이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.2.16. 경기도 남양주시 OOO(이하 “쟁점본점”이라 한다)를 본점으로 하고, 부동산 임대업 및 부동산 매매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2022.5.16. 서울특별시 중구 신당동 377-97 토지 163.41㎡ 및 건축물 225.81㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 그 취득가액OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 청구법인의 본점을 대도시[대표이사가 운영하는 타 법인{주식회사 A 및 주식회사 B(이하 “특수관계법인”이라 한다)}의 본점 소재지(서울특별시 강남구)]에 설치하여, 쟁점부동산의 취득을「지방세법」제13조 제2항에서 규정하는 대도시에 법인을 설립한 후 5년 이내에 부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율을 적용하여, 2025.4.25. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.23. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인 대표이사인 a는 주로 미국에 거주하면서 국내에 체류하는 시간이 제한적이기에 쟁점부동산의 중개법인인 C중개법인 주식회사(이하 “C”이라 한다)과 건물관리 용역계약을 체결하여 청구법인의 주요 사업인 부동산업의 주요사항을 C에 위임하였다.

a가 운영하는 특수관계법인(주식회사 A 및 주식회사 B)은 그 운영을 위한 임·직원이 있고, 의류 및 패션잡화의 판매업, 의류, 가방, 신발, 악세사리, 뷰티제품 등 해외구매 대행업 등을 각 임·직원이 수행하고 있다.

청구법인은 오로지 부동산 임대업 및 부동산 관리업 등 부동산 관련 업종만을 영위하고 있고, 그 외 등기된 목적사업 중 의복 소매업, 신발 소매업, 섬유, 직물 및 의복 액세서리 소매업 등 특수관계법인이 영위하는 사업에서는 매출이 발생한 사실이 없다.

청구법인의 목적사업인 부동산 매매업 및 임대업 등과 관련한 중추적인 의사결정이라 함은 임대부동산 구입 및 임대차계약 등으로 큰 규모의 사무실이 필요하지 아니하여 공유오피스로도 충분하고, 청구법인 명의로 쟁점본점을 임차하여 매월 임차료를 부담하고 있으며, 쟁점본점에 사무용 책상, 복사기 등 사무용품이 충분히 있어 주요 사무를 수행하기 충분하다.

청구법인이 쟁점부동산의 건물관리를 직접 진행하지 않고 C을 통하여 매매하고 관리하였고, 세금계산서의 발행은 부동산 관련업을 영위하기 위한 중추적인 사무에 해당하지 아니하여 세금계산서의 발행장소가 사업의 중추지가 된다고 단정할 수 없다.

따라서, 처분청이 쟁점본점의 실체를 부인하고 대표이사가 운영하는 타 법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인의 본점은 공유오피스로 청구법인의 명패나 현판 등이 확인되지 않았고, 청구법인의 직원도 확인되지 않았으며, 특수관계법인의 소재지에 청구법인의 인적·물적설비가 있다.

청구법인과 C이 체결한 건물관리 용역계약서에서 쟁점부동산에 대한 관리를 쟁점본점에서 수행한다는 조항이 존재하나, 해당 업무의 수행에 따른 문서 및 보고 내역이 없어 실제 청구법인의 업무가 쟁점본점에서 이루어졌다고 보기 어렵다.

청구법인의 세금계산서 발행 IP주소가 특수관계법인과 동일하여 청구법인이 특수관계법인과 실질적으로 같은 네트워크 환경에서 관리·운영되고 있어, 청구법인의 대표이사가 특수관계법인의 소재지에서 중추적인 의사결정이 이루어졌을 것이라 추단된다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산에 대하여「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 대표이사가 운영하는 특수관계법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보아 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2022.2.16. 대도시 외 지역(경기도 남양주시)에 소재하는 쟁점본점을 사업장 소재지로 하고, 부동산 임대업 및 부동산 매매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 청구법인은 2022.2.1. C과 쟁점부동산에 대하여 건물관리 용역계약서를 체결하였고, 그 제1조 1)에 부동산 매매 및 관리 등에 대하여 C이 청구법인을 위하여 대행하고, 업무의 주요 의사결정은 청구법인의 본점에서 한다고 기재되어 있다.

(다) 청구법인은 2022.2.14. 쟁점본점에 대해 계약기간을 연단위로, 차임을 선납(연납) OOO원(월OOO원)으로, 계약기간 만료 전 31일 이전에 계약해지 통보가 없을 시 동일기간씩 자동으로 연장되는 조건 등으로 기재한 임대차계약을 체결하였고, 차임을 임대인에게 계약일에 송금한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 2022.5.16. 쟁점부동산을 취득(매매)한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

(마) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 청구법인의 본점이 대도시에 소재하는 대표이사가 운영하는 특수관계법인(주식회사 A 및 주식회사 B)의 본점(서울특별시 강남구)에 소재하는 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과하였다.

(바) 특수관계법인 중 주식회사 A는 2019.2.12. 서울특별시 강남구 OOO을 사업장 소재지로 하고, 의류 등 인터넷판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2025.4.9. 서울특별시 강남구 OOO으로 본점 이전하였다.

(사) 특수관계법인 중 주식회사 B은 2022.2.9. 서울특별시 강남구 OOO을 본점 소재지로 하고, 의류 등 도소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(아) 처분청이 2025.3.13. 쟁점본점의 현황을 조사한 후 작성한 출장결과보고서에 의하면, 쟁점본점은 공유오피스로 책상과 의자가 비치되어 있으나 청구법인의 현판이나 직원 등이 없는 것으로 나타난다.

＜출장결과보고서 내용＞

○○○

(자) 청구법인이 2022년 2월부터 2024년 8월까지 발급한 전자세금계산서 발행 IP주소는 OOO및OOO이고, 이는 특수관계법인의 본점으로 나타난다.

(차) 청구법인이 제출한 부동산 임대업 등과 관련한 전자세금계산서(2022사업연도~2024사업연도)에 의하면, 매출액(부가세 제외)은 2022사업연도 10,727,272원, 2023사업연도 OOO원, 2024사업연도 OOO원 발생한 것으로 나타난다.

(카) 청구법인은 아래와 같이 쟁점본점에서 목적사업인 부동산 매매 및 임대업 등을 수행하였다고 주장한다.

1) 청구법인의 대표이사인 a는 부동산 매매 및 부동산 임대 관리를 위하여 쟁점본점에서 매물 검색, 회의 등 업무를 실시하고, 필요한 자료를 출력 및 스캔하는 등 쟁점본점을 최대한 활용하고 있다.

＜사무실 활용 모습＞

○○○

2) 청구법인의 대표이사인 a는 회사 업무를 수행함과 동시에 부동산 매물의 검색, 확인, 현장 확인, 검토, 계약의 체결, 임대차계약 체결, 임대 관리 등 업무를 스스로 모두 처리할 수 없기에 부동산 법인에 위 업무를 위임하는 계약을 체결하였다.

3) 청구법인의 대표이사인 a는 2022.2.1. C과 3년 동안 청구법인이 보유하는 또는 보유하고자 하는 건물에 대한 매매, 임대차, 시설 관리 등을 위임하는 계약을 체결하였다.

＜부동산매매 및 임대 등 관리용역계약 내용＞

○○○

4) 위 계약에 따라, 청구법인의 대표이사인 a 또한 청구법인의 주요 목적 사업에 대한 업무를 수행할 때에는 대부분 절차를 쟁점본점에서 진행하고, 계약 체결 등 거래 상대방과 대면할 때에서야 쟁점본점을 벗어나 매매하고자 하는 부동산 또는 임대차 대상 부동산에서 그 계약을 체결하는 등 업무를 수행하는 것이므로, 청구법인의 본질적이고 중요한 업무가 쟁점본점을 벗어나 특수관계법인의 소재지에서 이루어질 수가 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 대표이사가 운영하는 특수관계법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보아야 한다는 의견이나, 대도시 외의 지역에서 설립된 법인이 등기부상 본점 등기는 하지 아니한 채 사실상 본점을 대도시 내로 설치·전입한 것으로 보아 중과세율을 적용하기 위해서는 일반적으로 세금부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임이 과세권자에게 있으므로 그 법인이 인적·물적설비를 갖춘 본점을 대도시 내에서 설립하였다는 사실도 과세관청이 입증해야 할 것(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 설립이후 폐업이나 휴업한 사실이 없고, 매년 부동산 임대업 등과 관련하여 매출이 발생하고 있는 계속법인이고, 취득세 중과세 처분에 대한 입증책임이 있는 처분청은 특수관계법인의 본점에 청구법인의 본점(인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 청구법인의 목적사업을 영위)이 있음을 객관적으로 입증할 만한 자료를 제시하지 아니한 점, 청구법인의 목적사업인 부동산 매매업 및 임대업 등과 관련하여 C에게 매매 및 관리 등을 위탁하였고, 해당 목적사업과 관련한 중추적인 의사결정이라 함은 부동산 구입 및 임대차계약 등으로 큰 규모의 사무실이 필요하지 아니하여 공유오피스로도 충분하고, 청구법인 명의로 쟁점본점을 임차하여 임차료를 부담하고 있으며, 쟁점본점에 사무용 책상, 복사기 등 사무용품이 있어 주요 사무를 수행한 것으로 보이는 점, 청구법인의 특수관계법인의 본점에서 청구법인의 세금계산서를 발행한 사실만으로 이를 청구법인의 중추적인 의사결정을 하는 본점이라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 대표이사가 운영하는 특수관계법인의 본점을 청구법인의 본점으로 보아, 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2제1항제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조ㆍ「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장