이유
1. 처분개요
가. 청구인은 경상남도 OOO에 목욕탕 및 여관건물(이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축하기 위하여 2019.8.21. A 주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 OOO원(공급대가, 공급가액 OOO원)의 신축공사계약(이하 “당초계약”이라 한다)을 체결하였으나, 2020.12.17. 쟁점거래처와 공사금액을 OOO원(공급대가, 공급가액 OOO원)으로 증액하는 변경계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였으며, 2020.12.22. 경상남도 김해시장으로부터 쟁점건축물에 대하여 사용승인을 받았고, 2020.12.24. 청구인 명의로 쟁점건축물의 소유권보존등기를 마쳤다.
나. 청구인은 쟁점거래처로부터 2020년 제1기에 OOO원(7매, 공급가액 OOO원), 2020년 제2기에 OOO원(8매, 공급가액 OOO원) 총 OOO원의 매입세금계산서를 수취한 후, 해당 과세기간 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 공제하였다.
다. 한편, 쟁점거래처는 2021.12.6. 청구인으로부터 “쟁점계약” 공사비 중 OOO원을 변제받았으나, 부가가치세 상당액인 OOO원을 변제받지 못했다고 부가가치세 청구의 소송을 제기하였고, 그 결과, 1심 법원은 청구인이 쟁점거래처에게 부가가치세 OOO원을 지급하라는 판결(부산지방법원 동부지원 2023.5.10. 선고 OOO 판결)을 했으며, 청구인은 동 결정에 불복하여 항소를 하면서, 공사금액을 증액하는 쟁점계약을 실제 체결한 사실이 없고, 쟁점계약은 청구인이 공사대금 지급에 필요한 자금을 대출받기 위해 쟁점거래처의 실사주 B과 통정하여 작성되었다고 주장하였는바, 2심 법원은 이를 인정하여 쟁점계약의 부가가치세 OOO원을 청구인이 지급할 이유가 없다고 1심 판결을 취소하였고(부산고등법원 2023.12.14. 선고 OOO 판결), 쟁점거래처는 2024.1.2. 대법원에 상고하였으나, 대법원은 이를 심리불속행으로 기각하였다(대법원 2024.3.28.자 OOO 판결, 이하 관련 판결을 “쟁점판결”이라 한다).
라. 이에 처분청은 청구인이 쟁점거래처로부터 수취한 ‘총 공사대금 중 증액된 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)’를 공급가액이 사실과 다른 세금계산서로 보아 2025.8.7. 관련 매입세액을 불공제하여 2020년 제2기 부가가치세 OOO원(이하 “이 건 처분”이라 한다)을 경정·고지하였다.
마. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
당초 계약금액보다 증액되어 변경된 공사금액은 주식회사 C이 감정한 사실조회 회보서상의 감정가액과 같이 실제 변경된 금액으로 공사가 이루어졌음이 확인되고, 증액된 공사금액을 기준으로 대출받은 금액 OOO원의 집행내역도 공사 후 하도급업체 공사대금 미지급금으로 사용되었음이 확인되므로 이와 관련된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고, 실제 발행된 세금계산서로서 관련 매입세액 공제는 정당하다.
(1) 당초 공사도급계약서 상 공사금액이 2020.6.4. OOO원(공급대가)에서 증액되어 OOO원(공급대가)으로 변경되었고, 주식회사 C이 감정한 사실조회 회보서와 같이 쟁점건축물을 OOO원(공급가액)으로 평가하고 있어 쟁점거래처가 변경된 공사계약서 금액대로 공사를 하였음이 인정되므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.
(2) 쟁점거래처는 2021.1.28. D은행에서 대출받은 OOO원 중 OOO원을 2021.2.1.부터 2021.2.7.까지 청구인에게 계좌 및 현금으로 지급한 사실이 있는바(부산고등법원 2023.12.14. 선고 OOO 판결상 인정사실), 이는 쟁점거래처가 지급하지 못한 하도급업체의 전기공사 외 공사 미지급금을 청구인이 직접 지급한 것으로 이는 공사대금의 지급으로 보아야 하므로 쟁점세금계산서의 매입세액 공제는 정당하다.
나. 처분청 의견
처분청이 쟁점세금계산서를 청구인과 쟁점거래처가 통정하여 공급가액이 실제보다 과다하게 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보아 과다금액 상당의 매입세액을 불공제하여 2020년 제2기 부가가치세(가산세 포함)를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
(1) 청구인은 주식회사 C이 감정한 사실조회 회보서에 의한 공사금액이 OOO원 정도로 평가되므로 쟁점거래처가 증액변경된 공사금액에 따라 공사를 하였으므로 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장하고 있으나, 쟁점거래처와 청구인이 다투었던 부가가치세 청구의 소에서 청구인은 일관되게 공사대금은 OOO원(공급대가)이며, “쟁점계약”의 계약서는 통정에 의해서 작성한 계약서임을 주장하였을 뿐만 아니라 법원도 이를 인정하여 동일한 판결을 하였으므로 청구주장은 이유없다.
(2) 청구인은 증액된 공사금액 OOO원(공급대가) 중 쟁점거래처에 OOO원만 지급하였고, 이 중 2021.2.1.부터 2021.2.7.까지 OOO원을 돌려받아 쟁점거래처가 하도급업체에 지급하지 못한 미지급금을 청구인을 통해 지급하였다고 주장하였으나, 2심 법원(부산고등법원 2023.12.14. 선고 OOO 판결)은 위 돌려받은 OOO원을 허위로 지급한 공사대금의 반환으로 판단하였다.
(3) 또한 쟁점건축물 신축공사가 완료되었다면 당초계약과 쟁점계약의 차액인 공사대금 OOO원(공급대가)에 대한 부가가치세 OOO원을 ‘청구인이 쟁점거래처를 대신하여 지급해야 함을 청구인도 인정하고 있다’고 판결한 것을 보아도 “쟁점계약”이 통정에 의한 계약이라는 사실을 뒷받침하고 있다.
(4) 따라서 청구인은 쟁점거래처와 “쟁점계약”으로 증액된 공사대금을 지불한 적이 없을 뿐만 아니라, 설령 청구인의 주장대로 하도급업체에 직접 지급하는 형태로 사용되었더라도, 청구인은 쟁점거래처가 아닌 하도급업체에게 직접 세금계산서를 수취해야 하므로 청구주장은 이유없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
나. 관련 법률
(1) 부가가치세법
제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
제12조(용역 공급의 특례) ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.
(2) 민법
제108조(통정한 허위의 의사표시) ① 상대방과 통정한 허위의 의사표시는 무효로 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구인은 경상남도 OOO에 쟁점건축물을 신축하기 위해 2019.8.21. 쟁점거래처와 공사금액 OOO원(공급대가)의 공사 계약을 체결하였고, 2020.6.4. 공사기간을 당초의 2020.6.8.에서 2021.1.31.까지 연장하는 ‘1차 변경계약’을 하였으며, 2020.12.17. 청구인과 쟁점거래처는 다시 공사금액을 OOO원(공급대가)으로 변경하는 “쟁점계약”을 체결한 후, 청구인은 쟁점거래처로부터 OOO원(공급대가)의 세금계산서를 수취한 후 고정자산 매입에 따른 매입세액의 공제를 받았다.
(나) 쟁점거래처는 2020.12.22. 쟁점건축물 신축공사를 완료하였지만, 청구인이 공사금액 OOO원(공급대가)에 대한 부가가치세 OOO원을 지급하지 않는다고 “쟁점계약”의 계약서를 토대로 청구인을 상대로 부가가치세 청구의 소(부산지방법원 동부지원 2023.5.10. 선고 OOO 판결)를 제기하여 승소하였다.
(다) 청구인은 이에 대하여 항소하면서 쟁점계약서는 청구인이 잔존 공사 대금 지급에 필요한 자금을 대출받기 위해 쟁점거래처의 실사주 B과 통정하여 작성한 것이라고 주장하여 2심에서는 쟁점거래처에 부가가치세 OOO원을 지급할 이유가 없다고 청구인이 승소(부산고등법원 2023.12.14. 선고 OOO 판결)하였으며, 이후 쟁점거래처는 대법원에 상고하였으나 심리불속행으로 기각(대법원 2024.3.28.자 OOO 판결)되었다.
(라) 처분청은 2025.8.11. 쟁점판결에 따라 청구인이 “쟁점계약”으로 증액된 OOO원(공급대가)의 세금계산서가 청구인과 쟁점거래처 간의 통정에 따라 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보고 당초계약과 “쟁점계약”의 차액인 OOO원(공급대가)에 대한 부가가치세를 매입세액 불공제하는 이 건 처분을 하였다.
(마) 청구인은 쟁점거래처에게 공사비 지급내역 및 하도급업체 대신 지급한 내역, 당초계약서, 변경계약서, 쟁점계약서, 주식회사 C이 감정한 사실조회 회보서 및 쟁점거래처가 청구인에게 지급한 OOO원의 내역 등을 증빙으로 제출하였는다.
＜표＞ 쟁점거래처가 청구인에게 지급한 OOO원의 내역
○○○
(바) 처분청이 제출한 쟁점판결에 대한 판결문의 주요 내용은 다음과 같다.
＜그림＞ 부산고등법원 2023.12.14. 선고 OOO 판결의 주요 내용
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 위법·부당하다고 주장하나,
법원의 판결문 및 처분청의 조사보고서 등에 따르면 청구인과 쟁점거래처 간 쟁점건축물의 건축을 위하여 당초계약을 체결하였으나, 공사기간 연장에 따른 제1차 변경계약을 체결한 후, 다시 공사대금을 증액하는 내용의 쟁점계약을 체결하였는바, 법원은 쟁점계약에 있어 공사대금 증액에 대한 양측간의 합의가 있었다고 보기 어렵고, 청구인이 잔존 공사 대금 지급에 필요한 자금을 대출받기 위하여 양 당사자 간 통정하여 쟁점계약서를 작성한 것으로 판단한 점, 또한 법원은 청구인이 쟁점거래처에 OOO원을 지급한 후 쟁점거래처가 청구인에게 지급한 OOO원을 공사대금의 반환금으로 판단한 점, 청구인은 쟁점계약에 따라 쟁점건축물의 실제 공사가 이루어졌고, 관련 대금의 지급도 OOO원은 통장을 통해 송금하였으며, 나머지는 하도급업체에 미지급된 공사대금을 직접 지급하는 방식으로 결재되었다고 주장하는 반면, 동 청구주장은 법원의 판결내용과도 상반되어 그대로 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구인에게 2020년 제2기 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.