이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019년 12월 충청북도 충주시 OOO지상 건축물 47,807.31㎡(이하 “이 건 제①건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 2020.2.7. 이 건 제①건축물의 취득에 대하여 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제①취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였고, 2020년 8월 충청북도 충주시 대소원면 영평리 지상 건축물 233.41㎡(이하 “이 건 제②건축물”이라 하고, 이하 이 건 제①건축물과 합하여 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 증축하여 취득한 후, 2020.10.20. 취득세 등 합계OOO원(이하 “이 건 제②취득세 등”이라 하고, 이 건 제①취득세 등과 합하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2025.1.31. 이 건 건축물의 취득이 「조세특례제한법」(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의17 제1항 제1호 및 「충청북도 도세 감면조례」(2016.5.24. 충청북도조례 제3920호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제1호 등에 따른 기업도시개발구역에 사업장을 신설하는 기업이 그 구역의 사업장에서 하는 사업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 이 건 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.3.27. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 기업도시개발구역에서 부동산을 취득할 당시 규정에 따르면 이 건 부동산은 사업을 하기 위하여 최초 부동산을 취득한 날(2012년 11월)로부터 15년 이내에 취득한 부동산이고, 운영형태와는 상관없이 청구법인의 부품제조사업에 사용하고 있다면 취득세 100% 감면 대상에 해당한다.

(가) 「조세특례제한법」 제121조의17 제1항 및 제3항, 「충청북도 도세 감면조례」 제10조 제1항 제1호 등에 따르면 기업도시개발구역에서 사업을 하기 위해 취득하는 부동산은 그 사업개시일(사업개시일 전에 부동산을 취득하는 경우에는 최초로 부동산을 취득하는 날로 한다.)부터 15년 동안 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 기업도시개발구역으로 지정된 충청북도 충주시 OOO지상의 건축물을 최초 취득하고 2013년 9월 그 부속토지를 취득하여 기업도시개발구역에서 사업장을 신설하였고, 2013년 3월부터 사업을 개시(재화 제조 개시일)하였으므로 2027년 11월까지 해당 지역에서 사업을 하기 위해 취득하는 부동산은 취득세는 면제되어야 한다.

(다) 또한, 「충청북도 도세 감면조례」 제10조 제2항 제6호에서 “그 사용일부터 2년이상 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우 기 면제한 취득세를 추징”한다고 규정하고 있다고 하더라도 2012년 11월 당시 그 규정 및 그 당시 「지방세특례제한법」에 “직접 사용”에 대한 별도 정의 규정이 없었고, “직접 사용”에 대한 정의 규정은 2014.1.1. 「지방세특례제한법」신설된 것으로서 2014.1.1. 이전 대법원에서는 ‘직접 사용’의 의미는 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용의 방법이 원고 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다고 할 것이라고 판시(대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결) 하고 있었다.

(라) 따라서 청구법인과 같이 2012년 부동산 취득 당시 규정을 적용받는 경우에는 이 건 건축물의 운영형태와는 관계없이 이 건 건축물을 청구법인의 부품 제조사업에 사용되기만 하면 취득세 감면요건은 충족하는 것이므로 청구법인이 이 건 건축물을 취득한 이후부터 현재까지 계속적으로 청구법인의 자동차 수소연료전지 부품 제조사업에 사용하고 있으므로 취득세 감면 대상에 해당한다.

(마) 다만, 처분청은 청구법인이 쟁점법인에게 임대차하여 이 건 건축물을 사용하는 것은 현행 「지방세특례제한법」상 “직접 사용”에 해당하지 않는다고 하고 있으므로 해당 운영형태 역시 청구법인이 이 건 건축물을 “직접 사용”하고 있는지에 대하여 살펴보도록 하겠다.

(2) 청구법인은 이 건 건축물을 신·증축하여 취득한 후 현재까지 계속하여 청구법인의 자동차 수소연료전지 부품 제조사업에 사용하고 있다.

(가) 청구법인은 이 건 건축물에서 수소연료전지 부품 제조사업을 영위함에 있어서 제품기획·연구개발·구매·영업 등 Value Chain상 주요 기능은 모두 청구법인이 주도적으로 수행하고, 제품의 생산 기능은 청구법인이 주식회사 OOO(이하 “협력업체”라 한다)에게 청구법인의 제품을 생산하는데 필요한 원재료와 설비를 무상으로 제공하고 협력업체로부터는 인적자원만을 공급받는 생산위탁 형태(이하 “무상사급”이라 한다)로 협력업체의 인적자원을 활용하여 생산하고 있다가 2022년 11월 청구법인의 완전자회사인 OOO주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 설립됨에 따라 이후에는 쟁점법인으로부터 인적자원을 공급받는 생산위탁 형태로 청구법인의 수소연료전지 부품 제품을 생산하였다.

(나) 이 건 건축물을 청구법인이 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한다고 보기 위해서는 이 건 건축물을 운영하는 형태가 청구법인이 이 건 건축물에서 주된 사업인 제조업을 영위한다고 볼 수 있어야 하고, 한국표준산업분류 중 제조업에 대한 설명에 따르면 자기가 특정 제품을 직접 제조하지 않고, 다른 제조업체에 의뢰하여 그 제품을 제조하게 하고, 이를 인수하여 판매하는 경우에는 아래 4가지 조건이 모두 충족되면 그 자신은 제조업을 영위하는 것으로 규정하고 있다.

○○○

(다) 이에 청구법인이 이 건 건축물을 운영하는 형태가 제조업을 영위하는지를 살펴보면, 청구법인은 협력업체들과 체결한 부품생산 위탁계약(이하 “이 건 제1차 위탁계약”이라 한다)과 마찬가지로 쟁점법인과 부품생산 위탁계약(이하 “이 건 제2차 위탁계약”이라 하고, 이 건 제1차 위탁계약과 합하여 이하 “이 건 위탁계약”이라 한다)을 맺고 협력업체와 쟁점법인 모두 이 건 건축물에서 청구법인이 직접 기획한 제품의 도면 등 사양서류 및 청구법인의 계산으로 구입한 원재료를 무상사급 형태로 제공받아 오로지 청구법인 명의의 부품 제품만을 수탁생산하고 있고, 청구법인은 협력업체와 쟁점법인이 제조한 청구법인 명의의 부품 제품을 인수하여 청구법인의 책임 아래 시장에 판매하는 형태로 이 건 건축물을 운영하고 있으므로 청구법인은 이 건 건축물에서 직접 제조활동을 수행하고 있는 것이다.

(라) 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-2845호, 2020.11.30.)에서도 특정 제품을 직접 제조하지 않고, 다른 제조업체에 의뢰하여 그 제품을 제조하게 하였더라도 그 제품을 고안하고 디자인하는 등 생산할 제품을 직접 기획하여 제조하게 하고 이를 인수하여 판매하는 위탁생산방식의 제품생산도 지방세 감면대상인 제조업에 직접 사용한다고 보아야 할 것이라고 해석하고 있는바, 위 유권해석에 따르면 이 건 건축물은 청구법인의 주된 사업인 제조업에 직접 사용하고 있는 것이다.

(마) 대법원(대법원 2018.10.4. 선고 2018두46643 판결) 및 감사원 (감심 2017-446호, 2019.4.18.)에서도 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업의 목적이나 용도에 맞게 해당 사업에 사용하는 것이면 충분하므로 해당 부동산을 운영하는 형태를 임대형식을 취하였다고 하여 해당 사업에 직접 사용되지 않는 것으로 보기 어렵다는 점을 명확하게 하고 있다. 이 건 건축물 역시 청구법인이 협력업체에게 청구법인의 제품생산을 위탁하는 형태를 통해 청구법인의 제조업에 사용하고 있는바, 이 건 건축물은 청구법인 사업에 직접 사용하고 있다고 봄이 타당하다.

(3) 협력업체는 청구법인이 무상으로 제공한 원재료 및 이 건 건축물을 오로지 청구법인의 제품을 제조하는 데에만 사용할 수밖에 없고, 청구법인은 생산된 제품 전부를 자신의 책임 아래 완성차에 판매하였으므로 이 건 건축물은 사용대차 계약을 통해 청구법인의 제조업에 직접 사용되고 있는 것이다.

(가) 청구법인은 협력업체와 이 건 제1차 위탁계약을 체결하고 협력업체에게 필요한 원재료와 설비를 무상으로 제공하는, 이른바 무상사급 형태로 부품을 생산하였는데, 협력업체에게 각 수소차량을 위한 PMC(Power Module Complete)와 PFC(Powertrain Fuelcell Complete) 부품 생산을 위탁하고 협력업체가 위탁업무를 수행하는데 있어 필요한 부동산, 설비, 전산장비 및 소프트웨어 모두 무상으로 사용할 수 있도록 사용자 대차계약(이하 “이 건 사용대차계약”이라 한다)을 체결하였다.

(나) 협력업체는 청구법인이 무상으로 제공한 원재료 등의 부품이나 시설물을 오로지 청구법인의 제품을 제조하는 데에만 사용하게 되며 다른 용도로 사용할 수 없고, 이러한 도급용역의 수행은 모두 이 건 건축물에서 이루어지며 청구법인의 제품만을 수탁생산하였으며, 청구법인은 이에 따라 생산된 제품 전부를 자신의 책임 아래 완성차에 판매하였다.

(다) 또한, 이 건 제1차 위탁계약 및 사용대차계약서 내용을 보면 협력업체가 선량한 관리자의 주의로 일상적인 점검 및 수리 의무를 부담하지만 정기적인 부품교체 또는 노후로 인한 부품교체 등 목적물의 정비에 소요되는 비용은 청구법인이 부담하는 것으로 되어있는 것을 보았을 때 이 건 건축물의 주된 관리책임은 청구법인에게 있는 것이 확인된다.

(4) 쟁점법인은 협력업체 근로자들의 처우개선과 생산성 향상을 목적으로 하여 설립된 법인으로 쟁점법인 설립 후에도 이 건 건축물은 쟁점법인 설립 전과 동일한 방식으로 운영되고 있다.

(가) 청구법인은 2022.9.5. 임시 이사회를 통해 다수의 소규모 생산전문사 형태로 운영하던 종전 형태를 탈피하고자 업계 최초로 2개의 생산전문 통합계열사를 청구법인의 100% 자회사로 신설하기로 결정하였고 2022.10.11. 쟁점법인이 설립되어 이 건 건축물에서 도급업무를 수행하던 직원의 대부분이 부품 통합계열사인 쟁점법인의 정규직으로 채용되었다.

이와 같이 청구법인이 쟁점법인과 같은 생산전문 통합계열사를 신설하고자 하였던 것은, 2020년 3월과 2021년 10월 청구법인의 충주공장 협력사 노동조합원들 약 400여명이 청구법인에게 「파견근로자 보호 등에 관한 법률」(이하 “파견법”이라 한다) 위반을 근거로 청구법인에 정규직 고용을 요구하는 근로자 지위확인 소송을 제기하고, 2021년 12월 고용노동부에 파견법 위반에 대한 진정을 제기하는 등 협력업체들 직원 관련 노사문제가 발생하게 된바, 기존 청구법인이 협력업체 직원들을 통해 청구법인 소유의 이 건 건축물에서 제조활동을 수행하던 형태를 협력사 직원들을 청구법인 계열 소속으로 변경하는 고용형태 개선을 통해 생산공장에서 업무를 수행하던 협력업체 근로자의 고용안정 및 처우개선과 향후 양질의 일자리 창출 등 사회적 책임 이행 및 생산 효율성 향상을 위한 것이었다.

(나) 쟁점법인이 설립된 이후에도 쟁점법인은 이 건 건축물에서 무상사급 형태로 청구법인의 부품 제품을 제조하였던 점, 원재료나 이 건 건축물을 비롯한 그 밖의 시설물 등은 오로지 부품 제품 제조만을 위해 사용되어야 하고 그 밖의 다른 용도로는 사용될 수 없는 점, 이 건 건축물에서 생산된 부품 제품은 모두 청구법인이 인수하여 청구법인의 책임 아래 매출하고 있었던 점 등 이 건 건축물의 운영형태는 쟁점법인 설립 전과 쟁점법인 설립 후가 동일하다.

(다) 다만, 쟁점법인은 청구법인의 100% 자회사이므로 특수관계법인에 해당하므로 쟁점법인이 적정 임대료를 지급하지 않고 이 건 건축물 내에서 부품위탁생산 활동을 하는 경우, 청구법인은 쟁점법인에게 이 건 건축물에 대한 임대용역을 공급한 것에 해당하여 부가가치세를 납부하여야 하는 상황이 되기 때문에 형식적으로 임대차계약을 체결할 수밖에 없었던 것일 뿐, 이 건 건축물은 청구법인의 부품생산 이 건 제2차 위탁계약에 따른 도급업무 수행목적 이외의 다른 용도로 사용할 수 없다는 점은 쟁점법인 설립 전과 쟁점법인 설립 후가 동일하다.

(5) 청구법인과 협력업체간 이 건 사용대차 계약, 청구법인과 쟁점법인간 이 건 임대차계약에서 협력업체와 쟁점법인은 모두 이 건 건축물을 자유롭게 사용·수익할 수가 없고, 청구법인은 이 건 건축물을 통한 실질적인 임대수익이 발생하지 않는바, 이 건 임대차계약은 통상적인 임대의 정의에 부합하지 않는다.

(가) 일반적으로 부동산 임대차 계약이 있다면 해당 계약을 통해서 임대인은 부동산을 제공함에 따른 임대용역에 대한 임대수익을 얻는 것이고, 임차인은 해당 부동산을 자신의 사업에 사용하기 위하여 임차하는 것이므로 임대인으로부터 부동산의 사용목적 및 사용용도에 대한 제한을 받지 않는 것이 통상적인 임대차계약이라 할 수 있다.

(나) 다만, 이 건 사용대차계약의 경우 제1조에서는 사용대차 계약의 목적이 제1차 위탁계약에 따라 무상으로 대여하는 것임을 명시하고 있고, 제3조에서는 이 건 건축물의 사용용도가 제1차 위탁계약에 따른 도급업무 수행목적으로 한정되며, 다른 용도로 사용되는 것을 금지하고 있다,

(다) 또한, 이 건 임대차계약의 경우에도 역시 제1조에서는 부동산 임대의 목적이 이 건 제2차 위탁계약에 따라 모듈제조에 필요한 부동산을 임대하는 것임을 명시하고 있고, 제3조에는 이 건 건축물의 사용용도가 이 건 제2차 위탁계약에 따른 도급업무 수행목적으로 한정되며 다른 용도로 사용되는 것을 금지하고 있는바, 쟁점법인은 이 건 건축물을 쟁점법인의 의지대로 자유롭게 사용·수익할 수 있는 권리가 없을 뿐만 아니라 청구법인의 부품생산을 위한 용도로만 사용할 수 있으므로 이는 통상적인 “임대”의 개념에 부합하지 않는다.

(라) 이 건 임대차계약서 제5조에서 임대료의 지급방법을 도급금액과 상계하는 점, 이 건 도급계약서 제5조에서 부품생산 관련원가(직접비와 간접비 등 당해 용역제공에 소요된 금액)에 적정이윤을 가산하여 청구법인에 청구하는 것으로 규정하고 있고, 임대료는 청구법인 소유의 부동산에 대한 것이므로 적정이윤 가산없이 청구법인에 청구하여 정산되고 있으므로 실질적으로 쟁점법인은 임대료를 부담하지 않는 것이고, 청구법인은 실질적인 임대수익이 발생하지 않는다는 점을 고려하여 보면 이 건 사용대차 계약과 임대차계약은 모두 통상적인 “임대”의 정의에 부합하지 않는다고 봄이 타당하다.

(6) 최근 행정안전부 유권해석 등에서도 “직접 사용”의 범위에 대하여 운영형태 등을 고려하여 보다 실질에 맞게 넓게 해석하고 있는바, 청구법인이 협력업체와의 사용대차 계약을 맺고 이 건 건축물을 운영한 형태는 청구법인이 이 건 건축물을 “직접 사용”하는 것으로 판단해야 한다.

(가) 최근 2023.5.15. 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-1209호)에서 “기업도시개발구역 내에서 부동산을 취득한 자가 자동차 등의 제품에 대한 성능 및 안전성을 시험 또는 검사하는 활동을 포함하는 사업(감면대상 목적사업)을 영위하는 것으로 하여 취득세를 감면받은 후 자동차 운행을 통한 타이어 성능개발연구에 사용할 목적으로 해당 시설물을 설치하고 연구를 수행하면서 주중에는 취득자 소속의 전문기사의 자동차 주행을 통해, 그 외 기간에는 다른 법인과 시설 이용계약을 체결하여 해당 법인이 운영하여 일반인이 참가하는 프로그램에 따른 자동차 주행을 통해 각각 다른 환경에서 수집된 데이터를 자동차 타이어 성능개발에 활용하는 등 감면받은 목적사업에 사용하고 있는 경우라면 해당 시설물의 소유자가 감면받은 사업의 목적이나 용도에 맞게 직접 사용한 경우에 해당된다”고 판단하였다.

(나) 즉, 위 유권해석은 타이어 성능개발연구에 사용할 목적으로 취득한 부동산을 다른 법인과 시설 이용계약을 체결하여 다른 법인이 운영하며 수집한 산출물이 부동산의 소유자의 타이어 성능개발에 활용되는 등 감면대상 목적사업에 사용된다면 이는 부동산의 소유자가 직접적으로 해당 부동산을 운영하며 데이터를 수집하지 않고 다른 법인에게 위탁하여 운영하더라도 해당 부동산을 “직접 사용”하는 것이라고 해석한 사례이다.

(다) 따라서, 청구법인과 같이 제품 제조활동에 사용할 목적으로 취득한 이 건 건축물에서 청구법인의 제품만을 제조할 수 있도록 협력업체에게 제1차 위탁계약에 따라 사용대차계약을 체결하고 생산한 제품을 통해 청구법인의 주된 목적사업인 제조업 매출을 발생시키고 있다면 이 건 건축물은 청구법인의 제조업에 “직접 사용”하고 있는 것으로 보아야 한다.

(7) 부동산 소유자가 부동산을 소유자의 목적사업에 맞게 사용하고자 타인에게 목적사업의 일부 수행을 위탁하여 부동산을 사용하는 것은 부동산 소유자가 해당 부동산을 직접 사용하는 것이라고 결정한 조세심판원의 선 결정례는 청구법인이 협력업체와의 사용대차 계약을 맺고 이 건 건축물을 운영한 형태와 유사하다고 할 수 있다.

(가) 조세심판원 선결정례(조심 2024지66, 2025.2.10. 등)의 경우, 금속구조재 조립 및 시공업등을 영위하는 부동산 소유자가 소사장업체들과 소사장계약 및 부동산 사용대차계약을 체결하여 소사장업체로부터 임가공용역만을 제공받은 경우 이는 부동산 소유자가 직접 사용한 것으로 본다고 결정하였다.

(나) 청구법인이 협력업체와 부품생산위탁계약과 사용대차 계약을 체결하고 제품기획·연구개발·구매·영업 등 주요 기능은 모두 청구법인이 주도적으로 수행하고 협력업체로부터는 임가공 용역만을 제공받은 것은 상기 결정례의 부동산 운영형태와 유사하다고 볼 수 있다.

(다) 조세심판원의 선결정례(조심 2020지3690, 2021.11.2.)의 경우, 문화예술단체에 해당하는 부동산의 소유자가 문화예술지원사업을 수행하기 위하여 극단 BBB에게 뮤지컬 공연을 위탁하여 해당 부동산을 사용할 수 있도록 한 것은 부동산의 소유자인 문화예술단체의 목적사업에 직접 사용한 것으로 본다고 결정한 사례가 있다.

(라) 청구법인이 이 건 건축물을 청구법인의 목적사업인 제조업을 영위하기 위하여 쟁점법인이 이 건 건축물 안에서 청구법인의 제품생산만을 할 수 있도록 제품생산 위탁계약을 체결하고 쟁점법인이 사용하게 허용한 것은 상기 문화예술단체가 부동산을 운영하는 형태와 유사하다고 볼 수 있다.

나.처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」상 “직접 사용”의 의미

2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에서 “‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”라고 하여 ‘직접 사용’의 의미를 명문으로 규정하였다. 그 개정 취지는 그 동안 ‘직접 사용’의 주체에 대해 법령 해석상 다툼의 소지가 있었는데, 지방세 감면의 수혜자가 해당 부동산 소유자인 점 등을 고려하여, 직접 사용의 주체를 해당 부동산의 소유자 중심으로 명확히 하기 위한 것이다.

특히 “직접 사용의 주체를 구분하지 않을 경우 제3자 임대 등 다른 수익적 방법이 있는 경우까지 과도한 감면혜택으로 이어지는 불합리한 점이 있어 이러한 경우는 특례를 제한하는 것이 입법목적에 부합”한다고 하여, 소유자가 제3자에게 임대 또는 위탁의 방법으로 사용하는 경우에는 특례를 제한하고자 하는 의사였음을 명확히 하였다.

이후, 2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 괄호 규정을 추가하여 “이 법에서 임대를 목적사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다”라고 하여 임대의 경우 직접 사용에서 제외하는 것을 더욱 명확히 하였다. 「지방세특례제한법」적용요령에 의하면, “해당 사안은 명확화 차원의 개정이므로 과세 실무는 동일 유지”한다고 적혀있어 종전의 규정을 더욱 명확히 하기 위한 개정인 것이 나타난다.

종합하면, 「지방세특례제한법」은 2014년에 직접 사용에 대한 정의 규정 입법을 통하여 종전의 인적사용 내지 물적사용과 관련한 논란을 해소하고자 하였으며, 입법 이후에도 임대 등 직접 사용과 관련한 분쟁이 계속되자 2023년에는 법 제2조 제1항 제8호의 규정을 구체화하여 임대를 직접 사용 대상에서 제외시키는 것으로 규정하는 등 일관되게 임대의 경우에는 「지방세특례제한법」상의 감면 대상이 아니라는 입법 취지를 공고히 하여 왔다.

(2) “직접 사용”에 관한 판례의 일반적인 입장

대법원은, 감면대상을 부동산 소유자에 한정하는 이유는 직접 사용의 주체를 구분하지 아니할 경우 제3자 임대 등 다른 수익적 방법이 있는 경우까지 과도한 감면혜택으로 이어지는 불리한 점이 있기 때문에 사용 주체를 명확히 하여 특례를 제한함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지하기 위한 것이라고 여러 차례 판시하였다(대법원 2020.11.5. 선고 2000누4387 판결 등).

최근 대법원의 판결 중 어린이집의 소유자인 조합원이 조합에게 어린이집을 위탁하여 운영하고 있는 경우 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지가 문제된 사건에서, 직접 사용은 소유자가 해당 부동산을 사용하는 것을 의미한다는 취지로 원고의 상고를 심리불속행 기각 판결을 하였다(대법원 2022.5.26. 선고 2022두34951 판결).

위 판결의 항소심인 수원고등법원에서는, “위 관계 규정의 문언과 체계 및 취지 등에다가 이 건 정의규정은 「지방세특례제한법」이 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되면서 신설되었는데, 이는 그 전에 ‘직접 사용’의 주체가 부동산 소유자인지 아니면 사용자인지에 관하여 해석상 다툼의 소지가 있던 것을 그 주체가 사용자가 아닌 소유자임을 명확히 하기 위한 것인 점까지 보태어 보면, 「영유아보육법」에 따른 어린이집을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하여 그 취득세가 감면된 부동산의 경우에 있어서 취득세 추징 사유에 관한 규정인 「지방세특례제한법」제178조 제1호의 ‘해당 용도로 직접 사용’이란 부동산을 취득한 ‘소유자’가 해당 부동산을 「영유아보육법」에 따른 어린이집의 설치·운영의 용도로 사용하는 것으로 해석하여야 한다.”라고 판시한 바 있다(수원고등법원 2022.1.14. 선고 2021누12141 판결).

나아가 하급심 판결들 역시 유사한 사례에서 동일한 취지로 판단한 바 있다. 법령상 불가피하게 완전자회사에게 건축물을 임대하여 학교를 운영시킨 경우 “직접 사용”에 해당하지 않는다고 판단한 판결이 있고(제주지방법원 2021.4.27. 선고 2020구합5328 판결), 특별한 예외 규정이 없는 한 제3자에 대한 임대나 위탁을 통해 골프장을 운영하는 것은 “직접 사용”에 해당하지 않는다고 판단한 판결이 있다(대전지방법원 2018.4.27. 선고 2017구합102821 판결).

앞서 살펴본 바와 같이 개정 경위 및 판례 등을 종합하여 보면, 직접 사용이라 함은 부동산을 취득한 소유자가 직접 사용하는 것을 의미하고, 그 외에 제3자에게 임대하는 것은 특별한 예외 규정이 없는 한 직접 사용한 것으로 볼 수가 없어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 이 건 건축물을 취득한 후 직접 사용하지 않아 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법률 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 1977.6.25. 자동차 부속품 제조 판매업 등을 목적사업으로, 쟁점법인은 2022.10.11. 자동차 부속품 제조 판매업 및 수출입업 등을 목적사업으로 설립된 것으로 확인된다.

(나) 청구법인이 제출한 이 건 건축물 부속토지 등 취득관련 매매계약서 및 처분청이 2013.9.5. 청구법인에게 발급한 아래 취득세 감면 통지서를 보면 청구법인이 그 부속토지를 2013.9.4. 취득한 후 처분청으로 「조세특례제한법」 제121조의17 제1항 제1호 등에 따라 취득세 등을 면제 받은 것으로 확인된다.

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(다) 청구법인은 「조세특례제한법」 제121조의17 제1항 제1호 등에 따라 사업개시일(재화의 제조를 시작한 날 : 2013년 2월) 이전에 기업도시개발구역내에 소재한 건축물을 취득(2012년 11월)하여 감면기간(15년)의 기산점인 그 건축물 취득일부터 15년 동안 취득세를 감면을 받고 있다고 주장하며 그 취득일부터 처분청으로부터 감면받은 취득세 현황을 아래와 같이 제출하였다.

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(라) 청구법인은 위 (가)와 같이 자동차 부품 제조판매업 등을 목적사업으로 하고, 자동차 모듈 및 부품제조사업과 A/S용 부품사업을 영위하고 있는 법인으로 청구법인의 2가지 사업부문 중 자동차 모듈 및 부품제조사업은 아래와 같이 샤시모듈, 칵핏모듈, FEM, PE모듈(전동화 모듈)을 조립·생산하여 현대자동차와 기아 등에 공급하는 것과 제동ㆍ조향ㆍ에어백ㆍ램프 및 전장ㆍ전동화 부품, PMCㆍPFC(수소연료전지 부품) 등 다양한 자동차 부품을 생산하여 현대자동차와 기아 및 글로벌 완성차 업체에 공급하는 사업으로 청구법인의 매출 중 자동차 모듈 및 부품제조사업이 차지하는 비중은 2024년도 기준 약 78.9%를 차지하고 있다고 주장하고 있다.

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(마) 청구법인이 쟁점법인과 같은 생산전문 통합계열사를 신설한 사유는 2020년 3월과 2021년 10월 청구법인의 충주공장 협력사 노동조합원들 약 400여명이 청구법인에게 파견법 위반을 근거로 청구법인에 정규직 고용을 요구하는 근로자 지위확인 소송을 제기하고,

그 조합원들이 2021년 12월 고용노동부에 파견법 위반에 대한 진정을 제기하는 등 협력업체 직원 관련 노사문제가 발생하게 된 바, 기존 청구법인이 생산전문 협력업체들의 직원들을 통해 청구법인 소유의 공장에서 제조활동을 수행하던 형태를 협력업체들 직원들을 청구법인 계열 소속으로 변경하는 고용형태 개선을 통해 생산공장에서 업무를 수행하던 협력업체 근로자의 고용안정 및 처우개선과 향후 양질의 일자리 창출 등 사회적 책임 이행 및 생산 효율성 향상을 위한 것이었다고 주장하며, 그 조합원들의 고용노동부 진정에 대하여 그 당시 청구법인이 고용노동부에 향후 대책관련 제출한 자료를 아래와 같이 제출하였다.

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(바) 청구법인은 2022.9.5. 위 (마) 자료 등의 아래 추진계획에 따라 임시 이사회를 통해 다수의 소규모 생산전문사(협력업체들 포함) 형태로 운영하던 종전의 형태를 탈피하고자 업계 최초로 2개의 생산전문 통합계열사를 청구법인의 100% 자회사로 신설하기로 결정하였다.

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(사) 청구법인은 2022.10.11. 쟁점법인을 설립한 후, 이 건 건축물에서서 도급업무를 수행하던 협력업체 직원의 대부분은 쟁점법인의 정규직원으로 채용하였다고 주장하면서 아래 부제소확약서 접수현황 관련 회사 내부 검토자료를 제출하였다.

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(아) 처분청 등이 제출한 대규모기업집단 소속회사 대한 전자공시시스템상 공시현황을 보면 청구법인과 쟁점법인은 현대자동차의 소속회사이고, 청구법인은 쟁점법인의 전체주식을 소유하고 있는 것으로 확인된다.

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(자) 청구법인이 협력업체와 체결한 이 건 부동산과 관련한 주요계약 등은 아래와 같다.

1) 처분청 등이 제출한 아래 청구법인과 협력업체가 2019.6.1. 체결한 이 건 제1차 위탁계약을 보면 청구법인이 무상으로 제공한 원재료 등의 부품이나 시설물을 청구법인의 제품을 제조하는 곳에만 사용한다고 기재되어 있고,

협력업체는 이 건 건축물에서 도급업무를 수행하여 청구법인의 제품만을 수탁생산하고, 청구법인은 그 생산된 모듈 제품을 자신의 책임 아래 고객사에 판매하며,

그 판매된 제품은 수소 전기차 생산공장에서 완성차 제조에 사용되고 있으므로 청구법인은 이 건 건축물에서 협력업체의 인적자원을 활용하여 청구법인의 주된 사업인 자동차 부품제조업을 직접 영위하고 있었다고 주장하고 있다.

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2) 처분청 등은 청구법인과 협력업체가 2019.6.1. 체결한 이 건 건축물 등을 목적물로 한 아래 이 건 사용대차계약서를 우리 원에 제출하였고, 청구법인이 협력업체와 체결한 이 건 제1차 위탁계약에 따라 협력업체에게 이 건 건축물을 무상으로 대여한다고 기재되어 있다.

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(차) 쟁점법인이 설립된 후 청구법인과 쟁점법인이 체결한 이 건 부동산과 관련한 주요계약 등은 아래와 같다.

1) 청구법인은 2022.11.14. 쟁점법인과 체결한 아래 이 건 제2차 위탁계약은 위 (자) 1)의 협력업체와 체결한 이 건 제1차 위탁계약의 주요 내용인 ① 이 건 부동산에서 무상사급 형태로 청구법인의 제품을 제조하고 있는 점, ② 원재료나 이 건 공장을 비롯한 그 밖의 시설물 등은 오로지 제품 제조만을 위해 사용되어야 하고 그 밖의 다른 용도로는 사용될 수 없는 점, ③ 이 건 공장에서 생산된 제품은 모두 청구법인이 인수하여 청구법인의 책임 아래 매출하고 있는 점 등을 포함하고 있는 등 대부분의 내용이 동일하다고 주장하고 있다.

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2) 청구법인과 쟁점법인이 2022.10.26. 이 건 건축물 등을 목적물로 하여 체결한 아래 이 건 임대차계약서를 보면 청구법인이 쟁점법인과 체결한 위 1) 이 건 제2차 위탁계약에 따라 쟁점법인에게 이 건 건축물 등을 임대하는 것이라고 기재되어 있다.

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3) 청구법인은 쟁점법인과 이 건 건축물에 대하여 청구법인이 협력업체와 체결한 위 (자) 2)와 같은 사용대차계약 형식의 계약을 체결하려고 하였으나,

쟁점법인이 청구법인의 100% 자회사(특수관계법인)에 해당하여 「부가가치세법」제12조 제2항 단서의 적용대상이 되어 청구법인이 사실상 쟁점법인에게 이 건 부동산을 사용대차(무상)를 하였다고 하더라도 청구법인은 쟁점법인과 형식적으로라도 임대차계약(유상)을 체결한 후, 그 임대용역제공에 따른 부가가치세를 국세청에 신고·납부할 수밖에 없어 청구법인과 쟁점법인은 이 건 건축물 등 대한 이 건 임대차계약을 체결하게 되었다고 주장하고 있으며,

청구법인과 쟁점법인이 체결한 이 건 임대차계약은 기존의 청구법인과 쟁점법인이 체결한 위 (자) 2)의 이 건 사용대차계약과 마찬가지로 청구법인의 이 건 위탁계약에 따른 도급업무 수행목적 이외의 다른 용도로 사용할 수 없음은 물론, 사실상 그 사용대차계약과 마찬가지로 무상으로 쟁점법인이 사용하고 있다고 주장하고 있다.

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(카) 청구법인은 위 (차) 2) 청구법인과 쟁점법인이 2022.10.26. 이 건 건축물 등을 목적물로 하여 체결한 이 건 임대차계약의 제5조 제2항에서 “임대료는 위탁계약에 따라 모비스로부터 지급받을 도급대금과 대등액에서 상계한다”고 규정하고 있는 바와 같이 쟁점법인은 지급할 임대료를 포함하여 도급대금을 청구하면, 청구법인이 지급받을 임대료를 상계하고 지급하고 있듯이 사실상 쟁점법인이 지급하는 임차료가 없는 사실상 사용대차계약이라고 주장하고 있다.

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」제121조의17 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 “감면대상사업”이라 한다)을 하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세를 각각 감면한다고 하고, 그 제1호에서 기업도시개발구역에 2015년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 구역의 사업장에서 하는 사업이라고, 같은 조 제3항에서 제1항에 따른 감면대상사업을 하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 지방자치단체가 15년의 범위에서 감면비율ㆍ공제비율과 감면기간ㆍ공제기간을 「지방세특례제한법」 제4조에 따라 조례로 정할 수 있다고 규정하고 있고,

「충청북도 도세 감면조례」제10조 제1항에서 「조세특례제한법」 제121조의17 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 투자(같은 법 시행령 제116조의21에 따른 투자에 해당하는 경우로 한정한다)에 대하여는 「조세특례제한법」제121조의17 제3항에 따라 다음 각 호와 같이 취득세를 면제한다고 하면서 그 제1호에서 「조세특례제한법」 제121조의17 제1항 제1호에 따른 사업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 그 사업개시일(사업개시일 전에 부동산을 취득하는 경우에는 최초로 부동산을 취득하는 날로 한다)부터 15년 동안 취득세를 면제한다고, 같은 조 제2항에서 제1항에 따라 취득세를 면제받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제6호에서 부동산 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 그 사용일부터 2년이상 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각 또는 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우라고 규정하고 있으며,

「조세특례제한법」(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 부칙 제64조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 이 건 건축물을 신·증축하여 취득한 후 감면유예기간(2년) 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보고 청구법인의 경정청구를 거부한 처분이 적법하다는 의견이나, 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 후, 감면유예기간(2년) 동안 이 건 건축물에서 청구법인의 매출증대를 위한 제품(모듈)을 청구법인의 책임아래 무상사급(쟁점법인으로부터 인력만을 공급 받는) 형태로 제조한 점, 청구법인과 쟁점법인간 체결한 이 건 임대차계약은 그 실질이 사용대차에 가까워 보이는 점, 청구법인은 자신의 수익증대 등이 아닌 이 건 건축물에서 제조활동을 수행하던 협력업체들 근로자의 직접고용을 통한 고용안정, 처우개선과 향후 양질의 일자리 창출 등 사회적 책임 이행 등을 위하여 청구법인이 자회사로 설립하고, 그에 따라 설립된 쟁점법인이 특수관계에 해당하는 청구법인과 임대용역에 대하여는 그 부가가치세 신고를 위하여 임대차 형식으로 그 계약을 체결한 것으로 보이는 점, 이 건 임대차계약은 이 건 위탁계약에 따른 도급업무 수행목적 이외의 다른 용도로 사용할 수 없음은 물론, 사실상 쟁점법인으로 임대료를 사실상 지급하지 않고 있어 형식적 계약으로 보여지고, 청구법인 주도하에 쟁점법인이 일부 인적용역만을 제공하고 있다는 점에서 최종적으로 청구법인의 책임하에 해당 제조업을 영위하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 감면유예기간(2년) 이내에 다른 용도 등으로 사용한 것으로 볼 수가 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것)

제121조의17(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 “감면대상사업”이라 한다)을 하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세를 각각 감면한다. 다만, 제5호와 제6호의 경우 취득세ㆍ재산세는 감면하지 아니한다.

1. 기업도시개발구역에 2015년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 구역의 사업장에서 하는 사업

③ 제1항에 따른 감면대상사업을 하기 위하여 취득ㆍ보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 지방자치단체가 15년의 범위에서 감면비율ㆍ공제비율과 감면기간ㆍ공제기간을 「지방세특례제한법」 제4조에 따라 조례로 정할 수 있다.

(2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

＜부 칙＞

제64조(지방세 개정 관련 일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호 개정되기 전의 것)

제116조의21(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 법 제121조의17 제1항 제1호ㆍ제3호 및 제5호에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 또는 재산세를 감면하는 투자는 투자금액이 100억원 이상(제116조의 2 제17항 제2호에 해당하는 사업의 경우에는 20억원 이상이며 제116조의 2 제17항 제3호에 해당하는 사업의 경우에는 50억원 이상을 말한다)으로서 「기업도시개발특별법」 제2조 제2호에 따른 기업도시개발구역(이하 이 조에서 “기업도시개발구역”이라 한다), 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」 제11조에 따라 지정된 지역개발사업구역(같은 법 제7조 제1항 제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다. 이하 이 조에서 “지역개발사업구역”이라 한다) 및 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역(이하 이 조에서 “지역활성화지역”이라 한다), 「여수세계박람회 지원 및 사후활용에 관한 특별법」 제28조 제1항에 따라 지정ㆍ고시된 박람회장 조성사업구역(이하 이 조에서 “박람회장 조성사업구역”이라 한다) 안에서 제116조의2 제17항 각 호에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 시설을 새로이 설치하는 경우를 말한다.

(4) 충청북도 도세 감면 조례(2016.5.24. 충청북도조례 제3920호로 개정되기 전의 것)

제10조 (기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 감면) ① 「조세특례제한법」 제121조의17 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 투자(같은 법 시행령 제116조의21에 따른 투자에 해당하는 경우로 한정한다)에 대하여는 「조세특례제한법」제121조의17 제3항에 따라 다음 각 호와 같이 취득세를 면제한다.

1. 「조세특례제한법」 제121조의17 제1항 제1호에 따른 사업을 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 그 사업개시일(사업개시일 전에 부동산을 취득하는 경우에는 최초로 부동산을 취득하는 날로 한다)부터 15년 동안 취득세를 면제한다.

② 제1항에 따라 취득세를 면제받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다. 이 경우 제1호부터 제4호까지의 경우에는 지정해제일, 폐업일 또는 폐쇄일부터 소급하여 5년 이내에 면제된 세액을 추징하고, 제5호의 경우에는 감면받은 세액 전액을 추징한다.

6. 부동산 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 그 사용일부터 2년이상 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각 또는 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(5) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.(2014.1. 1. 신설)