이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.10.21. 경기도 성남시 OOO 지상에 공동주택 등 건축물 연면적 125,247.3389㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 취득하고, 2021.11.22. 그 취득가액 OOO원에 「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2021.10.22. 경기도 성남시 OOO 지상에 업무시설용 건축물 10,747.205㎡ 등[이하 위 건축물을 “이 건 업무시설”이라 하고, 도로(OOO) 가감속 차로 개설공사, 공원 내 노후시설 및 녹지 등 정비공사를 “이 건 공공시설”이라 한다]을 취득하고, 2021.10.22. 처분청으로부터 그 취득가액 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)에 대하여 「지방세법」제9조 제2항에 따라 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제받았다.

다. 처분청은 2024년 경기도 감사 결과에 따라, 쟁점비용이 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제5호에서 규정한 취득자 조건 부담액으로서 쟁점부동산의 취득가액에 포함된다고 보아, 2025.5.21. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 업무시설에 대한 공사비용인 쟁점비용은 쟁점부동산과 별개의 건축물 등에 대한 직접비용으로서 쟁점부동산의 취득세 과세표준에 포함될 수 없다.

대법원은 취득세 과세표준이 되는 취득가격에는, 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다. 하지만 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면, 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다고 하여 별개로 구분되는 물건이나 권리에 대해서는 다른 취득가격의 직접비용 내지 간접비용에 해당되지 않는다고 판시하여 왔다.

그런데, 이 건 업무시설은 쟁점부동산과 별개의 건축물 등에 해당하므로, 쟁점부동산 취득세 과세표준에 산입할 수 없다.

처분청은 2017.10.23. 도시관리계획(분당지구단위계획) 변경 결정하고 이에 대한 지형도면을 고시하면서, 당초 1개의 획지인 사업부지를 1획지(15,461.3㎡)와 2획지(1,004.2㎡)의 2개로 분할하고 1획지는 주상복합, 업무시설, 문화 및 집회시설을 권장용도로, 2획지는 종전과 동일하게 업무시설, 문화관련시설, 전략산업관련시설을 권장용도로 변경 결정하였다. 쟁점부동산이 위치한 곳의 위성사진을 보면, 이 건 업무시설과 쟁점부동산은 별도 구분된 획지에 별도의 건축물에 해당하는 사실을 확인할 수 있다.

또한, 쟁점부동산과 이 건 업무시설은 건축허가와 건축승인을 각각 별개로 받아 착공시기와 그 취득시기가 각각 다른 건축물이다. 쟁점부동산은 2017.12.26. 주택건설사업계획을 승인 받아, 2018.4.20. 착공 후, 2021.10.21. 사용승인 받았지만, 이 건 업무시설은 2018.1.23. 건축허가를 받아, 2018.6.30. 착공한 뒤, 2021.10.22. 사용승인 받았다. 즉, 쟁점부동산의 취득일은 2021.10.21.이며, 이 건 업무시설의 취득일은 2021.10.22.이므로 취득세 신고에 관한 신고기한조차 다르다.

한편, 청구법인은 이 건 업무시설을 신축한 후 2022년 1월 성남시에 기부채납하기 위해서 기부채납 신청서를 제출하였는데, 신청서에 기재된 이 건 업무시설의 사용계획은 ‘공공 목적의 AAA 기숙사 및 OOO’으로 기재되어 있고, 실제 성남시가 이 건 업무시설을 청구법인으로부터 기부채납 받아 청구일 현재까지도 ‘OOO’로 사용하고 있는 사실을 볼 때에도, 쟁점부동산의 효용과 별개로 구분하여 성남시의 공익적 목적을 달성하기 위해 신축된 것이 확인된다.

이 건 업무시설에 대한 신축비용은 이 건 업무시설에 직접적으로 자체의 효용을 증대시키는 비용이므로 이 건 업무시설에 대한 취득에 대한 직접비용일 뿐이지, 쟁점부동산에 대한 직접비용 내지 간접비용으로 볼 수 없다.

한편, 처분청은 이 건 업무시설 신축비용이 청구법인이 쟁점부동산을 신축하기 위해 공공기여로 부담한 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제5호의 ‘취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액’으로 보아 쟁점부동산의 취득비용에 포함된다고 판단하였지만, 「지방세법 시행령」제18조 제1항 각호에서 정하는 직접비용과 간접비용에 해당한다고 하더라도, 그 비용이 별개의 과세 물건을 취득하기 위한 직접적인 투입된 비용에 해당하는 경우에는 그 별개의 과세 물건의 취득가격에 포함하는 것이 타당하고, 그 물건이 아닌 물건의 취득가격에 포함할 수 없다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

조세심판원 또한 2019지3775 결정에서 “청구법인은 쟁점도서관 공사비를 쟁점부동산의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하고 있고, 청구법인이 재건축정비사업을 시행하면서 처분청에 구립도서관을 신축하여 기부채납한 후 구립도서관의 건축공사비 OOO을 과세표준으로 계산한 취득세 등을 별도로 신고하였다면(「지방세법」 제9조 제2항에 따라 비과세) 그 공사비는 쟁점부동산과는 별개의 부동산인 구립도서관의 취득가액을 구성하는 것이므로 이를 쟁점부동산의 취득가액에서 제외하여야 할 것이다.”라고 하여 청구인과 동일한 사안에서 기부채납한 시설의 취득가액을 구성하는 경우 다른 건축물의 취득가액에서 제외하여야 한다고 결정한바 있다.

(2) 이 건 공공시설은 쟁점부동산 외부의 도시계획시설에 해당하므로, 쟁점부동산 취득세 과세표준에 포함할 수 없다.

청구법인이 설치한 도로(OOO), 공원(주택근린공원)은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제6호 및 제13호에서 정하는 ‘기반기설’과 ‘공공시설’에 해당하며, 동법 제65조 제2항에서는 행정청이 아닌 개발행위허가를 받은 자가 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속된다고 규정하고 있다.

청구법인이 설치한 이 건 공공시설은 쟁점부동산 단지 외부의 토지에 설치되어 신축 건축물에 부착되어 일체로서 효용가치를 이루고 있지 않으며, 이 건 공공시설은 쟁점부동산 입주자들 뿐만 아니라 주변에 거주하는 거주민들도 이용하는 시설이므로 그 효용과 편익이 반드시 쟁점부동산 입주자들에게만 국한되어 건축물 가치 증가에 기여한다고 볼 수 없다.

따라서 이 건 공공시설 설치비용은 쟁점부동산 외부에 존재하는 공공시설에 대한 공사비로써 해당 시설의 지목변경 비용 내지 토지의 구성원가에 불과하므로 쟁점부동산 취득가액에 포함된다고 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

「지방세법」제18조 제1항에서 말하는 “사실상 취득가격”에는 과세대상 물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액 등 실제로 당해 물건의 취득 대가로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득 절차비용도 간접비용이므로 사실상의 취득가격에 포함된다고 할 것이다(대법원 2009.9.10. 선고 2009두5343 판결, 참조).

청구법인은 처분청으로부터 쟁점부동산 주택건설사업 승인을 받기 위하여 이 건 공공시설 및 업무시설 신축에 쟁점비용을 사용한 것이며, 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용은 아니라 하더라도 청구법인의 경우 이 건 공공시설 및 업무시설을 기부채납하지 않고서는 인·허가권자로부터 쟁점부동산의 주택사업계획승인을 받거나 공사를 완료할 수 없었을 것이고, 따라서 쟁점비용은 취득자 조건 부담액에 해당한다 할 것이다.

위탁법인인 주식회사 BBB(이하 “위탁법인”이라 한다)의 이 건 공공시설 및 업무시설의 기부채납 제안에 따라 처분청은 2017.10.23. 한국가스공사 부지에 주상복합인 쟁점부동산을 건축할 수 있도록 용도변경하고 용적률 해제 등 도시관리계획을 변경 결정한 것이며, 그 결과 경기도 성남시 OOO 토지의 가치가 상승하는 한편, 청구법인은 처분청으로부터 2017.10.26. 주택건설사업계획승인을 받아 2021.10.21. 쟁점부동산 사용승인을 받게 된 것이므로, 기부채납 제안을 이행하는데 소요된 쟁점비용은 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제5호의 취득자 조건 부담액으로서 쟁점부동산을 취득하기 위한 필수적인 비용으로 간접비용에 해당한다 할 것이다.

한편, 서울고등법원 2024.4.18. 선고 2023누55308 판결은 오피스텔을 신축하여 취득하기 전에 경기도 고양교육지원청에 학교시설을 기부채납하기로 하는 협약을 체결한 사안에서, 학교시설 건축비가 오피스텔을 신축하여 취득하기 전에 그 지급원인이 발생하거나 확정된 것이므로, 학교시설 건축비는 오피스텔 취득세 과세표준에 포함된다고 판단한 바 있다. 이 사건에도 위 판례가 적용된다고 할 것인바, 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점비용은 쟁점부동산 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1999.6.15. OOO을 본점으로 하여 신탁 및 이와 관련된 건설사업, 유지·관리업, 판매업 등을 목적으로 설립되었고, 위탁법인은 2015.6.17. OOO을 본점으로 하여 주택건설 및 분양판매업 등을 목적으로 설립하였다.

(나) 위탁법인은 2017.8.29. 한국가스공사로부터 경기도 성남시 OOO 토지를 매수하고, 2017.10.20. 한국가스공사는 처분청과 지구단위계획 변경을 위한 조건으로 이 건 공공시설 등을 기부채납하기로 확약하였고, 처분청은 도시관리계획 결정 및 지형도면을 고시하였다.

(다) 위탁법인이 작성한 2017.11.20.자 기부채납 등 이행확약서에 따르면 위탁법인은 사업대상지의 토지소유권 및 지상권 등 권리관계 전반을 한국가스공사로부터 이전 승계하고, 이 건 공공시설 등의 기부채납 주체가 된 것으로 나타난다.

＜기부채납 등 이행확약서 내용 중 발췌＞

○○○

(라) 처분청은 2017.12.26. 쟁점부동산의 주택건설사업계획을 승인(OOO)하고, 이를 고시하였다.

(마) 처분청은 2018.1.23. 이 건 업무시설에 대하여 건축허가를 하였다.

(바) 처분청은 성남 도시계획시설 사업에 대하여 사업시행자(청구법인)지정 및 실시계획인가를 하였다.

(사) 청구법인은 2021.10.21. 쟁점부동산을 신축하여 취득하고, 취득세 등을 납부하였으며, 그 다음날인 2021.10.22. 이 건 업무시설 등을 취득하고 취득세를 기부채납에 따른 비과세로 신고하였다.

(아) 청구법인은 2022.1.7. 이 건 업무시설 등에 대하여 기부채납 계약 후 2022.1.25. 처분청에게 소유권이전등기를 경료하였다. 한편, 이 건 업무시설은 현재 ‘OOO’로 이용되고 있다.

(자) 쟁점비용 내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 쟁점비용 내역 등

(단위 : 원)

○○○

(차) 청구법인이 제출한 위성사진 등에 의하면, 쟁점부동산과 이 건 업무시설 사이에 경계가 나뉘어진 것으로 확인되고, 이 건 공공시설은 쟁점부동산 단지 외부에 위치한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 이 건 업무시설 및 공공시설을 기부채납한 것은 인·허가권자로부터 쟁점부동산을 신축하는데 필요한 용도변경 등을 받기 위한 것이므로 당사자 약정에 따른 취득자 조건 부담액으로서 사실상의 취득가격에 포함된다는 의견이다.

그러나, 「지방세법」제7조 제1항은 취득세는 부동산등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고, 「지방세기본법」제34조 제1항 제1호는 취득세는 과세물건을 취득하는 때 성립한다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 이 건 업무시설 등을 신축하여 취득한 때 청구법인의 취득세 납세의무는 성립한다 할 것이고, 다만 「지방세법」제9조 제2항에서 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으나, 위 규정은 문언상 청구법인의 취득세 납세의무 성립을 전제로 부과권자가 부과권을 행사하지 않겠다는 규정에 불과하므로, 이 경우에도 청구법인에게 이 건 업무시설에 대한 취득세 납세의무가 존재하지 않는다고 할 수 없다.

따라서, 청구법인이 처분청에 이 건 업무시설을 신축하여 기부채납하였다면, 이 건 업무시설의 공사비는 이 건 업무시설의 취득세 과세표준에 포함되고 결과적으로「지방세법」제9조 제2항에 따라 비과세되었다 하더라도 청구법인의 이 건 업무시설의 취득은 쟁점부동산의 취득과는 별개의 납세의무를 구성하는바, 이 건 업무시설의 공사비는 쟁점부동산과는 별개인 부동산인 이 건 업무시설의 취득가액을 구성하는 것일 뿐, 쟁점부동산을 취득하기 위한 비용이라고 볼 수도 없으므로, 이는 쟁점부동산의 취득가액에서 제외하여야 할 것이다(조심 2019지3775, 2020.5.28. 같은 뜻임).

또한, 이 건 공공시설은 쟁점부동산과 별개의 장소에 설치되어 공공의 용도로 사용되는 것으로서 그 효용과 편익이 쟁점부동산의 입주자들에게 국한된다고 볼 수 없으므로, 그 설치비용을 쟁점부동산의 취득가격으로 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2019지1912, 2019.6.28. 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 쟁점비용을 쟁점부동산의 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(연부)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32293호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(연부) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「문화예술진흥법」 제9조제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

8. 붙박이 가구·가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비·시설 등의 설치비용

9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성·설치하는 비용

10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용

(3) 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 과세물건을 취득하는 때