이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.8.31. ‘OOO주식회사’라는 상호로 서울특별시 영등포구OOO층에 본점을 두고 설립된 이후 2019.12.17. 주식회사 OOO를 흡수합병하면서 상호를 ‘주식회사 OOO’로 변경하고 본점을 경기도 성남시 OOO로 이전하였으며 2022.10.22. 다시 본점을 충청남도 천안시OOO로 이전하였다.

나. 청구법인은 2021.1.22. 서울특별시 송파구 OOO 소재 부동산 토지 335.7㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 건축물 929.84㎡(이하 “종전 건축물”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 「지방세법」 제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제24호에 따른 기술혁신형 중소기업이 취득하는 부동산에 해당한다는 사유로 취득세 중과세 대상으로 신고하고, 취득가격 OOO원에 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2021.5.31. 종전 건축물을 멸실 한 후 2023.1.11. 이 건 토지에 건축물 1,084.72㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)을 신축하고, 대도시 외 설립 법인의 부동산 취득으로 하여 2023.2.2. 취득가액 OOO원에 「지방세법」 제11조 제1항 제3호에 따른 표준세율(2.8%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 처분청은 2024.5.20.부터 2024.6.7.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 취득세 과세표준에서 누락된 중개수수료OOO원과 건설자금이자 등OOO원을 합한OOO원이 확인되었고, 청구법인이 이 건 건축물 중 지상 3층부터 7층까지 589.7㎡(이하 “이 건 본점”이라 한다)를 본점으로 사용한다고 보아 취득세 등 합계OOO원(가산세 포함)을 추징한다는 세무조사 결과를 통지하였다.

마. 청구법인은 2024.9.23. 이 건 본점 중 4층 118.18㎡(이하 “쟁점 연구시설”이라 한다)을 기업부설연구소로 사용하고 있으므로 쟁점 연구시설은 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는다는 취지로 과세전적부심사청구를 하였으나, 2024.12.10. 불채택 결정되었고, 처분청은 2024.12.17. 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이 건 부동산을 「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제5호에서 정한 중과세 제외대상 업종인, 「산업발전법」에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술산업에 사용할 목적으로 취득하였으므로, 처분청이 대도시내 부동산 취득을 이유로 취득세를 중과세한 처분은 부당하다.

첫째, 청구법인은 설립 이후 현재까지 태양광 제품 개발·제조 및 판매업, LED 제조·판매업, 에너지 관련 사업, 자동차 부품 제조·판매업 등을 주요 사업으로 영위하고 있으며, 신기술 연구개발을 통해 첨단기술을 활용한 제품을 지속적으로 개발·판매하고 있다. 특히 2008년 창사 이래 태양광 조명, LED 실내·외 조명, 경관조명 등 다양한 조명 솔루션을 확보하였고, 산업통상자원부로부터 신기술(NET) 인증을, 조달청으로부터 우수제품 인증을 받은 세계 최초의 LED용 실리콘 렌즈 제작 및 응용기술을 보유하고 있다. 청구법인은 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술산업의 범주에 실질적으로 포함된다고 할 수 있다.

둘째, 청구법인이 첨단산업 확인서를 발급받지 못한 사실은 단순한 형식적 절차의 미비에 불과하고, 실질적으로 첨단기술산업을 영위하고 있는지 여부가 판단 기준이 되어야 한다. 더구나 「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제5호는 ‘산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술산업에 사용할 용도’임을 요건으로 규정하고 있을 뿐, 첨단산업 확인서의 보유를 명시적 요건으로 규정하고 있지 않다. 또한 청구법인은 관련 분야에서 다수의 특허를 보유하고 있으므로 실질적 첨단기술산업 영위 업체로 보아야 한다.

이와 관련하여 처분청은 동 시행령 조항에서 규정한 첨단기술산업이란 단순히 고시된 범위에 포함되는 것만으로 부족하고, 산업통상자원부장관으로부터 첨단기술산업 확인서를 발급받은 경우에 한정된다는 입장이다. 그러나 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하는 것이 원칙이며, 확장해석이나 유추해석은 금지된다. 따라서 위 조항의 ‘첨단기술산업’은 산업통상자원부장관이 고시한 ‘첨단기술 및 제품의 범위’에 포함되는 업종이면 족하며, 이를 확인서 발급 여부로 한정할 수는 없다.

셋째, 청구법인은 세계 최초로 광학 실리콘 렌즈를 연구·개발하여 특허를 취득하는 등 첨단기술을 핵심경쟁력으로 보유하고 있는 기업이다. 과세전적부심사 결정에서도 청구법인이 신소재와 IT를 기반으로 에너지 혁신을 추구하고 있으며, 특허 받은 광학 실리콘 렌즈 등 연구개발 성과가 핵심경쟁력으로 평가된다고 인정하였다. 이는 청구법인이 첨단기술을 기반으로 한 연구개발 및 상용화 활동을 지속적으로 수행하고 있음을 보여주는 것으로, 청구법인이 「산업발전법」상 첨단기술산업을 실질적으로 영위하고 있음을 뒷받침한다.

따라서 청구법인이 취득한 이 건 부동산은 첨단기술산업에 사용하기 위한 것으로 보아야 하며, 이를 대도시 부동산 취득으로 보아 취득세를 중과세한 처분은 정당하다고 보기 어렵다.

나. 처분청 의견

처분청의 세무조사 당시 쟁점 연구시설에는 기업부설연구소임을 표시하는 별도의 현판, 스크린도어, 출입관리 시스템 등이 설치되어 있지 않았다. 또한 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 이후 약 1년 8개월이 지나서야 기존에 본점에 소재하던 기업부설연구소의 주소지를 이 건 연구시설로 변경 신고하고, 그 무렵 기업부설연구소 현판 등을 설치한 것으로 보인다.

아울러 쟁점 연구시설의 현황 사진에서도 연구 기자재 등 연구시설로 볼 만한 설비가 확인되지 않았고, 청구법인이 제출한 기업부설연구소 변경신고서에는 소재지가 3층으로 기재되어 있어 실제 쟁점 연구시설이 위치한 4층과 일치하지 않는 점도 확인된다. 더불어 기업부설연구소 소재지 변경은 신고 시 수리 처리되며, 신고 내용의 적정성은 사후관리 절차를 통해 확인되는 것으로 파악된다.

청구법인의 기업부설연구소가 이 건 건축물을 취득할 당시 이미 본점에서 쟁점 연구시설로 이전되어 운영되고 있었다고 보기는 어렵고, 청구법인이 쟁점 연구시설을 오로지 연구개발 활동만을 위하여 사용하였다고 단정하기도 곤란하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 영위하는 업종이 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제5호에서 중과 제외대상 업종으로 규정한「산업발전법」에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 첨단기술산업에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인의 조직도에 따르면 최상단에는 대표 OOO가 자리하고, 그 아래로 램프사업부문·조명사업부문·E＆C사업부문·최고재무관리자·R＆D센터 등 여러 본부가 체계적으로 구분되어 있으며, 특히 R＆D센터는 센터장 OOO을 정점으로 그 아래에 다수의 팀원 이름이 계층적으로 나열된 구조로 구성되어 있다.

○○○

(나) 처분청은 세무조사 당시 청구법인의 안내에 따라 이 건 건축물 4층이 연구시설로 사용되고 있다는 설명을 듣고 4층의 이용 현황을 확인하였으나, 쟁점이 되는 연구시설에는 해당 부서를 식별할 수 있는 연구시설 현판 등이 설치되어 있지 않은 것으로 나타난다.

○○○

(다) 한국산업기술진흥협회가 2024.8.23. 발급한 기업부설연구소 인정서에 따르면, 연구소의 명칭은 ㈜OOO기업부설연구소이고 소속 기업은 ㈜OOO 연구소 소재지는 서울특별시 송파구OOO이며 연구소 신고 연월일은 2024.8.21., 최초 인정일은 2020.9.8.이고 변경 내역은 변경기간 및 소재지 변경으로 유효기간은 2027.8.27.까지이며, 동 연구소는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정된 것으로 나타난다.

○○○

(라) 청구법인이 2024.8.21. 기업부설연구소 변경신고 관련 자료에 따르면, 소재지는 ‘충청남도 천안시 OOO’에서 ‘서울특별시 OOO’으로 변경된 것으로 확인된다.

○○○

(마) 청구법인이 2024.8.21. 제출한 변경신고서에 따르면, 쟁점 연구시설의 위치는 세무조사 당시(2024년 5월경) 청구법인이 안내한 내용과 달리 이 건 건축물의 3층으로 기재되어 있으며, 이에 대한 현장사진은 아래와 같다.

○○○

(바) 청구법인이 2022.12.1. 제출한 인사발령장에 따르면, OOO 기업부설연구소 소속 연구소장 OOO 외 2명의 근무지가 천안 본점에서 서울사무소로 전근된 것으로 나타난다.

(사) 청구법인의 2022.1.1.부터 2022.12.31.까지의 과세연도 동안 발생한 일반연구·인력개발비 내역과 연구과제 총괄표에 따르면, “방전기술을 이용한 경면가공 공정 개발(Steel vs Al)” 등 총 8개의 연구개발 과제를 수행했고, OOO 등에게 지급한 인건비 총액은 OOO원으로 나타난다.

(아) 청구법인의 등기사항증명서에 의하면, 쟁점 연구시설의 연구소장으로 신고된 OOO는 2022.3.29. 청구법인의 사내이사로 취임하였고, 2024.4.2. 청구법인의 대표이사로 취임한 사실이 나타난다.

(자) 청구법인이 산업통상자원부장관으로부터 「산업발전법」에 따른 첨단기술산업확인서를 발급받은 사실은 확인되지 않으며, 이 건 부동산은 2024.11.19. 매각되어 세무조사 당시의 이 건 건축물의 이용현황은 확인하기 어려운 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 태양광·LED 등 첨단기술을 기반으로 한 산업통상자원부 고시 첨단기술산업을 실질적으로 영위하고 있으므로, 해당 목적의 부동산 취득에 대해 대도시 중과세를 적용한 처분은 부당하다고 주장하나,

「지방세법 시행령」 제26조 제1항 제5호에서 말하는 첨단기술산업은 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 제품의 범위에 해당하고 그 사용목적이 객관적으로 확인되는 경우에 한하여 적용되는 예외 규정으로서 그 적용이 엄격히 해석되어야 함에도 불구하고, 청구법인은 산업통상자원부장관으로부터 첨단기술산업 확인서를 발급받은 사실이 없을 뿐만 아니라 청구법인이 영위하는 업종이 고시된 첨단기술산업 범위에 속한다는 점을 입증할 만한 객관적 자료 또한 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인의 쟁점 연구시설 운영 실태를 보더라도 세무조사 당시 쟁점 연구시설에는 연구소임을 식별할 수 있는 현판, 출입통제설비, 연구기자재 등이 갖추어져 있지 않았고 기업부설연구소 인정서상 신고된 소재지 역시 쟁점 연구시설과 일치하지 않는 등 연구시설로서의 실체가 명확히 확인되지 않을 뿐만 아니라, 기업부설연구소 소재지 변경 또한 취득 이후 상당한 기간이 경과한 후에 이루어진 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(시행 2023.3.14. 법률 제19230호로 일부개정 되기 전의 것)

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득 : 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 30

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

⑥ 제1항과 제2항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제11조 제1항에 따른 표준세율의 100분의 300으로 한다.

(2) 지방세법시행령(시행 2020.8.12. 대통령령 제30939호로 일부개정 된 것)

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

5. 「산업발전법」에 따라 산업통상부장관이 고시하는 첨단기술산업과 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 별표 1의2 제2호 마목에 따른 첨단업종

(4) 산업발전법

제5조(첨단기술 및 첨단제품의 선정) ① 산업통상부장관은 중ㆍ장기 산업발전전망에 따라 산업구조의 고도화를 촉진하기 위하여 첨단기술 및 첨단제품의 범위를 정하여 고시하여야 한다.

② 제1항에 따른 첨단기술 및 첨단제품의 범위는 기술집약도가 높고 기술혁신속도가 빠른 기술 및 제품을 대상으로 다음 각 호의 사항을 고려하여 정하여야 한다.

1. 산업구조의 고도화에 대한 기여 효과

2. 신규 수요 및 부가가치 창출 효과

3. 산업 간 연관 효과

(5) 첨단기술 및 제품의 범위(산업통상부고시 제2025-10호, 2025.10.27., 일부개정)

제1조(목적) 이 고시는 「산업발전법」 제5조에 따른 첨단기술 및 제품의 범위 확인에 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다.

제6조(확인서 발급) 산업통상자원부장관은 첨단기술 및 제품이 확정된 경우 신청자에게 별지 제2호 서식의 확인서를 발급하여야 한다.