이유
1.처분개요

가.청구인은 2019.5.1. 경기도 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)에 대한 준공 전 분양권(이하 “쟁점분양권”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 2021.1.26. 이를 OOO원에 양도한 뒤, 「소득세법」 제104조 제1항 제2호에 따른 세율(100분의 40)을 적용하여 2021.2.26. 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

나.청구인은 쟁점분양권의 양도를 「소득세법」제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대 1주택 비과세 특례 적용대상으로 보아 2025.6.8. 2021년 귀속 양도소득세 전액을 환급하여 달라는 경정청구(이하 “1차 경정청구”이라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 분양권 전매에 관한 「소득세법」상 비과세 규정이 없어 쟁점분양권 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 없다고 보아 2025.6.19. 1차 경정청구를 거부하였다.

다.이후 청구인은 1차 경정청구와 동일한 취지로 2025.6.20. 경정청구(이하 “2차 경정청구”라 한다)를 제기하였고, 처분청은 1차 경정청구 거부와 동일한 취지로 2차 경정청구를 거부한다는 내용의 통지서를 청구인에게 발송하였으나 이는 2025.7.15. 폐문부재로 반송되었다.

라.청구인은 1차 경정청구 및 2차 경정청구와 동일한 취지로 2025.8.20. 경정청구(이하 “3차 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.10.16. 1차 경정청구 및 2차 경정청구 거부와 동일한 취지로 3차 경정청구를 거부하였다.

마.청구인은 이에 불복하여 2025.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1) 쟁점분양권 양도는 「소득세법」 제89조 제1항의 적용 대상에 해당한다.

(가) 청구인은 무주택자를 대상으로 한 신혼부부 특별공급에 당첨되어 쟁점분양권을 취득하였고 당시 경기도 OOO시는 조정대상지역이 아니었으며, 쟁점분양권 양도 당시 무주택자였다.

(나) 청구인은 쟁점분양권 양도 당시 기초생활수급자로서 생계 유지가 어려워 유일한 주택인 쟁점분양권을 양도한 것일 뿐이므로, 쟁점분양권 양도는 투자 목적의 전매가 아니다.

(다) 청구인은 쟁점분양권 취득으로 인하여 주거급여를 수급하지 못하게 되었는바, 쟁점분양권은 주택으로 인정되어야 한다.

(라) 따라서 쟁점분양권 양도는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 특례 적용 대상이고, 한편 같은 항 제1호의 요건 또한 충족한다.

(2) 쟁점분양권 양도에 대하여 「조세특례제한법」 제98조의6에 따른 준공후 미분양주택 관련 과세특례 적용 또한 가능하다.

(3) 청구인은 옷가게를 운영하면서 코로나19 등으로 생계에 어려움을 겪었고 생활고로 인하여 쟁점분양권을 양도하였으나, 과도한 세금으로 인하여 제2금융권에 빚을 내어 해당 세금을 납부하였으며, 현재 신용점수 하락으로 개인회생 절차가 진행 중인바, 생계형 양도에 대하여 과세하는 것은 헌법 제34조에 따른 생존권 보장이나 「국세기본법」 제18조에 따른 과세형평 등의 취지에 반한다.

나. 처분청 의견

(1) 1세대 1주택 비과세 규정상 주택이란 허가 여부나 공부상의 용도구분에 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조(세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조)를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다.

(2) 쟁점아파트의 사용승인일은 2021.11.29.인바, 쟁점분양권은 양도 당시(2021.1.26.) 주택이 아닌 분양권으로서, 이는 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하므로 1세대 1주택 비과세 적용대상이 되는 주택에 해당하지 아니한다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

① 이 건 심판청구가 적법한지 여부

② 쟁점분양권의 양도에 대하여 「소득세법」제89조 제1항의 비과세 특례 등을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1)청구인의 경정청구 및 이 건 심판청구 제기 등에 관하여 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구인의 경정청구 제기 및 이에 대한 처분청의 처리결과 등의 내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 경정청구 등 내역

○○○

(나) 청구인이 1차 경정청구, 2차 경정청구 또는 3차 경정청구에 대한 처분청의 거부통지에 불복하여 「국세기본법」 제66조에 따른 이의신청을 제기한 사실은 확인되지 아니한다.

(다) 청구인은 이 건 심판청구를 제기하며 제출한 심판청구서에 처분청 및 조사기관을 각각 ‘OOO’ 및 ‘OOO세무서장’으로 기재하였고, 처분의 내용을 2025.7.18. OOO세무서장으로부터 받은 경정청구 기각통지로 기재하였으며, 관련 세목 및 세액을 2021년 귀속 양도소득세 OOO원으로 기재하였다.

(라) 청구인은 이 건 심판청구 제기 이후인 2026.1.28. 심판청구서의 기재세액 OOO원과 관련하여 ① 납부할 세액이 OOO원으로 기재된 2021년 귀속 양도소득세 신고서(당시 청구인의 주소지를 관할한 OOO세무서장에게 이를 제출한 것으로 기재되어 있다), ② 납부할 세액이 OOO원으로 기재된 2021년 귀속 개인지방소득세 납부서(당시 청구인의 주소지를 관할한 서울특별시 OOO구청장이 2021.4.19. 발급한 것으로 기재되어 있다) 및 ③ 2021.4.19. 보내는 사람을 ‘서울지방A’으로 기재하여 OOO원을 이체한 금융거래내역을 각 제출하였다.

(마) 심판청구서에 기재된 OOO세무서장의 2025.7.18.자 통지 여부에 관하여 등기우편 번호나 우편물배달증명서 등의 자료는 확인되지 아니하고, 한편 청구인이 2021년 귀속 개인지방소득세에 대하여 무신고 등에 따른 부과처분을 받았다거나 납부한 세액을 환급하여 달라는 경정청구를 제기한 사실은 확인되지 아니한다.

(2) 쟁점분양권 및 쟁점아파트에 관하여 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2019.5.1. B 주식회사 및 주식회사 C 등으로부터 쟁점분양권을 OOO원에 공급받기로 하는 계약서 및 OOO원에 발코니를 확장하기로 하는 계약서를 각 작성하였고, 2019.9.21. 주식회사 C로부터 시스템에어컨 등의 추가선택품목을 OOO원에 공급받기로 하는 계약서를 작성하였다.

(나) 청구인은 2021.1.2. D에게 쟁점분양권을 OOO원에 양도하는 분양권 매매계약을 체결한바, 해당 분양권 매매계약서상 잔금일은 2021.1.26.이고, 관련 부동산거래계약 신고필증상 위 매매계약의 ‘거래대상 종류’는 ‘준공 전 아파트 분양권 전매’로 기재되어 있다.

(다) 쟁점아파트의 사용승인일 및 소유권보존등기 접수일은 각각 2021.11.29. 및 2021.12.24.이다.

(3) 청구인은 생활고 등과 관련하여 본인의 새출발기금 약정현황, 사회보장급여 변경 등 통지서 및 부동산인도 강제집행 예고 관련 자료를 각 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2025.6.8. 1차 경정청구를 제기하였고 2025.6.19. 1차 경정청구에 대한 거부통지서를 수령하였고 이후 2025.6.20. 및 2025.8.20. 1차 경정청구와 동일한 내용으로 각각 2차 경정청구 및 3차 경정청구를 제기한 점, 이 건 심판청구는 1차 경정청구의 거부처분일인 2025.6.19.로부터 「국세기본법」상 심판청구기간인 90일이 경과한 2025.11.16. 제기된 것인 점, 2차 경정청구 및 3차 경정청구에 대한 처분청의 거부통지는 단순한 사실의 통지에 해당하여 심판청구의 대상이 되는 처분으로 보기 어려운 점(조심 2020서8571, 2021.3.15. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어, 이 건 심판청구는 「국세기본법」상 심판청구기간인 90일이 경과하여 제기된 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점②는 쟁점①이 각하되어 심리 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4.결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1)헌법

제34조 ① 모든 국민은 인간다운 생활을 할 권리를 가진다.

(2)국세기본법

제6조(천재 등으로 인한 기한의 연장) 관할 세무서장은 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출 또는 통지를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 인정하는 경우나 납세자가 기한 연장을 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 기한을 연장할 수 있다.

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

제61조(청구기간) ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(3)국세기본법 시행령

제2조(기한연장의 사유) 법 제6조에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 납세자가 화재, 전화(戰禍), 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우

2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병이나 중상해로 6개월 이상의 치료가 필요하거나 사망하여 상중(喪中)인 경우

3. 정전, 프로그램의 오류나 그 밖의 부득이한 사유로 한국은행(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 경우

4. 금융회사 등(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융회사 등만 해당한다) 또는 체신관서의 휴무나 그 밖의 부득이한 사유로 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우

5. 권한 있는 기관에 장부나 서류가 압수 또는 영치된 경우

6. 「세무사법」 제2조 제3호에 따라 납세자의 장부 작성을 대행하는 세무사(같은 법 제16조의4에 따라 등록한 세무법인을 포함한다) 또는 같은 법 제20조의2에 따른 공인회계사(「공인회계사법」 제24조에 따라 등록한 회계법인을 포함한다)가 화재, 전화, 그 밖의 재해를 입거나 도난을 당한 경우

7. 그 밖에 제1호, 제2호 또는 제5호에 준하는 사유가 있는 경우

제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우

2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우

3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우

(4)소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 일부개정되기 전의 것)

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

9. “조합원입주권”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

10. “분양권”이란 「주택법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따른 주택에 대한 공급계약을 통하여 주택을 공급받는 자로 선정된 지위(해당 지위를 매매 또는 증여 등의 방법으로 취득한 것을 포함한다)를 말한다.

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

5. 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 지급받는 조정금

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

　 제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

　 양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

　 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70)

(5) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부개정되기 전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

4. 삭제 ＜2020.2.11＞

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

(6) 조세특례제한법

제98조의6(준공후미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자(이하 이 조에서 “비거주자”라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면(제1호의 요건을 갖춘 주택에 한정한다)하고, 그 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

1. 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 조에서 “사업주체등”이라 한다)가 대통령령으로 정하는 준공후미분양주택(이하 이 조에서 “준공후미분양주택”이라 한다)을 2011년 12월 31일까지 임대계약을 체결하여 2년 이상 임대한 주택으로서 거주자 또는 비거주자가 해당 사업주체등과 최초로 매매계약을 체결하고 취득한 주택

2. 거주자 또는 비거주자가 준공후미분양주택을 사업주체등과 최초로 매매계약을 체결하여 취득하고 5년 이상 임대한 주택(거주자 또는 비거주자가 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 2011년 12월 31일 이전에 임대계약을 체결한 경우에 한정한다)

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「소득세법」 제95조 제2항 및 제104조 제1항 제3호의 규정에도 불구하고 장기보유 특별공제액 및 세율은 다음 각 호를 적용한다.

1. 장기보유 특별공제액 : 양도차익에 「소득세법」 제95조 제2항 표 1(같은 항 단서에 해당하는 경우에는 표 2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

2. 세율 : 「소득세법」 제104조 제1항 제1호에 따른 세율

④ 제1항을 적용할 때 양도소득금액의 계산, 준공후미분양주택ㆍ임대기간의 확인절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 조세특례제한법 시행령

제98조의5(준공후미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제98조의6 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 준공후미분양주택”이란 「주택법」 제54조에 따라 공급하는 주택으로서 같은 법 제49조에 따른 사용검사(임시 사용승인을 포함한다) 또는 「건축법」 제22조에 따른 사용승인(같은 조 제3항 각 호의 어느 하나에 따라 건축물을 사용할 수 있는 경우를 포함한다)을 받은 후 2011년 3월 29일 현재 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택(이하 이 조에서 “준공후미분양주택”이라 한다)을 말한다. 다만, 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 취득 당시(법 제98조의6 제1항 제1호의 주택은 최초 임대 개시 시) 6억원을 초과하거나, 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 149제곱미터를 초과하는 주택은 제외한다.

③ 제2항 본문을 적용할 때 다음 각 호의 주택은 제외한다.

1. 해당 주택이 준공된 후 입주한 사실이 있는 주택

2. 2011년 3월 29일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중에 사업주체등(「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체 및 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)과 매매계약을 체결한 매매계약자가 해당 계약을 해제하고 매매계약자 또는 그 배우자(매매계약자 또는 그 배우자의 직계존속ㆍ비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 다시 매매계약하여 취득한 주택

3. 2011년 3월 29일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중에 해당 사업주체등으로부터 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 대체하여 다른 주택을 매매계약하여 취득한 주택