이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.7.7. 소프트웨어 개발 및 제공업 등을 목적사업으로 서울특별시 양천구를 본점 소재지로 설립된 법인으로, 2010.4.9. 경기도 성남시 OOO으로 본점을 이전한 후, 2017.7.10. 서울특별시 OOO층(512㎡, 이하 “서울지점”이라 한다)에 단위과세 사업자등록을 하였고, 2021.8.10. 본점을 경기도 성남시 OOO(이하 “쟁점본점”이라 한다)로 이전하였다.

이후 청구법인은 2023.7.3. 서울특별시 OOO외 1필지 부동산(토지 535.3㎡ 및 건축물 1,296.75㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 일반세율(1천분의 40) 등을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2023.9.23. 본점을 쟁점본점에서 쟁점부동산의 지층 및 지상 3·4층(807㎡, 이하 “쟁점1부동산”이라 한다)으로 사실상 이전하였고, 2024.7.15. 쟁점부동산 지상 1층의 2분의 1인 116.85㎡(이하 “쟁점2부동산”이라 한다)에 “OOO”라는 지점(이하 “쟁점카페”라 한다)을 설치하였다고 보아, 쟁점1·2부동산과 각 부속토지는 부동산 취득 후 5년 이내 대도시 내 본점 전입에 따른 취득이거나 지점 설치에 해당한다며,「지방세법」제13조 제2항의 중과세율(1천분의 80)을 적용하여, 2025.3.4. 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원 및 OOO원을 각 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이미 2017.7.10. 서울지점을 설치하여 본점의 기능을 사실상 서울지점에서 수행하였으므로, 2023.9.23. 쟁점1부동산의 취득은 대도시 내 본점 전입 후 5년 경과 이후 취득한 부동산에 해당하여 취득세를 중과세할 수 없다.

(가) 경기도 성남시 삼평동 사업장의 임대상황을 살펴보면, 2016년 7월 이후 청구법인은 해당 사업장을 완전히 떠난 것으로 확인된다.

(나) 2021.8.10. 현재 쟁점본점에 건축물을 신축하여 본점을 이전하고 등기 및 세무 상 본점으로 등록하였으나, 건축물 구조상 1층 86.77㎡는 애초부터 50여명의 많은 인력이 근무할 수 없어 사실상 본점으로 기능을 하지 못하였고, 지상 1층을 임대하려 하였으나 여의치 않아, 2020년 이후부터 ict분야에 신기술로 각광받던 NFT(Non Fungible Token)기반의 블록체인 신사업을 추진하면서 당시 가장 실증적으로 검증되었던 미술품 거래 플랫폼을 구축하기 위해 청구법인이 갤러리 사업을 시작하면서 지상 1층(근린생활시설)은 청구법인의 갤러리 사업 전시장으로 계속 사용(직원 1명이 상주)하여 왔고, 2∼4층은 단독주택(다가구주택)으로 주택 임대를 하고 있다.

(다) 그리고 서울지점으로 사무실을 이전함에 따른 내부공지문과 사무실 배치 레이아웃, 전화번호 사용내역, 사무실 이전 이후 직원들의 명함, 전화요금내역, 신용카드사용내역, 회사홍보 팜플렛, 자기주식매각공고문 공시, 서울지점 인근에서의 직원회식, 회사직원 생일자 모임, 주요 회의장소, 직원채용공고 등에 의하여 서울지점이 사실상 본점으로서의 기능을 하였다는 내용이 확인된다.

(2) 설령 대도시 내 전입 후 5년 이내 부동산 취득에 해당하더라도, 청구법인의 주업은 소프트웨어와 관련한 사업으로 이는「지방세법」제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제26조에서 규정하는 대도시 중과 제외 업종에 해당하므로, 아래 ＜표1＞·＜표2＞와 같이 2023.1.1.부터 2024.6.30.까지 전체 수입금액 중 소프트웨어 관련 수입금액이 차지하는 비율(43.4%) 또는 쟁점1부동산의 전체 면적 중 소프트웨어와 관련한 사업에 제공되는 건축물의 면적 비율(39.49%)에 해당하는 가액은 취득세 중과세에서 제외되어야 한다.

＜표1＞ 수입금액에 따른 안분

○○○

＜표2＞ 건축물 사용면적에 따른 안분

○○○

(3) 쟁점카페를 운영하는 것은「부가가치세법」제8조에 따른 새로운 사업자등록 대상 사업장이 아닌 본점 본연의 사업에 새로운 사업의 종류를 추가하는 사업자등록 정정사항에 해당하는 것인바, 쟁점2부동산에 지점이 설치되었다고 볼 수 없다.

(가) 청구법인은 2023.7.3. 쟁점부동산을 취득한 후 1년이 경과한 2024.7.15. 당초 쟁점부동산의 일부를 임대하려 하였으나, 제3자에게 임대하기가 쉽지 않아 대출이자 등의 부담을 줄이기 위해 카페 음식점을 운영하게 되었고, 쟁점부동산 1층에 위치한 쟁점카페는 청구법인이 지점(사실상 본점)으로 등기한 곳과 같은 장소에 소재하고 있어 사실상 본점의 업무활동에 사용되는 부수 시설로 볼 수밖에 없으므로 청구법인의 별도의 지점이 아닌 사실상 본점의 업무활동에 사용되는 부수의 시설로 보는 것이 보다 타당하다.

(나) 청구법인이 사실상 본점인 쟁점1부동산에서 1층 일부를 쟁점카페를 운영하는 것은「부가가치세법」제8조에 따른 새로운 사업자 등록대상 사업장이 아닌, 본점 본연의 사업에 새로운 사업의 종류를 추가하여 같은 법 시행령 제11조 제1항에 의하여 사업자등록 정정사항에 해당하는 것으로, 이를 새로운 지점설치로 보아 대도시 지점 신설에 따른 취득세 중과세는 적용되지 않는다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2017.7.10.부터 서울지점에서 사실상 본점의 주요 기능을 수행하였다고 주장하나,

(가) 청구법인은 본점 기능을 수행하기 위해 2021.8.10. 쟁점본점의 건축물을 신축함에 따라「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율로 취득세 등을 신고·납부하였고, 같은 날 법인등기사항증명서상 쟁점본점으로 본점 이전도 하였으며, 2023.7.3. 취득한 쟁점1부동산의 취득 원인을 ‘서울지점의 이전용도’라고 하여 표준세율을 적용하여 취득세 등을 신고·납부하기까지 하는 등의 일련의 사건은 청구법인 주장과 같이 이미 모든 본점 기능을 서울지점에서 하고 있다는 전제하에서는 상식적으로 발생하기 어려운 사건들로 보인다.

(나) 청구법인은 사실상 2017.7.10.부터 서울지점에서 대부분의 인적·물적 설비를 갖추고 사실상 본점 기능을 수행하였다는 증빙으로 서울지점 근처에서 개최한 송년회나 서울지점에서 근무하기로 한다는 채용 공고 및 관련 명함, 전화요금, 자기주식 매각 공고 등을 제출하였으나,

1) 이미 청구법인 스스로 2024.10.25. 처분청에 제출한 의견서에서 본사의 주소는 쟁점본점에 있고, 쟁점1부동산에는 종된 사업장으로 세무상 지점을 설치하여 현재 일부 직원들이 근무하고 있다고 밝힌 사실이 있으며, 이후 진행된 과세전적부심사청구와 이 건 심판청구에 이르러 이와 모순된 언급을 하고 있다.

2) 그리고 처분청이 2024.12.11. 제출한 청구법인 홈페이지 메인화면 캡처에 의하면, 쟁점본점이 청구법인의 본점으로 기재되어 있었고, 네이버 블로그 등에서 2023.9.23. 신사옥 이전 게시물 등이 있었다가, 심의일 현재에 이르러 해당 내용이 변경되거나 조회되지 않으며, 제출된 증빙자료들이 서울지점에서 본점 기능을 수행하였다는 구체적인 입증자료로 보이지도 않는 등 서울지점에서 2017.7.10.부터 본점 기능을 수행하였다는 청구법인의 주장을 그대로 받아들이기 어렵다.

3) 반면 청구법인의 네이버 블로그에서 2023.9.23. 신사옥 이전이라는 게시물이 확인되었고, 2023.9.23. 이후의 직원채용 공고의 근무지 위치가 쟁점1부동산으로 기재되어 있으며, 처분청의 쟁점1부동산에 대한 현장조사(2024.10.15.) 등을 통해 그곳에서 청구법인의 직원들과 CEO사무실, 경영혁신팀, IOT기술연구소 등의 조직이 갖추어진 장소로 확인되었다. 또한 쟁점본점에 대한 현장조사(2024.8.19., 2024.9.3.)에서 청구법인의 본점 기능을 할 만한 사무실 등 없는 등 처분청이 쟁점1부동산을 취득(2023.7.3.)한 후 5년 이내 청구법인의 본점이 쟁점1부동산에 전입(2023.9.23.)하였다고 보아「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따라 취득세를 중과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 전체 수입금액 중 소프트웨어와 관련한 수입금액이 차지하는 비율(43.40%) 만큼은 중과제외업종에 직접 사용하는 것으로 보거나, 쟁점1부동산의 전체 면적에서 중과제외업종에 공여되는 면적 비율(39.49%)에 대해 중과세에서 제외되어야 한다고 주장하나,

(가)「지방세법 시행령」제45조 제5항에서 중과제외업종에서 발생한 매출액과 그 외 업종에서 발생한 매출액을 안분하여 등록면허세가 중과세되는 과세표준을 구분하도록 명시적으로 규정한 것과 달리, 취득세가 중과세되는「지방세법」제13조 제3항 및 같은 법 시행령 제26조에서는 매출액을 기준으로 안분하도록 규정하고 있지 않고, 매년 변동되는 매출액 비율을 일정 시점에 납세의무가 성립되는 취득세에 적용하는 것 또한 타당치 않으므로, 이 부분 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(나) 쟁점1부동산(지상 3·4층)중 지상 3층은 소프트웨어 외에 네트워크사업부와 경영지원용 부동산으로 공여되고 있고, 지상 4층 또한 소프트웨어 외에 연구소와 직원휴게소에 공여되고 있는 것으로 나타나는데, 이는 소프트웨어 업종 외에 다른 용도에 쟁점1부동산이 사용되고 있다는 것으로 받아들여지고,「지방세법」제13조 제3항에서 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 취득하였다 하더라도, 다른 업종이나 용도에 겸용하였다면 그 자체로 추징 요건에 해당한다고 규정하고 있으므로, 이 부분 청구주장 역시 받아들이기 어렵다.

(3) 청구법인은 쟁점2부동산에 영업허가를 받아 운영하였던 쟁점카페의 경우, 부가가치세법령에 따른 등록대상 사업장이 아닌 본연의 사업에 사업을 추가하는 사업자등록 정정사항에 해당하므로, 이를 지점 설치로 보아「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따라 중과세할 수 없다고 주장하나,

청구법인이 쟁점2부동산에서 쟁점카페의 영업을 위하여 처분청으로부터 2024.7.15. 식품접객업(일반음식점업) 영업허가를 받았고, 처분청의 2024.10.15. 현장조사 등에서 쟁점카페를 청구법인이 직접 사용하는 사실을 확인하였으며, 청구법인 또한 쟁점카페를 직접 운영하였다가 2024.12.27. 이후로 임차하였다고 밝히고 있는 등 처분청이 쟁점2부동산을 취득(2023.7.3.)한 후 5년 이내 청구법인의 지점이 쟁점2부동산에 설치(2024.7.15.)되었다고 보아「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따라 취득세를 중과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점1부동산은 사실상의 본점을 서울특별시 내로 전입한 후 5년이 경과한 후 취득한 부동산으로 취득세 중과세 대상에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

② 쟁점2부동산에 설치된 쟁점카페가 신규 지점 설치에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계 는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2003.7.7. 소프트웨어 개발 및 제공업 등을 목적으로 서울특별시 양천구에 본점을 두고 설립된 법인으로, 2010.4.9. 경기도 성남시 OOO으로 본점을 이전하였다.

(나) 청구법인은 2017.6.23. OOO㈜와 서울지점을 2017.7.10.부터 2019.7.31.까지 임차하는 임대차계약을 체결하고, 2017.7.10. 서울지점을 사업장으로 한 단위과세 사업자등록을 하였다.

(다) 청구법인은 2020.6.3. 경기도 성남시 OOO 토지를 매매로 취득하고, 2021.8.10. 해당 토지 위에 건축물(다가구주택 및 근린생활시설)을 신축한 다음, 대도시 내 본점 사업용 부동산(20.25%) 부분에「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

(라) 청구법인은 2021.8.10. 본점을 경기도 OOO에서 쟁점본점으로 이전하고 2021.8.11. 본점 이전등기를 마쳤다.

(마) 청구법인은 2023.7.3. 쟁점부동산을 취득(매매)하고, 대도시 내 지점(서울지점) 이전에 따른 취득으로 보아, 같은 날 그 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 일반세율(1천분의 40) 등을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(바) 청구법인은 2024.7.15. 처분청으로부터 쟁점2부동산에서 식품접객업(일반 음식점업)을 위한 영업허가를 받고, 같은 날 등록면허세(면허분)OOO원을 신고·납부하였다.

(사) 처분청이 이 건 취득세를 중과세한 처분과 관련하여 제출한 자료 등은 다음과 같다.

1) 처분청이 2024.8.19., 2024.9.3. 쟁점본점을 방문하여 작성한 출장결과보고서의 내용 일부는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 출장결과보고서 내용 일부

○○○

2) 처분청이 2024.10.15. 쟁점부동산(쟁점1·2부동산 포함)을 방문하여 작성한 출장결과보고서의 내용 일부는 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 출장결과보고서 내용 일부

○○○

3) 청구법인이 2024.10.25. 처분청에 제출한 취득세 등 중과세와 관한 의견서의 내용 일부는 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 청구법인의 취득세 중과세에 관련한 의견서 내용 일부

○○○

4) 청구법인 홈페이지의 메인화면 하단 회사소개란을 보면, 과세전적부심사청구 심의 당시에는 2곳의 사업장(쟁점본점, 쟁점1부동산)이 확인되나, 처분청이 제출한 화면에는 1곳의 사업장(쟁점1부동산)만 기재되어 있다.

5) 청구법인 홈페이지의 오시는 길 화면을 보면, 아래 ＜표6＞과 같이 쟁점본점과 쟁점1부동산과 관련한 대표전화번호 및 주소지 등이 각각 확인된다.

＜표6＞ 청구법인 홈페이지의 오시는 길 화면

○○○

6) 청구법인 홈페이지에서 연결되는 네이버 블로그 메인화면 최신 게시물의 내용은 아래 ＜표7＞·＜표8＞와 같다.

＜표7＞ 청구법인의 네이버 블로그 메인화면 일부

○○○

＜표8＞ 네이버 블로그 중 2024.1.2.자 게시물 내용

○○○

7) 청구법인의 네이버 블로그에서 2017.7.10. 이후 송년회, 세미나, 간담회 등을 서울지점 근처에서 개최한 것으로 보이는 게시물들은 아래 ＜표9＞와 같다.

＜표9＞ 2017.7.10. 이후 서울지점 근처에서 개최한 송년회 등 게시물

○○○

8) 청구법인의 직원채용 공고문(2017.7.10. 이후)을 보면, 아래 ＜표10＞과 같이 근무지의 위치는 서울지점(서울특별시OOO)으로 확인된다.

＜표10＞ 2017.7.10. 이후 직원채용 공고문

○○○

9) 청구법인의 직원채용 공고문(2023.9.23. 이후)을 보면, 아래 ＜표11＞과 같이 근무지의 위치는 쟁점1부동산(서울특별시 OOO)으로 확인된다.

＜표11＞ 2023.9.23. 이후 직원채용 공고문

○○○

10) 서울특별시 세무종합시스템을 보면, 아래 ＜표12＞와 같이 청구법인의 본점 사업장은 쟁점본점으로 되어 있고, 단위과세 사업자로 등록된 서울지점의 사업장은 쟁점1부동산으로 되어 있는 것으로 확인된다.

＜표12＞ 서울특별시 세무종합시스템 화면 일부

○○○

(아) 청구법인이 이 건 취득세를 중과세한 처분과 관련하여 제출한 자료 등은 다음과 같다.

1) 청구법인의 본점 사무실에 대한 서울특별시로의 이전경로를 요약하면 아래 ＜표13＞과 같다.

＜표13＞ 청구법인의 본점 사무실 이전 경로

○○○

2) 쟁점본점은 아래 ＜표14＞의 구조와 같이, 1층 86.77㎡는 50여명의 많은 인력이 근무할 수 없는 곳으로 사실상 본점으로 기능을 하지 못하는 구조이다.

＜표14＞ 쟁점본점의 구조

○○○

3) 청구법인의 사무실 이전에 따른 내부공지문과 서울지점 사무실 배치도를 보면, 아래 ＜표15＞·＜표16＞과 같이 2017년 7월 임원과 전 직원이 서울지점 사무실로 이전되었음이 확인된다.

＜표15＞ 서울지점 사무실 배치 평면도

○○○

＜표16＞ 서울지점 이전 관련 내부공지문

○○○

4) 판교에서 사용하던 SK브로드밴드 전화에 대한 요금은 2017년 5월 이전OOO원 대에서 6월 이후 OOO원 대로 떨어졌고, LG U+의 070으로 시작되는 전화번호는 인식이 좋지 않아 2018.12.10. 대표번호인 02-OOO로 새로이 개통하여 현재까지 사용하고 있다.

5) 청구법인이 서울지점으로 이전한 후 직원들이 사용한 명함에는 아래 ＜표17＞과 같이 서울지점(서울특별시 OOO)으로 명시되어 있다.

＜표17＞ 청구법인 대표이사 명함

○○○

6) 2017년 7월 이후 청구법인의 송년행사 및 생일자 모임, 사업관련 회의는 아래 ＜표18＞과 같이 서울지점 또는 서울지점에서 도보로 20분 이내의 인근에서 이루어졌다.

＜표18＞ 청구법인의 송년행사 및 생일자 모임 등 블로그 자료

○○○

7) 청구법인의 핵심 주요업무(인사·노무, 회계·경리, 영업, 유통·마케팅, 연구·개발, 유지·보수, 기술 등)를 수행하기 위한 직원모집 공고(2017년～2023년)에서 채용할 근무자의 위치는 아래 ＜표19＞와 같이 모두 서울지점으로 안내되어 있다.

＜표19＞ 청구법인의 임·직원 채용공고 자료(2017년～2023년)

○○○

(자) 처분청은 청구법인이 2023.9.23. 쟁점1부동산(지층, 지상 3·4층)으로 사실상 본점을 이전하였고, 2024.7.15. 쟁점2부동산(지상 1층의 2분의 1)에 쟁점카페(지점)를 설치하였다고 판단하고, 쟁점1부동산(807㎡) 및 그 부속토지는 부동산 취득 후 5년 이내 대도시 내 본점 전입을 이유로, 쟁점2부동산(116.85㎡) 및 그 부속토지는 부동산 취득 후 5년 이내 대도시 내 지점 설치를 이유로 각각「지방세법」제13조 제2항의 중과세율(1천분의 80)을 적용하여, 2025.3.4. 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원 및OOO원을 각 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세법」제13조 제2항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다고 규정하면서, 그 제1호에서 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다.

위의 규정에서 “법인의 본점”이라 함은 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소 중 기획, 재무, 총무 등 법인의 중추적인 기능을 하는 주된 사무소를 의미한다 할 것(조심 2015지1560, 2016.6.21., 같은 뜻임)이고, “법인의 본점을 대도시 내로 전입”한다 함은 대도시 외에 소재한 본점의 인적·물적 설비를 대도시 내로 이전하거나, 대도시 내에 새로운 인적·물적 설비를 설치하고 그 장소에서 법인의 중추적인 기능을 수행하는 것을 의미한다 할 것이며, 여기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 것도 포함된다 할 것(대법원 2006.6.15. 선고 2006두2503 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 법인등기사항증명서상 본점인 쟁점본점에서 2023.7.3. 취득한 쟁점1부동산으로 2023.9.23. 본점을 사실상 이전하였으므로 쟁점1부동산에 대하여 취득세를 중과세한 처분은 정당하다는 의견이나,

처분청의 쟁점본점에 대한 현장방문(2024.8.19., 2024.9.3.) 내용 등에 의하면, 법인등기사항증명서상 2021.8.10.부터 청구법인의 본점으로 등록되어 있는 쟁점본점은 1층(86.77㎡)이 ‘OOO’의 전시장으로, 2∼4층이 주택으로 각 사용되고 있어, 쟁점본점에 물적 설비인 청구법인의 사무실이 있었다는 사실과 인적 설비인 약 50여명의 임·직원이 근무하고 있었다는 사실이 나타나지 않는 점, 청구법인의 본점이 2023.9.23. 실질적으로 쟁점1부동산으로 이전한 사실에 대해서는 다툼이 없는 점,

쟁점본점을 청구법인의 실질적인 본점으로 인정하기 어려워 보이나, 2023.9.23. 이전에 인적·물적 설비를 갖춘 청구법인의 사실상의 본점이 어디였는지에 대해서는 이를 입증할 수 있는 자료를 처분청이 제출한 사실이 없는 점,

법인등기사항증명서상 기재사항에 따르면 취득세 중과세의 요건을 갖추었으나 그 기재사실이 실제와 다름을 청구법인이 주장하는 경우 그 입증책임은 청구법인에게 전환된다 할 것인데, 청구법인 등이 제출한 다수의 자료에 의하면, 청구법인은 2017.6.23., 2021.6.5. OOO㈜와 서울지점(512㎡)을 2017.7.10.부터 2023.5.31.까지 임차하는 임대차계약을 체결하였고, 청구법인이 제출한 블로그 화면의 게시물 등에서 확인되는 서울지점으로의 이전공고문(2017.7.4.)의 내용 및 서울지점 사무실의 배치도(임·직원 자리배치 등), 2017.7.10. 이후 임·직원채용 공고문의 내용(근무장소 : 서울지점) 및 2017.7.10. 이후 청구법인의 송년행사 등 회식장소, 회사전화의 변경 및 임·직원 명함의 기재내용 등으로 보아 청구법인의 임·직원 약 50여명은 쟁점본점이 아닌 서울특별시에 위치한 서울지점에서 근무한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인은 2017.7.10. 이미 본점을 실질적으로 서울특별시 내로 전입한 것으로 보인다.

따라서 청구법인은 2021.8.10. 쟁점본점으로 본점이전등기를 경료하였으나, 그 이전인 2017.7.10. 대도시 내인 서울특별시 강남구 OOO으로 실질적으로 본점을 이전한 후, 그로부터 5년 이후인 2023.7.3. 쟁점1부동산을 취득한 것으로 볼 수 있으므로, 처분청이 쟁점1부동산 및 부속토지에 대하여「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점2부동산에 지점을 설치한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점2부동산이 취득세 중과세 적용대상에 해당하지 아니한다고 주장하나,

청구법인은 쟁점2부동산의 취득일(2023.7.3.)로부터 5년 이내에 해당하는 2024.7.15. 쟁점2부동산에 식품접객업(일반음식점업)의 영업허가를 받아 쟁점카페를 운영했던 것으로 보이는 점, 쟁점카페는 청구법인의 사실상 본점인 곳과 같은 장소에 소재하고는 있으나, 쟁점카페 내부에 소프트웨어 개발 및 제공업 등의 본점 업무를 수행하는 공간이 있는지 여부가 확인되지 않는 점, 쟁점부동산의 지층과 지상 3·4층에 위치한 청구법인의 사실상 본점과는 달리, 공간을 달리하여 1층에 위치한 쟁점카페를 본점의 업무활동에 사용되는 부수시설로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점2부동산을 취득일부터 5년 이내에 지점 설치용으로 사용하여 대도시 내에서의 지점설치에 따른 부동산 취득에 해당한다고 보는 것이 타당하므로, 처분청이 쟁점2부동산 및 부속토지에 대하여「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용하는 경우

2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우

나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용·겸용하는 경우

(2) 지방세법 시행령(2023.6.30. 대통령령 제33609호로 개정된 것)

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

12.「소프트웨어 진흥법」제2조 제3호에 따른 소프트웨어사업 및 같은 법 제61조에 따라 설립된 소프트웨어공제조합이 소프트웨어산업을 위하여 수행하는 사업

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙(2023.6.30. 기획재정부령 제413호로 개정된 것)

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란「법인세법」제111조·「부가가치세법」제8조 또는「소득세법」제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과「부가가치세법 시행령」제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

(4) 부가가치세법

제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자(사업장이 하나이나 추가로 사업장을 개설하려는 사업자를 포함한다)는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다.

(5) 부가가치세법 시행령

제11조(사업자등록 신청과 사업자등록증 발급) ① 법 제8조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신청인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)해야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 사업자등록 신청 사유

3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일

4. 그 밖의 참고 사항

제14조(사업자등록 사항의 변경) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신고인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)해야 한다.

3. 기획재정부령으로 정하는 사업의 종류에 변동이 있는 경우

(6) 부가가치세법 시행규칙

제13조(사업 종류의 변동 기준) 영 제14조 제1항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 사업의 종류에 변동이 있는 경우”란 다음 각 호의 사유가 발생한 경우를 말한다.

1. 사업의 종류를 완전히 다른 종류로 변경한 경우

2. 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류 중 일부를 폐지한 경우

(7) 상법

제37조(등기의 효력) ① 등기할 사항은 이를 등기하지 아니하면 선의의 제3자에게 대항하지 못한다.

② 등기한 후라도 제3자가 정당한 사유로 인하여 이를 알지 못한 때에는 제1항과 같다.

제289조(정관의 작성, 절대적 기재사항) ① 발기인은 정관을 작성하여 다음의 사항을 적고 각 발기인이 기명날인 또는 서명하여야 한다.

6. 본점의 소재지

제317조(설립의 등기) ① 주식회사의 설립등기는 발기인이 회사설립시에 발행한 주식의 총수를 인수한 경우에는 제299조와 제300조의 규정에 의한 절차가 종료한 날로부터, 발기인이 주주를 모집한 경우에는 창립총회가 종결한 날 또는 제314조의 규정에 의한 절차가 종료한 날로부터 2주간내에 이를 하여야 한다.

② 제1항의 설립등기에 있어서는 다음의 사항을 등기하여야 한다.

1. 제289조 제1항 제1호 내지 제4호, 제6호와 제7호에 게기한 사항

(8) 소프트웨어 진흥법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “소프트웨어”란 컴퓨터, 통신, 자동화 등의 장비와 그 주변장치에 대하여 명령·제어·입력·처리·저장·출력·상호작용이 가능하게 하는 지시·명령(음성이나 영상정보 등을 포함한다)의 집합과 이를 작성하기 위하여 사용된 기술서(記述書)나 그 밖의 관련 자료를 말한다.

2. “소프트웨어산업”이란 소프트웨어의 개발, 제작, 생산, 유통, 운영 및 유지·관리 등과 그 밖에 소프트웨어와 관련된 서비스를 제공하는 산업을 말한다.

3. “소프트웨어사업”이란 소프트웨어산업과 관련된 경제활동을 말한다.