이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 부산광역시 기장군 OOO 일대 3,662,486.4㎡에 테마파크, 운동ㆍ오락시설 등을 조성하기 위한 AAA 조성사업(이하 “이 건 조성사업”이라 한다)의 사업시행자로서 2006.3.23. 부산광역시와 이 건 조성사업의 사업협약(이하 “기존협약”이라 한다)을 체결하였다.

나. 이후, 청구법인은 2009.12.24. 부산광역시와 이 건 조성사업의 변경협약(이하 “변경협약”이라 한다)을 체결하고, 변경협약에 따라 이 건 조성사업 중 진입도로, 상수도, 하수도, 쓰레기장 및 교통인프라개선(이하 “쟁점시설”이라 한다) 공사를 대행하는 한편, 2020.2.18.부터 2023.6.14.까지 이 건 조성사업의 공사가 완료되어 임시사용승낙을 받은 토지 557,333.6㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 그 사용승낙일을 지목변경 취득일로 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부 하였다.

다. 처분청은 부산광역시로부터 청구법인이 쟁점시설 공사비용을 이 건 토지 지목변경 취득세 과세표준에 포함하지 아니하였다는 세무조사결과를 통지받고, 2025.2.6. 청구법인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적) 쟁점시설은 이 건 조성사업의 범위에 포함되지 않을뿐더러, 부산광역시 소유의 시설이므로 이 건 토지의 지목변경 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.

(가) 변경협약서 제2조(사업개요)에서 이 건 조성사업의 범위를 규정하면서, 제3항(도입시설)에서 이 건 조성사업의 도입시설을 “테마파크, 운동·오락시설, 휴양·문화시설, 숙박시설, 상가시설 등”으로 한정하고 있는바, 쟁점시설(진입도로, 상수도, 하수도, 쓰레기장 및 교통인프라개선사업)은 이 건 조성사업 범위에 포함되어 있지 않다.

(나) 변경협약서 제3조(업무분담)에는 부산광역시와 청구법인이 담당해야할 업무 분담을 정하고 있는데, 부산광역시는 이 건 조성사업의 전반적 계획수립, 마케팅 및 행정적 지원과 진입도로, 상수도, 쓰레기처리장 등 공공기반시설의 사업시행 또는 비용부담 그리고 교통인프라 개선을 담당하고, 청구법인은 이 건 조성사업의 사업시행 및 부산광역시가 추진하는 쟁점시설의 사업대행을 담당하도록 규정하고 있다. 즉, 쟁점시설은 부산광역시 소유의 시설이고, 청구법인은 단지 쟁점시설 공사만 하는 것으로 규정되어 있으므로 쟁점시설 공사비를 이 건 조성사업 과세표준에 포함할 수 없다.

(다) 변경협약서 제4조(사업비 부담)에서는 부산광역시가 부담할 사업비에 대해 규정하고 있는데, 쟁점시설 공사비는 부산광역시가 부담한다고 명시되어 있고, 변경협약서 제3조 제1항 제3호 및 제4호에 따라 쟁점시설은 준공 후 부산광역시로 소유권이 이전된다.

(라) 위와 같은 내용들을 종합해보면, 쟁점시설의 업무와 사업비 부담의 주체는 부산광역시이고, 청구법인은 단지 쟁점시설 공사를 대행하고 있으므로, 이 건 조성사업과 구분된 별개의 사업인 쟁점시설 공사비는 이 건 조성사업의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.

(2) (예비적) 이 건 토지의 ㎡당 단가를 산정(총사업비/전체면적)할 때에는 분모의 면적에 무상공급면적도 포함되어야 한다.

이 건 정비사업의 총공급면적은 유상공급면적 2,836,520.7㎡와 무상공급 면적 825,965.3㎡를 합한 총 3,662,486㎡이고, 총사업비에는 유상공급면적에 대한 사업비와 무상공급면적에 대한 사업비가 모두 포함되어 있으므로, ㎡당 단가 산정시 분모 또한 유상공급면적과 쟁점시설 면적을 포함한 전체면적을 적용해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적) 대규모 택지개발사업의 경우 형질변경 공사 등으로 사업부지 자체의 현황이 물리적으로 변경되었다고 하더라도 기반시설이 설치되지 않은 상태에서는 해당 부지가 건축물 대지로서의 효용을 갖추었다거나 그 주된 용도가 사실상 변경되었다고 볼 수 없고 택지개발사업은 승인받은 실시계획대로 완료되었다고 인정될 때에만 준공검사를 받을 수 있으며 택지조성원가는 용지비, 조성비, 직접인건비, 기반시설 공사비 등으로 구성되는데 택지조성원가를 기초로 하여 이 건 토지의 공급가격을 결정한 것으로 보이므로 기반시설 공사비 등은 이 건 토지의 지목변경 또는 그로 인한 이 건 토지자체의 가치 증가와 관련된 비용으로서 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 과세표준이 되는 “지목변경에 든 비용”에 해당한다고 봄이 상당하다 할 것으로 판단하고 있으므로 기반시설 설치에 든 비용 또한 토지의 지목변경 취득세 과세표준에 포함되어야 한다(대법원 2022.10.27. 선고 2019두56654 판결).

청구법인은 변경협약서에 따라 부산광역시가 쟁점시설 공사비를 부담하였고, 청구법인은 단순히 쟁점시설 공사를 대행하였을 뿐이므로 쟁점시설 공사비는 이 건 토지 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나,

「지방세법」 제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하고 있고 토지의 지목변경 취득세는 토지의 형질변경을 통해 가액이 증가한 경우에 납세의무가 성립하는바,

「지방세법」에서 취득세의 과세표준으로 규정한 취득 당시의 가액에는 원칙적으로 부동산 등 과세대상 물건을 취득하기 위하여 발생한 비용 전체가 포함되어야 하고, 어떠한 비용이 과세표준이 되는 취득가액에 포함되는지 여부는 비용의 부담주체 또는 해당 비용을 납부한 당사자가 누구인지에 따라 가릴 것이 아니라, 그 비용이 물건취득을 위하여 지급되었거나 물건을 취득하는 과정에서 필수적으로 지출되는 직·간접적 비용에 해당하는지 여부에 따라 가려야 할 것이므로,

이 건 조성사업에서 이 건 토지의 지목변경으로 인한 취득세 과세표준은 지목변경 또는 그로 인한 토지 자체의 가치 증가에 해당하는 사실상 취득가격을 말하는 것이고, 취득에 소요되는 비용을 제3자인 부산광역시가 보조금 등의 형식으로 부담한 경우에도 그 이익은 소유자인 청구법인이 향유하므로 쟁점시설 공사비를 이 건 토지의 지목변경 과세표준에 포함하여야 한다.

(2) (예비적) 「지방세법」 제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하고 있고 같은 법 제10조의6 제1항 제1호에서 토지의 지목을 사실상 변경한 경우 취득 당시가액은 그 변경으로 증가한 가액에 해당하는 사실상 취득가격으로 한다고 규정하고 있는데, 토지의 지목변경으로 인한 취득세의 과세표준이 되는 “지목변경에 든 비용”은 지목변경 또는 그로 인한 토지 자체의 가치 증가와 관련된 비용을 의미한다 할 것이므로,

유상공급 토지 지목변경의 사실상 취득가액을 산정함에 있어 토지의 형질변경을 위한 직접적인 공사비용은 물론이고 토지 자체의 가치 증가와 관련된 간접비용인 무상공급토지공사비는 유상공급 토지가 대지로서의 가치와 효용을 갖추는 데 필수적으로 소요된 비용으로 유상공급 토지의 가치증가에의 기여도 포함된다 할 것이어서 이 건 조성사업에서 유상공급토지 지목변경에 투입된 취득가액은 유상 및 무상공급토지 공사비가 모두 포함된다 할 것이므로 ㎡당 공사비 단가를 계산할 때에는 과세대상사업비에 유상공급토지 면적을 나누어 산출하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적) 부산광역시가 부담한 기반시설 공사비를 청구법인의 지목변경 취득세 과세표준에 포함한 처분의 당부

② (예비적) 지목변경 취득세 과세표준의 산정방식이 잘못되었다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 부산광역시가 100% 출자한 지방공사로 2006.3.23. 부산광역시와 함께 부산광역시 기장군 OOO 일대 3,662,486.4㎡에 테마파크, 운동·오락시설, 휴양·문화시설, 숙박시설, 상가시설 등을 조성하기 위한 “AAA 조성사업 협약”(기존협약)을 체결하였다.

＜기존협약서 주요 내용 발췌＞

○○○

(나) 이후 청구법인은 2009.12.24. 부산광역시와 이 건 조성사업 변경협약을 체결하였는데, 변경협약 제4조에 의하면 부산광역시는 쟁점시설 사업비를 부담하는 것으로 약정되어 있고, 제7조 제4항에서 청구법인이 쟁점시설사업비를 선 집행하고 추후 정산할 수 있도록 약정되어 있다.

＜변경협약서 주요 내용 발췌＞

○○○

* AAA 조성사업 변경협약서 ＜별첨1＞

○○○

(다) 청구법인은 변경협약서 제2조 제3항에 따라 이 건 조성사업을 수행하면서 단계별 부분준공 또는 분양계약자의 선사용요청이 있는 경우 사용승낙일을 지목변경 취득일로 하여 지목변경으로 인한 취득세를 신고·납부하였다.

(라) 청구법인의 지목변경 취득세 신고내역과 처분청의 과세내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 청구법인 신고내역 및 처분청 과세내역

(단위 : 원, ㎡)

○○○

(마) 청구법인은 쟁점시설은 이 건 조성사업 부지에 포함되어 있지 않다고 주장하며 ‘쟁점시설 위치’ 지도를 제출(＜별지2＞ 참조)하였고, 쟁점시설은 부산광역시 소유인 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「지방세법」 제10조 제3항에 따르면 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제17조 단서에 의하면 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우 그 비용을 지목변경에 대한 과세표준으로 하도록 되어 있다. 그리고 같은 법 시행령 제18조 제1항은 취득가격의 범위 등을 규정하면서 취득가격은 취득시기를 기준으로 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있다.

처분청은 쟁점시설 공사로 인하여 이 건 토지의 가액이 증가하였으므로 쟁점시설 공사비를 이 건 토지의 지목변경 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 의견이나,

쟁점시설은 부산광역시 소유의 토지 위에 부산광역시의 비용으로 설치되는 것으로서 쟁점시설의 취득세 납부의무자는 부산광역시인 점, 청구법인과 부산광역시가 작성한 변경협약서에 의하면 쟁점시설 공사비용은 모두 부산광역시가 부담하는 것으로 되어 있고 청구법인은 단지 쟁점시설 공사만 대행하는 것으로 약정되어 있으므로 쟁점시설과 관련하여 청구법인이 지급하였거나 지급한 비용은 없고, 따라서 쟁점시설 공사비를 이 건 토지의 지목변경에 든 비용에 포함할 수 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점시설 공사비용을 이 건 토지 지목변경 취득세 과세표준에 포함하여 청구법인에게 쟁점토지에 대한 취득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2019.12.31. 법률 16855호로 개정된 것)

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 이 경우 「도시개발법」에 따른 도시개발사업(환지방식만 해당한다)의 시행으로 토지의 지목이 사실상 변경된 때에는 그 환지계획에 따라 공급되는 환지는 조합원이, 체비지 또는 보류지는 사업시행자가 각각 취득한 것으로 본다.

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제30318호로 개정된 것)

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사 등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사 등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다

8. 붙박이 가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용

9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용

10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용

제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 따른 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업만 해당한다)으로 건축한 주택을 「도시개발법」 제40조에 따른 환지처분 또는 「도시 및 주거환경정비법」 제54조에 따른 소유권 이전으로 취득하는 경우에는 환지처분 공고일의 다음 날 또는 소유권 이전 고시일의 다음 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “기반시설”이란 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

가. 도로ㆍ철도ㆍ항만ㆍ공항ㆍ주차장 등 교통시설

나. 광장ㆍ공원ㆍ녹지 등 공간시설

다. 유통업무설비, 수도ㆍ전기ㆍ가스공급설비, 방송ㆍ통신시설, 공동구 등 유통ㆍ공급시설

라. 학교ㆍ공공청사ㆍ문화시설 및 공공필요성이 인정되는 체육시설 등 공공ㆍ문화체육시설

제65조(개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속) ② 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 개발행위로 용도가 폐지되는 공공시설은 「국유재산법」과 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 양도할 수 있다.

⑥ 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자는 제2항에 따라 관리청에 귀속되거나 그에게 양도될 공공시설에 관하여 개발행위가 끝나기 전에 그 시설의 관리청에 그 종류와 토지의 세목을 통지하여야 하고, 준공검사를 한 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 그 내용을 해당 시설의 관리청에 통보하여야 한다. 이 경우 공공시설은 준공검사를 받음으로써 그 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속되거나 양도된 것으로 본다.

＜별지2＞ 청구법인이 제출한 쟁점시설 위치

○○○