이유
1.처분개요

가.청구법인은 비주거용 건물 건설업을 영위하고 있는 법인으로, 2020.2.28.(소유권이전 등기일) 대구광역시 수성구 OOO등 8필지 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 주식회사 a(이하 “쟁점매수법인”이라 한다)에게 OOO원에 양도하고 동 양도대금을 2020사업연도 사업연도소득에 포함하여 법인세 신고를 하였다.

나.대구지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.18.부터 2025.6.30.까지 청구법인에 대한 법인 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점매수법인으로부터 부동산 양도대금 외에 사업권 양도대금 및 합의금 명목으로 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급받기로 하는 합의를 한 것을 확인한 후, 쟁점금액을 쟁점부동산 양도대가의 일부로 보아 청구법인의 2020사업연도 익금에 산입하는 것으로 하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다.처분청은 통보받은 과세자료에 따라 2025.8.3. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라.청구법인은 이에 불복하여 2025.10.28. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산에 대해 쟁점매수법인과 2019년 8월 최초로 매매계약을 체결하였으나, 이후 쟁점부동산을 매도하지 않는 것이 유리하다고 판단하여 계약금 OOO원의 배액인 OOO원을 쟁점매수법인에 지급하고 계약을 해지하려고 하였다. 그럼에도 불구하고 쟁점매수법인은 매매계약을 진행하는 것이 더 유리하다고 판단하여 청구법인에게 쟁점부동산의 매도를 요구하였고, 청구법인과 쟁점매수법인은 2020년 2월경 합의각서를 작성하였다.

합의각서 내용에 따르면, 부동산매매와 별도로 사업권 양도대가 OOO원(부가가치세 제외)를 지급하고, 향후 쟁점부동산 소재지 건립될 오피스텔 건물 중 10층 이상 물건 1세대를 청구법인에게 양도한다는 내용이 기재되어 있다. 만약 오피스텔 분양이 완료되어 양도가 어려울 시 OOO원을 청구법인에게 지급한다는 내용 또한 기재되어 있다.

사업권 양도대금에 대해서는 쟁점매수법인의 자금 사정으로 인해 2020년에 OOO, 2021년에 OOO으로 나누어서 지급받기로 하였고, 양도대금을 수령하는 날에 세금계산서를 발행하기로 약정하였다.

청구법인은 매매계약서에 따라 2020년 2월 잔금 OOO원을 지급받았으며, 계약금 OOO원을 포함한 총 매매대금 OOO원을 2020사업연도 각 사업연도 소득에 포함하여 적법하게 법인세를 신고 납부하였다.

청구법인은 합의각서에 따라 사업권 양도대금과 오피스텔 분양대금 을 쟁점매수법인에 수차례 청구하였고, 받기 위한 제반사정의 노력을 하였으나 지금까지 지급받지 못하고 있다.

2020년 11월경 오피스텔이 전부 분양되어 합의각서에 따른 OOO원 지급의무가 성립하였음에도 불구하고 쟁점매수법인은 현재까지 지급하지 않고 있다. 오히려 쟁점매수법인은 2021년에 채무부존재확인의 소를 제기하였고 2023년 소송 판결이 확정되었다.

(2) 처분청에서는 쟁점금액을 부동산 매매대금으로 보고 귀속시기를 쟁점부동산의 잔금청산일인 2020년으로 판단하였으나, 청구법인은 부동산과 사업권을 별도로 양도하였으므로 2020년 2월 부동산 매매대금에 대한 잔금을 지급 받고 부동산 등기를 이전한 것이다. 또한 쟁점매수법인은 청구법인에게 채무부존재확인의 소를 제기하면서 부동산과 쟁점금액에 대해 동시에 제기하지 않고, 쟁점금액만을 대상으로 하였으므로 부동산 매매와 쟁점금액에 대해서는 구분해서 판단해야 한다.

「법인세법」제40조는 손익의 귀속시기에 대해 ‘익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’로 규정함으로써 권리의무확정주의를 채택하고 있다. 권리의무확정주의란 소득이 현실적으로 실현될 것까지는 필요 없더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정 되어야 한다. 따라서 권리가 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없다.

(3) 판례에서는 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에 그와 같은 분쟁의 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고, 그 소송에 대한 판결이 확정된 때 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 판시하고 있다.

그러므로 사업권 양도에 대해 계약서상 시기가 도래한 시점과 오피스텔 분양이 완료된 시점에는 소득이 실현될 권리가 성립된 것으로 보아야 하나, 쟁점매수법인이 쟁점금액에 대해 채무부존재확인의 소를 제기한 이상 소송에 대한 판결이 확정된 시점에 소득이 실현될 권리가 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 보아야 한다.

만일 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부 및 범위에 관한 다툼이 있어 소송이 여러 차례 제기된 경우에는 원칙적으로 최종심이 판결된 때를 그 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 판단해야 하나, 후발심에서의 쟁점이 전심과 비교했을 때 다르지 않고 당사자간 새로운 주장이나 증거의 제출이 없으며 후발심에서도 동일한 취지의 판결을 단순히 반복하는 경우에는 후발심이 아닌 전심단계에서 소송에 대한 판결이 확정된 때가 그 소득의 귀속시기에 해당한다.

쟁점매수법인이 청구법인에게 제기한 채무부존재 확인소송은 2023년 2월경 2심 고등법원의 판결이 확정되었다. 2심에서는 1심판결에서의 문구 수정을 제외한 사업권 양도대가 지급채무에 대한 내용이 변경되지 않은 이상 동일한 취지의 판결이 반복되고 있으므로 쟁점금액 중 사업권 양도대가인 OOO원에 관한 귀속시기는 1심 소송에 대한 판결이 확정된 때인 2022년으로 보아야 하며 쟁점금액 중 오피스텔 분양대금 OOO원에 대해서는 2023년 2월 2심 판결이 확정되었으므로 2023년을 귀속시기로 봄이 타당하다.

나.처분청 의견

(1) 소득의 실질을 기준으로 귀속시기를 판단해야 하므로 쟁점금액의 귀속시기는 토지의 양도일로 보는 것이 타당하다.

「법인세법」 제40조(손익의 귀속사업연도)에 따르면, 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다는 기본 원칙을 명시하고 있으며, 대법원 판례에 따르면 ‘확정’이란 소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었음을 의미한다.

합의각서상 합의금의 금액, 지급시기 등을 명확히 하고 있으며, 소송 과정에서 합의금 외에 추가적인 손해배상 등 금액의 변경 내용 등을 포함하고 있지 않다.

비록 쟁점금액과 관련하여 채무부존재 확인소송이 있었으나 최종 판결에서 금액 변동 없이 합의 내용이 그대로 유지 되었으므로 권리는 합의일에 이미 실질적으로 확정되었다고 보아야 한다.

채무부존재 확인소송에도 불구하고 합의 금액이 불변이라면 소송 기간 동안 쟁점금액의 귀속시기는 단 한번도 변경될 위험이 없었다고 보아야 한다.

따라서 합의일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것이 가장 명확하며, 불확실한 소송 확정일까지 귀속시기를 미룰 이유가 없다.

(2) 채무부존재 확인소송은 ‘권리의 존부’를 다툰 것이 아니라 ‘확정된 합의 내용의 법적 이행’을 다툰 것으로써 확정된 권리의 실현을 위한 소송에 해당하여 귀속시기 판단과 무관하므로, 채무부존재 확인소송에 대한 법원의 판결일이 아닌 쟁점부동산의 양도일이 속하는 사업연도를 귀속시기로 보아 과세한 처분은 정당하다.

쟁점금액과 관련하여 쟁점매수법인의 채무부존재 확인소송이 있었음에도 청구법인이 ‘합의 이행’을 구하는 반소를 제기한 사실은 청구법인은 쟁점금액을 익금으로 인식하고 있었음을 방증한다.

쟁점매수법인이 합의 무효를 주장하는 본소를 제기하였으나, 청구법인은 곧바로 ‘합의각서에 따라 이 사건의 합의금을 지급하라’라는 반소를 제기한 것으로 나타난다.

이는 청구법인이 해당 합의를 유효한 권리의 원천으로 인식하고, 합의 내용의 이행을 적극적으로 요구하고 있었음을 명백히 보여주고 있는 증거이다.

따라서 쟁점금액과 관련된 소송은 ‘권리의 존부’를 다투는 소송이 아니라 ‘확정된 권리(합의)의 법적 실현’을 위한 절차였음이 반소를 통해 입증되므로 토지의 양도일이 속하는 사업연도에 이미 익금에 대한 권리가 성숙·확정되었다고 판단해야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액의 귀속시기를 쟁점부동산의 양도일이 속하는 사업연도로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점부동산은 2020.2.28.(등기접수일, 등기원인 2019.8.2. 매매) 청구법인으로부터 쟁점매수법인에게로 소유권 이전된 것으로 나타난다.

(나) 청구법인과 쟁점매수법인이 2019.8.2. 작성한 쟁점부동산 매매계약서에 따르면 계약금 OOO원, 전체 매매대금 OOO원, 잔금청산일 2020.2.28.로 하여 계약한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인과 쟁점매수법인이 2020.2.27. 작성한 합의각서에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다.

＜합의 내용＞

(라) 쟁점매수법인은 청구법인에게 합의각서에 따른 사업권 양도대금 지급 채무가 없음을 확인하는 취지의 채무부존재 확인소송(본소, 2020가합211751)을 제기한 것으로 나타나고, 청구법인은 이에 반소하여 사업권 양도대금을 지급하라는 취지의 약정금 청구소송(반소, 2021가합202471)을 제기한 것으로 나타나며, 대구지방법원(1심, 판결일 2022.2.10.)은 쟁점매수법인의 본소를 기각하고, 청구법인의 반소를 인용하여 쟁점매수법인은 청구법인에게 합의각서에 따른 금액(총 OOO원, 부가가치세 포함)과 지연이자를 지급하라는 취지의 판결을 한 것으로 나타난다.

(마) 쟁점매수법인은 위 대구지방법원의 판결에 대해 항소하였으나, 대구고등법원(본소 2022나21102 채무부존재확인, 반소 2022나21119 약정금)은 2023.2.2. 기각한 것으로 나타나고, 이후 대법원에 상고하였으나, 대법원(본소 2023다219783 채무부존재확인, 반소 2023다219790 약정금)은 2023.5.18. 상고 기각한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액의 귀속시기를 쟁점부동산의 양도일이 속하는 사업연도로 보아 법인세를 과세한 처분이 정당하다는 의견이나, 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호에 따르면 상품 등외의 자산의 양도시 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날을 원칙으로 하고, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 하는 것인바, 청구법인과 쟁점매수법인은 부동산 매매 외에 별도로 사업권을 양도·양수하기로 합의하였고, 비록 사업권 양도·양수 계약서가 추가로 작성되지는 않았으나, 합의 각서에 따른 내용 또한 사업권 양도·양수에 대한 법적 효력이 있으므로 부동산의 양도와 사업권의 양도를 별도로 볼 여지가 있는 점, 사업권의 실체가 존재하다면 이는 부동산에 대한 권리와 별개인 이상, 사업권의 양도대가의 귀속시기를 부동산 양도대가의 귀속시기와 동일하게 볼 수 없는 점, 청구법인이 주장하는 사업권에 대해 대금청산일, 인도일, 사용수익일 등이 불분명한 점, 처분청은 이에 대해 양도·양수 대상이 되는 사업권이 실제로 존재하지 않는다는 객관적인 입증자료를 제출하지 않은 점 등에 비추어, 이 건 처분은 청구법인과 쟁점매수법인 간에 사업권 양도·양수 거래의 실체가 존재하는지 여부, 사업권의 대금청산일, 인도일 및 사용수익일 등을 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.