이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 노원구 OOO일대에서 주택재개발정비사업(이하 “쟁점재개발정비사업”이라 한다)의 시행자로서, 2023.6.28. 준공인가에 따라 국공유지 30,252.9㎡를 무상양여 받았다.

나. 청구법인은 2023.8.23. 무상양여 국공유지 30,252.9㎡를 쟁점재개발정비사업에 따라 신설되는 정비기반시설로 편입된 부분(면적 26,161.4㎡, 이하 “쟁점1토지”라 한다)과 공동주택 편입 부분(면적 4,091.5㎡, 이하 “쟁점2토지”라 한다)으로 구분하여,

2023.8.25. 쟁점1토지에 대하여 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항 제1호 및 제177조의2에 따라 취득세를 85% 감면받고, 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계OOO원을 신고·납부하였으며, 쟁점2토지에 대하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 이후 청구법인은 2024.9.3. 쟁점1토지는 신설된 정비시설에 다시 편입되었으므로 국가 등의 원시취득에 해당하므로 취득세가 비과세되어야 하고, 쟁점2토지 중 국민주택 규모 이하의 공동주택으로 편입된 부분은 농어촌특별세가 비과세되어야 한다고 주장하며 각 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.10.31. 이를 각 거부처분하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점1토지는 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세되어야 한다.

「도시 및 주거환경정비법」(2021.11.11. 법률 제18388호로 개정되기 전의 것, 이하 “도시정비법”이라 한다) 제97조 제2항은 용도가 폐지되는 종전 정비기반시설은 사업시행자에게 무상으로 양도되는 것으로 규정하고 있는바, 종전 정비기반시설 중에서 용도폐지되었다가 다시 신설되는 정비기반시설로 편입되는 토지는 사업시행자에게 무상으로 양도되는 것이 아니라 이전고시 다음날에 국가나 지방자치단체에 바로 무상귀속되는 것이고, 따라서 쟁점1토지는 국가나 지방자치단체 소유에서 바로 국가나 지방자치단체의 소유로 무상귀속된 것이므로, 취득세가 비과세되어야 한다.

(2) 신축한 공동주택의 취득시기는 준공인가를 받은 때이고, 용도폐지된 종전 정비기반시설은 관리청에 준공인가 통지를 한 때가 취득시기이므로 용도폐지 기반시설을 취득하는 시점에 이미 공동주택의 건축물이 취득되어 있으므로 쟁점2토지 중 공동주택 편입부분에 대하여는 농어촌특별세가 비과세되어야 한다.

쟁점재개발정비사업으로 취득한 공동주택은 2023.6.28. 준공인가(체육시설 제외)되었고, 2023.7.6. 최종 준공인가 및 공사완료를 하였다. 따라서 공동주택 취득일은 2023.6.28.이고, 용도폐지된 종전 정비기반시설의 취득시기는 2023.6.28. 이후, 아무리 빨라도 공동주택의 취득일과 같은 날에 용도폐지되는 정비기반시설을 무상으로 취득한 것이므로, 공동주택 중에서 전용면적 85㎡ 이하에 해당하는 부분의 토지는 농어촌특별세 비과세대상이라고 할 것이다(조심 2019지3828, 2021.12.6. 참조).

나. 처분청 의견

(1) 쟁점1토지는 취득세 비과세대상이 아니다.

(가) 「지방세법」 제9조 제1항 본문은 국가 또는 지방자치단체 등이 취득세 과세대상을 취득하였을 때, 그 취득주체인 국가 또는 지방자치단체 등에 대하여 이를 비과세한다는 취지로 해석함이 타당하므로, 국가 또는 지방자치단체가 아닌 청구법인은 위 규정에 따른 비과세 혜택을 받을 수 없다.

(나) 청구법인은 도시정비법 제97조 제2항이 종전 정비기반시설 중에서 용도폐지되었거나 다시 신설되는 정비기반시설로 편입되는 토지는 사업시행자에게 무상으로 양도되는 것이 아니라 이전고시 다음날에 국가나 지방자치단체에 바로 무상귀속된다고 주장하나, 신설된 정비기반시설의 토지는 청구법인의 주장처럼 국가 또는 지자체 소유에서 곧바로 국가 또는 지자체의 소유로 되는 것이 아니라 사업시행자에게 무상양도되었다가 국가나 지방자치단체로 귀속되는 것이다.

(2) 쟁점2토지 중 공동주택 편입부분을 농어촌특별세 비과세대상으로 볼 수 없다.

(가) 「주택법」에 정해진 서민주택을 위한 농어촌특별세 비과세 규정은 그 지상에 이미 국민주택이 건축되어 있는 토지만을 한정한다. 농어촌특별세가 비과세되는 ‘국민주택에 부수되는 토지’란 원칙적으로 그 지상에 이미 국민주택이 건축되어 있는 토지를 말하고, 그렇지 않은 경우에는 국가·지방자치단체 또는 대한주택공사와 한국토지공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지만을 의미한다고 할 것이다(대법원 OOO판결 참조).

(나) 청구법인은 2014.11.6. 쟁점재개발정비사업의 사업시행 인가고시에 따라 쟁점2토지에 대하여 공사를 할 수 있게 되었으므로, 해당 시점을 쟁점2토지에 대하여 청구법인이 사실상의 지배권을 획득한 시점으로 인정할 수 있고, 해당 시점을 「지방세법」 제7조 제2항의 ‘사실상 취득’이 이뤄진 시점으로 봄이 타당하며, 해당 시점에는 쟁점2토지에 농어촌특별세의 비과세대상이 되는 국민주택이 존재하였다고 볼 수 없는바, ‘국민주택에 부수되는 토지’의 존재도 인정할 수 없으므로, 쟁점2토지는 농어촌특별세 비과세 대상이 아니라고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 무상양여 받아 정비기반시설로 편입되는 용지에 대하여 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

② 국민주택 규모 이하의 공동주택 부속토지로 편입된 부분에 대하여 농어촌특별세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점재개발정비사업의 진행과정은 다음과 같다.

○○○

(나) 2024.7.6. 고시된 인가서에 따르면 용도폐지되는 국공유지 30,252.9㎡가 청구법인에게 무상양도되고, 도로·공원·공공공지·체육시설 등 정비기반시설 30,837.9㎡가 신설되는 것으로 명시하고 있다.

＜인가서 일부 발췌＞

○○○

(다) 청구법인은 다음과 같이 쟁점1토지를 무상양여받아 신설정비기반에 바로 편입되었기에 청구법인의 취득이 없었다는 주장이다.

○○○

(라) 청구법인은 다음과 같이 쟁점2토지 중 공동주택 전용면적 85㎡ 이하인 면적의 비율은 94.3%라고 주장하며, 이에 대하여 농어촌특별세가 비과세되어야 한다는 주장이다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점1토지를 신설되는 정비기반시설의 기부채납에 대한 반대급부로 청구법인이 무상양여 받은 것이므로 취득세 비과세 대상이 아니라는 의견이나, 「지방세법」 제9조 제2항의 입법취지는 국가 등에의 귀속을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 해당 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 이를 국가 등이 직접 취득하는 경우와 동일하다고 보아 취득세를 비과세하겠다는 것(대법원 2011.7.28. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임)으로서, 무상양여 받은 쟁점1토지는 기부채납의 대상이 되는 정비기반시설에 다시 편입되는 것으로 나타나므로 청구법인은 쟁점1토지를 자신의 부담으로 신설되는 정비기반시설로 대체하여 다시 기부채납하는 역할만 하였을 뿐, 이 과정에서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기는 어렵다고 할 것(조심 2023지4988, 2024.1.29. 결정, 조심 2021지2922, 2022.11.30. 결정 등, 같은 뜻임)인 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점1토지에 대해「지방세법」제9조 제2항을 적용하지 않고 취득세 등의 환급을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2021지3310, 2022.6.3., 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「농어촌특별세법」제4조 제9호, 제11호 및 같은 법 시행령 제4조 제5항에서 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 일정 범위의 토지를 농어촌특별세 비과세대상으로 규정하고 있는바, 처분청은 2014.11.6. 쟁점재개발정비사업 사업시행 인가고시로 쟁점2토지에 대하여 공사를 할 수 있게 되었으므로, 해당 시점에 쟁점2토지를 ‘사실상’ 취득한 것으로 보아야 하고, 당시 그 지상에 국민주택 규모의 주거용 건축물이 없었던 점에서 쟁점2토지는 위 법령에서 규정하는 농어촌특별세 비과세대상이 아니라는 의견이나, 쟁점재개발정비사업의 경우, 「지방세법 시행령」 제20조 제6항에 따라 처분청에서 (부분)준공인가를 한 2023.6.28. 청구법인은 공동주택용 건축물을 신축하여 취득하였고, 그 준공인가일 이후 청구법인은 도시정비법 제97조 제5항에 따라 준공인가통지일에 용도폐지되는 정비기반시설 토지인 쟁점2토지를 무상으로 취득하였다고 봄이 타당한바, 위 공동주택용 건축물 중 일부가 국민주택 규모에 해당하는 것으로 확인되는 이상, 쟁점2토지 중 일부는 국민주택의 부속토지로서 농어촌특별세 비과세대상으로 보아야 함에도, 처분청에서 쟁점2토지 전체가 농어촌특별세 비과세대상이 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2024.12.31., 법률 제20630호로 개정되기 전의 것)

제9조(비과세) ① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 「지방자치법」 제176조 제1항에 따른 지방자치단체조합(이하 “지방자치단체조합”이라 한다), 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(2) 지방세법 시행령(2023.12.29., 대통령령 2034080호로 개정되기 전의 것)

제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(「도시개발법」 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, 「도시 및 주거환경정비법 시행령」 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

(3) 지방세특례제한법(2023.12.29., 법률 제19862호로 개정되기 전의 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

2. 2021년 1월 1일부터 2024년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 제1항의 경우 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 감면된 취득세를 추징한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세의 세액(연부로 부동산을 취득하는 경우 매회 세액을 합산한 것을 말하며, 1년 이내에 동일한 소유자로부터 부동산을 취득하는 경우 또는 1년 이내에 연접한 부동산을 취득하는 경우에는 각각의 부동산에 대하여 산출한 취득세의 세액을 합산한 것을 말한다) 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세 : 200만원 이하

나. 재산세 : 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

(4) 도시 및 주거환경정비법(2021.11.11. 법률 제18388호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “정비구역”이란 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제16조에 따라 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.

2. “정비사업”이란 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량 또는 건설하는 다음 각 목의 사업을 말한다.

나. 재개발사업 : 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하거나 상업지역ㆍ공업지역 등에서 도시기능의 회복 및 상권활성화 등을 위하여 도시환경을 개선하기 위한 사업. 이 경우 다음 요건을 모두 갖추어 시행하는 재개발사업을 “공공재개발사업”이라 한다.

4. “정비기반시설”이란 도로ㆍ상하수도ㆍ구거(溝渠: 도랑)ㆍ공원ㆍ공용주차장ㆍ공동구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 공동구를 말한다. 이하 같다), 그 밖에 주민의 생활에 필요한 열ㆍ가스 등의 공급시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ① 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 정비사업의 시행으로 새로 정비기반시설을 설치하거나 기존의 정비기반시설을 대체하는 정비기반시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 종래의 정비기반시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다.

② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.

③ 제1항 및 제2항의 정비기반시설에 해당하는 도로는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 도로를 말한다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따라 도시·군관리계획으로 결정되어 설치된 도로

2. 「도로법」 제23조에 따라 도로관리청이 관리하는 도로

3. 「도시개발법」 등 다른 법률에 따라 설치된 국가 또는 지방자치단체 소유의 도로

4. 그 밖에 「공유재산 및 물품 관리법」에 따른 공유재산 중 일반인의 교통을 위하여 제공되고 있는 부지. 이 경우 부지의 사용 형태, 규모, 기능 등 구체적인 기준은 시·도조례로 정할 수 있다.

⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

(5) 농어촌특별세법(2023.12.31., 법률 제19929호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

9. 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면

11. 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세

(6) 농어촌특별세법 시행령(2024.2.29., 대통령령 제34275호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세) ⑤ 법 제4조 제9호 및 제11호에서 "대통령령으로 정하는 서민주택"이란 「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.