이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.3.31. 서울특별시 동대문구 1036 외 12필지 토지 및 그 지상건축물(＜별지1＞ 기재, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후, 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 서울특별시의 지도점검 결과에 따라, 청구법인이 쟁점부동산 취득을 위해 차입한 차입금 OOO원(이하 “이 건 차입금”이라 한다) 관련하여 아래 ＜표1＞과 같이 담보신탁수수료, 대출취급수수료, 이자비용의 총 합계OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)이 쟁점부동산의 취득세 과세표준에서 누락되었다고 보아, 2024.8.9. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

＜표1＞ 쟁점비용 구분

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 차입금 중 쟁점부동산의 임대차계약을 승계함에 따른 이 건 임차보증금 계상액을 제외한 나머지인 OOO원만이 쟁점부동산의 취득을 위해 소요된 비용에 해당한다.

처분청은 서울특별시의 지도점검결과에 따라 이 건 취득세 부과처분시 이 건 차입금에 대한 대출약정서상의 시설자금의 용도가 취득대금으로 사용되었는지에 대하여 구체적으로 살피지 아니하고, 취득대금으로 사용되었다는 입증은 커녕 오히려 취득대금으로 사용치 아니하였다는 반증을 요구하였다.

그러나, 부과처분에 있어 특별히 납세의무자의 증명이 있어야만 과세행정을 유지할 수 있는 경우가 아니라면 과세표준 등 과세요건사실에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것(대법원 1981.5.26. 선고OOO판결)이고, 나아가 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것(조심 2017지974, 2018.5.30.)하는 것임에도, 처분청의 이 건 취득세 부과처분은 입증책임의 소재를 전도한 관행적인 과세위주의 조세행정으로 결백을 증명하지 못하면 유죄가 되어야 한다는 이치와도 같아 허용될 수 없는 논리이며, 과세요건 사실 즉 대출금 전부가 잔금 지급에 사용되었다는 사실이 없음에도 사실이 존재하는 것으로 조세행정이 추구하는 실질과세 천명의 원칙에 정면으로 반하는 위법한 처분에 해당한다.

청구법인의 계정별원장에서 확인되는 바와 같이 청구법인은 이 건 차입금 중 매도인에게 지급된 잔금은OOO원이고, 그 외의 차입금은 시설개선 등에 소요된 금액이므로 쟁점비용을 이 건 차입금 중 쟁점부동산 취득을 위해 소요된 비용의 비율인 82.908％(OOO원)로 안분하여 이 건 취득세 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 이 건 차입금 중 이 건 임차보증금 부분만 이 건 부동산 취득에 소요된 자금이므로, 쟁점비용 중 이 건 차입금에서 이 건 임차보증금이 차지하는 비율(82.908%)만큼만 안분하여 취득세 과세표준에 산입하여야 한다고 주장하나,

「지방세법」상 규정하고 있는 ‘취득가격’에는 과세대상 물건의 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 외에 실제 그 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것(대법원 1996.1.26. 선고 OOO판결, 참조)이고, 어떠한 자산을 취득하는 데에 사용할 목적으로 직접 차입한 자금을 실제로 사용하기 전에 미리 차입을 하였다고 하더라도 그에 관한 이자는 여전히 해당 자산의 취득에 소요된 비용에 해당하므로 이를 취득세의 과세표준에서 제외할 것은 아니라 할 것(대법원 2013.9.12. 선고 OOO판결, 참조)이며,

과세처분 취소소송에서 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있어 취득세 과세표준의 입증책임도 원칙적으로는 과세관청에 있으나, 필요경비는 과세관청으로서 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 오히려 공평의 관념에 부합하는 점(대법원 2017.1.18 선고OOO판결, 참조) 비추어 보면,

이 건 대출약정서에서 이 건 차입금은 쟁점부동산 취득에 관한 부동산매매계약서 상 매매대금(잔금)의 지급, 시설자금 및 금융비용 등 필요한 자금의 조달을 위한 것이라고 명시되어 있는 점, 부동산매매계약서 및 청구법인의 계정별 원장에서 쟁점부동산 취득을 위한 잔금이 이 건 차입금을 초과하는 것으로 확인되는 점, 청구법인이 제출한 자료에서 이 건 차입금을 달리 쟁점부동산 취득이 아닌 다른 용도로 사용하였다고 볼만한 입증자료가 확인되지 않는 점 등에 비추어, 이 건 차입금에서 이 건 임차보증금에 해당하는 비율만을 적용하여 쟁점비용을 산출하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점비용을 이 건 차입금 중 쟁점부동산의 취득에 사용한 금액의 비율에 따라 안분하여 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지3＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.5.27. 부동산 임대업 및 개발업, 일용품 판매시장의 경영업 등을 영위할 목적으로 대도시 내인 서울특별시 동대문구 소재 본점을 두고 설립된 법인이다.

(나) 청구법인은 2021.3.15. 매도인 A 주식회사(이하 “매도인”이라 한다)로부터 쟁점부동산을 취득하였고, 부동산 매매계약서상 대금지급사항은 아래와 같다.

＜ 쟁점부동산 매매대금 및 지급조건(매매계약서 일부발췌) ＞

○○○

(다) 청구법인은 2021.3.29. 진남새마을금고 외 30개 대출금융기관과 아래와 같이 쟁점부동산의 취득과 관련한 부동산매매대금(잔금)의 지급, 시설자금 및 금융비용 등 필요한 자금을 조달명목으로 이 건 차입금에 대한 대출약정을 한 것으로 확인된다.

＜ 이 건 차입금 대출약정서(일부발췌) ＞

○○○

(라) 청구법인은 2021.3.29. 주식회사 OOO(이하 “수탁자”라 한다)과 부동산담보신탁계약을 체결하고 쟁점부동산을 신탁하였고, 진남새마을금고 외 30개 대출금융기관을 부동산담보신탁계약에 따른 제1순위 우선수익자로 지정하였으며, 수탁자에게 지급할 신탁보수 관련 재산관리 보수액을 OOO원으로 약정한 것으로 확인된다.

＜ 부동산담보신탁계약서(일부발췌) ＞

○○○

(마) 청구법인은 2021.3.31. 쟁점부동산의 매매계약상 잔금 OOO원 중 임대보증금 인수액 OOO원을 인수하였고 그 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구법인의 계정별원장(임대보증금)

(단위 : 원)

○○○

(바) 처분청은 서울특별시의 지도점검결과, 청구법인의 계정별원장에 기재된 아래 ＜표3＞과 같이 이 건 차입금과 관련한 쟁점비용이 쟁점부동산의 취득세 과세표준에서 누락된 사실을 확인하고 청구법인에게 이 건 취득세를 부과·고지한 것으로 확인된다.

＜표3＞ 청구법인의 계정별원장상 취득가격 누락액

(단위 : 원)

○○○

(사) 청구법인은 이 건 심판청구 과정에서 잔금지급 및 대출실행일인 2021.3.31. 출납전표 및 금융거래내역 등을 통해 이 건 차입금의 지출내역을 아래와 같이 입증하였다.

＜표4＞ 청구법인의 2021.3.31.자 대체전표

(단위 : 원)

○○○

＜표5＞ 청구법인이 소명한 이 건 차입금 지출내역

(단위 : 원)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 청구법인과 처분청간에 쟁점비용이 취득세 과세표준에 포함하는 것에는 이견이 없으나, 그 안분방식에 대하여 이견이 있으므로 이에 대해 살펴본다.

쟁점①비용인 담보신탁수수료는 쟁점부동산을 담보신탁하고 관리하는데 소요되는 비용이므로 전액을 취득세 과세표준에 포함하는 것이 타당하나, 쟁점②·③비용인 대출취급수수료와 이자비용은 이 건 대출금의 차입을 위한 비용이므로 이 건 대출금 중 쟁점부동산의 취득에 소요되는 비용을 산출한 뒤 그 비율만큼을 취득세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②·③비용과 관련하여 처분청은 이 건 취득세 부과처분 당시 청구법인이 이 건 차입금의 지출내역을 입증하지 못하여 관련 비용 전액을 쟁점부동산 취득에 소요한 것으로 간주하여 이 건 취득세를 부과한 처분이 타당하다는 의견이나,

청구법인이 이 건 심판청구 과정에서 제출한 쟁점부동산의 잔금지급일인 2021.3.31.의 대체전표, 금융거래내역서 등에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산의 잔금지급(매도인의 차입금 상환 포함), 시설자금 및 금융비용 등에 사용할 목적으로 이 건 차입금 OOO원을 차입한 점, 청구법인은 매도인에게 지급할 쟁점부동산 매매대금의 잔금 OOO원에서 청구법인이 승계한 임차보증금 OOO원을 제외한 OOO원을 지급하여야 할 의무가 있었던 점, 이 건 차입금은 ① 쟁점부동산에 설정된 매도인의 근저당권을 해지하는 방식으로 쟁점부동산의 잔금 중 OOO원을 지급, ② 매도인에게 직접 지급하는 방식으로 나머지 잔금 OOO원을 지급, ③ 이 건 차입금의 대출취급수수료 OOO원을 지급, ④ 취득세 등 제세공과금 OOO원을 지급, ⑤ 대출약정에 따른 이자유보금 등의 확보 목적으로 OOO원을 이체, ⑥ 시설자금운영 등을 목적으로 관련 계좌에 OOO원을 이체한 사실이 확인되는 점, 위 내역에 의하면, 제세공과금과 같이 취득세 과세표준에서 제외되는 항목이거나, 이자유보금(쟁점부동산 취득 1일치에 대한 이자비용은 제외) 및 시설운영자금 계좌로의 이체는 쟁점부동산 취득 이후의 비용이거나 쟁점부동산 취득과 관련이 없으므로 처분청이 이 건 차입금 전부가 쟁점부동산의 취득에 소요되었음을 전제로 한 이 건 취득세 부과처분은 일부 잘못이 있는 것으로 보인다.

따라서, 처분청은 위 ＜표5＞에 기재된 이 건 차입금의 지출내역을 기준으로 쟁점부동산의 취득에 소요된 비용을 재조사하고, 대출취급수수료 지급액에 이 건 차입금에서 해당 비용이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 가액과 해당 비용에 이 건 차입금의 이자율(4.3%) 및 1일치 적수(1/365)를 곱하여 산출한 가액을 쟁점부동산의 취득세 과세표준 누락액으로 보아 이 건 취득세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 쟁점부동산 내역

○○○

＜별지2＞ 이 건 차입금 지출내역

○○○

＜별지3＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

8. 제1호부터 제7호까지의 비용에 준하는 비용

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.