이유
가.청구인은 2016.9.27. 서울특별시 서초구 OOO에서 ‘A’이라는 상호로 국내산 생화(화훼) 도·소매업을 영위하는 부가가치세 면세사업장(이하 “쟁점면세사업장”이라 한다)을 영위하면서, 아래 <표1> 기재와 같이 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구인의 배우자인 B이 “고은플라워”라는 상호로 수입산 생화 도매업 등을 영위하는 부가가치세 과세사업장(이하 “배우자과세사업장”이라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원 상당의 수입산 생화를 공급받고(이하 “쟁점거래”, 해당 수입산 생화를 “쟁점재화”라 한다) 이에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”, 관련한 부가가치세를 “쟁점매입세액”이라 한다)를 발급받았고 매출처에 부가가치세 면세로 공급하면서 계산서를 발급하였다.
<표1> 쟁점거래 내역
○○○
나.구리세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.29.∼2024.10.18. 기간 중 청구인에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점면세사업장에서 부가가치세 과세대상인 쟁점거래를 하였음에도 관련한 부가가치세 신고를 무신고한 것으로 보아 처분청에게 2024.9.27. 부가가치세 과·면세사업자의 등록을 의뢰하고 2024.11.26. 관련한 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2024.9.27. 청구인에 대한 부가가치세 과·면세사업자 등록(이하 “쟁점과·면세사업자”, 그 사업장을 “쟁점과·면세사업장”이라 한다)을 하고 2025.1.6. 아래 <표2> 기재와 같이 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래에 관한 공급가액 합계 OOO원 및 부가가치세 OOO원을 각각 매출과세표준 및 매출세액으로 하여 청구인에게 <별지1> 기재와 같이 같은 기간의 부가가치세 합계 OOO원(세금계산서미발급가산세 및 무신고가산세 각 OOO원 등 가산세 합계 OOO원 포함)을 각각 결정·고지하였다.
<표2> 쟁점거래에 관한 부가가치세 매출 과세표준 및 매출세액 내역
○○○
다.청구인은 이에 불복하여 2025.3.4. 이의신청을 거쳐 2025.8.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 사실상 하나의 공동사업으로 보아 쟁점매입세액을 쟁점과·면세사업자의 매출세액에서 공제하는 등 이 건 과세처분의 매출세액과 세액을 경정하여야 한다.
(가) 아래와 같은 법리 및 사실관계 등에 감안하면 쟁점거래에 관련하여 2개의 사업자등록이 되어 있으나 사실상 1개의 공동사업을 하고 있으므로 그 실질에 따라 「부가가치세법」을 적용하여 쟁점매입세액을 쟁점과·면세사업자의 매출세액에서 공제하여야 한다.
1) ①부부간에는 공동사업을 하면서 공동사업의 약정을 할 것을 기대하기 어려우므로 부부간 공동사업의 실질이 인정되는 경우 해당 약정이 없더라도 공동사업으로 인정될 수 있고 특별한 사정이 없는 한 각 50%씩 기여한 것으로 볼 수 있으며(조심 2017전3462, 2017.12.29., 같은 뜻임), ②면세사업장인 본사와 과세사업장인 지점의 사업이 실질적으로 연계되어 있는 경우 본사를 과·면세 겸영사업장으로 보아 본·지점 간의 귀속이 불분명한 매입세액의 안분 공제가 가능하다 할 것이다(국세청 부가 46015-534, 1996.3.20., 같은 뜻임).
③한편 이러한 법리에도 불구하고 별도로 사업자등록한 사업장을 구분해야 한다 하더라도, 「부가가치세법」 제37조에 따른 전단계세액공제의 취지에 따르면 과세대상 재화에 대한 매입세액을 사업자 간의 거래과정에서 공제함이 타당하다 할 것이다. 또한 ④과세사업자가 자신의 공급 용역의 성격을 면세사업으로 오인하여 면세사업자로 사업자등록정정신고를 하고 과세관청이 그 수리를 거부하지 않아서 면세사업자의 사업자등록증을 발급받은 경우 해당 사안이 사업자등록정정신고 및 사업자등록 말소의 각 사유에 해당되지 않을 뿐만 아니라 해당 사업자가 계속하여 과세사업을 영위하고 있다면 특별한 사정이 없는 한 이로 인하여 과세사업자로 적법하게 등록된 지위가 박탈된다거나 위 사업자등록정정 신고 이후에 발생한 매입세액이 사업자등록 전의 매입세액에 해당한다고 볼 수 없다(사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 그 신청서의 제출로 성립하고, 과세관청의 사업자등록증 교부 또는 사업자등록 말소는 등록사실의 증명 또는 폐업사실의 기재에 불과할 뿐 그 자체로 인해 사업자로서의 지위 변동이 생기지 않는다) 할 것이다(대법원 2025.7.3. 선고 2022두33637 판결, 같은 뜻임). ⑤나아가 사업자 개인이 대표이사로 재직 중인 법인이 타인의 명의로 사업자등록을 한 경우로서 그 실질사업자 명의로 부가가치세를 경정할 때 그 명의자가 발급받은 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않는 것은 매입세액의 공제 여부가 개인사업자인지 아니면 법인사업자인지 여부에 따라 달라지는 것이어서 부가가치세의 전제가 되는 사업별 과세원칙과 대물세 성격인 부가가치세제의 근간이 훼손되는 점, 관련한 거래가 실제로 있고 이에 대한 부가가치세의 신고·납부가 정상적이라면 위 세금계산서상 ‘공급받는 자의 상호와 성명’은 임의적 기재사항인 점 등을 감안하면 명의위장사업자에 대한 부가가치세의 경정시 관련한 세금계산서 상의 매입세액을 공제하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2016전1026 합동회의, 2016.9.30., 같은 뜻임).
2) 청구인은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장이라는 2개의 사업자등록을 하여 쟁점거래에 대하여 각각 부가가치세 등 제세신고를 하였으나, 배우자 B과 더불어 국내산·수입산 생화를 공동으로 매입·판매하였으므로 쟁점거래를 독립적인 사업장 간의 거래로 볼 수 없다.
①㉠청구인은 2016.9.27. 쟁점면세사업장을 개업하여 국내산 생화(부가가치세 면세 대상)를 판매하던 중, 청구인의 배우자 B이 지인의 소개로 콜롬비아산 생화(부가가치세 과세대상)를 수입하게 되어 2018.12.28. 배우자과세사업장을 개업하게 되었는데, 쟁점면세사업장은 국내산 생화만을 당일 입고하여 판매할 수 있는 구조(면적이 좁고 보관시설과 상가벽이 없다)였던 반면에, 배우자과세사업장은 수입산 생화(쟁점재화)만을 입고하여 장기 보관할 수 있는 구조(냉장창고를 둘 만큼 충분한 면적이 있다)였다. ㉡국내산 생화는 매출처인 도매상으로부터 생산자(농민 또는 조합)로부터 공급받은 물량(쟁점면세사업장이 소재한 강남고속터미널 상가 내 유통되는 물량 포함)을 공급받아 당일 판매하는 등 쟁점면세사업장에서만 매입과 매출이 발생하는 반면에, 수입산 생화는 주문·통관·이송·보관 업무의 경우 배우자과세사업장에서 이루어지고 오직 판매만을 쟁점면세사업장에서 하였으나(국내산·수입산 생화 모두 예약을 받아 판매한다), 그 매입 및 매출은 청구인과 배우자가 공동으로 하였다. 이러한 사업장의 구조, 매입·매출의 과정 등을 감안할 때 배우자과세사업장은 쟁점면세사업장에 쟁점재화를 보관하는 창고에, 쟁점면세사업장은 국내산 생화와 더불어 배우자과세사업장에서 반출한 쟁점재화를 판매하는 판매장에 각각 해당하여 실질적으로 서로 연계되어 있고, 청구인과 배우자 B은 생계를 같이하는 부부로서 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장이라는 공동사업에서 쟁점재화 등의 판매과정을 분담(쟁점재화의 매입·보관은 주로 배우자가, 쟁점재화와 국내산 생화의 판매는 청구인과 배우자가 공동으로 수행한다)하는 공동사업자로 보아야 한다.
②청구인은 쟁점거래의 형식에 맞춰 쟁점거래의 대금(쟁점세금계산서의 공급대가)을 청구인 명의의 예금계좌에서 배우자 B 명의의 예금계좌로 이체하여 지급하였으나, 아래 <표3> 기재와 같이 그 이체금액이 쟁점거래의 대금과 서로 일치하지 않음을 감안하면 쟁점거래가 독립적인 경제주체 간의 거래가 아님이 뒷받침된다.
<표3>쟁점거래 대금과 청구인이 배우자 B에게 이체한 금액의 차이 내역
○○○
3) 쟁점재화는 전량 배우자과세사업장이 수입하여 쟁점면세사업장에게 매출(쟁점거래)한 것이나 배우자가 쟁점세금세산서상의 매출세액에 관한 부가가치세 신고시 세관장이 발급한 수입세금계산서로 매입세액을 공제받았는데, 청구인(쟁점면세사업장)은 쟁점재화를 면세로 매출하였으므로 쟁점매입세액을 공제받을 필요가 없었다. 그러나 아래 <표4> 기재와 같이 조사청의 세무조사로 쟁점재화가 부가가치세 과세대상이 되어 관련한 매출세액을 부가가치세 매출과세표준으로 하였음에도 쟁점매입세액을 공제하지 않았는바, 과세관청이 쟁점거래에 관련한 매출세액은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장에게 중복하여 과세하였음(동일한 쟁점재화 매출에 대한 중복 과세)에도 관련한 매입세액은 배우자과세사업장에서만 공제함으로써 쟁점면세사업장에 대한 쟁점매입세액의 불공제만큼 징벌적 과세처분이 되었다.
<표4> 이 건 과세처분 후 쟁점재화에 대한 부가가치세 과세 현황
○○○
4) 청구인은 2000.8.23. OOO 상가 내 다른 호실에서 국내산 생화의 공급에 관한 면세사업자 등록을 하였다가, 2016.3.4. 수입산 생화의 수요 증가에 착안하여 과·면세사업자의 등록을 하면서 위 면세사업자를 폐업하였는데, 2016.9.27. 수입상을 제외한 판매상의 사업자등록 관행(수입생화를 취급하면서도 면세사업자로 등록하였다)에 따라 과세관청에 다시 면세사업자로 전환하는 사업자등록정정 신고를 하여 수리되었음에도 계속하여 국내산 생화와 쟁점재화 등 수입산 생화를 판매하였는바, 설령 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장의 사업자등록 사실을 엄격하게 보아야 한다 하더라도, 「부가가치세법」 제37조에 따른 전단계세액공제 및 대법원 2025.7.3. 선고 2022두33637 판결의 각 취지를 감안하면 위 2016.9.27. 사업자등록정정 신고에 따른 면세사업자 전환(쟁점면세사업장 관련)에도 불구하고 청구인의 과·면세 겸업사업자의 지위가 변경된 것으로 보아 쟁점매입세액을 부인할 수는 없다 할 것이다.
5) 청구인이 쟁점거래와 관련하여 과세사업자로 사업자등록을 하였는지 여부보다는 쟁점거래를 실제로 하면서 쟁점세금계산서를 발급받았고 이에 관한 제세신고(공급대가에 관한 면세수입금액 신고)를 정상적으로 한 점을 감안하면 처분청이 쟁점거래를 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 과세처분을 할 때 쟁점매입세액을 쟁점세금계산서상 공급가액으로 산출한 매출세액에서 공제하는 것이 사업장별 과세원칙 및 대물세 성격의 부가가치세제에 부합하다 할 것이다.
(나) (예비적으로) 무신고가산세 및 세금계산서미발급가산세의 부과는 부당하다.
1) 앞서 제시한 대로 청구인이 2000년 생화 판매업의 개업 당시에는 국내산 생화만을 취급하는 전형적인 면세사업자였으나 2016.3.4. 수입산 생화의 수요 증가에 따라 과·면세 겸업사업자의 사업자등록을 하였다가, 다른 사업자의 사례(면세사업자로 등록한 상태에서 부가가치세 과세대상인 수입산 생화를 취급하였다)에 따라 계속하여 과·면세 사업을 겸업하고 있었음에도 2016.9.27. 조세포탈의 의도 없이 단순한 착오로 다시 면세사업자로 사업자등록정정(쟁점면세사업장 관련)만을 한 것인바, ①위 2016.9.27. 사업자등록정정은 청구인의 사업 내용 변경 없이 계속하여 부가가치세 과·면세 사업을 하면서 청구인이 쟁점면세사업장의 수입금액에 쟁점거래의 공급대가를 포함한 점, ②앞서 제시한 국세청 예규(부가 46015-534, 1996.3.20.)에 따르면 과세사업자가 착오로 면세사업자로 사업자등록정정 신고를 한 경우 공통매입세액의 공제를 받을 수 있음에도 면세사업자가 착오로 과·면세 사업자의 사업자등록정정을 하지 않았다 하여 매입세액의 공제를 전혀 받을 수 없다고 보는 것은 과세형평상 불합리한 점, ③「소득세법」 제168조에서 「부가가치세법」상 과세사업자의 등록을 한 경우 「소득세법」상 면세사업자의 등록을 한 것으로 보도록 하였으면서 면세사업자로 등록한 경우 매입세액 공제 등 부가가치세 과세사업자로서의 지위를 전혀 인정하지 않는 것은 과도한 점 등에 비추어, 이 건 과세처분시 무신고 가산세를 부과한 것은 부당하다.
2) 「소득세법」 제163조 제6항에서 세금계산서를 발급한 거래분에 대해서는 계산서를 발급한 것으로 보도록 규정함으로써 면세사업자가 착오로 세금계산서를 발급하더라도 계산서미발급가산세의 부과 대상에서 제외되나, 과세사업자가 계산서를 발급한 경우에는 해당 계산서에 부가가치세액을 제외한 필요적 기재사항(거래의 일자, 당사자, 품목, 공급가액)이 모두 기재되어 있음에도 위 「소득세법」상 예외규정을 두고 있지 않아서 세금계산서미발급가산세가 부과되어서 부가가치세 과·면세 사업자 유형에 따라 불공평한 과세처분이 이루어진다 할 것인바, 청구인이 쟁점거래와 관련하여 계산서를 발급하였고 해당 계산서가 쟁점거래에 관한 거래증빙으로서의 기능을 할 수 있었다 할 것이므로 이 건 과세처분시 세금계산서미발급가산세를 부과한 것은 부당하다.
(2) 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 각각 독립된 사업장으로 보아야 한다면 쟁점거래는 내부거래로서 제거되어 배우자과세사업장에서 한 것이므로 쟁점거래를 쟁점면세사업장과 무관한 것으로 보아 이 건 과세처분의 매출세액과 세액을 경정하여야 한다.
「부가가치세법」상 사업자는 독립하여 재화 또는 용역을 공급하는 자로서 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속·반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자라 할 것이다(대법원 1987.3.24. 선고 86누489 판결 등, 같은 뜻임). 청구인과 청구인의 배우자 B이 각각 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장의 사업자등록을 하고 별도의 사업장을 갖춘 것 등을 이유로 사실상 1개의 공동사업을 한 것으로 보아 이 건 과세처분시 쟁점과·면세사업장에 대한 매출세액에서 공제할 수 없다면 쟁점거래는 배우자과세사업장이 단독으로 수행한 것으로서 쟁점면세사업장과는 무관한 것으로 보아야 한다. 이러한 사실은 ①앞서 제시하였듯이 청구인의 쟁점면세사업장에서는 국내산 생화를 매입·판매하고, 청구인 배우자 B의 배우자과세사업장에서 수입산 생화를 매입·보관할 수 있는 시설(창고, 냉장시설 등)을 갖추고 청구인의 쟁점면세사업장을 빌려 그 판매를 한 것으로 볼 수 있는 점, ②쟁점거래는 특수관계인 간의 내부거래에 해당하는 점, ③쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 별도로 사업자등록한 것은 쟁점면세사업장이 소재한 강남고속터미널 상가의 임대정책의 영향도 있었던 점(계약당사자의 생화 판매만 가능하여 업종의 추가·변경하거나 사업자의 추가가 어렵다) 등을 통해 뒷받침되므로, ‘세관장 - 배우자과세사업장 - 쟁점면세사업장 - 매출처’의 거래흐름에서 내부거래인 쟁점거래(배우자과세사업장 - 쟁점면세사업장)를 제거하여 쟁점재화의 매출세액과 그 매입세액은 오직 배우자과세사업장의 매출과세표준에 산입하고 매출세액에서 공제되어야 한다(청구인은 이 건 세무조사 이후 쟁점재화의 매입과 매출에 관한 부가가치세 등 제세신고는 배우자과세사업장에서만 하고 있다).
나. 처분청 의견
(1) 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장은 각각 독립된 사업장인바 쟁점과·면세사업자 등록 전의 쟁점매입세액을 쟁점거래의 매출세액에서 공제할 수 없으므로 이 건 과세처분은 적법·정당하다.
(가) 쟁점과·면세사업자 등록 전의 쟁점매입세액은 쟁점거래의 매출세액에서 공제할 수 없다.
부가가치세 면세사업자로 등록한 경우 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없고 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 ‘과세사업자로 사업자등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결, 같은 뜻임), 사전에 공동사업을 약정했다는 증거가 없고, 사업자등록 및 제세신고 등의 형식적 요건을 갖추지 못하였으며, 실질 내용상으로도 가족의 노동력을 투입하여 영업을 한 것일 뿐 각자의 자본을 투입한 경우에는 ‘각자 별도의 사업자’로 보는 것이 타당하다(서울행정법원 2018.11.1. 선고 2018구합60335 판결, 같은 뜻임).
①청구인과 B은 각각 쟁점면세사업장 및 배우자과세사업장의 사업자등록을 하였을 뿐 이들 사업장을 공동으로 영위한다는 약정을 체결한 사실이 없는 점, ②조사청의 조사 당시 청구인에 대한 문답서에 따르면 청구인은 쟁점면세사업장의 실제 사업주일 뿐 배우자과세사업장의 실제 사업자는 청구인의 배우자인 B이 자신의 자금으로 운영한다는 취지로 진술하였고, 청구인과 B이 위 조사 당시 조사청에 제출한 확인서에 따르면 청구인은 쟁점면세사업장에서 청구인 본인 소유의 컴퓨터를 이용하여 쟁점거래와 관련한 매출계산서를, B은 배우자과세사업장에서 B 본인 소유의 컴퓨터를 이용하여 쟁점세금계산서를 각각 작성·발급하였다고 확인한 점 등을 감안하면, 청구인과 B은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 각각 별도로 운영한 것으로 봄이 타당하므로, 청구인이 쟁점면세사업장의 운영 기간 동안 발생한 쟁점매입세액은 ‘「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 따른 사업자등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하므로 처분청이 직권등록한 쟁점과·면세사업자의 매출세액에서 공제할 수 없다.
한편 청구인은 ‘대법원 2025.7.3. 선고 2022두33637 판결’을 근거로 청구인이 2016.9.27. 종전의 부가가치세 과·면세 겸영사업자로 사업자등록되어 있던 것을 면세사업자(쟁점면세사업장 관련)로 사업자등록정정한 것에 불구하고 실제 부가가치세 과·면세 겸영 현황을 감안하여 이 건 과세처분시 쟁점매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 위 판례는 당초 매입세액 공제를 받을 수 있는 과세사업자가 착오로 면세사업자로 사업자등록정정 신고를 한 사안이어서 쟁점거래 전부터 매입세액 공제를 받을 수 없는 면세사업자(쟁점면세사업장 관련)로 사업자등록되어 있었던 이 건에 적용할 수 없는 점(청구인은 쟁점거래의 기간 중에 과세사업자에서 면세사업자로 사업자등록정정된 것이 아니라 그 전인 2016년부터 면세사업자로 사업자등록되어 있었다) 등을 감안할 때, 쟁점매입세액은 청구인이 면세사업자로 등록한 기간 중 발생한 매입세액으로 「부가가치세법」상 사업자등록 전의 매입세액에 해당하므로 공제할 수 없다(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결, 같은 뜻임).
(나) 무신고가산세 및 세금계산서미발급가산세의 부과는 정당하다.
①수입산 생화는 외국에서 생산하여 수입한 ‘비식용 농·축·수·임산물’에 해당하므로 「부가가치세법」 제13조에 따라 수입시 부가가치세가 과세되고, 같은 법 제26조에 따른 면세 항목에 해당되지 않으므로 국내에 유통시 부가가치세가 과세되는데도(국세청 부가가치세과-218, 2014.3.24., 같은 뜻임), 앞서 제시한 청구인의 문답서에 따르면 청구인은 쟁점거래를 하면서 면세로 매출한 사실을 인정하였고, 이에 대한 부가가치세를 무신고하였으므로 「국세기본법」 제47조의2에 따른 무신고가산세의 적용대상인 점, ②쟁점거래는 부가가치세 과세대상인 수입산 생화(쟁점재화)를 거래 대상으로 하는바 쟁점거래와 더불어 부가가치세 면세 대상인 국내산 생화 판매를 한 쟁점면세사업장은 부가가치세 과·면세를 겸영한다 할 것이므로 쟁점거래시 매출세금계산서를 발급해야 함에도 그렇지 않았으므로 「부가가치세법」 제60조에 따른 세금계산서미발급가산세의 적용대상인 점, ③달리 각 가산세의 부과를 면제할 정당한 사유가 제시되지 않은 점 등에 비추어 이 건 과세처분이 무신고가산세 및 세금계산서미발급가산세를 부과한 것은 적법·정당하다.
(2) 쟁점거래는 거래대상 실물 및 거래대금의 수수사실이 존재하는 이상 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장 모두 부가가치세 과세대상 거래를 한 것으로 보아야 하므로 이 건 과세처분은 적법·정당하다.
①앞서 제시한 청구인의 문답서 및 확인서에 따르면 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장의 각 소유주는 청구인과 그 배우자 B으로 구분되고 쟁점거래와 이후 청구인의 쟁점재화 매출시 각각 쟁점세금계산서 및 매출계산서가 발급되고 각 대금의 지급이 이루어진 점(청구인이 B에게 쟁점거래의 대금을 지급한 사실은 청구주장을 통해서도 확인된다), ②쟁점면세사업장과 배우자과세사업장의 각 사업장도 서로 떨어져서 각각 청구인과 B이 운영하는 것으로 봄이 타당한 점 등을 감안하면, 쟁점거래(배우자과세사업장와 쟁점면세사업장 간의 거래)와 이후 청구인의 쟁점재화 매출(쟁점면세사업장과 매출처 간의 거래)은 별개의 거래로 봄이 타당하다 할 것이므로, 쟁점재화가 ‘배우자과세사업장에서 매출처로 직접 거래’된 것으로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점거래가 부가가치세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 쟁점과·면세사업장을 직권등록한 후 관련한 매출세액을 증액한 처분과 관련하여,
①-1.쟁점면세사업장과 배우자과세사업장은 사실상 공동사업이므로 쟁점거래와 관련한 매입세액을 위 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
①-2.(예비적으로)무신고가산세 및 세금계산서미발급가산세의 부과가 부당하다는 청구주장의 당부
②쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 각각 독립된 사업장으로 보아야 하더라도 쟁점거래는 내부거래에 해당하므로 배우자과세사업장이 쟁점재화를 직접 매출한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : <별지2> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.
(가)청구인은 2019년 2월부터 쟁점재화(수입산 생화)를 매출하였고, 쟁점재화는 「부가가치세법」 제26조에 열거된 부가가치세 면세 항목에 해당되지 않는다.
(나)조사청은 청구인(쟁점면세사업장)과 청구인의 배우자 B(배우자과세사업장)에 대한 조사 결과 청구인과 B이 자기 자금으로 각 사업장을 독립적으로 영위하면서 쟁점거래를 하였고 쟁점거래가 부가가치세 과세대상임에도 청구인이 이에 대한 부가가치세를 무신고한 것으로 보아, 처분청에게 쟁점면세사업장의 과·면세 겸영사업자의 직권 등록의 의뢰와 더불어 관련한 과세자료를 통보하였고, 해당 과세자료에는 청구인이 부가가치세 면세 대상인 국내산 생화와 그 과세대상인 수입산 생화의 각 매출액에 대한 구분기장 내역을 제출하지 않아서, 쟁점면세사업장에서 기신고한 면세 수입금액을 ‘쟁점세금계산서 상의 공급가액(쟁점재화의 매입액)’과 ‘계산서 상의 매입액(국내산 생화의 매입액)’의 각 비율로 안분하고 전자의 10% 상당을 부가가치세 매출과세표준으로 산출하며, 쟁점매입세액을 ‘사업자등록 전의 매입세액’으로 보아 전액 불공제하였고, 무신고가산세(20%) 및 세금계산서 미발급가산세(2%)를 적용하도록 하였다.
(다)청구인의 배우자 B은 2018.12.28.부터 배우자과세사업장을 영위하고 있고(국세청 전산자료상 다른 사업이력은 확인되지 않는다), 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 매출과세표준을 OOO원으로, 매출세액을 OOO원으로, 매입금액을 OOO원으로, 매입세액을 OOO원으로, 납부세액을 OOO원으로 하여 부가가치세 신고·납부를 하였다.
(라)청구인의 배우자 B(배우자과세사업장)은 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구인(쟁점면세사업장)에게 공급가액 OOO원(공급대가 OOO원) 상당의 쟁점세금계산서를 발급하였고(같은 기간 중 다른 사업자에게 발급한 세금계산서의 공급가액은 OOO원 상당이다), 청구인은 같은 과세기간 중 B에게 쟁점세금계산서상 공급대가(OOO원 상당)보다 OOO원만큼 더 많은 OOO원을 송금한 것으로 확인된다.
(마)청구인은 쟁점면세사업장을 개업하기 전인 2000.8.23. 쟁점면세사업장이 소재한 상가 내의 다른 호실에서 쟁점면세사업장과 같은 상호로, 생화 도매업을 영위하는 면세사업자의 사업자등록을 하고 그 영위를 하던 중, 2016.3.4. 부업종으로 ‘생화 수입업’을 추가하여 과·면세 겸영사업자로 사업자등록 정정신고를 하였다가, 2016.9.27. 위 과·면세 겸영사업자의 사업장를 폐업하고, 같은 날 쟁점면세사업장을 개업한 것으로 확인된다.
(바)청구인은 2016∼2023년 쟁점면세사업장의 현황신고시 계산서 발급금액으로 합계 OOO원(이 건 과세처분의 대상기간인 2019∼2023년분은 OOO원) 상당의 면세수입금액을 신고한 것으로 확인된다.
(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가)먼저 쟁점①-1에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장이 사실상 공동사업이므로 쟁점매입세액을 쟁점거래의 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나,
「부가가치세법」 제8조 제1항에서 사업자는 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항 제8호에서 위 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있으며, 위 제8조의 사업자등록의무는 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다 할 것인데, 「소득세법」상 면세사업자등록을 한 경우 「부가가치세법」 제8조의 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없다 할 것이므로 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 따른 ‘사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당한다 할 것이고(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결, 같은 뜻임), 「소득세법」상 공동사업의 약정에 관한 증거가 없고 사업자등록과 제세신고를 별도로 하면서 가족 간에 각자의 노동력과 자본을 투입하여 사업을 하는 경우는 ‘각자 별도의 사업자’로 봄이 타당한바(서울행정법원 2018.11.1. 선고 2018구합60335 판결, 같은 뜻임),
쟁점거래의 기간 동안 청구인과 그 배우자인 B은 각각 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장의 사업자등록 및 제세신고를 별도로 하였고(「소득세법」상 공동사업의 약정에 관한 증거도 없다), 쟁점재화(수입산 생화)는 「부가가치세법」 제26조에 열거된 부가가치세 면세 항목에 해당되지 않음을 감안하면 배우자과세사업장에서 쟁점면세사업장으로 쟁점재화를 매출하고 그 대금을 수수한 쟁점거래는 부가가치세 과세 거래의 외관을 갖추었을 뿐만 아니라 청구인과 B이 조사청의 조사 당시 인정하였듯이 각자 자신의 자본으로 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 영위하였다 할 것인 점, 청구인은 쟁점면세사업장에서 부가가치세가 면세되는 국내산 생화뿐만 아니라 부가가치세가 과세되는 쟁점재화를 매출하였으므로 최초 쟁점재화의 매출일이 속한 부가가치세 과세기간에 과·면세 겸영 사업자로 사업자등록을 했어야 함에도 그러하지 않은 점 등에 비추어, 쟁점매입세액은 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액에 해당한다 할 것이므로, 처분청이 쟁점과·면세사업자로 직권등록하고 이 건 과세처분을 할 때 쟁점거래와 관련한 매출세액을 쟁점과·면세사업자의 매출과세표준에 산입하면서 쟁점매입세액을 공제하지 않은 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(나)다음으로 쟁점①-2에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 과세처분시 청구인이 쟁점거래로 공급받은 쟁점재화가 부가가치세 과세대상임에도 면세로 매출하면서 계산서를 발급함으로써 부가가치세를 무신고하고 세금계산서를 미발급한 것에 대하여 「국세기본법」 제47조의2에 따른 무신고가산세와 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호에 따른 세금계산서미발급가산세 및 부가가치세 미납부기간에 대한 납부지연가산세를 각 부과하였는데, 아래와 같은 이유 등에 비추어 무신고가산세 및 세금계산서미발급가산세를 각 제외하여 이 건 과세처분의 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
1) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 법에 규정된 의무를 정당한 사유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 행정상의 제재이므로 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때에는 이를 부과할 수 없다고 할 것인데, 비록 청구인이 쟁점거래의 기간 중 부가가치세 과세대상인 쟁점재화를 공급하였으므로 청구인에게 부가가치세를 신고할 의무가 있다 할 것이나, 청구인이 2016년 3월 쟁점면세사업장과 같은 장소(OOO 상가의 다른 호실) 및 같은 업종(국내산 생화 도·소매업)을 영위하는 면세사업장을 과·면세사업장으로 변경하였다가 6개월만인 2016년 9월 다시 쟁점면세사업장으로 변경하는 사업자등록의 신청을 하였음에도 처분청이 사업장현장확인을 하지 않은 채 그 신청대로 처리하였고 이후에도 처분청이 상당한 기간 내에 부가가치세의 납세에 대한 안내, 지도, 독촉 또는 부과처분을 하지 않았다면 청구인으로서는 자신이 면세사업자에 해당한다고 생각하고 또 이것이 옳은 것이라고 믿을 여지가 있었다고 보이는 점(청구인이 과·면세사업장에서 쟁점면세사업장으로 사업자등록을 변경한 2016년 9월 당시에는 OOO 상가 내의 쟁점면세사업장과 동일한 업종을 영위하는 상인들이 수입상으로부터 수입산 생화를 공급받아 판매하는 것이 면세사업자에 해당한다는 인식이 있었던 것으로 보임에도 처분청에서 이러한 인식을 바로 잡는 취지의 납세 안내 등이 없었다) 등에 비추어, 청구인이 정상적으로 부가가치세의 신고의무를 이행하는 것이 무리여서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보이므로 이 건 부가가치세 본세에 더하여 무신고가산세를 부과한 처분은 잘못이라 하겠다.
2)처분청은 쟁점거래가 부가가치세 과세대상인 쟁점재화를 공급하면서 세금계산서를 발급할 의무를 이행하지 않은 정당한 사유가 제시되지 않은 이상 세금계산서미발급가산세를 부과하여야 한다는 의견이나, 앞서 살펴보았듯이 무신고가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 사정에 더하여, 청구인은 쟁점거래의 기간 동안 자신이 면세사업자에 해당한다고 생각하여 쟁점재화를 매출처에 공급할 때 계산서를 발급한 점, 계산서는 부가가치세를 거래징수하고 전가하는 기능을 제외하면 세금계산서와 그 기능이 일치하는 점 등에 비추어, 청구인에게 부가가치세 본세 등이 이미 부과된 상태에서 세금계산서미발급가산세까지 부과하는 것은 과도한 처분이라 하겠다(조심 2025서209, 2025.10.2., 같은 뜻임).
(다)마지막으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 각각 독립된 사업장으로 보아야 하더라도 쟁점거래는 내부거래에 해당하므로 배우자과세사업장이 쟁점재화를 직접 매출한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 우리나라의 부가가치세는 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있고, 통상 수입상이 수입한 생화를 국내의 도·소매상인이 매입하여 공급하는 경우 그 수입·유통의 각 단계별로 「부가가치세법」상 과세거래가 발생한다 할 것인바, 청구인의 배우자인 B과 청구인이 쟁점재화의 수입·보관 및 국내 판매 등에 대하여 공동사업이 아니라 별도의 사업으로 하여 사업자등록을 한 후 각각 수입·보관 등에 관한 배우자과세사업장 및 판매 등에 관한 쟁점면세사업장을 영위하면서 쟁점거래(배우자과세사업장에서 수입·창고보관하던 쟁점재화를 쟁점면세사업장에 공급한 것)를 하였고 관련한 대금의 수수, 세금계산서의 발급 및 관련한 제세신고·납부를 한 점, 달리 쟁점거래를 내부거래로 보아 배우자과세사업장이 쟁점재화를 직접 매출한 것으로 볼 근거가 부족해 보이는 점 등에 비추어, 청구인의 위 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지1> 이 건 과세처분
○○○
<별지2> 관련 법령
(1) 부가가치세법
제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.
제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1.가공되지 아니한 식료품[식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것
제32조(세금계산서 등) ①사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1.공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2.공급받는 자의 등록번호. (단서 생략)
3.공급가액과 부가가치세액
4.작성 연월일
5.그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
제34조(세금계산서 발급시기) ①세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
②제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.
③제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.
1.거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
2.거래처별로 달의 1일부터 말일까지의 기간 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
3.관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
제37조(납부세액 등의 계산) ① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.
제38조(공제하는 매입세액) ①매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(괄호 생략)
2.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). (단서 생략)
8.제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.
제60조(가산세) ①사업자 또는 국외사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1.제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트
1의2. 제53조의2 제1항 및 제2항에 따른 기한까지 등록을 하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트
②사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. (후단 생략)
1.제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트
2.제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.
나.둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 재화 또는 용역을 공급한 사업장 명의로 세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 자신의 다른 사업장 명의로 세금계산서를 발급한 경우
⑨ 제1항부터 제7항까지를 적용할 때에 제1항부터 제3항까지의 규정이 적용되는 부분에는 다음 각 호의 구분에 따른 규정을 각각 적용하지 아니한다.
1.제1항이 적용되는 부분: 제2항(제2호는 제외한다)·제5항 및 제6항
2. 제2항(제2호는 제외한다)이 적용되는 부분: 제6항
3. 제2항 제2호 또는 제3항이 적용되는 부분: 제1항·제6항 및 제7항
4. 제3항 제3호가 적용되는 부분: 제2항 제2호 본문
5. 제3항 제5호가 적용되는 부분: 제2항 제5호 본문
(2) 부가가치세법 시행령
제67조(세금계산서) ② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.
1. 공급하는 자의 주소
2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소
3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목
4. 공급품목
5. 단가와 수량
6. 공급 연월일
7. 거래의 종류
8.사업자 단위 과세 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호
(3) 국세기본법
제47조의2(무신고가산세) ①납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,「교육세법」제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와「농어촌특별세법」및「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.
1.부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)
2.제1호 외의 경우: 100분의 20
제48조(가산세 감면 등) ①정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1.제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2.납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3.그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(4) 국세기본법 시행령
제28조(가산세의 감면 등) ①법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1.제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우
2.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우
②법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.
1.감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액
2.해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조제1항의 경우만 해당한다)
③제2항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.
(5) 소득세법
제163조(계산서의 작성ㆍ발급 등) ① 제168조에 따라 사업자등록을 한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. (후단 생략)
⑥ 「부가가치세법」에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분에 대해서는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서등을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.
제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ①새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.
② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.
③이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는「부가가치세법」제8조를 준용한다.
(6) 소득세법 시행령
제212조(매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출 등) ② 제211조의 계산서의 작성ㆍ교부 및 제1항의 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「부가가치세법」 제32조부터 제35조까지 및 제54조와 같은 법 시행령 제69조부터 제72조까지 및 제97조부터 제99조까지의 규정을 준용한다.