이유
1. 처분개요
가. 청구법인들은 2014.3.12. 공동으로(지분 50:50) 서울특별시 중구 OOO 일대의 OOO 도시환경정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)의 사업시행인가를 받고, 아래 ＜표1＞과 같이 관리처분계획인가, 준공인가 및 관리처분계획(변경)인가 등을 받았다.
＜표1＞ 이 건 정비사업 사업시행인가 등 내역
○○○
나. 청구법인들은 2017.9.28. 신축한 건축물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대한 준공인가를 받은 다음, 이 건 정비사업의 관리처분계획상 환지로 정해진 부분(건축물 4,816.74㎡ 및 그 부속토지로 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 처분청에 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
다. 청구법인들은 2019.11.25. 처분청에 쟁점부동산을 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따른 감면대상인 환지로 취득하는 부동산으로 보아 기 신고·납부한 취득세를 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.1.9. 이를 거부하였다.
라. 청구법인들은 이에 불복하여 2020.4.7. 이의신청을 거쳐, 2020.9.25. 심판청구를 제기하였는데, 우리 원은 2023.12.28. 재조사 결정(이하 “종전결정”이라 한다)을 하였다.
마. 처분청은 2024.2.23. 종전결정의 취지에 따른 재조사를 실시하지 아니하고, 대법원 판례(대법원 2014두38262, 2014.10.15.)의 취지에 비추어 볼 때 이 건 정비사업의 실질적인 청산금은 사업경비인 신축비용이 되어야 한다는 취지로 당초 처분을 유지하는 결정을 하였다.
바. 청구법인들은 이에 불복하여 2024.5.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
조세심판원은 종전결정에서 재조사 결정을 하였음에도 불구하고, 처분청은 재조사 결정의 취지에 따른 조사를 전혀 하지 않고 당초 처분을 유지하였는바, 이는 재조사 결정의 기속력에 반하는 위법한 처분이다.
대법원은 “재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다”고 판시한바 있다(대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결 참조).
조세심판원 또한 같은 취지에서 “재조사 결정 이후 처분청이 특별한 사정 없이 다시 종전과 같은 내용의 부과처분을 한 사안에서, 이는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 반하는 것이라는 점 등을 이유로 위법한 처분”이라고 판단한바 있고(조심 2014광4348, 2015.8.11.), 재조사 결정에도 불구하고 처분청이 추가적인 재조사 없이 관계기관에게 질의만을 한 후 그 회신결과에 따라 원처분을 유지하는 결정을 한 것은 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다고 결정한 바 있다(조심 2022관39, 2023.2.7.).
종전결정 이후, 처분청은 재조사 결정 취지에 따른 조사를 전혀 하지 않았고, 종전결정과는 무관한 대법원 판결의 취지 및 개정 지방세법령의 내용 등을 이유로 청구법인들에게 기존 처분을 유지한다는 취지의 재처분 결과를 통보하였는데, 이는 처분청이 재조사 결정(종전결정)에도 불구하고 결정의 취지에 따른 재조사 없이 이루어진 재처분에 해당한다.
다만 2023.3.14. 법률 제19229호로 일부개정된 「지방세기본법」은 제96조 제5항에 “재조사 결과 신청인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 해당 신청의 대상이 된 당초의 처분을 취소·경정하지 아니할 수 있다”라는 규정을 신설하였다. 그리고 「지방세기본법 시행령」제64조 제7항은 위 법률 조항이 정하고 있는 “신청인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하고 있는 경우”를 (i) 신청인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초의 처분을 유지할 필요가 있는 경우, (ii) 신청인의 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우 두 가지로 한정하여 규정하고 있다.
위와 같은 규정이 신설되기 전 법원의 판례와 조세심판원의 결정 취지에 따르더라도 아무런 재조사를 하지 않고 이루어진 재처분은 그 자체로 위법한 것이고, 위 규정 신설 이후에는 위 두가지 사유가 존재하는 경우에 한하여 한정적으로 당초 처분 유지가 가능한 것임에도 불구하고 위 두 가지 사유와 무관한 사유로 당초 처분을 유지하는 결정을 한 것은 위법하다.
나. 처분청 의견
청구법인들은 이 건 정비사업 대상 토지의 소유자이자 사업시행자이므로, 청구법인이 환지를 취득할 당시 사업청산금의 부과라는 외형은 나타나지 아니하나, 실질적으로 청구법인이 부담한 사업경비가 사업청산금에 해당한다 할 것이므로, 당초 처분을 유지한 것은 정당하다.
「지방세특례제한법」제74조 제1항 제1호에서 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따른 정비사업의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대해서는 취득세를 면제하되, 다만 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 도시정비법 등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.
한편, 도시정비법 제55조 제2항 및 제57조에서 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 「도시개발법」제40조의 규정에 의하여 행하여진 환지로 보며, 대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우에는 사업시행자는 이전의 고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액(청산금)을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제60조 제1항에서 정비사업비는 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사업시행자가 부담한다고 규정하고 있다.
살피건대, 청구법인들과 같이 사업시행자가 토지등소유자여서 형식적으로는 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우가 아니라 하더라도, 「지방세특례제한법」제74조 제1항의 단서 및 제1호의 입법취지가 환지계획 등에 따른 취득 부동산 가액이 종전 부동산의 가액보다 증가된 재산의 취득이라는 실질에 담세력을 인정하고, 그에 따른 청산금에 상당하는 부동산을 포착하여 취득세를 과세하는 데 있다 하겠는바, 청구법인의 경우, 청산금의 부과라는 외형은 달리 나타나지 않지만, 청구법인이 사업경비를 부담하여 환지 부분을 취득하면서 종전 소유 부동산의 가액보다 증가된 재산을 취득하였다는 실질적인 면을 부정할 수는 없다 할 것이고, 이 건 정비사업의 시행으로 청구법인이 취득한 환지 부분에 해당하는 부동산은 「지방세특례제한법」제74조 제1항의 단서 및 제1호가 적용된다고 보아야 한다. 따라서 청구법인이 이 건 정비사업으로 취득한 환지 부분의 부동산 가액이 그에 해당하는 종전 소유 부동산 가액의 합계액을 초과한 금액에 상당하는 부분에 대하여는 취득세 과세대상으로 봄이 타당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
종전결정에도 불구하고 처분청이 당초 원처분을 그대로 유지한 것은 재조사결정의 기속력에 반하여 위법하다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 청구법인 주식회사 AAA는 1969.5.28. 부동산 임대업 등을 목적으로 설립되었고, 청구법인 BBB 주식회사는 부동산 매매 및 임대업 등을 목적으로 하여 설립된 법인이다.
(나) 이 건 정비사업은 청구법인들이 50:50 지분으로 한 토지 등 소유자이자 사업시행자이다.
(다) 이 건 정비사업의 관리처분계획에 의한 환비 및 체비지 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.
＜표2＞ 관리처분계획에 따른 환지 및 체비지 현황
(단위 : ㎡, %)
○○○
(라) 청구법인들은 2014.9.19.과 2017.9.28. 이 건 정비사업의 준공인가를 득한 후, 아래 ＜표3＞과 같이 2014.11.24. 및 2017.11.23. 체비지에 대하여는 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따라 취득세 등을 면제받고, 환지 등의 부분에 대하여는 취득세 등을 신고·납부하였다.
＜표3＞ 청구법인들의 취득세 등 신고·납부 내역
(단위 : 원)
○○○
(마) 청구법인들은 2019.11.25. 쟁점부동산에 관하여 처분청에 기 신고·납부한 취득세 등은 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따른 감면대상인 환지로 취득한 부동산으로 보아 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.1.9. 이를 거부하였다.
(바) 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였으며, 우리 원은 종전결정(조심 2021지436, 2023.12.28.)에서 재조사 결정을 하였다.
(사) 처분청이 우리 원의 재조사 결정에 따른 처분을 할 당시 작성한 내부결재 문서의 내용은 아래와 같다.
＜처분청 내부문서 내용 중 발췌＞
○○○
(아) 한편, 이 사건과 동일 쟁점에 관한 선결정례를 확인한바, 청구법인 ○○○ 사건[조심 2019지1026·2020지412(병합)]에서 우리 원은 종전결정 내용과 동일한 취지로 재조사 결정을 한 바 있고, 위 사건에서 처분청이었던 서울특별시 **구청장은 재조사를 실시한바 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 재조사 기속력에 관한 주장과 관련하여 구체적인 의견은 제시하지 아니하면서, 종전결정에서 제시한 의견을 그대로 반복하고 있으며, 다만 처분청이 제출한 내부문서에 의하면 이 건의 경우 초과액의 산정기준과 방법이 불명확하여 재조사가 불가능하다는 취지로 기재되어 있다.
그러나, 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로(대법원 2010.6.25. 선고, 2007두12514 전원합의체 판결 참조), 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다고 보아야 하고, 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 할 것(대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결 등)이다.
이러한 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 우리 원은 종전결정에서 청산금(환지계획 등에 따라 취득한 부동산의 가액 합계액에서 종전의 부동산 가액의 합계액을 뺀 금액)의 존재 여부 및 그 금액을 재조사하여 그 청산금에 해당하는 부동산에 대하여 취득세 등을 부과하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하라는 결정을 하였음에도 불구하고, 처분청은 과세표준을 사실상 증명하기 어렵다는 이유를 들어 재조사를 실시하지 아니하였는데, 동일 쟁점에 관한 다른 사건에서 과세관청은 청산금을 산정한바 있으므로 재조사가 어렵다는 취지의 처분청의 판단은 받아들이기 어려운 점, 결국 처분청은 우리 원의 종전결정 내용에도 불구하고 재조사를 실시하지 아니하고 이 사건에 와서도 종전결정에서 주장했던 의견을 되풀이하는 등 사실상 종전결정이 지적하고 있는 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것으로 보이는 점 등에 비추어보면, 처분청이 재조사를 실시하지 아니하고 당초 처분을 유지한 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 봄이 타당하다.
따라서, 처분청이 종전결정에도 불구하고 당초 결정을 유지한 것은 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하므로 취소되어야 할 것인바, 처분청이 청구법인들에게 한 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법
제96조(결정 등) ⑦ 심판청구에 관하여는 이 법 또는 지방세관계법에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」 제7장 제3절을 준용한다.
(2) 국세기본법
제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우
나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우
다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우
라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우
마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.
3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.
② 제1항의 결정은 심사청구를 받은 날부터 90일 이내에 하여야 한다.
③ 제1항의 결정을 하였을 때에는 제2항의 결정기간 내에 그 이유를 기재한 결정서로 심사청구인에게 통지하여야 한다.
④ 제63조 제1항에 규정된 보정기간은 제2항의 결정기간에 산입하지 아니한다.
⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.
⑥ 처분청은 제1항 제3호 단서 및 제5항 전단에도 불구하고 재조사 결과 심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 해당 심사청구의 대상이 된 당초의 처분을 취소ㆍ경정하지 아니할 수 있다.
⑦ 제1항 제3호 단서, 제5항 및 제6항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제80조(결정의 효력) ① 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.
② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.
제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.
(3) 국세기본법 시행령
제52조의3(재조사 결과에 따른 처분의 통지 등) ① 처분청은 법 제65조 제5항(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 재조사 결과에 따라 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정을 하거나 필요한 처분을 하였을 때에는 그 처분결과를, 법 제65조 제6항에 따라 당초의 처분을 취소ㆍ경정하지 않았을 때에는 그 사실을 지체 없이 서면으로 심사청구인(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우에는 이의신청인, 심판청구인 또는 과세전적부심사 청구인을 말한다)에게 통지하여야 한다.
② 법 제65조 제6항(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우를 포함한다)에서 “심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초의 처분을 유지할 필요가 있는 경우
2. 심사청구인의 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우
(4) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것)
제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 「도시개발법」에 따른 도시개발사업과 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획 등에 따른 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.
1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 「도시 및 주거환경정비법」등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산
2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다.
② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.
(5) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정되기 전의 것)
제35조(환지계획 등에 따른 취득부동산의 초과액 산정기준 등) ② 법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다.