이유
1. 처분개요

가. ㈜a(이하 “쟁점시행사”라 한다)는 도시개발사업에 따라 대구광역시 달서구 OOO 토지 면적 1,135㎡, 대구광역시 달서구 OOO토지 면적 1,298㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 지상8층, 지하3층의 OOO상가건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 분양하였는데, 쟁점건물이 소재한 토지와 관련하여 대구광역시 달서구 OOO중 402㎡(이하 “쟁점토지1”이라고 한다)를 소유한 청구인, 대구광역시 달서구 OOO중 661㎡(이하 “쟁점토지2”이라고 한다)를 소유한 청구인의 배우자 및 다른 토지 공동소유자들 5인은 2014.9.26. 토지를 쟁점시행사에 소유권이전하였으며, 이후 청구인과 청구인의 배우자는 쟁점토지1·2에 대한 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2023.6.7.∼2023.8.12. 기간 동안 양도소득세 실지조사를 실시하여 청구인과 청구인 배우자가 이중계약서 작성 등의 방법으로 토지 양도가액을 축소하여 부당하게 양도소득세를 과소신고한 것으로 판단하고, 부과제척기간 10년을 적용하여 2023.8.16. 청구인 및 청구인 배우자에게 각각 양도소득세 OOO원 및 OOO원을 과세예고통지하였다.

다. 청구인과 청구인 배우자는 이에 불복하여 2023.9.4. 과세전적부심사를 제기하였는데, 2023.11.22. 이중계약서 작성 등의 부정행위가 없었다는 청구주장을 받아들여 부과제척기간 10년 적용은 위법하다고 판단하였으나, 토지 양도대금을 초과하는 수익금(이하 “쟁점소득”이라 한다)은 양도소득이 아니라 이자소득(비영업대금의 이익) 또는 사업소득으로 보아야 한다는 취지로 결정하였다.

라. 처분청은 과세전적부심사 결과에 따라 양도소득세 과세예고통지처분을 취소하고, 쟁점소득에 대하여 기타 비영업대금이자 소득자료로 2023.12.경 과세자료 통보하였다.

마. 처분청(소득세과)은 2024.1.10. 과세자료 내용을 검토하여 2024.2.13. 쟁점소득의 소득 구분에 대하여 추가 보정이 필요하다는 취지로 처분청(재산세과)에 자료를 반송하였고, 처분청(재산세과)은 2024.3.15. 재차 쟁점소득이 비영업대금이익에 해당한다는 내용으로 과세자료 통보하여 2024.3.18. 처분청(소득세과)이 최종 수보하였다.

바. 처분청은 2025.3.24. 쟁점소득이 사업소득으로서 청구인에게 귀속되는 것이라고 판단하여 청구인과 청구인 배우자가 청구인이 100% 주주인 b(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 양도한 채권액 OOO원 중 토지매매가액 OOO원을 제외한 채권액 OOO원에 대해 기준경비율을 적용하여 추계결정하는 것으로 청구인에게 과세예고통지를 하고 2025.5.8. 청구인에게 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

사. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.5. 이의신청을 거쳐, 2025.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (쟁점①) 처분청이 쟁점법인에 대한 서면조사를 실시하고 청구인과 청구인의 배우자에 대한 양도소득세 조사를 한 것은 중복조사에 해당한다.

세무조사의 범위에 대한 대법원 판례(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결)에 따르면, “세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다.”라고 판시하였다.

다른 판례(서울행정법원 2017.2.14. 선고 2016구합55704 판결)에서도 2012년 세무조사시 다른 부동산 취득자금 조사와 동일한 방법으로 이 사건 토지 취득에 관한 소명자료 제출을 요구하였으므로 2012년 소명자료 제출 요구는 조사에 해당하고 2014년 조사 후 한 이 사건 처분은 중복조사에 따른 위법한 처분에 해당한다고 판단하였다.

처분청(소득세과)은 2022.8. 쟁점법인에 대하여 서면조사를 실시하고 조사시 확인된 자료를 처분청(재산세과)으로 통보하였으며, 처분청(재산세과)은 통보된 자료를 바탕으로 2023.6.7.∼2023.8.12. 기간 동안 양도소득세 실지조사를 실시하였는데, 이 기간 동안 처분청 조사자는 청구인의 주소지에 내방하여 양도소득인지 사업소득인지 여부에 대하여 조사하였으며, 그 조사결과는 아래 ＜그림1＞과 같이 과세전적부심사시 처분청의 답변서에도 반영되어 있다.

＜그림1＞ 2023.11.22. 과세전적부심사결정문 중 처분청 의견

또한 2023.11.22. 과세전적부심사가 채택되자 처분청(소득세과)은 이미 조사한 내용에 대하여 다시 2024.12.2. 청구인에게 소명서를 요구하고 이를 바탕으로 2025.5.8. 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 고지하였다.

처분청은 동일한 방법으로 쟁점토지1·2의 양도 관련 청구인과 청구인 배우자, 청구인이 주주로 있는 쟁점법인을 수차례 조사하였으며, 이는 「국세기본법」 제81조의4에서 금지하는 중복조사에 해당한다.

(2) (쟁점②) 청구인에게 부과제척기간이 임박한 2025.3.27. 과세예고통지를 한 것은 청구인이 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회를 부여하지 않은 것으로 절차상 하자가 있다.

조세는 국민의 재산권을 중대하게 제한하는 것이므로, 국가의 과세권은 반드시 적정하고 민주적으로 행사되어야 하며, 이에 따라 「국세기본법」 제15조는 ‘세무공무원이 직무를 수행할 때에는 신의에 따라 성실하게 해야 한다.’고 규정하고, 같은 법 제81조의16 제1항은 ‘국세청장은 직무를 수행함에 있어 납세자의 권리가 보호되고 실현될 수 있도록 성실하게 노력하여야 한다.’고 규정하고 있다.

그러므로 세무공무원 과세관청으로서는 신고 내용을 확인하는 과정에서 과세전적부심사 받을 기회를 포함하여 납세자의 실체적·절차적 권리가 부당하게 침해되지 않도록 신속·적정·성실하게 담당 업무를 처리할 의무를 당연히 부담하는 것이다.

납세자에게 과세전적부심사 기회를 부여하지 않고 내려진 과세처분에 관해, 대법원은 “납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이고, 원고에게 충분히 해명할 기회를 부여하는 측면에서 이 사건 처분은 취소되어야 한다”고 판시(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결)하였다.

조세심판원도 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에서 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 한 규정은 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것으로, 과세관청이 과세자료 수보(생성) 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지 해당 규정을 적용하려는 것은 아니라고 보고 있다.

그러므로 2024년 3월 수보한 과세자료를 2024년 12월에서야 소명안내문을 발송한 후 납세자의 해명이 그 해에 있었음에도 불구하고 부과제척기간 임박을 이유로 소득세를 과세하였던 점 등에 비추어 이는 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하였기에 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하다고 할 것이다.

대법원은 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청에게 증명책임이 있다는 입장(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결)이다.

처분청은 절차상 하자에 대해 복잡한 계약관계로 사실관계 파악에만 상당한 시일이 소요되었다는 의견이나, 사실관계 파악이 어려우면 소명안내문 등을 보내어 그 사실관계를 조속히 파악하는 것이 중요한데도 자료통보를 받은지 9개월이 지나서 소명안내문을 보내고 이를 토대로 사실파악을 하고 부과제척기간을 얼마 남겨두지 않고 과세예고통지를 보냈다는 것은 정당한 이유라 할 수 없을 것이다.

(3) (쟁점③-1) 청구인과 청구인 배우자 등이 쟁점토지1·2 제공에 따른 이익금을 분배받은 것은 사업소득이 아니라 배당소득이다.

청구인, 청구인 배우자, c(이하 “청구인등”이라 한다)는 쟁점시행사에게 토지를 제공하고 그 대가로 쟁점건물 상가를 분양받은 것으로, 사실상 토지를 현물출자한 것이지 쟁점시행사와 공동으로 개발사업을 수행(지주공동사업방식)한 것이 아니다.

쟁점시행사가 토지 양도 관련 양도소득세를 대납하고 청구인 등이 사후에 송금해주는 등 개발사업 관련 업무는 쟁점시행사가 모두 수행하였고 분양에 따른 수익과 비용도 부담하였으며, 청구인 등은 주주(현물출자자)로서 법인세 비용 등을 부담하였다.

아래 ＜그림2＞와 같이 과세전적부심사 결정문 25쪽에도 나와있듯이, 처분청은 과세전적부심사 당시 양도소득세 조사결과 청구인등이 토지만을 제공하고 그 대가로 대물변제를 받았고 쟁점시행사가 모든 제반행위를 하여 그 책임과 경비를 부담하였으므로 지주공동사업방식에 해당하지 않는다는 의견이었다.

＜그림2＞ 과세전적부심사 결정문 중 처분청의 양도소득세 조사내용 요약

공동사업이라 함은 「민법」 제703조 제2항에 의한 조합계약에 의하여 2인 이상이 서로 출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하고， 그 지분 또는 손익분배의 비율 등을 정하여 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대하여 직접적으로 이해관계를 가지는 동업형태를 의미한다. 대법원은 어떤 사업이 단독사업인지 공동사업인지 여부를 판단하기 위해서는 계약서의 형식이 동업계약 혹은 조합계약의 형태를 취하고 있는지 여부뿐만 아니라 ① 당사자 사이에 개별적인 출자 여부, ② 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정의 유무，③ 공동사업에 필요한 재산에 대하여 합유적 귀속 유무，④ 사업운영에 내부적인 공동관여 유무，⑤ 사업의 대외적인 활동 주체와 형식 등 구체적·실질적 사정을 종합적으로 고려하여 판단하는 입장(대법원 2013.5.24. 선고 2013두2808 판결)인바 청구인등을 공동사업자로 볼 수는 없다.

사업소득은 계속적·반복적 사업에 대하여 부과하는 소득이며, 우리나라의 세법구조상 일시적·우발적 소득은 기타소득이나 양도소득으로 과세하고 있다. 그러므로 사업소득의 정의상 청구인과 청구인의 배우자가 일시적으로 쟁점법인에 채권을 양도한 것을 사업소득으로 볼 수 없다.

이의신청결정문 54쪽의 처분청 과세자료 검토서에 따르면, 처분청은 아래 ＜그림3＞과 같이 “신탁회사에서 교부받은 우선수익권증서의 금액은 수익금 발생 시 우선순위에 따라 배분받을 수 있는 권리일 뿐이지 확정된 수익금은 아니”라고 하였다.

＜그림3＞ 이의신청결정문 중 처분청 과세자료 검토서

2020.12.29. 개정 전 「소득세법」에 따르면 신탁수익권의 양도는 양도소득세 과세대상으로 열거되어 있지 않았고, 2020.12.29. 「소득세법」 제94조 제1항 제6호가 신설되면서 2021.1.1. 이후 양도분부터 과세되고 있다.

청구인과 청구인 배우자는 쟁점토지1·2에 대한 양도소득세를 기납부하였으므로, 추가로 수익증권을 받은 것은 2020.12.29. 개정 전 「소득세법」 제4조에 따라 신탁에 의한 배당소득에 해당하며, 비적격신탁에 해당하므로 여기서 발생하는 이자·배당소득은 신탁소득이 신탁에 귀속된 날로부터 3개월 이내의 특정일을 지급시기로 하여 원청징수하여야 한다.

(4) (쟁점③-2) 설령 쟁점소득이 사업소득이라고 하더라도, 청구인과 청구인 배우자가 쟁점법인에 양도한 채권금액 전체를 사업수입금액으로 과세한 것은 실질과세원칙에 부합하지 않는 잘못된 처분이다.

아래 ＜그림4＞와 같이 과세전적부심사결정문 41쪽에서 2015.9.18. ‘관리형토지신탁’ 계약서상 쟁점토지1·2 관련 인정받은 비용 내역을 감안할 때, 청구인과 청구인 배우자가 토지를 제공하고 대물변제받은 쟁점건물 상가 5개호의 취득가액인 OOO원에서 토지대금 OOO원, 금융비용 OOO원, 양도소득세 등 OOO원을 공제한 OOO원이 적절한 수입금액으로 아래 ＜표1＞과 같다.

＜그림4＞ 과세전적부심사 결정문 중 2015.9.18. 관리형토지신탁계약서

＜표1＞ 수입금액 산정내역

(단위 : 천원)

나. 처분청 의견

(1) (쟁점①) 처분청이 청구인에게 종합소득세를 부과한 것은 단순 과세자료의 처리일 뿐 세무조사에 의한 부과처분이 아니므로 재조사가 금지되는 중복조사에 해당하지 않는다.

처분청은 과세자료 처리를 위해 쟁점소득의 소득 구분에 대한 납세자 의견을 징취하기 위하여 ‘소득세사무처리규정’에 따라 청구인과 청구인 배우자에게 ‘종합소득세 과세자료 해명안내서’와 ‘권리보호요청제도에 대한 안내’를 2024.12.10. 송달하였으며, 2024.12.30. 세무대리인을 통해 소명서(5쪽 분량) 및 참고자료(9쪽 분량)를 팩스로 제출하였다.

이후 2025.2.경 세무대리인은 처분청을 방문하여 과세자료 처리 관련 처분청의 의견을 청취하고 갔을 뿐, 처분청은 종합소득세 부과를 위하여 청구인 또는 그 관련인과 유선상이나 대면접촉을 한 적은 없으며 청구인의 주소지 등을 방문한 적도 없고, 자료 파생에 첨부된 자료와 청구인이 자발적으로 제출한 소명서 이외에 추가 서류를 요청하지도 않았으므로 과세자료 처리를 위해 처분청이 세무조사에 준하는 질문·조사권을 납세자에게 행사하였다고 볼 수는 없다.

처분청은 과세자료를 처리한 일련의 과정에서 이미 확보된 자료를 바탕으로 쟁점소득의 종합소득세 과세대상 여부를 판단한바 이를 세무조사로 볼 수는 없다.

청구인이 제시한 판례들(대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결, 서울행정법원 2017.2.14. 선고 2016구합55704 판결)은 이 건과 사실관계가 달라 적용하기 어렵다.

(2) (쟁점②) 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 납세자는 과세전적부심사를 청구할 수 없으며, 과세전적부심사를 청구할 수 없다고 하여 절차상 하자가 있다고 보기는 어렵다.

과세자료 수보 과정에서 소득구분에 대한 보정이 필요하여 자료 반송과 재통보가 이루어지면서 검토가 늦어졌으며, 5월 종합소득세 신고기한이 있는 등 절대적으로 해당 과세자료에만 매진하여 업무를 수행할 수 있는 여건이 아니었다.

이 건의 경우 수익분배의 방식이나 금액이 변동되는 등 복잡한 계약관계가 얽혀있어서 부득이 사실관계 파악에만 상당한 시일이 소요되었고 유사한 선례 또한 존재하지 않아 처리하는 데에 장기간 시간이 소요될 수밖에 없었다.

처분청은 적법한 과세가 이루어질 수 있도록 논의와 고심에 시간이 걸린 것이지, 청구인의 과세전적부심사 기회를 박탈하기 위해 일부러 과세자료를 장기간 방치한 것이 아니다.

대법원은 다수 판례(대법원 2022.4.28. 선고 2022두31785 판결, 대법원 2022.5.12. 선고 2022두33453 판결, 대법원 2022.2.24. 선고 2021두44326 판결 등 참조)에서 「국세기본법」 제81조의15 제3항 규정을 적용함에 있어 예외사유에 이른 책임이 오로지 납세자에게 있거나 적어도 과세관청에 그 책임을 묻기 어려운 객관적이고 긴급한 사유가 있는 경우에만 그 규정을 적용할 수 있다는 원고의 주장을 배척하고, 원고가 든 막연한 사정만으로 피고가 원고의 절차적 권리를 박탈하기 위하여 고의로 그 요건의 검토나 처리를 지연하였다고 단정할 수 없는 점 등을 종합하여 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 이루어진 과세처분이 위법하다고 볼 수 없다고 판단하였다. 또한 다른 판례(대법원 2022.2.24. 선고 2021두44326 판결 등 참조)에서도 과세관청은 부과제척기간이 도과하기 전에는 언제든지 부과처분이 가능하고, 제척기간 임박한 시점에 과세처분을 하였다 하여 신의칙에 반한다고 할 수는 없다고 판시해왔다.

법령은 조세법률주의 원칙에 따라 엄격하게 해석되어야 하며, 청구인 주장과 같이 처분청의 과세예고 통지가 부과제척기간 만료일로부터 3개월 이하의 기간 중 통지가 이루어져 과세전적부심사 청구권을 상실하게 함으로써 납세자의 권리침해에 해당하는 중대한 하자가 있다고 본다면 법률이 정하고 있는 부과제척기간은 사실상 최소한 5∼6개월(과세예고통지로부터 과세전적부심사가 끝나는 기간까지 전체 소요 시간)이 단축될 수밖에 없다.

과세예고 통지의 예외 규정을 둔 입법취지는 부과제척기간은 소멸시효와 달리 정지, 중단이 없는 기간이므로 과세예고 통지와 후속의 과세적부심사 절차로 말미암아 부과제척기간이 도과하여 과세관청의 부과권이 소멸함으로써 과세관청이 납세자의 잘못된 신고를 바로 잡아 정당한 세금을 부과 및 징수할 수 없게 되는 것을 방지하기 위하여 일정한 예외를 둔 것으로, 지나치게 법 규정을 확대해석하는 것은 자칫 입법취지가 몰각될 우려가 있다.

청구인이 제시한 판례의 사실관계와는 달리, 청구인은 과세전적부심사결정문을 통하여 쟁점소득에 대하여 종합소득세 부과처분이 있을 것을 인지할 수 있었으나, 쟁점소득에 대하여 종합소득세 신고를 하거나 신고의사를 표명한 적이 없다.

「국세기본법」 제81조의15는 과세전적부심사의 예외와 관련하여 그에 해당하는 일정한 사유의 발생 경위나 과세 관청의 고의 또는 과실 여부 등의 다른 요건을 규정하지 않고 있다. 따라서 부득이한 사유로 인해 이 건 부과처분에 있어 처분청의 귀책사유가 존재하더라도 이는 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있도록 정한 예외사유에서 배제된다고 볼 수 없으므로 이 건 부과처분에 위법성이 크다고 할 수 없고, 설령 처분청의 귀책이 존재하더라도 그것이 양도소득 세무조사 시는 쟁점소득을 사업소득으로, 사업소득으로 과세시에는 쟁점소득을 배당소득으로 주장하면서 소득세 신고의무는 이행하지 않았던 청구인의 권리가 심각하게 침해되어 과세 무효를 주장할 만큼의 위법성이 크다고 할 수 없다.

(3) (쟁점③-1) 쟁점소득은 지주공동사업방식에서 발생한 사업소득이다.

(가) 청구인과 청구인 배우자 등은 쟁점시행사와 지주공동사업방식으로 쟁점건물을 신축하여 분양하는 개발사업을 수행하였다.

청구인과 관련인들은 양도소득세 조사부터 종합소득세 과세자료 해명안내문에 대한 진술까지 일관되게 지주공동사업방식에 의해 사업을 진행하였음을 주장하였으며, 종합소득세 부과처분에 대한 이의신청부터 지주공동사업방식이 아니라고 주장을 번복하였다.

지주공동사업이란 아래 ＜그림4＞와 같이 도시정비사업에서 토지 등 소유자(지주)들이 조합을 만들지 않고 직접 시행사와 공동으로 시행하는 사업방식이며, 자본 및 개발능력이 부족한 지주, 토지확보가 어려운 개발업자가 투자자본의 위험부담 등을 해소하는 사업방식으로써 개발행위로 생긴 사업이익을 약정된 비율로 분배하는 방식이다. 즉 지주는 토지를 출자하고 개발업자는 자금과 노무를 출자하여 토지를 공동으로 개발하고 건축된 건물을 배분하는 공동사업의 형태인 것이다. 이는 「주택법」 제5조 제1항에서 ‘토지소유자가 주택을 건설하는 경우에는 제4조 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 제4조에 따라 등록을 한 자(이하 “등록사업자”라 한다)와 공동으로 사업을 시행할 수 있다. 이 경우 토지소유자와 등록사업자를 공동사업주체로 본다’는 규정과, 「민법」 제703조 제1항에서 ‘조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다’ 및 제2항 ‘전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다’ 등에 그 법적 근거를 두고 있다.

＜그림5＞ 지주 공동사업방식

이러한 지주공동사업은 당사자들의 이해관계나 사업 환경에 따라 여러 형태의 사업유형이 있으나 공통적인 특성은 사업에 참여하는 자들이 시행사업의 출자기여도에 따라 약정을 통해 손익을 분배한다는 것이다. 또한 대규모개발사업의 특성상 시행사(시공사)가 토지를 매입하여 건물을 신축하려면 거액의 토지 매입자금 조달, 지주 등 여러 이해관계자와의 마찰 발생 등으로 인해 사업 시행이 원활하지 않을 수 있고, 지주 입장에서도 일시에 고액의 양도소득세를 부담하는 것보다는 전문적인 사업능력이 없더라도 지주공동사업방식을 적절히 활용한다면 토지만을 제공하고 높은 개발수익을 기대할 수 있으면서도 배분받은 수익에 대해 상대적으로 낮은 세율의 종합소득세(사업소득)를 부담할 수 있기 때문에 선택되는 사업방식이다.

청구인은 아래 ＜그림6＞과 같이 2024.12.30. 처분청에 제출한 진술서에서 쟁점건물 개발사업은 “영업이익에 따라 이익을 가져가는 지주와 공동개발 사업을 한 것”이라고 사업의 목적을 명확히 진술하였다.

＜그림6＞ 2024.12.30. 청구인이 제출한 진술서

쟁점시행사는 자금부족 등의 사유로 청구인등과 개발사업을 공동으로 진행하였고, 청구인등은 토지를 쟁점시행사에게 소유권이전하고 쟁점시행사는 토지를 담보로 대출을 받아 청구인등에게 토지 매매대금을 지불하였는데 이를 통해 청구인등이 사업을 원활하게 진행할 목적으로 초기단계부터 적극적으로 사업 운영에 참여하고 있었음을 확인할 수 있다.

양도소득세 세무조사 당시 쟁점시행사의 전 관리이사 d 및 전 대표이사 e이 제출한 사실확인서에 따르면 쟁점시행사는 자금이 부족하여 지주와의 공동사업이 아니면 사업을 시작할 수 없어 처음부터 지주공동사업을 제안하였다고 아래 ＜그림7＞·＜그림8＞과 같이 진술하였다.

(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)

＜그림7＞ 쟁점시행사 전 관리이사 d 사실확인서

＜그림8＞ 쟁점시행사 전 대표이사 e 사실확인서

청구인은 토지 출자 외에도 사업에 필요한 경비를 수시로 부담하였고 사업 종료 시점에는 공동사업자로서 납부해야 하는 세금 OOO원을 2017.8.9., 2017.8.10. 두 차례에 걸쳐 쟁점시행사 대표이사에게 송금하였다. 쟁점시행사 전 관리이사 d 또한 사실확인서에서 쟁점시행사 대표이사는 사업초기부터 자금이 전혀 없어 청구인에게 자금 및 편의를 제공받아 시작하였고, 청구인은 공동사업자로서 자금을 제공하고 토지를 무상으로 대여하여 사업자금을 융통할 수 있도록 돕는 등 실제적으로 쟁점시행사 대표이사 f보다 더 큰 역할을 하였다고 아래 ＜그림9＞와 같이 진술하였다.

＜그림9＞ 쟁점시행사 전 관리이사 d 사실확인서

청구인은 쟁점건물 준공 이후에도 쟁점시행사 대표이사와 함께 시공사(g 주식회사) 대표이사를 만나러 여러 차례 서울에 방문하여 분양 관련 합의를 진행하였는데, 이를 통해 청구인이 공동사업자의 지위에서 각종 비용을 부담하고 쟁점건물의 성공적인 분양을 위해 사업 경영에도 깊이 관여하였다는 사실을 아래 ＜그림10＞과 같이 확인할 수 있다.

＜그림10＞ 과세전적부심사결정문 중 청구인 주장 일부 내용

(나) 청구인이 체결한 여러 계약서를 통해서도 청구인이 지주공동사업방식으로 개발사업을 수행하였음을 확인할 수 있다.

청구인이 2014.8.30. 체결한 ‘대구광역시 달서구 OOO을 위한 계약서’에 따르면, 청구인은 토지만을 제공하고 시행사가 개발사업을 시행한 후 토지 제공대가로 사업 완료 후 상가를 대물변제받기로 하는 지주공동사업을 영위하기로 약정하였고, 이후 체결된 약정들에 따라 대물변제받는 상가의 위치나 가액에 관한 변동이 있었으나, 최종적으로 2017.7. 쟁점시행사와 체결한 ‘청산합의서’에 따라 쟁점토지1·2에 대한 대가로 대물변제용 부동산(상가 5개호)을 분배받기로 합의한 사실을 아래 ＜그림11＞에서 알 수 있다.

＜그림11＞ 2017.7. 청산합의서

청구인과 쟁점시행사 간 체결한 2016.9.21. ‘합의 및 이행각서(공증용)’에 따르면, “2. 상기 건물은 2016년 7월 27일 준공이 완료됨에 따라 편입된 토지소유자들에게 발급한 수익증권에 대하여는 신탁계약서에 의한 상가분양수입과 상가건물처분에 의한 수익금으로 지급함을 원칙으로 하며 지급할 금액은 양도소득세, 사업소득세, 각종제세공과금, 기타경비등 일체의 금액을 정산하고 실제 지급할 금액”이라고 명시하고 있어 청구인 역시 당해 지주공동사업에서 분배되는 수익이 종합소득세(사업소득) 과세대상임을 인지하고 있었을 개연성이 매우 높다.

청구인은 2017.6. ‘관리형토지신탁 정산합의서’에 따라 신탁을 종료하기로 합의하면서 2017.7. ‘청산합의서’를 체결하였으나, 대물변제에 따른 소유권이전을 완료하지 않아 지주공동사업이 종료되지 않은 상태에서 청구인에게 분배된 수익(지분)을 쟁점법인에게 양도(인계)하였는데, 공동사업자 중 1인이 탈퇴하면서 자기 지분을 다른 공동사업자 또는 제3자에게 양도하고 얻은 소득은 당해 공동사업장의 사업소득(부동산매매업)에 해당하며 그 소득금액은 당해 공동사업의 지분을 양도(인계)한 구성원에게 귀속되므로 쟁점소득은 사업소득에 해당한다.

(다) 청구인등 간 최종 수익분배액이 토지면적에 비례하지 않음을 고려할 때 쟁점소득은 사업소득에 해당한다.

개발사업 과정에서 작성된 여러 합의서 및 신탁계약에 의한 수익권증서는 청구인등 3인의 토지 제공 면적에 비례하여 수익분배액이 결정되었으나, 최종적으로 청구인보다 많은 토지를 제공한 청구인의 배우자는 토지대금에 상당하는 채권액만 수령하였고, c는 상가분양 저조로 미분양 상가의 공매가 이루어지는 상황에서 토지대금조차 배분받지 못한 반면, 청구인은 총 OOO원의 채권액을 수령하여 토지대금 OOO원을 제외한 OOO원의 수익이 발생하였다. 토지 제공 면적으로 계산하면 3인의 지주 중 가장 적은 면적의 토지를 제공한 청구인이 가장 많은 수익을 받게 된 것은 공동사업의 기여도에 따른 사업상 수익금의 분배이기 때문이며, 쟁점소득은 사업소득에 해당한다.

＜그림12＞ 사업내용 현황

쟁점소득을 사업소득으로 보지 않는 경우 청구인과 청구인 배우자 사이의 수익분배비율은 부부간 증여 문제가 발생할 수 있다. 더 많은 토지를 제공한 청구인의 배우자가 더 많은 이익을 배분받아야 경제적 합리성이 성립하는데 청구인이 더 많은 이익을 배분받았으므로 청구인의 배우자가 청구인에게 이익을 증여한 것이 된다. 그러나 청구인은 증여세를 신고한 사실이 없으므로 청구인 스스로가 쟁점소득은 공동사업에서 발생한 본인의 기여분에 대한 분배로 생각하고 있기 때문임을 반증한다.

(라) 쟁점소득은 투자신탁자산에서 배당받은 수익이 아니다.

청구인은 2017.6. ‘관리형토지신탁 정산합의서’에 따라 쟁점건물에 대한 신탁사업을 종료하고 우선수익권이 소멸되는 것에 합의하였으며 이에 따라 양도할 수익증권이 부존재하게 되었다.

이후 청구인이 체결한 계약서들은 청구인이 쟁점시행사로부터 받을 채권을 쟁점법인에 매각하였고, 쟁점법인의 재무제표상 주주 등 차입금으로 결산시 반영되었기에 제3자간 거래로 인해 객관적인 수입금액이 확정된 것으로 판단하였으며, 권리가 발생하고 그 금액이 확정된 날이 속하는 2017년을 귀속연도로 보아 지주공동사업에 대한 사업소득을 과세한 것이다.

「소득세법」 제17조 제1항 제8호에서 규정한 배당소득은 출자공동사업자의 손익분배비율에 해당하는 금액으로, 출자공동사업자는 ① 공동사업에 성명 또는 상호를 사용하지 않고, ② 공동사업에서 발생한 채무에 대하여 유한책임을 부담하기로 약정하고, ③ 공동사업 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자이다. 그러나 청구인의 경우 출자 이외에 사업의 경영, 채무 등을 부담하였으므로 출자공동사업자에 해당하지 않고, 지분비율(토지 면적)에 따라 이익금이 배분되지 않았다.

(4) (쟁점③-2) 쟁점소득의 수입금액은 쟁점법인에 양도한 채권의 전체 금액인 OOO원이다.

청구인은 여러 차례 합의서와 정산서를 수정·갱신한바 그 금액은 추정된 이익의 반영일 뿐 확정된 채권액으로 볼 수 없으며, 권리의무확정주의에 따라 확정되지 않은 채권액을 쟁점토지 개발사업의 수익으로 보아 과세할 수는 없다고 주장하나,

청구인과 청구인 배우자는 쟁점건물의 상가를 소유권이전등기하는 과정에서 쟁점법인을 2017.7.3. 설립하고, 2017.8.1. 쟁점법인 이사회 의결을 통해 청구인과 청구인 배우자가 쟁점시행사로부터 받을 채권 OOO원을 쟁점법인에 인계·인수하면서 쟁점법인의 차입금으로 계상하였다.

처분청은 쟁점시행사로부터 받을 채권 OOO원 중 청구인 배우자의 채권액 OOO원은 청구인 배우자의 토지매매가액과 일치하여 쟁점토지2의 토지매매대금으로 판단하였고, 청구인의 채권액 OOO원 중 쟁점토지1의 토지매매대금 OOO원을 제외한 OOO원(쟁점소득)은 사업소득으로 판단하였다.

쟁점법인은 부동산과다법인으로서 채권자인 청구인에게 대여금을 변제할 능력이 충분하므로 쟁점법인의 재무제표상 차입금 중 토지매매대금을 제외한 쟁점소득을 청구인의 실현(확정)된 소득으로 보는 것이 합당하다.

＜표2＞ 청구인과 청구인 배우자 채권금액 현황

(단위 : 원)

＜표3＞ 쟁점법인 재무제표상 차입금 변동내역

(단위 : 백만원)

청구인이 주장하는 상가의 실제 취득가액인 OOO원은 청구인의 사업소득 수입금액이 될 수 없다. 2017.8.3. ‘정산합의서(안)’에 따르면, 대물변제로 받은 쟁점건물 상가 5개호의 분양가 총액은 OOO원이며, 청구인의 주장대로 당시 미분양으로 분양가의 40%를 할인하여 분양을 받았다면 OOO원이 취득가액이 되어야 할 것이다. 이는 쟁점법인의 상가 취득가액 OOO원과는 차액이 상당하나 청구인은 취득가액을 OOO원으로 산정한 합당한 근거를 제시하지는 못하고 있다. 설령 OOO원을 실제 취득가액으로 판단한다고 하더라도 그것은 쟁점법인이 취득한 상가건물의 취득가액일 뿐 청구인이 쟁점법인에 행사할 채권액에 영향을 미치지 않는다. 대물변제받은 상가의 취득가액을 OOO원으로 보아야 한다는 청구인의 주장은 본인과 쟁점법인을 동일한 인격체로 오인한 주장일 뿐이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 세무조사가 중복조사에 해당하는지 여부

② 과세전적부심사청구권을 박탈하여 절차상 하자가 있다는 청구주장의 당부

③-1 쟁점소득이 사업소득에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

③-2 쟁점소득이 사업소득에 해당하더라도 수입금액 산정에 잘못이 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인의 사업소득 수입금액을 OOO원으로 하고 기준경비율로 추계결정하여 쟁점법인의 100% 주주인 청구인에게 아래 ＜표3＞과 같이 2017년 귀속 종합소득세를 부과하였다.

＜표3＞ 2017년 귀속 종합소득세 부과내역

(단위 : 원)

(2) 쟁점법인은 청구인이 대표이사이자 1인 주주(지분율 100%)이고, 사내이사는 청구인의 배우자 1명이며, 2017.7.3. 부동산개발업 및 이에 부대되는 사업을 영위하기 위한 목적으로 설립되었다.

(3) 청구인과 청구인의 배우자가 쟁점건물 신축분양사업으로 쟁점토지1·2를 쟁점시행사에 제공하고 쟁점건물 상가를 대물변제받아 쟁점소득을 얻은 과정은 아래 ＜표4＞·＜표5＞와 같다.

＜표4＞ 일자별 사업 추진 현황

＜표5＞ 쟁점토지1·2 토지비 및 채권 정산 과정

(단위 : 원)

청구인과 청구인의 배우자는 쟁점시행사와 아래 ＜그림12＞와 같이 2014.8.30. ‘대구광역시 달서구 OOO을 위한 계약서(이하 “쟁점대물변제계약”이라 한다)’를 체결하였는데, 청구인은 쟁점토지1을, 청구인 배우자는 쟁점토지2를 쟁점시행사에 제공하고 쟁점시행사는 금융조달, 설계, 시공, 분양, 제세공과금, 운영경비 등 관련 비용 일체를 부담하기로 하였으며, 청구인과 청구인 배우자는 토지 제공의 대가로 각각 OOO원 및 OOO원에 상당하는 쟁점건물의 상가를 대물변제받기로 했다.

(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)

＜그림12＞ 2014.8.30. 대구광역시 달서구 OOO을 위한 계약서

청구인과 청구인의 배우자는 2014.9.26. 쟁점시행사와 ‘부동산매매계약서’를 체결하였는데, 토지 평당 가격을 OOO원으로 계산하여 쟁점토지1·2를 각각 OOO원, OOO원에 양도하기로 하였으며, 같은 날 쟁점시행사로 소유권이전등기하였다.

쟁점시행사는 2014.9.26. 쟁점토지를 담보로 OOO원을 대여하였으며, 2014.10.31. h 주식회사에 쟁점토지를 신탁하였다.

청구인과 청구인의 배우자는 아래 ＜그림13＞과 같이 2014.12.8. 쟁점시행사와 ‘약정서’를 체결하였는데, 2014.8.30. 쟁점대물계약 당시 청구인과 청구인 배우자는 토지만을 제공하고 쟁점시행사는 시공 관련 일체의 비용을 부담하며 토지비는 대물변제받기로 계약하였으나, 토지담보대출 등 사업의 진행상 쟁점토지1·2의 명의 변경을 위해 2014.9.26. ‘부동산매매계약’을 체결하였으나 법적 효력이 없으며, 2014.8.30. 체결한 쟁점대물변제계약이 법적으로 유효하다고 하였다. 또한 청구인과 청구인 배우자가 토지 제공을 통해 변제받는 대물은 쟁점건물 상가 101호, 102호, 103호 및 201호(총 4개호)이며 그 분양대금을 별도의 신탁통장으로 관리하기로 하였다.

＜그림13＞ 2014.12.8. 약정서

청구인과 청구인의 배우자는 아래 ＜그림14＞와 같이 2015.9.15. 쟁점시행사와 ‘토지편입에 따른 대물지급 및 정산합의서’를 체결하였는데, 쟁점토지1·2의 토지비를 당초 2014.8.30. 쟁점대물변제계약보다 증액하여 평당 OOO원(OOO원×2)으로 하여 각 OOO원 및 OOO원으로 산정하였다. 또한 청구인과 청구인 배우자가 토지 제공을 통해 변제받는 대물은 쟁점건물 상가 101호, 102호 및 701호의 지분 62.4634%이며 그 가액을 OOO원으로 산정하였으며, 쟁점토지1·2에 대한 양도소득세 및 토지를 담보로 대출한 금액에 대해서는 청구인과 청구인 배우자가 납부하기로 하였다.

＜그림14＞ 2015.9.15. 토지편입에 따른 대물지급 및 정산합의서

청구인과 청구인의 배우자는 아래 ＜그림15＞와 같이 2015.9.16. ‘토지매매대금 관련 합의서’를 체결하여 2014.9.26.에 체결한 ‘부동산매매계약서’를 유효하게 인정하고 토지 매매대금의 별도 정산을 확정하였다.

＜그림15＞ 2015.9.16. 토지매매대금 관련 합의서

쟁점시행사는 아래 ＜그림16＞과 같이 i 주식회사와 2015.9.18. ‘관리형토지신탁계약서’를 체결하여 쟁점토지를 신탁하였으며, 청구인과 청구인 배우자는 i 주식회사로부터 쟁점건물 신축 관련 공동6순위 우선수익자로서 각각 OOO원 및 OOO원을 우선수익 한도금액으로 하여 수익권증서를 교부받았다. 우선수익 한도금액은 토지금액을 3.3㎡당 OOO원으로 산정하고 금융비용, 양도소득세 비용 등을 더한 실부담금액으로, 그 계산내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜그림16＞ 2015.9.18. 관리형토지신탁계약서

＜표6＞ 우선수익 한도금액 계산내역

(단위 : 평, 천원)

쟁점건물은 2016.7.27. 준공이 완료되었는데, 2016.9.21. 청구인과 청구인 배우자, 쟁점시행사는 ‘합의 및 이행각서’를 체결하여 수익권증서에 의한 우선수익 한도금액 합계 OOO원을 상가 분양수입을 통해 청구인과 청구인 배우자에게 2016.10.31.까지 지급하기로 하였으며, 분양수입이 부족한 경우에는 아래 ＜그림17＞과 같이 쟁점건물 상가 101호, 102호, 201호, 301호, 306호(총 5개호) 및 현금 OOO원으로 대물정산하기로 하였다.

(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)

＜그림17＞ 대물정산 금액

2016.9.21. ‘관리형토지 신탁원부 변경(1차)계약 동의서’에 따라 신탁기간이 연장되고, 청구인과 청구인 배우자의 우선수익자 수익권이 공동5순위로 변경되었다.

2017.6. ‘관리형토지신탁 정산합의서’에 따라 신탁사업이 종료되었으며, 청구인과 청구인 배우자의 우선수익권이 소멸하였다.

2017.7. ‘청산합의서’에 따라 청구인과 청구자 배우자는 쟁점토지1·2 및 제세공과금에 대한 대가로 쟁점건물 상가 101호, 102호, 501호, 503호, 510호(총 5개호)를 받고, 쟁점시행사가 주식회사 j에서 대출한 금액 중 OOO원을 상환하는 대신 쟁점건물 상가 402호, 502호, 504∼509호(총 8개호)를 받기로 하였다.

2017.8.1. 쟁점법인 이사회 회의록에 따르면, 청구인이 쟁점시행사로부터 받을 채권액 OOO원 및 청구인의 배우자가 받을 채권액 OOO원, 합계 OOO원을 쟁점법인이 인수하고 차입금으로 계상하기로 의결하였으며, 쟁점건물 상가 13개호를 OOO원에 인수하기로 하고 그 자금은 채권액 OOO원과 OOO으로부터 대출받은 OOO원으로 충당하기로 하였다.

＜그림18＞ 쟁점법인 이사회 회의록

2017.8.2. i 주식회사, 쟁점법인, 쟁점시행사는 ‘신탁재산 처분에 의한 매매계약서’를 체결하여 쟁점법인이 쟁점건물 상가 총 13개호를 매입하기로 하였는데, 매입가액은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 쟁점건물 상가 매입가액(등기부상 취득가액)

(단위 : 원)

2017.8.3. ‘정산합의서(안)’에 따르면, 청구인 배우자의 미지급 토지금액은 OOO원이고, 청구인의 미지급 토지금액은 OOO원이며, 청구인의 채권액은 OOO원으로 합계 OOO원이고, 쟁점법인이 토지비 및 쟁점시행사의 대출 채권을 인수하는 대가로 받은 쟁점건물 상가 13개호의 가액은 OOO원이며 분양가액은 OOO원이다.

＜표8＞ 쟁점건물 상가 분양가액

(단위 : 원)

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 2022년 8월에서 11월까지 쟁점법인에 대하여 서면조사를 하고, 2023.6.7.∼2023.8.12. 기간 동안 청구인과 청구인 배우자에 대하여 양도소득세 실지조사를 한 뒤, 2024년 12월 쟁점소득의 소득 구분 관련 청구인과 청구인 배우자에게 소명요구를 한 것이 「국세기본법」 제81조의4 제2항이 금지하는 중복조사라고 주장하나,

처분청은 쟁점법인에 대한 서면조사 이후 이중계약서 작성 등 조세탈루 혐의를 인정할 만한 자료가 발견되어 청구인과 청구인 배우자에 대한 실지조사를 실시한 것으로, 청구인과 쟁점법인은 조사대상도 다를 뿐만 아니라 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없는 경우에 해당하지 아니한 점, 쟁점소득의 소득구분 등 관련 소명요구는 청구인이 제기한 과세전적부심사 청구 결과에 따른 처분을 하기 위한 것으로 처분청은 세무대리인을 통해 청구인의 의견을 확보하였을 뿐, 청구인의 주소지를 내방하는 등 청구인을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사한 사실이 나타나지 아니하는바, 청구인을 중복으로 세무조사한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 2023.11.22. 과세전적부심사 청구에 대한 결정 이후 2024.12.2. 쟁점소득 관련 소명요구를 하고 2025.3.24. 종합소득세 부과처분을 한바, 별다른 이유 없이 과세자료 처리를 지연하고 국세부과제척기간 만료일이 임박하자 과세예고통지를 생략하고 이 건 부과처분을 하여 청구인의 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 절차상 중대한 하자가 존재한다고 주장하나,

과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리규제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에서 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사청구를 적용하지 아니하는 예외를 규정하고 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것으로 볼 수 없는 점, 처분청의 과세처분이 일부 지체되었다고 하더라도 그 과세자료 검토 등 처리절차 과정을 보면 청구인의 과세전적부심사 기회를 박탈하기 위하여 과세자료 등을 장기간 방치하였다거나 부과제척기간이 임박할 때까지 업무를 해태한 것이라고 보기 어려운 점, 청구인은 2025.3.24. 수령한 처분청의 과세예고통지에 대하여 원천적으로 과세전적부심사 청구가 불가능한 것이라 생각하여 과세전적부심사를 청구하거나 조기결정 신청한 사실이 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③-1에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물 신축을 위해 토지를 제공하고 신탁에 따른 우선수익권에 따라 그 대가를 정산받았으므로 쟁점소득이 사업소득이 아니라 배당소득이라고 주장하나,

청구인과 청구인 배우자는 쟁점시행사에 쟁점토지1·2를 매매하여 2014.10.31. 쟁점시행사 명의로 소유권이전등기하였고, 쟁점시행사는 이를 포함한 쟁점토지를 2014.10.31. h 주식회사에, 이후 2015.9.18.부터는 i 주식회사에 신탁하여 쟁점건물 신축·분양사업을 수행하였으며, 2017.8.3. ‘정산합의서(안)’에 따르면 청구인 배우자는 2014.9.26. 체결한 ‘부동산매매계약서’ 및 양도소득세 신고서상 쟁점토지2에 대한 양도대가 OOO원을 지급받고, 청구인은 쟁점토지1에 대한 양도대가 OOO원보다 더 큰 금액인 OOO원을 받기로 합의하였으며, 결과적으로 토지면적 지분보다 더 큰 이익을 정산받은 점, 청구인이 100% 주주인 쟁점법인이 청구인과 청구인 배우자가 받을 채권액 합계 OOO원을 인수하면서 쟁점법인 명의로 쟁점건물 상가 5개호를 소유권이전 받았고 채권액 금액만큼 쟁점법인의 차입금으로 계상된 점, 쟁점시행자 직원의 사실확인서 등에 의하면, 이 건 개발사업 추진과정에서 청구인은 단순히 토지를 제공한 것이 아니라 자금차입 등 경영상 깊이 영향을 미친 것으로 보이는 점, 쟁점법인이 인수한 쟁점건물 상가 5개호를 임대하면서 얻은 수입 등으로 청구인에게 차입금을 상환하고 있는 것으로 쟁점법인 재무제표에 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점소득은 사업소득에 해당하는 것으로 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점③-2에 대하여 살피건대, 청구인은 청구인과 청구인 배우자가 토지를 제공하고 대물변제받은 쟁점건물 상가 5개호의 등기부등본상 취득가액인 OOO원에서 토지대금 OOO원, 금융비용 OOO원 및 양도소득세·지방소득세 OOO원을 공제한 OOO원이 적절한 수입금액이라고 주장하나,

쟁점법인의 이사회 회의록 및 재무제표상 청구인이 쟁점시행사로부터 받을 채권액은 OOO원, 청구인의 배우자가 받을 채권액은 OOO원, 합계 OOO원으로 나타나고, 쟁점법인이 이를 인수하고 청구인에 대한 차입금으로 계상하기로 의결한 점, 쟁점시행사와의 정산합의서에 의하면 채권액 합계 OOO원에서 청구인의 토지대금 OOO원 및 청구인의 배우자 토지대금 OOO원을 제외하면 청구인이 쟁점건물의 신축사업에 참여하여 얻은 수입금액은 OOO원으로 계산되는 점, 처분청은 청구인의 수입금액에 대응되는 장부 등 증빙서류가 없는 것으로 보아 「소득세법」 제80조에 따라 추계소득금액을 계산하여 수입금액에 대응하는 비용을 차감하여 이 건 부과처분을 한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우

나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령

제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우

3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우

4. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

(3) 소득세법

제4조(소득의 구분) ① 거주자의 소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 종합소득

　이 법에 따라 과세되는 모든 소득에서 제2호 및 제3호에 따른 소득을 제외한 소득으로서 다음 각 목의 소득을 합산한 것

가. 이자소득

나. 배당소득

다. 사업소득

라. 근로소득

마. 연금소득

바. 기타소득

2. 퇴직소득

3. 양도소득

② 제1항에 따른 소득을 구분할 때 다음 각 호의 신탁을 제외한 신탁의 이익은 「신탁법」 제2조에 따라 수탁자에게 이전되거나 그 밖에 처분된 재산권에서 발생하는 소득의 내용별로 구분한다.

1. 「법인세법」 제5조 제2항에 따라 신탁재산에 귀속되는 소득에 대하여 그 신탁의 수탁자가 법인세를 납부하는 신탁

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제18항 제1호에 따른 투자신탁. 다만, 2022년 12월 31일까지는 이 법 제17조 제1항 제5호에 따른 집합투자기구로 한정한다.

3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제251조 제1항에 따른 집합투자업겸영보험회사의 특별계정

제17조(배당소득) ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

2의2. 「법인세법」 제5조 제2항에 따라 내국법인으로 보는 신탁재산(이하 "법인과세 신탁재산"이라 한다)으로부터 받는 배당금 또는 분배금

5의3. 금전이 아닌 재산의 신탁계약에 의한 수익권이 표시된 수익증권으로서 대통령령으로 정하는 수익증권으로부터의 이익

제19조(사업소득) ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조 제1항 제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

20. 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 차량 및 운반구 등 대통령령으로 정하는 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 제94조 제1항 제1호에 따른 양도소득에 해당하는 경우는 제외한다.

21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 “결손금”이라 한다.

제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

(4) 법인세법

제5조(신탁소득) ① 신탁재산에 귀속되는 소득에 대해서는 그 신탁의 이익을 받을 수익자가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 이 법을 적용한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신탁으로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 신탁(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제18항 제1호에 따른 투자신탁은 제외한다)의 경우에는 신탁재산에 귀속되는 소득에 대하여 그 신탁의 수탁자[내국법인 또는 「소득세법」에 따른 거주자(이하 "거주자"라 한다)인 경우에 한정한다]가 법인세를 납부할 의무가 있다. 이 경우 신탁재산별로 각각을 하나의 내국법인으로 본다.

2. 「신탁법」 제78조 제2항에 따른 수익증권발행신탁

(5) 신탁법

제78조(수익증권의 발행) ① 신탁행위로 수익권을 표시하는 수익증권을 발행하는 뜻을 정할 수 있다. 이 경우 각 수익권의 내용이 동일하지 아니할 때에는 특정 내용의 수익권에 대하여 수익증권을 발행하지 아니한다는 뜻을 정할 수 있다.

② 제1항의 정함이 있는 신탁(이하 “수익증권발행신탁”이라 한다)의 수탁자는 신탁행위로 정한 바에 따라 지체 없이 해당 수익권에 관한 수익증권을 발행하여야 한다.

③ 수익증권은 기명식(記名式) 또는 무기명식(無記名式)으로 한다. 다만, 담보권을 신탁재산으로 하여 설정된 신탁의 경우에는 기명식으로만 하여야 한다.

④ 신탁행위로 달리 정한 바가 없으면 수익증권이 발행된 수익권의 수익자는 수탁자에게 기명수익증권을 무기명식으로 하거나 무기명수익증권을 기명식으로 할 것을 청구할 수 있다.

⑤ 수익증권에는 다음 각 호의 사항과 번호를 적고 수탁자(수탁자가 법인인 경우에는 그 대표자를 말한다)가 기명날인 또는 서명하여야 한다.

1. 수익증권발행신탁의 수익증권이라는 뜻

2. 위탁자 및 수탁자의 성명 또는 명칭 및 주소

3. 기명수익증권의 경우에는 해당 수익자의 성명 또는 명칭

4. 각 수익권에 관한 수익채권의 내용 및 그 밖의 다른 수익권의 내용

5. 제46조 제6항 및 제47조 제4항에 따라 수익자의 수탁자에 대한 보수지급의무 또는 비용 등의 상환의무 및 손해배상의무에 관하여 신탁행위의 정함이 있는 경우에는 그 뜻 및 내용

6. 수익자의 권리행사에 관하여 신탁행위의 정함(신탁관리인에 관한 사항을 포함한다)이 있는 경우에는 그 뜻 및 내용

7. 제114조 제1항에 따른 유한책임신탁인 경우에는 그 뜻 및 신탁의 명칭

8. 제87조에 따라 신탁사채 발행에 관하여 신탁행위의 정함이 있는 경우에는 그 뜻 및 내용

9. 그 밖에 수익권에 관한 중요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

⑥ 수탁자는 신탁행위로 정한 바에 따라 수익증권을 발행하는 대신 전자등록기관(유가증권 등의 전자등록 업무를 취급하는 것으로 지정된 기관을 말한다)의 전자등록부에 수익증권을 등록할 수 있다. 이 경우 전자등록의 절차ㆍ방법 및 효과, 전자등록기관의 지정ㆍ감독 등 수익증권의 전자등록 등에 관하여 필요한 사항은 따로 법률로 정한다.

⑦ 제88조 제1항에도 불구하고 수익증권발행신탁에서 수익증권발행신탁이 아닌 신탁으로, 수익증권발행신탁이 아닌 신탁에서 수익증권발행신탁으로 변경할 수 없다.