이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.2.28. 선박 AAA 6,360톤(이하 “쟁점선박”이라 한다)을 취득하고, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 「지방세특례제한법」 제64조 제2항에 따른 과세특례(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)를 적용한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점선박이 이 건 감면규정 단서 제1호에서 정한 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우’에 해당함에도, 청구법인이 사유 발생일로부터 60일 이내에 이를 신고·납부하지 아니하였다고 보아, 2025.8.14. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였고, 2025.8.13. 2023년도분 재산세 등 OOO원과 2024년도분 재산세 등 OOO원을 합산한 금액(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 각각 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

첫째, 이 건 감면규정에서 말하는 ‘내항’과 ‘외항’의 의미는 그 해석에 있어 다양성이 존재한다. 이와 관련하여 해양수산부 훈령인 「외국선박의 불개항장 기항 등의 허가요령」에서는 ‘국내항간운송’을 “한국 영해 및 내수 내에서 사람이나 물건을 적재·운반·하선하는 일련의 행위”로 정의하고 있다. 또한 「해운법」(이하 “해운법”이라 한다) 제23조 제1항에서 규정하는 내항 화물운송사업의 ‘국내항’은 항만 내 육상구역뿐만 아니라 해상(수상)구역까지 포괄하는 개념으로 해석되어야 한다. 따라서 해저케이블을 쟁점선박에 선적한 후 해상구역에서 이를 포설하는 행위는 해운법 제23조 제1항에서 정한 내항 화물운송사업의 범위에 해당하며, 이는 감면규정상 ‘직접사용’에 해당한다.

둘째, 청구법인은 해운법에 따라 적법하게 내항 화물운송사업을 등록한 이후 쟁점선박을 이용하여 실제로 해상운송업무를 수행하여 왔다. 설령 쟁점선박의 사용이 이 건 감면규정에서 정한 ‘직접사용’에 해당하지 않는다고 보더라도, 청구법인에게는 관련 법령에 따른 사업 등록과 실제 운송행위에 기초한 정당한 사유가 존재한다. 따라서 이 건 감면규정의 단서조항은 청구법인에게 적용될 수 없다.

셋째, 청구법인은 쟁점선박을 취득한 이후 이 건 감면규정 단서 규정이 적용되지 않는다고 신뢰하고 취득세를 신고·납부하지 아니한 것이다. 이는 관련 법령의 해석상 합리적인 신뢰에 기초한 행위로서 고의 또는 중과실에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 건과 관련하여 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점선박이 연안항로에 취항하는 내항 화물운송사업에 직접 사용되었는지 여부에 대하여 살펴보면, 조세감면 규정은 조세법률주의 원칙상 법문에 따라 엄격하게 해석되어야 하고, 합리적 이유 없는 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다. 「항만법」(이하 “항만법”이라 한다) 및 「해운법」(이하 “해운법”이라 한다)에 따르면 내항 화물운송사업이란 국내항과 국내항 사이의 항로에서 화물을 운송하는 사업을 의미하는데, 이는 연안항 간 운송을 전제로 하는 개념으로 해석된다. 한국표준산업분류 또한 내항 화물운송업을 국내항 간 선박을 취항하여 화물을 운송하는 산업활동으로 규정하고 있다.

쟁점선박은 해저케이블을 선적하여 해상 작업구역으로 운송한 후 양하·포설하는 데 사용되었는데, 이는 항과 항 사이의 화물운송이라기보다는 해저케이블 설치라는 해양건설 작업의 일환으로 볼 수 있다. 또한 청구법인의 누리집 및 선박 임대차계약서에 따르면 쟁점선박은 동적 위치제어 시스템을 갖춘 케이블 포설용 선박으로서 해상풍력 및 해양건설 작업에 적합하게 설계되었고, 실제로도 해저케이블 건설사업을 수행하는 제3자에게 임대되어 사용된 것으로 확인된다. 이러한 사정을 종합하면 쟁점선박은 연안항로에 취항하는 내항 화물운송사업에 직접 사용되었다고 보기 어렵고, 청구법인은 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 경우에 해당한다.

한편 청구법인은 감면 규정의 적용 제외 사유에 해당하지 않는다고 믿고 취득세를 신고·납부하지 않았으므로 가산세 부과는 부당하다고 주장하나, 가산세는 납세자의 고의·과실과 무관하게 법령상 의무를 이행하지 않은 경우 부과되는 행정상 제재로서, 법령의 부지나 착오는 정당한 사유에 해당하지 않는다. 청구법인은 쟁점선박이 취득세 추징 대상이 되었음에도 그 사유 발생일부터 60일 이내에 이를 신고·납부하지 않았으므로 「지방세기본법」 제52조에 따른 가산세 부과 대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

해저케이블 포설을 목적으로 취득되어 해상 작업구역에서 케이블을 선적·포설하는 데 사용된 쟁점선박이 「지방세특례제한법」 제64조 제2항에서 정한 ‘연안항로에 취항하는 내항 화물운송용 선박으로서 해당 용도에 직접 사용된 경우’에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1995.4.17. 해저케이블 등 건설 및 유지보수업무, 케이블 선박 등 장비와 시설을 이용한 해상운수업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2025.1.20. 본점 소재지를 부산광역시 해운대구 OOO에서 부산광역시 동구 OOO로 이전하였고, 2025.3.25. 해상풍력 및 해양플랜트 관련 선박 운영 사업 등을 목적사업에 추가한 것으로 나타난다.

(나) 쟁점선박은 선박의 종류가 부선으로 선박명은 ‘AAA’이고 선적항은 부산광역시이며 총톤수는 6,360톤으로서 2010.7.13. 신조 신규등록되었고 2022.3.10. 총톤수를 개축한 사실이 선박원부를 통해 확인되며, 청구법인의 누리집에는 쟁점선박의 주요 제원 및 용도가 게시되어 있다.

○○○

(다) 청구법인은 쟁점선박이 해저케이블 포설에 특화된 CLB(Cable Laying Barge)로서, 쟁점선박과 예인선 BBB(이하 “BBB”라 한다)를 「해운법」 제24조에 따라 쟁점선박 취득일로부터 30일 이내인 2023.3.21.을 운항개시일로 하여 내항 화물운송사업으로 등록한 사실이 운항선박명세서를 통해 확인된다.

(라) 한국표준산업분류 제10차 개정 고시(2017.1.13.)에 따른 내항 화물 운송업(50122), 일반 전기 공사업(42311), 일반 통신 공사업(42321)의 정의는 다음과 같다.

구 분

내항 화물 운송업(50122)

일반 전기 공사업(42311)

일반 통신 공사업(42321)

정의

국내 항구 간에 각종 선박을 취항하여 화물을 운송하는 산업활동

송·배전 설비공사, 송·배전선 설치공사 등과 같은 전기 관련 토목공사 성격의 공사를 수행하는 산업활동을 말한다. 전기 설비공사와 관련한 구조물 건설활동도 포함

통신 케이블 공사 및 통신선 관련 구조물 설치 등 토목공사의 성격을 가지는 통신공사를 수행하는 산업활동

·통신 케이블공사

·통신탑 설치공사

·해저 통신 케이블공사

예시

· 내항 정기 화물 운송

·내항 부정기 화물 운송

· 내항 화물 선박 임대(승무원 딸린)

· 송전 및 배전선 케이블공사

· 가로 조명 시설공사

· 교통 통제용 전기 시설공사

· 송·배전탑 공사

· 통신 케이블공사

· 통신탑 설치공사

· 해저 통신 케이블공사

(마) 청구법인은 2023년 중 쟁점선박이 대부분 입거 등 프로젝트 투입을 위한 준비작업에 사용되었으며, 실제 작업에 투입된 사례는 비금-안좌 154kV 해저케이블 건설사업(2023.10.8. ～ 2023.12.22.)이 유일하다고 주장하면서, 그 구체적인 작업 내역을 제출하였다.

＜선박장비 임대차계약서＞

○○○

＜비금태양광 프로젝트 시공계획 발췌＞

○○○

(바) 청구법인이 제출한 쟁점선박의 2023년∼2024년 운항내역에 따르면, 쟁점선박는 2023.7.1.부터 2024.1.1.까지 총 184일간 운항하였고, OOO 실전항을 중심으로 한 MOB/DEMOB 및 장기 작업이 주를 이루는 가운데 특히 비금도 작업 구간과 OOO 해양조선소 DOCK 기간에 연간 소모량의 대부분이 집중되는 것으로 나타난다.

(2) 「지방세특례제한법」 제64조 제2항의 규정에 의하면 연안항로에 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 화물운송용 선박에 대하여는 2027년 12월 31일까지 「지방세법」 제12조 제1항 제1호의 세율에서 1천분의 10을 경감하여 취득세를 과세하고, 과세기준일 현재 화물운송용에 사용하는 선박에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 등은 경감된 취득세를 추징토록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제30조 제1항의 규정에 의하면 법 제64조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "연안항로에 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 화물운송용 선박"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 선박을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 해운법 제24조에 따라 내항 화물운송사업을 등록한 자가 취득하는 내항 화물운송용 선박을 규정하고 있으며, 또한 해운법 제23조 제1호의 규정에 의하면 내항 화물운송사업은 국내항과 국내항 사이에서 운항하는 해상화물운송사업을 말하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 해저케이블 포설 행위는 내항 화물운송사업에 해당하여 직접사용으로 볼 수 있고, 설령 그렇지 않더라도 적법한 사업등록과 실제 운송행위에 기초한 정당한 사유 및 법령 해석에 대한 합리적 신뢰가 존재하므로 감면 배제나 가산세 부과는 부당하다고 주장하나,

조세감면 규정은 조세법률주의 원칙상 엄격하게 해석되어야 하는바, 「해운법」 및 「항만법」, 한국표준산업분류 등에 따르면 내항 화물운송사업이란 국내항과 국내항 사이의 항로에서 화물을 운송하는 사업을 의미하는데, 쟁점선박은 해저케이블의 선적·포설·매설이라는 특정 해양공사를 수행하기 위하여 설계·제작된 케이블 포설 전용 바지선으로서, 그 건조 목적과 구조·설비 및 실제 운항 내역에 비추어 볼 때 해저케이블을 운송의 대상으로 삼아 항만과 항만 사이를 왕복하는 일반적인 내항 화물운송용 선박과는 본질적으로 성격을 달리하며, 실제 이동 역시 특정 해역에서 해양건설 작업을 수행하기 위한 부수적 과정에 불과하므로 화물의 운송 자체를 목적으로 연안항로에 취항하는 선박이 아니라 해저케이블 설치라는 해양건설 공사를 수행하기 위하여 특수하게 건조·운용된 작업선에 해당한다고 보는 것이 타당한 점, 쟁점선박이 케이블을 적재하고 있는 사실은 인정되나, 해당 케이블은 운송의 대상이 되는 일반적인 화물이라기보다는 특정 공사 수행을 위하여 쟁점선박에 탑재되어 설치·시공 과정에서 직접 사용되는 건설자재에 해당하여 독립된 운송목적의 화물로 보기는 어려운 점, 청구법인은 쟁점선박이 「지방세특례제한법」 제64조 제2항 단서에 따른 감면 배제 사유에 해당함에도 그 사유 발생일부터 60일 이내에 경감된 취득세 등을 신고·납부하지 아니하였고, 법령의 해석상 착오나 신뢰는 「지방세기본법」 제52조에서 정한 가산세 면제 사유인 ‘정당한 사유’에 해당하지 않는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 지방세법

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(3) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ 건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다

제64조(해운항만 등 지원을 위한 과세특례) ② 연안항로에 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 여객 및 화물운송용 선박과 외국항로에만 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 외국항로취항용 선박에 대해서는 2027년 12월 31일까지 「지방세법」 제12조 제1항 제1호의 세율에서 1천분의 10을 경감하여 취득세를 과세하고, 과세기준일 현재 여객 및 화물운송용에 사용하는 선박에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감하며, 외국항로취항용에 사용하는 선박에 대해서는 해당 선박의 취득일 이후 해당 선박에 대한 재산세 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(4) 지방세특례제한법 시행령

제30조(화물운송용 선박 등의 범위 등) ① 법 제64조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “연안항로에 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 여객 및 화물운송용 선박과 외국항로에만 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 외국항로취항용 선박”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 선박을 말한다.

1. 「해운법」 제4조에 따라 내항 여객운송사업의 면허를 받거나 같은 법 제24조에 따라 내항 화물운송사업을 등록한 자(취득일부터 30일 이내에 내항 여객운송사업의 면허를 받거나 내항 화물운송사업을 등록하는 자를 포함한다) 또는 같은 법 제33조에 따라 선박대여업을 등록한 자(취득일부터 30일 이내에 선박대여업을 등록하는 자와 「여신전문금융업법」에 따른 시설대여업자로서 선박을 대여하는 자를 포함하며, 이하 이 항에서 “선박대여업의 등록을 한 자”라 한다)가 취득하는 내항 여객 및 화물운송용 선박

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 선박으로서 「국제선박등록법」에 따라 등록되지 아니한 선박

가. 「해운법」 제4조에 따라 외항 여객운송사업의 면허를 받거나 같은 법 제24조에 따라 외항 화물운송사업을 등록한 자(취득일부터 30일 이내에 외항 여객운송사업의 면허를 받거나 외항 화물운송사업을 등록하는 자를 포함한다)가 외국항로에 전용하는 선박

나. 선박대여업의 등록을 한 자가 외국항로에 전용할 것을 조건으로 대여한 선박

다. 원양어업선박(취득일부터 3개월 이내에 「원양산업발전법」 제6조에 따라 허가를 받는 경우를 포함한다)

② 법 제64조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 화물운송용 선박”이란 제1항 제1호에 따른 선박을 말한다

(5) 해운법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “해상화물운송사업”이란 해상이나 해상과 접하여 있는 내륙수로에서 선박[예선(曳船)에 결합된 부선(艀船)을 포함한다. 이하 같다]으로 물건을 운송하거나 이에 수반되는 업무(용대선을 포함한다)를 처리하는 사업(수산업자가 어장에서 자기의 어획물이나 그 제품을 운송하는 사업은 제외한다)으로서 「항만운송사업법」 제2조 제2항에 따른 항만운송사업 외의 것을 말한다.

제3조(사업의 종류) 해상여객운송사업의 종류는 다음과 같다.

1. 내항 정기 여객운송사업 : 국내항[해상이나 해상에 접하여 있는 내륙수로에 있는 장소로서 상시(常時) 선박에 사람이 타고 내리거나 물건을 싣고 내릴 수 있는 장소를 포함한다. 이하 같다]과 국내항 사이를 일정한 항로와 일정표에 따라 운항하는 해상여객운송사업

제23조(사업의 종류) 해상화물운송사업의 종류는 다음과 같다.

1. 내항 화물운송사업 : 국내항과 국내항 사이에서 운항하는 해상화물운송사업

2. 외항 정기 화물운송사업 : 국내항과 외국항 사이 또는 외국항과 외국항 사이에서 정하여진 항로에 선박을 취항하게 하여 일정한 일정표에 따라 운항하는 해상화물운송사업

제24조(사업의 등록) ① 내항 화물운송사업을 경영하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록하여야 한다.

(6) 항만법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “항만”이란 선박의 출입, 사람의 승선ㆍ하선, 화물의 하역ㆍ보관 및 처리, 해양친수활동 등을 위한 시설과 화물의 조립ㆍ가공ㆍ포장ㆍ제조 등 부가가치 창출을 위한 시설이 갖추어진 곳을 말한다.

3. “연안항”이란 주로 국내항 간을 운항하는 선박이 입항ㆍ출항하는 항만으로서 제3조 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 항만을 말한다.