이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1972.7.25. 설립되어 1991.5.27. ‘A 주식회사’로 법인전환하였고, 2022.2.9. ‘주식회사 B’에서 ‘주식회사 C’로 상호를 변경하여 전자통신 장비 기술용역 서비스, 전기통신설비 설치 및 유지보수업을 영위하고 있고, 2006.5.17. 전자통신기기 제조 및 판매업을 영위하는 D 주식회사(이하 “D”이라 한다)의 지분 20.95%를 인수하여 D이 생산하는 영사기 등을 매입하여 판매하고 D에 사무실과 공장을 임대하였다.

나. 청구법인은 D이 2013년 4월 파산선고를 받아 D에 대한 대여금 OOO원, 임대료 등 매출채권 OOO원, 대여금 관련 미수수익 OOO원 등 총 OOO원(이하 “쟁점채권”이라 한다)을 회수하지 못하게 되었고, 2014사업연도 법인세 신고 시 D에 대한 쟁점채권 금액을 결산서에서 제각(비용처리)하고 세무조정으로 손금불산입(유보)하였으며, 대여금 OOO원에 대해서는 아래 ＜표1＞과 같이 이를 업무무관가지급금으로 보아 2014∼2018년 인정이자 및 지급이자 관련 세무조정을 하였다.

＜표1＞ 청구법인의 세무조정 내역

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다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.7.4.부터 2024.10.25.까지 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시하여, 청구법인이 2019사업연도 법인세 신고 시 ‘D 파산확정’을 사유로 2014년부터 손금불산입하였던 쟁점채권 금액을 대손금으로 손금(△유보)처리하고, 인정이자 및 지급이자 관련 세무조정을 중단한데 대해, 청구법인이 특수관계인 D에 대한 업무무관가지급금을 대손처리한 것으로 보아 이를 익금산입(기타)하여 2024.12.2. 2019사업연도 소득금액 OOO원을 증액하였다(결손법인으로 해당 사업연도에 부과된 법인세는 없음).

라. 청구법인은 2025.2.28. 조사청의 쟁점채권에 대한 결손금 증액경정으로 인하여 이와 연동된 2014사업연도 과세표준이 증액되었으므로 이는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하고, 쟁점채권 금액은 법인세법령에 따른 대손요건을 충족한다면서 이를 손금에 산입하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.4.16. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조사청의 2019사업연도 소득금액 증액경정으로 인하여, 청구법인의 2014사업연도 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준을 초과하였으므로 이는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 따른 2014사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

처분청은 이 건 2019사업연도에 대한 ‘대손금 부당 손금 계상액 부인’은 단순 손익귀속시기 차이에 따른 증액경정이 아니므로 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고 경정청구기한을 5년여 경과하여 제기한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이나, 후발적 경정청구로 인한 손금 여부는 쟁점채권이 청구법인의 업무와 관련된 자산인지 여부에 따라 달라지는 것이고, 청구법인이 주장하는 2014사업연도 손금에 대한 후발적 경정청구는 쟁점채권이 업무무관 가지급금인지 여부의 판단에 따라 결정되는 것이므로 이 건 2014사업연도 법인세에 대한 청구법인의 후발적 사유에 따른 경정청구는 적법하다.

(2) 쟁점채권의 발생 경위, 목적, 사업 기여도 등을 고려하면 이는 청구법인의 업무와 관련된 것이므로 쟁점채권은 업무무관가지급금에 해당하지 아니한다.

(가) 「법인세법」에서는 “채권의 업무 관련성”은 법인의 목적사업과 실제 영업 내용을 고려하여 자금 대여의 목적, 경위, 실제 사업 기여도 등을 종합하여 판단하도록 해석하고 있는데, 청구법인과 D은 3D 입체영상 디스플레이 제품을 공급(이하 “3D 사업”이라 한다)하는 동일한 사업 목적을 가진 법인으로, D은 3D 제조기능을 수행하고, 청구법인은 3D 제품 판매 기능을 수행하는 수직계열화 법인에 해당하며, 청구법인과 D은 공동으로 관련 기술을 개발하고 특허를 보유하고 있어, D의 제조 기능은 청구법인과 별도로 존재하는 것이 아니라 유기적으로 연관된 공동사업 성격을 가지고 있다.

(나) 업무 관련 여부는 “해당 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단”하도록 하고 있고(법인세법 집행기준 28-53-2), 대법원에서도 업무관련성은 “해당 법인의 목적사업과 실제 영업 내용을 전제로 자금 대여의 목적, 경위, 실제 사업 기여도 등을 종합하여 실질적으로 판단”해야 한다고 판시해왔다(OOO).

(다) 청구법인은 2004년부터 3D 사업을 신규 사업으로 고려하였는데, 당시 D 역시 3D 디스플레이의 제조를 주된 사업으로 영위하였으므로, 청구법인과 D은 목적사업이 동일하여 청구법인은 3D 사업 제조라인과 기술력을 보유한 D에게 제조기능을 온전히 위탁하였고, D과 ‘입체영상 디스플레이장치’ 관련 특허권을 공동으로 취득하는 등 기술적으로 긴밀하게 결합된 관계를 형성하였다.

1) 청구법인과 D은 아래 ＜표2＞와 같이 2008년부터 2013년까지 동일한 3D 사업을 영위하였으며, D은 청구법인의 위탁제조처로 3D 사업의 효율적 진행을 위해 청구법인은 3D 사업의 영업망 개척 등 판매·유통 기능을 담당하고 제조기능은 D에 위탁하였고, 이를 통해 청구법인과 D간에는 동일한 영업 목적이 있었음을 알 수 있다.

＜표2＞ 청구법인과 D간 거래금액

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2) 청구법인과 D은 3D 디스플레이 기술의 핵심인 ‘입체영상 디스플레이장치’ 기술에 대한 공동 연구개발을 진행하였고, 그 결과로 해당 특허권을 공동으로 출원하였는바(출원일 2007.2.26., 공개번호 OOO), 이는 양사가 기술 개발 단계부터 긴밀하게 결합된 사업공동체였음을 의미한다.

3) 쟁점채권은 대여금, 전대 채권, 임대 채권으로 구성되어 있는데, 각 채권은 사업 확장을 위한 D의 생산라인 증설 및 운영자금 지원, 계열사 사옥 통합 운영, D의 제조기능을 유지한 채 유동성 개선을 위한 목적으로 발생하였고, 사용도 업무와 관련된 것이다.

① (대여금 채권) 청구법인은 2009년 이후 3D 제품의 수요가 폭발적으로 증가할 것이라 예상하였으며, 이를 위해 D은 수요를 충족시킬 수 있는 3D 패널 생산라인의 증설 투자가 필요하였다. 그런데, 아래 ＜표3＞과 같이 D은 기존 PMP 사업의 누적 손실이 계속됨에 따라 2008년부터 자금 부족 위기를 겪고 있어 D의 자금만으로는 생산라인의 증설 투자가 불가능했다.

＜표3＞ D의 순운전자산 현황

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D의 제품 생산이 뒷받침되지 않으면 청구법인의 3D 사업은 영위 자체가 불가능하였기 때문에, 청구법인의 대여금 지원은 필수적일 수 밖에 없었고, 대여금은 D의 생산라인 증설 투자와 사업 운영 경비로 사용되었으며, 해당 자금 지원을 기반으로 청구법인과 D의 3D 사업 매출은 폭발적으로 증가할 수 있었다.

② (전대 채권) 청구법인은 2009년 5월 흩어져 있는 계열사 사무실을 통합 운영하여 시너지를 증대시키고자 청구법인의 본점을 이전하고 일부 면적을 각 계열사에게 전대하였다. 이와 같은 청구법인의 결정에 따라, D도 연구, 관리 기능 인원을 청구법인의 본점 소재지로 이전하여 OOO를 설치하였으며, 청구법인과 D간 전대 채권이 발생하였다.

청구법인의 계열사 사무실 통합 운영에 따라, 청구법인과 D간 R＆D, 관리, 영업 등 유기적 협업을 통한 시너지가 창출되어 3D사업을 효율적으로 운영할 수 있게 되었다.

③ (임대 채권) D은 2010년 이후 급격히 악화된 3D 시장의 영향으로 2010사업연도에 상당한 영업손실을 기록하고, 2011 사업연도 중 자본잠식으로 전환되는 등 재무상황이 악화되었다. D은 재무구조 개선을 위해 유일하게 유동화가 가능하였던 공장 매각을 고려할 수 밖에 없었고, 청구법인은 D이 공장을 매각하게 되면 3D 사업 제조기능을 수행할 수 없게 되어, 이는 주력 사업 제품 생산이 중단됨을 의미하므로, 3D 사업의 계속적인 영위를 위해 D으로부터 공장을 매입하기로 결정하였다.

이는 D의 부실 자산을 떠안은 것이 아니라, 생산부지의 소유권을 직접 확보하고, D의 유동성 개선을 도모함으로써 결과적으로 청구법인의 3D 사업의 안정성 확보를 위한 지극히 합리적인 선택이었다.

이에 따라 청구법인은 공장을 인수한 후, 공장의 일부를 D에 재임대하게 되었고, 이는 수년간 쌓아온 노동력과 기술을 보유하고 있는 D에게 제조 설비를 사용하게 함으로써 청구법인의 핵심 자산을 가장 효과적으로 활용하기 위한 당연한 조치에 해당하는 바, 임대 채권 역시 업무 관련 자산에 해당한다.

(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.

(가) 처분청은 대여금의 사업 관련성은 대부분 내국법인의 본질적인 영업활동 중 일부를 해외 현지법인이 대신 수행한 경우에만 인정된다고 보아야 하고, 특수관계 내국법인간 자금대여는 사업 관련성이 없다는 의견이나, 조세심판원에서는 게임 판매업을 영위하는 법인이 게임 개발업을 영위하는 국내 자회사에게 개발 자금을 대여한 사안에 대하여, 그 자금 대여가 법인의 목적사업과 관련된 것으로 보아 업무관련성을 인정한 바 있다(조심 2015중3329, 2015.9.30.).

이와 같이 특수관계 있는 내국법인간 자금 대여라도 사업 목적상 반드시 자금 지원이 필요했다면 업무관련성이 인정되는 것인바, 쟁점채권 발생 당시 청구법인과 D은 3D 사업을 함께 영위하였고, 청구법인의 3D 사업을 영위하기 위한 유일한 생산기지가 D이었다는 점에서 D의 사업은 청구법인의 사업과 밀접히 연결되어 있다.

이처럼, 청구법인의 3D 사업 영위를 위해 제품 생산처인 D에게 쟁점채권을 지원한 것은 청구법인의 주력 사업 유지를 위한 핵심적이고 직접적인 경영 활동과 밀접히 관련되었으므로, 쟁점채권은 청구법인의 업무 관련 자산에 해당하는 것이 명백하다.

(나) 처분청은 쟁점채권이 발생한 이후 청구법인이 상당한 기간 동안 회수하지 않았으므로, 실질적으로 금전소비대차 거래로 전환되어 업무무관 가지급금에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 3D 사업 영위를 위해 D을 존속시켜야 했고, D의 자본잠식 상황과 유동성 위기를 고려하여 쟁점 채권의 회수를 강행할 수 없었다.

조세심판원에서는 “특수관계법인 간의 거래에서 발생한 매출채권이 통상의 지급기일 내에 회수되지 아니하였다 하여 무조건 업무무관 가지급금으로 간주되는 것은 아니고, 채권이 법인의 영업활동과 관련된 것인지 여부와 상대방 법인의 자금사정 악화 등 회수의 지연에 정당한 사유가 있었는지 여부 등에 따라 결정”된다고 판단하였다(조심 2018부3604, 2019.11.14. 참조).

D은 계속적인 적자로 재무상황이 개선되지 못하였고, 결국 2012.3.19. 상장폐지가 결정되었다. D은 3D 사업이 당초 예측과 달리 2010년 이후 급격히 시장이 축소되어, 2011사업연도에 자본잠식으로 전환되는 등 재무상황이 지속적으로 악화되었다. D은 2011년 3월 유동성 위기를 해결하기 위해 청구법인에게 생산공장을 매각하여 임차하여 사용하는 등 재무구조 개선을 위해 힘썼으나, 결국 2014.10.27. 서울중앙지방법원으로부터 비용부족으로 인한 파산폐지결정이 확정되었다.

청구법인이 쟁점채권 회수를 강행하였다면, D은 더 이상 사업을 지속할 수 없었을 것이고, 청구법인은 3D 사업 관련 제품을 생산할 수 없어, 주력 사업 전체를 붕괴시키는 더 큰 손실을 야기하였을 것이다. 청구법인이 쟁점채권 회수를 유예함으로써 D의 생산을 유지시키고, 이를 통해 장기적으로 3D 사업을 안정적으로 영위하는 것이 지극히 합리적인 경영상 선택이었다. 따라서, 위와 같이 청구법인이 쟁점채권 회수를 지연한데 정당한 사유가 있으므로, 이를 근거로 쟁점채권의 업무 관련성을 부인하여서는 아니된다.

(다) 처분청은 과거 법인세 신고 시 청구법인이 지속적으로 쟁점 채권을 업무무관가지급금으로 구분하여 인정이자 및 지급이자 손금불산입 세무조정한 것을 근거로 쟁점채권의 업무 관련성을 부인하고 있으나, 청구법인이 과거 법인세 신고 과정에서 보수적으로 쟁점채권에 대해 인정이자·지급이자 세무조정을 했다는 이유만으로 쟁점채권을 세법상 업무무관으로 구분할 수 없고, 해당 세무조정은 단지 청구법인이 쟁점채권의 대여 목적·거래를 면밀히 검토하지 못해 업무무관가지급금으로 처리한 것일 뿐, 세법상 권리·의무를 확정하는 근거가 될 수는 없다.

처분청은 ‘청구법인이 인정이자·지급이자 조정을 했으므로 스스로 업무무관임을 자인하였다’라는 의견이나, 같은 논리라면 2019사업연도에 청구법인이 쟁점채권을 업무 관련 채권으로 보고 손금산입한 의사표시 역시 존중되어야 한다.

조세심판원은 법인이 스스로 법인세 신고시 특수관계인에 대해 대여금 채권, 매출채권, 선급금 및 이자채권 등에 대해 지급이자 손금불산입 및 대손충당금 손금불산입 세무조정을 수행했더라도, 객관적 거래 내용 등을 근거로 해당 채권이 업무와 밀접히 관련되었다면 경정청구를 통해 업무 관련 자산으로 구분할 수 있다고 판단하였다(조심 2014서5710, 2015.9.25. 참조).

이처럼, 납세자는 착오에 의한 신고를 경정청구를 통해 바로잡을 권리가 있고, 과세관청은 그 실질에 따라 재판단하여 납세자가 과다하게 세금을 부담하였다면 이를 바로 잡아 납세자의 권리를 구제할 의무가 있는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 2019사업연도 쟁점채권 익금산입 처분에 대한 불복을 불복기간내에 제기하지 아니하고, 후발적 사유에 의한 2014사업연도 법인세 경정청구를 제기한 것은 부적법하다.

처분청은 2024.12.2. 청구법인에 2019사업연도 소득금액 OOO원을 증액경정 처분을 하였고, 이에 대해서는 「국세기본법」제68조에 따라 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(2025.3.2.)에 불복을 제기하여야 한다.

청구법인이 이에 대해 불복하지 아니한 채, 쟁점채권이 업무와 관련있음을 전제로 하여 쟁점채권 금액을 2014사업연도 손금으로 처리하여야 한다고 주장하면서 후발적 사유에 의한 경정청구를 제기하고 이에 대한 거부처분에 불복하여 제기한 이 건 심판청구는 부적법한 청구로서 각하되어야 한다.

(2) 청구법인의 경정청구는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다.

(가) 청구법인이 쟁점채권을 2019사업연도에 대손금으로 손금산입(△유보)한 것은 법률적 근거가 없다.

청구법인은 D이 2014.10.27. 서울중앙지방법원으로부터 ‘파산폐지결정’을 받은 것을 사유로 2014사업연도 법인세 신고시 결산서에 쟁점채권을 대손상각처리하고 쟁점채권이 업무무관가지급금에 해당하여 손금불산입(유보) 세무조정하였음에도 불구하고, 2019사업연도 법인세 신고 시에는 ‘파산확정’을 사유로 이를 손금산입하는 모순된 주장을 하였다.

세법상 대손금은 결산서에 비용으로 계상한 경우에만 손금으로 인정되는 것(결산조정사항)과 파산, 회생, 강제집행 등 특정 사유가 발생한 사업연도에 한해, 결산서에 비용 계상 여부와 무관하게 손금산입이 가능한 것(신고조정사항)으로 나뉘는바, 파산에 따른 대손금 손금산입은 신고조정사항으로서 그 사유가 발생한 사업연도에 한하여 결산서(또는 세무조정)상 비용(손금) 처리할 수 있음에도 청구법인이 아래 ＜표4＞와 같이 2019사업연도에 대손금 손금산입 세무조정한 것은 법률적 근거가 없다.

＜표4＞ 쟁점채권 처리과정

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이 건의 경우와 같이, 청구법인의 행위를 정당한 것으로 인정된다면 납세자는 언제든지 임의의 사업연도에 세무조정을 통하여 당초 사업연도로 거슬러 올라가 법인세 신고 또는 결정분을 경정청구를 할 수 있는 결과를 초래하게 되고, 이는 조세의 법률관계를 조속히 확정시켜 법률의 안정성 내지 예측가능성을 높이고자 하는 「국세기본법」제26조2 및 제45조의2의 입법취지에 어긋난다.

(나) 청구법인은 이 건 증액경정을 청구법인이 당초 2019사업연도의 손금으로 신고한 대손금을 2019사업연도가 아닌 2014사업연도의 손금으로 변경한 것이라고 주장하나, 청구법인이 2019사업연도에 손금으로 신고한 대손금은 청구법인이 이를 특수관계법인을 지원하기 위한 업무무관가지급금이라고 판단하여 손금불산입한 것이고, 조사과정에서 청구법인 및 세무대리인에게 이러한 점을 여러 차례 분명히 전달하였다.

청구법인이 수령한 세무조사 결과통지서를 보면 결정·경정 사유는 ‘대손금 부당 손금 계상액 부인’으로 근거 법령은 「법인세법」 제19조의2으로 기재하여 증액경정 사유를 청구법인이 명확히 알 수 있게 한 사실이 확인되고, 만약 청구법인의 주장대로 단순 손익귀속시기 차이에 따른 증액 경정이었다면 세무조사 결과통지서에 결정·경정 사유를 「법인세법」 제40조에 따른 ‘대손금 손익귀속시기 오류’로 기재하였을 것이다.

이처럼 청구법인은 조사청의 증액경정 사유가 단순 손익귀속시기 차이 조정이 아니라는 점을 명확히 인지하고도 후발적 경정청구 사유임을 주장하기 위해 사실과 다른 주장을 하고 있다.

(다) 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호는 조사청의 결정 또는 경정으로 인하여 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액이 변동된 경우에 적용되는 조항으로 손익귀속시기 차이 조정 과정에서 환급이 발생하는 과세기간의 부과제척기간이 경과한 경우에 적용되는 것으로서, 이 건 소득금액 증액경정 사유가 손익귀속시기 차이 조정이 아니라 업무무관가지급금에 대한 부당 대손처리를 부인한 것인 이상, 이는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다.

이 건의 경우 대손금의 손익귀속시기를 조정한 것이 아니라 청구법인이 2019사업연도 법인세 신고 시 쟁점채권 금액을 손금산입한데 대해 이를 업무무관가지급금으로 보아 해당 대손금을 손금불산입한 것이고, 이로 인해 이와 연동된 다른 과세기간의 과세표준이 변경된 사실도 없다.

또한 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호 이외에 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것은 심사ㆍ심판청구나 소송에 대한 판결(1호), 소득 등의 귀속을 제3자에게 변경시키는 경정 또는 경정(2호), 상호합의(3호) 등인바, 이 건 대손금 손금불산입은 이에 해당하지 아니한다.

따라서 청구법인이 후발적 경정청구 사유도 없이 2014사업연도 법인세 경정청구기한인 5년(2020.5.31.)을 경과하여 제기한 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(3) 청구법인의 경정청구는 후발적 경정청구의 요건을 갖추지 못하여 청구주장에 대해서 살펴볼 필요도 없으나, 설령 경정청구 요건을 갖추었다 하더라도 쟁점채권은 업무무관가지급금에 해당한다.

(가) 청구법인은 D의 최대주주가 된 후, 계열사 통합운영을 위해 청구법인 본사로 D의 OOO을 이전하고, D OOO공장을 매입하여 임대하는 등 D의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 특수관계인에 해당한다.

(나) 2009∼2012년 D의 재무상황을 보면, 아래 ＜표5＞와 같이 매년 고액의 결손이 발생하여 2011년에는 자본잠식되는 등 회사 운영 자체가 어려운 상황이었다.

＜표5＞ D 재무상황

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또한, D의 지분 20.95%를 보유한 최대주주인 청구법인은 아래 ＜표6＞과 같이 2008∼2013년 D에 총 OOO원을 대여하고, 매년 대여금 적수를 계산하여 업무무관가지급금에 대한 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하는 세무조정을 하였다.

＜표6＞ 청구법인 대여금 관련 세무조정 내역

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* 2014년 대여금 제각하여 대여금 잔액 OOO으로 표시함

(다) 청구법인이 D에 대한 대여금 인정이자 및 지급이자 관련 세무조정을 한 것은 D은 청구법인의 특수관계법인이고 대여금은 업무무관가지급금이라는 것을 청구법인 스스로 인정한 것이고, 2008∼2018사업연도 법인세 신고 시 위와 같은 세무조정을 반복해 오다가 이제와서 11년 동안 신고한 내용이 잘못된 것이었다고 주장하는 것은 자기모순적인 행태이다.

또한, 청구법인은 당시 D에 자금을 지원해 줄 수밖에 없었다고 주장하나, D에 대규모 자금을 지원한 이후 청구법인도 아래 ＜표7＞과 같이 적자 전환하고 대규모 결손이 발생하는 등 경영이 급속히 악화된 사실을 보면, 이러한 상황에 특수관계법인에 대한 대여금을 회수하지 않고 계속 방치한 결정은 경제적 합리성이 없는 결정이다.

＜표7＞ 청구법인 재무상황

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이와 같이 금융업 또는 대부업을 영위한 사실이 없는 청구법인이 D에 대여한 자금을 처음부터 업무무관가지급금으로 보아 인정이자 및 지급이자 세무조정을 하였고, 청구법인의 경영악화에도 불구하고 대여금을 미회수한 사실 등으로 보아 D에 대한 대여금은 업무무관가지급금에 해당한다.

(라) 청구법인은 D과 공동으로 관련 기술을 개발하고 특허를 보유하고 있어 쟁점채권이 업무관련성이 있다고 주장하나, 청구법인이 제시한 특허는 출원일이 2007.2.26.(특허등록일은 2009년)로서 이 건 D에 대한 대여금 지급은 2008년부터 시작된 사실을 감안하면, 설령 특허를 취득하기 위하여 공동 개발하였다고 하더라도 이는 쟁점채권과는 상관이 없다.

또한 청구법인은 임대 관련 매출채권은 청구법인의 영업과 관련하여 발생한 채권으로서 업무무관가지급금에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인의 D에 대한 임대 관련 매출채권은 청구법인이 당초부터 소유하고 있던 사무실·공장을 임대한 것이 아니라 D의 경영 악화로 청구법인의 사무실 일부를 전차하거나 청구법인이 D 공장을 매입한 후 임차하여 발생한 것이고, 당시 청구법인은 운영자금이 부족한 D을 지원하기 위해 자금을 대여해 주고 있었기 때문에, 사무실 전대 및 공장 매입 후 임차를 하지 않았다면 청구법인이 사무실 임차 및 공장 유지 관련 비용을 지급할 자금을 추가로 대여해야 하는 상황이었다.

따라서, D의 사무실을 청구법인의 사무실로 이전하거나 청구법인이 D 공장을 매입한 후 임차한 것은 단순히 청구법인의 매출을 증가시키기 위한 목적이 아니라 D의 사무실 임차 및 공장 유지 관련 비용을 외부로 유출시키지 않고 청구법인의 매출채권으로 남겨두어 사실상 자금을 지원하기 위한 것이므로, 업무무관가지급금에 해당하는 대여금의 연장선상에 있다.

＜표8＞ D 유형자산 내역

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또한, 아래 ＜표9＞와 같이 D의 2008∼2010년 감사보고서상 외부자금조달 요약표를 보면 2008년 회사채로 조달했던 자금이 청구법인 차입금으로 대체되었는데, 이는 D㈜가 2009년 적자 전환하면서 자금조달이 어려워지자 모법인인 청구법인에서 자금을 차입한 것으로 전형적인 업무무관 가지급금에 해당한다.

＜표9＞ D 외부자금조달 요약표 기말잔액

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한편, 청구법인은 서울고등법원 OOO 판결을 들어 ‘거래 상대방의 부도를 막기 위한 채권 회수 유예는 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다고 명확히 판시하고 있다’고 주장하나, 해당 사례는 매출채권의 약정회수기간은 3.5개월인데 대금회수를 1∼2개월 지연한 행위에 대해 부당행위계산부인 규정 적용한 건으로, 법원에서는 대금 회수시기를 조정하여 유일한 매출처의 부도를 막고 매출처의 경영상태가 호전되었을 때 채권을 회수하는 방식으로 거래를 유지할 충분한 동기가 있었다고 보았고, 매출채권 전체를 회수하기 위해 1∼2개월 정도의 단기간 매출채권 회수시기를 지연시키는 행위를 경제적 합리성이 결여된 행위라고 단정하기 어렵다고 판단한 것이지 매출처의 경영이 어려워 회수가 불가능한 상황에서 장기간 매출채권을 미회수한 경우까지 경제적 합리성이 있다고 판단한 것이 아니다.

청구법인은 대규모의 결손이 발생하여 대여금 및 매출채권 상환이 사실상 불가능한 자회사에 거액의 대여금을 지급하였고, 자회사의 공장을 인수 후 자회사에 공장을 재임대하면서 장기간 매출채권을 미회수하였다. 당시 D은 경영난으로 정상적인 법인 운영이 어려운 상황이었고 대주주인 청구법인 역시 이러한 사정은 누구보다 잘 알았을 것이다. 청구법인이 임대료 매출채권을 장기간 미회수한 것은 매출채권을 회수하기 위해 단기간 대금 회수 시기를 지연한 판례의 사례와는 전혀 사정이 다른 것이다.

청구법인의 임대료 매출채권은 청구법인이 자금대여, 공장 매입 등을 통해 부실 자회사인 D을 지원하는 과정에서 발생된 것으로 당초부터 임대를 통한 수익창출 목적보다는 자회사 지원 목적으로 임대가 발생하였고 임대 개시 시점부터 D의 경영악화로 정상적으로 임대료를 수취하는 것을 기대하기 어려운 상황이었기 때문에 이를 정상적인 매출채권으로 보기는 어렵다.

또한 청구법인은 D에 대한 대여금과 관련하여 이자수익을 미수수익으로 계상하고 있었는데, 이 또한 임대 관련 매출채권과 마찬가지로 사실상 자금을 대여한 것이므로 업무무관가지급금에 해당한다.

(4) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 답변은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 청구법인이 2014년 과세기간에 손금불산입하였다가 2019년 과세기간에 손금산입한 특수관계법인 D에 대한 대여금 및 매출채권 등 관련 대손금을 처분청이 2019년에 손금불산입한 것은 손익 귀속시기를 2019년이 아닌 2014년으로 변경한 것이므로 이는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 처분청은 청구법인이 2019년 과세기간에 손금산입 대상이 아닌 특수관계법인에 대한 업무무관 가지급금 관련 대손금을 손금산입한 것을 확인하여 이를 손금불산입한 것일 뿐, 해당 대손금이 손금산입 대상이라고 판단한 사실이 없다.

(나) 청구법인은 ‘손익귀속시기를 변경하는 경정’을 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호가 적용되는 후발적 경정청구 사유의 대표적 사례라고 주장하면서 처분청이 2019년 과세기간에 업무무관가지급금 관련 대손금을 손금불산입한 것이 이에 해당한다고 주장하나, 해당 대손금은 2014년이든 2019년이든 손금불산입 대상이므로 당초 청구법인이 해당 대손금을 손금불산입하여 2014사업연도 법인세를 신고한 것은 소득처분을 기타사외유출로 하지 않고 유보로 한 것을 제외하면 과세표준 및 세액은 정상이고, 청구법인이 2019사업연도 법인세 신고를 하면서 손금산입이 불가능한 업무무관가지급금 관련 대손금을 손금산입하여 과세표준 및 세액이 과소신고된데 대해 처분청이 이를 경정한 것이다.

따라서 2019사업연도 법인세 과세표준 및 세액이 증액되었더라도 2014년 과세기간의 과세표준 및 세액에 변화가 없으므로 이는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하고, 2014사업연도 법인세 경정청구 기간을 경과하여 제기한 이 건 심판청구는 각하되어야 한다.

(다) 청구법인은 ‘경정으로 인한 과다 사실을 납세자가 인지했는가’가 후발적 경정청구 사유 발생의 핵심이라고 주장하나, 청구법인이 원용한 사례(심사법인-2017-0009, 2017.7.24.)는 무형자산 감가상각비의 손익귀속시기 경정 관련 사례이고, 법인이 대표이사에게 지급하고 손금 계상한 수익분배금의 손익귀속시기 경정 관련 사례(조심 2021서2316, 2021.11.24.)는 이 건과 사실관계가 달라 원용하기 어렵다.

또한 위 사례에서 후발적 경정청구 사유가 인정된 것은 처분청의 경정에 따라 실제로 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액이 과다신고된 것으로 인정된 것이고, 실제 과다신고 여부와 관계없이 납세자가 과다신고 되었다고 인지했다고 후발적 경정청구 사유를 인정한 것이 아니다.

(라) 청구법인은 특수관계법인 D에 대한 대여금 및 매출채권 등이 청구법인의 3D 입체 디스플레이 매출과 관련된 것으로 청구법인의 업무와 관련성이 있다고 주장하나, D에 대한 대여금 잔액 OOO원은 2011년 7월 이후에 급여 지급, 차입금 상환, 이자 지급 등에 사용되었고, 당시 D은 매년 대규모 결손이 발생되어 법인 지속이 불투명한 상황이었는데, D㈜의 제품을 매입하여 판매하는 도매상 역할을 하는 청구법인이 상환 여부가 불분명하여 외부 자금차입이 불가능한 D에 거액의 자금을 대여한 것을 영업활동과 밀접한 관련이 있는 행위라고 보기는 어렵다.

(마) 청구법인은 제조업체인 D이 경영난으로 제품을 생산하지 못하면 판매법인인 자신의 매출이 감소할 수 있으므로, D의 운영경비를 지원하고 매출채권을 지연회수한 것이 모두 자신의 업무와 관련이 있다고 주장하나, 판매법인의 본질적인 영업활동은 양질의 제품을 경쟁력 있는 가격에 매입하여 최대한 높은 가격에 팔기 위해 아이템·매입처·매출처를 발굴하고 판매촉진 활동을 하는 것이지 특수관계법인의 운영경비를 지원하는 것까지 판매법인의 본질적인 영업활동으로 보는 것은 업무 관련성을 무한대로 확장하여 사실상 업무무관가지급금에 대한 제재를 무력화 시키는 것이고, 청구법인 또한 2014사업연도 법인세 신고 시 D에 대한 대여금 등에 대한 대손금을 업무무관 가지급금으로 보아 손금불산입하였고, 대손금에 대해서는 계속하여 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 세무조정을 한 것이다.

또한 청구법인은 2019년 업무무관 가지급금에 대한 대손금을 손금불산입한 것을 두고 처분청이 법적 안정성을 훼손한 것이라고 주장하나, 거래 상대방인 D은 청산되고 부과제척기간 및 경정청구기한도 도과하여 법적 관계가 확정된 사안에 대해 사실관계가 전혀 다른 사례를 들어 청구법인 스스로 수 년 동안 지속해 온 세무조정 내용까지 부정하면서 확정된 법적 관계를 변경해달고 주장하는 것이야말로 법적 안정성을 훼손하는 것이라 하겠다.

(바) 청구법인은 D이 제조한 제품을 100% 청구법인에게 공급하였다고 주장하나, 청구법인 감사보고서를 보면 아래 ＜표10＞과 같이 D의 청구법인향 매출 비율은 5.6%∼ 70.4% 수준인 것으로 확인된다.

＜표10＞ D 매출 및 대여금 내역

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(사) 청구법인이 제시한 조심 2015중3329 사건은 본인의 업무와 관련하여 개발을 목적으로 100% 자본을 투자하여 직접 설립한 법인에 대하여 대여한 사항이고, 2018부3604 사건은 제조 및 판매를 위하여 100% 자본을 투자하여 설립한 해외 현지법인에 대여한 사항으로 국세청 집행기준(28-53-2) 및 조세심판원 결정(조심-2020-서-7912, 2022.1.27. 외 다수)을 근거로 채권의 지연회수가 정당한 사유가 있다면 업무무관가지급금으로 볼 수 없다는 취지로 결정한 것으로서, 이 건과 같이 기존에 설립되어 있던 법인을 20% 지분투자한 법인에 대한 대여와 동일선상에서 비교될 수 없으므로 이 건에 원용하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 처분청의 쟁점채권에 대한 2019사업연도 소득금액 증액경정이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

② 쟁점채권이 업무무관가지급금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

(2) 법인세법

제19조의2【대손금의 손금불산입】① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액[이하 “대손금”이라 한다]은 대통령령으로 정하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다.

2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 가지급금 등. 이 경우 특수관계인에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 한다.

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

나. 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 법인세법 시행령

제19조의 2【대손금의 손금불산입】① 법 제19조의2 제1항에서 “채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1.∼7. (생략)

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권

제53조【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

※ 「국세기본법」기본통칙 45의2-0··1【후발적 사유에 의한 경정청구】(2019.12.23.)

손익의 귀속시기를 변경하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 것은 법 제45조의 2 제2항 제4호의 사유에 해당한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 2008∼2013년 청구법인은 아래 ＜표11＞과 같이 D에 OOO원을 대여하였고, 이 중 미회수한 OOO원을 2014년 장부상 제각처리 하였다.

＜표11＞ D 대여금 거래 내역

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(나) 청구법인은 아래 ＜표12＞와 같이 2008∼2013년 D 대여금에서 발생하는 이자수익 OOO원을 미수수익으로 계상하였다가 OOO원을 상계하고 OOO원을 미회수하여 2014년 장부상 제각처리 하였다.

＜표12＞ D 미수수익 거래 내역

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(다) 청구법인은 2008∼2013년 D에 대한 상품, 임대료 등 관련 매출채권 OOO원이 발생하였고, 이 중 OOO원은 상계하고, 미회수한 OOO원(임대료 관련 매출채권)은 아래 ＜표13＞과 같이 2014년 장부상 제각처리 하였다.

＜표13＞ D 매출채권 거래 내역

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(라) 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고 시 D에 대한 대여금 등 대손금 OOO원을 손금불산입(유보)하고, 대여금 OOO원에 대해서는 기존과 동일하게 업무무관가지급금으로 보아 2014∼2018년 인정이자 및 지급이자 관련 세무조정을 하였다.

(마) 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시 ‘D 파산확정’을 사유로 2014년 손금불산입한 대여금 등 대손금 OOO원을 손금산입(△유보)하고, 인정이자 및 지급이자 관련 세무조정을 중단하였다.

(바) 조사청은 2024.10.29. 청구법인에 「법인세법」 제19조의2(대손금의 손금불산입)를 근거법령으로 하여 대손금 부당손금 계상액 OOO원을 부인하는 내용의 세무조사결과 통지를 하였고, 이에 따라 처분청은 2024.12.2. 청구법인의 2019사업연도 법인세 소득금액 증액경정을 하였다.

(사) 청구법인은 2025.2.28. “처분청의 2024.12.2.자 2019사업연도 법인세 증액경정에 따라 증액경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 과세기간(2014사업연도)의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 경우(「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호)로서 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월(2025.3.2.) 이내 2014사업연도에 대하여 쟁점채권을 손금에 산입하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 후발적 사유에 의한 경정청구”를 제기하였다.

(아) 처분청의 2025.4.11.자 경정청구 처리결과 통지(2025.4.16. 송달) 공문에 의하면, 처분청은 “2019년 과세기간 대손금 손금 추인액은 업무무관가지급금에 해당하므로, 2014년 과세기간 경정청구에 대한 환급할 세액이 없어 경정청구를 기각”하였다.

(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) D은 2000년 2월 TFT-LCD모니터 제조업을 주된 사업으로 하여 설립된 법인으로, 2002년 8월 코스닥시장에 상장되었다가 2012년 4월에 상장폐지 되었고, 2014년 4월에 파산선고 및 2014년 10월에 파산폐지결정을 받았으며, 청구법인은 2008년부터 파산폐지 시까지 D의 최대주주로서 D의 지분 중 20.95%를 보유하고 있었다.

(나) 청구법인은 2009년 5월 계열사 통합운영을 통한 시너지 증대 및 공통 비용 절감 목적으로 본점 소재지를 변경하였고, 이에 따라 청구법인의 계열사인 D도 2009사업연도에 청구법인의 본점 소재지 건물 내 특정 구역을 전대차하는 계약을 체결하여 OOO을 추가 설치하였다.

(다) 위 전대차계약과 관련하여 청구법인은 D으로부터 받아야 할 전대차 대가를 아래 ＜표14＞와 같이 매출채권으로 계상하였다.

＜표14＞ 전대수입 매출채권 잔액

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(라) 청구법인은 2011년 3월 D의 오창공장을 아래 ＜표15＞와 같이 양수하였다.

＜표15＞ 청구법인-D 간 OOO공장 양수도 내역

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(마) 청구법인은 위 매입한 OOO공장을 D에 아래 ＜표16＞과 같이 재임대하고, 이와 관련한 임대료를 아래 ＜표17＞과 같이 매출채권으로 계상하였다.

＜표16＞ 청구법인-D 간 OOO공장 임대차 내역

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＜표17＞ 2011∼2012사업연도 임대수입 매출채권 잔액

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(바) D의 적자 발생으로 청구법인은 D에 사업 자금을 지원하고 아래 ＜표18＞와 같이 이를 대여금으로 계상하였다.

＜표18＞ 2008∼2013사업연도 사업자금 대여금 잔액

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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제45조의2 제2항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.”고 규정하면서, ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’(제4호), ‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때’(제5호) 등을 후발적 경정청구가 가능한 사유로 들고 있다. 한편 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 있다(OOO).

청구법인은 특수관계인 D에 대한 쟁점채권 금액을 대손금으로 손금산입(△유보)처리한데 대해 처분청이 이를 익금산입(기타)하여 2019사업연도 소득금액 OOO원을 증액경정함으로 인해 2014사업연도 과세표준 및 세액이 증가하게 되었으므로 이는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에서 정하고 있는 후발적 사유에 해당하고, 쟁점채권 금액은 대손요건을 충족하므로 이를 손금에 산입하여 2014사업연도 법인세를 환급하여야 한다고 주장하나,

후발적 경정청구 사유를 규정한 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호는 경정 과세기간의 소득으로 과세됨에 따라 다른 과세기간에 대해 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 과다해져 결과적으로 이중으로 세금이 부과되는 경우 경정청구 기간이 경과한 과세기간의 경정을 구할 수 있게 한 것인바, 이 건의 경우 청구법인이 2019사업연도 법인세 신고 시 2014년부터 손금불산입하였던 쟁점채권 금액을 임의로 대손금으로 손금산입(△유보)하고, 인정이자 및 지급이자 관련 세무조정을 중단한 것을 처분청이 부인함으로써 2019사업연도 소득금액이 증액되었다 하더라도 이로 인해 쟁점채권에 대한 사실관계의 판단 및 법령 등의 적용이 달라진 사실이 없으므로, 위와 같은 처분청의 조치로 인하여 2014사업연도에 신고한 과세표준 및 세액의 산정기초에 후발적인 변동이 생겨 그 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 된 때에 해당한다고 할 수 없다 하겠다.

따라서 적법한 경정청구 사유 없이 국세부과제척기간이 경과되어 경정이 불가능한 2014사업연도 법인세를 환급하여 달라는 취지로 제기한 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

또한 쟁점②는 쟁점①이 각하됨에 따라 별도로 심리할 실익이 없어 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.