이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.10.13. 서울특별시 강서구 OOO, 연면적 23,127.56㎡ 규모의 근린생활시설용 등의 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 같은 날 처분청에 이 건 건축물의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 아래 ＜표1·2＞와 같이 청구법인의 본점으로 직접 사용하는 부분(0.23%)과 임대 부분(99.77%)으로 구분하여 산출한 취득세 등 합계OOO원을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 이 건 건축물의 사용현황

(단위 : ㎡, %)

○○○

＜표2＞ 이 건 건축물에 대한 취득세 등 신고 내역

(단위 : %, 원)

○○○

나. 처분청은 2024.4.30. 청구법인에 대한 탈세제보를 받고, 2024.6.10.부터 2024.6.14.까지 사이에 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후, ① 이 건 건축물을 대도시 내 휴면법인을 인수할 날부터 5년 이내에 취득한 부동산으로서 「지방세법」 제13조 제2항 제1호에 따른 취득세 중과세 대상이고, ② 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 인테리어 비용이 과소신고된 것으로 보아 2024.7.3. 청구법인에게 취득세 등 OOO원을 추징한다는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다.

다. 청구법인은 2024.7.31. 서울특별시장에게 과세전적부심사를 청구하였고, 서울특별시장은 2024.9.9. ① 휴면법인을 인수할 날부터 5년 이내에 취득한 부동산에 대한 취득세 중과세 부분은 청구법인이 2021.5.20. 이전 2년간(2019.5.20.부터 2021.5.19.까지 기간으로 이하 “쟁점기간”이라 한다)의 사업실적이 정상적인 거래를 통한 것이었는지 여부에 대하여 재조사 ② 인테리어 비용 취득세 과소신고 부분은 불채택 결정을 하였다.

라. 처분청은 2024.12.6. 과세전적부심사결정에 따른 후속조치로, 쟁점기간에 대한 청구법인의 매출 등을 재조사한 결과, 정상적인 거래를 통한 사업실적이 있었다고 보기 어려운 상태로서 청구법인은 휴면법인에 해당하고, 이에 따라 이 건 건축물의 취득은 대도시 내 휴면법인 인수 후 5년 이내에 한 부동산 취득으로서 취득세 중과세 대상인 것으로 보아, 2024.12.10. 청구법인에게 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 차감하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였고, 처분청의 부과내용을 반영한 이 건 건축물의 취득세 세율 적용 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 이 건 건축물의 취득세 세율적용 내용

(단위 : %, 원)

○○○

마. 청구법인은 휴면법인 인수에 따른 취득세 중과세 부분에 대하여 불복하여 2025.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1991.3.21. 상호를 ‘주식회사 OOO’(이하 “쟁점법인”이라 한다)로, 목적을 의장 공사업, 토목 및 건축주택사업 등으로 하여 설립된 회사이다.

이후 청구법인의 대표이사인 OOO(이하 “이 건 대표자”라 한다),그의 배우자 OOO, 직계비속 OOO(이하 이 건 대표자, 배우자, 직계비속을 합하여 “이 건 대표자 및 그 가족”이라 한다)이 2021.5.20. a과 b로부터 쟁점법인의 지분 100%를 인수하여 새로운 과점주주가 되었고, 2021.6.24. 청구법인의 상호인 주식회사 A로 변경하였다.

(2) 처분청은 쟁점법인이 쟁점기간동안 사업실적이 없고, 인수일 전후 1년 이내에 임원의 100분의 50을 교체한바, 취득세 중과세 대상인 휴면법인에 해당하고, 이에 따라 이 건 건축물의 취득은 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 취득세 중과세대상이라는 의견이다.

(3) 그러나 그간 조세심판원은 휴면법인의 요건이 되는 사업실적을 부가가치세 과세표준 또는 손익계산서상의 매출뿐만 아니라 급여 임차료 등 사업체의 운영과 관련된 일반경비도 포함하여야 하고(조심 2010지592, 2011.9.16. 등, 같은 뜻임),

이 경우 법인의 사업실적이 있는지 여부는 그 법인의 목적사업의 특징 및 특수성 등을 고려하여 이를 수행하기 위한 준비내용, 사업활동에 따른 비용의 발생 여부, 수익(매출)의 발생여부 등을 기준으로 종합적으로 고려하되, 당장에 수익이 발생하지 않는다 하더라도 임차료, 관리비 및 각종 공과금 등의 경상적인 법인 유지비용의 발생, 소속 직원의 급여 지급 및 그에 따른 원천징수, 법인세 및 부가가치세 등의 신고 등이 수반되는 것이 일반적이므로, 이와 같은 거래 및 활동내역 등이 객관적 자료에 나타나지 않는다면 사업실적이 있다고 보기는 어려우며(조심 2016지401, 2016.11.28., 같은 뜻임),

법인을 인수한 후 사업장을 이전하였거나 목적사업을 변경한 사실은 「지방세법」에서 규정한 취득세 중과요건인 휴면법인에 해당하는지를 판단하는데 있어서 직접적인 영향을 주는 것은 아니라고 판단하였다(조심 2019지1647, 2019.12.5., 같은 뜻임).

행정안전부 또한 매출액이 소액인 법인이라도 직전년도까지 수익비용 등이 발생한 사실이 법인장부 등에 의하여 증명되는 경우에는 ‘사업실적이 없는 법인’에 해당하지 않는다고 유권해석한바 있다(부동산세제과-1529, 2020.7.2., 같은 뜻임).

(4) 청구법인은 2014.4.1. 대형인테리어 공사 매출이 감소하여 자본금유지(OOO) 및 전문건설공제조합 출자금 예치(OOO)요건을 충족하기 어려워지면서, ‘실내건축공사업’에 대한 전문건설업 면허를 반납한 사실이 있다.

그러나 「건설산업기본법」 제9조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제8조 제1항 제2호의 규정에 따라 공사예정금액이 1천5백만원 미만인 관급건설공사 및 지정입찰 및 직영을 제외한 공종별 콘소시엄 참여는 가능하므로, 관리직 인원을 고정비 부담이 없는 일용직으로 대체하여 원가절감을 할 수 있다는 경영적 판단에 따라 해당 면허를 반납한 것일뿐 쟁점법인은 그 이후에도 휴·폐업없이 주요사업인 실내건축공사업과 이와 관련한 부대사업을 지속해 왔다.

이는 쟁점법인의 2014년 제1기부터 2021년 제1기까지의 부가가치세과세표준증명서상에 매출과세표준이 꾸준히 발생한 사실을 통하여 확인가능하다.

(5) 쟁점법인은 쟁점기간에도 인테리어 공사를 직접 수행하거나, 실내건축공사에 필요한 인테리어 설계노하우를 제공하는 형태로 매출이 꾸준히 발생하였고 그 주요사례로는 덕양고양노인종합복지관 카운터 개선공사가 있다.

(6) 이 건 대표자는 정형외과 전문의로서 2000년 12월부터 병원을 개원하였고, 3차례 이전하였다.

쟁점법인은 그때마다 주요 인테리어공사를 포함한 다수의 공사를 수행해 왔고, 이 건 대표자의 운영하는 B병원과 주식회사 B에 대하여 2009년부터 2021년까지 최대OOO원까지의 매출이 발생하였다.

특히 쟁점기간 내 매출은 OOO원이나, 이 건 대표이사가 운영하는 B병원과 주식회사 B에 대하여 발생한 매출이 OOO원이므로, 처분청은 해당 금액만큼 쟁점기간에 대한 매출이 부풀려져 있다는 의견이나, 이는 쟁점법인과 이 건 대표자와의 거래관계가 20년간 이루어졌다는 사실관계를 고려하지 않은 명백히 자의적인 판단이다.

(7) 쟁점법인의 2020년도 표준대차대조표에 의하면, 자본금이OOO원이고, 미처리결손금이 OOO원이며, 자본총계는 OOO원으로서 부분자본잠식 상태이다.

그러나 쟁점법인의 자산총계는 OOO원인데 반해, 부채총계는OOO원에 불과하여, 완전한 자본잠식 상태가 아니었다.

또한 쟁점법인의 표준손익계산서와 공사원가명세서 등에 의하면, 계속하여 사업실적이 유지되고 있다는 점이 확인되고, 쟁점법인은 2019·2020년에 대한 법인세, 근로소득 및 일용근로자에 대한 원천징수 상황도 신고하였다.

따라서 처분청이 쟁점법인이 휴면법인이라는 전제에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 위법하다.

나.처분청 의견

(1) 「지방세법」에서 휴면법인의 인수를 법인의 설립과 동일하게 보아 취득세 중과세 대상으로 삼고 있는 것은 실질적으로 폐업에 준하여 사업실적이 없는 법인을 통한 취득세 중과 회피의 방지, 즉 법인을 설립하는 대신에 휴면법인의 주식 전부를 매수한 다음 법인의 임원, 상호, 목적사업 등을 변경하는 방식을 통해 실질적으로는 법인 설립의 효과를 얻으면서도 대도시 내 법인 설립에 따른 부동산 취득 시 취득세의 중과를 회피하는 행위를 규제하기 위한 것이고(대법원 2023.4.28. 선고OOO 판결, 같은 뜻임),

이 경우 법인의 사업실적이 있는지 여부는 그 법인의 목적사업의 특징 및 특수성 등을 고려하여 이를 수행하기 위한 준비내용, 사업활동에 따른 비용의 발생 여부, 수익(매출)의 발생 여부 등을 기준으로 종합적으로 판단하여야 할 것이며, 이러한 내역이 객관적 자료에 나타나지 않는다면 사업 실적이 있다고 보기는 어렵다고 할 것이다(조심 2016지401, 2016.11.28., 같은 뜻임).

또한, 과점주주의 법인 인수 시점을 기준으로 역산하여 2년의 기간 동안 법인의 매출이 존재한다는 사정은 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세권자로서는 증명이 곤란할 것인바, 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려할 때 납세의무자로 하여금 위와 같은 사정을 증명하게 하는 것이 합리적이라 보이므로, 위와 같은 사정에 대한 증명책임은 납세의무자에게 있다고 봄이 타당하다(대법원 2020.6.25. 선고 OOO판결, 같은 뜻임).

(2) 청구법인의 경우 이 건 건축물을 취득하기 전 쟁점법인을 인수하는 행위가 발생하였고, 쟁점기간 중 매출이 총 23건, OOO원 발생한 것으로 법인장부 등에서 기재하고 있으나, 이 중 이 건 대표자가 운영하고 있는 주식회사 B과 연관된 매출이 14건,OOO원으로 확인되고, 그 외의 경우 청구법인이 세금계산서 등의 자료만 제출하였을 뿐 이에 대한 구체적인 증빙자료 등을 제출하지 않은바, 청구법인이 제출한 증빙자료만으로는 정상적인 거래를 통한 매출이 발생하였다고 보기 어렵다.

(3) 「지방세기본법」 제78조에서는 세무공무원은 납세자가 제82조제2항 제1호부터 제3호까지, 제5호 및 제6호 중 어느하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 서류 등이 진실한 것이라고 추정하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은「지방세기본법」 제82조 제2항 제2호의 ‘납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우’에 해당한다.

(4) 또한 이 건 대표자는 2018.12.6. 목적사업을 부동산개발 및 공급업 등으로 하여 주식회사 B을 설립한 후 2019.4.24. 주식회사 B을 건축주로 하여 이 건 건축물에 대하여 건축허가를 받았으며, 2019. 9.4. 다시 건축주를 이 건 대표자로 변경한 점,

2021.5.20. 이 건 대표자와 그의 특수관계인은 쟁점법인의 주식을 인수하였고, 2021.9.3. 청구법인과 이 건 건축물에 대하여 자산양수도 계약을 체결하였으며, 2021.10.13. 이 건 건축물을 취득한 사실이 확인되는 점,

청구법인은 쟁점기간 내 매출액이 있었으나 그 실적이 미미하고, 쟁점법인의 공사매출에 대한 객관적인 증빙서류가 제출되지 않아 정상적인 사업활동 과정에서 사업 실적이 발생하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 이러한 일련의 절차는 휴면법인의 주식을 매수하여 인수함에 따라 실질적으로는 법인 설립의 효과를 얻으면서도 대도시내 부동산 취득 시 취득세의 중과를 회피하기 위한 목적으로 보인다.

(5) 한편 쟁점법인의 주주 변동 내역을 살펴보면, 2006년부터 2020년까지는 a과 b이 각각 91.62% 및 8.3%의 지분을 보유하고 있었고, 2020년부터는 a이 단독으로 100%의 지분을 보유하였다.

a과 b이 이 건 대표자 및 그 가족과 특수관계자에 해당하는 것은 맞지만, 이 건 대표자 및 그 가족은 2021.5.20. 쟁점법인의 주식을 처음 취득하면서 최초로 과점주주가 되었으므로 a과 b이 쟁점법인의 주식을 보유한 기간 동안 이 건 대표자 및 그 가족을 쟁점법인의 과점주주라고 보기 어렵고, 이에 따라 쟁점법인의 인수일은 2021.5.20.로 보는 것이 타당하다.

따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (직권심리) 청구법인의 대표자와 그의 특수관계인이 쟁점법인의 주식 100% 인수한 것이 최초로 쟁점법인의 과점주주가 된 것에 해당하는 지 여부

② 쟁점법인이 법인 인수일 이전 2년 이상 사업 실적이 없는 휴면법인에 해당하는 것으로 보아, 청구법인의 이 건 건축물 취득에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 법인등기사항전부증명서에 의하면 쟁점법인은 1991.3.21. 상호를 주식회사 C으로, 본점을 서울특별시 강남구 OOO로, 목적을 의장공사업, 토목·건축주택사업 등으로 하여 설립된 후, 2021.5.11. 본점을 서울특별시 강서구 OOO(OOO, B병원)으로, 목적 및 임원에 관한 사항을 각각 아래 ＜표4·5＞와 같이 변경하였고, 2021.6.23. 현재의 상호로 변경하였으며, 2021.11.16. 이 건 건축물로 본점을 이전한 사실이 확인된다.

＜표4＞ 2021.5.11. 청구법인 목적사업 변경내역

○○○

＜표5＞ 2021.5.11. 청구법인 임원 변경내역

○○○

(나) 건축물대장에 의하면, 이 건 건축물은 지하 5층·지상 12층, 연면적 23,127.56㎡ 규모의 업무·의료·근린생활시설용 건축물로, 2019.4.24. 건축허가, 2019.11.1. 착공, 2021.10.13. 사용승인된 사실이 나타나고, 처분청이 제출한 자료에 의하면, 이 건 건축물은 아래 ＜표6＞과 같이 임대중인 사실이 나타난다.

＜표6＞ 이 건 건축물 임대현황

○○○

(다) 청구법인이 쟁점법인의 사업실적을 입증하기 위하여 제출한 서류의 주요내용은 다음과 같다.

1) 쟁점법인의 쟁점기간 동안의 사업실적

가) 부가가치세 과세표준증명에 의하면, 쟁점법인의 2014.1.1.부터 2021.7.1.까지의 부가가치세 매출 과세표준 등은 아래 ＜표7＞과 같고, 그 금액은 OOO이다.

＜표7＞ 쟁점법인 부가가치세 매출 과세표준 등

(단위 : 원)

○○○

나) 쟁점법인의 2019년부터 2020년까지의 사업연도의 손익계산서, 부속명세서, 표준대차대조표는 각각 아래 ＜표8·9·10＞과 같다.

＜표8＞ 쟁점법인의 손익계산서(2019～2020 사업연도)

(단위 : 원)

○○○

＜표9＞ 쟁점법인의 공사원가명세서(2019·2020 사업연도)

(단위 : 원)

○○○

＜표10＞ 쟁점법인의 표준대차대조표(2019.12.31. 및 2020.12.31.)

○○○

다) 쟁점법인의 2019～2020 사업연도의 매입처별 세금계산서 합계표 내용은 아래 ＜표11＞과 같고, 처분청이 정리한 청구법인의 쟁점기간동안의 매입내역은 아래 ＜표12＞와 같다.

＜표11＞ 매입처별 세금계산서 합계표

○○○

＜표12＞ 쟁점기간 쟁점법인의 매출내역

○○○

라) 법인세 신고서에 의하면, 청구법인이 아래 ＜표13＞과 같이 법인세 과세표준을 신고한 사실이 나타난다.

＜표13＞ 쟁점법인의 2019·2020 사업연도 법인세 과세표준 신고내역

○○○

마) 청구법인은 쟁점법인의 OOO카운터 개선공사의 사실을 입증하기 위하여, 시안, 완공사진, 이메일 송수신 내역을 제출하였고, 이메일에는 OOO선두 카운터 개선공사 및 수정공사 등의 내용 외에 쟁점법인의 매출 내역이 아닌 다수의 공사관련 내용도 포함되어 있다.

바) 청구법인은 쟁점법인이 쟁점기간동안 일용근로자를 고용했다는 사실을 입증하기 위하여 아래 ＜표14＞의 원천징수이행상황신고서를 제출하였다.

＜표14＞ 쟁점법인 원천징수이행상황신고서 주요내용

○○○

2) 쟁점법인의 이 건 대표자와의 종전 거래내역

청구법인은, 이 건 대표자는 전문의로서 2000년 12월부터 병원을 개원하며 그 후 3차례 이전하였는바, 그 때마다 쟁점법인이 인테리어 공사를 수행하여 쟁점기간 이전에도 이 건 대표자와 거래가 빈번하였다는 사실을 소명하기 위하여 아래 ＜표15＞의 자료를 제출하였다.

＜표15＞ 쟁점법인과 이 건 대표자 관계회사의 거래 내역

○○○

(라) 처분청이 청구법인은 취득세 중과세 회피를 위하여 휴면법인을 인수한 경우에 해당한다는 사실을 입증하기 위하여 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다.

1) 사업자등록증 자료 등에 의하면, 이 건 대표자는 2003.5.1. 목적을 일반병원, 상호를 B병원으로, 2016.7.1. 목적을 호스텔업, 임대업, 상호를 B 프라퍼티로 하여 각각 사업자등록한 사실이 나타난다.

2) 건축물 설계계약서에 의하면, 이 건 대표자는 2016.7.18. 주식회사 OOO와 이 건 건축물 신축공사를 위한 설계계약을 체결한 사실이 나타난다.

3) 법인등기사항전부증명서에 의하면 주식회사 B은 2018.12.6. 부동산임대업등을 목적으로 하고, 대표이사를 이 건 대표자로 하여 설립된 사실, 처분청의 문서(건축과-24276, 2019.9.4. 및 건축과-27949, 2021.9.9.)에 의하면, 주식회사 B이 이 건 건축물의 건축허가를 받았다가 이 건 대표자 등으로 건축주가 아래 ＜표16＞과 같이 변경된 사실이 나타난다.

＜표16＞ 이 건 건축물 건축주 변경내역

○○○

4) 청구법인의 주식등변동상황명세서 등 자료에 의하면, 기존주주 a은 쟁점법인에 대한 지분이 2006년부터 2019년까지는 91.62%, 2020년 100%이고, 이 건 대표자와 그의 특수관계인은 2021.5.20. 기존주주인 a로부터 아래 ＜표17·18＞과 같이 쟁점법인의 보통주 OOO주를 1주당OOO원, 총 OOO원에 인수한 사실이 나타난다.

＜표17＞ 연도별 주식등변동상황 주요내용

○○○

＜표18＞ 2020 회계연도 주식등변동상황 주요내용

○○○

5) 처분청이 제출한 가족관계증명서 등 자료에 의하면, 쟁점법인의 사내이사 a은 이 건 대표자의 배우자와 사촌, b은 a의 부친인 사실이 나타난다.

6) 이 건 건축물의 공동사업계약서에 의하면, B 프라퍼티와 B병원이 2019.10.22. 지분을 각각 74.44%와 25.56%이었다가, B병원이 2021.8.25. 본인의 지분(25.56%)을 B 프라퍼티로 변경하는 내용으로 계약을 체결한 사실이 나타나고, 이 건 건축물에 대한 자산양수도 계약 주요내용은 아래 ＜표19·20＞과 같으며, 청구법인은 이 건 건축물의 양수대가를 변경계약이 체결된 2021.9.3.에 지급한 사실이 나타난다.

＜표19＞ 이 건 건축물에 대한 자산양수도 계약서 주요내용

○○○

＜표20＞ 이 건 건축물에 대한 자산양수도 변경계약서 주요내용

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다고 규정하면서, 그 제1호에서 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제27조 제1항에서 법 제13조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다고 규정하면서, 그 제6호에서 법인 인수일 이전 2년 이상 사업 실적이 없고, 인수일 전후 1년 이내에 인수법인 임원의 100분의 50 이상을 교체한 법인을 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 법 제13조 제2항 제1호에 따른 휴면법인의 인수는 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에서 최초로 그 법인의 과점주주가 된 때 이루어진 것으로 본다고 규정하고 있다.

또한 같은 법 제7조 제5항 및 「지방세기본법」 제46조 제2호에서

과점주주를 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들로 규정하고 있고, 「지방세기본법」제2조 제1항 제34호에서 "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다고 규정하면서, 그 가목에서 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계를 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제2조 제1항에서 「지방세기본법」 제2조 제1항 제34호 가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다고 규정하면서, 그 제1호에서 6촌 이내의 혈족, 그 제2호에서 4촌 이내의 인척을 규정하고 있다.

(나) 처분청은 이 건 대표자 및 그 가족이 2021.5.20. a로부터 쟁점법인의 주식을 취득하여 최초로 쟁점법인의 과점주주가 되면서 휴면법인인 쟁점법인을 인수한 것이므로, 5년 이내에 대도시에서 취득한 이 건 건축물은 중과세 대상에 해당한다는 의견이다.

그러나, 과점주주에 해당하는지 여부는 과점주주 중 특정 주주 1인의 주식의 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 과점주주 집단이 소유한 총주식 비율의 증가를 기준으로 판단하여야 하고(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 같은 뜻임), 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있으나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받은 경우에도 최초로 쟁점법인의 과점주주가 된 것으로 보기 어려운 점(대법원 2004.2.27. 선고 OOO판결, 같은 뜻임),

a의 쟁점법인에 대한 지분은 2006년부터 2019년까지 사이에는 91.62%, 2020년 100%이고, a과 이 건 대표자의 배우자는 사촌, a과 이 건 대표자는 4촌 이내 인척, a과 이 건 대표자의 자녀는 6촌 이내 혈족으로서 모두 혈족ㆍ인척 등의 특수관계인에 해당하는바, a과 이 건 대표자 및 그 가족은 2006년 당시부터 쟁점법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보는 것이 타당한 점,

쟁점법인의 쟁점기간 동안의 매출이 휴면법인이 아닌 외관을 형성하기 위한 것이었는지 여부는 별론으로 하더라도, 이 건 대표자와 그 가족이 쟁점법인의 주식을 취득한 것은 최초로 쟁점법인의 과점주주가 된 것으로 볼 수 없으므로 이는 휴면법인을 인수하는 경우에 해당하지 아니하여, 이 건 건축물의 취득은 「지방세법」 제13조 제2항에 따른 중과세 대상이라고 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(다) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ① 법 제13조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 「상법」에 따라 해산한 법인(이하 “해산법인”이라 한다)

2. 「상법」에 따라 해산한 것으로 보는 법인(이하 “해산간주법인”이라 한다)

3. 「부가가치세법 시행령」 제13조에 따라 폐업한 법인(이하 “폐업법인”이라 한다)

4. 법인 인수일 이전 1년 이내에 「상법」 제229조, 제285조, 제521조의2 및 제611조에 따른 계속등기를 한 해산법인 또는 해산간주법인

5. 법인 인수일 이전 1년 이내에 다시 사업자등록을 한 폐업법인

6. 법인 인수일 이전 2년 이상 사업 실적이 없고, 인수일 전후 1년 이내에 인수법인 임원의 100분의 50 이상을 교체한 법인

② 법 제13조 제2항 제1호에 따른 휴면법인의 인수는 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에서 최초로 그 법인의 과점주주가 된 때 이루어진 것으로 본다.

③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세기본법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

34. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(4) 지방세기본법 시행령(2024.3.26. 대통령령 제34351호로 개정되기 전의 것)

제2조(특수관계인의 범위) ① 「지방세기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자ㆍ직계비속