이유
1. 처분개요

가. 청구법인들은 2025.2.6. 경기도 안양시 OOO 주택(전용면적 60㎡ 이하인 공동주택으로, 이하 “이 건 주택”이라 한다)를 공동으로 취득(주식회사 BBB 44.28%, AAA 주식회사·주식회사 CCC 각 27.86%, 임대사업자지위 포괄양수)한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제13조의2 제1항의 중과세율(1천분의 120)을 적용하여 아래 ＜표＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

＜표＞ 청구법인 별 이 건 취득세 등 신고·납부 내역

(단위 : 원)

○○○

나. 청구법인들은 2025.2.19. 이 건 주택(140세대)을 임대물건(AAA 주식회사 39세대, 주식회사 BBB 62세대, 주식회사 CCC 39세대)으로 하여 임대사업자등록[주택구분 : 건설, 주택 종류 : 장기민간임대주택(10년), 유형 : 아파트]을 하였다.

다. 청구법인들은 2025.6.25. 이 건 주택을「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것, 이하 같다) 제31조의3 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아, 취득세 등을 면제(100분의 85 감면,이하 “감면” 이라 한다)하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2025.8.21. 이를 거부하였다.

라. 청구법인들은 이에 불복하여 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 행정안전부는 임대사업자가 주택재개발정비사업조합 등으로부터 임대사업자 지위를 포괄 양수하는 경우 임대사업자에 해당한다고 보아 해당 임대주택의 취득세 등을 감면하여야 한다고 유권해석(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)하였다.

(2) 처분청은 위의 행정안전부 유권해석을 소급 적용할 수 없으므로, 그 해석이 있기 전에 취득한 이 건 주택에 대해서는 적용할 수 없다는 의견이나, 행정관청의 유권해석 변경은 납세자에게 불리한 경우 소급효가 인정되지 않으나, 유리한 경우에는 소급효를 인정하는 것이 신의성실의 원칙에 부합한다.

(3) 청구법인은「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자로서 이 건 주택을 그 건축주인 이 건 조합으로부터 임대사업자의 지위를 포괄양수하는 방법으로 취득하였으므로 이 건 주택은「지방세특례제한법」제31조의3 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대주택으로 취득세 감면 대상이라 할 것인데, 처분청이 행정안전부의 유권해석을 소급 적용할 수 없다는 이유만으로 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인들은 이 건 주택을 건축한 것이 아니라 포괄양수도를 통하여 이 건 주택의 임대사업자 지위를 승계한 것이므로 청구법인들은 「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에서 규정하고 있는 임대사업자에 해당하지 않는다.

(2) 따라서, 청구법인들은「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에서 규정하고 있는 임대사업자에 해당하지 아니하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(3) 또한, 이 건 주택(140세대) 중 97세대의 경우 청구법인들이 취득하기 전에 그 임차인들이 입주한 사실이 확인되므로 해당 주택은「지방세특례제한법」제31조의3 제2항에서 임대주택의 감면 대상으로 규정하고 있는 ‘실제 입주한 사실이 없는 경우’에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 주택을「지방세특례제한법」제31조의3 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인들은 이 건 주택을 취득하여 임대주택사업을 영위하기 위하여 설립된 법인으로, 2023.12.15. 이 건 주택의 전 소유자인 DDD주택재개발정비사업조합(이하 “이 건 조합”이라 한다)과 신축 중인 이 건 주택(임대주택 140세대)을 청구법인이 포괄 양수하는 계약을 체결하였다.

(나) 처분청은 2024.9.24. 이 건 조합이 신축한 경기도 안양시 OOO 소재 공동주택 304세대(OOO, 이 건 주택 포함)에 대하여 사용승인을 하였다.

(다) 청구법인들은 2025.2.6. 전용면적 60㎡ 이하로서, 1세대 당 취득가격이 평균 OOO원 정도인 이 건 주택을 총 OOO원에 취득한 후「지방세법」제13조의2 제1항의 중과세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

(라) 청구법인들은 2025.2.19. 이 건 주택을 임대물건으로 하고, 임대주택구분을 건설로, 임대주택 종류를 장기민간임대주택(10년)으로, 임대주택 유형을 아파트로 하여 임대사업자등록을 하였다.

(마) 청구법인들은 2025.6.25. 이 건 주택을「지방세특례제한법」제31조의3 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아, 취득세 등을 면제하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2025.8.21. 이를 거부하였다.

(2)「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에서 2020.7.11. 이후「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 신청한 자가 장기일반민간임대주택 중 아파트(민간매입임대주택)를 임대하는 경우 취득세 감면 대상이 되는 임대사업자로 보지 않는다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제1호에서 제1항의 임대사업자가 임대할 목적으로 실제 입주한 사실이 없는 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택(취득가격이 6억원 이하)을 최초로 유상거래로 취득하는 경우 2027.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인들의 임대사업자등록증에서 장기일반민간임대주택(10년)인 이 건 주택의 주택 구분을 ‘건설’로 기재하고 있고 청구법인들은 이 건 주택을 취득하면서 이 건 주택의 임대인의 지위(권리와 의무)를 포괄양수한 것으로 보아 청구법인이 취득한 이 건 주택은 건설임대주택으로 볼 수 있는 점,

「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에서 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 단기민간임대주택을 임대주택으로 등록한 임대사업자는 취득세 등의 감면대상이 되는 임대사업자의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으나 청구법인들이 취득한 이 건 주택은 건설임대주택에 해당하고 단기매입임대주택에 해당하지 아니하므로 청구법인들은 위 조항에 따른 임대사업자에 해당한다고 볼 수 있는 점,

아울러, 행정안전부는 청구법인들과 같은 임대사업자가 재개발조합 등이 건축한 임대주택을 포괄양수하여 임대 물건으로 등록한 경우 그 포괄양수인도 임대사업자에 해당하므로 그 주택을「지방세특례제한법」제31조의3 제2항에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아 취득세를 감면하여야 한다고 해석한 점 등에 비추어,

이 건 주택 중 청구법인들이 취득할 당시 실제 입주한 사실이 없는 주택은「지방세특례제한법」제31조의3 제2항에서 규정하고 있는 임대 주택으로서 취득세 감면 대상에 해당한다고 할 것이다.

(4) 다만, 처분청은 이 건 주택(140세대) 중 97개 주택(세대)의 경우 청구법인들이 취득(2025.2.6.)을 하기 전에 임차인들이 입주를 마쳤다고 하나, 이를 입증할 만한 구체적인 증빙은 제출하지 않았다.

(5) 따라서, 처분청은 이 건 주택에 대한 입주 현황 등을 재조사하여, 이 건 주택 중 청구법인들이 취득할 당시 실제 입주한 사실이 없는 주택에 한해 취득세 등의 100분의 85를 감면하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것)

제31조의3[장기일반민간임대주택 등에 대한 감면] ①「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택{「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따라 등록한 같은 법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 항에서 “단기민간임대주택”이라 한다)을 같은 법 제5조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 공공지원민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다. 이하 이 조에서 “공공지원민간임대주택”이라 한다} 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택{2020년 7월 11일 이후「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다. 이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다}을 임대용 부동산으로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 임대용 부동산으로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제2항에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 임대형기숙사 또는 공동주택을 건축하기 위하여 취득하는 토지와 임대할 목적으로 건축하여 취득하는 임대형기숙사 또는 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 2027년 12월 31일까지 감면한다.

1. 다음 각 목의 경우에는 취득세를 면제한다.

가. 임대형기숙사 또는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우

나. 임대형기숙사 또는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 건축

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 실제 입주한 사실이 없는 임대형기숙사, 공동주택 또는 오피스텔을 최초로 유상거래(부담부증여는 제외한다)로 취득하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 2027년 12월 31일까지 감면한다. 다만,「지방세법」제10조의3에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 공동주택과 오피스텔은 감면 대상에서 제외한다.

1. 다음 각 목의 경우에는 취득세를 면제한다.

나. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우