이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 개업하여 건설업을 영위하는 법인으로, 2021.6.24. 서울특별시 OOO청장에게 서울특별시 OOO(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점토지 지상에 건설할 예정이었던 건물을 “쟁점건물”이라 한다)에 도시형생활주택 원룸형 60세대 및 근린생활시설을 건설한다는 내용의 주택건설사업계획 승인을 신청하여 2021.10.1. 사업계획승인(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 받았다.

나. 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 2021년 제1기 부가가치세 확정신고시 공통매입세액 OOO원을 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 제2호 규정에 따라 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산하고, 면세비율을 OOO%로 적용하여 면세사업 해당세액 OOO원에 대하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다.

＜표1＞ 부가가치세 신고내역(2021년 제1기)

OOO

다. 청구법인은 2022.11.22. 쟁점사업의 주택건설사업계획 승인을 취소신청하였고, 이후 A 주식회사가 쟁점토지에서 업무시설 및 근린생활시설 건축사업을 진행 중인 것으로 확인된다.

라. 청구법인은 2024.11.13. 처분청에 쟁점건물의 주 용도는 오피스텔이고 오피스텔 건설은 부가가치세 과세대상임에도 당초 면세대상으로 잘못 신고하여 공제받지 못한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.1.21. 이를 거부하였다.

＜표2＞ 공통매입세액 안분계산 내역(경정청구)

OOO

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.13. 이의신청을 거쳐 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 부동산개발사업의 시행을 준비하던 중 2021년 초에 주거용 오피스텔 사업을 추진하며 사업자금을 유치하였다. 사업자금 유치를 위해 컨설팅 용역계약을 체결하고 그에 따른 컨설팅 수수료 등을 지급하였다. 지주와는 공동사업을 하기로 하고 토지사용승낙서를 작성하고 토지에 대한 사용권원을 받았다. 쟁점토지에 대한 설계계약을 체결하고 사업을 추진하던 중 코로나19 펜데믹 여파로 수익성이 떨어지게 되어 오피스텔, 주택, 오피스, 상가 등 다각도로 사업을 검토하게 되었다.

사업계획을 변경하여 2021년 후반기에 주택건설사업계획의 승인도 받았으나 계획한 주택시장의 분위기 악화로 인하여 진행이 어려워 주택사업을 시작하지도 않고 포기하였고 업무시설로 계획을 변경하였다. 그리하여 2022년 7월 업무시설로 변경하여 건축심의를 받았다. 그 후 2022년 11월 주택사업계획승인을 쟁점토지의 사업권자인 청구법인이 자진취소하였다.

쟁점건물은 2023년 업무시설로 변경하여 건축허가를 받은 후 착공승인을 받아 현재 건설 중이므로 쟁점건물의 현황은 업무시설이다.

청구법인은 위와 같은 일련의 과정 속에서 뒤늦게 부가가치세 환급이 제대로 되지 않음을 인지하게 되어 세무대리인에게 문의하였으나 쟁점건물이 실제 업무시설이라는 점이 확인된 이후 경정청구를 통해 초과납부된 부가가치세를 환급받는 것이 더 합리적이라는 세무대리인의 의견에 따라 이후 경정청구를 하게 되었다.

처분청은 ‘사업자가 건설 중에 있는 부가가치세가 면제되는 국민주택 규모 이하 주택을 설계변경 등에 의하여 부가가치세가 과세되는 오피스텔 등으로 건축하여 완공하는 경우 설계변경 건축허가 시점 이전의 건축관련 매입세액은 공제되지 않는 것(부가 46015-887, 2001.6.20. 참조)’이라는 예규에 따라 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

그러나 청구법인은 쟁점사업의 주택건설사업계획 승인을 취소하기 전 국민주택 규모 이하 주택의 건설사업을 진행한 사실이 없다. 건설행위를 하기 위해서는 착공신청을 하고 착공승인을 받아야 하는데 청구법인은 단지 주택건설사업계획의 승인을 받았을 뿐 착공에 이르지 못하였다.

또한 사업자금 유치를 위한 컨설팅용역 수수료나 PM수수료 등은 건축관련 매입세액에 해당하지 않는다.

처분청 예규에 의하면 ‘부가가치세가 면제되는 국민주택은 주택의 용도로 적법하게 건축허가를 받아 그에 따라 건축된 건축물에 해당한다(적부-국세청-2019-0017)’고 규정하고 있다. 따라서 주택건설사업계획 승인시 주택으로 건축될 것으로 예정되었으므로 해당사업은 부가가치세 면세대상에 해당한다는 처분청 의견은 타당하지 않다. 착공승인도 받지 않고 해당 건물의 건설도 하지 않았는데 사업계획이 승인되었다고 하여 부가가치세가 면제되는 국민주택으로 본다는 것은 이해하기 어렵다.

처분청은 쟁점토지의 등기부등본을 확인하였으나 청구법인의 소유이력이 확인되지 않는다는 의견이나, 청구법인은 쟁점토지 지상에 건물을 신축할 목적으로 토지 소유자로부터 토지사용승낙을 받아 토지에 대한 사용권을 확보하였다. 쟁점토지에 대한 사용목적도 주택건설사업용이 아닌 건물신축사업용임을 확인할 수 있다.

처분청은 청구법인이 지급한 수수료에 대하여 매입액을 신고하였으나 관련 매출이 발생하지 않았고 현재 쟁점건물을 건설중인 사업자는 청구법인이 아닌 제3자이므로 매입세액공제를 인정하기 어렵다는 의견이나, 대부분 사업초기에는 바로 매출이 발생하기 어렵기 때문에 부가가치세 신고시 매출액이 없으면 매입세액 전액을 공제받고 있고, 주택신축사업에서 매출이 발생하기 위해서는 분양을 해야 하는데 쟁점사업을 하지 않기로 결정하였기 때문에 착공신고 및 그 이후의 분양승인 등의 절차를 모두 진행하지 아니하였고 입주자모집공고 등도 이루어지지 아니하였다.

한편 쟁점토지의 소유자는 여전히 B, C, D 등이나 개발사업을 A 주식회사에 신탁하여 진행하고 있는 것이다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점사업과 관련하여 당초 서울특별시 OOO청장으로부터 부가가치세 면제대상인 주택건설사업으로 사업계획승인을 받았다가 이후 건축주 및 건축 용도를 변경한 것으로 확인되나, 변경 허가 시점 이전의 건축 관련 부가가치세 매입세액은 공제대상에 해당하지 않는다.

청구법인은 쟁점사업에 대해 2021.10.14. 서울특별시 OOO청장으로부터 도시형생활주택 원룸형 60세대의 건설사업으로 건설사업계획의 승인을 받은 사실이 확인된다.

국세청 과세전적부심사 결정례에 따르면 ‘부가가치세가 면제되는 국민주택은 주택의 용도로 적법하게 건축허가를 받아 그에 따라 건축된 건물에 해당된다(적부-국세청-2019-0017, 2019.4.24.).’고 결정하고 있는데, 쟁점사업은 주택건설 사업계획승인이 있었고 사업계획승인사항 중 사업종류에 도시형 생활주택으로 명시되어 있는바 부가가치세 면세대상 사업에 해당한다.

또한 청구법인이 해당 과세기간 수취한 매입세금계산서의 품목 기재사항에 의하면 ‘주택건설사업’으로 기재되어 있는 것을 확인할 수 있다.

청구법인은 2022년 7월 서울특별시 OOO청 건축위원회 심의자료를 근거로 쟁점건물의 건축 용도가 업무시설로 변경되었으므로 쟁점건물을 업무시설로 보아 공통매입세액 안분계산을 수정하여 매입세액 공제를 받아야 한다고 주장하나, 사업자가 건설 중에 있는 부가가치세가 면제되는 국민주택규모 이하 주택을 설계변경 등에 의하여 부가가치세가 과세되는 오피스텔 등으로 건축·완공하는 경우 설계변경 건축허가 시점 이전의 건축관련 매입세액은 공제되지 아니하는 것(부가 4601-887, 2001.6.20.)이다.

청구법인은 쟁점사업과 관련하여 컨설팅 수수료, PM수수료, 설계용역수수료 등에 대한 매입액을 신고하였으나 동 매입액에 대한 매출액이 전혀 발생하지 않은 것으로 확인된다. 청구법인은 2024.12.2.부터 2025.5.1. 사이에 휴업중이었고 그 이후 휴업기간이 종료하여 자동 재개업상태로 실질적으로 사업을 영위하지 않고 있다. 현재 쟁점토지 지상어 건설사업을 진행중인 사업자는 청구법인이 아닌 제3자로 확인된다.

청구법인은 쟁점토지 소유자에게 토지사용승낙을 받아 쟁점사업을 진행하였다고 주장하나, 쟁점토지 등기부등본상 청구법인이 쟁점토지를 소유한 이력을 확인할 수 없고, 쟁점토지 소유자와의 사업계약 내용 또한 확인되지 않는다. 토지의 소유권이 청구법인에게 귀속되지 않았고 건축허가 및 착공신고 등 객관적 사업개시 사실이 확인되지 않는다. 쟁점토지는 2022.1.14. 매매를 원인으로 제3자에게 소유권이 이전된 것으로 확인된다.

청구법인은 주택건설공사를 실제로 진행한 사실이 없고 착공신고 또는 착공승인 등의 절차를 거친 사실이 없으므로 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호에 따라 쟁점사업은 주택건설관련 매입세액에 해당하지 않는다고 주장하나, 부가가치세가 환급되기 위해서는 과세사업과 관련된 실질적인 건설 및 사업의 진행 사실이 확인되어야 하고 단순 사업자금 유치 및 설계비용은 매입세액 불공제 대상에 해당한다.

이상에서 살펴 본 바와 같이, 쟁점사업은 서울특별시 OOO청장으로부터 아파트(면세사업)로 건설승인을 받았고 세금계산서 및 계산서 품목에도 ‘주택’의 건설사업임이 기재되어 있는바, 이후 해당 사업에 대한 건축계획이 변경되었다 하더라도 설계변경 건축허가시점 이전의 건축과 관련된 매입세액은 공제되지 아니하는 것이다.

더욱이 쟁점사업 매입세액이 토지 취득, 자금 유치 등 사업공급재화와 무관한 준비금으로 확인되는바 청구법인은 실질적으로 쟁점사업을 영위하지 않았으므로 관련 매입세액을 공제하여 달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액은 부가가치세가 면제되는 국민주택의 건축과 관련된 것이 아니므로 관련 매입세액을 공제하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2021.6.24. 서울특별시 OOO청장에게 쟁점토지에 도시형생활주택 원룸형 60세대 및 근린생활시설을 건설하는 내용의 주택건설사업계획 승인을 신청하여 2021.10.1. 사업계획승인을 받았으며, 쟁점사업과 관련하여 2021년 제1기 부가가치세 확정신고시 공통매입세액 OOO원을 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 제2호 규정에 따라 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산하고, 면세비율을 OOO%로 적용하여 면세사업 해당세액 OOO원에 대하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다.

(2) 청구법인은 2024.11.13. 처분청에 쟁점건물의 주 용도는 오피스텔이고 오피스텔 건설은 부가가치세 과세대상임에도 당초 면세대상으로 잘못 신고하였으므로 공제받지 못한 매입세액 OOO원은 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였다.

(가) 청구인이 제출한 사업계획서(2021.1.30., 청구법인 작성)에 의하면 청구법인은 쟁점토지 지상에 주거용 오피스텔 및 근린생활시설을 건축할 예정이었던 것으로 기재되어 있다.

(나) 청구법인은 2021.1.25. 주식회사 E와 컨설팅용역계약을 체결한 것으로 확인되는데, 청구법인이 쟁점토지에 추진하는 서울특별시 서초동 도시형생활주택 신축사업의 성공적인 수행을 위해 토지매입대금 중 계약금 및 초기 사업비용 OOO원을 주식회사 E로부터 차입하고 주식회사 E로부터 컨설팅용역을 제공받기로 하는 내용으로 확인된다. 해당 계약서에는 쟁점사업에 대하여 청구법인이 쟁점토지 지상에 근린생활시설 및 도시형생활주택 70세대를 건축하기로 하는 것으로 기재되어 있다.

(다) 청구법인이 쟁점토지 지상에 신축하는 도시형생활주택 원룸형 60세대와 관련하여 2021년 1월 청구법인이 주식회사 F에 쟁점사업에 필요한 자금조달의 주선을 포함한 금융관련 자문업무의 수행을 의뢰하고 그에 대한 보수를 지급하기로 약정하는 내용의 금융자문계약을 체결한 것으로 확인된다.

(라) 청구법인은 2021.2.2. 주식회사 G 사무소와 쟁점토지 지상에 건축될 업무시설(오피스텔) 및 근린생활시설 용도의 건물에 대한 설계용역계약을 체결한 것으로 확인된다.

(마) 청구법인은 주식회사 H에 쟁점토지 지상에 서초동 주거 및 근생시설 신축공사와 관련한 지반조사를 의뢰하여 2021년 3월경 그에 대한 보고서를 제출받은 것으로 확인된다.

(사) 청구법인은 쟁점사업의 진행 당시 쟁점토지에 대한 소유권을 취득하지는 아니하였고, 2021.1.19. 토지소유자들로부터 토지사용에 대한 승낙을 받아 쟁점사업을 진행하였던 것으로 확인된다.

(아) 쟁점토지 등기부등본상 확인되는 소유권 변동내역은 ＜표3＞ 기재와 같다. 청구법인은 쟁점토지를 취득한 사실이 없고, 다만 2021.2.1. 청구법인을 채무자로 하고 근저당권자를 주식회사 I, 주식회사 J, 주식회사 K, 채권최고액을 각 OOO원으로 하는 근저당권설정등기가 각 경료되었다가 2021.2.4. 말소된 것으로 확인된다.

＜표3＞ 쟁점토지 소유권 변동내역

OOO

(4) 쟁점토지 지상에 건축될 건물과 관련된 건설사업계획 변동내역은 다음과 같다.

＜표4＞ 건설사업계획 변동 내역

OOO

(가) 청구법인이 2021.4.7. 서울특별시 OOO청장에게 제출한 건축위원회 심의신청서상 건물용도는 공동주택(아파트)로 확인된다.

(나) 청구법인이 2021.10.1. 서울특별시 OOO청장에게 제출한 사업계획 승인신청서상 건물 주용도는 공동주택(도시형생활주택) 60세대로 확인된다.

(다) 서울특별시 OOO청장이 2021.10.1. 청구법인에게 발송한 쟁점사업과 관련된 주택건설사업계획승인 처리알림 공문상 용도는 아파트(도시형생활주택 원룸형 60세대) 및 제1·2종 근린생활시설로 확인된다.

(라) A 주식회사가 2022.3.23. 서울특별시 OOO청장에게 신청한 건축위원회 심의신청서상 건물의 용도는 제2종 근린생활시설로 확인된다.

(마) 2022년 7월 서울특별시 OOO청장에 작성한 건축위원회 심의검토보고서상 쟁점건물의 용도는 업무시설(사무소) 및 제1·2종 근린생활시설로 확인된다.

(바) 청구법인은 쟁점토지 지상의 주택건설사업 계획의 승인 취소를 신청하였고, 서울특별시 OOO청장은 2022.11.22. 청구법인에게 해당 사업계획 승인이 취소되었음을 통지하였다.

(5) 청구법인의 2020년 제1기~2024년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 부가가치세 신고내역은 다음과 같다.

＜표5＞ 부가가치세 신고내역(2020년 제1기~2024년 제1기)

OOO

(6) 청구법인이 2021년 제1기 부가가치세 과세기간에 수취한 매입세금계산서 품목명에는 컨설팅수수료, PM수수료, 공동주택 건축설계비 등이 기재되어 있는 것으로 확인된다.

＜표6＞ 매입세금계산서 내역(2021년 제1기)

OOO

(7) 경정청구 검토보고서의 구체적 내용은 다음과 같다.

OOO

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호는 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역에 대한 부가가치세가 면제되는 것으로 규정하고 있고, 「부가가치세법」 제39조 제1항은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 제7호에서 ‘면세사업등에 관련된 매입세액’을 규정하고 있다.

청구법인은 쟁점건물의 주 용도는 오피스텔이고 오피스텔 건설은 부가가치세 과세대상임에도 당초 면세대상으로 잘못 신고하였으므로 쟁점매입세액은 환급하여야 한다고 주장한다.

그러나 청구법인은 건축위원회 심의신청서 제출 당시 건물 용도를 공동주택으로 하여 제출하였고 서울특별시 OOO청장은 주택건설사업계획 승인시 건물용도를 아파트(도시형생활주택 원룸형 60세대) 및 제1·2종 근린상활시설로 하여 승인한 점, ㈜G사무소가 발급한 세금계산서 품목에 ‘공동주택’으로 기재되어 있고, 그 외 계산서 및 세금계산서상 품목명에는 도시형생활주택 또는 공동주택으로 기재되어 있는 점, 현재 쟁점토지 지상에 업무시설이 건축되고 있으나 사업주체가 청구법인이 아닌 제3자로 확인되고, 청구법인에 대해 주택건설사업계획 승인을 취소한 것은 2022년 제2기 부가가치세 과세기간인 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인은 2021.6.24. 쟁점토지에 도시형생활주택 원룸형 60세대 및 근린생활시설을 건설한다는 내용의 주택건설사업계획 승인을 신청하여 2021.10.1. 사업계획승인을 받은 후 2022년 11월 이를 취소하기 전까지 ㈜G사무소에 설계용역을 의뢰하고, ㈜E 등으로부터 사업자금을 유치하여 쟁점토지에 대한 사용권한을 확보하는 등 도시형생활주택 원룸형 60세대의 건축과 관련된 쟁점사업을 추진하였던 것으로 보이는 점 등을 감안할 때 쟁점매입세액은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니는 매입세액에 해당하므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 부가가치세법

제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

제40조[공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제81조[공통매입세액 안분 계산] ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 조세특례제한법

제106조[부가가치세의 면제 등] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)