이유
1. 처분개요

가. 주식회사 A(대표이사 청구인, 이하 “체납법인”이라 한다)는 2023.7.10.부터 강원특별자치도 OOO, 1층에서 B(B)라는 영업소 명칭으로 음식점업을 영위하는 법인으로, 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 체납하였다.

나. 처분청은 위 부가가치세 납세의무 성립일 현재 청구인이 체납법인 주식 OOO주(지분율 100%)를 보유하고 있던 사실을 확인하고, 청구인을 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아 아래 ＜표1＞과 같이 2025.8.12. 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 청구인의 소유지분 비율에 상당하는 체납세액 합계 OOO원(이하 “체납세액”이라 한다)을 납부하도록 고지하였다.

＜표1＞ 체납세액 및 제2차 납세의무 지정내역

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

명의를 대여하여 형식적으로만 체납법인의 주식을 보유하고 있었을 뿐인 청구인을 과점주주로 보아 이 건 부과처분을 한 것은 위법하다.

(1) 청구인은 체납법인의 실질적 소유자이자 청구인의 친자인 C이 체납법인의 본점 이전 및 임원 변경 과정에서 청구인에게 대표이사 등재를 부탁하기에 승낙한 사실은 있으나 C 명의로 되어 있던 주식까지 청구인 명의로 변경된 것은 전혀 알지 못하였으며 체납법인 주식과 관련하여 일체의 매매, 증여 등 계약을 체결한 사실도 없다.

(2) 청구인은 경기도 OOO에 거주하고 있는 자로 강원도 OOO에 소재한 체납법인의 경영에 참여할 여력이 없을 뿐만 아니라 자금, 세무, 인사 등과 관련하여 어떠한 의사결정도 행사한 사실이 없다.

(3) C 또한 체납법인의 주주명부를 바로잡기 위해 OOO지방법원 OOO지원에 주주권 확인 등 청구의 소(OOO, 원고 C·피고 청구인 외 1명)를 제기하였다.

(4) 따라서 법률상·실질적으로 회사 운영에 책임이 없는 청구인에게 외관상 과점주주라는 이유만으로 제2차 납세의무를 부과한 처분은 부당하므로 이 건 제2차 납세의무자 지정은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 체납법인의 주주명부 등을 통해 과점주주로 확인되고 대표이사로서 급여를 지급받는 등 납세의무 성립일 현재 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었음이 명백한 반면 명의상 주주에 불과하거나 경영에 참여한 사실이 없다는 청구인의 주장에 대한 객관적이고 구체적인 증명은 없으므로 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 통지한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 처분청은「국세기본법」제39조 제2호가 규정한 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 체납법인의 사업자등록신청서에 첨부된 청구인의 신분증과 법인 인감이 날인되어 있는 주주명부를 제출하였으며 해당 주주명부에는 청구인이 회사의 지분을 100% 소유한 과점주주로 기재되어 있다.

(2) 주주 명의를 도용당하였거나 실질 소유주 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우, 그러한 사정은 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 증명하여야 하는바(대법원 1995.9.15. 선고 95누6632 판결, 같은 뜻임), 청구인은 주주명부에 기재된 사실을 인지하지 못하여 형식적인 주주에 불과하다고 주장하면서도 이를 입증할만한 증거를 제시하지 못하고 있다.

(3) 아울러 청구인은 체납법인의 대표이사로서 업무를 수행하면서 2024년에 OOO원의 급여를 수령한 사실로 보아 체납법인의 경영에 지배적 영향력을 행사하지 않았다고 단정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 청구인에게 체납법인의 체납세액 중 청구인의 출자지분에 상당하는 금액을 납부통지한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

부칙 ＜법률 제17650호, 2020.12.22.＞

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

(2) 국세기본법 시행령

제1조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제20호 가목에서 "혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자·직계비속

다. 사실관계 및 판단

(1) 등기사항전부증명서, 사업자등록신청서, 법인세신고서 등에서 확인된 체납법인의 개요 및 주식변동내역 등은 다음과 같다.

(가) 체납법인의 등기사항전부증명서(폐쇄사항)에 따르면 체납법인은 2014.6.12. 서울특별시 OOO에서 설립한 이래 본점 주소를 2016.6.16. 서울특별시 OOO, 2016.12.12. 서울특별시 OOO, 2023.7.10. 강원특별자치도 OOO으로 순차적으로 이전하였으며 2023.6.8. 대표이사를 공동대표이사인 C, D에서 청구인으로 변경한 것으로 파악된다.

(나) 체납법인의 사업자등록신청서에 첨부된 주주명부상 청구인은 2023.6.19. 현재 체납법인 발행 주식 100%(OOO주)를 보유하고 있으며 체납법인의 2023년 및 2024년 귀속 법인세 과세표준 신고서에는 같은 기간 동안 주식변동이 없다고 기재된 것으로 파악된다.

＜표2＞ 연도별 청구인의 체납법인 주식보유 현황

○○○

(2) 처분청이 제출한 국세통합전산망 자료에 따르면 청구인은 체납법인으로부터 ＜표3＞과 같이 2024년 총 OOO원의 근로소득을 지급받은 사실이 확인된다.

＜표3＞ 청구인의 근로소득 내역

○○○

(3) 청구인이 체납법인의 주식의 실소유자라고 주장하는 C은 2025.9.8. 청구인과 체납법인을 대상으로 OOO법원 OOO지원에 주주권확인 등 청구의 소(OOO)를 제기하였으나 2025.10.31. 체납법인에 소장부본 등이 송달된 이후 진행상황은 확인되지 아니한다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가)「국세기본법」제39조 제2호는 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우에 과점주주에게 그 국세의 납세의무성립일 현재 제2차 납세의무를 지울 수 있도록 하면서 그 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 규정(적용시기는 2021.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터)하고 있다.

(나) 한편「국세기본법」제39조 제2호 소정의 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004.7. 9. 선고 2003두1615 판결 등 참조).

(다) 위와 같은 점에 비추어 볼 때 청구인은 법인등기부등본상 체납법인의 대표자 사내이사 지위에 있으므로, 처분청으로서는 청구인이 체납법인 주식의 실질주주로서 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있는「국세기본법」제39조 제2호에서 정한 과점주주에 해당한다고 판단할 만한 객관적인 사정이 존재하는 반면 청구인은 체납법인의 명의상 주주일 뿐이라고 주장하나 C이 청구인을 대상으로 주주권 확인 등 청구의 소를 제기하였다는 사실만으로는 위와 같은 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(라) 나아가 청구인은 체납법인의 대표이사로서 업무를 수행하면서 급여를 수령한 사실로 보아 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하지 않았다고 단정하기 어렵고 설령 청구인이 체납법인의 경영에 실제로 관여하지는 않았더라도, 체납법인의 과점주주이면서 법인등기부등본상 대표자로 등재되어 있는 청구인의 협조 없이 C이 독자적으로 체납법인을 경영하기는 어려울 것으로 보이며, 청구인은 그 의지에 따라 언제든지 직접 혹은 제3자를 고용하여 체납법인을 경영·운영하거나, 체납법인 주식의 처분 등을 통해 체납법인의 사업을 양도할 수도 있으므로, 청구인이 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있다는 사실은 변함이 없다고 할 것이다. 이러한 청구인의 제반사정들을 고려할 때, 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.