이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 A 주식회사(이하 “A”라 한다)와 2021.5.3. 체결한 특허권 라이선스 계약에 따라 2021년부터 2022년까지 A로부터 총 2회의 특허권 사용대가 OOO원(이하 “쟁점사용료”라 한다)을 수취하였고, A는 아래 ＜표＞와 같이 쟁점사용료에 대한 법인지방소득세(특별징수분) 각 OOO원 및OOO원을 특별징수하여 2021.6.10. 및 2022.12.12. 처분청에 각 신고ㆍ납부하였다.

＜표＞ 쟁점사용료에 대한 원천징수세액

○○○

나. 청구법인은 2025.6.16. A가 청구법인에게 지급한 쟁점사용료는 국내 미등록 특허권에 대한 사용료 소득으로서 국내원천소득에 해당하지 않아 쟁점사용료에 대해 납부한 지방소득세가 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.9. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

한미 조세조약의 해석상 국내 미등록 특허에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않으므로 이에 대한 경정청구 거부처분은 위법하다.

(1) 한미 조세조약 제6조 제3항은 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”라고 규정하고 있으므로 내국법인이 미국 거주자에게 지급한 사용료가 국내원천소득이 되기 위해서는 “대한민국 내의 재산에 대한 사용 또는 사용할 권리”에 대한 대가로 지급되는 것이어야 한다.

(2) 대법원은OOO판결에서 “특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 상정할 수 없다. 따라서 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가로 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다”고 판시하였으므로 이에 따른다면 청구법인이 A로부터 지급받은 쟁점사용료 소득은 국내원천소득에 해당하지 않아 원천징수대상이 될 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 국내에 미등록된 외국특허권 사용료로 지급한 대가가 국내 원천 사용료 소득에 해당하지 않는다는 청구주장은 한미 조세조약 제6조 제3항에서 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준을 제시하고 있지 아니하므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당하고, 「법인세법」 제93조 제8호에서 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었으며, 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 명확히 규정하고 있으므로, 이 건에서 A는 청구법인과 계약 하에 쟁점사용료를 지급한 것이므로 쟁점사용료는 청구법인의 국내원천소득에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

(2) 「지방세법」제103조의52에서 외국법인의 국내원천소득에 대하여 「법인세법」제98조부터 제98조의7 규정에 따라 법인세를 원천징수하는 경우 원천징수하는 법인세의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하여야 한다고 규정하고 있고, 「지방세법」제103조의25 제3항에서 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방 국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있으므로 법인세 과세표준 및 법인세액이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정이 있기 전까지는 적법한 것으로 보아야 한다.

따라서 쟁점사용료에 대한 법인세를 A가 신고·납부하였고, 심판제기일 현재까지 쟁점사용료에 대한 법인세 경정에 대한 자료를 통보받지 않았으므로, 이 건 특별징수세액에 대한 경정청구 거부처분은 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점사용료가 국내원천소득에 해당하지 않으므로 기납부한 법인지방소득세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 미국에 설립된 법인으로, 다수의 특허권을 취득하여 보유하면서 이를 라이선싱하여 그 대가를 받는 것을 주된 사업으로 하고 있고, A와 쟁점사용료를 지급받기로 하는 특허권 라이선스 계약을 체결하였다.

(2) 청구법인은 쟁점사용료 지급의 근거가 된 특허권의 등록현황에 관한 자료는 별도로 제출하지 아니하였다.

(3) 기획재정부가 발간한 2008년 간추린 개정세법에 따르면, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 「법인세법」 제93조 제9호의 개정 내용 및 개정이유는 아래와 같다.

○○○

(4) 청구법인은 쟁점사용료에 대한 법인세에 불복하여 2023.6.8. 심판청구를 제기하였고, 이에 대하여 우리 원은 2023.11.27. 기각 결정을 한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사용료가 국내에 등록되지 아니한 청구법인의 특허권과 관련하여 지급받은 것이므로 이는 국내 원천 사용료 소득에 해당되지 아니한다고 주장하나, 「지방세법」 제103조의25 제3항에서 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방 국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있으므로 법인세 과세표준 및 법인세액이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정이 있기 전까지는 적법한 것으로 보아야 하는데, 청구법인의 쟁점사용료에 대한 법인세 불복 청구사건에서 우리 원은 적법하다고 결정하였으므로(조심 2023중8278, 2023.11.17.) 이에 근거한 법인지방소득세도 적법하다고 할 것인 점, 쟁점사용료가 국내 미등록 특허권의 대상인 특허기술을 국내에서의 제조·판매 등에 사실상 사용하는 데에 대한 대가라면 이는 「법인세법」 제93조 제8호 등에 따라 국내 사용에 대한 사용료로서 국내원천소득에 해당한다고 보아야 할 것인 점(대법원OOO 전원합의체 판결 참조) 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법(2023.12.29., 법률 제19860호로 개정되기 전의 것)

제85조(정의) ① 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “법인지방소득”이란 「법인세법」제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.

제86조(납세의무자 등) ① 「소득세법」에 따른 소득세 또는 「법인세법」에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.

제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다

제103조의25(결정과 경정) ② 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

제103조의29(특별징수의무) ③ 특별징수의무자는 특별징수한 지방소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 지방자치단체에 납부하여야 한다.

④ 특별징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 제3항에 따른 납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 「지방세기본법」 제56조에 따라 산출한 금액을 가산세로 부과하며, 특별징수의무자가 징수하지 아니한 경우로서 납세의무자가 그 법인지방소득세액을 이미 납부한 경우에는 특별징수의무자에게 그 가산세액만을 부과한다. 다만, 국가 또는 지방자치단체와 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 특별징수의무자인 경우에는 특별징수 의무불이행을 이유로 하는 가산세는 부과하지 아니한다.

⑤ 법인지방소득세의 특별징수에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「법인세법」에 따른 원천징수에 관한 규정을 준용한다.

제103조의52(외국법인에 대한 특별징수 또는 징수의 특례) ① 외국법인의 국내원천소득에 대하여 「법인세법」 제98조부터 제98조의7까지의 규정에 따라 법인세를 원천징수하는 경우에는 원천징수하는 법인세의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하여야 한다. 이 경우 「법인세법」에 따른 원천징수의무자를 법인지방소득세의 특별징수의무자로 한다.

② 제1항에 따른 특별징수의무자의 납부 등에 관하여는 제103조의29제3항 및 제4항을 준용하고, 그 밖에 외국법인에 대한 특별징수 또는 징수의 특례에 관하여 이 법에서 정하지 아니한 사항은 「법인세법」 제98조부터 제98조의7까지를 준용한다.

(2) 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 일부 개정된 것)

제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 국내원천 사용료소득 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 이 경우 제4호에 따른 산업상·상업상·과학상의 기계·설비·장치 등을 임대함으로써 발생하는 소득을 조세조약에서 사용료소득으로 구분하는 경우 그 사용대가를 포함한다.

다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 "사용지 기준 조세조약"이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 "특허권등"이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법·기술·정보 등이 국내에서의 제조·생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]

제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례) ① 외국법인에 대하여 제93조 제1호·제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 따른 국내원천 부동산등양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

6. 제93조 제8호에 따른 국내원천 사용료소득 : 지급금액의 100분의 20

(3) 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약

제2조(일반적 정의) (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에 양 체약국의 권한 있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다.

제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

제14조(사용료) (1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니 된다.

(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다.

(a) 문학·예술·과학 작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권 특히, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

(b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.