이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 강서구OOO내 특별계획구역 지상에 OOO단지를 조성하여 개발하는 사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)을 목적으로 2020.11.19. 서울특별시 강서구OOO토지 82,720.8㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 서울주택도시공사로부터 취득하고, 2021.1.15. 매매대금OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 토지 중 서울특별시 강서구OOO소재 토지(면적 15,238.5㎡, OOO현장으로, 이하 “쟁점토지”라 한다)는 노인복지시설의 신축을 위하여 취득 후 1년 이내에 착공하였기에 「지방세특례제한법」 제20조에 따른 노인복지시설에 대한 감면 적용대상에 해당한다며 2024.5.31. 기납부한 취득세 중 쟁점토지에 대한 취득세 등 합계 OOO원을 환급해달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.7.1. 이를 거부(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 개발사업은 대지면적 약 25,000평(82,720㎡)의 지상과 지하에 연면적 기준으로 업무시설 106,952평, 생활숙박시설 41,920평(876실), 노인복지시설 38,904평(938실), 판매시설 30,289평(211실), 문화집회시설 21,122평(전시장 및 컨벤션), 숙박시설 9,970평(400실규모 호텔), 근린생활시설 866평(11실)의 합계 건축물 연면적 총 250,023평의 상호연결된 복합단지를 개발하는 사업으로 A(주)(이하 “A”이라 한다)가 시공을 맡았으며, OOO원 이상의 공사비용(2024년 12월 기준 집계된 건축공사비OOO원)과 약 5년의 건설기간이 투입되는 대규모 개발사업이다.

(2) OOO단지는 연면적 총 250,023평의 건축물을 상호연결된 하나의 복합단지로 개발, 건설하여 운영하는 단일사업으로, 노인복지시설만 단독으로 개발·건설되는 것은 현실적으로 어렵다.

(가) ① 청구법인은 서울주택도시공사로부터 이 건 토지를 1조 642억원에 일괄매입하면서 각 토지 지번이나 블록별로 따로 구분하여 취득한 것이 아니며, ② 청구법인이 사업시행자로 지정되면서 분양조건으로 사업지의 용도를 서울주택도시공사로부터 지정받았는데 그 내용도 전용면적 20,000㎡ 이상의 컨벤션과 400실 이상의 관광호텔 및 5,000㎡ 이상의 문화집회시설, 연면적 3,000㎡ 이상의 업무시설을 CP1과 CP2 및 CP3 내에 설치하도록 하여 전체 사업부지를 하나의 사업으로 용도지정되었고 각 블록별로 용도를 구분하여 지정되지도 않았는바, 청구법인이 취득한 사업부지와 그 부지 내에서 이루어지는 개발사업이 하나의 단일사업이라는 사실을 확인할 수 있다.

＜표1＞ 청구법인과 서울주택도시공사 간의 2019.12.19.자 용지매매계약서

○○○

(나) 청구법인은 전체 사업부지의 개발에 관하여 서울특별시 건축(소)위원회의 건축심의를 받았는바, 청구법인이 통보받은 2020년 12월의 건축(소)위원회 심의결과를 보더라도 전체 사업부지가 하나의 단일개발사업이기 때문에 각 블록(CP1, CP2, CP3)별로 따로 건축심의를 하지 않고 전체 사업부지 내의 건축물 상호간에 유기적인 조화를 이루도록 건축계획과 조경 및 교통계획 등을 심의한 사실이 확인된다.

＜표2＞ 2020년 12월 건축위원회 건축·경과 통합심의 상정

○○○

(다) 청구법인이 A컨소시엄과 체결한 공사도급계약서에서도 확인되듯이, A의 시공용역도 “OOO 개발사업”으로서 전체가 하나의 공사임이 확인되고, 공사도급금액도 각 토지지번이나 건축물의 용도별로 구분하지 않고 전체공사를 하나의 단일공사로 하여 총 OOO원으로 공사도급금액을 약정되었다.

＜표3＞ 청구법인과 A컨소시엄 간의 2020.2.28.자 공사도급계약서

○○○

(라) 실제 사업부지의 각 건축물은 하나의 복합단지를 구성하기 때문에 지하공간도 전부 연결되어 있으며, 연결통로 양옆으로는 판매시설을 설치하여 거대한 복합쇼핑몰을 구성한다.

＜표4＞ 지하공간과 판매시설 설치공간

○○○

(마) CP3부지는 취득당시부터 하나의 부지이며, 청구법인이 사업계획에 따라 건설할 건물의 용도로 나누여 CP3-1과 CP3-2로 블록을 구분하였을 뿐이어서 흙막이공사 등이 같이 진행되었는데, CP3-2공사진행을 간과하고 CP3-1만을 구분하여 공사진행이 없었다고 보는 것은 부당하다. 즉, 흙막이공사 도면을 보면 CP3-1과 CP3-2는 하나의 부지로서 동시에 굴착공사가 이루어졌음을 알 수 있고, 단지 건축물의 용도를 구분하여 블록을 나누었을 뿐, 도면과 공사계획 등이 구분되지 않는 하나임을 알 수 있다.

(바) 인허가, 설계, 시공, 각종 평가, 기타용역 등 건축물의 취득원가도 전체사업의 원가로 일괄집계하여 회계처리하였다. 즉, 이 건 개발사업은 하나의 사업이기에 건축물의 건축과 관련한 대부분이 비용이 각 건축물별로 구분되지 아니하므로, 설계용역, 각종 타당성용역, 시공, 시설공사, 자금조달 및 관리, 사업관리, 건설자금이자 등 건축물의 취득원가도 하나의 건설로 발생되고 집계되었고, 각 건축물별 사용승인에 따른 취득세 신고시에도 각 개별건축물의 원가를 구분할 수 없는 공통비용이 대부분이었고 이를 각 건축물의 연면적비율로 배분하여 취득세 과세표준을 산정하였다.

(3) 토지를 취득한 경우 목적한 용도의 건축물을 준공하여 사용승인을 받았을 때를 직접사용한 때로 보는 것이 일반적이겠으나, 이 건 개발사업과 같이 건축물의 건설기간이 1년을 경과하는 대규모사업의 경우에는 건설기간 자체가 1년을 초과함으로써 토지를 취득한 후 1년내에는 건축물에 대한 사용승인을 받는 것이 현실적으로 불가능하므로 판례에서 설시된 “특별한 사정이 있는 경우” 혹은 “정당한 사유가 있는 경우”로 인정하여야 한다.

만약 이를 인정하지 않는다면 건설기간이 1년을 초과하는 대규모의 노인복지시설을 건설하는 경우에는 조세특례를 전혀 적용받을 수 없으므로 건축기간이 1년 이내인 소규모 노인복지시설에 대하여는 감면을 허용하면서 대규모 노인복지시설에 대하여만 조세특례를 적용받을 수 없게 되어 과세형평을 심각하게 침해하는 결과가 초래된다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」 제2조에 따른 부동산 등을 직접 사용하는 경우란 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 건축물의 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 할 것(대법원 OOO판결 참조)인바, 청구법인이 2020.11.19. 쟁점토지를 취득하여 2021.5.28. 노인복지시설을 신축하기 위하여 착공한 후 1년 이내 공사를 완료하지 못한 사실이 확인되는 이상 이 건 처분은 타당하다.

(2) 청구법인은 이 건 개발사업이 4년 이상 소요되는 대규모 사업이므로 1년 이내 노인복지시설을 신축할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 관계법령에서 정한 “정당한 사유”란 행정 관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 해당 건축물 등의 용도에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것(대법원 2003.12.12. 선고 OOO판결 참조)으로,

(가) 청구법인이 제출한 이 건 개발사업 중 노인복지시설 건설 공사(CP3-1)에 관한 2022.5.31.자 공정확인서를 보면 공사기간이 2021년 5월부터 2024년 7월까지 38개월로 나타나 있으며, 2021년 5월부터 시작하여 2022년 5월까지 1년간 19.23%만 진척된 점을 볼 때, 청구법인은 이미 1년 이내 쟁점토지 위에 노인복지시설을 완공할 수 없다는 것을 예측할 수 있고, 공사 기간을 단축하기 위한 어떠한 노력을 하였다고 보기도 어렵다고 할 것이다.

＜표5＞ 2022.5.31.자. 공정확인서

○○○

위 ＜표5＞에서 확인되듯이 2021.5.28. 건설공사 착공신고 후 1년이 지났음에도 여전히 공통가설공사만 진행되었을 뿐 건축의 기초공사인 토목공사도 진행되지도 않았으며, 공통가설공사 또한 1년간 0.05% 진행되었음을 확인할 수 있다.

착공여부는 통상적으로 터파기 공사나 규준틀 설치 등과 같이 건축물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우를 착공시점으로 보고 가설시설물의 설치, 사업부지 정리 등과 같은 준비작업은 착공에 포함하지 않는바(조심 2021지2403, 2021.12.22. 등 다수, 참조), 2022년 5월에도 여전히 공통가설공사만을 진행하고 있는 것으로 보아 청구법인의 쟁점토지 취득일부터 1년 이내 착공을 시작했다는 것 또한 인정하기 어렵다.

(나) 청구법인이 2020.2.28. 체결한 도급약정서에서 이 건 개발사업의 공사 기간을 착공일(2021.5.28.)로부터 32개월(2024.1.28.)로 설정함으로 쟁점토지를 취득할 시점부터 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못할 것을 미리 알고 있었다 할 것이며, 청구법인이 제출한 2021년 8월 공사현황보고에서 쟁점토지에 해당하는 CP3-1의 공사 기간을 2022년 3월～2025년 5월(35개월)로 예상하였고, 이는 당초 도급약정서의 공사 기간(2024.1.28.까지)보다 16개월 늘어난 것으로 이러한 공사기간의 연장 및 늦은 공사 진행을 통해 청구법인이 정당한 사유에 해당하는 정상적이고 진지한 노력을 다했다고 볼 수 없다.

＜표6＞ 2020.2.28.자 도급약정서 등

○○○

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제20조(노인복지시설에 대한 감면) 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2026년 12월 31일까지 감면한다.

1. 대통령령으로 정하는 무료 노인복지시설로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 노인복지시설로 직접 사용(종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 노인복지시설로 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 노인의 여가선용을 위하여 과세기준일 현재 경로당으로 사용하는 부동산(부대시설을 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 같은 법 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.

2. 제1호 외의 노인복지시설로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 경감하고, 과세기준일 현재 제1호 외의 노인복지시설로 직접 사용(종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 노인복지시설로 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 경감한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 이 건 개발사업의 조감도 및 배치도는 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 이 건 개발사업의 조감도 및 배치도

○○○

(나) 청구법인의 경정청구 내역은 아래 ＜표8＞과 같다

＜표8＞ 청구법인의 경정청구 내역

○○○

(다) 청구법인은 노인복지주택 관련한 이 건 개발사업의 추진경과 내용을 아래 ＜표9＞와 같이 제시하였다.

＜표9＞ 이 건 개발사업의 추진경과

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제20조에서 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 지방세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 이 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고OOO판결 등 다수, 같은 뜻임)이다.

(나) 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다는 의견이나,

청구법인은 이 건 토지를 각 토지 지번이나 블록별(CP1, CP2, CP3)로 따로 구분하여 취득한 것이 아니라OOO원에 일괄매입한 점, 전체 사업부지가 하나의 사업으로 용도지정되었고 건축심의도 각 블록별로 이루어진 것이 아니라 전체 사업을 대상으로 이루어진 점, 공사도급계약은 이 건 개발사업 전체에 대하여 일괄로 체결되었고 공사도급금액도 건축물로 구분되지 않고 단일공사로 하여 총 1조 2601억원으로 금액이 약정된 점, 각 건축물들의 지하공간은 상호연결되어 있는 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 이 건 개발사업은 연면적 총 250,023평의 건축물을 상호연결하여 하나의 복합단지로 개발·건설하는 단일사업으로 노인복지시설만 단독으로 개발·건설하는 것은 현실적으로 어렵다는 청구법인의 주장은 타당한 것으로 판단된다.

또한, 청구법인은 쟁점토지 취득(2020.11.19.) 전에 도급계약을 체결(2020.2.28.)하고 설계용역 계약을 체결(2020년 4월)한 점, 쟁점토지 취득 이후 건축허가(2021년 3월), 착공신고 및 수리(2021년 5월), 공통가설공사 진행, 토목공사(2021년 7월 착공), 교통영향평가 심의, 구조안전심의 접수 및 굴토심의설계변경 등 건축물 건설을 위한 절차를 중단 없이 진행한 점, 이후 처분청으로부터 2025.9.24. 사용승인을 받고, 2025.11.4. 노인주거복지시설 신규 설치 수리가 이루어진 점 등에 비추어, 청구법인이 비록 쟁점토지의 취득일부터 1년 이내에 노인복지시설로 직접 사용을 개시하지는 못하였으나 건축물 신축 등을 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간이 부족하여 유예기간이 경과한 것으로서 그 정당한 사유가 인정된다고 할 것이다.

(다) 따라서 처분청이 청구법인의 쟁점토지 취득은 「지방세특례제한법」 제20조에 따른 노인복지시설에 대한 감면 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.