이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1979.6.21. 설립되어 주택건설업 및 전기공사업 등을 영위하는 중소기업으로, 2023사업연도 법인세 신고 시, 아래 ＜표1＞과 같이 「법인세법」 제76조의8에 따라 청구법인을 연결모법인, 청구법인이 지분의 100%를 보유한 주식회사 A, 주식회사 B를 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 2023사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였고, 2024사업연도 법인세 신고 시에는 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인이 지분의 100%를 보유한 주식회사 C을 연결자법인으로 추가하고, 과세표준을 OOO원으로 하여 2024사업연도 법인세 OOO원을 신고하였다.

＜표1＞ 2023사업연도 법인세 신고내역

(단위 : 원)

○○○

＜표2＞ 2024사업연도 법인세 신고내역

(단위 : 원)

○○○

나. 청구법인은 2024사업연도에 매출 감소 등으로 인하여 OOO원의 결손금이 발생하여, 2024사업연도 법인세를 신고하면서 아래 ＜표3＞과 같이 「법인세법」 제72조(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 2024사업연도 결손금 중 OOO원을 2023사업연도 법인세액에서 공제하여 2023사업연도에 납부한 법인세액 중 OOO원을 환급해달라는 취지의 환급신청을 하였으나, 처분청은 2025.7.22. 청구법인에게 환급신청 거부통지를 하였다.

＜표3＞ 환급신청세액 산출내역

(단위 : 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 「법인세법」 제76조의20(연결법인세액의 결정·경정 및 징수 등)을 근거로 하여 청구법인의 환급신청을 거부하였으나, 위 규정은 결정·경정·징수 등에 관한 절차적 규정일 뿐, 과세표준 및 산출세액을 계산하기 위한 실체적 규정이 아니다.

(가) 「법인세법」 제76조의20은 “각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정·경정·징수 및 환급에 관하여는 제66조(제3항 단서는 제외한다), 제67조, 제70조, 제71조, 제73조, 제73조의2 및 제74조를 준용한다”고 규정하고 있다.

「법인세법」 제76조의20에서 준용하고 있는 규정들을 살펴보면, 제66조(결정 및 경정), 제70조(과세표준과 세액의 통지), 제71조(징수 및 환급)는 법인세액의 확정 및 그 이후의 집행에 관한 절차적 규정에 해당하고, 제73조(이자소득 등에 대한 원천징수), 제73조의2(내국법인의 이자소득 등에 대한 원천징수), 제74조(원천징수영수증의 발급)는 이자소득을 지급하면서 원천징수에 관한 절차적 규정에 해당한다. 즉, 「법인세법」 제76조의20은 과세표준이나 세액을 실체적으로 결정하는 규정이 아니라, 관련 절차에 관해서만 규율하는 규정에 해당한다.

이처럼 연결납세방식에 대하여 별도의 절차규정을 둔 이유는, 연결납세제도는 연결모법인의 신고기한을 일반법인과 달리 “각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내”로 정하고 있고, 연결법인세액은 연결자법인들이 연결모법인에 지급한 후 연결모법인이 일괄 납부하며, 연결집단 내 법인들은 연대납세의무를 부담하는 등 일반적인 법인세 신고·납부와는 다른 특수한 절차를 따르고 있기 때문이다. 결국, 「법인세법」 제76조의20은 이러한 연결납세제도의 특수성을 고려하여, 일반적인 절차를 어떻게 적용할 것인지 명확하게 규정한 것이다.

(나) 「법인세법」 제76조의20이 절차적 규정인 것과 달리, 결손금 소급공제를 규정하고 있는 쟁점규정은 세액을 계산하는 실체적 규정에 해당한다.

쟁점규정은 환급 신청할 수 있는 금액을 “직전 사업연도의 법인세 산출세액”에서 “직전 사업연도 과세표준에서 소급공제할 결손금을 차감한 금액에 세율을 적용하여 계산한 금액”을 뺀 금액으로 규정하고 있다. 이는 환급액의 산정과 관련하여 과세표준과 세액을 계산하기 위한 구체적 내용을 정하고 있는 실체적 규정에 해당한다.

나아가 같은 법 시행령 제110조 제1항은 위 환급신청금액의 한도를 “직전 사업연도의 법인세 산출세액에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액을 차감한 금액”으로 규정하고 있어, 상세한 계산 방법을 정하고 있다.

이러한 법인세법령의 규정에 따라 「법인세법 시행규칙」 별지 제68호(소급공제 법인세액 환급신청서)에서는 납세자가 소급공제받을 결손사업연도의 결손금액과 그에 따른 환급신청세액 및 그 한도를 구체적으로 계산하여 기재하도록 정하고 있다.

이처럼 결손금 소급공제에 관한 법인세법령의 내용과 관련 서식은 쟁점규정이 단순한 절차에 관한 규정이 아니라, 소급공제할 결손금에 세율을 적용하여 환급신청세액을 산정하도록 하는 실체적 규정임을 명확히 보여준다.

결국, 「법인세법」 제76조의20은 확정된 세액을 어떻게 경정하고 징수할지에 관한 절차를 다루는 규정인 반면, 쟁점규정은 결손금을 소급하여 과세표준과 세액을 '새롭게 계산'하는 방법을 정한 실체적 규정이다. 따라서, 일반적인 징수·환급 절차를 규율하는 「법인세법」제76조의20에서 세액 계산 방법에 관한 쟁점규정을 준용대상으로 열거하지 않은 것은 너무도 당연하고, 이를 근거로 하여 쟁점규정의 적용 자체가 배제된다고 해석할 수는 없다.

(2) 「법인세법」 제76조의22(연결법인에 대한 중소기업 관련 규정의 적용)는 연결법인이 중소기업에 해당하는 경우, 법인세액을 계산할 때 중소기업 관련 규정을 적용하도록 명시하고 있으므로, 연결법인도 쟁점규정을 적용받을 수 있다.

(가) 「법인세법」 제76조의22는 제1항에서 “각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 연결집단이 「법인세법」 및 「조세특례제한법」에 따른 중소기업 또는 중견기업에 해당하는 경우에는 「법인세법」 및 「조세특례제한법」에 따른 중소기업 또는 중견기업에 관한 규정을 적용한다”고 규정하고 있고, 제2항에서 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우라도 “연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 중소기업에 관한 규정을 적용한다”고 규정하고 있다.

즉, 「법인세법」 제76조의22는 연결납세방식 적용 시 중소기업에 관한 규정의 적용 여부를 규율하는 조항으로, 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업 규정을 적용한다는 원칙을 정한 다음(제1항), 연결로 인해 중소기업 자격을 상실하게 되는 경우라 하더라도 일정기간 중소기업 규정을 적용한다는 예외까지 그 내용으로 담고 있다(제2항). 이는 모회사와 자회사가 경제적으로 단일체라는 연결납세제도의 취지를 반영하여, 연결집단이 중소기업 요건을 충족하면 「법인세법」 및 「조세특례제한법」상의 모든 중소기업 관련 혜택을 동일하게 적용하겠다는 원칙을 천명한 조항이다.

구체적으로, 위 규정은 2008.12.26. 법률 제9267호로 「법인세법」이 개정되면서 조세 중립성 확보와 경제적 실질에 따른 과세를 위하여 최초로 도입되었고, 2024.12.31. 법률 제20613호로 「법인세법」이 개정되면서 예외적 적용의 유예기간이 기존 3년에서 5년으로 확대되면서, 중소기업 외 중견기업에 대한 혜택 규정까지 포함되도록 확대되었다. 위 법률 개정이유에는 “중소기업에 해당하는 연결법인이 연결납세방식의 적용으로 중소기업 관련 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에도 중소기업으로 인정해주는 유예기간을 연장”하여 “중소기업에 대한 안정적 지원”을 강화하려 한다는 취지가 명시되어 있다. 즉, 「법인세법」 제76조의22는 중소기업 지원 정책과 연결납세제도의 조세 중립성을 확보하기 위한 조항으로, 연결집단 단위 과세의 실질을 반영하면서, 연결법인의 경우에도 중소기업에 해당하는 한 회사의 성장과 구조조정을 지원하여 연결중소기업에 대한 혜택을 강화한다는 데에 입법자의 의사가 확고하게 존재함이 분명하고도 일관되게 확인된다.

(나) 쟁점규정은 재무구조가 취약한 중소기업이 일시적인 경영난으로 결손이 발생한 경우, 직전 사업연도에 납부한 법인세액을 한도로 환급하여 유동성을 조기에 확보하고 경영 정상화를 지원하려는 조세 정책적 목적에서 인정된 제도이다(대법원 2003.7.25. 선고 2001두10721 판결 참조).

청구법인과 그 연결자법인들은 개별법인들은 물론 연결집단으로도 모두 중소기업 요건을 충족하고 있고, 2023사업연도 연결소득금액이 OOO원인 반면, 2024사업연도 연결소득금액은 OOO원으로 크게 감소하여 일시적 경영난에 처하게 되었다.

그럼에도 단지 연결납세방식을 적용하였다는 형식적 이유만으로, 중소기업에게 가장 절실한 유동성 지원 제도인 결손금 소급공제를 배제하는 것은 쟁점규정 및 「법인세법」 제76조의22의 입법취지를 근본적으로 훼손하는 것이다.

(다) 「법인세법」에서 중소기업에 대한 특례를 직접 언급한 조항은 쟁점규정뿐만 아니라, 제13조(과세표준), 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한), 제46조의4(분할 시 이월결손금 등 공제 제한)가 있는데, 쟁점규정을 제외한 나머지 규정들(제13조, 제45조, 제46조의4)에 관한 내용은 이미 제76조의13(연결과세표준) 제1항 단서에서 “이월결손금의 공제는 연결소득 개별귀속액의 100분의 80(중소기업 등은 100분의 100)을 한도로 한다”고 규정하여, 연결소득 계산 단계에서 이미 반영되도록 규정하고 있다.

따라서, 처분청 의견과 같이, 연결법인의 경우 쟁점규정 적용이 배제된다고 해석한다면, 「법인세법」 제76조의22에서 규정하고 있는 “이 법의 중소기업에 관한 규정” 문언에 불구하고, 이를 통해 실질적으로 적용 가능한 대상이 사실상 사라지게 되므로,「법인세법」 제76조의22를 무의미한 조항으로 만드는 결과가 되어, 입법취지에 반한다. 따라서, 위 법인세법령(쟁점규정, 제13조, 제45조, 제46조의4)의 체계적 해석과 제76조의22의 취지와 실효성을 보장하기 위해서라도, 중소기업 지원을 위한 실체 규정인 쟁점규정은 연결납세방식을 적용하는 중소기업에도 당연히 적용되어야 한다.

(3) 처분청의 이 건 처분은 중소기업으로 하여금 조직 개편을 어렵게 만들게 되므로, 연결납세제도의 도입 취지에 반한다.

기획재정부는 2008.12.26. 「법인세법」개정 시 연결납세제도를 도입하면서, “개별법인으로 과세하는 현행 제도하에서는 기업의 조직형태에 따른 법인세 부담이 달라져 경영환경의 변화에 따른 능동적인 조직변경이 어려우므로, 경제적으로 동일체인 모법인 및 자법인을 하나의 과세대상으로 하여, 기업의 조직선택에 있어 조세의 중립성을 보장하고, 이를 통해 기업이 경영환경에 탄력적으로 대응할 수 있게 되고, 경제적 실질에 맞게 과세하고자 한다”고 개정이유를 명확히 밝히고 있다.

그러나, 처분청 의견에 따르면, 회사 사업부문을 내부 사업부제로 선택하여 하나의 법인으로 신고하는 중소기업은 결손금 소급공제를 받을 수 있는 반면, 그와 경제적 실질이 동일함에도 불구하고, 회사 사업부문을 분사하여 별도의 법인으로 소유하면서 연결납세방식을 적용하는 중소기업은 결손금 소급공제를 받을 수 없게 된다. 이는 수익이 불확실하고 재무구조가 취약한 중소기업으로 하여금 사업부 분사와 같은 조직개편을 주저하게 만들고, 오직 세제 혜택을 위해 모기업으로 사업부를 다시 합병하도록 유도하는 등의 왜곡을 발생시킴으로써, 연결납세제도의 입법취지에 정면으로 어긋나는 결과를 초래하게 되는 것이다.

(4) 조세심판원도 이 건과 유사한 사건에 대하여, 연결납세제도의 합목적적 해석을 통해 관련 규정을 형식적으로만 해석하여 이루어진 부당한 처분을 취소한 바 있다.

(가) 조세심판원은 2018사업연도에 연결납세방식으로 법인세를 신고·납부한 중소기업이 2019사업연도에는 연결자법인 지분 매각으로 인해 개별납세방식으로 전환하여 법인세를 신고하면서, 2019사업연도에 발생한 결손금을 소급공제하여 환급신청한 것을 거부한 사건에 대하여, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다는 대법원 판례 법리(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결)에 따라, 다음과 같은 취지로 인용 결정하였다(조심 2021서620, 2021.10.25.).

1) 연결납세방식의 법인세 신고내용은 개별납세방식의 법인세 신고내용을 포함하고, 개별납세방식에서 하였던 신고를 연결납세방식의 신고로, 연결납세방식에서 하였던 신고를 개별납세방식의 신고로 보아야 연결납세 관련 결손금 규정을 적용할 수 있으므로, 「법인세법」 제76조의17에 따라 연결납세방식을 적용한 법인세 신고를 한 경우 「법인세법」 제60조에 따른 개별납세방식으로 신고를 한 경우에 갈음되는 것으로 해석하는 것이 타당하고,

2) 「법인세법」 제72조 제4항이 “제60조에 따른 신고기한 내에 법인세를 신고한 경우”로만 정하고 있어 현행 규정이 법인세 신고방식까지 특정하고 있다고 해석하는 것은 다소 무리가 있어 보이며,

3) 중소기업 결손금 소급공제 규정은 중소기업의 자금난을 해소하는 등 중소기업에 대한 조세지원을 강화하기 위한 것인데, 청구법인은 중소기업에 해당하므로, 연결납세방식을 적용하여 「법인세법」 제76조의17에 따른 법인세 신고를 한 경우라도 같은 법 제60조에 따른 개별납세방식으로 신고한 경우로 갈음하여 「법인세법」 제72조 제4항에서 규정한 “제60조에 따른 신고기한 내에 법인세를 신고한 경우”로 해석하는 것이 합목적적 해석에 충실한 해석인 점 등을 종합할 때, 결손금 소급공제 요건을 모두 충족하였다고 판단하였다.

(나) 위 결정례는 ‘「법인세법」 제60조에 따른 신고’라는 형식적문언에 따라 「법인세법」 제76조의17에 따른 연결 법인세의 신고를 「법인세법」 제60조에서 배제하는 것은 부당하다는 문제의식에 기초하여, 신고방식과 무관하게 성실히 신고의무를 이행한 중소기업에 대해서는 입법취지에 비추어 결손금 소급공제를 적용해야 한다는 합목적적 해석론을 제시한 것으로 보인다.

(다) 위 결정례는 이 사건에도 마땅히 존중되어야 한다. 처분청은 이 건 처분에 있어서 「법인세법」 제76조의20에서 쟁점규정을 준용하고 있지 않다는 형식적 논리를 내세우고 있으나, 이는 위 결정례에서 명시적으로 배척한 ‘신고 방식’에 따른 불합리한 차별 취급에 해당한다.

(라) 앞서 설명한 바와 같이, 「법인세법」 제76조의20은 연결법인에 대한 절차상 규율을 위한 규정으로서, 실체 규정인 쟁점규정의 적용을 배제하는 근거가 될 수 없으며, 오히려 「법인세법」 제76조의22는 연결법인에 대한 중소기업으로서의 실체적 효과(혜택 부여)를 정하고 있는 규정으로서, 연결납세방식을 선택했다는 형식적 이유로 중소기업의 실질을 갖춘 기업이 세제혜택에서 불이익을 받지 않아야 한다는 원칙을 천명하고 있다.

(마) 따라서, 중소기업으로서 모든 실체적 요건을 갖춘 청구법인에 대하여, 각 제도의 입법취지에 어긋나지 않도록 관련 규정을 합목적적으로 해석하여 결손금 소급공제를 적용하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

관련 법령 및 국세청 유권해석 등에 따르면, 연결법인의 법인세 결정·징수 및 환급에 관하여는 「법인세법」 제76조의20에서 열거된 준용 규정만을 적용하여야 한다.

(1) 세법은 조세법률주의에 따라 엄격 해석이 원칙으로, 명시적 준용 규정이 없는 규정을 세무공무원이 임의로 준용할 수 없다.

(2) 「법인세법」 제76조의20(연결법인세액의 결정·경정 및 징수 등)은 “각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정·경정·징수 및 환급에 관하여는 제66조(제3항 단서는 제외한다), 제67조, 제70조, 제71조, 제73조, 제73조의2 및 제74조를 준용한다”고 규정하고 있는바, 연결납세방식을 적용한 법인에 대하여 위 규정에서 열거된 준용 규정이 아닌 쟁점규정(제72조)을 적용할 수 없다.

「법인세법」 제76조의20의 입법취지가 연결법인에 대한 중소기업 결손금 소급공제 적용을 배제한다는 것임은 국세청 국세법령정보시스템을 통해서도 확인할 수 있다.

(3) 국세청은 “연결납세방식을 적용하는 내국법인은 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정·경정·징수 및 환급에 관하여 「법인세법」제76조의20이 준용되는 것이므로, 같은 법 제72조 중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 규정이 적용되지 않는 것이다”고 유권해석한 바 있다(서면-2019-법인-3964, 2020.4.13.).

(4) 청구주장을 반박하면 다음과 같다.

(가) 청구법인은 「법인세법」 제76조의22(연결법인에 대한 중소기업 관련 규정의 적용)에서 연결법인이 중소기업에 해당하는 경우 법인세액을 계산할 때 중소기업 관련 규정을 적용하도록 명시하고 있으므로 연결법인도 쟁점규정을 적용받을 수 있다고 주장하나, 「법인세법」 제76조의22는 연결법인의 중소기업 여부를 판단할 때 연결집단 기준으로 판단한다는 내용과 연결법인의 중소기업 유예규정 적용에 대한 내용만 규정하고 있을 뿐이다.

(나) 청구법인은 조세심판원 결정례(조심 2021서620, 2021.10.25.)를 청구주장의 근거로 제시하고 있으나, 동 결정례는 직전연도에는 연결납세방식을 적용하였으나, 당해연도에 개별납세방식으로 변경한 법인에 대한 결정례로, 2020년부터 계속하여 연결납세방식을 적용하고 있는 청구법인에게 적용할 수 있는 결정례가 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

연결납세방식을 적용하는 중소기업의 결손금 소급공제에 의한 법인세 환급신청을 거부한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인, 청구법인의 연결자법인들, 연결집단 모두 「법인세법」 및 「조세특례제한법」상 중소기업에 해당한다는 것에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(나) 청구법인은 2008.12.26. 법률 제9267호로 일부개정된 「법인세법」의 개정 주요내용 중 연결납세제도 도입과 관련된 부분을 아래 ＜표4＞와 같이 제출하였다.

＜표4＞ 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 일부개정) 개정 주요내용(일부 발췌)

가. 연결납세제도 도입(법 제1조 제6호에서 제10호까지, 제2조 제4항, 제3조 제2항, 제8조 제4항, 제18조 제9호, 제21조 제7호, 제63조 제4항, 제76조의8부터 제76조의22까지 및 제113조 제5항 신설)

1) 개별 법인별로 과세하는 현행 제도하에서는 기업의 조직형태에 따른 법인세 부담이 달라져 경영환경의 변화에 따른 능동적인 조직변경이 어려움.

2) 경제적으로 동일체인 모법인 및 자법인을 하나의 과세대상으로 하여 법인세를 과세하는 연결납세제도를 도입함.

3) 기업의 조직선택에 있어 조세의 중립성을 보장하여 기업이 경영환경에 탄력적으로 대응할 수 있게 되고 경제적 실질에 맞게 과세함에 따라 기업과세체계의 선진화에도 기여할 것으로 기대됨.

(다) 처분청은 「법인세법」 제76조의20의 입법취지는 연결법인에 대한 중소기업 결손금 소급공제 적용을 배제하는 것으로, 이는 국세청 국세법령정보시스템을 통해서 확인할 수 있다는 의견을 제시하면서, 아래 ＜표5＞와 같이 국세법령정보시스템 캡쳐 화면을 제출하였으며, 기획재정부가 발간한 ‘2008년 간추린 개정세법’에도 동일한 내용이 기재되어 있는 것으로 확인된다.

＜표5＞ 국세법령정보시스템 조문별 개정내용

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 「법인세법」 제76조의22 제1항 1호에 따라 연결납세방식을 적용한 중소기업도 쟁점규정을 적용받을 수 있다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 다수, 같은 뜻임), 「법인세법」 제76조의20은 “각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정·경정·징수 및 환급에 관하여는 제66조(제3항 단서는 제외한다), 제67조, 제70조, 제71조, 제73조, 제73조의2 및 제74조를 준용한다”고 규정하면서, 쟁점규정(제72조)은 준용하고 있지 않아, 연결납세방식을 적용한 법인은 쟁점규정을 적용받을 수 없는 것으로 보이는 점, 기획재정부가 발간한 ‘2008년 간추린 개정세법’에서도 「법인세법」 제76조의20 개정내용에서 각 연결사업연도의 법인세에 대한 결정·경정·징수 및 환급에 관하여는 각 사업연도 법인세를 준용하되, 결손금 소급공제는 적용을 배제한다고 명시적으로 밝히고 있는 점, 청구법인이 청구주장의 근거로 제시한 「법인세법」 제76조의22 제1항 제1호는 연결법인에 대해서 중소기업에 관한 규정을 적용한다고 규정하고 있을 뿐, 연결집단 자체에 대해서 중소기업에 관한 규정을 적용한다고 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

법인세법 제72조(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급) ① 중소기업에 해당하는 내국법인은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액(이하 이 조에서 “직전 사업연도의 법인세액”이라 한다)을 한도로 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있다.

1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)

2. 직전 사업연도의 과세표준에서 소급공제를 받으려는 해당 사업연도의 결손금 상당액을 차감한 금액에 직전 사업연도의 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액

② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다.

제76조의20(연결법인세액의 결정ㆍ경정 및 징수 등) 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정ㆍ경정ㆍ징수 및 환급에 관하여는 제66조(제3항 단서는 제외한다), 제67조, 제70조, 제71조, 제73조, 제73조의2 및 제74조를 준용한다.

제76조의22(연결법인에 대한 중소기업 등 관련 규정의 적용) ① 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 그 연결집단이 이 법 및 「조세특례제한법」에 따른 중소기업 또는 중견기업에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 이 법 및 「조세특례제한법」에 따른 중소기업 또는 중견기업에 관한 규정을 적용한다.

1. 연결집단이 중소기업에 해당하는 경우 : 다음 각 목의 구분에 따른 규정을 적용

가. 중소기업에 해당하는 연결법인 : 중소기업에 관한 규정을 적용

나. 중견기업에 해당하는 연결법인 : 중견기업에 관한 규정을 적용

2. 연결집단이 중견기업에 해당하는 경우 : 중소기업에 해당하는 연결법인과 중견기업에 해당하는 연결법인에 각각 중견기업에 관한 규정을 적용

② 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도의 직전 사업연도 당시 중소기업에 해당하는 법인이 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 제1항에도 불구하고 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 중소기업에 관한 규정을 적용한다.