이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 소유하고 있는 OOO주(주식발행법인 주식의 100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 5차례[2021.9.30. OOO주(51%), 2022.5.31. OOO주(6.5%), 2022.7.28. OOO주(6.12%), 2022.9.1. OOO주(17.5%), 2022.10.19.OOO(18.88%)]에 걸쳐 모두 취득하면서 과점주주 취득세 등을 신고·납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 2024.10.29. 청구법인에 대한 과점주주 취득세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 주식발행법인의 쟁점주식을 취득하여 과점주주가 된 것으로 보아, 주식발행법인의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액인 OOO원을 과세표준으로 하여, 2024.10.31. 청구법인에게 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 주식발행법인의 주식 51%를 취득한 날(2021.9.30.) 기준으로 쟁점법인의 총 발행주식 중 23.98％를 보유하여 쟁점법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하여야 한다는 요건을 충족하지 못하였으나, 다음과 같은 이유로 청구법인이 쟁점법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 보아야 한다.

(1) 쟁점법인의 정관에 따르면 이사회의 결의는 이사 과반수의 출석과 출석이사 과반수로 하도록 되어 있는데, 쟁점법인의 2021년 사업보고서상 이사회에 관한 사항 중 주요의결사항을 살펴보면 청구법인의 임원인 a와 b가 쟁점법인의 이사회에 출석하여 의결권을 행사한 사실을 확인할 수 있다.

＜표1＞ 쟁점법인 이사회 주요의결사항

○○○

a와 b가 의결권을 행사한 사항은 공동대표이사의 변경, 회사분할, 전환사채 발행, 사업부 신설의 건 등과 관련된 사항으로서 쟁점법인의 사업방침 및 경영에 중요한 영향을 미치는 내용들이 포함되어 있다.

특히 2021.2.8. 의결한 공동대표이사변경 및 이사회조직변경, 의장선출의 건은 4인의 이사가 출석한 상황에서 b와 a의 찬성 없이는 정관상 의결정족수인 과반수에 이를 수가 없으므로 청구법인은 청구법인과 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 쟁점법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 보는 것이 타당하다.

임원 b의 경우, 2021.2.8. 쟁점법인의 이사회의장으로, 2021.3.29. 청구법인의 이사회의장으로 각각 선임되었다. 청구법인과 쟁점법인의 이사회의장이 동일하다고 한다면 필연적으로 청구법인이 쟁점법인의 경영에 영향을 미칠 수밖에 없다.

(2) 쟁점법인의 임금인상방안 및 임원직무평가 방식을 검토하기 위해서 쟁점법인의 경영진이 주고 받았던 이메일에 청구법인의 경영관리본부장이었던 OOO(상무)과 경영관리부문장OOO(상무), 해외영업팀장 OOO(상무)이 포함되어 있는데, 특히 OOO의 경우 임원직무평가 방식의 검토와 관련하여 쟁점법인의 대표이사였던 유승주와 직접 메일을 주고 받으며 쟁점법인의 경영에 영향력을 행사하고 있음이 확인된다.

＜표2＞ 이메일 내용

○○○

(3) 주식발행법인은 2021.3.31. 쟁점법인로부터 분할신설되었는데 청구법인이 주식발행법인의 주식 51%를 취득한 시점은 2021.9.30.로서 주식발행법인이 분할신설된지 6개월이 안 된 시점이다.

만약 청구법인이 쟁점법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있지 않았다면, 분할부터 주식의 양수도 과정까지 단기간내에 이루어 질 수 없었을 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점법인의 지분을 23.98%를 보유하고 있어 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호 가목의 기준(지분비율 100분의 50 이상)에 해당하지 않는다.

(2) 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호 나목에서 규정하고 있는 ‘사실상의 영향력’ 기준의 경우 가목과 나목이 병렬적으로 대등하게 열거되어 있어 가목의 규정에 준하는 정도에 해당하여야만 비로소 인정된다고 해석함이 타당한바, 「국세기본법」 등에서 ‘경영지배관계’를 인정하는 출자비율은 30% 이상을 요구하고 있으나, 「지방세기본법」은 50% 이상을 요구하고 있는 점에서 특수관계의 범위를 국세에 비해 더 엄격하게 해석하고 판단되어야 하며, 따라서 ‘경영지배관계’인지 여부를 판단하는 또 다른 기준인 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우도 이러한 입법취지가 그대로 반영되어야 한다.

청구법인은 임원인 a와 b가 청구법인 및 쟁점법인의 이사회에 각각 참석하여 의사결정을 하였다고 주장하나, 이는 수 명의 이사 중 단지 2명의 의사가 반영된 것인 점, a와 b는 쟁점법인의 주식을 소유하고 있지 아니하여 청구법인과 a, b는 쟁점법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 것으로 보기 어려운 점 등을 고려할 때, 청구법인과 쟁점법인은 특수관계인의 범위에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 취득한 쟁점주식이 특수관계인 간의 내부거래에 해당하므로 과점주주 취득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

(2) 지방세기본법(2021.12.28. 법률 제18654호로 개정되기 전의 것)

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(3) 지방세기본법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32294호로 개정되기 전의 것)

제2조(특수관계인의 범위) ③ 법 제2조 제1항 제34호 다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우 : 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

2. 본인이 법인인 경우

가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우

나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 유·공압기기의 제작 및 판매, 산업설비 건설사업 등을 주된 사업으로 하여 1971.1.14. 설립되었다.

(나) 쟁점법인은 OOO 설비 및 산업기계의 설계제작 판매 등을 목적으로 2006.7.5. 설립되었다.

(다) 주식발행법인은 세포 배양을 이용한 생물학적 제제의 제조, 판매 및 수출입업을 목적으로 2021.4.2. 쟁점법인으로부터 분할하여 설립되었다.

(라) 쟁점법인의 2021.12.31. 요약 주주명부에 의하면 청구법인은 쟁점법인의 주식 23.98%를 소유한 최대주주로 확인된다.

(마) 처분청의 부과내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 부과고지 내역

(단위 : 원)

○○○

(바) 청구법인의 임원 b는 2021.2.8. 쟁점법인의 이사회의장으로, 2021.3.29. 청구법인의 이사회의장으로 각 선임된 것이 각 회사의 이사회의사록을 통해 확인된다. 당시 이사회회의록에 따르면, 청구법인의 이사 총수는 8명, 쟁점법인의 이사 총수는 6명으로 각 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 과점주주 중 특정 주주 1인의 주식의 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 과점주주집단이 소유한 총주식 비율의 증가를 기준으로 판단하고, 과점주주집단 내부에서 주식이 이전되는 경우나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우에도 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다고 할 것(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인은 쟁점법인의 특수관계인에 해당하여 동일한 과점주주집단이므로 청구법인이 쟁점주식을 취득하였다고 하더라도 동일한 과점주주집단의 주식소유비율이 동일하므로 과점주주 취득세 납세의무가 없다는 취지의 주장을 하나,

「지방세기본법」 제46조 제2호에서 과점주주를 “주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들”이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제3항 및 제4항에서 영리법인인 경우 “법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우”, “임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우”에 해당하면, 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있는바,

쟁점법인의 2021.12.31.자 주주명부에 따르면 청구법인은 쟁점법인의 주식 총수 중 23.98%를 보유하고 있어 「지방세기본법 시행령」 제2조 제4항 제1호 가목(법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우)에 해당하지 않는 점, 또한 청구법인은 임원 a와 b가 청구법인 및 쟁점법인의 이사회에 각 참석하여 의사결정을 하였으므로 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호 나목(임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우)에 해당한다는 취지로 주장하나, a와 b는 청구법인 및 쟁점법인의 수인의 이사 중 2인에 불과한 점, a와 b는 쟁점법인의 주식을 보유하고 있지 아니한 점, 기타 청구법인이 제시한 쟁점법인 이사회 주요의결사항 및 이메일 내용 등으로는 청구법인이 쟁점법인 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 쟁점법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 청구법인과 쟁점법인이 서로 특수관계인에 해당하여 과점주주 취득세 납세의무가 없다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.