이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.3.10. 인천광역시 계양구 OOO 외 13필지 52,792㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 국방부로부터 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 이 건 토지의 취득이 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 본문에 따라 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하기 위한 것으로 하여 취득세 등을 감면받았다.

나. 처분청은 2024.12.2. 청구법인이 이 건 토지 중 51,976㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 날부터 감면유예기간(3년) 이내에 학교 용도에 직접 사용하지 않아 「지방세특례제한법」제41조 제1항 제2호에 따른 추징사유에 해당된다고 보아 기 감면한 취득세 등 합계　OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 OOO대학교(이하 “A”라 한다) 기존 캠퍼스(이하 “기존 캠퍼스”라 한다)와 연결된 신(新) 캠퍼스(이하 “B캠퍼스”라 한다)를 조성하여 학생들에게 보다 쾌적한 교육 환경을 제공할 목적으로 쟁점토지를 취득하였다.

이 건 토지는 국방부의 OOO(이하 “C”이라 한다)으로 사용되고 있었기에, 사격 훈련에 따른 소음 공해나 통행 제한으로 인한 인근 주민들과 A 학생들의 피해가 막심한 상황이었다.

또한, 청구법인이 운영하는 A 기존 캠퍼스는OOO 및 근린공원과 주택밀집지역으로 둘러싸여 있어 캠퍼스 확장이 사실상 불가능하였기 때문에, 재학생 수에 비해 부족한 교지 및 교사 면적으로 학생들이 충분한 교육 시설을 제공받지 못하였고, 교육과정을 신설하거나 개선하기 어려웠다.

이에 청구법인은 C이던 이 건 토지를 청구법인의 캠퍼스 부지로 편입하여 ① 인근 주민들이나 A 학생들이 C으로 겪고 있던 불편을 해소하고, ② 학생들이 보다 쾌적한 교육 환경을 제공받도록 하기 위한 목적에서 B캠퍼스 조성사업을 위하여 이 건 토지 취득을 추진하였다.

C이 이전하여 기부대양여 사업이 완료된 현재 시점에 목적 ①은 달성되었다고 볼 수 있겠으나, 목적 ②는 캠퍼스 조성공사가 완료되어야만 비로소 실현될 수 있는 목적이다. 청구법인은 학생들에게 최선의 교육환경을 제공하기 위한 B캠퍼스 조성사업의 최초 논의가 시작된 2013년경부터 현재에 이르기까지 약 10년 이상 부단히 노력해 왔다. 그럼에도 불구하고 “정당한 사유”가 인정되지 않아 취득세를 추징당하게 된다면, 막대한 세금 부담으로 인하여 캠퍼스 조성사업이 재차 연기될 수밖에 없고, 그에 따른 불이익은 결과적으로 A 학생들이 감수해야 할 몫이 된다.

청구법인이 추진하고 있는 B캠퍼스 조성사업은 어디까지나 학생들에게 쾌적한 교육환경을 제공하고 제반 학습여건을 보완하기 위한 것으로, 학교법인이 수행하는 사업의 공익성을 고려하여 교육 목적사업을 위해 취득한 토지의 취득세를 면제하는 「지방세특례제한법」 제41조의 입법취지에 정확히 부합한다.

(2) 이 건 토지를 중심으로 진행된 전체 B캠퍼스 조성사업에는 상당한 준비기간이 소요된다.

(가) 이 건 토지의 취득과 연계된 국방부와의 기부대양여 사업에는 약 10여년이 소요되었으며, 이 건 토지를 학교 부지로 편입하기 위한 도시관리계획결정(변경) 및 실시계획인가까지도 마찬가지로 10여년이 소요되었다

대학이 캠퍼스 부지 확장을 위해 필요한 토지를 확보하는 방법으로는 (i) 사인(私人) 소유 부지를 매수하는 방법, (ii) 택지개발사업이 새로이 이루어지는 곳으로 캠퍼스를 이전하는 방법, (iii) 본 사안과 같이 기존에 국방시설 등으로 묶여 있는 행정재산인 국유재산 또는 지방자치단체 소유의 공유재산인 토지에 관하여 용도폐지 절차를 거쳐, 학교 용도로 도시관리계획 결정 변경을 받고 해당부지를 매수하는 방법이 있다. 다만, 관련 법령상으로 사인에게 행정재산의 용도폐지에 관한 신청권을 인정하고 있지 않으므로, 만일 사인이 행정재산에 대한 용도폐지를 요청하더라도 이는 행정청의 직권 발동을 촉구하는 취지에 불과하다.

청구법인은 이 건 토지를 (iii)의 방법으로 취득하였는데, 기부대양여 사업과 관련한 국방부와의 협의 및 후속 조치, 도시관리계획결정(변경)을 위한 인천광역시와의 협의, 이 건 토지 외 토지 취득을 위한 타 관계 부서들과의 협의과정에 상당한 시간이 소요될 수밖에 없었다.

(나) 국방부와 체결한 기부대양여 합의각서의 내용을 살펴보면, 청구법인은 국방부가 C으로 사용하던 부지를 현상 그대로 인도받고, 환경영향평가 결과 토양 오염이 확인될 경우 청구법인의 비용으로 정화하도록 되어 있다.

C으로 사용되어 온 이 건 토지는 「군사기지 및 군사시설 보호법」(이하 “군사기지법”이라 한다)상 제한보호구역에 해당한다. 군사기지법에 따라 제한보호구역 내에서는 군사기지 또는 군사시설의 촬영, 묘사, 측량과 군사시설의 손괴가 금지되며, 이러한 행위에 대한 허가도 허용되지 않는다. 그렇다면 기부대양여 사업이 완료되지 않아 이 건 토지가 C으로서의 기능을 유지하고 있는 한, 청구법인으로서는 이 건 토지를 취득하기 전까지는 출입하여 해당 부지를 촬영, 측량 등 조사하거나 기존 지장물을 철거할 수 없었다.

국방부 대체시설 기부채납에 따른 양여사업 훈령에서도 기부 및 양여재산의 평가는 대체시설 완공 및 양여재산의 도시군·관리계획 변경 완료 후 3개월 이내에 시행하도록 규정하고 있으므로, 대체시설완공 이전에 청구법인이 기존 부지의 지장물 철거 및 폐기물 처리를 하는것 역시 불가능했다.

위와 같은 사정에 따라 청구법인은 이 건 토지의 소유권을 이전받은 이후에야 비로소 이 건 토지의 지장물 철거, 폐기물 처리 및 각종 영향평가를 진행할 수 있었다. 이에 청구법인은 취득 직후부터 8개월에 걸쳐(2021.3.11.부터 2021.11.4.까지) 이 건 토지의 지장물 철거 및 폐기물 처리를 하였고, 이 건 토지의 수질오염검토 등 10개월(2022.6. 15.부터 2023.4.14.까지)에 걸친 소규모 환경영향평가와 1년 6개월(2022.6.15.부터 2023.12.4.까지)에 걸친 재해영향평가를 각 실시하였다.

(다) 이에 더하여, 기존 캠퍼스와 단절되어 있는 이 건 토지를 확장된 캠퍼스로 활용하기 위해서는 이 건 토지와 기존 캠퍼스 사이에 위치한 인천광역시 계양구 OOO구거 부지를 취득해야 한다.

그런데, OOO 임야는 시유지였고, OOO수도용지는 인천광역시 상수도사업본부에서 관리하고 있었으며, OOO구거 부지는 국토교통부 소유였다. 앞서 설명한 대로 위와 같은 행정재산을 사인이 매입하기 위해서는 먼저 용도폐지 절차가 선행되어야 하므로, 청구법인은 위 각 부지 취득을 위해 인천광역시, 인천광역시 상수도사업본부 및 국토교통부와 개별적으로 협의 절차를 진행해야 했다.

다만, B캠퍼스 조성사업에 있어 가장 핵심 부지인 이 건 토지의 도시관리계획 결정 변경 및 실시계획인가 절차 및 용도폐지에 따른 소유권이전 절차가 완료되지 않은 이상, 실무적으로 다른 부처들과 부지 취득을 위한 용도폐지 절차 협의를 원활히 진행하기 어려웠다. 인천광역시 등 관계 공무원의 입장에서는 만일 OOO 시유지 등의 용도폐지 절차를 먼저 진행하였다가, 청구법인의 국방부 부지 취득이 이루어지지 않아 도시계획시설사업이 좌초되는 경우 난감한 상황에 처할 수 있기 때문에 먼저 국방부 부지 취득과 관련된 절차가 마무리된 뒤 나머지 부지의 용도폐지 절차를 하나씩 차례대로 진행하고자 하였다.

청구법인은 2022.8.31. 최초로 인천광역시 상수도사업본부에 OOO의 대학편입을 위한 협의 요청을 하였고, 2022.12. 19. 수도용지에 대한 도시관리계획 결정(변경) 용역에 착수하였다. 그러나 위와 같은 사정에 따라 인천광역시는 협의 과정 중 이 건 토지에 대한 실시계획인가를 완료한 후 수도용지의 용도폐지 절차를 진행하라는 의견을 제시하였고, 이에 청구법인은 이 건 토지에 대한 실시계획인가가 고시된 2023.12.4. 이후에야 본격적으로 용역을 재개할 수 있었다.

(라) 이처럼 (i) 이 건 토지의 취득과 관련하여서는 기부대양여에 따른 후속절차 및 도시관리계획 결정을 위한 사전 준비작업으로 폐기물 처리 및 각종 영향평가에 상당한 시일이 소요되었고, (ii) 전체 B캠퍼스 조성 사업 추진을 위해 이 건 토지 외 다른 부지들에 대하여도 각 소관 부서들과 순차적으로 용도폐지를 위한 협의과정을 거쳐야 하는 등 복잡다단한 선행 절차들의 진행이 불가피하므로, 청구법인의 목적사업 수행을 위한 준비기간이 상당한 정도로 필요하다는 점 역시 ‘정당한 사유’ 여부 판단에 있어 고려되어야 한다.

(3) 청구법인은 이 건 토지 취득 전 필요한 사전절차(기부대양여 사업, 도시관리계획 결정 입안)를 충실히 이행하였다.

(가) 청구법인은 국방부와의 기부대양여 사업에 따라 국방부가 C을 이전할 수 있는 대체시설을 조성하여 이를 기부하였다. 대체시설의 신축 및 설치 공사에 대한 감독은 청구법인이 전반적으로 진행하되, 대체시설물이 국방·군사시설로 사용될 예정임을 감안하여 시공상의 문제점이나 수정사항, 그 밖의 제반사항에 대하여 국방부와 지속적으로 협의할 필요가 있었다. 대체시설 완공 이후에는 가격 결정을 위해 기부 및 양여재산에 대한 각 감정평가를 시행하였다.

청구법인은 국방부와 2017.3.9. 최초 기부대양여 합의각서를 체결하고, 사업 진행 중인 2020.9.18. 최종 합의각서를 체결한 이후 위 사업을 마무리하였다. 이후 2021.2.16. 이 건 토지에 대한 공공용지취득협의서를 작성하여 2021.3.10. 이 건 토지에 대한 소유권 이전을 완료하였다.

(나) 청구법인은 2013.7.23. 제출한 최초 도시관리계획(학교) 결정 입안제안서에서 ① 이 건 토지 주변 지역의 현황을 분석하고, ② 새로 확보할 예정인 부지의 교사 신축계획을 수립하였으며, ③ 도시관리계획도 및 토지이용계획도를 작성하였다. 또한, ④ 사업시행지에 포함된 타 부지들의 소유자들로부터 도시관리계획입안 제안 동의서 또는 토지사용동의서를 받았다.

청구법인은 2014.8.5. 인천광역시에 위 도시관리계획(학교) 시설에 대한 사업시행자 지정을 신청하고, 이후 기부대양여 사업의 지연에 따라 2018.7.6.과 2020.7.29. 2차례에 걸쳐 실시계획인가 신청기일을 각 2년씩 연장 신청하는 등 제반 행정절차를 이행하였다.

(다) 이처럼 청구법인은 10여 년에 걸쳐 이 건 토지의 취득을 위해 필요한 기부대양여 사업 및 도시관리계획 결정 추진과 관련된 사전 준비절차를 완료하였다.

(4) 청구법인은 이 건 토지 취득 후에도 B캠퍼스 조성을 위한 후속절차(폐기물처리, 도시관리계획 변경, 각종 영향평가 등)를 성실히 이행해 왔다.

(가) 이 건 토지는 종래 군부대의 사격 훈련시설로 사용되어 왔으므로, 폐석면 등의 폐기물 처리가 필요했다. 이에 청구법인은 이 건 토지를 취득한 직후인 2021.3.11.부터 신속히 폐기물처리 용역에 착수하였고, 공사비 7억원 상당을 투입하여 8개월(2021.3.11. ~ 2021.11.4.) 동안 폐기물을 처리하였다.

(나) 2014년 최초 도시관리계획 결정이 고시된 후로부터 7년이 경과한 2021년 당시 학생 수는 이미 10% 정도 감소한 상태였다. 교육부 등 관계 부처는 2021년 말부터 각 대학별로 학령 인구 감소 등에 따른 대응 방안을 수립할 것을 촉구하였다. 이에 청구법인은 예정된 세부조성계획결정을 학령인구 감소 및 교육환경 변화에 맞추어 축소하는 방향으로 변경할 필요가 있었다. 청구법인은 폐기물 처리를 완료한 직후인 2021.12.16. 이사회에서 세부조성계획결정 변경에 대한 내용을 논의하였다.

청구법인은 2022.4.29. 변경된 계획에 따른 입안도서를 제출하였으며, 2022.6.15.부터는 실시계획인가를 위한 소규모 환경영향평가 및 재해영향평가용역에 착수하였다. 청구법인은 이후 10개월(2022.6.15. ~ 2023.4.14.)에 걸쳐 소규모 환경영향평가를 진행하였으며, 재해영향평가의 경우 1년 6개월(2022.6.15. ~ 2023.12.4.) 동안 협의 및 재협의 과정이 진행하였다.

이후 16개의 관계부서와 협의 및 보완조치를 거친 끝에 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 2년 9개월 만인 2023.12.4. B캠퍼스 조성사업에 관한 사업시행자 지정 및 실시계획인가를 받을 수 있었다.

(다) 실시계획인가 이후 이 건 토지에 대해서는 장애인시설 보완 등 기숙사 건축허가를 얻기 위한 협의가 진행 중이며, 전체 캠퍼스 조성을 위한 이 건 토지 외 타 부지 취득에 관한 협의 역시 병렬적으로 진행되고 있다.

(라) 이처럼 청구법인은 이 건 토지 취득 이후에도 이 건 토지를 목적 사업에 활용하기 위해 (i) 폐석면 등의 폐기물 처리, (ii) 도시관리계획(학교) 세부조성계획결정 변경, (iii) 실시계획인가를 위한 각종 영향평가 및 관계 부서와의 협의 추진, (iv) 기숙사 건축허가를 위한 협의 및 용역 수행, (v) 이 건 토지 외 타 부지 취득 등의 후속 절차를 성실히 이행해 오고 있다.

(5) 청구법인은 2022년 6월부터 이 건 토지 외곽에 펜스를 설치하여 관리해 오고 있고, 이 건 토지 중 일부를 반려동물 훈련장 및 주차장으로 활용하기도 하였다. 그밖에 청구법인은 이 건 토지를 임대나 수익 사업 등 다른 목적으로는 전혀 활용한 사실이 없다.

(6) 이상으로 살펴본 바와 같이, ① 청구법인은 학생들에게 보다 쾌적한 교육환경을 제공하기 위한 공익적 목적으로 쟁점토지를 취득하였고, ② B캠퍼스 조성사업은 대규모 면적에 걸쳐 진행되고 복잡다단한 협의 과정을 필요로 하여 소요되는 준비기간이 길 것으로 예상되며, ③ 청구법인은 이 건 토지의 취득 전후에 걸쳐 상당한 시간과 비용을 투입하여 사전준비 절차 및 후속 절차를 성실히 이행하고 ④ 이 건 토지 주변에 펜스를 설치하여 청구법인 소유 토지로 관리하는 등 쟁점 토지를 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하고 있다.

이와 같은 사정을 고려했을 때, 본 사안에서 청구법인은 이 건 토지에 캠퍼스를 조성하기 위해 부단한 노력과 추진을 다하였음에도 시간적 여유가 부족하여 유예기간을 넘기게 되었으므로, 「지방세특례제한법」제41조 제1항 단서 제2호의 ‘정당한 사유’가 인정된다고 보아야한다.

나.처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」제41조 제1항에서 학교 등이 해당 사업에 직접 사용한다는 의미는 토지 자체를 학교부지 등으로 직접 사용하거나 지상에 교육용 건축물을 신축하여 현실적으로 교육사업에 공여하는 것을 의미한다고 할 것이고, 이러한 교육용 건축물을 건축하는 것은 교육용에 사용하기 위한 준비과정에 불과할 뿐으로서, 감면유예기간(3년) 이내에 건축공사에 착공한 사실만으로 교육용에 직접 사용하였다고 볼 수는 없다 할 것이고, 오히려 청구법인의 경우 이 건 토지에서 반려동물 훈련 수업에 사용중인 면적을 제외하고는 나대지 상태로서 공사 착공조차 이루어지지 아니하였으므로 학교 용도에 직접 사용한다고 볼 수는 없다 하겠다(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결 등 참조).

청구법인은 2014.7.29. 도시관리계획(학교) 결정 및 지형도면이 고시된 후인 2021.3.10. 이 건 토지를 취득하였고, 군부대 이전사업 지연에 따라 이 건 토지를 취득하기 이전에 이미 2차례나 실시계획 인가 신청기일을 2년씩 연장하여 총 4년이 연장되었음에도, 학교 확장을 결정할 당시인 2014년과 달리 학생인구 감소 등으로 교육환경이 바뀌어 기존의 건축물 계획을 축소하고 세부시설 조성계획을 변경하면서 다시 실시계획 인가 신청기일을 1년 연장하여 2023.8.9.에서야 도시관리계획(학교) 사업 실시계획 인가를 신청하게 되었다. 만약 청구법인이 실시계획 인가 신청기일을 추가로 연장하지 않았다면 실시계획 인가 신청일 이후부터 현재까지의 진행상황으로 볼 때 비록 유예기간 만료일까지 준공하지는 못하였다 하더라도 그 기간 내에 건축공사의 착공을 전후하여 꾸준히 일련의 건축과정을 진행할 수 있었을 것으로 보인다.

또한, 세부시설 조성계획의 변경이 행정관청의 변경 결정으로 이루어졌다면 그 자체로서 행정관청의 금지 또는 제한에 해당된다고 볼 수는 있겠으나, 청구법인이 제출한 자료에 의해서는 위와 같은 행정관청의 변경 요구가 있었다고 볼 수가 없고, 청구법인이 내부적인 판단에 따라 세부시설 조성계획을 변경한 것으로서 그와 같은 내부적인 사유만으로는 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유에 해당한다고 볼 수가 없으며 나아가 행정관청의 귀책사유가 있다고도 볼 수 없겠다. 따라서, 이 건 토지 중 이미 매각했거나 사업계획 부지에서 제외된 면적에 대해서는 감면유예기간(3년) 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 않은 것이 명백하므로 정당한 사유 여부를 불문하고 감면된 취득세의 납세의무가 성립하였고, 나머지 토지 중 반려동물 훈련 수업에 사용하고 있는 일부 면적(816㎡)을 제외한 면적에 대해서는 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였으므로 이미 면제된 취득세 등은 추징대상이라 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 감면유예기간(3년) 이내에 해당용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보고 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 1991.1.24. 인천광역시 계양구OOO을 주사무소로, 대한민국의 교육이념과 설립자의 설립이념인 정의, 사랑, 진리, 창조라는 기독교정신에 입각하여 전문직업인을 양성하는 고등교육과 유아교육을 실시하기 위하여 설립된 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2021.3.10. 이 건 토지를 취득한 후, 처분청으로부터 이 건 토지가 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 본문에 따라 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 감면받았다.

○○○

(다) 처분청은 2024.8.29. 이 건 토지에 출장한 후 아래와 같이 이 건 토지 중 OOO토지 5,711㎡에서 816㎡만 반려동물 훈련 수업에 사용하는 것으로 보고 나머지 이 건 토지(쟁점토지)는 감면 용도에 사용하지 않는 것으로 결과보고를 한 것으로 확인된다.

(라) 처분청은 2024.12.2. 청구법인이 아래와 같이 이 건 토지 중 쟁점토지를 취득한 날부터 감면유예기간(3년) 이내에 학교 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 기 감면한 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과·고지하였다.

○○○

(마) 처분청 등은 청구법인이 국방부로부터 이 건 토지를 취득하기 위하여 추진한 협의내용 및 진행상황, 그 세부사항 등을 아래와 같이 제출하였다.

○○○

1) 청구법인은 2013.12.3. 이 건 토지의 전 소유자인 국방부로부터 이 건 토지(C)를 취득하기 위하여 도시관리계획 변경(학교) 입안을 인천광역시에 제안하였고, 인천광역시는 2014.8.4. 이를 받아들여 아래와 같이 고시하였다.

○○○

2) 청구법인은 2017.3.9. 이 건 토지의 취득을 위하여 아래와 같이 국방부와 합의각서를 체결한 것으로 확인된다.

○○○

(바) 처분청은 청구법인이 국방부로부터 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 그 토지를 해당 용도에 직접 사용하였거나, 그 토지에 건축물을 건축하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 주장하며, 그 주요 추진사항을 아래와 같이 제출하였다.

○○○

1) 청구법인은 이 건 토지를 취득(2021.3.10.)한 후 곧바로 이 건 토지를 학교용도로 사용하기 위하여 2021.3.11. 지장물 철거 및 폐기물처리 사업계획 검토, 2021.5.10. 지상의 C 폐기물 처리를 위하여 아래와 같이 법률검토 등을 거쳐 2021.11.4. 그 공사를 완료한 것으로 확인된다.

○○○

2) 교육부는 2021년 5월 급격히 감소하는 학령인구와 급변하는 산업 및 사회에 대응하여 자율혁신과 체질개선을 촉진할 수 있도록 아래와 같이 ‘대학의 체계적 관리 및 혁신 지원 전략’을 수립·발표하였다.

○○○

3) 정부는 2021년 12월 관계부처 합동으로 “제3기 인구정책TF 과제로 대학 경쟁력 강화를 통한 학교인구 감소대응안을 아래와 같이 발표”한 것으로 확인되고, 청구법인도 2021년 12월 학령인구 감소에 대응하기 위한 방안으로 당시 진행 중이던 B캠퍼스 세부조성계획을 변경하는 계획을 수립하여 진행하게 되었다.

○○○

4) 청구법인은 2021.12.16. 위 2), 3) 등에 따른 학령인구 감소에 대응하기 위하여 당초 B캠퍼스 세부조성계획을 변경하는 것을 안건으로 하여 이사회에 상정하여 심의한 것으로 확인된다.

○○○

5) 청구법인은 2022.4.29. 위 3)의 변경 B캠퍼스 세부조성계획에 맞게 도시관리계획(학교) 세부조성계획결정(변경) 입안도서를 제출하였고, 인천광역시는 2022.10.24. 위 입안도서와 같이 도시관리계획결정(변경)을 아래와 같이 한 것으로 확인된다.

○○○

(사) 청구법인은 쟁점토지 중OOO토지 12,844㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다) 지상에 건축물을 건축(59,893.17㎡)를 하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 주장하며, 그 주요 추진사항을 아래와 같이 제출하였다.

1) 청구법인은 2022.5.23. 국토계획법 제88조 제3항, 「자연재해대책법 시행령」별표1, 및「환경영향평가법 시행령」 별표 4 등에 따라 도시·군계획시설사업의 시행자가 작성한 실시계획의 인가를 받기 전에 환경영향평가, 재해영향평가 등(이하 “환경영향평가 등”이라 한다)을 받기 위하여 용역공고를 시행하였고,

환경영향평가는 2022.6.15. 용역계약을 체결하여 한 후, 그 용역결과를 가지고 2023.2.15. 인천광역시 등에 환경경향평가를 신청하여 2023.4.14. 협의완료한 것으로,

재해영향평가는 2022.6.15. 용역계약을 체결하여 한 후, 그 용역결과를 가지고 2023.2.15. 인천광역시 등에 재해영향평가를 신청하여 인천광역시 재난재해과 등과 약 25차례 이상의 협의를 거쳐 2024.12.4.에서야 협의완료(처리기한 45일, 약 20개월 초과)를 한 것으로 확인된다.

2) 청구법인은 2023.12.4. 위 4)의 재해영향평가의 협의가 완료됨과 동시에 인천광역시로부터 이 건 토지(일부토지 제외)에 대한 도시관리계획(학교) 결정(경미한 변경) 및 지형도면 고시, 도시계획시설(학교) 사업시행자 지정(변경) 및 실시계획 인가를 아래와 같이 받은 것으로 확인된다.

○○○

3) 청구법인은 쟁점①토지에 기숙사(이하 “이 건 기숙사”라 한다)를 신축하기 위하여 2023.3.27. 실시(건축)설계 용역을 체결한 후, 2024.1.24. 처분청 건축위원회 건축심의를 신청하여 2024.7.26. 처분청 건축과로부터 건축심의를 조건부 완료통지(처리기한 37일, 약 5개월 초과)를 받았고, 2024.8.30. 건축허가를 신청하여 23개 부서와 협의를 진행하여 2025.4.23. 처분청으로부터 아래와 같이 건축허가(처리기한 15일, 약 7개월 초과)를 받았으며, 2025.4.28. 등에 감리용역 계약 등을 거쳐 25.7.14. 처분청에 착공신고하여, 25.7.25. 처분청으로부터 착공신고수리를 통지(처리기한 3일, 약 7일 초과)를 받아 공사를 진행하여 2025년 11월 현재 약 15% 공정이 진행중인 것으로 확인된다.

○○○

4) 청구법인은 쟁점①토지에 이 건 기숙사를 건축하기 위하여 2025.7.15. 주식회사 보미건설과 아래와 같이 도급계약을 체결하였고, 그 도급계약서를 보면 2025.7.15. 착공하여 2026.8.15. 준공(예정)하는 것으로 기재되어 있는 것으로 확인된다.

○○○

(아) 청구법인은 이 건 토지 중 기존 캠퍼스와 떨어져 외곽에 위치하여 별도 출입이 용이하고, 청구법인의 비교적 시급한 과제인 기숙사 건축용 토지(쟁점①토지)를 제외한 나머지 토지(이하 “쟁점②토지”라 한다)에 대하여는 아래와 같이 인천광역시 소유의 수도용지(계산동 548-5)가 기존 캠퍼스와 신규 B캠퍼스 사이에 존재하여 효율적 개발이 어려워 그 토지를 취득할 때까지 학교용 건축물 등을 건축하지 않는 대신 펜스를 설치하여 경계를 표시하여 두고, 학생들의 반려동물훈련장 및 주차장 등으로 사용하였다고 주장하며 그 증빙자료를 아래와 같이 제출하였다.

1) 청구법인은 인천광역시 소유의 수도용지OOO를 취득하기 위하여 2022.8.31. 아래와 같이 인천광역시에 매도 요청 및 2024.2.16. 재 매도 요청을 한후 2024.11.11. 처분청이 도시관리계획을 수도공급시설에서 학교로 결정(변경)·고시한 것으로 확인된다.

○○○

2) 청구법인은 쟁점②토지 지상에 교육용 건축물 건축이 지연됨에 따라 2023년 하반기부터 학생들의 반려동물훈련장OOO토지 816㎡, 처분청 기 인정하여 심판청구에서 제외) 및 주차장OOO토지 1,447㎡, 782㎡,OOO 토지 696㎡ 합계 2,925㎡, 이하 “이 건 주차장”이라 한다)으로 사용하였다고 주장하고 있고, 그 설치장소 관련 배치평면도를 아래와 같이 제출하였다.

○○○

3) 청구법인은 2022.9.28. 쟁점②토지 중 OOO외 2필지(2,925㎡)에 이 건 주차장을 설치를 아래와 같이 결정한 후 2022.9.30. 주식회사OOO와 공사계약을 체결한 것으로 확인된다.

○○○

4) 청구법인은 2022.10.4. 위 3)에 따른 임시주차장 조성공사에 착수하여 2022.10.22. 준공하였다고 주장하며 내부결제, 공사비지급 전표와 증빙사진 등을 우리 원에 제출하였다.

5) 청구법인은 2023.5.25. 쟁점②토지에 외곽펜스를 설치하기 위하여 주식회사 OOO와 도급계약서를 체결한 후, 공사를 시작하여 2023.6.13.까지 설치하였다고 주장하며 내부결제, 공사비지급 전표와 증빙사진 등을 우리 원에 제출하였다.

(자) 위 (사) 2)의 “도시관리계획(학교) 세부시설 조성계획 결정(경미한 변경) 및 지형도면 고시, 도시계획시설(학교) 사업시행자 지정(변경) 및 실시계획 인가 고시”를 보면 위 (라)에서 처분청이 주장하는 바와 같이 도시관리계획(학교)에서 OOO(559㎡), OOO(284㎡), OOO(448㎡), OOO(35㎡) 및 OOO(5,722㎡)가 제외되어 있는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제41조 제1항에서 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우라고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보고 이 건 취득세 등을 부과한 처분이 적법하다는 의견이다.

1) 먼저, 쟁점①토지에 대하여 살펴본다.

위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등).

청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전 소유자인 국방부는 이 건 토지를 군사기지법상 제한보호구역으로 지정하고 있어 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 전까지는 이 건 토지에 출입하여 촬영, 측량 등 조사하거나 기존 지장물 철거 등을 할 수 없었고, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후에는 그곳에 있던 지장물 철거 및 폐기물처리 등을 곧바로 수행한 것으로 보이는 점,

청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시 교육부 등이 발표한 학령인구감소 등과 관련한 “대학의 체계적 관리 및 혁신 지원 전략” 등에 따라 당초 건축예정이었던 교육용 건축물 등 건축계획을 변경(축소)할 수밖에 없었을 것으로 보이고, 그 변경계획(축소)에 맞추어 도시관리계획도 결정(변경)을 할 수밖에 없었을 것으로 보이는 점,

청구법인은 도시관리계획 결정(변경)을 한 후 곧바로 이 건 기숙사 건축을 위한 환경영향평가, 재해영향평가, 실시계획승인, 설계용역 착수, 건축심의, 건축허가, 착공 등 일련의 절차를 진행한 것으로 보이는 점,

청구법인은 쟁점①토지를 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도의 건축물을 준공하지 못하였다고 하더라도 만약, 처분청이 착공전까지 지연된 민원처리기간(약 32개월)을 통상민원처리 기간이내에 처리하였다면 2023년 1월에 착공을 하고, 이 건 기숙사 건축물 도급계약서상 공사기간(1년 1월)을 감안하였을 때 청구법인은 이 건 기숙사를 감면유예기간(3년) 이내인 2024년 2월 이전에 준공하였을 것으로 예상되는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점①토지를 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것에는 정당한 사유가 있는 것으로 판단된다.

2) 다음으로, 쟁점②토지에 대하여 살펴본다.

위 규정에서 학교등이 토지를 취득하여 해당 사업에 직접 사용한다는 의미는 토지 자체를 학교부지 등으로 직접 사용하거나 지상에 교육용 건축물을 신축하여 현실적으로 교육사업에 공여하는 것을 의미한다고 할 것(조심 2020지151, 2020.7.28., 같은 뜻임)이다.

기존 캠퍼스와 B캠퍼스 사이에 인천광역시 소유의OOO가 있어 그 토지를 취득하기 전에는 B캠퍼스 개발의 효율성이 반감되는 것으로 보이는 점, 청구법인이 감면유예기간(3년) 이내에 기존 캠퍼스와 최단거리에 이 건 주차장을 설치하기 위하여 공사계약 체결, 공사진행, 공사비용 지출 등을 한 것에서 볼 때 청구법인이 감면유예기간(3년) 이내에 이 건 주차장을 설치하여 직접 사용한 것으로 보이는 점, 청구법인의 내부결정에 따라 그 토지를 취득할 당시 계획대로 학교용 건축물을 건축하지 않고 청구법인의 부족한 주차장 문제를 해소하기 위하여 주차장으로 사용하였다고 하여 청구법인이 해당 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 볼 수는 없는 점(조심 2022지1113, 2023.9.13., 같은 뜻임) 등에 비추어 이 건 주차장 부지는 청구법인이 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 있을 것으로 판단된다.

다만, 쟁점②토지 중 청구법인이 감면유예기간(3년) 이내에 도시관리계획(학교)에서 제외된 OOO(559㎡), OOO(284㎡), OOO(448㎡), OOO(35㎡)는 물론, 나머지 토지는 청구법인이 해당 용도에 직접 사용하거나, 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수가 없을 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제88조(실시계획의 작성 및 인가 등) ③ 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 도시·군계획시설사업의 시행자가 작성한 실시계획이 제43조 제2항에 따른 도시·군계획시설의 결정·구조 및 설치의 기준 등에 맞다고 인정하는 경우에는 실시계획을 인가하여야 한다. 이 경우 국토교통부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 기반시설의 설치나 그에 필요한 용지의 확보, 위해 방지, 환경오염 방지, 경관 조성, 조경 등의 조치를 할 것을 조건으로 실시계획을 인가할 수 있다.

(3) 자연재해대책법 시행령

제4조(협의 결과의 통보) ① 행정안전부장관은 법 제4조 제7항에 따라 재해영향평가등의 협의를 요청받은 날부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간 이내에 관계행정기관의 장에게 재해영향평가등 협의 결과를 통보해야 한다. 다만, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조에 따른 공장설립등의 승인의 경우에는 20일 이내에 협의 결과를 통보해야 한다.

1. 재해영향성검토: 30일

2. 재해영향평가: 다음 각 목의 구분에 따른 기간

가. 개발사업의 부지면적이 5만제곱미터 이상이거나 개발사업의 길이가 10킬로미터 이상인 개발사업: 45일

나. 가목에 따른 개발사업 외의 개발사업: 30일

(4) 건축위원회 심의기준(2018.8.13. 국토교통부 고시 제2018-510호로 개정된 것)

1. 목 적

1.1 이 기준은 「건축법」제4조 및 「건축법 시행령」제5조의5 규정에 따른 지방건축위원회(이하 “위원회”라 한다) 심의시 제출 설계도서, 심의절차 및 방법 등 필요한 기준을 제시하여 원활한 심의 운영과 심의의 객관성과 투명성을 도모함에 있다.

2.4 심의는 법령에서 정한 기한이 초과(접수일로부터 30일이내 상정) 되지 않도록 신속히 개최하여야 하며, 여러 심의건을 모아 일괄 상정하기 위해 심의 개최를 지연하여서는 아니된다. 다만, 구조안전 심의는 심의상정 요청을 받은 날로부터 15일 이내에 상정하여야 한다.

2.11 건축허가 이후 착공신고 이전에 6.2.1 다목의 구조안전 심의를 받는 경우 심의결과는 건축허가 내용과 상반되지 않아야 하며, 부득이 건축허가 받은 내용에 변경이 필요한 경우에는 건축법 제16조에서 정한 사용승인 신청시 일괄신고 범위로 한정되어야 한다. 단, 구조심의위원 만장일치로 설계부실로 인하여 구조안전에 중대한 영향을 미칠 것으로 판단되는 경우 그러하지 아니한다.

9.3 심의결과는 다음 각 목 중 하나로 정하며, 조건부 및 재검토 의결은 이행 가능한 명확한 대안이나 재검토의 사항을 명확히하여 위원장이 과반수 이상의 동의를 받아 정하도록 한다.

가. 원안 의결 : 상정 안건에 대하여 수정 없이 원안대로 의결

나. 조건부 의결 : 상정 안건에 별도의 내용을 부가하거나 제외하는 등의 일부 조건을 부여하여 건축사가가 반영하도록 하는 의결

다. 재검토 의결 : 상정 안건을 다시 검토 보완하여 추후 위원회에서 다시 심의토록 의결

라. 부결 : 상정 안건이 건축법령 등에 위반되거나 심의요건이 불충분하여 부결시키기로 의결. 단, 2.3 가목에서 라목까지 사유에 해당하여야 한다.

9.5 위원회 심의후 7일이내에 심의결과를 신청인 등에게 문서로 통보하여야 하며, 법령 등 규정상 특별한 사유가 없는 한 10일 이내에 심의 주요결과를 홈페이지에 공개하도록 한다.

(5) 건축법 시행규칙

[별지 제1호의4서식]

■건축법 시행규칙 [별지 제1호의4서식]

세움터(www.eais.go.kr)에서도 신청할 수 있습니다.

건축ㆍ대수선ㆍ용도변경 (변경)허가 신청서

ㆍ 어두운 난( )은 신청인이 작성하지 않으며, [ ]에는 해당하는 곳에 √ 표시를 합니다. (6쪽 중 제1쪽)

허가번호(연도-기관코드-업무구분-허가일련번호)

접수일자

처리일자

건축구분

[ ] 신축

[ ] 증축

[ ] 개축

[ ] 재축

[ ] 이전

[ ] 대수선

[ ] 허가사항 변경

[ ] 용도변경

[ ] 가설건축물 건축

·

·

·

허가안내

제출하는 곳

특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ 시ㆍ군ㆍ구

처리부서

건축허가 부서

수수료

「건축법 시행규칙」 별표 4 참조

처리기간

특별시ㆍ광역시: 40일 ~ 50일

특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군ㆍ구: 2일~15일(도지사 사전승인대상: 70일)

(6) 건축법 시행규칙

[별지 제13호서식]

■ 건축법 시행규칙 [별지 제13호서식] ＜개정 2021. 12. 31.＞

세움터(www.eais.go.kr)에서도 신청할 수 있습니다.

착공신고서

· 어두운 난( )은 신고인이 작성하지 않으며, [ ]에는 해당하는 곳에 √ 표시를 합니다.

(앞쪽)

접수번호

접수일자

처리일자

처리기간

3일

신고인

건축주

전화번호

주소

·

·

·

유의사항

「건축법」

제11조제7항, 제14조제5항,

제21조제3항 및 제111조제1호

1. 건축허가를 받은 날부터 2년(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조에 따라 공장의 신설·증설 또는 업종변경의 승인을 받은 공장은 3년) 이내에 공사에 착수하지 않으면 허가가 취소되며, 건축신고한 날부터 1년 이내에 공사에 착수하지 않으면 그 효력이 상실됩니다. 다만, 허가권자가 정당한 이유가 있다고 인정하는 경우에는 1년의 범위에서 그 공사의 착수기간을 연장할 수 있습니다.

2.허가권자가 착공신고를 받은 날부터 3일 이내에 신고수리 여부 또는 민원처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장여부를 신고인에게 통지하지 않으면 그 기간이 끝난 날의 다음 날에 신고는 수리된 것으로 봅니다.

3.착공신고를 하지 않거나 거짓으로 신고를 하고 공사에 착수하면 5천만원 이하의 벌금에 처하여 집니다.