이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 일대 17,750.2㎡ 규모의 재건축사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 추진하기 위해 설립된 법인으로 조합원들이 소유하던 토지 16,926.05㎡(이하 “조합원 신탁토지”라 한다)를 신탁받고, 제3자 등이 소유한 토지 824.15㎡(이하 “매입토지”라 한다)를 취득한 후, 매입토지에 대한 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은 2019.2.28. 이 건 정비사업 부지에 아파트 449세대(이하 “이 건 아파트”라 한다)를 준공한 후 2024.4.12. 소유권이전고시를 하였는데, 이에 따라 이 건 정비사업 부지는 아래 ＜표1＞과 같이 조합원용 공동주택의 부속토지 9,861.2㎡, 일반분양분 공동주택의 부속토지 5,367㎡, 도로ㆍ공원 등 기부채납 토지 2,522㎡(이하 “기부채납용 토지”라 한다)로 귀속되었다.

＜표1＞ 이 건 정비사업 토지 귀속 현황

종전

소유권이전고시 후

구분

면적

구분

면적

조합원 신탁토지

16,926.05㎡

조합원 분양분 토지

9,861.2㎡

비조합원용 토지

5,367㎡

기부채납용 토지

(공원, 도로)

2,522㎡

매입토지

824.15㎡

합 계

17,750.2㎡

합 계

17,750.2㎡

다. 청구법인은 소유권이전고시일의 다음날 조합원 신탁토지 중 조합원에게 귀속되지 않는 일반분양분 토지 5,076㎡(이하 “비조합원용 토지”라 한다)를 취득한 것으로 보아, 2024.5.10. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

라. 이후, 청구법인은 2024.9.10. 이 건 정비사업 부지(17,750.2㎡) 중 기부채납용 토지(2,522㎡)는 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세 비과세 대상이므로 비조합원용 토지(5,367㎡) 만큼만 취득세 납세의무가 있음에도, 매입토지 면적(824.15㎡)만큼 취득세를 과다납부하였으므로 해당 면적만큼의 취득세를 환급해달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.11.4. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조세심판원은 「지방세법 시행령」 제11조의2 규정은 비조합원용 토지 면적의 산출방식에 대한 규정으로 이 조항을 근거로 이미 취득세 등을 신고ㆍ납부한 비조합원용 토지와 관련하여 다시 취득세 등의 납부의무가 성립되는 것으로 보기는 어렵다고 결정(조심 2023지464, 2024.3.25.)하였다.

(2) 청구법인은 ① 매입토지 824.15㎡와 ② 비조합원용 토지 5,367㎡에 대한 취득세를 각 신고ㆍ납부하였다.

따라서 조세심판원의 선결정례(조심 2023지464, 2024.3.25.)와 같이 청구법인이 취득한 토지 면적은 7,889㎡(비조합원용 토지 5,367㎡ + 기부채납용 토지 2,522㎡)이고, 결과적으로 청구법인은 과소신고ㆍ납부한 토지 1,699.85㎡(청구법인이 취득한 토지 면적 7,889㎡ - 기 신고ㆍ납부한 토지 면적 6,191.15㎡)에 대한 취득세를 추가로 납부해야 하지만,

청구법인이 안산시에 무상귀속(기부채납)되는 신설정비기반시설용 토지 2,522㎡는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 비과세 대상이고, 청구법인은 반대급부로 무상양여받은 토지가 없으므로 제3자로부터 매입한 매입토지 824.15㎡에 해당하는 취득세는 환급받아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」 제7조 제8항에서 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 보되, 비조합원용 부동산은 제외한다고 되어 있고, 같은 법 시행령 제11조의2는 비조합원용 부동산의 취득 면적은 아래 ＜표2＞와 같이 계산하도록 되어 있다.

＜표2＞ 「지방세법 시행령」 제11조의2 산식

그리고 「지방세법」 제10조의5 제3항 제3호에서 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제8호의 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호의 사업시행자 및 「주택법」 제2조 제11호의 주택조합이 취득하는 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다고 되어 있고, 같은 법 시행령 제18조의4 제1항 제3호는 아래 ＜표3＞과 같은 계산식에 따라 산출한 가액으로 하도록 되어 있다.

＜표3＞ 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제3호 산식

가액= A × [B - ( C × B / D)]

A : 해당 토지의 제곱미터당 분양가액

B : 해당 토지의 면적

C : 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다)

D : 해당 사업 대상 토지의 전체 면적

한편, 「지방세법」 제9조 제2항에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니하되, 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우 그 해당부분에 대해서는 취득세를 부과하도록 되어 있다.

(2) 청구법인은 조세심판원의 선결정(조심 2023지464, 2024.3.25.) 취지에 따라 비조합원용 토지 면적 5,367㎡에 대해서만 취득세를 부과해야 한다고 주장하나,

재건축 사업의 특성상 이 건 정비사업 토지 내에는 조합원이 신탁한 토지와 제3자로부터 매입한 토지 등이 혼재되어 있어 소유권이전고시 이후 조합원 분양용 토지, 일반분양용 토지, 기부채납용 토지 등의 귀속이 확정될 때 어떠한 토지가 실제 귀속되는지 알 수 없으므로 「지방세법 시행령」 제11조의2 규정과 같이 조합원 분양분 토지, 일반분양용 토지, 기부채납용 토지(정비기반시설용 토지)로 각각 구분하여 그 구분별로 소유권이전고시 이전 조합원이 신탁한 토지, 제3자 매입토지 등의 구성 비율을 각각 안분하여 과세하는 것이 타당한 점,

취득세 납세의무자를 규정하고 있는 「지방세법」 제7조 제8항에서 재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산은 그 조합원이 취득하는 것으로 보되, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산은 제외한다고 규정하고 있으므로, 조합주택용 부동산 중 조합원에게 귀속되지 않는 부동산인 비조합원용 토지는 조합(청구법인)에게 취득세 납세의무가 있다고 보아야 할 것이고, 같은 법 시행령 제11조의2의 산식(＜표2＞)에 따라 산출한 면적을 비조합원용 부동산의 취득 면적으로 한다고 규정하고 있는 점,

지방세법 소관부처인 행정안전부에서도 현행 세정운영 방식과 대법원의 결정이 상이하여 비조합원용 토지 면적을 산출하는 과세기준 명확화하기 위해 「지방세법 시행령」 제11조의2 규정을 신설하였다고 명시하고 있는 점 등을 비추어 볼 때, 「지방세법」 제7조 제8항 및 「지방세법 시행령」 제11조의2 제1항 제3호 규정에 따라 비조합원용 토지 면적을 산출한 이 건 처분은 타당하다.

(3) 한편, 기부채납용 토지 2,522㎡의 경우, 이 건 정비사업의 사업시행인가 및 관리처분계획인가가 청구법인이 이 건 정비사업 내 토지를 취득하기 이전에 이루어져 청구법인이 기부채납용 토지를 취득할 당시 기부채납할 토지의 위치와 면적이 사실상 확정되어 특정된 것으로 보이고, 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받은 경우에 해당하지 않으므로 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세를 비과세하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비조합원용 토지에 대한 취득세 등을 과다하게 신고ㆍ납부하였으므로 그 일부를 환급해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.2.28. 이 건 정비사업에 대한 사업시행인가를 받았으며, 2020.3.11. 관리처분계획인가를 받고 이 건 아파트를 준공하였다.

(나) 청구법인은 이 건 정비사업의 추진과정에서 조합원들이 소유하던 토지 16,926.05㎡를 신탁받고, 조합원이 아닌 제3자 등으로부터 토지 824.15㎡를 취득한 후 매입토지와 관련하여 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(다) 청구법인은 2024.4.12. 이 건 아파트가 준공됨에 따라 「지방세법」 제10조의5 제3항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조의4 제1항 제3호에 따른 계산식(＜표3＞ 참조)을 적용하여 비조합원용 토지 취득에 대한 과세표준을 산출하였으나, 아래 ＜표4＞와 같이 이 건 정비사업 전체면적인 17,750.2㎡이 아닌 이 건 아파트의 부속토지 면적 15,228.2㎡을 적용함에 따라 비조합원용 토지 면적을 5,076㎡(정당면적은 5,117㎡임)로 과소산정하여 취득세를 신고ㆍ납부한 것으로 확인된다.

＜표4＞ 청구법인 비조합원용 토지 취득세 신고납부 면적 산정 내용＞

5,076㎡

= 5,367㎡ - (824.15㎡ ×

5,367㎡

)

15,228.2㎡

(라) 처분청은 청구법인이 2024.5.10. 비조합원용 토지에 대한 취득세를 신고ㆍ납부할 당시 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제3호의 계산식에 따라 매입토지에 해당하는 면적 291㎡(5,367㎡-5,076㎡)가 자동으로 과세표준에서 제외되었으므로 이중과세에 해당하지 않고, 기부채납용 토지 2,522㎡는 비과세하는 것이 타당하다는 취지의 답변을 하였다.

(마) 이 건 정비사업 사업시행계획인가 고시(안산시 고시 제2019-37호, 2019.2.28.)에 따르면, 도로(1,654.4㎡) 및 공원(867.6㎡)을 무상귀속하는 것으로 되어 있다.

ㅇㅇㅇ

(바) 이 건 정비사업으로 처분청에 귀속되는 기부채납토지 2,522㎡는 기부채납의 반대급부로 부동산 등을 무상양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 받은 사실은 없는 것으로 확인되며, 이에 대해 양측의 다툼은 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴보건대, 처분청은 청구법인이 「지방세법 시행령」 제11조의2 산식에 따라 비조합원용 토지 면적을 신고ㆍ납부하였으므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다는 의견이나,

이 건 정비사업의 이전고시 등에 의하면 이 건 정비사업 부지 17,750.2㎡는 조합원 분양분 토지 9,861.2㎡, 비조합원용 토지 5,367㎡, 기부채납용 토지 2,522㎡로 귀속되는데, 이 중 기부채납용 토지 2,522㎡는 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세 비과세 대상이고, 조합원 분양분 토지 9,861.2㎡는 「지방세법」 제7조 제8항에 따라 조합원이 취득한 것으로 의제되어 청구법인에게 납세의무가 없으므로, 결과적으로 청구법인에게 납세의무가 있는 토지 면적은 비조합원용 토지 면적인 5,367㎡인 점,

청구법인은 제3자 등이 소유한 토지 824.15㎡를 취득한 후 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였고, 여기에 더해 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제3호의 계산식을 적용하여 비조합원용 토지 면적 5,076㎡에 대해 2024.5.10. 취득세 등을 신고ㆍ납부하였으므로 청구법인은 합계 5,900.15㎡에 대한 취득세 등을 신고ㆍ납부한 사실이 확인되는 점,

「지방세법 시행령」 제11조의2 규정은 비조합원용 토지 면적의 산출방식에 대한 규정으로 이 조항을 근거로 이미 취득세 등을 신고·납부한 비조합원용 토지에 대하여 다시 취득세 등의 납세의무가 성립한 것으로 보기는 어려운 점,

이 건 정비사업부지 중 조합원으로부터 신탁받은 토지, 매입토지에 이 건 정비사업 부지 중 비조합원용 토지 비율을 각각 곱하여 비조합원용 토지 면적을 산정하더라도 비조합원용 토지 면적이 달라지지 아니하는 점 등에 비추어,

청구법인은 이 건 정비사업을 위하여 비조합원용 토지 5.367㎡를 취득하여 취득세 등의 납세의무가 성립하였으나, 매입토지와 비조합원용 토지에 대한 취득세 등 합계 5,900.15㎡에 대한 취득세를 신고ㆍ납부한 것으로 보이므로 처분청은 청구법인이 취득세 등을 과다 신고ㆍ납부한 토지 533.15㎡에 대한 취득세를 환급하는 것으로 하여 취득세 등을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.7.8. 법률 제18294호로 일부개정된 것)

제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 “주택조합등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다.

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다.

3. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제8호의 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호의 사업시행자 및 「주택법」 제2조 제11호의 주택조합이 취득하는 경우

(2) 지방세법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32293호로 일부개정된 것)

제11조의2(비조합원용 부동산의 취득) 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산의 취득 면적은 다음 계산식에 따라 산출한 면적으로 한다.

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

3. 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액