이유
1. 처분개요

가. OOO주택재건축정비사업조합(이하 “청구법인①”이라 한다)은 2010.3.12. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제35조에 따라 OOO의 주거환경개선 정비사업(이하 “OOO”이라 한다)을 위하여 설립된 조합으로, 2021.1.13. 조합원 분양분 960세대 등 총 1,824세대의 OOO 아파트 및 상가를 준공인가받았다.

또한 OOO주택재건축정비사업조합(이하 “청구법인②”라 하고, 청구법인①과 합하여 이하 “청구법인들”이라 한다)은 2009.12.4. 도시정비법 제35조에 따라 OOO의 주거환경개선 정비사업(이하 “OOO”이라 한다)을 위하여 설립된 조합으로, 2019.9.27. 조합원 분양분 2,771세대 등 총 4,932세대의 OOO 아파트 및 상가를 준공인가받았다.

나. 청구법인들은 「법인세법」 제113조의 구분경리 규정에 따라 발생된 비용 중 비수익사업(조합원분양분)과 수익사업(일반분양분)에 속하는 개별손금은 실질귀속에 따라 구분하고, 공통손금은 조합원분양분과 일반분양분 면적으로 안분하여 법인세를 신고·납부하면서,

청구법인①은 ① 2019사업연도 중 조합원이 주택철거 이후 새로운 주택의 준공전까지 인근 지역으로 주거지를 옮기는데 필요한 자금 등(이하 “이주비”라 한다)을 차입(이하 그에 따른 차입금을 “이주대출금”이라 한다)한 것과 관련하여 조합원에게 무상으로 지원한 이주대출금의 금융이자 대납액(이하 “쟁점이자대납액”이라 한다) OOO원 전액을 비수익사업에 해당하는 비용으로 보아 손금에 산입하지 아니하였고, ② 2019년 7월 서울특별시강동송파교육지원청(이하 “교육청”이라 한다)과 ‘학교용지 부담금 면제를 조건으로 하는 OOO초등학교 학교시설 리모델링 및 증축비용 기부채납 협약’(이하 “학교설립비용부담협약”이라 한다)을 체결한 것과 관련하여, 청구법인①이 지출한 부담금 OOO원(이하 “협약서상부담금”이라 한다)을 공통손금으로 하여 수익사업에 해당하는 비율만큼 손금산입하였으며,

또한 청구법인②는 ① 2019사업연도 중 조합원에게 무상으로 지원한 이주대출금의 금융이자 대납액 OOO원 전액을 비수익사업에 해당하는 비용으로 보아 손금에 산입하지 아니하였고, ② 2016년 8월 교육청과 ‘학교용지 부담금 면제를 조건으로 하는 OOO초등학교(병설유치원) 학교시설 증축 무상공급 협약’을 체결한 것과 관련하여, 청구법인②가 지출한 부담금 OOO원을 공통손금으로 하여 수익사업에 해당하는 비율만큼 손금산입하였다.

다. 청구법인①은 2025.3.19. ① 쟁점이자대납액이 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적 지출 비용으로서 공통손금에 해당되므로 쟁점이자대납액 중 수익사업인 일반분양분(47.31%)에 상당하는 OOO원을 손금에 산입하고, ② 공통손금으로 신고한 협약서상부담금 중 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」(이하 “학교용지법”이라 한다)상 일반분양분에 대한 납부의무가 있는 학교용지부담금 상당액(OOO원)이 수익사업에 속한 개별손금에 해당되므로, 해당금액 전부를 손금에 산입하며, ③ 조합원이 현물출자한 토지 중 일반분양분에 해당하는 토지는 수익사업인 판매용토지에 해당하고 그 재산세는 판매용토지의 소유 등에 따른 필수적인 비용이므로, 조합원들이 직접 납부한 재산세 OOO원 중 수익사업인 일반분양분에 상당하는 OOO원을 손금에 산입하고,

또한 청구법인②는 2025.3.19. ① 쟁점이자대납액이 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적 지출 비용으로서 공통손금에 해당되므로 쟁점이자대납액 중 수익사업인 일반분양분(42.69%)에 상당하는 OOO원을 손금에 산입하고, ② 공통손금으로 신고한 협약서상부담금 중 학교용지법상 일반분양분에 대한 납부의무가 있는 학교용지부담금 상당액(OOO원)이 수익사업에 속한 개별손금에 해당되므로, 학교시설증축공사비 전부를 손금에 산입하며, ③ 조합원이 현물출자한 토지분 재산세 OOO원 중 수익사업인 일반분양분에 상당하는 토지는 수익사업인 판매용토지에 해당하고 그 재산세는 판매용토지의 소유 등에 따른 필수적인 비용이므로, 조합원들이 직접 납부한 재산세 OOO원 중 수익사업인 일반분양분에 상당하는 OOO원을 손금에 산입하여 2019사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 경정을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.5.26.(쟁점법인①) 및 2025.6.23.(쟁점법인②) 이를 거부하였다.

라. 청구법인들은 이에 불복하여 2025.7.11. 및 2025.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 청구법인들은 쟁점이자대납액 전액을 조합원 귀속분으로 처리하여 법인세를 신고하였기에, 이를 공통손금으로 보아 이주비 이자 중 일반분양분에 해당하는 이자는 손금에 산입하여야 한다.

(가) 정비사업은 종전의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 신축하여 분양하는 사업으로서 정비사업의 원활한 사업을 추진하기 위하여 무엇보다도 해당 조합이 설정한 이주기간 이내에 조합원들의 적극적인 협조로 빠른 이주진행이 매우 중요하고, 이에 따라 정비사업조합은 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위하여 금융기관으로부터 이주비를 대출받도록 알선하고, 그 이주비 이자는 정비사업비로 편성하여 금융기관에 납부하였다.

(나) 그러한 이주비에 대한 금융비용은 정비사업 진행에 필수적인 비용으로서 이는 전체 재건축사업의 공통손금에 해당한다고 보아야 한다(OOO).

(2) 관련 법령 및 판례에 의하면, 학교용지부담금은 조합원 분양분은 부과대상이 되지 아니하고 오로지 일반분양분만이 부과대상이 되므로 「법인세법」 제113조 비영리법인의 구분경리 규정에 의해 그 발생원천에 따라 일반분양분 귀속 개별손금에 해당한다 하겠다.

(가) 협약서에 의해 학교용지부담금 면제를 조건으로 학교시설 증축비용 등으로 교육청에 기부채납한 금액은 학교용지부담금과 대체적 관계에 있는 비용으로서, 그 실질은 학교용지부담금을 납부한 것과 같다.

청구법인들은 도시정비법에 따른 재건축사업 시행으로 공동주택 100세대 규모 이상을 건설함에 따라 학교용지의 공급 및 기존 학교의 증축관련 경비의 부담 등에 관한 특례를 규정한 학교용지법 제2조 및 제4조에 따라 학교용지부담금을 납부할 의무가 있는 개발사업시행자에 해당한다.

청구법인들과 교육청은 OOO아파트 재건축 입주시 학생들의 교육환경 개선을 위해 OOO초등학교 및 OOO초등학교의 학교시설 리모델링 및 증축에 소요되는 비용을 무상 기부채납하고 학교용지부담금 면제를 조건으로 한 협약서를 체결하였고, 이에 따라 청구법인①은 2019년에 OOO원의 현금을 교육청에 기부채납하였고, 청구법인②는 2019년에 학교시설 증축공사비로 OOO원을 지출하였다.

한편, 개발사업시행자가 학교건물을 증축하여 기부채납한 금액이 본래 납부하여야 할 학교용지부담금에 미치지 못할 경우에는 무상으로 기부채납한 금액을 제외한 나머지 금액을 개발사업시행자가 부담하도록 하는 것이 학교용지법에서 학교용지부담금을 부과하도록 한 본래의 입법취지에 부합하므로, 청구법인들의 이 건 학교시설 증축비용 기부채납액은 개발사업자로서 원래 학교용지법에 의해 부담했어야 할 학교용지부담금과 대체적 관계에 있는 비용으로서, 그 실질은 학교용지부담금을 납부한 것과 같다 하겠다(OOO).

(나) 학교용지법상 조합원 분양분은 학교용지부담금 부과대상에서 제외되고 개발사업으로 증가된 세대수인 일반분양분에만 부과되므로, 그 발생원천에 따라 학교용지부담금은 일반분양분 귀속 개별손금에 해당한다.

개발사업자에 대한 학교용지부담금 부과대상으로 학교용지법 제5조에서 도시정비법에 따른 정비사업 시행 결과 사업시행구역 내 세대 수가 증가한 경우에 부담금을 부과·징수할 수 있다고 규정하고 있고, 도시정비법에 따른 정비사업 시행으로 공동주택을 건설하는 경우 조합원 분양분과 현금청산분은 모두 신규로 주택이 공급되는 것이 아니므로, 정비사업자에 대하여 학교용지부담금을 부과할 때에는 재건축으로 인한 총 건립호수에서 정비사업시행인가 당시의 세대수를 제외한 후 그 나머지인 일반분양분에 대하여만 부과대상이 된다(OOO).

(다) 청구법인①은 이 건 현금 기부채납액 OOO원을 공통손금으로 처리하여 조합원분양 및 일반분양분의 각 면적비율에 따라 안분하여 당초 법인세를 신고하였으나, 그 기부채납액은 청구법인들이 원래 납부하여야 할 학교용지법 제5조의2 제2항 제1호에 따라 산정한 학교용지부담금(OOO원)이내이므로, 일반분양분 귀속 개별손금으로 보는 것이 합당하여 그 차액 OOO원을 손금에 산입하여야 하고,

청구법인②는 이 건 학교시설 증축공사비 OOO원을 공통손금으로 처리하여 조합원분양 및 일반분양분의 각 면적비율에 따라 안분하여 당초 법인세를 신고하였으나, 그 학교시설 증축공사비는 청구조합이 원래 납부하여야 할 학교용지법에 의한 학교용지부담금(OOO원) 이내이므로, 일반분양분 귀속 개별손금으로 보는 것이 합당하여 그 차액 OOO원을 손금에 산입하여야 한다.

(3) 정비사업조합이 판매용으로 보유하고 있는 일반분양분 토지에 부과되는 재산세는 분양수익에 대응되는 비용인 보유토지에 대한 필수적인 세금과 공과금에 해당한다.

(가) 조합원이 정비사업조합에 현물출자한 부동산에 대하여, 「법인세법」상 정비사업조합이 부동산을 취득하는 시기는 관리처분계획인가 고시일이고, 도시정비법 제78조 제4항의 관리처분계획인가의 고시가 있을 때에는 종전의 부동산의 소유자 등은 도시정비법 제86조의 이전고시가 있는 날까지 종전의 부동산에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없고 사업시행자가 이를 사용·수익할 수 있게 되므로, 관리처분계획인가고시일에 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호 규정을 적용하여 정비사업조합이 조합원소유 종전부동산을 취득한 시기로 보게 된다(OOO).

한편, 정비사업조합은 정비사업으로 신축한 건물 중 일반분양을 실시하기 위해서 「주택공급에 관한 규칙」제15조에 따라 주택이 건설되는 대지의 소유권을 확보하여야 하므로 조합원 소유 종전부동산을 현물출자 받아 신탁등기 절차를 거쳐 정비사업용 토지를 취득하게 되는 것이며, 그 신탁등기된 부동산의 재산세 납세의무자는 2020년 귀속분까지는 구 「지방세법」(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것) 제107조 제2항 제5호 규정에 의해 수탁자인 정비사업조합이 된다.

(나) 조합원이 정비사업을 위해 정비사업조합에 현물출자한 토지 중 일반분양분 토지는 정비사업조합이 소유한 판매용 토지에 해당하므로, 관련 재산세는 각 사업연도소득계산시 손금에 산입하여야 한다.

대법원은 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 조합원들로부터 현물출자받은 토지 중 일반분양분 토지는 그 목적 사업을 수행함에 따른 사업비용에 충당하기 위하여 조합원들로부터 취득한 정비사업조합의 소유가 되고, 조합원들에게 재건축사업의 완료된 후 환원될 것이 아니어서 조합원들의 실질적인 소유로 남아있다고 볼 수 없다고 판시하였다(OOO).

즉, 일반분양분 토지는 정비사업조합이 조합원들로부터 취득하여 소유하고 있는 판매용 토지에 해당하고, 건설업체가 판매용으로 보유한 토지에 부과된 재산세는 각 사업연도소득금액 계산에 있어 손금에 산입하고 있듯이, 당연히 정비사업조합이 보유한 현물출자 토지 중 일반분양분에 대한 재산세도 손금에 산입하여야 한다(법인세법 기본통칙 19-19…19, 매매목적 토지의 재산세 처리).

한편, 「법인세법」 제21조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하는 세금과 공과금으로 각 사업연도에 납부할 법인세 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 납부할 세액 및 부가가치세의 매입세액(불공제세액 등은 제외)으로 규정하고 있는바, 현물출자토지에 대한 이 건 재산세 납부액은 「지방세법」에 따라 정상적으로 부과되고 납부된 세액이므로 손금불산입 대상인 세금과 공과금에 해당하지 아니한다.

(다) 청구법인①은 이 건 현물출자토지에 대한 2019년 귀속 재산세 OOO원이 납세의무자인 청구법인 앞으로 부과된 후, 이를 재산세 상당액에 대한 분담금으로 처리하지 아니하고 각 조합원들이 재산세를 직접 납부하였다(청구법인①이 조합원들로부터 재산세 상당액의 조합원분담금을 징수하여 그 금원으로 재산세를 납부한 것과 실질이 같음).

이에 청구법인①은 이 건 재산세 상당액을 조합원분양분에 귀속되는 개별비용으로 오인하고 법인세 결산시 회계장부에 반영하지 아니하고 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하지 아니하였는바, 이 건 재산세는 분양수익에 대응되는 필수적인 비용이므로 일반분양 토지분의 재산세 OOO원(총 재산세 OOO×일반분양비율 47.31%)을 손금에 산입하여야 한다.

또한 청구법인②는 이 건 재산세 상당액을 조합원분양분에 귀속되는 개별비용으로 오인하고 법인세 결산시 회계장부에 반영하지 아니하고 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하지 아니하였는바, 이 건 재산세는 분양수익에 대응되는 필수적인 비용이므로 일반분양 토지분의 재산세 OOO원(총 재산세 OOO원×일반분양비율 42.69%)을 손금에 산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점이자대납액은 수익사업과 관련 없는 비용이다.

청구법인들은 쟁점이자대납액이 조합원들의 조기 이주 장려를 위한 정비사업 진행에 필수적인 비용이므로 공통손금에 해당한다고 주장하나, 「법인세법」 제19조 제2항에서 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 어떤 비용이 「법인세법」상 손금으로 인정되기 위해서는 통상적이거나 수익관련성에 앞서 사업관련성이 전제되어야 하고, 그 사업관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(OOO).

쟁점이자대납액은 조합원이 대체 주거지를 찾는 등 이주에 필요한 자금을 금융기관과의 대출약정을 통해 차입하고 그에 따라 발생한 이자를 채무자인 조합원을 대신하여 청구법인이 우선 납부한 것으로, 이는 온전히 조합원의 이익을 위하여 지출한 비용에 해당하고, 청구법인들이 조합원이 납부하여야 할 쟁점이자대납액을 대신 납부하지 아니하더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다 할 것이므로 쟁점이자대납액이 정비사업에 통상적으로 필요한 비용이라고 볼 수도 없다.

또한 주택재건축정비사업에서 쟁점이자대납액을 조합이 대신 부담하지 않고 조합원이 직접 부담하는 경우도 다수 존재하는 바, 청구법인과 같이 조합이 부담한 쟁점이자대납액만을 법인세 산정에서 수익사업의 손금으로 인정해야 할 특별한 이유도 없다.

따라서 쟁점이자대납액은 그 발생 원천 및 최종 부담 주체 측면 모두에서 청구법인의 고유목적사업에 대응하는 비용에 해당하고, 청구법인이 쟁점이자대납액을 부담함으로 인해 신속하고 원활한 사업 진행과 같은 효과가 발생하였다고 하더라도 이는 고유목적사업을 위한 비용 지출로 인한 반사적이고 부수적인 이익에 불과한 것이다.

한편 청구법인들이 제시한 서울행정법원 2023.9.15. 선고 OOO 판결은 최근 상급심(OOO)에서 원고(재건축조합)의 항소를 기각, 피고 패소부분을 취소하여 쟁점이자대납액을 고유목적사업에 속하는 비용으로서 비수익사업의 개별손금으로 판단하였고, 다수의 심판 결정례(조심 2022서2377 외 다수)도 쟁점이자대납액을 고유목적 사업에 속하는 비용에 해당한다고 판단하고 있는바, 쟁점이자대납액은 수익사업과 관련 없는 비용으로 「법인세법」 제19조에서 규정하는 손금에 해당하지 아니한다.

(2) 협약서상부담금은 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다.

청구법인들은 협약서상부담금이 학교용지법에 따라 청구법인들이 부담할 학교용지부담금 이내의 금액으로 그 실질이 학교용지부담금을 납부한 것과 같고, 학교용지법상 학교용지부담금은 일반분양분에만 부과되는 개별손금에 해당하므로 청구법인들이 부담한 협약서상부담금을 수익사업의 개별손금으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인들이 교육청과 체결한 협약서에 따르면, 교육청은 학교용지법 제5조 제4항 제4호에 따라 청구법인들의 학교용지부담금을 면제를 위한 절차에 최대한 협조하고, 청구법인들에 의해 무상공급된 학교시설은 준공검사 후 서울특별시교육비특별회계 소관 공유재산으로 하며, 청구법인들은 교육청에 학교시설 무상공급에 대한 조건을 부과할 수 없다고 되어있다.

즉 청구법인들의 학교용지부담금을 학교용지법상 면제 규정에 해당하는 것으로, 학교용지법상 학교용지부담금을 납부할 의무가 있다는 전제에서 협약서상부담금 지출을 학교용지부담금을 납부한 것으로 보아야 한다는 청구법인들의 주장은 타당하지 아니할 뿐 아니라, 협약서상부담금은 청구법인들과 교육청 사이의 계약에 따라 납부한 것으로 학교용지법에 의해 부과되는 학교용지부담금과 그 법적 성질 등이 다르다는 점에서도 둘 사이의 직접적 동일성을 인정할 수 없다.

설령 협약서상부담금을 학교용지부담금에 상응하는 비용으로 본다 하더라도 학교시설 증축은 재건축 후 입주학생들에게 뛰어난 교육환경을 제공하는 것을 그 목적으로 하고 있고, 증축된 학교시설은 조합원 및 일반분양자 모두가 이용하는 시설에 해당하므로 협약서상부담금은 재건축사업 전반에 걸친 비용으로서 청구법인들의 수익사업과 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지 불분명한 공통손금에 해당하는 것이다.

(3) 조합원들이 직접 납부한 재산세는 청구법인들의 비용에 해당하지 아니한다.

청구법인들은 조합원들로부터 현물출자받은 토지에 부과된 재산세를 조합원들이 직접 납부하였고, 이는 조합원분담금을 징수하여 그 금원으로 재산세를 납부한 것과 실질이 같으므로 청구법인들의 손금에 산입해야 한다고 주장하나, 청구법인들도 인정하는 바와 같이 관리처분계획에 따라 조합원들로부터 현물출자받은 토지 중 일반분양분 토지는 그 목적 사업을 수행함에 따른 사업비용에 충당하기 위하여 조합원들로부터 취득한 청구법인들의 소유이고(OOO), 해당 토지에 대한 재산세 납세의무 또한 청구법인들에 있다.

따라서 청구법인들이 부담해야 할 비용인 재산세를 조합원들이 대신 부담하였다면 이는 수익사업의 자산수증이익에 해당하는 것이고, 이에 재산세를 수익사업 손금으로 본다 하더라도 결국 익금과 손금이 동시 발생되어 이는 청구법인들의 순자산을 감소시키는 손금에 해당되지도 않는다.

한편 법률관계 측면에서 보면 분담금 방식은 조합원, 조합, 과세관청으로 이어지는 2단계 구조이고 직접 납부 방식은 조합원, 과세관청으로 이어지는 1단계 구조이며, 회계처리 측면에서 보면 분담금 방식을 택했을 경우 조합의 수입과 지출로 모두 계상되나, 직접 납부 방식을 택한 경우 조합의 장부에 수입으로 계상되지 않는다. 또한 법적효과 측면에서 보면 분담금 방식은 조합의 내부적 법률관계에 따른 조합원의 출자의무 이행으로 간주되나, 직접 납부 방식은 조합의 채무에 대한 제3자 변제로 간주되어 그 법적 효과가 동일하다 할 수 없고, 조합원들이 조합이 납부하여야 할 재산세를 직접 납부하는 경우 조합은 납세의무를 부담하지 않게 되어 순자산이 증가하는 효과가 발생하고, 조합원이 자신의 출자의무 이행이 아닌 별도의 형태로 조합의 채무를 소멸시킴에 따라 조합이 무상으로 경제적 이익을 얻는 결과를 가져온다.

한편 과세관청의 2차례 보정 요구(1차 2025.4.18., 2차 2025.5.1.)에도 불구하고, 청구법인들은 현재까지 청구법인들이 부담하였다고 주장하는 쟁점이자대납액과 협약서상부담금 및 재산세 납부 등에 대한 객관적 증빙자료를 제출하지 아니하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 조합이 부담한 조합원에 대한 이주비 대출 관련 이자가 조합원분양(비수익)사업 및 일반분양(수익)사업의 공통손금에 해당하는지 여부

② 교육청과의 협약에 따라 부담한 학교시설부담금이 일반분양사업의 개별손금에 해당한다는 청구주장의 당부

③ 조합원이 대납한 현물출자토지에 대한 재산세를 공통손금으로서 안분하여 일반분양사업의 손금으로 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인①과 관련하여 처분청과 청구법인①이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인①은 OOO의 주거환경 개선 등을 위하여 도시정비법에 의해 2010.3.12. 설립된 조합으로 이 건 정비사업의 추진내용은 아래 ＜표1＞과 같다

＜표1＞ 청구법인① 정비사업 추진내용

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(나) 청구법인①은 2019사업연도에 조합원의 이주비 대출금에 대한 이자비용 OOO원을 대납하고 이를 조합원 귀속분으로 보아 비수익사업 관련 비용으로 계상하였다.

(다) 청구법인①은 2019년 7월, 재건축사업 완료 후 입주하는 학생들의 교육 환경 개선을 위해 서울특별시 강동송파교육지원청과 OOO초등학교의 학교시설을 증개축 비용 OOO원을 현금으로 기부채납하는 내용의 ‘학교용지부담금 면제를 조건으로 하는 OOO초등학교 학교시설 리모델링 및 증축비용 기부채납 협약’을 아래와 같이 체결하고, 이로 인해 지출한 OOO원을 공통손금으로 보아 수익사업 비율로 안분계산한 금액 OOO원을 손금에 산입하여 2019사업연도 법인세를 신고하였다.

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(라) 청구법인①이 신탁등기를 통해 조합원으로부터 취득한 토지에 대해 2019년 귀속 재산세 합계 OOO원이 부과되었고, 신탁자인 조합원 A 외 1,098명이 출자면적비율로 안분하여 아래와 같이 이를 납부하였다.

(표 삽입을 위한 여백)

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(마) 청구법인①은 2025.3.19. 처분청에 이 건 이주비 이자를 전체 재건축사업의 공통손금으로, 학교시설 증축공사비를 일반분양 개별손금으로, 현물출자토지에 대한 재산세를 공통손금으로 보아 아래 ＜표2＞와 같이 총 OOO원을 2019사업연도 손금에 산입하여 법인세 경정청구를 하였다.

＜표2＞ 청구법인① 경정청구 내용

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(2) 청구법인②와 관련하여 처분청과 청구법인②가 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인②는 OOO의 주거환경 개선 등을 위하여 도시정비법에 의해 2009.11.26. 설립된 조합으로 이 건 정비사업의 추진내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구법인② 정비사업 추진내용

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(나) 청구법인②는 2019사업연도에 조합원의 이주비 대출금에 대한 이자비용 OOO원을 대납하고 이를 비수익사업의 개별손금으로 보아 손금에 산입하지 아니하고 법인세를 신고하였다.

(다) 청구법인②는 학교용지법에 따른 개발사업시행자로서 서울특별시강동송파교육지원청과 ‘학교용지부담금 계정별원장과 학교용지부담금 면제를 조건으로 하는 OOO초등학교(병설유치원)학교시설 증축 무상공급 협약’을 아래와 같이 체결하고, 이에 따라 지출한 공사비용 OOO원을 공통손금으로 보아 수익사업 비율로 안분계산한 금액 OOO원을 손금에 산입하여 2019사업연도 법인세를 신고하였다.

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(라) 청구법인②는 관리처분계획에 따라 조합원들로부터 현물출자 받은 토지에 부과된 2019년 귀속 재산세 등 합계 OOO원을 각 조합원들이 직접 납부한 내역을 아래와 같이(전체 3,639건중 300건 납부내역을 발췌) 제출하였다.

(표 삽입을 위한 여백)

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(마) 청구법인②는 2025.3.19. 처분청에 이 건 이주비이자를 전체 재건축사업의 공통손금으로, 학교시설 증축공사비를 일반분양 귀속분 비용으로, 현물출자토지에 대한 재산세를 공통비용으로 보아 아래 ＜표4＞와 같이 총 OOO원을 손금에 산입하여 2019사업연도 법인세 경정청구를 제기하였다.

＜표4＞ 청구법인② 경정청구 내용

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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법」제19조 제2항에서 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 어떤 비용이 「법인세법」상 손금으로 인정되기 위해서는 통상적이거나 수익관련성에 앞서 사업관련성이 전제되어야 하고 그 사업관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 할 것이다(OOO).

청구법인들은 쟁점이자대납액이 이 건 정비사업을 위한 필수적 지출로서 공통손금에 해당한다고 주장하나, 청구법인들이 쟁점이자를 대신 납부하지 아니하더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다 할 것이므로 이를 청구법인의 수익사업(일반분양)과 관련하여 반드시 필요한 지출이라고 보기 어렵고, 이는 어디까지나 청구법인의 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’을 위한 지출 등에 해당하고, 그 행위자체가 수익성을 가진 것이라거나 수익을 목적으로 한 것이라고 보기는 어려운 점, 쟁점이자대납액이 수익사업(일반분양)과 무관한 것임에도 이를 전체 공통비용으로 보게 되면 수익·비용의 대응 원칙에도 부합하지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 이주비 이자는 수익사업이 아닌 청구법인의 고유목적사업에 속하는 비용으로서 비수익사업의 개별손금에 해당한다고 봄이 타당하고, 이를 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2022서2377, 2022.10.18., 조심 2025인3014, 2025.10.21. 등, 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인들은 협약서상부담금은 학교용지법에 의해 부담했어야 할 학교용지부담금과 대체적 관계에 있는 비용으로서, 그 실질은 학교용지부담금을 납부한 것과 같으므로 이를 수익사업의 개별손금으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인들과 교육청 간에 체결한 협약서 제1조에 ‘본 협약은 학교시설을 증축하여 아파트단지 재건축후 입주 학생들에게 뛰어난 교육환경을 제공하는 것을 목적으로 한다’고 기재되어 있는 것으로 보아 해당 협약에 따라 청구법인들이 납부한 협약서상부담금은 재개발사업 전반(일반분양분 및 조합원분양분)에 걸친 비용으로 보이는 점, 학교용지부담금은 학교용지법에 의해 부과되는 반면, 협약서상부담금은 계약에 의해 납부한 것이어서 그 법적 성질 등이 다르고, 협약서상에 학교용지법상의 학교용지부담금 면제를 위한 절차에 협조한다는 내용 등이 기재되었다 하여 그에 상당하는 금액이 학교용지법상의 일반분양분에 해당되는 부담금이라고 단언할 수 없는 점, 정비사업 내 신설 또는 개축된 학교는 일반분양자 및 조합원분양자 모두가 이용하는 시설이므로 그와 관련되어 학교용지법상 지출된 비용(부담금)을 조합원분양분과 구분하여 일반분양분의 개별손금으로 보기도 어려운 점 등에 비추어 협약서상부담금은 이 건 정비사업 전반에 걸친 비용으로서 청구법인들의 수익사업과 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지 불분명한 공통손금으로 보이므로 이를 수익사업의 개별손금으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기는 어렵다 할 것이다(조심 2022서2377, 2022.10.18. 등, 같은 뜻임).

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인들은 조합원들이 정비사업을 위해 정비사업조합에 현물출자한 토지 중 일반분양분 토지는 정비사업조합이 소유한 판매용 토지에 해당하므로, 관련 재산세는 이를 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 이 건 현물출자토지에 대한 2019년 귀속 재산세가 납세의무자인 청구법인 앞으로 부과된 후, 이를 각 조합원들이 직접 납부한 사실이 처분청이 제시한 납부내역(조합원별로 전자납부번호 또는 과세번호, 물건소재지 또는 과세대상, 세목별 금액 및 합계) 등을 통해 확인되고, 청구법인들이 이 건 재산세를 조합원분담금으로 처리한 사실은 없는 것으로 확인되는 점, 이 건 재산세 납부액을 청구법인들의 2019사업연도 손금에 산입할 경우 조합원들로부터의 자산수증이익을 익금산입하는 것이 타당한 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2020.1.1. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)

제104조7【정비사업조합에 대한 과세특례】② 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것)

제104조의4【정비사업조합의 수익사업의 범위】법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

(3) 법인세법(2020.1.1. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제21조【세금과 공과금의 손금불산입】다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(4) 법인세법 시행규칙

제76조【비영리법인의 구분경리】① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리 하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산 하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산 한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

(5) 법인세법 기본통칙

19-19…19【매매를 목적 토지등에 대한 재산세의 처리】판매를 목적으로 취득한 토지 등의 경우에도 동 토지 등에 부과되는 재산세 등(취득세와 등록세는 제외한다)은 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다.

19-19…30【이월이익잉여금과 상계한 손금의 처리】법인의 손금으로 계상할 수 있는 조세공과금 등을 이익잉여금과 상계한 경우에는 이를 손금에 가산하여 신고할 수 있다.

(6) 도시 및 주거환경정비법(2019.10.24. 법률 제16383호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “정비사업”이란 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량 또는 건설하는 다음 각 목의 사업을 말한다.

나. 재개발사업

8. “사업시행자”란 정비사업을 시행하는 자를 말한다.

제27조【재개발사업ㆍ재건축사업의 지정개발자】④ 제1항 제3호에 따른 토지등 소유자의 동의는 국토교통부령으로 정하는 동의서에 동의를 받는 방법으로 한다. 이 경우 동의서에는 다음 각 호의 사항이 모두 포함되어야 한다.

2. 건축물의 철거 및 새 건축물의 건설에 드는 공사비 등 정비사업에 드는 비용(이하 "정비사업비"라 한다)

제61조【임시거주시설ㆍ임시상가의 설치 등】① 사업시행자는 주거환경개선사업 및 재개발사업의 시행으로 철거되는 주택의 소유자 또는 세입자에게 해당 정비구역 안과 밖에 위치한 임대주택 등의 시설에 임시로 거주하게 하거나 주택자금의 융자를 알선하는 등 임시거주에 상응하는 조치를 하여야 한다.

제92조【비용부담의 원칙】① 정비사업비는 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사업시행자가 부담한다.

(7) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것)

제107조【납세의무자】① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

3. 「신탁법」에 따라 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산의 경우 : 위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자. 이 경우 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다.

(8) 학교용지 확보 등에 관한 특례법

제5조【부담금의 부과ㆍ징수】① 시ㆍ도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과ㆍ징수할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개발사업분의 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호 나목부터 다목까지의 규정에 따른 정비사업 시행 결과 해당 정비구역 및 사업시행구역 내 세대 수가 증가하지 아니하는 경우

⑤ 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부담금을 면제할 수 있다. 다만, 제1호ㆍ제3호 및 제4호의 경우에는 부담금을 면제하여야 한다.

4. 개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시ㆍ도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우