이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.9.12. 세종특별자치시 OOO토지 943㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO(매도인)으로부터 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였고, 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 청구법인은 대전지방법원의 조정결정(대전지방법원 OOO 결정)에 따라 매매계약의 해제를 원인으로 쟁점토지에 대하여 소유권말소등기를 하였고, 이에 따라 2025.6.11. 기납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.7. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 쟁점토지에 대한 매매계약에 따라 취득한 후 취득세를 납부하였으나, 이후 청구법인이 매도인에게 매매대금을 지급하지 아니하여 매도인은 청구법인을 상대로 대금지급 불이행을 원인으로 한 소송을 제기하였다.

대전지방법원은 2024.12.12. 청구법인은 매도인에게 쟁점토지에 관하여 진정명의회복을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라는 조정결정을 하였고, 이에 따라 청구법인은 쟁점토지에 대한 소유권을 매도인에게 환원하였으므로 처분청은 기 납부한 취득세 등을 청구법인에게 환급하여야 한다.

국세청은 대전지방법원 조정결정에 근거하여 매도인의 양도소득세에 대해 경정청구를 인용하여 환급결정을 하였으므로 동일한 사실관계에 기초한 취득세 역시 조세의 형평성 차원에서 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

취득세는 부동산의 취득행위를 과세객체로 하는 행위세이므로, 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 발생하고, 일단 적법하게 취득한 이상 그 이후에 매매계약이 합의해제되거나, 해제조건의 성취 또는 해제권의 행사 등에 의하여 소급적으로 실효되었다 하더라도, 이미 성립한 조세채권의 행사에 아무런 영향을 줄 수 없다.

취득세는 지방세로서 국세의 경정 결과가 영향을 미치지 아니하고 별도의 판단이 필요하므로, 법원의 조정결정이 확정되었다 하더라도 이미 성립한 취득세 조세채권에는 아무런 영향이 없고, 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동을 가져오지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법원조정결정에 따라 소유권이전등기가 말소되었으므로 기납부한 취득세 등은 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2023.9.12. 쟁점토지를 매매로 매도인으로부터 취득하고 취득세 등을 신고·납부하였고, 같은날 소유권이전등기를 경료하였다.

(나) 매도인은 청구법인이 쟁점토지의 소유권이전등기를 하고도 잔금 OOO원을 지급하지 않았다고 주장하면서, 대전지방법원에 소유권말소등기 청구소송을 제기하였다.

(다) 대전지방법원은 2024.12.12. 청구법인은 매도인에게 쟁점토지에 관하여 진정명의회복을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라는 조정결정(대전지방법원 OOO결정)을 하였고, 매도인은 2025.1.8. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

(라) 매도인은 2025.1.21. 위 조정결정을 근거로 세종세무서장에게 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 세종세무서장은 이를 인용하였다.

(마) 청구법인은 2025.6.11. 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.7. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 법원의 조정결정에 따라 쟁점토지의 소유권이전등기가 말소되었으므로 취득세 등을 환급하여야 한다고 주장하나, 부동산 취득세는 부동산의 취득행위를 과세객체로 하여 부과되는 것이므로, 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건이 존재함에 따라 당연히 발생하며, 일단 적법하게 취득한 후 계약을 해제하고 그 재산을 반환하는 경우에도 이미 성립된 조세채권의 행사에는 영향을 줄 수 없다 할 것인바, 청구법인이 매매계약에 따라 적법하게 쟁점토지의 소유권이전등기를 한 이상 취득세 납세의무가 적법하게 성립되었고, 그 이후에 취득의 원인이 되는 매매계약이 법원의 조정결정을 이유로 해제됨에 따라 쟁점토지의 소유권이전등기가 말소되었다 하여 이미 성립한 취득세 납세의무에 영향을 줄 수 없는 점, 취득세와 양도소득세는 부과근거법, 부과주체, 과세요건, 부과절차 등에 있어서 서로 다른 별개의 조세이므로 개별법에 따라 납세의무성립 여부 등을 판단하여야 하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.

(2) 지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). 다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

가. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계 약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)

나. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)

다. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)

(3) 민사조정법

제29조(조정의 효력) 조정은 재판상의 화해와 동일한 효력이 있다.