되기 위하여는 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고, 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우여야 한다고 판시하고 있으며, 조세심판례(조심 2017중4162, 2018.3.29.)에서는 선금을 지급하고 세금계산서를 교부받은 후 선발행세금계산서 요건에 해당하여 정상적인 거래라고 주장한 건에 대하여 실제 재화의 공급이 이루어지지 않았기 때문에 사실과 다른 세금계산서인 것으로 결정하였다.

한편, 선발행 세금계산서는 공급시기 도래 전에 대가 등을 선수취하였을 때 그 도래 전 공급시기에 세금계산서를 발급할 수 있는 규정인데, 이 건에 있어 E이 대가 등을 선수취하고 나중에 세금계산서를 발급한 후발행 세금계산서가 다수 존재하고, 청구인이 주장하는 선발행 세금계산서는 쟁점세금계산서 거래 금액 중 일부금액에 불과하다.

청구인은 E이 쟁점사업장에게 발급한 세금계산서와 자금의 흐름을 매칭한 자료를 아래 ＜표11＞과 같이 제출하였는바, 청구주장 대로라면 쟁점세금계산서 거래에 있어 대가를 수취한 시점에 세금계산서가 발행되어야 함에도 제출한 자료 중 공급가액 OOO원에 해당하는 거래는 대가를 수취한 후로부터 많게는 600여일이나 지연하여 발행한 거래형태가 다수 존재한다.

＜표11＞ 세금계산서와 자금의 흐름을 매칭한 자료

OOO

이는 공급시기가 도래하기 전에 대가를 선수취하였을 때 그 대가를 수취한 시점에 세금계산서를 발급할 수 있도록 규정한 선발행 세금계산서가 아니라 후발행 세금계산서에 해당하는 것으로써 그 금액 또한 쟁점세금계산서 상 공급가액인 OOO원의 OOO%를 초과한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서가 공급시기 특례가 적용되는 선발행 세금계산서에 해당하므로 이 건 부가가치세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조【재화 및 용역의 공급시기의 특례】① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우

2. 재화 또는 용역의 공급시기가 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간 내(공급받는 자가 제59조 제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 도래하는 경우

④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

제32조【세금계산서】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

④ 제2항에도 불구하고 「전기사업법」 제2조 제2호에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.

⑤ 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 전자세금계산서 발급명세를 전송할 수 있다.

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭제 ＜2014.1.1＞

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5.「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 현금판매, 외상판매, 할부판매, 장기할부판매, 조건부 및 기한부 판매, 위탁판매와 그 밖의 매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

2. 자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화를 가공하여 새로운 재화를 만드는 가공계약에 따라 재화를 인도하는 것

3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

5. 국내로부터 보세구역에 있는 창고(제2항제1호 및 제2호에 따른 창고로 한정한다)에 임치된 임치물을 국내로 다시 반입하는 것

② 제1항 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 보세구역에 있는 조달청 창고(조달청장이 개설한 것으로서 「관세법」제174조에 따라 세관장의 특허를 받은 보세창고를 말한다. 이하 같다)에 보관된 물품에 대하여 조달청장이 발행하는 창고증권의 양도로서 임치물의 반환이 수반되지 아니하는 것(창고증권을 가진 사업자가 보세구역의 다른 사업자에게 인도하기 위하여 조달청 창고에서 임치물을 넘겨받는 경우를 포함한다)

2. 보세구역에 있는 기획재정부령으로 정하는 거래소의 지정창고에 보관된 물품에 대하여 같은 거래소의 지정창고가 발행하는 창고증권의 양도로서 임치물의 반환이 수반되지 아니하는 것(창고증권을 가진 사업자가 보세구역의 다른 사업자에게 인도하기 위하여 지정창고에서 임치물을 넘겨받는 경우를 포함한다)

3. 사업자가 위탁가공을 위하여 원자재를 국외의 수탁가공 사업자에게 대가 없이 반출하는 것[제31조 제1항 제5호에 따라 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)이 적용되는 것은 제외한다]

4. 「한국석유공사법」에 따른 한국석유공사가 「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따라 비축된 석유를 수입통관하지 아니하고 보세구역에 보관하면서 제8조제6항에 따른 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인과 무위험차익거래 방식으로 소비대차(消費貸借)하는 것

③ 제1항 제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 않는다.

1.「국세징수법」제66조에 따른 공매(같은 법 제67조에 따른 수의계약에 따라 매각하는 것을 포함한다)에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

2.「민사집행법」에 따른 경매(같은 법에 따른 강제경매, 담보권 실행을 위한 경매와 「민법」·「상법」 등 그 밖의 법률에 따른 경매를 포함한다)에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

3.「도시 및 주거환경정비법」, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우

4.「도시 및 주거환경정비법」 제64조제4항에 따른 사업시행자의 매도청구에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

제67조【세금계산서 등】① 법 제32조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 고유번호"란 제12조 제2항에 따라 부여받는 고유번호를 말한다.

② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 공급하는 자의 주소

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소

3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

4. 공급품목

5. 단가와 수량

6. 공급 연월일

7. 거래의 종류

8. 사업자 단위 과세 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호

③ 사업자는 제73조 제5항에 따라 세금계산서를 발급하는 경우 비고란에 영수증 취소분이라고 적어야 한다.

④ 사업자는 법 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 기재사항과 그 밖에 필요하다고 인정되는 사항 및 국세청장에게 신고한 계산서임을 적은 계산서를 국세청장에게 신고한 후 발급할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 발급절차 및 보관요건, 신청절차, 제출형식 등에 관하여 필요한 사항은 국세청장이 정한다.

(3) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.

(4) 조세범처벌법 제3조【조세 포탈 등】① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 "포탈세액등"이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 포탈세액등이 3억원 이상이고, 그 포탈세액등이 신고ㆍ납부하여야 할 세액(납세의무자의 신고에 따라 정부가 부과ㆍ징수하는 조세의 경우에는 결정ㆍ고지하여야 할 세액을 말한다)의 100분의 30 이상인 경우

2. 포탈세액등이 5억원 이상인 경우

⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6.「조세특례제한법」제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인은 수지·플라스틱 도매업을 영위하기 위해 OOO 설립한 쟁점사업장의 실제 대표자이자 업무 총괄자이고, 동시에 폴리우레탄 제품 관련 무역업 및 도매업을 영위하기 위해 OOO 설립한 E의 대표이사이자 업무의 총괄자로서 법인 설립 이후 현재까지 계속하여 발행주식의 OOO%를 보유하고 있다.

(나) 조사청은 청구인이 실제 운영하는 쟁점사업장과 청구인이 대표이사로 등재된 E에 대해 2024.8.12.부터 2024.12.31.까지 개인 및 법인통합조사를 실시하였고, 그 결과 쟁점사업장과 E 간에 실제 재화나 용역의 공급없이 2020.8.3.∼2023.3.2. 기간 중 총 28회에 걸쳐 쟁점세금계산서(공급가액 합계 OOO원)를 수수한 사실이 있다고 판단하였다.

(다) 쟁점사업장과 E은 글로벌 실리콘 기업인 B의 대리점으로 B는 폴리우레탄 발포성형 원료 등을 국내에 공급하는 사업자이고, 2020.1.1.~2023.12.31. 기간 동안의 실리콘 제품 공급과 관련된 B, 쟁점사업장, E 간의 세금계산서 거래 흐름은 아래 ＜표12＞와 같으며, 쟁점세금계산서 공급가액에 대하여 E은 자신의 매출로, 청구인(쟁점사업장)은 매입으로 하여 법인세 및 부가가치세·소득세를 신고하였다.

＜표12＞ 세금계산서 거래흐름도(공급가액)

OOO

(라) 청구인과 쟁점사업장의 명의상 대표자인 D이 2024년 12월 연서하여 작성한 확인서에 의하면, 쟁점사업장은 2020년~2023년 중 E에 대가를 지급하고 선발행 세금계산서인 쟁점세금계산서(2020년 OOO원, 2021년 OOO원, 2022년 OOO원, 2023년 OOO원)를 수취하였으나, 해당 금액에 대한 재화의 공급은 이루어지지 않았고, 쟁점사업장에서 세금계산서 수취 시 해당금액을 부가가치세 매입금액 또는 청구인의 필요경비로 간주하여 관련 제세 신고를 한 사실이 있다고 기술하였다.

(2)조사청 조사담당자가 2025년 1월 작성한 조사종결보고서의 주요 조사내역은 아래 ＜표13＞과 같다.

＜표13＞ 조사종결보고서 주요 내역

OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점세금계산서가「부가가치세법」제17조에 따른 적법한 선발행 세금계산서 요건을 충족하므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이나,「부가가치세법」제17조 제1항에서는 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있는바, 이러한 선발행 세금계산서 관련 공급시기의 특례는 재화나 용역에 대한 대가의 일부 또는 전부를 선수한 이후에 재화나 용역의 공급이 실제 예정되어 있고, 결과적으로 실제 공급이 이루어질 것을 전제로 하고 있다고 보이므로 이 건과 같이 쟁점세금계산서 발행·교부 이후 현재까지 실제 공급이 이루어지지 않은 사안에까지 공급시기 특례규정을 적용하는 것은 불합리해 보이는 점, 선발행 세금계산서는 공급시기 도래 전에 대가 등을 선수취하였을 때 그 도래 전 공급시기에 세금계산서를 발급할 수 있다는 것인데, 이 건에 있어 E이 대가 등을 선수취하고 나중에 세금계산서를 발급한 후발행 세금계산서가 다수 존재하고, 청구인이 주장하는 선발행 세금계산서는 쟁점세금계산서 거래 금액 중 일부에 불과한 점, 청구인이 조사청에서 작성한 문답서에 쟁점세금계산서 발행자인 E이 거래처에 결제할 매입대금 등 자금이 부족하여 쟁점사업장에서 자금을 차입한 것이고, 이에 대하여 세금계산서를 발급한 것이라고 진술하고 있어 쟁점세금계산서를 재화나 용역의 거래에 따라 선발행한 세금계산서로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.