이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.11.5. 설립된 농업회사법인으로 2021.12.31. 충청남도 천안시 OOO 외 10필지 농지 4,899㎡ 및 같은 리 OOO 외 4필지 농지 1,605㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은 2022.1.19. 국립농산물품질관리원에 농업경영정보 등록 신청을 하고 2022.2.10. 농업경영정보를 등록한 후, 설립등기일로부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록한 농업법인에 해당하므로 쟁점토지의 취득세를 감면해달라는 취지로 2024.12.4. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.12.30. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.7. 이의신청을 거쳐 2025.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 「지방세특례제한법 시행령」 제5조의2에서 규정하고 있는 ‘설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인’이란 90일 이내에 농업경영정보 등록 신청을 한 법인으로 보아야 한다.

(가) 「지방세특례제한법」 제11조 및 같은 법 시행령 제5조의2에 따르면 설립등기일부터 90일 이내에 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 농업경영정보를 등록한 법인을 감면요건으로 규정하고 있다.

여기서 ‘등록’이란 일정한 사실 또는 법률관계를 행정기관 등에 비치되어 있는 공부에 기재하는 것으로써 그와 비교대상이 되는 ‘면허ㆍ허가’와는 다르게 등록요건을 규정함에 있어 구체적이고 일의적인 개념을 사용하여 행정기관의 재량을 최소화 하는 뜻이 담겨 있다.

‘등록’과 관련하여 대법원은 「부가가치세법」에서 사업자등록에 있어 사업자가 「부가가치세법」상 규정한 요건이 구비된 적법한 등록신청이 있는 경우 소관세무서장은 이를 수리할 뿐 재량에 의하여 등록의 허부를 결정할 권한이 없는 점을 들어 ‘등록이라 함은 적법한 등록신청의 수리를 의미한다고 판단(대법원 1983.7.26. 선고 83누228 판결)하였다.

또한, 대법원은 「부가가치세법」 제5조 제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다는 규정과 「부가가치세법」 제17조 제2항 제5호의 (사업자)등록 전 매입세액을 불공제하는 규정과 관련하여, 등록을 하기 전의 매입세액이란 사업자가 사업자등록신청을 하기전 즉, 등록일 이전의 매입세액을 뜻하는 것이라 하겠으므로 사업자등록신청 후 그 사업자등록증 교부전의 거래에 대하여 매입세액공제를 인정하지 않는 부과처분은 위법하다고 판단(대법원 1983.6.14. 선고 81누416 판결)한바 있다.

(나) 청구법인은 설립등기일부터 90일 이내인 75일이 경과한 2022.1.19. 국립농산물품질관리원에 농업경영체 등록을 신청하였음에도 국립농산물품질관리원의 신속하지 않은 업무처리로 인하여 90일을 경과하여 농업경영정보 등록증을 발급받게 되었다.

사업자등록과 관련된 대법원 판결에 비추어 볼 때, 「지방세특례제한법」 제11조 및 같은 법 시행령 제5조의2에서의 ‘등록’이란 적법한 등록신청의 수리를 의미하는 것으로 보아야하며, 90일 이내에 농업경영정보를 등록한 법인이란 즉 90일 이내에 등록을 신청한 법인으로 보는 것이 타당하다.

(2) 등록신청일이 아닌 등록증 발급일을 기준으로 「지방세특례제한법」을 적용하는 경우 주무관청(국립농산물품질관리원)의 업무처리 기간에 따라 조세감면 여부가 결정되게 되어 예측가능성과 법적안정성을 저해하게 된다.

국립농산물품질관리원의 농업경영체 등록신청서를 보면 농업경영체등록 신청서 처리기간이 직불금 신청을 수반하는 경우 90일, 직불금 신청을 수반하지 않는 경우 30일 이내에 처리하도록 되어있는바, 직불금 신청을 수반하는 농업경영체 등록의 경우 아무리 빨리 농업경영체 등록을 신청하더라도 국립농산물품질관리원이 90일의 처리기간에 맞춰 농업경영체등록증을 발급하는 경우 해당 법인은 「지방세특례제한법」상 감면을 받지 못하게 된다는 결론에 이르게 된다.

나.처분청 의견

「지방세특례제한법」 제11조 제1항에서 대통령령으로 정하는 법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립 등기일부터 2년 이내 취득하는 농지 및 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 시설에 대하여 취득세의 100분의 75를 경감하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다고 규정하고 있다.

청구법인은 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 신청(75일째 되는 날)하였으나, 국립농산물품질관리원의 업무처리로 인하여 90일을 경과(97일째 되는 날)하여 농업경영정보 등록증을 발급받게 되었으며, 등록증발급일 기준으로 농업법인에 대한 감면을 적용하는 경우 주무관청의 업무처리에 따라 조세감면의 여부가 달라지게 되므로 등록 신청일을 기준으로 농업경영체 등록 여부를 판단해야 한다고 주장하나,

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것으로, 농업법인이 영농목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 그 설립일부터 90일까지 “농업경영정보” 등록을 이미 마친 농업법인에 한하여 「지방세특례제한법」 제11조 제1항의 경감규정을 적용하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

설립등기일로부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 신청하였으나 90일 이후 등록된 경우 농업법인에 대한 감면대상인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 법인등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 2021.11.5. 설립등기된 것으로 확인된다.

＜청구법인 등기사항전부증명서 발췌＞

○○○

(나) 농산물품질관리원은 청구법인이 2022.1.19. 농업경영정보 신규등록을 신청하였다고 답변하였다.

＜농산물품질관리원의 정보공개 요청 답변 내역＞

○○○

(다) 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙」 별지 제2호 서식에 따르면 농업경영체등록 신청 처리기한은 직불금 신청을 수반하지 않는 경우는 30일로, 직불금 신청을 수반하는 경우는 90일로 되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 처분청은 농업법인에 대한 취득세 감면을 적용받기 위해서는 설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보를 등록하여야 하고, 농업경영정보 등록 여부는 등록이 완료되었는지를 기준으로 판단해야 한다는 의견이나,

청구법인은 법인설립등기일부터 75일이 되는 날 농업경영정보 등록을 신청하였고 농산물품질관리원의 업무절차로 인해 97일이 되는 날 농업경영정보 등록이 된 것을 고려할 때, 청구법인은 감면요건 충족을 위하여 등록에 필요한 서류를 정상적으로 갖추어 신청한 것으로 보이는 점, 행정관청의 업무처리 소요기간에 따라 감면여부가 결정되는 것은 납세자의 예측가능성과 조세법률관계의 안정성을 침해할 수 있고, 업무처리 절차에 따라 등록이 지연되었다고 하여 감면을 배제하는 것은 불합리하다고 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 설립등기일부터 90일이 지나 농업경영정보를 등록한 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2022.1.1. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제11조 (농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다.

1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인

(2) 지방세특례제한법 시행령(2024.1.1. 대통령령 제34079호로 개정되기 전의 것)

제5조의2 (농업법인의 기준 등) ① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록(이하 이 조에서 “농업경영정보 등록”이라 한다)한 농업법인(설립등기일부터 90일 이내에 농업경영정보 등록을 한 농업법인을 포함한다)을 말한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2021.8.17. 법률 제18400호로 개정된 것)

제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체: 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다)

2. 어업경영체: 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제27조에 따른 어선ㆍ양식시설 등 생산수단, 생산수산물, 생산방법 및 어업생산규모 등 어업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙

제3조(농업경영정보의 등록) ① 농업경영체는 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제4조제1항 각 호 외의 부분 전단에 따라 농업경영 관련 정보(이하 “농업경영정보”라 한다)를 등록하려면 별지 제1호서식 또는 별지 제2호서식의 등록신청서를 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 제출하여야 한다. 다만, 농업경영정보 중 임야와 관련된 정보를 등록하려면 별지 제1호의2서식 또는 별지 제2호의2서식의 등록신청서를 산림청장에게 제출하여야 한다.